요지

이 사건 임대주택은 이 사건 처분 규정인 소득세법 제168조 1항에 따른 사업자등록을 하지 않은바 ⁠‘장기임대주택’에 해당하지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

피고가 2019. 12. 1. 원고에게 한 양도소득세 ***,***,***원의 부과처분을 취소한다.

                                   이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 12. 20. 서울 **구 **로 32길 31, 103동 1002호를 13억 1,700만 원에 양도하였다(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다).

나. 이 사건 양도 당시 원고의 배우자 신&&는 서울 &&구 &&&2, &&푸르지오시티 1055호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)를 소유하며 임대하고 있었는데, 이 사건 주택의 임대에 관하여 2013. 8. 22. 서울 &&구청에 민간임대주택에 관한 특별법(이하‘민간임대주택법’이라 한다)에 따른 임대사업자등록만을 하였을 뿐 소득세법에 따른 사업자등록은 하지 않았다.

다. 원고는 2019. 2. 28. 피고에게 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12.대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제20항(이하 ⁠‘이 사건 시행령조항’이라 한다)에서 정한 ⁠‘장기임대주택’에 해당함을 전제로, 1세대1주택 고가주택특례를 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 *****원을 예정신고․납부하였다.

라. 그러나 피고는 소득세법에 따른 사업자등록이 마쳐지지 아니하여 이 사건 주택이 이 사건 시행령조항이 정한 ⁠‘장기임대주택’에 해당하지 아니한다는 이유로 1세대1주택 고가주택 특례 적용을 배제하고 2019. 12. 1. 원고에게 2018년 귀속 양도소득세512,359,720원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고가 이에 불복하여 2020. 2. 21. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,2021. 2. 22. 그 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 구 소득세법 제168조 제1항 단서에서 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우 사업자등록을 할 필요가 없는 것으로 규정하고 있음에도 불구하고, 이 사건 시행령조항에서 ⁠‘장기임대주택’에 관하여 ⁠‘양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것’이라고 규정하여, 구 소득세법에 따라 사업자등록의무가 없는 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자에게 사업자등록의 의무를 추가적으로 부과하였는바, 이 사건 시행령조항은 모법의 위임 없이 규정된 것이거나 모법의 위임범위를 벗어난 것으로

무효이므로, 무효인 이 사건 시행령조항을 근거로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 구 소득세법 제168조 제1항 단서는 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우 사업자등록을 할 필요가 없는 것으로 규정하고, 구 소득세법 제12조 제2항 나목은 연 2,000만 원 이하의 주택임대소득만 있는 경우 비과세로 규정하고 있는바, 이 사건 주택의 경우 연 2,000만 원 이하의 임대소득만이 발생하므로, 비과세대상이고 관할 세무서에 사업자등록을 할 의무가 없다. 따라서 이 사건 주택에 관하여 사업자등록을 하지 않았다고 하더라도 이 사건 시행령조항의 요건을 충족한 것으로 보아야 한다.

3) 원고가 민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자등록을 함으로써 이 사건 주택을 임대주택으로 공급하려는 의사가 분명하게 표시되었고 실제 이 사건 주택을 임대하였으므로 투기목적이 없었다는 사실을 명확하게 알 수 있는바, 원고에게 실질과세의 원칙을 적용하여 그 실질에 따라 이 사건 주택을 이 사건 시행령조항에서 정한 장기임대주택으로 보아 과세하는 것이 마땅하다.

4) 2019년경부터 임대사업자등록과 관련하여 관할 지방자치단체와 국세청이 전산상으로 연계되어 지방자치단체에만 신고하면 자동으로 국세청에 신청되도록 하여 납세자가 소득세법에 따른 사업자등록과 민간임대주택법에 따라 임대사업자등록을 모두 할필요 없이 임대사업자등록만을 하면 되는 제도를 시행하고 있다. 결국 원고는 소득세법상의 사업자등록을 하지 않았다는 이유만으로 이 사건 양도에 관하여 불이익한 처분을 받게 되었는데, 이는 국세행정의 미비함으로 인한 불이익을 원고에게 전가한 것으로 세법의 적용에 있어서 현재의 납세자와 원고를 불합리하게 차별한 것이므로 위법하다. 또한, 이 사건 양도 후 2019. 12. 16. 발표된 ⁠“주택시장 안정화 방안”은 2019. 12.17.부터 2020. 6. 30.까지의 기간 동안 조정지역 내 주택을 양도하는 경우 다주택자에 대한 양도소득세 중과세를 한시적으로 유예하였는바, 위와 같은 방안의 적용을 받은 납세자 등과 비교할 때 원고의 배우자가 소득세법상 사업자등록을 하지 않았다고 하여이 사건 양도 당시 1세대 2주택자로 보아 중과세율을 적용한 처분은 과세형평을 고려하지 않은 조세평등주의를 위반한 처분으로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하지 아니하다.

