[주 문]

1. 피고가 2019. 8. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 993,525,680원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

[이 유]

1. 처분의 경위

가. 원고는 2004. 7. 15. 설립되어 의류판매업을 주요 사업으로 하는 회사이다.

 나. 원고는 2012. 1. 1. 아웃도어 브랜드인 ○○ 의류 및 용품사업을 영위하고 있던 □□□□□ 주식회사(당초 상호는 □□□□공업 주식회사였으나 2010. 3. 26. □□□□□ 주식회사로, 2018. 3. 30. 주식회사 △△△으로 각 변경되었다. 이하 ⁠‘□□□□□’라 한다)로부터 ○○ 용품사업부 및 해당 사업부에서 근무하는 직원 8명을 이전받았다.

 다. 원고는 2012. 1.경부터 2012. 6.경까지 ◇◇레포츠 등 26개 ○○ 용품 공급업체로부터 등산화 등 용품을 매입하고 총 57회에 걸쳐 공급가액 합계 12,061,442,104원 상당의 세금계산서를 발급받았으며, 위 용품을 □□□□□에 공급한 후 총 5회에 걸쳐 공급가액 합계 16,644,792,175원 상당의 세금계산서를 발급하였다(이하 위 거래를 ⁠‘이 사건 거래’라 한다).

 라. ◎◎지방국세청장은 원고 및 □□□□□에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 거래의 실질은 □□□□□가 용품 공급업체들로부터 직접 용품을 공급받은 것으로서, 결국 이 사건 거래는 가공거래에 해당한다고 판단하고, 위 매출액 16,644,792,175원을 익금불산입하고, 매입액 12,061,442,104원 및 이에 관련된 인건비 148,929,231원을 손금불산입하여 그 차액 상당인 4,434,420,840원(= 16,644,792,175원 - 12,061,442,104원 – 148,929,231원, 이하 ⁠‘이 사건 차액’이라 한다)을 원고의 2012 사업연도 법인세 과세표준에서 제외하는 것으로 세무조정하여 법인세 886,884,160원을 환급하라고 통보하였다. 이에 당시 원고의 관할청인 ◎◎◎세무서장(이하 피고와 ◎◎◎세무서장을 구분하지 않고 ⁠‘피고’라고만 한다)은 2018. 3. 15. 원고에게 993,525,680원(환급가산금 106,641,520원 포함)을 환급하였다(이하 ⁠‘이 사건 환급’이라 한다).

마. 감사원은 ◎◎지방국세청에 대한 감사과정에서 이 사건 차액은 자산수증이익으로 볼 수 있는데 이에 대한 과세를 누락하였다고 지적하였다. 위 감사결과에 따라 ◎◎지방국세청장은 피고에게 이 사건 차액에 대하여 법인세를 부과하라고 통보하였고, 피고는 2019. 8. 1. 원고에 대하여 법인세 993,525,680원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 10. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 이 사건 소송이 계속 중이던 2020. 9. 23. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4 내지 7, 17호증, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

 가. 이 사건 처분의 성격(부과처분인지 징수처분인지)

  1) 이 사건 처분의 성격에 관하여 피고는 당초 부과처분임을 전제로 주장하다가 2020. 12. 11. 준비서면에서 이 사건 처분은 원고에게 환급한 환급금(환급가산금 포함)을 다시 환수하기 위한 징수처분이라는 주장을 예비적으로 추가하였다. 그러므로 먼저 이 사건 처분의 성격을 살펴본 후 그에 관한 당사자들의 주장에 관하여 판단하기로 한다.

  2) 인정사실

앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면 아래 각 사실을 인정할 수 있다.

   가) 피고는 이 사건 환급을 하면서 이 사건 거래에서 가공매입이라고 판단한 12,061,442,104원과 대응원가에 해당하는 인건비 등 148,929,231원 등 합계 12,210,371,335원을 손금불산입하고 이를 기타 사외유출로 처분하였고, 가공매출로 판단한 16,644,792,175원에 대해서는 이를 익금불산입하고 기타로 소득처분하였다. 이러한 세무조정에 따라 산출된 정당세액 2,678,067,895원과 기 납부세액 3,564,952,063원의 차액인 886,884,168원(= 3,564,952,063원 – 2,678,067,895원)에 환급가산금 106,641,520원을 더한 금액인 993,525,680원이 원고에게 환급되었다(을 제2호증).

