요지

소득세법 제98조에 따라 양도차익 계산에 있어 그 취득시기 및 양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날이므로 원고들이 양도주식에 대한 대금을 수취한 날을 양도시기로 보아 대주주의 주식양도로 판단한 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2020. 4. 1. 원고에 대하여 한 2015년도 귀속 양도소득세(가산세 포함) 977,767,520원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2011년부터 2014년까지 사이에 코스닥시장상장법인인 주식회사 CCC(이하 ⁠‘CCC’라 한다)의 발행주식 42,831주를 취득하였다가 그 중 10,631주를 매도하고 2014. 12. 29. 현재 32,200주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)을 보유하고 있었다.

나. 원고는 2014. 12. 29. 한국거래소를 통하여 이 사건 주식의 매매계약을 체결하고, 2영업일 후인 2015. 1. 2. 이 사건 주식 매매대금의 결제가 이루어져 같은 날 증권관리 계좌로 매매대금 3,854,346,900원을 수령하였다(이하 ⁠‘이 사건 주식양도’라 한다).

다. 피고는 이 사건 주식양도일은 대금결제일인 2015. 1. 2.이고 직전사업연도 종료일(2014. 12. 31.) 현재 이 사건 주식의 시가총액이 40억 원을 초과하는 4,034,660,000원(= 32,200주 × 2014. 12. 30. 최종시세가액 125,300원)으로서, 이 사건 주식양도에서 발생한 소득은 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목, 구 소득세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제6982호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항 제2호에 따른 양도소득세 과세대상이라고 보아, 2020. 4. 1. 원고에 대하여 2015년도 귀속 양도소득세(가산세 포함) 977,767,520원을 결정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 6. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2020. 12. 21. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취

지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 주식의 양도시기는 아래와 같은 이유로 매매계약이 체결된 2014년으로보아야 하므로, 그 직전사업연도 종료일인 2013. 12. 31.을 기준으로 할 때 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호의 ⁠‘대주주’에 해당하지 아니하는 원고에 대하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다(이하 ⁠‘첫 번째 주장’이라 한다).

가) ｢소득세법｣은 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생된 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 소득을 산정하는 권리의무확정주의를 채택하고 있으며, 구 소득세법 제98조 및 구 소득세법 시행령 제162조 제1항에서 정한 양도시기는 예외없는 일반원칙이 아니다.

나) 증권계좌를 이용한 상장주식 매매거래는 계약 체결 즉시 확정되어 취소·해제 할 수 없고, 주식에 대한 처분권한은 즉시 매수인에게 이전되며, 매도인은 계약 체결직후 매도대금으로 다른 주식을 매수할 수 있고, 주식매매대금은 한국거래소에 의해 면책적 채무인수가 이루어지고 2영업일 후에 반드시 결제되므로, 상장주식 매매계약에 따른 권리와 의무는 매매계약 체결일에 이미 객관화되어 실현가능성이 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었다고 보아야 한다.

다) 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 제1항 제5호는 상장주식 매매거래의 특수성을 고려하여 그 익금의 귀속시기를 ⁠‘매매계약을 체결한 날’이 속한 사업연도로 규정하고 있고, 소득세법령에서 양도소득 귀속시기를 거래유형별로 구별하여 정하지 않은 것은 입법의 불비에 불과 하므로, 권리의무확정주의 원칙에 따라 상장주식 매매거래 양도소득의 귀속시기는 ⁠‘매매계약 체결일’이 속한 사업연도라고 해석·적용하여야 한다.

2) 설령 이 사건 주식의 양도시기를 2015년으로 보더라도, 원고는 그 직전사업연도 종료일인 2014. 12. 31. 당시 처분 가능한 CCC 주식을 소유하고 있지 않았으므로 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호의 ⁠‘대주주’ 요건을 충족하지 않는다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다(이하 ⁠‘두 번째 주장’이라 한다).

