어떤 법률 도움이 필요하신가요?
즉시 상담을 받아보세요!
* 연중무휴, 24시간 상담 가능

가공세금계산서 수취와 필요경비 입증책임 판단 기준

의정부지방법원 2023구합12977
판결 요약
가공세금계산서로 이미 확정된 사건에서 소득세 필요경비로 인정받으려면 납세자가 구체적 입증자료를 제출해야 하며, 관련 금액의 세무행위가 명백히 허위로 인정되면 부인될 수 있습니다. 부과제척기간은 은닉 등 적극적 행위가 있으면 10년으로 연장됩니다.
#가공세금계산서 #필요경비 #소득세 #입증책임 #부가가치세
질의 응답
1. 가공세금계산서를 수취한 경우 종합소득세 필요경비 인정을 받으려면 어떻게 해야 하나요?
답변
가공세금계산서로 인정된 거래의 필요경비는 납세자가 실제 비용 지출을 객관적으로 증빙해야만 일부 인정받을 수 있습니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 가공세금계산서 수취와 관련하여 필요경비 실제 인정에는 납세의무자가 구체적인 입증자료를 제시해야 한다고 판시하였습니다.
2. 이전에 부가가치세 부과처분에서 가공세금계산서라고 확정된 경우, 소득세 소송에도 동일 기준이 적용되나요?
답변
네, 이미 부가가치세 소송에서 가공세금계산서로 확정된 사항은 소득세 처분에서도 동일하게 적용됩니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 부가가치세에서의 확정 판단을 소득세 행정소송에도 동일하게 원용함이 타당하다고 밝혔습니다.
3. 종합소득세 처분에서 필요경비의 입증책임은 누구에게 있나요?
답변
필요경비 대부분은 납세의무자가 입증책임을 부담합니다. 특히 관할 세무서가 실질관계 확인이 곤란할 때 더욱 그렇습니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 필요경비는 그 발생 사실이 납세자 영역에 있으므로 입증 필요성이 납세자에게 있다고 설시하였습니다.
4. 사기 기타 부정한 행위로 인정될 경우 부과제척기간은 어떻게 되나요?
답변
적극적 부정행위(예: 허위계산서 수취, 장부 허위기재)가 인정되면 부과제척기간이 10년까지 연장됩니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 적극적 은닉행위가 있으면 국세기본법에 따라 부과제척기간은 10년이 적용된다고 명시했습니다.
5. 중복세무조사 금지 원칙에 따라 다른 회사에 대한 세무조사가 동일 사안의 중복조사로 인정되나요?
답변
직전 세무조사가 실질적으로 동일 납세자에 대한 전면적 세무조사가 아닌 경우엔 중복세무조사로 인정하지 않습니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 상대방 회사에 대한 세무조사가 본건과 질적으로 달라 중복조사에 해당하지 않는다고 판시했습니다.
6. 손해배상 등 경비를 필요경비로 인정받으려면 무엇이 필요한가요?
답변
손해배상 등 필요경비는 실질 내용·지급 사실 등 객관적 증빙을 갖추어야만 인정받을 수 있습니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 손해배상, 수리비 등은 그 실제 발생과 지급이 입증되지 않으면 필요경비로 인정될 수 없다고 밝혔습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

가공세금계산서 수취와 관련해 부가가치세 행정소송에서 처분 적법하다고 확정된바, 소득세 처분 적법 여부를 다투는 행정소송에서도 동일한 기준으로 판단할 수 있으며, 필요경비의 실제 인정을 위해서는 납세의무자가 구체적으로 입증자료를 제시해야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2023구합12977 종합소득세 경정처분 취소

원 고

양AA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2024. 12. 03.

판 결 선 고

2025. 01. 14.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 11. 14. 주식회사 CC화학(이하 ⁠‘CC화학’이라고 한다)과 사이에 ⁠‘DD machine’(이하 ⁠‘이 사건 기계’라 한다)을 00억 0,000만 원에 납품하는 계약을 체결하였다.

나. 원고는 2012. 11. 16. 독일 회사인 EE(이하 ⁠‘EE’라 한다)에 이 사건 기계를 주문하여(대금 000,000유로), 이를 2013. 8. 2. 수입한 후 2013. 8. 5. CC화학에 납품하였다.

