요지

피고 역시 이 사건 당초 소득금액변동통지 및 이전소득금액통지 당시 특수전분에 한정하지 아니하고 모든 상품의 매출액을 근거로 정당 사용료의 범위를 산정한 것으로 보이므로 이 사건 원계약의 대상이 특수전분으로 한정된다는 피고의 주장은 이 사건 이전소득금액통지의 경위와도 부합하지 아니함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고에 대하여,

  가. 피고 BB지방국세청장이 한 ⁠[별지 1-1] ’이전소득금액통지 내역표‘의 ’이전소득금액‘란 기재 각 이전소득금액통지 및,

  나. 피고 RR세무서장이 한 ⁠[별지 2] ’법인세 부과내역표‘의 ’부과세액‘란 기재 각 법인세 및 농어촌특별세(가산세 포함)의 부과처분을

  모두 취소한다.

1. 소송비용은 피고들이 부담한다.

청 구 취 지

주위적 청구 : 주문 제1항과 같다.

예비적 청구 : 원고에 대하여, 피고 BB지방국세청장이 한 ⁠[별지 1-2] ⁠‘이전소득금액통지 내역표’의 ⁠‘이전소득금액’란 기재 각 이전소득금액통지, 피고 RR세무서장이 한 ⁠[별지 2] ⁠‘법인세 부과내역표’의 ⁠‘부과세액’란 기재 각 법인세 및 농어촌특별세(가산세 포함)의 부과처분 및 ⁠[별지 3] ⁠‘법인(원천)세 징수처분 내역표’의 ⁠‘부과세액’란 기재 법인(원천)세(가산세 포함) 징수처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고(변경 전 상호: CC코리아 유한회사)는 1998. 12.경 미국에 본사를 둔 CC(변경 전 상호: CC 인터내셔널, 이하 ⁠‘미국 본사’라 한다)의 국내 자회사로 설립되어, 전분당, 전분(일반전분 및 특수전분), 옥분(옥수수가루) 등을 제조 및 판매하는 회사이다.

  나. 원고는 1999. 12. 18. 미국 본사와 ⁠‘DDD 기술 라이센스 계약(DDD Technology LiceNNe Agreement, 이하 ’이 사건 최초 사용료 계약‘이라 한다)을 체결하고 상표권 및 노하우 등을 제공받는 대가로 순매출액의 2%에 해당하는 사용료를 지급하기로 약정하였다.

  다. 미국 본사는 2000. 12. 1. 100% 자회사인 EEE와 사이에 상표, 서비스표, 생산 및 기술 관련 노하우, 영업비밀, 기타 기술 정보, 특허 등에 관한 수익권을 이전하는 내용의 계약을 체결하였다.

  라. 이에 원고는 2011. 7. 1. EEE와 사이에 ⁠‘상표 및 기술 라이센스, 기술지원에 관한 계약(Trademark and Technology License and Technical Assistance Agreement)’(이하 ⁠‘이 사건 원계약’이라 한다)을 체결한 다음, 2013. 1. 1. EEE와 사이에 이 사건 원계약에 관한 1차 수정계약(이하 ⁠‘이 사건 1차 수정계약’이라 한다)을, 2015. 1. 1. EEE와 사이에 이 사건 원계약에 관한 2차 수정계약(이하 ⁠‘이 사건 2차 수정계약’이라 한다)을 각 체결하였다.

  마. 원고는 이 사건 원계약 및 이 사건 1, 2차 수정계약(이하 이를 통틀어 ⁠‘이 사건 계약 등’이라 한다)을 체결한 이후 EEE에게 순매출액의 3%에 해당하는 금원을 사용료(이하 ⁠‘이 사건 쟁점 사용료’라 한다) 명목으로 지급하면서, 대한민국과 미합중국간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 ⁠‘한-미 조세조약’이라 한다) 제14조에서 정한 15%의 세율을 적용하여 원천징수납부하였다.

