요지

원고는 당초 처분과 관련하여 부외경비가 있음을 주장하나 소송 진행 중이어서 확정되지 않았거나 객관적인 증빙에 의해 입증되지 않아 당초 처분과 관련한 부외 손금으로 인정할 수 없음

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판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 1. 16. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 253,257,027원, 2014 사업연도 법인세 313,944,844원, 2015 사업연도 법인세 749,047,935원 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 건축 및 토목업을 영위하는 주식회사인데, ○○시 상동지구 CCe-솔렌스힐아파트(이하 ⁠‘CC아파트’라고 한다) 1, 2단지 신축공사 시행사였고, 주식회사 DD주택(이하 ⁠‘DD주택’이라고 한다)은 CC아파트 3단지 신축공사 시행사였으며, 주식회사 CC엔지니어링(이하 ⁠‘CC엔지니어링’이라고 한다)은 CC아파트 1, 2, 3단지 시공사였다.

나. CC아파트 1, 2, 3단지의 각 세대 수 및 연면적, 공사기간 등은 아래와 같다.

다. 원고와 DD주택은 2012. 11. 9. CC아파트 관련 도시계획시설공사 비용에 관하여 아래와 같은 업무협약(이하 ⁠‘관련 업무협약’이라고 한다)을 체결했다(이하 ⁠‘갑’은 원고를, ⁠‘을’은 DD주택을 각 가리킨다).

라. DD주택은 당초 원고가 100% 출자하여 설립되었는데, 2013. 7. 25. 원고가 DD주택의 주식을 전부 처분했고, 원고와 DD주택 및 CC엔지니어링은 2014. 8. 8. CC아파트 신축공사의 사업주체를 CC엔지니어링으로 변경하기로 합의했다(이하 ⁠‘사업주체변경합의’라고 한다).

마. 원고는 CC아파트 관련 기부채납시설 사업비로 2012년부터 2014년까지 합계 29,985,383,091원(= 용지비 18,355,437,190원 + 공사비 11,629,945,901원)을 투입했는데, 원고와 DD주택은 사업비 중 공사비 5,106,905,080원(= 2012년 3,669,645,463원 + 2013년 1,437,259,617원)을 DD주택의 경비로 배분하여 법인세 신고를 했다.

바. ◎◎지방국세청장은 2017. 12.부터 2018. 3.까지 원고의 2013 내지 2015 사업연도 법인세 통합조사를 실시하고, 2018. 3. 29. 피고에게 ⁠‘관련 업무협약에 따라 CC아파트 기부채납시설 사업비 중 33.97%인 10,186,034,636원(= 29,985,383,091원 × 33.97%)을 DD주택의 경비로 배분해야 함에도, 그보다 적은 5,106,905,080원만 DD주택의 경비로 배분함으로써 차액인 5,079,129,556원을 원고의 2013 내지 2015 사업연도 손금으로 과다 산입했다’는 취지의 과세자료를 통보했다.

원고와 DD주택이 법인세 신고 당시 DD주택에 배분한 기부채납시설 경비와 ◎◎지방국세청장이 계산한 DD주택 경비의 차액 내역은 아래와 같다(이하 금액의 단위는 모두 ⁠‘원’이다).

사. 피고는 5,079,129,556원을 원고의 분양원가 과다계상분으로 보아 손금불산입하고기타 분양수입금액 신고 누락액 2,522,703,935원을 익금산입하여 2019. 1. 16. 원고에게 2013 내지 2015 각 사업연도 법인세를 아래와 같이 부과하는 처분을 했다.

아. 원고는 법인세 등 부과처분에 관해 2019. 3. 20.자 이의신청을 거쳐, 2019. 5. 29. 조세심판을 청구했고, 조세심판원은 2020. 5. 6. ⁠‘DD주택이 CC아파트 3단지 학교용지 취득에 지출한 5,730,000,000원 중 관련 업무협약에서 정한 66.03% 상당액은 원고의 경비로 인정하여 원고의 법인세액 및 부가가치세액을 경정하되, 나머지 심판청구는 기각한다’는 취지의 결정을 했다.

