요지

후발적 사유로 당초 세금계산서상의 공급가액이 감소함에 따라 매입세액공제액 감소로 인하여 발생한 부가가치세 증가분을 그 후발적 사유가 발생한 연도의 부가가치세의 부과기간의 납부세액에 추가하여 신고․납부해야 할 의무가 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 7. 2. 원고에게 한 2018년 제1기 부가가치세에 대한 일반과소 신고가산세107,316,200원 및 납부불성실가산세 210,729,530원 합계 318,045,730원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 1) 원고는 종합 레저 및 스포츠사업과 그 관련 사업 등을 영위하는 법인으로,1990. 11. 20.경부터 국유지인 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 산 109-7 임야 198,850㎡등 4필지(이하 ⁠‘이 사건 국유지’라 한다)에 대하여 ○○청으로부터 사용허가를 받아 스키장 용지의 일부로 사용하여 왔다.

2) 총괄청은 2013. 2. 15. ○○○국립공원 내에 있는 이 사건 국유지가 체육시설로 활용되고 있어 이를 행정재산으로 볼 수 없고 국유재산법상의 ⁠‘일반재산’으로 보아야 한다는 이유로 이 사건 국유지에 대하여 용도폐지처분을 한 후에 ○○○○관리공사에게 이 사건 국유지의 관리·처분 업무를 위탁하였다.

나. 1) 원고는 2013. 5. 23. 대한민국의 수탁기관인 ○○○○관리공사와 이 사건 국유지에 관하여 대부기간 2013. 6. 13.부터 2014. 6. 12.까지, 대부료 575,603,790원(부

가가치세 별도)으로 하는 대부계약을 체결하였다.

2) 원고는 2014. 6. 13. 대한민국의 수탁기관인 ○○○○관리공사와 이 사건 국유지에 관하여 대부기간 2014. 6. 13.부터 2019. 6. 12.까지, 대부료 연 2,496,451,100원(부가가치세 별도)으로 하고, 다음 연도의 대부료는 국유재산법 시행령에 따라 매년 결정하기로 하는 내용으로 대부계약을 체결하였다(이하, 위 각 대부계약을 통틀어 ⁠‘이 사

건 대부계약’이라 한다).

3) 이 사건 대부계약에 따라 원고는 2014. 6. 13. ○○○○관리공사에게 2014. 6.13.부터 2015. 6. 12.까지의 대부료 2,746,096,210원(부가가치세 포함, 이하 ⁠‘1차 대부료’라 한다)을 지급하였고, 2015. 6. 15. 대한민국 또는 피고 공사 중 누가 채권자인지

알 수 없다는 이유로 대한민국과 ○○○○관리공사를 피공탁자로 하여 2015. 6. 13.부

터 2016. 6. 12.까지의 대부료 2,808,507,480원(부가가치세 포함, 이하 ⁠‘2차 대부료’라한다)을 변제공탁 하였으며, 그 후 ○○○○관리공사는 대한민국의 동의를 받아 위 공탁금을 수령하였다.

4) 원고는 2016. 6. 13. 다시 대한민국 또는 ○○○○관리공사 중 누가 채권자인지 알 수 없다는 것을 이유로 대한민국과 ○○○○관리공사를 피공탁자로 하여 2016. 6.13.부터 2017. 6. 12.까지의 대부료 2,808,507,480원(부가가치세 포함)을 변제공탁(이하‘이 사건 변제공탁’이라 한다)하였다.

5) 원고는 2017. 6. 12. ○○○○관리공사에게 2017. 6. 13.부터 2018. 6. 12.까지의 대부료 2,808,507,480원(부가가치세 포함, 이하 ⁠‘3차 대부료’라 한다)을 지급하였다.