[이 사건 쟁점 사용료 지급 내역]

  바. 피고 BB지방국세청장은 2017. 4. 4.부터 2018. 3. 31.까지 원고의 2012 사업연도 내지 2016 사업연도를 대상으로 한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 당초 세무조사’라 한다)를 실시하였다. 조사 결과, 이 사건 원계약 등의 대상을 아래 표 기재와 같이 ① 상표(trademark), ② 노하우(know-how), ③ 지적재산(industrial and intellectual property), ④ 기술정보(technical information)(이하 ② 내지 ④ 부분을 통틀어 ⁠‘라이센스 정보’라 한다), ⑤ 기술지원(technical assistance), ⑥ 특허(patent) 등 6개 항목으로 구분하여 각 항목별 지급할 수 있는 사용료를 0.5%(=3%÷6)로 산정한 다음, ⁠‘상표’에 대하여 ⁠‘상표 부착 순매출액의 0.5%’와 ⁠‘기술지원 및 라이센스 정보’ 중 ⁠‘기술지원 인적용역’만 인정하여 ⁠‘투입인원 수 4명의 1일 임료 700달러’를 적용한 사용료 합계 12,423,495,088원을 손금으로 인정하였다.

[항목별 구분 내역]

  사. 피고 BB지방국세청장은 위 세무조사 결과에 따라 이 사건 쟁점 사용료 중 손금으로 인정한 12,423,495,088원을 제외한 나머지 금원 37,254,513,923원(= 이 사건 쟁점 사용료 49,678,009,011원 – 12,423,495,088원) 중, ① 옥분(OEM 매출 외)매출은 상표사용만 있으므로 상표사용료 0.5%를 초과하는 2.5%의 부분이 업무무관경비에 해당한다고 보고, 옥분(OEM매출)매출 및 제3자 매입 상품매출액은 상표나 기술사용이 없으므로 지급된 사용료 3% 전부가 업무무관경비에 해당한다고 보아 그 합계액 1,966,252,479원을 업무무관경비로서 EEE의 ⁠‘기타소득’에 해당한다고 판단하였고, ② 나머지 사용료 35,288,261,443원(= 37,254,513,923원 – 1,966,252,479원)은 EEE의 ⁠‘배당소득’에 해당한다고 판단을 한 다음, 아래 표 기재와 같이 원고에게 소득금액변동통지(기타소득 부분, 이하 각 연도별 소득금액변동통지를 통칭하여 ⁠‘이 사건 당초 소득금액변동통지’라 한다) 및 이전소득금액통지(배당소득 부분, 이하 각 연도별 이전소득금액통지를 통칭하여 ⁠‘이 사건 당초 이전소득금액통지’라 한다)를 하였다.

[소득금액변동통지 및 이전금액통지 내역]

  아. 피고 RR세무서장은 위 세무조사 결과에 따라 2018. 5. 2. 원고에게 2015 사업연도 법인세 6,283,154,170원(가산세 포함, 이하 같다) 및 농어촌특별세 134,894,260원과 2016 사업연도 법인세 4,233,276,090원을 각 부과·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 당초 법인세 부과처분’이라 한다).

  자. 피고 RR세무서장은 원고가 이 사건 쟁점 사용료에 15%의 세율을 적용하여 납부한 원천징수세액 중 2013 내지 2016 각 사업연도 원천징수세액은 환급하였으나, 2012 사업연도 원천징수세액(1,207,964,218원, 이하 ⁠‘이 사건 쟁점 원천징수세액’이라 한다)은 국세기본법상 부과제척기간 5년이 경과하였다는 사유로 환급하지 아니하였다.

  차. 원고는 이 사건 당초 소득금액변동통지 및 이전소득금액통지, 이 사건 당초 법인세 부과처분에 불복하여 2018. 6. 22. 및 2018. 9. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였는데[조심 2018서3321·3322, 조심 2018서4119(병합)], 조세심판원은 2019. 12. 19. ⁠‘정상가격 산정의 기초가 되는 사실관계를 다시 확인하고, 원고와 경쟁업체에 대한 기능분석 및 비교대상거래에 대한 추가 검토를 실시하는 등의 방법으로 정상가격을 재조사하여 해당 사업연도의 과세표준 및 세액을 경정한다’는 결정을 하였다.