3) 원고는 CCC 주식을 실질적으로 소유한 기간 동안 그 보유주식의 시가 총액이 40억 원 이상인 적이 단 한 번도 없었으므로 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호의 ⁠‘대주주’에 실질적으로 해당하지 않는다. 따라서 원고를 대주주로 의제하여 과세하는 것은 일정 범위의 대주주에 대하여만 과세하여 소액투자자의 이익을 보호하고자 한 구 소득세법 시행령 제157조 제4항의 입법취지에 반하고 실질과세의 원칙에도 위배된다. 또한 원고가 이 사건 주식을 매도하고 난 뒤인 2014. 12. 31.을 기준으로 원고를 대주주로 보아 과세하는 것은 예측하지 못한 외부적 사정을 과세요건으로 하여 과세하는 것이므로 과세요건명확주의에 반하고, 원고의 재산권을 부당하게 침해하는 위헌적인 처분이다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다(이하 ⁠‘세 번째 주장’이라 한다).

4) 원고가 이 사건 주식을 매도하고 난 뒤 CCC 주식 시가변동 상황을 확인하여 그 사정을 기초로 세법 규정을 본인에게 불리하게 해석하여 본인 스스로를 대주주로 보아 양도차익에 대해 신고·납부할 것을 기대하는 것은 무리이다. 따라서 원고 에게는 이 사건 주식 양도소득에 대한 신고·납부의무의 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다(이하 ⁠‘네 번째 주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

가) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목은 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ⁠‘자본시장법’이라 한다)에 의한 주권상장법인의 주식 등과 관련하여 그 소유주식의 비율·시가총액을 감안하여 대통령령이 정하는 대주주의 양도행위로 인하여 발생하는 소득을 양도소득세 과세대상으로 정하고 있다. 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제157조 제4항은 주권상장법인의 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 해당 법인의 주식 등의 합계액의 100분의 2(코스닥시장상장법인의 주식 등의 경우에는 100분의 4) 이상을 소유하거나(제1호), 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 50억 원(코스닥시장상장법인의 주식 등의 경우에는 40억 원) 이상인 경우(제2호) 해당 주주 등이 그 주식을 양도함으로써 발생한 소득도 양도소득세의 과세대상이 된다고 규정하고 있다. 주권상장법인의 주식 등의 양도에 따른 소득의 발생에도 불구하고 일정한 경우 그 양도소득세 과세대상에서 제외하고 있는 위 각 규정은 그 입법 취지와 내용에 비추어 양도소득세의 비과세 혹은 감면 요건을 규정한 특혜규정이라 할 것이어서 그 범위의 해당 여부에 관한 판정은 조세공평의 원칙에 입각하여 엄격히 이루어져야 한다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010도1191 판결 등 참조).

나) 구 소득세법 제98조는 ⁠‘자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외 하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다.’라고 하여 자산의 양도시기를 원칙적으로 ⁠‘대금을 청산한 날’로 정하고 있고, 그 위임에 따라 예외를 규정한 구 소득세법 시행령 제162조 제1항은 제2호에서 ⁠‘대금을 청산하기 전에 명의개서를 한 경우에는 주주명부에 기재된 접수일’을 양도시기로 정하고 있다. 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항의 각 규정은 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 소득세법령의 체계 내에서 여러 기준이 되는 자산의 취득시기 및 양도시기를 통일적으로 파악하고 관계 규정들을 모순 없이 해석·적용하기 위하여 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 의제한 규정이다(대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결 등 참조).

한편 구 소득세법 제98조 및 구 소득세법 시행령 제162조 제1항에서 정하고 있는 양도시기는 양도소득의 귀속시기에 대한 예외 없는 일반원칙으로 단정하여서는 아니 되고, 구체적 사안에 있어 양도소득에 대한 관리, 지배와 양도소득의 객관화 정도, 납세자금의 확보시기 등까지 함께 고려하여, 양도소득이 현실적으로 실현될 것까지는 없다고 하더라도 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙·확정되었는지 여부를 기준으로 하여 그 귀속시기를 합리적으로 판단함이 상당하다(대법원 2012. 5. 9. 선고 2010두22597 판결 등 참조).