다. 1) 한편, 원고는 이 사건 대부계약이 무효라고 주장하며 한국자산공사를 상대로 1차 대부료로 지급된 금액 상당액의 부당이득반환을 구하는 소(○○○○지방법원 20○○가합543○○○)를 제기하였다. 위 법원은 ⁠‘총괄청의 위 용도폐지는 이 사건 국유지가 국립공원구역으로 행정재산임에도 국립공원구역 해제 등의 조치 없이 일반재산으로 용도 폐지한 것이어서 무효이고, 따라서 행정재산에 대한 사법상의 대부계약인 이 사건 대부계약 역시 무효이나, 대한민국의 수탁기관에 불과한 한국자산관리공사가 대부료 상당의 이익을 취득한 것으로 볼 수 없다’는 이유로 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고 하였다. 이에 대하여 원고가 항소하였고, 그 항소심(○○고등법원 20○○나2061○○○) 법원도 위 1심 법원의 위 판단 내용과 동일한 취지로 원고의 항소를 기각하였으며, 그후 위 항소심 판결은 2016. 6. 1. 그대로 확정되었다.

2) 원고는 2015. 12. 3. 대한민국을 주위적 피고로 하고, 한국자산관리공사를 예비적 피고로 하여 총괄청의 이 사건 국유지의 용도폐지는 무효이므로 이 사건 대부계약은 무효라는 등의 주장을 하며 2014. 6. 13.부터 2017. 6. 12.까지의 대부료로 지급된금액 중 일부인 6,306,404,577원(1차 대부료 2,746,096,210원 중 2,118,688,079원, 2차

대부료 2,808,507,480원 중 2,124,632,618원, 이 사건 변제공탁금 2,808,507,480원 중2,063,083,880원의 합계)의 부당이득반환을 구하는 소(○○○○지방법원 20○○가합576○○○)를 제기하였다. 위 법원은 2017. 3. 31. ⁠‘총괄청의 위 용도폐지는 이 사건 국유지가 국립공원구역으로 행정재산임에도 국립공원구역 해제 등의 조치 없이 일반재산으로 용도 폐지한 것이어서 무효이고, 행정재산에 대한 사법상 대부계약인 이 사건 대부계약은 무효이며, 이 사건 대부계약에 따른 대부료 상당 이익은 이 사건 대부계약의

당사자인 대한민국에 귀속되므로 대한민국은 원고에 대하여 부당이득반환의무를 부담하고, 다만 이 사건 변제공탁은 변제로서 효력이 없으므로 이 사건 변제공탁금은 대한

민국의 원고에 대한 부당이득반환의무의 범위에 포함되지 않는다’는 이유로, 대한민국 에 대하여 원고에게 부당이득으로 4,243,320,697원[1차 대부료(2014. 6. 13.부터 2015.6. 12.까지의 대부료) 2,746,096,210원 중 원고가 구하는 2,118,688,079원과 2차 대부료(2015. 6. 13.부터 2016. 6. 12.까지의 대부료) 2,808,507,480원 중 원고가 구하는2,124,632,618원을 합산한 금액] 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 명하고, 원고의 ○○○○관리공사에 대한 청구와 대한민국에 대한 나머지 청구를 기각하는 판결을 선고하였다.

이에 대하여 원고와 대한민국이 ○○고등법원 20○○나2022○○○호로 항소하였는데,위 항소심 법원은 2017. 8. 30. 위 1심 법원과 동일한 이유로 이 사건 대부계약이 무효이고, 이 사건 대부계약에 따른 대부료 상당 이익의 귀속 주체는 대한민국이라고 판단하고서, 이 사건 변제공탁금은 무효인 이 사건 대부계약에 따른 대부료 채무에 관한 것으로 존재하지 않는 채무에 대한 공탁이어서 변제로서 효력이 없으므로, 대한민국은 원고에게 위 4,243,320,697원을 반환할 의무가 있다는 이유로, 위 1심 판결의 원고와 대한민국에 대한 부분 중 대한민국에 대하여 원고에게 위 4,243,320,697원 및 이에 대하여 항소심 법원에서 인정되는 지연손해금을 초과하여 지급을 명한 부분을 취소하고,그 취소 부분에 해당하는 원고의 대한민국에 대한 청구를 기각한다는 등의 내용으로 판결을 선고하였다.