1) 이 사건 주택이 이 사건 시행령조항에서 정한 ⁠‘장기임대주택’에 해당하는지 여부

가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결 등 참조).

나) 이 사건 주택이 이 사건 시행령조항에서 정한 ⁠“장기임대주택”에 해당하려면,① 양도일 현재 1세대가 그 주택에 관해 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 하였을 것, ② 양도일 현재 1세대가 그 주택에 관해 민간임대주택법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였을 것, ③ 양도일 현재 1세대가 그 주택을 임대하고 있을 것의 요건이 모두 충족되어야 한다. 그런데 이 사건 양도 당시 이 사건 주택의 임대와 관련하여 소득세법에 따른 사업자등록이 마쳐지지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 위 법령 문언상 이 사건 주택이 이 사건 시행령조항에서 정한 ⁠“장기임대주택”에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 시행령조항이 모법의 위임이 없거나 그 범위를 벗어난 것인지 여부

구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목에 의하면 ⁠‘1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택에 대하여 양도소득세를 과세하지 아니한다’고규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제154조 제11항은 ⁠‘법 제89조 제1항 제3호 나목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대 1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다’고 규정하고 있으며, 이 사건 시행령조항이 장기임대주택을 보유한 거주주택을 1세대 1주택으로 의제하는 규정을 두고 있는 바, 이 사건 시행령조항은 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목의 위임에 따라 규정된 것으로서 모법의 위임이 없다거나 그 위임범위를 벗어났다는 원고의 주장은 그 자체로 이유 없다.

3) 분리과세 주택임대소득만 있는 경우, 소득세법상 사업자등록의무가 없으므로 사업자등록을 하지 않더라도 이 사건 시행령조항의 요건을 충족한 것으로 보아야 하는지 여부

앞서 거시한 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 배우자가 2013. 8. 30. 이 사건 주택을 취득한 이래 이 사건 양도 당시까지 이 사건 주택의 임대에 관하여 소득세법상 사업자등록을 하지 아니한 점, ②이 사건 주택 취득 당시 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자라 하더라도 사업자등록의무를 면제하는 규정은 없었던 점, ③ 이후 2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정된소득세법은 제168조 단서를 신설하여 분리과세 주택임대소득만 있는 사업자의 경우에는 사업자등록 의무를 면제하면서 부칙 제1조에서 2019년 1월 1일부터 이를 시행하도록 하였는바, 이 사건 양도는 그 시행 이전에 이루어졌을 뿐만 아니라 2018. 12. 31.법률 제16104호로 개정된 소득세법에서 위 단서 규정이 삭제되어 2019. 1. 1.부터 시행됨으로써 실제로 위 단서 규정은 시행된 적이 없는 점, ④ 소득세법에 따른 사업자등록은 과세관청으로 하여금 납세의무자와 그 사업내용의 파악을 용이하게 하여 근거과세와 수세확보 등 과세행정의 편의를 도모하고 나아가 공평 과세를 구현하려는 데에 목적이 있는 것으로 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록과는 목적과 취지를 달리하는 점, ⑤ 이 사건 시행령규정은 2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정된 직후부터 줄곧 소득세법 제168조에 따른 사업자등록의 요건과 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록의 요건을 별개의 요건으로 규정하고 있는 점, ⑥ 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하고, 특히 감면요건의 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 시행령조항을 적용함에 있어 분리과세 임대소득만 있는 사업자의 경우에는 소득세법에 따른 사업자등록이 필요하지 않다고 해석하는 것은 명백히 비과세 특혜의 요건을 정하고 있는 법 문언을 넘는 해석으로 그와 같이 해석할 합리적 이유나 근거가 있다고 보기 어려우므로 원고의 위 주장은 이유 없다.