자. 피고는 2020. 5. 29. 조세심판결정 취지에 따라 원고의 2013 내지 2015 각 사업연도 법인세를 아래와 같이 감액하여 경정했다(이하 피고의 2019. 1. 16.자 법인세 부과처분 중 감액경정되고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2, 3호증, 제4호증의 1, 2, 3의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분에는 원고의 2013 내지 2015 각 사업연도 손금을 과소 산정한 잘못이 있으므로, 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

① CC엔지니어링은 CC아파트 도시계획시설 공사비로 107억 원(CC엔지니어링이 ○○시장에게 제출한 사업준공내역서에 기재된 금액) 또는 99억 5,000만 원(CC엔지니어링의 도급공사예정금액 등 자료를 토대로 원고가 추산한 금액)을 투입했는데, 이 비용은 원고와 DD주택이 사업주체변경합의에 따라 분담하기로 한 비용임에도 CC엔지니어링이 DD주택에만 전액 세금계산서를 발급하고 원고에게는 세금계산서를 발급하지 않아 원고의 손금으로 인정받지 못했다. 따라서 이 금액 중 구 법인세법 시행령 (2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제48조 제1항 제2호 가목에서 정한 매출액 비율, 또는 관련 업무협약에서 정한 연면적 비율에 해당하는 금액을 원고의 손금으로 산입해야 한다.

② DD주택이 CC아파트 3단지 학교용지 취득에 지출한 5,730,000,000원은 원고와 DD주택의 공동경비이고, DD주택은 원고의 비출자 공동사업자이므로, 구 법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 가목에 따라 원고와 DD주택의 매출액 비율에 따라 안분하여 원고의 손금으로 산입해야 한다.

③ 원고는 사업주체변경합의 당시 DD주택에 대여금 채무 7,240,335,806원을 부담함을 확인하고, 이를 추후 도시계획시설 공사비 등과 정산하기로 했는데, DD주택이 2015. 11. 12. 원고의 합의 불이행을 이유로 대여금 및 그 이자의 지급을 요구했으므로, 이자비용 상당액을 원고의 2015 사업연도 손금으로 추가 산입해야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) CC엔지니어링 도시계획시설 투입비용 부분

가) 법인세과세처분 취소소송에 있어서의 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 증명책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 증명하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 증명의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합한다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 참조).

살피건대, 갑 제4, 6호증의 각 기재에 의하면, ① CC엔지니어링이 ○○시장에게 제출한 EE지구 도시계획시설 준공내역서에 2015. 2.경 34억 원, 2015. 3.경 73억원(각 부가가치세 별도)의 공사비가 소요되었다는 취지로 기재되어 있는 사실, ② 사업주체변경합의 제2조에 아래와 같은 내용이 포함된 사실은 인정된다.

그러나 갑 제4호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ❶ 사업주체변경합의 제3조 3)항에는 ⁠‘CC엔지니어링이 원고에게 지급하기로 종전에 약정한 200억 원 중 미지급한 1,808,572,890원은 CC엔지니어링이 잔여 도시계획시설공사에 사용하기로 하여 원고에게 지급하지 않되, 이를 초과하는 비용은 CC엔지니어링이 부담한다’는 취지의 내용이 있는 점, ❷ 원고 또는 DD주택이 사업주체변경합의 이후 CC엔지니어링에 도시계획시설 공사비 합계 107억 원(또는 원고가 주장하는 추산액 99억 5,000만 원) 중 일부라도 지급했음을 뒷받침하는 아무런 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 사업주체변경합의 제2조 2. 2)항의 단서에 기재된 ⁠‘그 외 시공과 관련된 일체의 비용’에 도시계획시설 공사비가 포함된다고 볼 수 없다. 따라서 앞서 인정된 사실 및 원고가 제출한 증거들만으로는 CC엔지니어링이 ○○시장에게 제출한 준공내역서 상의 도시계획시설 공사비 107억 원 또는 원고가 추산한 CC엔지니어링의 도시계획시설 공사비 99억 5,000만 원 중 일정액을 원고의 손금으로 추가산입해야 한다고 보기 어렵다.

나) 이에 대하여 원고는 구 법인세법 시행령 제48조에서 정한 금액은 법인이 실제 지급하거나 부담한 비용과 상관없이 법령에 의해 공동경비의 손금 산입이 강제되는 금액이므로 원고가 해당 경비를 실제 지급했거나 부담하는지 여부와 상관없이 손금으로 인정되어야 한다는 취지로 주장한다.