이에 대하여 원고와 대한민국이 제기한 상고(○○원 20○○다266○○○)가 2018. 2. 8.기각됨에 따라, 그 무렵 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다.

3) 원고는 2017. 9. 14. 대한민국을 주위적 피고로 하고, ○○○○관리공사를 예비적 피고로 하여 총괄청의 이 사건 국유지의 용도폐지는 무효이므로 이 사건 대부계약은 무효라는 등의 주장을 하며 3차 대부료(2017. 6. 13.부터 2018. 6. 12.까지의 대부료)의 일부인 1,995,995,770원의 부당이득반환을 구하는 소(○○○○지방법원 20○○가합563○○○)를 제기하였다. 위 법원은 2018. 4. 5. 위 각 확정판결 이유와 마찬가지로 위 용도폐지가 무효이므로, 이 사건 대부계약이 무효이고, 대한민국이 원고에 대하여 4차대부료 상당액의 이익 귀속 주체라고 판단하여, 대한민국에 대하여 원고에게 위1,995,995,770원 및 이에 대한 지연손해금의 지급을 명하고, 원고의 한국자산관리공사 에 대한 청구를 기각하는 판결을 선고하였다. 위 판결은 2018. 4. 18. 그대로 확정되었다(위 각 판결들을 총칭하여 ⁠‘관련 민사판결’이라 한다).

라. 대한민국은 이 사건 대부계약에 따라 기지급된 대부료를 원고에게 2017. 6. 12.48억 원, 2918. 4. 26. 50억 원, 2019. 12. 31. 27억 원을 반환하였는데, 위 반환금의구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다. 위 반환금액에는 원고가 부가가치세로 납부한 금액인 1,073,162,060원이 포함되어 있는데, 원고는 기존 부가가치세 신고시에 위 부가가치세 1,073,162,060원 상당액을 매입세액으로 공제받았다(이하 ⁠‘쟁점 매입세액’이라

한다) .마. 관련 민사판결 이후 이 사건 국유지에 대한 업무를 이관 받은 ○○청 ○○○○○○청 ○○국유림관리소(이하 ⁠‘○○국유림관리소’라 한다)는 이 사건 국유지가 행정재산

임을 전제로 한 사용료를 산정하여 2019. 12. 6.경 원고에게 2013년분부터2019년분 까지의 이 사건 국유지의 사용료(부가가치세 포함)를 2020. 2. 2.까지 납부할 것을 고지하였다. 원고는 2020. 2. 3.경 이 사건 국유지의 위 사용료를 납부하였으며, 무주국유림관리소는 2020. 2. 11. 원고에게 이에 대한 세금계산서를 발급하였다

바. 1) 이 사건 국유지의 수탁자인 ○○○○관리공사는 2020. 1. 22. 수정사유를 계약의 해제나 공급가액변동으로 하고, 작성일자를 2018. 2. 8., 2018. 4. 5. 내지 2018.5. 17.로 하여 이 사건 대부계약에 따른 2013년도분부터 2017년도분까지의 대부료에 해당하는 공급가액을 모두 음(陰)으로 하는 각 수정세금계산서를 발급하였다.

2) 원고는 2020. 4. 27.경 위 각 수정세금계산서의 작성일자가 속하는 과세기간인2018년 제1기 예정·확정 부가가치세를 수정신고하고, 쟁점 매입세액 상당의 부가가치

세를 납부하였다.

사. 피고는 2020. 7. 2. ⁠‘쟁점 매입세액은 2018년 제1기 부가가치세로 그 납세의무의성립시기가 2018년임에도, 원고가 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간에 2018년 제1기 부가가치세를 신고를 하면서 쟁점 매입세액 1,073,162,060원을 납부세액에 가산하여 신고하지 않아 쟁점 매입세액 상당을 과소신고 하였다’는 이유로, 원고에게 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되어 2019. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하같다) 제47조의3에 따른 일반과소신고 가산세 107,316,200원과 구 국세기본법 제47조의4에 따른 납부지연 가산세 210,729,530원 합계 318,045,730원의 가산세를 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