다) 위 법리에 비추어 살피건대, 원고는 2014. 12. 29. 이 사건 주식의 매매계약을 체결하였으나 위 매매계약에 따른 대금결제는 2015. 1. 2.에 이루어졌고, 그 대금결제일 이전에 이 사건 주식양도에 따른 명의개서가 이루어졌다고 볼 만한 자료가 없다. 오히려 거래소를 통한 주권상장법인의 유가증권에 대한 매매거래는 한국예탁결제원(이하 ⁠‘예탁결제원’이라 한다)에 의한 증권예탁결제제도에 따르고 있고, 예탁결제원에 예탁된 주권의 주식에 관한 실질주주명부에의 기재는 주주명부에의 기재와 같은 효력을 가지는데(자본시장법 제316조 제2항), 을 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 2014. 12. 31.을 기준일로 하는 CCC의 2014년도 주주명부에 이 사건 주식의 실질주주로 등재되어 있는 사실을 인정할 수 있으므로, 이 사건 주식양도의 대금결제일인 2015. 1. 2. 이전에 이 사건 주식양도에 따른 명의개서가 이루어졌다고 보기 어렵다.

그리고 주식거래시스템에서 이루어지는 상장주식 매매거래라 하더라도 그 매매대금이 결제됨으로써 양도주식 대금의 청산이 이루어지고, 매도인에게 양도소득의 관리,지배가 이전되며, 양도소득이 보다 객관화되고 납세자금이 확보되는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 상장주식 매매거래의 특성만으로는 구 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항에서 정한 바와 달리 양도소득세에 있어 증권계좌를 통한 상장주식 매매거래의 양도시기를 그 계약체결일이라고 할 수 없다.

라) 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제5호는, 구 자본시장법(2013. 5. 28. 법률 제11845호로 개정되기 전의 것) 제9조 제13항에 따른 증권시장에서 증권시장업무규정에 따라 보통거래방식으로 한 유가증권의 매매를 한 경우 매매계약을 체결한 날을 익금 및 손금의 귀속사업연도로 규정하고 있다. 그러나 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목의 위임을 받아 양도소득세의 과세대상 요건이 되는 ⁠‘대주주’의 요건을 구체적으로 정한 규정이므로, 위 규정에서의 ⁠‘주식등의 양도일’에 대해 내국법인 익금과 손금의 귀속사업연도에 관한 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제5호를 준용하여 ⁠‘매매계약을 체결한 날’로 보는 것은 합리적 이유없이 유추해석하는 것에 해당하여 허용되지 않는다.

마) 따라서 이 사건 주식의 양도일은 구 소득세법 제98조에 따라 그 대금결제일인 2015. 1. 2.로 보아야 할 것이므로, 그 직전사업연도인 2014. 12. 31.을 기준으로 원고가 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호의 ⁠‘대주주’에 해당하는지에 따라 양도소득세 과세대상 여부를 판단하여야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 두 번째 주장에 대하여

가) 상법 제336조 제1항은 주권이 발행된 주식의 양도는 주권을 교부하여야 한다고 규정하고 있다. 예탁결제원은 예탁받은 증권 등을 종류·종목별로 혼합하여 보관하고 있어(자본시장법 제309조 제4항), 예탁결제원에서 작성하는 예탁자계좌부 또는 예탁자가 작성하는 투자자계좌부에 기재된 자가 그 증권 등을 점유하는 것으로 보고(자본시장법 제311조 제1항), 예탁자계좌부 또는 투자자계좌부에 증권 등의 양도를 목적으로계좌 간 대체의 기재를 한 경우에는 증권 등의 교부가 있는 것으로 보게 된다(자본시장법 제311조 제2항). 따라서 거래소를 통한 주권상장법인의 주식양도는 예탁자계좌부 또는 투자자계좌부에 기재되어야 비로소 그 효력이 발생하게 된다.