   나) 감사원은 ◎◎지방국세청에 대한 기관운영 감사결과 이 사건 차액이 □□□□□로부터 원고에게 분여된 이익이므로 위 금액에 관하여 익금산입 세무조정도 함께 하였어야 함에도 이를 누락하여 원고에게 993,525,680원이 부당 환급되었음을 확인하고 이를 추가징수할 방안을 마련하라고 통보하였다.

   다) 피고는 이 사건 처분을 하면서 매입액 12,210,371,335원을 부정과소신고소득으로 보아 이 사건 환급 시와 동일하게 손금불산입하는 한편, 이 사건 차액에 해당하는 4,434,420,840원에 대하여는 과목을 ⁠‘잡수익’으로 하여 익금산입하였다. 또한 이 사건 환급 시 익금불산입한 매출액 16,644,792,175원에 대해서도 동일하게 익금불산입하는 것으로 세무조정을 하였다.

위와 같은 세무조정에 따라 피고는 원고에 대한 2012 사업연도 법인세의 과세표준을 17,924,760,315원으로, 산출세액을 3,564,952,063원으로, 가산세를 106,641,512원으로 결정하고, 총부담세액을 3,671,593,575원(= 3,564,952,063원 + 106,641,512원)으로 산출하였다. 위 총부담세액에 기납부세액 3,564,952,063원이 차감됨에 따라 차감징수할 세액은 106,641,512원(= 3,671,593,575원 - 기납부세액 3,564,952,063원)으로 산정되었고, 당초결정고지세액 –886,884,168원이 가산됨에 따라 납부하여야 할 세액은 993,525,680원으로 결정되었다.

   라) 이 사건 처분에 관한 경정결의서(을 제3호증)에 의하면, 경정사유는 ⁠‘감사원 감사에 따른 경정’으로 명시되어 있고(1면), 잡수익으로 익금산입한 부분 관련 조사내용에도 ⁠‘감사원 감사에 따른 경정’으로 기재되어 있다(13면). 또한 ⁠‘가산세액 계산서’에는 부정과소신고가산세 대상금액으로 이 사건 거래 관련 매출액 16,644,792,175원이 계상되어 있으나 구체적인 가산세액은 ⁠‘0’원으로 표시되어 있으며(5면), ⁠‘기타(중간예납미납부가산세등)’ 항목에 가산세액으로 106,641,512원(7면)이 기재되어 있다.

   마) 이 사건 처분에 관한 납세고지서는 다음과 같다.

  3) 구체적인 판단

앞서 본 바와 같은 이 사건 처분 관련 납부고지서 및 경정결의서의 각 기재 내용 및 이 사건 처분의 경위, 이 사건 소송의 경과 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분은 감액경정 후에 이루어진 증액경정에 따른 부과처분에 해당하고, 이와 달리 환수처분에 따른 징수처분으로 볼 수는 없다. 따라서 이 사건 처분이 징수처분임을 전제로 한 피고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다. 그 구체적인 이유 내지 근거는 다음과 같다.

   가) 납세 고지는 이미 성립한 조세채무의 내용을 확정하여 이를 납세의무자에게 통지하는 절차로서, 법인세법령(법인세법 제70조, 시행령 109조)에서 ⁠‘과세관청이 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 때에는 납세고지서에 의하여 이를 통지하여야 한다’라고 규정한 것은 이러한 납세의무 확정에 관한 부과고지 절차를 규정한 것이다. 이에 대하여 구 국세징수법(2019. 12. 31. 법률 제16842호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1항에서 규정하고 있는 납세의 고지는 이와 같이 확정된 조세채무의 이행을 구하는 징수고지로서의 성질을 갖는다. 다만 우리 법은 위와 같은 부과고지와 징수고지를 하나의 납세고지서에 의하여 동시에 행하도록 규정하고 있으므로 결국 현행법상 납세고지서에 의한 납세고지는 부과고지와 징수고지의 성질을 동시에 가지게 된다. 한편 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제51조 제9항에 따르면, 세무서장이 국세환급금의 결정이 취소됨에 따라 이미 충당되거나 지급된 금액의 반환을 청구하는 경우에는 국세징수법의 고지･독촉 및 체납처분의 규정을 준용하도록 하고 있다.