  카. 피고 BB지방국세청장은 2020. 2. 13.부터 2020. 4. 2.까지 원고에 대한 재조사(이하 ⁠‘이 사건 재조사’라 한다)를 실시한 다음, 이 사건 원계약 등에서 항목별로 로열티율을 명시하지 않고 있으므로 로열티율을 인위적으로 안분하지 아니하고 대상 품목 순매출액의 3%를 사용료로 인정하되, 이 사건 원계약의 대상은 특수전분으로 제한되어 있는 반면 이 사건 2차 수정계약의 대상은 전분, 과당, 식용 및 산업용 제품 등이므로, 2015, 2016 각 사업연도와 관련하여 전체 제품의 순매출액의 3%가 사용료로 인정될 수 있지만, 2012, 2013, 2014 각 사업연도와 관련하여서는 특수전분 순매출액의 3%만이 사용료로 인정될 수 있다고 판단하였다. 이에 따라 피고 BB지방국세청장은 아래 표 기재와 같이 2015, 2016 각 사업연도에 EEE에 지급된 사용료는 전부 손금으로 인정된다고 본 반면, 2012 내지 2014 각 사업연도 손금불산입액은 증액되어야 한다고 보아, 2012 내지 2014 각 사업연도 손금불산입액 27,724,372,577원(이하 ⁠‘이 사건 손금불산입액’이라 한다)을 ⁠‘배당소득’(귀속자: EEE)으로 소득처분을 하고, 2020. 4. 9. 원고에게 2012 내지 2014 각 사업연도 귀속 배당소득에 대한 이전소득금액통지를 하였다(이하 증액된 2012 내지 2014 각 사업연도 귀속 각 이전소득금액통지를 통틀어 ⁠‘이 사건 이전소득금액통지’라 한다¹⁾).

[재조사에 따른 손금불산입액 증가 내역]

(단위: 원)

[재조사에 따른 이전소득금액통지 변동 내역]

(단위: 원)

  타. 피고 RR세무서장은 이 사건 재조사 결과에 따라 당초 부과한 법인세를 일부 감액하여 2020. 4. 9. 원고에 대하여 2015 사업연도 법인세를 5,570,960,345원으로, 농어촌특별세를 134,894,266원으로, 2016 사업연도 법인세를 2,270,801,620원으로 감액경정·고지하였다(이하 감액되고 남은 당초 법인세 부과처분을 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).

  [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12, 16, 17, 18호증, 을 제1 내지 8호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    1) 이 사건 이전소득금액통지에 대한 주장

      이 사건 원계약의 내용은 원고가 판매한 특수전분 혹은 이 사건 원계약 별지Ⅱ(Schedule Ⅱ)에 열거된 상표(이하 ⁠‘이 사건 개별상표’라 한다)가 부착되어 판매된 상품에 대한 사용료만을 대상으로 한 것이 아니고, 원고가 판매하는 모든 상품(특수전분 및 일반전분, 당 제품 등 포함)에 대한 순매출액의 3%에 해당하는 사용료를 지급하기로 한 것이다. 그럼에도 이 사건 원계약의 범위가 특수전분 혹은 이 사건 개별상표를 부착하여 판매한 상품에 한정됨을 전제로 이 사건 이전소득금액통지가 이루어진 것은 부당하다.

    2) 이 사건 법인세 부과처분에 대한 주장

      이 사건 이전소득금액통지가 위법한 이상, 그 근거가 된 이 사건 손금불산입액이 인정됨을 전제로 이루어진 이 사건 법인세 부과처분 역시 취소되어야 한다.

    3) 이 사건 법인(원천)세 징수처분에 대한 주장

      이 사건 이전소득금액통지가 위법한 이상, 원고에게 그에 상응하는 원천징수의무가 발생하였음을 전제로 이루어진 이 사건 법인(원천)세 징수처분 역시 애초에 원천징수의무 없는 자에 대한 처분으로서 부당하다.

  나. 관계 법령

    [별지 4] ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 이 사건 이전소득금액통지의 적법 여부에 대한 판단

      가) 인정사실

        앞서 본 증거들에 갑 제15호증, 을 제9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

        (1) 원고는 2012 사업연도부터 2016 사업연도까지 이 사건 원계약 및 이 사건 2차 수정계약⁵⁾에 따라 총 49,678,009,011원을 사용료 명목으로 EEE에게 지급하였는데, 이는 특수전분을 포함하여 원고가 판매한 전체 상품의 순매출액을 기준으로 산정된 금액이다.