아. 원고는 2020. 9. 29. 이 사건 처분에 대하여 심판청구를 하였으나, 조세심판원은

2021. 4. 21. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,

이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1) 원고는 2018년 제1기 부가가치세 신고기간까지 수정세금계산서를 발급받지 못하였고 쟁점 매입세액 역시 대한민국으로부터 환급받지 못하였으며, 2020. 1. 22.에야 수정세금계산서를 발급받았다. 따라서 쟁점 매입세액은 수정세금계산서 교부일이 속하는 과세기간인 2020년 제1기 부가가치세의 납부세액에 포함하여 신고·납부되어야 할뿐이므로, 원고는 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간 내에 2018년 제1기 부가가치세를 신고할 당시 쟁점 매입세액을 납부세액에 포함하여 신고·납부할 의무가 없다.

2) 설사 원고에게 2018년 제1기 부가가치세 신고기간까지 쟁점 매입세액을 2018년 제1기 부가가치세의 납부세액에 포함하여 신고·납부할 의무가 있다 하더라도, 원고는 2018년 제1기 부가가치세 신고기간까지 수정세금계산서를 발급받지 못하였고, 쟁점매입세액을 국가로부터 환급받지도 못한 상태였으므로, 원고에 대하여 원고 스스로2018년 제1기 부가가치세 신고 당시 쟁점 매입세액을 납부세액에 포함하여 신고·납부할 것을 기대할 수는 없다. 따라서 원고에게는 가산세를 면할 정당한 사유가 존재한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고에게 2018년 제1기 부가가치세 신고기간까지 쟁점 매입세액을 납부세액에 가산하여 신고·납부할 의무가 있는지 여부

가) 구 부가가치세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하같다) 제32조 제7항은 ⁠‘세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하수정세금계산서"라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 "수정전자세금계산서"라한다)를 발급할 수 있다.’라고 규정하고, 그 위임을 받은 구 부가가치세 시행령(2019.2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제70조는 제1항은 법 제32조제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다고 규정하고, 제2호에 ⁠‘계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의표시를 하여 발급’으로 규정하고, 제3호에 ⁠‘계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우: 증감 사유가 발생한 날을 작성일로 적고 추가되는금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를하여 발급’으로 규정하고 있다.위 각 규정에 의하면, 수정세금계산서는 당초 세금계산서를 적법하게 발행한후에 당초 세금계산서의 기재사항에 오류나 착오 기재가 있는 경우나, 계약의 해제, 해지 등으로 당초 교부한 세금계산서의 공급가액에 변동이 생기거나 계약 내용의 변동으로 당초 교부한 세금계산서의 공급가액에 증감사유가 발생한 경우 등과 같이 후발적으로 공급가액에 변동이 생기는 경우에 당초 교부한 세금계산서에 대한 수정이라고 할수 있다.

그리고 구 부가가치세 시행령 제70조 제1항 제2호, 제3호는, 계약의 해제나해지 등에 따라 당초의 세금계산서에 기재된 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는금액이 발생한 경우에는 수정세금계산서의 작성일을 계약의 해제일(계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우)이나 증감사유가 발생한 날(계약 해지 등에 따라 공급가액에 추가되거나 차감되는 금액이 발생한 경우)로 적어 발급하도록 규정하고 있다. 그 취지는 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성 일자로하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있다(대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두8178 판결).

나) 이 사건으로 돌아와 보건대, 위 인정사실과 위에서 거시한 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정과 앞서 본 법리를 종합하여 보면, 원고는 2018년 제1기 부가가치세 신고기간까지 쟁점 매입세액을 2018년 제1기 부가가치세의 납부세액에 가산하여 신고·납부할 의무가 있다고 할 수 있다. 따라서 원고의 위주장은 이유 없다.

