장기임대주택 있을 때 1주택 비과세

2026.11.01 05:03

Q질문내용

2027년 1월쯤 제 명의로 된 아파트를 매도하는 계획을 세우면서, 1세대 1주택 관련 비과세 특례 적용이 가능한지 확인하고 싶어 글을 남깁니다.

현재 저는 거주용 1주택과 장기임대 2주택이 있는 장기임대주택사업자입니다.
먼저 2014년 12월에 지방의 소형 오피스텔 하나를 매입했고, 2016년 9월에 장기임대주택으로 신청을 했습니다.
원래 4년 임대 계획이었는데, 실제로는 약 3년 10개월 정도 공실이 발생했습니다.
이 공실 사유에 대해서는 관할 구청에 소명 자료를 제출해서 과태료 없이 인정받았고, 그 이후로는 1년 3개월이 넘도록 계속 임대가 유지되고 있습니다.
현재 시세는 약 6천만 원 정도입니다.

또 2015년 8월에는 서울에 다가구주택(빌라)을 하나 더 매입했고, 이 주택도 2016년 9월에 장기임대주택으로 신청해 지금까지 계속 장기임대로 유지 중입니다.
이 빌라는 시세가 4억 원 이내인 소형 주택입니다.
장기임대주택으로 구청에는 신고를 했고, 세무서에는 임대소득 신고를 위해 일반 사업자등록만 해 두었으며, 별도로 ‘임대주택 등록’이라고 부르는 절차는 따로 하지 않은 상태로 알고 있습니다.

제가 비과세 여부를 알고 싶은 집은 2015년 8월에 매입한 서울의 아파트입니다.
이 아파트에는 약 7년 정도 실거주를 했고, 2023년 3월에 임대로 전환해 현재는 임대 중입니다.
이 아파트를 2027년 1월에 양도할 계획인데, 거주 기간과 임대 전환 시점, 다른 장기임대주택들의 보유 상황을 고려했을 때 이 아파트를 거주주택으로 보아 12억 원까지 비과세되는 거주주택 비과세 특례 적용 대상이 될 수 있는지 궁금합니다.

배우자 상황도 함께 영향을 줄 수 있을 것 같아 적습니다.
배우자는 2021년 5월에 서울의 아파트 한 채를 매입했고, 약 6개월 정도 실거주 후 현재는 임대로 돌려서 계속 임대 중입니다.
저희는 2024년 1월에 혼인신고를 했습니다.

이와 같은 상황에서, 2027년 1월에 제가 보유한 서울 아파트(B주택)를 양도할 때 1세대 1주택 혼인특례나 거주주택 비과세 특례를 적용받아 12억 비과세가 가능한지, 그리고 장기임대주택 두 채(A, C)의 공실 기간 및 장기임대주택 신청 이력, 세무서에는 사업자등록만 하고 별도의 임대주택 등록을 하지 않은 점이 비과세 특례 적용에 어떤 영향을 미치는지 궁금합니다?

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AI 진단

알법 AI가 작성한 참고용 법률 해설입니다. 서비스·비용 안내

S요약

장기임대주택 A C가 민간임대주택법과 소득세법상 장기임대주택 요건을 충족해 1세대 1주택 판정에서 주택 수에서 빠지는 경우, 이용자님 B 아파트를 거주주택으로 보아 12억 한도 비과세를 적용할 여지가 있습니다.
다만 장기임대주택의 등록 시점과 방식, 공시가격, 실제 임대기간과 공실 처리, 세무서 사업자등록 형태, 혼인으로 인한 세대 구성 변화에 따라 1세대 1주택 기본요건과 혼인특례 요건 충족 여부가 달라질 수 있어, 사전 요건 점검과 서류 확인이 필요합니다.

F사건 경위

이용자님은 본인 명의 거주용 아파트 B와 장기임대주택 A C를 보유하고 있고, 배우자는 별도 아파트를 보유한 상태에서 2024년 혼인신고를 했으며, 2027년 1월경 B 아파트 양도 시 1세대 1주택 혼인특례나 거주주택 비과세 특례를 통한 12억 비과세 적용 가능성과 임대주택 공실 및 등록 이력이 미치는 영향을 확인하려는 상황입니다.

L법률 쟁점

이 사안에서는 장기임대주택의 주택 수 제외 여부, 거주주택 비과세 특례 요건, 혼인으로 인한 세대 합산 후 혼인특례 적용 가능성이 핵심 기준이 됩니다.

장기임대주택 A C가 소득세법상 장기일반민간임대주택 등으로 인정되어 1세대 1주택 판정 시 주택 수에서 제외될 수 있는지 여부가 중요합니다. 이를 위해서는 민간임대주택법상 등록 여부와 시기, 임대 개시 당시 공시가격, 의무임대기간 준수, 임대료 증액 제한, 공실에 대한 관할 지자체의 인정 여부 등이 함께 검토되어야 합니다.
B 아파트에 대해 장기임대주택 보유 세대의 거주주택 비과세 특례를 적용할 수 있는지가 쟁점입니다. 거주기간 2년 이상 요건은 충족 가능성이 있으나, 양도 시점에 장기임대주택이 여전히 요건을 충족하며 등록이 유지되는지, 그리고 세대 기준으로 다른 과세주택이 없는지가 함께 판단 요소가 됩니다.
혼인으로 인해 이용자님과 배우자의 주택들이 모두 같은 세대에 포함되는 만큼, 혼인특례 규정을 통해 혼인 후 일정 기간 내 종전주택을 양도할 때 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는지 여부도 쟁점입니다. 이때 혼인일, 각 주택의 취득 시점과 거주 기간, 임대 전환 시점에 따라 종전주택 범위와 주택 수 산정이 달라질 수 있습니다.