그러나 법인의 손금은 원칙적으로 구 법인세법 제19조에서 정한 바에 따라 인정되는 것이고, 구 법인세법 시행령 제48조는 각종 증빙에 따라 인정된 공동경비 중 ⁠‘손금에 산입하지 않는 금액의 범위’를 정한 규정에 불과하므로, 이와 달리 구 법인세법 시행령 제48조에 따라 ⁠‘손금에 산입할 금액의 범위’를 정해야 한다는 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) CC아파트 3단지 학교용지 취득비용 부분

가) 살피건대, ① DD주택이 CC아파트 3단지 학교용지 취득비용으로 5,730,000,000원을 지출한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, ② 원고와 DD주택이 2012. 11. 9. 관련 업무협약을 체결하면서 CC아파트 1, 2, 3단지 도시계획시설 공사비를 각 단지 면적 비율에 따라 분담하기로 한 사실, ③ 피고의 원고에 대한 2013 내지 2015 각 사업연도 법인세 부과처분에 대한 조세심판에서 조세심판원이 ⁠‘DD주택이 학교용지 취득비용으로 지출한 5,730,000,000원 중 관련 업무협약에서 정한 66.03%에 해당하는 금액은 원고의 경비로 인정한다’는 취지의 결정을 하여 피고가 그에 따라 감액경정결정을 한 사실은 앞서 처분의 경위에서 본 것과 같다.

그러나 원고가 DD주택이 지출한 학교용지 취득비용 5,730,000,000원 중 얼마를 지급하거나 부담하기로 했는지에 대해서는 아무런 자료가 없고, 갑 제2호증의 기재에 의하면, 조세심판원은 원고와 DD주택의 사업 관계에 비추어 관련 업무협약에서 정한 비용부담 비율 상당의 금액을 원고의 경비로 인정하는 것이 합리적이라고 보아 조세심판결정을 했고, 피고가 그 취지에 따라 당초 법인세 부과처분보다 원고에게 유리한 경정결정을 한 사실을 알 수 있을 뿐이며, 달리 이 사건 처분에 CC아파트 3단지 학교용지 취득비용에 관한 손금 산입과 관련하여 법인세법령에 위배된 어떤 잘못이 있다고 볼 만한 사정이 없다.

나) 이에 대하여 원고는 DD주택이 지출한 학교용지 취득비용 중 구 법인세법 시행령 제48조 제1항 제2호 가목에서 정한 ⁠‘직전 사업연도 또는 해당 사업연도의 매출액 총액 중 법인이 선택하는 금액에서 해당 법인의 매출액이 차지하는 비율’ 상당의 금액을 원고의 손금으로 인정해야 한다는 취지로 주장하나, 구 법인세법 시행령 제48조에 관한 원고의 이러한 해석은 앞서 1)의 나)항에서 본 것과 같은 이유로 받아들일 수 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) DD주택에 대한 대여금 채무 이자 상당액 부분

가) 살피건대, 갑 제4호증, 제10호증의 1, 2의 각 기재에 의하면, ① 사업주체변경합의 제3조에서 원고가 DD주택에 7,240,335,806원 상당의 대여금 채무를 부담함을 확인하고, 원고가 2015. 6. 30.까지 DD주택에 도시계획시설공사 등 비용에 관한 세금계산서를 발급하면서 대여금 채무와 정산하기로 한 사실, ② 원고가 2015. 7. 6.경 DD주택에 ⁠‘재화와 용역의 공급 없이 세금계산서를 발급하는 경우 가공 세금계산서 발급 문제가 생기니 다른 방안을 검토해달라’는 취지로 통지한 사실, ③ DD주택이 2015. 11. 13. 원고에게 합의 불이행을 이유로 ⁠‘위 대여금 및 그에 대한 연 20%의 이자를 2015. 11. 30.까지 지급하라’는 취지로 통지한 사실은 인정된다.

나) 그러나 위 인정사실만으로는 원고가 DD주택에 대여금 7,240,335,806원에 대한 이자비용을 지급했다거나 이를 확정적으로 부담하게 되었다고 볼 수 없으므로, 원고에게 이자비용 상당의 손비가 발생하였다고 인정하기에 부족하고 달리 인정할 증거가 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라. 소결

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2021. 09. 16. 선고 부산지방법원 2020구합22733 판결 | 국세법령정보시스템