위와 같이 부과처분이나 환수처분에 따른 납세고지가 동일한 납세고지서의 형식으로 이루어진다면, 납세고지의 근거가 된 처분의 성격이 무엇인지는 결국 납세고지서의 기재내용에 따라 판단하여야 한다.

피고는 이 사건 처분이 환급한 법인세의 환수를 위한 징수처분이라는 주장을 추가하였다. 그렇다면 이 사건 처분은 환수처분으로서의 성격도 겸하고 있다는 것인데, 앞서 인정한 것처럼 이 사건 처분 관련 처분서인 ⁠‘납세고지서 겸 영수증’(갑 제1호증)의 ⁠‘세액 산출근거’란에는 ⁠‘이 납세고지는 2012년에 귀속되는 법인세’라고 그 세목 및 귀속사업연도가 명시되어 있고, 과세표준, 세율, 산출세액, 가산세 및 각종 공제세액 등 고지된 세액의 산출근거가 구체적으로 기재되어 있을 뿐만 아니라 ⁠‘가산세 산출근거’란에도 가산세 세부내역으로 ⁠‘중간예납미납부’라고 명시되어 있다. 위 납세고지서 어디에도 그것이 국세환급금의 환수처분임을 알 수 있는 내용은 전혀 기재되어 있지 않다. 이러한 납세고지서의 그 기재내용에 의할 때 이 사건 처분 관련 납세고지서는 통상의 부과처분에 따른 납부고지서라고 보일 뿐이다.

   나) 국세징수법의 납세고지에 관한 규정은 헌법상 적법절차의 원칙과 행정절차법의 기본 원리를 과세처분의 영역에도 그대로 받아들여, 과세관청으로 하여금 자의를 배제한 신중하고도 합리적인 과세처분을 하게 함으로써 조세행정의 공정을 기함과 아울러 납세의무자에게 과세처분의 내용을 자세히 알려주어 이에 대한 불복 여부의 결정과 불복신청의 편의를 주려는 데 그 근본취지가 있다. 그런데 이미 충당 또는 지급된 금액의 반환을 구하기 위한 국세환급금의 환수처분은 국세의 징수에 부수하는 처분으로서 국세의 징수에 관한 규정이 그대로 준용되지만, 그 반환 지체에 대하여는 국세기본법상 국세환급가산금에 관한 규정이 유추적용될 뿐이므로, 납세의무와 세액을 구체적으로 확정하는 부과처분 또는 확정된 세액을 징수하고 그 체납에 대하여 국세징수법상 가산금에 관한 규정이 적용되는 징수처분과는 그 성질이 다르다. 따라서 국세환급금의 환수처분에 관한 납세고지서에는 그것이 국세환급금의 환수처분임을 명시함으로써 납세의무자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 아니하도록 하여야 하고, 그 납세고지서에 이러한 사항이 제대로 기재되지 아니하였다면 특별한 사정이 없는 한 그에 관한 환수처분은 위법하다고 보아야 할 것이다(대법원 2014. 1. 16. 선고 2013두17305 판결 등 참조). 이러한 납세고지서 기재의 하자로 처분이 위법하다면 이는 무용한 과세처분을 되풀이함으로써 경제적･시간적･정신적 낭비만을 초래한다는 등의 이유로 정당화될 수 있는 것이 아니다.