다. 원고는 주식회사 FF(이하 ⁠‘FF’라 한다)와 사이에 이 사건 기계를 00억 원에 공급받는 계약서(계약일 2012. 12. 1., 이하 ⁠‘이 사건 계약서’라 하고, 위 계약서에 의한 계약을 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다)를 작성하였고, 2013. 12. 13. FF로부터 공급가액 00억 원의 세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받았다.

라. 피고는 2020. 1. 31.부터 2020. 3. 16.까지 원고에 대한 조사(이하 ⁠‘이 사건 조사’라 한다)를 한 후 이 사건 세금계산서를 ⁠‘가공세금계산서’로 보고 2020. 7. 1. 원고에게 2013년 2기분 부가가치세 000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).

마. 피고는 2022. 1. 21. 원고에 대한 2013년 귀속 종합소득세에 관하여 이 사건 세금계산서 상당의 금액 중 외화송금내역으로 확인된 000,000,000원(= 000,000유로)을 필요경비로 인정하고, 나머지 금액 000,000,000원은 필요경비 불산입하여 2013년 귀속 종합소득세 000,000,000원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 2022. 4. 14. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 3. 7. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

사. 한편, 원고는 2021. 7. 7. 의정부지방법원에 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 의정부지방법원은 2022. 8. 00. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고(의정부지방법원 2021구합00000, 이하 ⁠‘관련 판결’이라 한다), 원고가 이에 불복하여 항소하였으나 서울고등법원은 2023. 4. 00. 원고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였으며(서울고등법원 2022누00000), 원고가 불복하여 상고하였으나, 대법원은 2023. 8. 00. 원고의 상고를 기각하는 판결을 선고하였다(대법원 2023두00000).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 8호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 인력 부족 등의 이유로 이 사건 기계의 수입을 FF에게 맡기는 이 사건 계약을 체결한 것으로, 이 사건 계약은 당사자 사이의 필요에 의한 실질적인 계약이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 가공세금계산서가 아니고, 관련 필요경비는 모두 인정되어야 한다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

2) 원고의 2013년 귀속 종합소득세에 관한 부과제척기간은 5년이므로, 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것이다. 원고의 행위는 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하지 않고 피고가 위 종합소득세를 부과하는 것을 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 할 만한 사정도 없었다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

3) 피고의 2020년 원고에 대한 세무조사는 2014. 3. 13.부터 2014. 11. 18.까지 행해졌던 FF에 대한 세무조사(이하 ⁠‘2014년 세무조사’라 한다)와 동일하므로 중복세무조사에 해당한다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

4) 원고는 EE의 납품 지연과 기계하자로 인하여 EE에 대하여 가지는 손해배상채권으로 물품대금 중 일부를 상계하고 나머지 금액을 송금하게 된 것이므로, 원고가 EE와 계약한 물품대금인 000,000유로(= 약 0,000,000,000원) 전부가 필요경비로 인정되어야 하고, 원고가 지출한 통관비 등 000,000,000원, 배선 시운전 비용 00,000,000원, 기계 수리비용 00,000,000원도 역시 필요경비로 인정되어야 한다. 따라서 위 금액의 필요경비를 부인한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1주장에 관한 판단

가) 관련 법리

어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 갑 제6, 15호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실과 사정에 의하면 이 사건 세금계산서는 실질 거래 없이 작성된 ⁠‘가공세금계산서’로 봄이 상당하다.

① 이 사건 기계는 원고가 주문하여 원고 명의로 수입되어 CC화학에 납품되었다. 이 사건 기계의 대금은 원고가 EE에 직접 지급하였고, 원고는 통관료, 항공운임, 창고료, 운송료 등의 부대비용 역시 모두 원고가 지급하였다고 주장하고 있다.

이 사건 기계가 CC화학에 납품되는 과정에서 FF가 수행한 구체적인 역할이 무엇인지 알기 어렵다.

② 원고는 이 사건 계약을 체결하게 된 이유가 원고의 인력이 부족하였기 때문이라고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 FF의 구체적인 역할이 보이지 않는 점, 실질적으로 이 사건 기계의 수입 및 CC화학에의 납품을 모두 원고가 한 것으로 보이는 점에 비추어 보면 이와 같은 주장은 전혀 설득력이 없다.

