임대사업자 승계 후 상속주택 매도 비과세 가능할까

2025.11.09 05:22

Q질문내용

아버지께서 2002년에 작고하신 후 단독 상속을 통해 동탄신도시 ***마을 아파트(전용 84제곱미터, 당시 2억 8천만 원 상당)를 제 명의로 받았습니다.
이 집은 상속 이후 3년 이상 실제로 거주하며 주소지도 그대로 유지하였습니다.
이후 전세 계약 등으로 현 거주지는 이사하여 바뀌었지만, 상속주택 당시 별도의 주택 소유이력은 없었습니다.

한편, 배우자인 남편 명의로 서울 송파구 ***오피스텔(전용 20제곱미터, 2019년 10월 취득, 매입가 3억 3천만 원)이 있는데, 이 건물은 최초 임대사업자가 2018년 12월에 8년 장기임대주택으로 등록한 것을 저희가 임대계약·양수도한 후 임대사업자 자격까지 포괄적으로 승계 받아 관리해왔습니다.
취득 후 지금까지도 거주 목적이 아닌 임대업무만 수행 중이고, 임대차 신고, 임대료 인상율 제한 등 법에서 정한 임대주택 의무사항 역시 6년 이상 지속적으로 지키고 있습니다.
관련 서류 역시 모두 구비해놓았습니다.

이번에 상속받은 아파트(1세대 2주택 중 거주주택)를 약 13억 원가량에 매도할 계획이 있는데, 조세특례제한법상 장기임대주택 사업자가 '거주주택'을 양도할 때 비과세 특례가 포괄적 양수양도로 넘겨받은 임대주택 경우에도 인정되는지, 그리고 실제로 양도소득세 비과세 혜택을 전부 받게 되는지가 궁금합니다.

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S요약

장기임대주택을 포괄양수양도 방식으로 승계하였더라도 조세특례제한법상 비과세 특례는 일정 요건을 충족하는 경우 인정받을 수 있습니다.
단, 확정적 비과세 가능 여부는 양도 당시 임대주택의 등록 및 임대사업자 승계 요건, 임대기간 동안의 의무 준수 여부, 상속주택의 거주기간·보유기간 등 복수 요건을 종합적으로 검토해야 최종 판단이 가능합니다.
임대주택과 거주주택 각각의 구체적 사실관계와 세부 증빙서류에 따라서 실제 비과세 적용 여부가 결정됩니다.

F사건 경위

이용자님은 2002년 아버지로부터 단독 상속받은 동탄신도시 아파트를 3년 이상 본인 명의로 소유 및 거주했고, 이후 거주지를 옮긴 후에도 추가 주택 소유가 없었습니다. 남편은 2019년 포괄양수양도 방식으로 장기임대주택 오피스텔을 승계받았고, 현재까지 임대사업자로서 임대 의무를 모두 이행하고 있습니다.

L법률 쟁점

주요 법률적 쟁점은 조세특례제한법 제97조의 3 및 소득세법 제89조 관련 규정에서 정한 1세대 1주택 비과세, 그리고 장기임대주택(8년 이상 임대)의 비과세 특례가 포괄양수 양도 방식으로 임대사업자를 승계한 경우에도 그대로 인정되는지 여부입니다.

조세특례제한법상 8년 장기임대주택 소유자는 일반 주택 양도 시, 일정 요건을 충족하면 1세대 1주택 비과세로 해당 거주주택 양도차익에 대해 양도세가 면제됩니다.
임대사업자 자격 승계 시 ‘포괄적 양수양도’ 방식으로 지방자치단체에 신고한 경우에도 임대사업자 등록 요건과 임대의무기간 인정은 유지됩니다.
거주용 상속주택은 상속 당시부터 별도 주택 보유 없이 1가구 1주택 요건을 만족해야 하며, 이후 가족 명의의 임대주택 소유로 인한 비과세 특례 적용 여부는 조세특례제한법 내 배우자 공동명의 혹은 별도 세대 기준에 따른 해석이 필요합니다.

P핵심 포인트

비과세 특례 적용 여부 판단의 핵심은 임대주택 등록과 의무이행 상태 유지, 상속주택의 실제 거주 및 보유기간, 그리고 임대주택의 포괄적 양수양도 요건 충족 여부 등입니다.

남편 명의의 오피스텔이 포괄양수양도 신고에 따라 임대사업자 등록 및 임대의무기간 등이 승계된 경우, 해당 임대주택을 '임대주택'으로 계속 인정받을 수 있습니다.
임대주택 임대의무기간(8년)과 임대조건, 임대차 신고, 임대료 인상률 등 사후관리 요건을 모두 충족한 사례라면 추가적인 감면 제한 사유가 없는지 점검해야 합니다.
상속받은 아파트가 양도 당시까지 1세대 1주택 요건 아래 상속주택, 실제 거주주택에 해당하는지 검토가 필요합니다.
특히 부부가 1세대로 볼 수 있으므로 남편 명의 임대주택 관련 비과세 특례를 판단할 때 가족 전체 소유주택수 및 세대요건을 참고해야 합니다.
실무상 국세청은 임대사업자 지위가 임대기간 전체에 걸쳐 정상적으로 승계됐고 임대의무 관리의무 위반이 없다면 비과세 특례를 폭넓게 인정한 판례가 있습니다.

A대응 방안

비과세 특례 적용을 확실히 받고 불필요한 과세나 추후 불복 가능성을 예방하려면 법률적 요건 충족 여부에 대한 철저한 증빙과 사전 확인이 반드시 필요합니다.

임대주택 포괄양수양도 신고 승인 내역, 임대사업자 변경증, 임대차 신고내용, 임대차계약서, 임대의무이행 관련 자료 등 모든 관련 증빙을 보관해야 합니다.
상속주택의 등기부등본, 과거 3년 실제 거주 및 주소지 확인 서류, 거주이력이 명확히 확인되는 주민등록등본도 준비해야 합니다.
국세청 홈택스 양도소득세 자동계산 화면에서 세대별 주택수 산정 결과와 비과세 체크리스트를 반드시 사전에 확인하세요.
사례별로 세무서, 국세청 또는 전문 세무사 상담을 통해 해당 임대주택이 비과세 특례 적용대상에 해당하는지 사전 검토 및 질의회신을 요청하는 것이 안전합니다.
부부 또는 세대 내 동일 주소지의 추가 주택 보유 사실이 있었다면, 기간별 소유관계 자료를 증빙 진행해야 합니다.
상속주택 양도 전후에 임대주택 관련 의무위반 내역이나 신규 취득 내역이 있는지 추가 점검이 필수입니다.
임대주택 임대의무 위반 등 사후관리 요건이 누락된 경우 감면 배제가 될 수 있으니 사후 실수요 확인 체계도 병행하세요.
모든 상황 증명자료와 논거를 미리 확보하면 향후 양도세 신고나 세무조사 시 소명자료로 활용이 가능합니다.