이러한 법리에 비추어 볼 때 만일 피고의 주장처럼 이 사건 처분이 환수처분이라고 한다면 앞서 본 바와 같이 납세고지서의 기재내용만으로는 환수처분임을 전혀 알 수 없어 그 자체로도 위법하여 취소사유에 해당할 뿐이다.

   다) 원고는 2019. 10. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기할 당시에도 ⁠‘부과처분’으로서 이 사건 처분의 취소를 구하였고, 조세심판원도 감사원의 지적에 따라 피고가 원고에 대하여 2012 사업연도 법인세를 ⁠‘경정･고지’하였음을 전제로 이 사건 처분의 적법 여부를 판단하였다. 피고도 2020. 12. 11. 이 법원의 석명준비명령에 대한 답변을 하기 전까지는 이 사건 처분에 관하여 이 사건 차액을 자산수증이익으로서 익금에 산입하여 법인세 부과처분을 한 것이라고 주장하였다. 이러한 소송 경과에 비추어 보더라도 당사자들은 이 법원의 석명준비명령 이전까지는 이 사건 처분을 부과처분으로 인식하였을 뿐이다.

   라) 피고는 원고에게 이 사건 환급을 하기에 앞서 당초 처분에 대한 감액경정결의서를 작성하였는데, 그 경정결의서에 의하면 이 사건 거래가 가공거래라는 이유로 관련 매출액 및 매입액에 대하여 익금불산입 및 손금불산입하는 것으로 세무조정을 하였다. 이후 감사원 지적에 따라 이 사건 처분을 하면서도 이 사건 거래가 여전히 가공거래임을 전제로 관련 매출액 및 매입액에 대하여 익금불산입 및 손금불산입을 하면서, 이 사건 차액에 상당하는 4,434,420,840원에 대해서는 ⁠‘잡수익’으로 하여 익금에 가산하는 것으로 세무조정을 하였다. 이와 같은 경정결의서 기재내용에 비추어 보더라도 이 사건 처분은 감액경정 후 추가로 증액경정사유가 발생함에 따라 이루어진 증액경정처분이라고 봄이 상당하다.

   마) 피고는 이 사건 처분을 통하여 당초 원고가 신고한 법인세 과세표준이 전혀 증가하지 않았으므로 이 사건 처분은 부과처분이 될 수가 없다고 주장하나, 이 사건 처분은 원고의 당초 신고에 의하여 확정된 법인세에 대한 감액경정 후에 이루어진 것으로 과세표준의 증가 여부는 당초 신고한 것과 비교할 것이 아니라 감액경정에 따른 과세표준과 비교해야 하는 것이므로, 주장 자체로 타당하지 않다.

또한 피고는 ⁠‘국세환급통지서’(갑 제6호증)상의 금액과 ⁠‘납세고지서 겸 영수증’(갑 제1호증)의 금액이 완전히 일치한다는 점을 근거로 이 사건 처분이 환수처분에 따른 징수처분이라고도 주장하나, 원고에 대한 환급은 당초 이 사건 거래가 가공거래임을 이유로 관련 매입액과 매출액을 손금불산입 및 익금불산입함으로써 이루어진 것임에 반하여, 이 사건 처분은 위와 같이 이 사건 거래 관련 매입액과 매출액에 대하여 세무조정을 하는 것은 맞지만 그 이외에도 이 사건 차액이 자산수증이익이기 때문에 이를 익금산입함에 따라 한 것이기 때문에 결과적으로 세액이 동일하다고 하더라도 그 처분의 근거까지 동일하다고 할 수는 없다. 또한 이 과정에서 피고는 환급가산금에 해당하는 금액에 대해서는 경정결의서에 의하더라도 가산세로서 부과하였음이 명백하다.

 나. 부과처분으로서 이 사건 처분의 적법 여부

  1) 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

① 원고가 이 사건 거래를 하면서 사기나 그 밖의 부정한 행위를 통하여 국세를 포탈하거나 환급받은 사실이 없으므로 이 사건 차액 상당액에 대하여는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이 사건 처분은 2012 사업연도 법인세를 부과할 수 있는 날인 2013. 4. 1.부터 5년을 도과하여 부과된 것이어서 위법하다.