① ○○○○관리공사는 대한민국의 수탁자의 지위에서 원고로부터 이 사건 대부계약에 따라 2013년도분부터 2017년도분까지 부가가치세가 포함된 대부료를 지급받고 원고에게 각 세금계산서를 발행하였고, 원고는 그 과정에서 매년 기존 부가가치세 신고를 하고서 쟁점 매입세액인 위 부가가치세 1,073,162,060원 상당액을 매입세액으로 공제받았다. 그런데 위에서 본 바와 같이 관련 민사판결에서 이 사건 대부계약이무효로 판단됨에 따라 ○○○○관리공사가 원고에게 애초 교부한 세금계산서의 공급가액 전부가 차감되는 사유가 발생하였다고 할 수 있으므로, 이는 당초 세금계산서가 발급된 후에 계약의 해지 등으로 후발적으로 공급가액에 변동이 생기는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 한국자산관리공사에 구 부가가치세법 제32조 제7항, 제8항,같은 법 시행령 제70조 제1항 제3호에 의하여 수정세금계산서를 발급해야 할 의무가 발생하였다.

② 구 부가가치세 시행령 제70조 제1항 제3호의 취지는 당초 세금계산서상의공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있음은 앞서 본 바와 같다. 따라서 ○○○○관리공사는 당초의 세금계산서에 기재된 공급가액에 차감 사유가 발생한 날로 봄이 타당한 관련 민사판결의 각 확정일을 작성일로 기재한 수정세금계산서를 위 각 확정판결의 선고일이 속하는 2018년 제1기 부가가치세의 부과기간에 대한 확정신고 기한까지 발급하였어야 하고, 원고가 기존에 부가가치세를 신고하면서 공제받은 쟁점 매입세액 상당의 매입세액 감소로 인하여 발생한 부가가치세 증가분은 위 공급가액 차감사유가 발생한 날이 속하는 부가가치세의 과세기간인 2018년 제1기 부가가치세의 납부세액에 산입되어야 한다.

③ 비록 ○○○○관리공사가 2020. 1. 22.에야 비로소 수정세금계산서를 지체발급한 사정이 있더라도, ○ 부가가치세는 재화나 용역의 유통과정의 각 단계에서 창출되는 부가가치를 과세표준으로 하는 조세이고, 부가가치세법은 사업자가 공급한 재화나 용역의 매출세액에서 그가 다른 사업자로부터 공급받은 재화나 용역에 대한 매입세액을 공제하여 납부세액을 신고·납부하게 하는 전단계 세액공제법을 채택하고 있는점, ○ 부가가치세법은 납세의무자가 스스로 부가가치세의 과세표준과 세액을 신고하여 채무를 확정짓는 신고납세방식을 채택하고 있으므로, 재화나 용역의 공급에 따른납세의무가 있는지를 확인하여 과세표준과 세액을 신고·납부할 의무는 납세자인 원고 에게 있는 점, ○ 당초 교부한 세금계산서의 공급가액에 변동사유가 발생한 경우에 발급하는 수정세금계산서는 그 변경사유가 발생한 과세연도의 부가가치세에 영향을 주므로 그 사유가 발생한 사유가 속하는 과세기간 내에 수정세금계산서를 발급하여야 하고, 그 과세기간이 경과한 후에 수정세금계산서를 발급하는 경우에는 구 부가가치세법제39조 제1항 제1호에 따라 사실과 다른 세금계산서가 되어 그 매입세액이 공제되지 않을 수 있는 점, ○ 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 수정세금계산서를 발급하도록 한 취지는, 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있으므로, 수정세금계산서가 그 발급사유가 발생한 과세연도의 부가가치세의 과세기간이 경과한 후에 발급되었다는 사정으로 공급가액의 감액 사유 발생으로 인한 그 감액된 공급가액 상당금을 납부세액에 포함해야 할 부가가치세의 과세연도나 과세기간이 달라지는 것은 아닌 점, ○ 구 부가가치세법은 제49조에서 ⁠‘사업자는 각 과세기관에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다’고 규정하고 있고, 제57조에서 ⁠‘납세지 관할 세무서장 등은, 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 세금계산서합계표 등이 사실과 다르게 적혀 있는 경우 등에는, 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명자료를 근거로 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정할 수 있다’고 규정하고 있으며, 또한 관련 민사판결에서 이 사건 대부계약이 무효로 판단되었으므로, 원고는 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간까지 한국자산관리공사로 부터 수정세금계산서를 교부받지 못하였더라도 기존 부가가치세 신고를 할 때 이 사건대부계약이 유효함을 전제로 공제받은 쟁점 매입세액 전액을 2018년 제1기 부가가치세의 과세기간에 대한 납부세액에 산입하여 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간까지 이를 신고·납부할 수 있었다고 봄이 타당한 점 등을 고려하면, 원고는 2018년 제1기부가가치세의 신고기간까지 쟁점 매입세액을 2018년 제1기 부가가치세의 납부세액에 산입하여 신고·납부할 의무가 있다고 할 수 있다.