        (2) 피고가 원고에 대한 이 사건 재조사를 통해 손금으로 인정한 사용료(이하 ⁠‘이 사건 인정 사용료’라 한다) 내역은 아래 표 기재와 같다.

(단위: 원)

        (3) 원고와 미국 본사와 사이에 1999. 12. 18. 체결된 이 사건 최초 사용료 계약의 주된 내용은 아래와 같고, 원고는 위 계약에 따라 모든 제품의 순매출액 2%를 미국 본사에 사용료 명목으로 지급하였다.

         (4) 원고가 2011. 7. 1. EEE와 체결한 이 사건 원계약서에는 아래와 같이 기재되어 있다.

        (5) 그리고 원고가 2015. 1. 1. EEE와 체결한 이 사건 2차 수정계약의 주된 내용은 다음과 같다.

        (6) 미국 본사는 주로 옥수수, 쌀, 타피오카 등을 원료로 하는 전분류, 물엿, 과당, 맥아당 등의 당류, 과일 및 채소 제품 등을 제조·판매하고 있고, 원고 역시 주로 전분류(옥수수 전분, 가공 전분, 전분 가공품), 당류(과당, 물엿, 올리고당 등), 옥분 등을 제조·판매하고 있다.

        (7) 한편 이 사건 당초 세무조사 기간 중인 2018. 2.경 BB지방국세청 소속 공무원이 과세사실판단자문을 신청하였고, 이에 따라 피고 BB지방국세청장은 2018. 2. 9. 과세사실판단자문신청서를 첨부하여 원고에게 그 의견을 조회하였는데, 당시 작성된 신청서에 따르면 ⁠‘이 사건 원계약이 특수전분에 관한 라이센스계약인지 또는 모든 생산제품 및 상품에 관한 라이센스계약인지 여부’가 첫 번째 쟁점으로 문제되었다. 이후 피고 BB지방국세청장은 이 사건 원계약은 모든 생산제품 및 상품에 관한 라이센스계약임을 전제로 이 사건 당초 소득금액변동통지 및 이전소득금액통지를 하였는데, 당시 작성된 신청서의 해당 부분의 내용은 아래와 같다.

      나) 구체적 판단

        (1) 이 사건 원계약에서는 ⁠‘제품’의 범위를 ⁠‘식품과 공업용 특수전분’으로 규정하고 있는 반면, 이 사건 2차 수정계약에서는 ⁠‘제품’의 범위를 ⁠‘전분과 당 제품, 그리고 식용 및 공업용 제공을 위해 추출된 제품’으로 규정하고 있는 점은 인정된다.

        (2) 그러나 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 살펴보면, 이 사건 원계약의 적용대상이 되는 제품의 범위가 ⁠‘특수전분’에 한정된다고 볼 수는 없다.

          ㉠ EEE는 2000. 12.경 미국 본사로부터 상표, 서비스표, 생산 및 기술 관련 노하우, 기술 정보, 특허 등에 관한 수익권을 받았고, 2011. 7. 1. 미국 본사와 사이에 재차 지적재산 라이센스계약(Intellectual Property License Agreement)을 체결하면서 옥수수 및 기타 농작물의 제분이나 제조 사업 및 그로부터 생산된 제품들(전분 및 당류 제품에 한정되지 않음)에 대한 제조, 판촉, 광고 및 판매와 관련된 독점적이고 영구적인 라이센스를 부여받았다. 이처럼 EEE가 2011. 7. 1.자 지적재산 라이센스계약을 통해 미국 본사가 제조·판매하는 모든 제품에 대한 권리를 부여받고, 같은 날 원고와 사이에 위 라이센스계약에 의하여 취득한 권리를 재라이센스하는 내용의 이 사건 원계약을 체결한 점을 고려하면, 이 사건 원계약 당시 원고와 EEE 사이에 사용료의 지급대상을 ⁠‘특수전분’으로 제한하고자 하는 의사의 합치가 있었던 것으로 보이지 않는다.