② 10년의 부과제척기간이 적용된다고 하더라도 원고는 이 사건 차액에 대해서 □□□□□에 반환할 의무가 있는데, □□□□□는 이에 대하여 채무면제의 의사를 표시하지 않은 채 오히려 그 반환을 구하는 소를 제기하였으므로, 이 사건 차액이 자산수증이익으로서 원고에게 귀속되었음을 전제로 한 이 사건 처분은 익금의 귀속시기를 잘못 판단한 위법이 있다.

  2) 부과제척 기간 준수 여부에 관한 판단

   가) 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 상속세·증여세 이외의 국세의 부과제척기간에 관하여 그 제3호에서 원칙적으로 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하면서도, 제1호에서 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있다. 위 조항의 규정형식, 입법 취지 및 엄격해석의 원칙상 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세자가 사기 기타 부정한 행위를 하였다고 하더라도 그로 인하여 국세를 포탈하거나 환급·공제받지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 그 부과제척기간은 5년이 된다고 할 것이고, 이는 당해 납세자가 다른 납세자의 조세포탈 등에 가담하였더라도 자신의 포탈세액 등이 없는 이상 달리 볼 것은 아니다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두16974 판결 등 참조).

   나) 원고는 당초 2012 사업연도 법인세를 신고하면서 이 사건 거래에 따른 매출액 및 매입액에 관하여 익금 및 손금산입함으로써 이 사건 차액에 해당하는 금액을 모두 과세표준에 포함시켰고, 그에 따른 산출세액 3,564,952,063원을 모두 납부하였다[원고의 중간예납세액이 위 산출세액을 초과하여 실제로 차감납부할 세액은 –825,474,604원이었다.(을 제11호증 1면)]. 위와 같이 원고는 2012 사업연도 법인세를 포탈한 적이 없다.

이후 피고는 이 사건 거래가 가공거래임을 이유로 원고의 이러한 세무처리를 부정하고 이 사건 거래 관련 매출액 및 매입액 모두에 대하여 익금불산입 및 손금불산입하는 세무조정을 하였고, 그 결과 이 사건 차액에 해당하는 금액이 과세표준에서 제외되어 세액이 감액됨에 따라 감액경정을 거쳐 이 사건 환급을 2018. 3. 15.에 하였다. 이러한 피고의 감액경정에 따른 이 사건 환급 후 감사원 지적이 있자 이 사건 차액 상당액을 자산수증이익으로 보고 증액경정을 거쳐 이 사건 처분을 한 것이다.

이처럼 이 사건 차액 상당액에 관한 법인세가 원고에게 환급됨에 따라 결과적으로 위 법인세 상당액의 과세누락이 발생하기는 하였으나, 이는 피고가 세무조사에 따라 원고에게 위 법인세 상당액을 환급하였기 때문이다. 그 외 원고가 위 법인세 상당액을 환급받기 위하여 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 사실은 없고, 그에 관한 피고의 주장이나 입증도 없다. 또한 원고의 환급금 수령행위 자체를 부정행위로 볼 수도 없다.

   다) 사정이 이러하다면 비록 피고의 주장과 같이 원고가 당초 □□□□□와 함께 ERP 기록 등을 조작하는 등으로 이 사건 거래와 관련하여 사기･기타 부정한 행위를 하였다고 하더라도 당초 법인세 신고･납부에 있어서 어떠한 조세 포탈도 하지 않은 이상 10년의 부과제척기간을 적용할 수는 없다. 따라서 원고에 대한 2012 사업연도 법인세에 있어서는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는데, 이 사건 처분은 2012 사업연도 법인세를 부과할 수 있는 날인 2013. 4. 1.부터 5년이 도과하였음이 역수상 명백한 2019. 8. 1. 이루어졌다. 그러므로 이 사건 처분은 위법하고, 이에 관한 원고의 주장이 이유 있는 이상 원고의 나머지 다른 주장에 관하여는 살필 필요 없이 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.