③ 이 사건 기계의 수입대금은 000,000유로이나, 실제로 원고는 기계의 하자 등을 이유로 이 사건 세금계산서 발급일까지는 000,000유로(= 약 000,000,000원, 최종 지급일 2013. 8. 2.)만을 지급하였고, 그 후로 최종적으로도 000,000유로(= 약 000,000,000원)만을 지급하였다. 그런데도 원고는 2013. 12. 13. FF로부터 대금 00억 원의 세금계산서를 발급받았다. 따라서 원고가 주장하는 부대비용 등을 고려하더라도 그 차이가 상당하므로 원고가 이와 같이 대금을 책정한 이유를 알기 어렵다. 또한 실제로 비용을 지출한 원고가 FF와 사이에 이 사건 계약으로 인한 대금의 정산을 어떻게 하였는지도 의문이다.

④ 원고는 2014년 세무조사 당시 ⁠“이 사건 계약서는 ⁠(이 사건 계약 당시가 아니라) 2014. 2.경 날인을 한 계약서가 맞다. 세무서의 요청이 있어 계약서를 찾았으나 양쪽 다 계약서를 찾지 못하여 다시 작성하게 된 것이고, 계약서 작성 당시 원고 본인이 직접 계약해서 물건(이 사건 기계)을 수입해 들어오는 것이었기 때문에 FF와의 계약서는 크게 신경쓰지 않았다. 계약 당시 계약서는 우편으로 2부가 와서 날인한 후 FF에 보낸 것으로 기억한다.”는 취지로 진술하였다. 원고의 위 진술에 의하면, 원고는 기존에 별다른 거래관계가 없던 FF와 거래대금 00억 원 상당의 이 사건 기계에 관한 매매계약을 체결하면서 계약서를 우편으로 송부받아 작성하였다는 것이고, 그마저도 위 매매계약을 체결하고 이 사건 세금계산서를 발급받은 지 6개월여 만에 원고와 FF 모두 당시 작성한 계약서를 분실하였다는 것인바, 이는 거래관념상 상당히 이례적이어서 이 사건 세금계산서 발행 이전에 과연 이 사건 계약서 기재 내용과 같은 계약이 원고와 FF 사이에 실제 체결되었는지 의문이 든다.

⑤ 더구나 이 사건 계약서의 거래 품목에는 ⁠‘이 사건 기계’뿐만 아니라 ⁠‘GG S/W 1식’도 포함되어 있는데, 이 사건 조사 당시 원고는 ⁠“FF는 GG S/W를 개발하거나 수입한 사실이 없고, 이 사건 계약 체결 당시 이를 납품하기로 한 사실도 없으며, 실제 이를 원고에게 납품하지도 않았다.”는 취지로 진술하였고, 이는 2014년 세무조사 당시 FF의 대표이사인 윤HH이 한 진술과도 부합한다. 나아가 원고는 세무조사 당시 ⁠‘GG S/W’는 터빈 기계계통에 장착되는 안전장치라고 진술하고 있어 이 사건 기계와 관련이 없다는 취지로 진술하고 있다.

⑥ 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소송에서 이와 같은 취지의 주장을 하였으나, 이를 배척하는 관련 판결이 선고되었고, 위 판결은 확정되었다.

2) 제2주장에 관한 판단

가) 관련 법리

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 부정행위라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2019다301623 판결 참조).

그러나 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2022. 5. 26. 선고 2022두32825 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞선 인정한 사실에 을 제1, 3, 4호증(가지번호 포함)의 각 기재를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 FF로부터 가공계산서인 이 사건 세금계산서를 수취하여 해당 금액을 필요경비로 신고하는 적극적인 은닉행위를 한 점, ② 원고와 FF는 이 사건 세금계산서에 따른 대금이 지급된 것처럼 처리하기 위해 기존에 원고와 FF 사이에 선수금 채권이 존재하는 것처럼 허위로 장부상 기재한 후 이 사건 세금계산서에 따른 대금이 기존의 선수금 채권과 상계된 것처럼 회계처리하기까지 한 점, ③ 원고는 세무조사에 관하여 FF와의 계약서를 작성하여 제출하도록 하는 적극적인 은닉행위를 한 점 등을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 2013년 귀속 종합소득세는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ⁠‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용된다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 10년의 부과제척기간이 경과하기 전에 이루어진 것으로 적법하고, 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 제3주장에 관한 판단

가) 관련 법리

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ⁠‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.