(원고는 대법원 2009두19984 판결을 근거로 내세우며 수정세금계산서가 실제로 교부된 쟁점 매입세액은 2020. 1. 22.이 속한 2020년 제1기 부가가치세 부과기간의 납입세액에 포함되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나, 위 대법원 판결은 후발적 사유로 당초 세금계산서상의 공급가액이 감소함에 따라 그 후발적 사유가 발생한 연도의 부가가치세의 부과기간 내에 수정세금계산서를 교부받은 사안에서 매입세액공제액 감소로 인하여 발생한 부가가치세 증가분에 관한 부과제척기간 기산일을 수정세금계산서교부일이 속하는 과세기간의 과세표준 신고기한 다음날로 판시한 것이다. 따라서 위대법원 판결의 취지가 원고 주장과 같이 후발적 사유로 당초 세금계산서상의 공급가액이 감소함에 따라 그 후발적 사유의 발생일이 속하는 연도의 부과기간에 해당하는 부가가치세의 신고기간이 지난 후에 수정계산서가 교부된 경우에 매입세액공제액 감소로 인하여 발생한 부가가치세 증가분을 수정계산서가 실제로 교부된 날에 속하는 연도의부과기간의 부가가치세의 납부세액에 산입하여 신고․납부하도록 한 것이라고 볼 수없고, 오히려 위 대법원 판결은 후발적 사유로 당초 세금계산서의 공급가액이 변경된 경우 그 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영해야 한다는 취지의 앞서 본 대법원 2011두8178 판결과 그 취지를 같이 한다고 볼 수 있다 따라서 원고의 위 주장은 이유 없다.)

④ 관련 민사판결에서 이 사건 대부계약이 무효라고 판단됨에 따라 대한민국은 원고에게 2013년분부터 2017년분까지의 기지급 대부료 등을 2017. 6. 12. 48억 원,2918. 4. 26. 50억 원, 2019. 12. 31. 27억 원 합계 125억 원을 반환하였는데, 그중 2018년 제1기 부가가치세 신고기간 내에 반환된 돈은 2017. 6. 12. 48억 원, 2018. 4.26. 50억 원 등 합계 98억 원으로 쟁점매입세액을 초과하는 점, 공급되는 용역에 대한대가를 받기로 하고 타인에게 용역을 공급한 이상 그 대가를 실제로 받았는지의 여부는 부가가치세 납부의무의 성립 여부를 결정하는 데 아무런 영향도 미칠 수 없는 것인 점(대법원 1997. 11. 14. 선고 97누11164 판결 등 참조) 등을 고려하면, 설사 원고가2018년 제1기 부가가치세 신고기한까지 쟁점 매입세액을 국가로부터 환급받지 못하였다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간까지 쟁점매입세액을 위 부가가치세의 납부세액에 가산하여 신고·납부할 원고의 의무를 부정할수 없다.