P핵심 포인트

이용자님 B 아파트의 12억 비과세 가능성은 장기임대주택의 요건 충족 여부, B 아파트의 거주요건 충족, 혼인 이후 세대 전체의 주택 수와 혼인특례 요건을 어떻게 충족하는지에 따라 달라질 수 있습니다.

장기임대주택 A C가 주택 수에서 제외되려면 대체로 취득 후 일정 기간 내 지자체에 민간임대주택으로 등록되고, 세무서에도 임대사업자로 등록되어 있어야 하며, 임대 개시 당시 공시가격이 수도권 6억원 이하 지방 3억원 이하 범위에 들어가고, 의무임대기간을 채우면서 임대료 증액 제한을 지킨 경우에 해당할 가능성이 있습니다. 이용자님은 구청에 장기임대주택으로 신고했고 세무서에는 일반 사업자등록을 했다고 하므로, 등록 시기와 등록 유형이 위 요건과 부합하는지부터 확인하는 절차가 필요합니다.
A 주택의 경우 장기간 공실이 있었으나, 공실 사유를 관할 구청에 소명해 과태료 없이 인정받은 점은 민간임대주택법상 의무임대기간 위반으로 보지 않은 정황으로 볼 수 있습니다. 다만 세무당국이 장기임대주택 요건 판단 시 공실 기간을 어떻게 반영하는지, 공실 기간 동안에도 의무임대기간으로 인정되는지 여부는 개별 사실관계와 해석에 따라 달라질 수 있어, 공실 소명자료와 지자체 회신을 근거로 다시 확인하는 것이 필요합니다.
B 아파트는 약 7년 이상 실거주 후 2023년 3월부터 임대로 전환되었으므로, 현재 규정 기준으로 보면 1세대 1주택 비과세의 최소 거주요건인 2년 거주 요건은 충족하는 것으로 볼 여지가 있습니다. 이후 임대 중인 상태에서 2027년 1월 양도하더라도, 양도 시점에 세대 기준으로 B 아파트만 과세대상 주택으로 남는다면 12억 한도 비과세 적용을 검토할 수 있습니다.
혼인특례의 경우 일반적으로 혼인 전 각자 1주택을 보유하다가 혼인으로 2주택이 된 세대가 혼인일로부터 일정 기간 내 종전주택을 양도하면 1세대 1주택 비과세를 인정하는 구조입니다. 이용자님의 경우 2024년 1월 혼인, 2027년 1월 양도 계획이라 기간 요건 측면에서는 여지가 있어 보이지만, 이미 장기임대주택 A C와 배우자 주택까지 세대에 포함되어 있기 때문에 세법상 종전주택이 무엇으로 인정되는지, 다른 주택들이 주택 수에서 제외되는지에 따라 혼인특례 활용 가능성이 달라질 수 있습니다.

A대응 방안

향후 B 아파트 양도 전까지 장기임대주택 요건과 세대 주택 수를 명확히 정리해 비과세 전략을 세우는 절차가 필요합니다.

장기임대주택 A C 각각에 대해 취득일, 구청 민간임대주택 등록일과 등록 유형, 임대 개시일과 임대차계약서, 임대료 증액 내역, 공시가격 자료, 세무서 사업자등록증과 업종 코드, 공실 기간에 대한 소명자료와 지자체 회신 문서를 모두 모아 두는 것이 좋습니다. 이 자료를 바탕으로 소득세법상 장기임대주택 요건 충족 여부와 주택 수 제외 가능성을 세무전문가와 함께 점검하는 절차가 필요합니다.
B 아파트에 대해서는 취득일, 실제 입주일과 전출일, 전입신고 내역, 관리비나 공과금 납부내역 등 거주 입증자료, 2023년 3월 임대 전환일과 임대차계약서를 정리해 두어야 합니다. 이 자료를 기준으로 2년 이상 거주요건과 보유기간, 2027년 양도 시점의 예정 시세를 반영해 1세대 1주택 비과세, 거주주택 비과세 특례, 혼인특례 각각을 시뮬레이션해 보는 것이 유리합니다.
배우자 명의 아파트에 대해서도 취득일, 거주기간, 임대 전환 시점, 현재 임대 유지 여부와 시세를 정리해 세대 전체 주택 보유 현황을 표로 만들어 보는 과정이 도움이 됩니다. 그 표를 바탕으로 어떤 주택을 언제 양도하는 것이 전체 세대 양도소득세를 줄이는 데 유리한지, 장기임대주택을 끝까지 유지하는 것이 좋은지, 중간에 임대사업을 말소하는 것이 나은지 등 전략을 검토할 수 있습니다.
양도 예정 시점이 2027년으로 아직 시간이 남아 있고, 장기임대주택과 1세대 1주택 비과세 규정은 개정이 잦은 편이므로, 현재 기준으로는 비과세 특례 적용 가능성을 염두에 둘 수 있으나 확정적으로 보기 어렵습니다. 따라서 최신 법령과 해석을 반영해 구체 사실관계를 함께 검토할 수 있는 세무사나 조세 전문 변호사와 미리 상담해, 신고 방식과 필요 서류, 각 주택의 보유 및 양도 순서를 맞추는 전략을 세우는 과정이 필요합니다.