4) 실질과세의 원칙에 반하는지 여부

실질과세의 원칙은 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 조세공평의 원칙을 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012.1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 참조).

살피건대, 조세법률주의의 원칙상 소득세법상 사업자등록의 요건과 민간임대주택법상 임대사업자등록은 각각 이 사건 시행령조항을 적용받기 위하여 갖추어야 하는 별개의 요건에 해당하는 이상, 실질과세의 원칙에 의하더라도 이 사건 양도에 있어 1세대 1주택 특례규정을 적용받기 위하여 이 사건 주택에 관하여 장기임대주택으로 임대하고 있다는 요건과 함께 민간임대주택법상의 임대사업자등록 및 소득세법상 사업자등록이라는 공법상의 요건을 그 실질에 있어 모두 갖추고 있다고 볼 수 있는 정도에 이르러야 한다. 따라서 사업자등록을 하지 아니한 채 이 사건 주택을 임대한 원고 세대에게 이 사건 시행령조항을 적용하지 아니하는 것이 실질과세의 원칙에 위반된다고 볼아무런 근거가 없다.

5) 조세평등원칙에 반하는지 여부

조세평등주의는 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다(헌법재판소 2000. 2. 24. 선고 98헌바94 결정 등 참조).

살피건대, 2018. 4.경부터 주택임대사업자가 지방자치단체장에게 임대사업자등록을 신청하면서 관할 세무서를 따로 방문할 필요 없이 기관 간에 전산상 연계하여 사업자등록 처리를 해주는 ⁠‘주택임대사업자등록 신청 간소화 서비스’가 시행되고 있고, 2019.12. 16. 발표된 ⁠“주택시장 안정화 방안”에 의하여 2019. 12. 17.부터 2020. 6. 30.까지의 기간 동안 조정지역 내 주택을 양도하는 경우 다주택자에 대한 양도소득세 중과세를 한시적으로 유예하여주는 제도가 시행되기는 하였다.

그러나 ① 위 간소화 서비스는 임대사업자의 등록 편의 제고를 위한 목적에서 마련된 것으로서, 지방자치단체에 임대사업자로 등록하려는 자가 소득세법 제168조 제1항에 따른 사업자등록을 같이 하려는 경우에는, 임대사업자등록 신청서와 함께 소득세법에 따른 사업자등록 신청서를 함께 제출하여야 하는바(민간임대주택법 시행규칙 제2조 제2항), 관할 세무서의 방문 없이 지방자치단체에서 임대사업자등록 신청과 더불어 소득세법상 사업자등록신청을 한 번에 할 수 있도록 등록업무를 간이화한 것에 불과할 뿐 원고의 주장과 같이 임대사업자등록신청만 하면 되는 제도가 아닌 점, ② 다주택자에 대한 양도소득세 중과제도는 투기적 목적의 주택 거래를 방지하고, 이를 통해 주택이라는 한정된 재화가 일부에 집중되는 것을 막음으로써 국민들의 주거생활 안정이라는 공익을 실현하기 위한 것인데, 조세당국이 위와 같이 일정기간 그 중과제도를 한시적으로 유예한 것은 주택시장의 안정이라는 정책적 목적을 위한 것이므로 합리적 이유가 있는 점, ③ 조세는 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조절 등 여러 가지 기능을 가지고 있으므로, 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 제도 등은 당시경제ㆍ사회정책 등 국정 전반에 걸친 종합적인 정책 판단을 통해 신축적으로 변할 수밖에 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 양도 이후 조세 영역에서 관련 제도 등이 간이하게 개선되거나 다주택자의 양도소득에 대해 중과세율 적용이 한시적으로 유예되었다는 사정만으로 현재의 납세자에 비하여 원고를 합리적 이유 없이 현저히 불리하게 차별하였다고 보기는 어려우므로 조세평등원칙에 반한다는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 01. 28. 선고 서울행정법원 2021구단56131 판결 | 국세법령정보시스템