2) 가산세 면제사유의 존재 여부

가) 구 국세기본법은 제47조 제1항에서 ⁠‘정부는 세법에서 규정한 의무를 위반한자에게 이 법 또는 세법에서 정하는 바에 따라 가산세를 부과할 수 있다.’라고 규정하고, 제47조의3 제1항에서 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 한 경우로서 과세표준 또는 납부세액을 신고하여야 할 금액보다 적게 신고한 경우에는 과소신고가산세를 부과하도록 규정하며, 제47조의4 제1항에서 납세의무자가 세법에 따른 납부기한까지 국세의 납부를 하지 아니하거나 납부하여야 할 세액보다 적게 납부한 경우에는 납부불성실가산세를 부과하도록 규정하고 있다

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 또한 가산세는 세법에서 규정한 신고·납세 등의무 위반에 대한 제재인 점, 구 국세기본법이 세법에 따른 신고기한이나 납부기한까지 과세표준 등의 신고의무나 국세의 납부의무를 이행하지 않은 경우에 가산세를 부과하도록 정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 가산세를 면할 정당한 사유가 있는지는 특별한 사정이 없는 한 개별 세법에 따른 신고·납부기한을 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2022. 1. 14. 선고 2017두41108 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정사실과 위에서 거시한증거들 및 갑 제8호증의 기재에다가 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고에게 2018년 제1기 부가가치세 신고기간까지 쟁점 매입세액을 2018년 제1기 부가가치세의 납부세액에 가산하여 신고·납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나, 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

① 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우수정세금계산서를 발급하도록 한 취지는, 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있으므로, 수정세금계산서가 그 발급사유가 발생한 과세연도의 부가가치세의 신고․과세기간이 경과한 후에 발급되었다는 사정으로 공급가액의 감액 사유 발생으로 인한 그 감액된 공급가액 상당금을 납부세액에 산입해야 할 부가가치세의 과세연도나 과세기간이 달라지는 것은 아니다.

② 관련 민사판결에서 이 사건 대부계약이 무효로 판단되고 이를 이유로 대한민국에 대하여 원고에게 부당이득한 기지급된 대부료를 반환할 것을 명한 점에 비추어보면, 늦어도 관련 민사판결이 확정될 무렵 원고는 기납부한 대부료 및 그에 포함된 부가가치세를 모두 부당이득으로 반환받는다는 것을 2018년 제1기 부가가치세의 부과기간 내에 알았다고 할 수 있다. 따라서 원고는 이 사건 대부계약이 유효함을 전제로 기존 부가가치세 신고를 할 때 공제받은 쟁점 매입세액을 2018년 제1기 부가가치세의 납부세액에 산입하여 신고․납부해야 함을 알았거나 알 수 있었고, 또한 비록 원고가 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간까지 한국자산관리공사로부터 수정세금계산서를 교부받지 못하였더라도, 기존 부가가치세 신고를 할 때 쟁점 매입세액 전액을 2018년제1기 부가가치세의 과세기간에 대한 납부세액에 산입하여 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간까지 이를 신고·납부할 수 있었다고 봄이 타당하다.

③ 관련 민사판결에서 이 사건 국유지는 위 용도폐지의 무효로 여전히 행정재산에 해당하여 이 사건 대부계약이 무효이므로 대한민국이 이 사건 대부계약에 따라 기지급받은 대부료를 원고에게 반환해야 할 의무가 있는 것으로 판단된 이상, 원고가 무효인 이 사건 대부계약에 따른 대부기간 동안 이 사건 국유지를 사용한 것은 행정재산을 사용한 것에 해당하므로, 원고와 대한민국 사이에 행정재산의 사용료 정산문제가 남게 된다. 그러나 위 정산문제가 이 사건 대부계약의 무효에 따른 기지급된 대부료의 반환과 관련된 2018년 제1기 부가가치세의 공급가액 변동에 따라 원고가 쟁점 매입세액을 신고․납부해야 할 부가가치세의 과세연도와 과세기간에 영향을 미친다고 볼 수 없다. 따라서 설사 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간까지 원고와 대한민국 측 사이에 무효인 이 사건 대부계약에 따른 대부기간 동안 이 사건 국유지의 행정재산의 사용료에 대하여 어떠한 약정을 한 바 없더라도, 이와 같은 사정으로 원고가 2018년 제1기부가가치세의 신고기간까지 쟁점 매입세액을 2018년 제1기 부가가치세의 납부세액에 포함하여 신고·납부하지 않은 것이 정당화될 수 없다.

