요지

조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2018. 8. 3. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세 6,168,981,729원, 2015 사업연도 법인세 1,827,488,408원, 2016 사업연도 법인세 1,911,692,574원, 2017 사업연도 법인세 9,013,686,108원의 각 경정청구에 대한 거부처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 제1심 판결의 인용 이 법원의 판결 이유는, 아래와 같이 고쳐 쓰거나 원고의 새로운 주장에 관한 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

○ 제1심 판결문 제2쪽 제11행, 제2쪽 제11행 내지 12행, 제3쪽 제17․21행, 제3쪽 제21행 내지 제4쪽 제1행, 제4쪽 제4․8행, 제4쪽 각주 1)제1․2․3행, 제7쪽 제1행, 제9쪽 제11행의 ⁠‘조세제한특례법’

   「조세특례제한법」

○ 제1심 판결문 제5쪽 제8행 내지 13행

  「○ 원고의 직전 2년간 연평균 연구개발비

   : 분할 전 원고의 직전 2년간 연구개발비 연평균 발생액 중 8개월분을 월할계산 한 금액(분할 전 원고의 직전 2년간 연구개발비 합계액 A/2 X 8/12) + 분할 후 원고의 직전 2년간 연구개발비 연평균 발생액 중 4개월분을 월할계산한 금액[(분할 전 원고의 직전 2년간 연구개발비 합계액 – 이 사건 분할신설법인의 직전 2년간 연구개발비 합계액²⁾)/2 x 4/12]」

3. 추가하는 부분

가. 원고의 주장 요지

 과세관청은 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항의 문언을 엄격하게 해석하여 왔고, ⁠‘분할 전 법인에서 발생한 각 사업연도의 연구개발비에서 분할신설법인에게 귀속되는 각 사업연도의 연구개발비를 공제한 차액이 분할존속법인에 귀속되는 연구개발비가 된다.’는 취지로 해석하여 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항의 적용 방법에 관한 과세관청의 해석을 대외적으로 표시하였다(국세청 법인세과-589, 2011. 8. 19., 국세청 법규과-627, 2013. 5. 30., 대전고등법원 2016. 9. 1. 선고 2016누11146 판결의 취소청구 대상 과세처분). 그런데 과세관청은 돌연 ⁠‘분할존속법인의 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 2년간 발생한 연구개발비는 우선 분할신설법인에 귀속될 금액을 월할계산한 후 총발생액에서 분할신설법인에 귀속될 금액을 차감하여 산정한다.’는 취지로 해석을 변경하였다(기획재정부 조세특례제도과-724, 2017. 9. 25.),

 원고는 위와 같은 과세관청의 해석 변경 이전에 기업분할, 법인세 신고․납부 및 감면신청을 하였으므로, 피고는 종전의 해석에 따라 원고에 대하여 연구인력개발비 세액공제를 하여야 함에도 그와 달리 변경된 해석에 기초하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 금반언의 원칙, 비과세 해석의 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 판단

 1) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, 관세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2001. 11. 27. 선고 99두10131 판결, 대법원 2003. 5. 30. 선고 2001두4795 판결 등 참조).

 국세기본법 제18조 제3항이 규정하고 있는 ⁠‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2008두15350 판결 등 참조). 그리고 그와 같은 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하며, 묵시적 표시가 있다고 하기 위해서는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2012. 12. 13. 선고 2011두3913 판결, 대법원 2016. 10. 13. 선고 2016ㄷ43077 판결 등 참조).

 2) 이 사건에 관하여 살펴보면, ① 원고가 들고 있는 질의회신 등(국세청 법인세과-589, 2011. 8. 19., 국세청 법규과-627, 2013. 5. 30.)은 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항의 문언에 따라 ⁠‘분할신설법인이 사업의 일부를 승계한 경우, 분할신설법인은 분할 전에 발생한 연구개발비에 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율을 곱한 금액으로 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비 합계액을 계산하고, 분할존속법인은 분할신설법인이 적용한 매출액 비율을 제외한 후의 매출액 비율을 적용하여 계산한다.’는 취지의 ⁠‘차감 산정 방식’을 구체적으로 제시하고 있을 뿐, 분할신설법인의 4년간 연구개발비 합계액 산정시 ⁠‘월할계산 방식’을 적용할 것인지 여부에 관하여 직접적으로 밝히고 있지 않은 점, ② 과세관청이 합병 사안에서 합병법인을 상대로 엄격해석의 원칙에 의하여 연구개발비 세액공제를 적용하여 과세하였다는 사정만으로 분할 사안에서도 동일한 방식의 연구개발비 세액공제를 적용하여 비과세할 것이라는 과세관청의 견해표명이 있었다고 볼 수 없는 점, ③ 위 질의회신 등이 원고 주장에 부합하는 연구개발비 세액공제 방식을 전제한 것이라고 가정하더라도, 그것만으로는 원고 주장과 같은 비과세 해석이 성립된 것으로 볼 수 있을 정도로 과세관청이 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 않은 사정을 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 과세관청이 상당한 기간에 걸쳐 과세하지 않은 사정을 인정하기 어려울 뿐만 아니라, 과세관청이 분할존속법인의 연구개발비 세액공제시 ⁠‘월할계산 방식’을 적용하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않은 경우에 해당한다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소를 기각한다.

출처 : 수원고등법원 2021. 03. 31. 선고 수원고등법원 2020누12052 판결 | 국세법령정보시스템