나) 자본시장법 제315조 제3항, 제316조 제1항에 의하면, 예탁증권 등 중 주권의 발행인이 상법 제354조에 따라 일정한 기간 또는 일정한 날을 정하여 통지하는 경우 예탁결제원은 그 일정한 기간의 첫날 또는 그 일정한 날(이하 ⁠‘주주명부폐쇄기준일’이라 한다)의 실질주주와 관련하여 성명·주소, 주식의 종류·수 등의 사항을 그 주권의 발행인 또는 명의개서를 대리하는 회사에 통지하여야 하고, 그에 따라 통지받은 발행인 또는 명의개서를 대행하는 회사는 통지받은 사항과 통지 연월일을 기재하여 실질주주 명부를 작성·비치하게 되므로, 실질주주명부에 기재된 주주는 특별한 사정이 없는 한 그 주주명부폐쇄기준일 당시 예탁자계좌부 또는 투자자계좌부에 기재된 주주와 일치한다고 보아야 할 것이다. 그런데 원고가 CCC의 2014년도 주주명부에 이 사건 주식의 실질주주로 등재되었던 사실은 앞서 본 바와 같고, 이에 의하면 원고는 2014. 12. 31. 당시 예탁자계좌부 또는 투자자계좌부에 주주로 기재된 이 사건 주식의 소유자라 할 것이며, 이미 매매계약을 체결하여 ⁠‘처분 가능한’ 주식이 아니었다는 사정만으로 달리 볼 수 없다.

다) 결국 원고는 이 사건 주식의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일인 2014. 12. 31. 당시 이 사건 주식을 소유하고 있었고, 그 시가총액이 40억 원을 초과하는 4,034,660,000원이므로, 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호에 따른 ⁠‘대주주’에 해당한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 세 번째 주장에 대하여

가) 위에서 살펴 본 바와 같이 이 사건 주식의 양도일은 2015. 1. 2.이고, 원고가 그 직전 사업연도 종료일인 2014. 12. 31. 당시 시가총액 40억 원을 초과하는 이 사건 주식을 소유함으로써 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호의 ⁠‘대주주’에 해당하였던 이상, 이 사건 주식양도로 인하여 발생한 소득에 대해 양도소득세를 과세하더라도 위 규정의 입법취지에 반한다거나 실질과세의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

나) 또한 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목의 입법목적은 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 도모함과 아울러 상장주식 등을 이용한 변칙증여를 방지하려는 데 있는바, 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호의 대주주 해당기준과 대주주의 주식보유 상황에 관한 접근성 등에 비추어 볼 때, 위 규정에 의하여 과세대상이 될 정도의 규모로 상장주식을 소유한 주주로서는 조금만 관심과 주의를 기울인다면 자신이 양도소득세 과세대상에 해당되는지 여부를 예측할 수 있을 것으로 보이므로(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두12116 판결 등 참조), 이 사건 주식에 관한 매매계약이 체결된 후인 2014. 12. 31. 기준 시가총액에 따라 원고의 ⁠‘대주주’ 여부가 결정된다고 하여 과세요건명확주의에 반한다거나 원고의 재산권이 부당하게 침해되었다고 볼 수 없다.

다) 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4) 네 번째 주장에 대하여

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2014. 3. 13. 선고 2012두7370 판결 등 참조).

나) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목과 구 소득세법 시행령 제157조 제4항은 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일을 기준으로 주권상장법인의 주식을 일정비율 또는 일정금액 이상 소유하고 있는 자가 해당 주식을 양도하면 그 양

도소득이 양도소득세 과세대상이 된다고 규정하고 있고, 원고는 주권상장법인의 주식거래를 하면 그 매매계약의 체결일과 대금결제일 사이에 2영업일의 시차가 존재한다는

사실을 인식하고 있었던 것으로 보이는 점, ② 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 시행령

제157조 제4항 제2호에 의하여 과세대상이 될 정도의 규모로 상장주식을 소유한 주주

로서는 조금만 주의를 기울인다면 자신이 양도소득세 과세대상에 해당하는지 여부를 예측할 수 있을 것으로 보이는 점, ③ 감사원의 과세자료 처리 부적정 통보에 따라 이

사건 처분이 이루어졌다는 사정만으로 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있었다고 할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이지 아니한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이

판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 08. 24. 선고 서울행정법원 2021구합55258 판결 | 국세법령정보시스템