이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ⁠‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.

그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실과 사정에 비추어 보면, 이 사건 조사는 국세기본법 제81조의4 제2항이 정하는 ⁠‘중복세무조사’에 해당한다고 보기 어렵다.

① 2014년 세무조사는 FF에 대한 세무조사인 반면 이 사건 조사는 원고에 대한 세무조사이다. 국세기본법 제81조의4 제2항이 ⁠‘같은 세목 및 같은 과세기간’에 대하여 재조사를 할 수 없다고 하고 있고, 같은 항 제2호는 ⁠‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’를 재조사의 예외 사유로 정하고 있는데, 이는 원칙적으로 조사를 받는 대상이 동일인인 것을 전제로 한 것이다.

② 다만, 이전의 조사와 이후의 조사가 서로 대상자가 다르더라도 그 대상자들이 서로 거래를 한 상대방이어서 이후 조사의 대상자가 이전 조사에서도 조사를 받은 사실이 있고, 앞서 본 법리에서 말하는 ⁠‘영업의 자유나 법적 안정성’에 미치는 영향을 기준으로 그 미치는 영향이 큰 경우라면 이전 조사 역시 이후 조사의 대상자에 대한 조사도 이루어진 것으로 보아 ⁠‘중복세무조사’가 될 수는 있을 것이나, 다음의 사정을 고려하면 그러한 경우도 아니다.

㉮ 2014년 세무조사에서 원고에 대하여는 2014. 6. 26. 1회 진술을 받은 것에 그친 것으로 보이고, 그 장소도 원고의 사무실이나 사업장 등이 아니었으며, 상당기간 원고의 장부나 서류 등을 조사한 정황도 보이지 아니한다.

㉯ 또한 원고에 대한 조사 내용 역시 2014년 세무조사에서는 ⁠‘원고와 주식회사 II(이하 ’II‘라 한다)와의 거래관계, JJ사와의 계약서, 이 사건 계약에 포함된 GG 소프트웨어의 공급관계’ 등에 관한 것인 반면, 이 사건 조사에서는 ⁠‘이 사건 기계의 수입대금 지급관계, 이 사건 계약에 따라 FF에 대금을 지급하였는지 여부, 이 사건 기계의 납품 경위 및 시기, 이 사건 기계 납품의 주체’ 등 이 사건 세금계산서의 허위 여부와 직접 관련된 것으로 그 내용이 상당히 다르다.

㉰ 만약, 2014년 세무조사 당시 이 사건 세금계산서의 허위 여부를 짐작할 수 있는 내용이 있었다는 이유로 이 사건 조사가 금지되는 중복조사에 해당한다면 세무관청으로서는 일부라도 의심되는 사정이 있으면 관련자에 대해 정식 세무조사를 하여야 한다는 결론이 되는데, 이는 타당하지 않다.

③ 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소송에서 이와 같은 취지의 주장을 하였으나, 이를 배척하는 관련 판결이 선고되었고, 위 판결은 확정되었다.

4) 제4주장에 관한 판단

가) 관련 법리

종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 갑 제4, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실과 사정을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 주장하는 금액의 필요경비를 부인한 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다.

① 원고는 EE에 이 사건 기계에 대한 매매대금 000,000유로를 지급하기로 매매계약을 체결하였으나, 이 사건 기계의 인도 지연과 기계 하자로 인하여 원고가 EE에 손해배상채권을 가지게 되었고, 원고는 위 손해배상채권으로 EE의 매매대금채권을 상계하고 남은 000,000.00유로만 송금하게 된 것으로, 원고가 매매대금 000,000유로를 전부 지급한 것과 같으므로, 000,000유로 전액이 필요경비로 인정되어야 한다고 주장한다. 원고가 EE에 보낸 구매주문서(Purchase Order)에는 인도가 지연되면 주당 0.5%(대금의 10%를 넘지 않는 범위에서)의 지연손해금을 부담하는 것으로 기재된 사실은 인정된다.