          ㉡ 1999. 12. 18. 원고와 미국 본사 사이에 체결된 이 사건 최초 사용료 계약에 따르면, 원고는 미국 본사에 모든 제품 순매출액의 2%를 사용료로 지급할 의무가 있고, 원고도 위 계약 내용에 따라 미국 본사에 사용료를 지급하여 왔다. 2011년 이 사건 원계약이 체결될 무렵 계약의 적용대상을 축소해야 할 만한 사정이 드러나 있지 아니할 뿐만 아니라, 이 사건 원계약 체결 당시 원고와 EEE 사이에 계약 적용이 대상이 되는 범위를 ⁠‘특수전분’으로 제한하고자 하는 의사의 합치가 있었다면, 이를 명확히 하는 조항이 삽입되었을 것임에도, 이 사건 원계약에는 이러한 조항이 없다.

          ㉢ EEE의 입장에서는 미국 본사와 체결한 2011. 7. 1.자 지적재산 라이센스 계약에 따라 특수전분 이외의 제품에 대한 사용료를 지급해야 함에도, 원고로부터 특수전분 순매출액에 따른 사용료만을 지급받게 되면 결과적으로 손실이 발생할 수밖에 없는바, EEE가 손실을 감수하면서 원고에게 일방적으로 유리한 내용의 약정을 맺을 아무런 이유가 없다.

          ㉣ 피고의 주장과 같이 이 사건 원계약의 적용대상이 ⁠‘특수전분’에 한정된다고 해석하는 경우, 원고는 미국 본사의 상표 및 노하우 등을 이용하여 특수전분 외 상품(당류, 옥분류 등)을 판매하면서도 아무런 사용료도 지급하지 아니함으로써 경제적 이익을 얻게 되는데, 이는 일반적인 상거래 관행이나 당사자들의 의사에도 부합하는 것으로 볼 수 없다.

          ㉤ 원고 역시 이 사건 원계약의 적용 범위가 모든 제품임을 전제로 별다른 문제 제기 없이 2012 내지 2014 사업연도에 ⁠‘특수전분 순매출액’이 아닌 ⁠‘모든 제품의 순매출액’을 기준으로 EEE에게 순매출액의 3%에 해당하는 사용료를 매년 지급하여 왔다.

          ㉥ 이 사건 원계약 전문에 ⁠‘DDD는 식품과 공업용 특수전분(이하 ⁠‘제품’이라 한다)의 제조공급자로서, 사업 기밀 기타 비밀 및 독점자료를 포함하는 특정의 기술적, 공업적, 상업적 및 과학적 가치가 있는 자료를 보유하고 있고, 제품의 개발, 제조 및 판매에 있어서의 실제 경험(집합적으로 ⁠‘노하우’라 한다)이 있다.‘고 기재되어 있고, 이에 따르면 이 사건 원계약상의 제품(Products)은 일응 식품 및 공업용 특수전분을 지칭하는 것이기는 하나, 위 내용은 ’제품에 관한 정의 규정‘ 조항에 있는 것이 아닐뿐더러, 계약당사자도 아닌 원면허제공자인 DDD의 사업내용에 관한 것에 불과하며, DDD가 특수전분만을 제조·공급하는 사업자도 아니므로, 위 조항의 내용에 크게 의미를 둘 것은 아니다.

          ㉦ 이 사건 원계약에는 ⁠[별지 2]로 계약의 적용대상이 되는 상표를 예시하고 있는데, 위 ⁠[별지 2]에 기재되어 있는 상표들이 모두 특수전분 제품에만 부착되는 상표로 보이지도 아니한다.

          ㉧ 이 사건 2차 수정계약에 ’제품의 정의‘를 변경하는 조항이 있으나, DDD가 2012. 1. 1.경 미국의 특수전분 전문회사인 NS를 흡수합병 함에 따라 NS가 개발한 지적재산 등도 계약의 적용대상이 포함된다는 점을 분명히 하기 위하여 위와 같은 정의규정을 둔 것에 불과하다.