④ 구 부가가치세법 제34조의2에서 ⁠‘사업자의 부도·폐업 등으로 사업자가 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서를 발급하지 아니한 경우’를 매입자 스스로 수정세금계산서를 발급할 수 있는 경우로 규정하고 있고, 위 제도의 취지가 매입자의 권리보호 강화에 있다는 점을 고려하면, 이는 제한적 열거 규정이라기보다는 예시적 규정으로 보는 것이 타당하므로, 원고가 위 제도를 통해 관련 민사판결 등을 근거로 하여 수정세금계산서를 발급받는 것이 불가능하였다고 단정하기 어렵다. 또한, 매입자발 행세금계산서가 원고의 주장과 같이 매입자에게 혜택을 주는 제도라 하더라도, 그와 같은 사정만으로 원고의 납세의무가 없어진다고 볼 수 없고, 원고는 매입자발행세금계산서를 이용하여 쟁점 매입세액을 2018년 1기 부가가치세 납부세액에 가산하여 신고·납부를 함으로써 가산세를 부과 받지 않을 혜택을 스스로 포기한 것에 해당한다고 볼 수 있으므로, 이에 따른 이 사건 가산세의 부과가 부당하다고 볼 수 없다.

⑤ 원고는, 수정세금계산서가 교부되지 않은 상태에서 계약의 해제 등 후발적사유가 발생한 때가 속하는 부가가치세의 부과기간에 공급가액의 증감을 반영하도록 해석하는 것은 세법상 근거가 없으므로, 원고가 2018년 제1기 부가가치세의 신고기간까지 쟁점 매입세액을 2018년 1기 부가가치세의 납입세액에 산입하여 신고․납부하지 않은 것은 세법이 규정한 의무를 위반한 경우에 해당하지 않는다고 주장한다. 그러나, 구 국세기본법 제21조 제1항 제7호, 제22조 제1항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12.대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제10조의2 제1호의 각 규정에 의하면, 부가가치세의 납세의무는 과세기간이 끝나는 때에 성립하고, 부가가치세 등의 신고납세방식의 조세는 원칙적으로 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 정하여 신고하는 행위에 의하여 납세의무가 구체적으로 확정되며, 그 납부행위는 신고에 의하여 확정된 구체적 납세의무의 이행으로 하는 것인 점(대법원 2018. 9. 13. 선고 2016두53326 판결 등 참조), 앞서 본 구 부가가치세 시행령 제70조 제1항 제2호, 제3호에서 당초 세금계산서상의 공급가액이 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 수정세금계산서를 발급하도록 한 취지는, 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영할 수 있도록 하고자 하는 것이라고 할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 이 사건과 같이 후발적 사유로 당초 세금계산서상의 공급가액이 감소함에 따라 매입세액공제액 감소로 인하여 발생한 부가가치세 증가분을 그 후발적 사유가 발생한 연도의 부가가치세의 부과기간의 납부세액에 추가하여 신고․납부해야 할 의무는 구 국세기본법 제21조 제1항 제7호, 제22조 제1항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기전의 것) 제10조의2 제1호, 구 부가가치세법 제32조 제7항, 같은 법 시행령 제70조 제1항 제2, 3호에 따른 의무라고 할 수 있으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

⑥ 원고의 기업 규모나 사업운영 실적, 관련 민사판결의 진행 경과, 확정시기와 그 판결의 내용, 그에 따른 대부료의 반환 등 제반 사정을 종합하면, 원고가 쟁점매입세액을 2018년 제1기 부가가치세의 납부세액에 가산하여 신고·납부하지 못한 것에 원고에게 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있다거나 그 의무의 이행을 원고에게 기대하기 어려운 사정이 있었다고 볼 수 없고, 그 외 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 원고가 그 신고 및 납부의무를 이행하지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있다고 볼 만한 사정이 있다고 볼 수도 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 전주지방법원 2022. 11. 10. 선고 전주지방법원 2021구합1906 판결 | 국세법령정보시스템