          ㉨ 피고 역시 이 사건 당초 소득금액변동통지 및 이전소득금액통지 당시 특수전분에 한정하지 아니하고 모든 상품의 매출액을 근거로 정당 사용료의 범위를 산정한 것으로 보이고, 이 사건 재조사 과정에서도 이 사건 개별상표가 부착된 ⁠‘전체 상품’ 매출액의 3%를 정당 사용료로 판단하고, 이를 제외한 나머지 사용료를 이 사건 손금불산입액으로 산정하였을 뿐인바, 이 사건 원계약의 대상이 ⁠‘특수전분’으로 한정된다는 피고의 주장은 이 사건 이전소득금액통지의 경위와도 부합하지 아니한다.

          ㉩ 원고는 1999년 이후 현재까지 미국 본사 내지 EEE와 계약을 체결하고 사용료를 지급하여 왔다. 피고의 주장에 따르면 원고가 EEE와 2012년 내지 2014년 3년 동안만 ⁠‘특수전분’의 순매출액을 기준으로 사용료를 지급하기로 약정하였는다는 것인데, 위 기간 동안만 특수전분 이외의 다른 제품들을 사용료의 지급대상에서 제외하기로 약정해야 할 만한 사정도 전혀 드러나 있지 않다.

          ㉪ 국세기본법 제79조 제2항은 ⁠‘국세심판관회의 또는 국세심판관합동회의는 심판결정을 함에 있어서 심판청구를 한 처분보다 청구인에게 불이익이 되는 결정을 하지 못한다’고 규정하여 심판청구에 관하여 불이익변경금지원칙을 명문화하고 있고, 이러한 불이익변경금지원칙은 명문의 규정이 없는 이의신청이나 심사청구의 경우에도 적용된다고 보는 것이 일반적이다(대법원 2007. 11. 16. 선고 2005두10675 판결 등 참조). 심판청구에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관해서 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 재조사결정의 취지에 따른 후속 처분이 심판청구를 한 당초 처분보다 청구인에게 불리하면 국세기본법 제79조 제2항의 불이익변경금지원칙에 위배되어 후속 처분 중 당초 처분의 세액을 초과하는 부분은 위법하게 된다(대법원 2016. 9. 28. 선고 2016두39382 판결 등 참조). 한편 처분청이 재조사결정에 따른 재조사과정에서 증액경정처분을 하는 경우도 간혹 있는데, 이는 새로운 조사에서 얻은 새로운 과세자료를 근거로 한 것을 이유로 과세실무상 예외적으로 인정되고 있는 실정이다.

            그런데 이 사건 원계약의 적용대상이 ⁠‘특수전분’에 한정되는지 여부는, 이 사건 당초 세무조사 당시 첫 번째 쟁점으로 되었을 뿐만 아니라, 이는 이 사건 원계약 조항의 해석의 문제에 관한 것일 뿐이고, 이 사건 원계약서는 당초 세무조사 당시에 이미 제출된 자료이다. 과세관청인 피고 BB지방국세청장은 조세심판원의 2019. 12. 19.자 재조사결정이 있음을 기화로 이 사건 원계약의 해석에 관한 과세관청의 견해를 납세자에게 불리하게 변경하여 이 사건 이전소득금액통지를 하였는바, 이러한 피고 BB지방국세청장의 조치는 불이익변경금지 원칙을 정한 국세기본법 제79조 제2항의 입법취지에 반하는 것이라 아니할 수 없다.

    2) 이 사건 법인세 부과처분에 대한 판단

      가) 이 사건 법인세 부과처분의 위법성

        이 사건 이전소득금액통지가 위법하여 취소되어야 하는 이상, 이 사건 이전소득금액통지의 전제가 된 이 사건 손금불산입액을 과세표준에 산입하여 이루어진 이 사건 법인세 부과처분 역시 위법하므로 취소되어야 한다.

      나) 취소의 범위

       과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2016. 7. 14. 선고 2015두4167 판결 등 참조). 이 사건의 경우 이 사건 이전소득금액통지가 위법하므로 이 사건 손금불산입액이 2012 내지 2014 사업연도 귀속 법인세 과세표준에서 다시 제외되어야 하고, 그에 따라 2015, 2016 각 사업연도의 이월결손금이 다시 증액되는 등 2015, 2016 각 사업연도 귀속 법인세를 다시 산출하여야 하지만,⁸⁾ 당사자들이 제출한 증거나 변론 전체의 취지만으로는 2015, 2016 각 사업연도의 정당한 법인세액을 산출할 수 없으므로, 이 사건 법인세 부과처분 전부를 취소하기로 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 모두 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 과세처분이 이루어진 후에 증액경정처분이 있는 경우 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가로 확정하는 것이 아니라 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초 처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하고 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 되는바(대법원 2009. 5. 14. 선고 2006두17390 판결 참조), 피고는 재조사를 실시한 이후 2012 사업연도 내지 2014 사업연도 귀속 배당소득액을 증액함으로써 결과적으로 위 각 사업연도에 대한 당초 이전소득금액통지를 증액하여 ⁠[별지 1] ⁠‘이전소득금액통지 내역표’의 ⁠‘이전소득금액’란 기재와 같이 당초 이전소득금액통지를 증액경정 및 고지하였다고 할 것이므로, 증액된 이 사건 이전소득금액통지만이 항고소송의 대상이 된다.

2) 배당소득으로 변경된 당초 기타소득 469,601,081원 + 재조사에 의해 증가된 배당소득 1,694,212,845원

3) 배당소득으로 변경된 당초 기타소득 379,038,559원 + 재조사에 의해 증가된 배당소득 1,582,303,433원

4) 배당소득으로 변경된 당초 기타소득 390,576,933원 + 재조사에 의해 증가된 배당소득 1,502,846,936원

5) 이 사건 1차 수정계약의 경우, 이 사건 원계약과 당사자 명칭만 변경(CC 코리아 유한회사에서 원고)된 것일 뿐, 그 계약의 내용은 이 사건 원계약과 사실상 동일하므로, 이하 이 사건 원계약 및 이 사건 2차 수정계약을 중심으로 살펴본다.

6) 피고는 이 사건 원계약은 ⁠‘특수전분’ 순매출액의 3%를 사용료로 지급하기로 한 계약이고, 이 사건 개별상표는 모두 특수전분에 관한 것이므로, ⁠‘이 사건 개별상표 부착 제품의 순매출액=특수전분 순매출액’이고, 이를 기초로 이 사건 이전소득금액통지가 이루어졌다고 주장하다가, 이후 이 사건 이전소득금액통지는 이 사건 개별상표 부착 전체 상품의 총 매출액을 기준으로 이루어진 것이고, 이 사건 원계약의 대상인 특수전분 순매출액(개별상표 부착 및 미부착 포함)은 이에 미치지 못하므로, 결과적으로 이 사건 이전소득금액통지가 적법하다는 취지로 주장을 변경하였으므로(2021. 5. 7.자 준비서면 제16면 내지 제18면), 위와 같은 피고의 마지막 주장의 내용을 기초로 손금(불)산입액을 정리한다.

7) 영어원문은 ⁠「DDD is in the business of milling corn and other cereals and the sale and distribution of resulting products(hereafter ⁠“Products”), and has certain technical information of value, and practical experience in the development, manufacture and sale of the Products(the ⁠“Technology”)」이다.

8) 과세관청의 결손금 감액경정이 있는 경우, 특별한 사정이 없는 한 납세의무자로서는 결손금 감액경정 통지가 이루어진 단계에서 그 적법성을 다투지 않는 이상 이후 사업연도 법인세의 이월결손금 공제와 관련하여 종전의 결손금 감액경정이 잘못되었다거나 과세관청이 경정한 결손금 외에 공제될 수 있는 이월결손금이 있다는 주장을 할 수 없는 것이지만(대법원 2020. 7. 9. 선고 2017두63788 판결), 피고 RR세무서장이 원고에 대한 이 사건 법인세 부과처분을 하면서 달리 이월결손금 감액경정처분을 하였음을 인정할 아무런 증거가 없는 이상, 원고는 이 사건 손금불산입액이 과세표준에서 제외됨에 따라 이 사건 법인세 부과처분 당시 인정된 결손금 외에 추가로 공제될 수 있는 이월결손금이 있음을 이유로 이 사건 법인세 부과처분의 취소를 구할 수 있다.

출처 : 서울행정법원 2021. 08. 13. 선고 서울행정법원 2020구합58342 판결 | 국세법령정보시스템