그러나 그 밖에 원고가 EE에 손해배상채권을 가지는지 여부, 즉 원고와 EE 사이의 계약체결 내용, 이 사건 기계의 인도가 지연되었거나 이 사건 기계에 하자가 있는지 여부 등을 구체적으로 알 수 있는 자료가 없고, 원고가 EE에 가지는 손해배상채권으로 물품대금을 상계하였음을 알 수 있는 자료도 전혀 없다. 원고는 이 사건 처분에 관한 과세전적부심절차에서 EE와의 손해배상 관련 사항은 구두상으로만 합의되었다고 주장하였고, 원고의 2013년 귀속 종합소득세 신고서상 표준대차대조표 및 표준손익계산서에 손해배상채권 관련 회계처리는 나타나지 않는다.

따라서 원고가 EE에 실제로 송금한 000,000.00유로를 넘어 구매주문서상 매매대금인 000,000유로와의 차액을 손해배상채권과 상계하였다는 점을 인정할 수 없는 이상 그 금액의 필요경비를 인정하지 않은 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없다.

② 원고는 이 사건 기계 하자를 수리하기 위하여 박KK(상호 LL테크)에게 지급한 0,000만 원, 배선 시운전 비용으로 정MM에게 지급한 0,000만 원을 필요비용으로 인정하여야 한다고 주장한다.

그러나 견적서 및 세금계산서(갑 제9, 10호증)의 기재만으로는 원고가 박KK에게 0,000만 원을 지급하였음을 인정하기에 부족하고, 설령 위 돈을 지급한 사실이 인정되더라도, 박KK, 정MM의 각 진술서(갑 제17, 18호증)만으로는 원고가 박KK, 정MM에게 각 지급한 돈이 이 사건 기계의 하자 수리비용 및 배선 시운전 비용으로 지급하였다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 부분 금액을 필요비용으로 인정하지 아니한 이 사건 처분에 위법이 있다고 보기 어렵다.

③ 원고는 통관비 등 명목으로 II에 송금한 돈 000,000,000원을 필요경비로 인정하여야 하고, 위 금액은 관련 판결 및 그 항소심 판결에서 비용지출이 인정되었다고 주장한다.

그러나 관련 판결 등에서 원고가 통관비 등을 지출하였다고 기재한 부분은 이 사건 세금계산서가 가공세금계산서라는 판단을 설시하는 내용 중 원고의 주장대로 하더라도 원고가 통관비 등을 직접 지출하였다면 FF가 지출한 비용도 없이 공급가액 00억 원의 이 사건 세금계산서가 발급되었을 리 없다는 취지인 것이지, 종합소득세 부과처분에 관한 필요경비 인정 여부를 판단한 것이 아니므로, 그 일부 문구만을 떼어서 원고의 이 부분 주장을 인정한 것이라고 볼 수 없다.

나아가 ㉠ 원고는 FF의 요청으로 통관비 등을 II에 송금한 것이라고 주장하나, 이를 알 수 있는 아무런 자료가 없는 점, ㉡ 원고는 세무조사에서 II는 인도에서 터빈을 수입하는 업무와 관련하여 거래하였다고 진술하고 있고, 이 사건 계약서의 거래 품목에는 ⁠‘이 사건 기계’뿐만 아니라 ⁠‘GG S/W 1식’도 포함되어 있는데, 원고는 세무조사 당시 ⁠‘GG S/W’는 터빈 기계계통에 장착되는 안전장치라고 진술하고 있어 이 사건 기계와 관련이 없다는 취지로 진술하고 있는바, II에 송금한 돈이 이 사건 기계와 관련이 있는지 의문이 드는 점 등을 모아보면, 원고가 II에 송금한 돈 000,000,000원을 그대로 이 사건 기계 거래에 관한 필요경비로 인정하기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 의정부지방법원 2025. 01. 14. 선고 의정부지방법원 2023구합12977 판결 | 국세법령정보시스템

판례 검색

  • 뒤로가기 화살표
  • 로그인

가공세금계산서 수취와 필요경비 입증책임 판단 기준

의정부지방법원 2023구합12977
판결 요약
가공세금계산서로 이미 확정된 사건에서 소득세 필요경비로 인정받으려면 납세자가 구체적 입증자료를 제출해야 하며, 관련 금액의 세무행위가 명백히 허위로 인정되면 부인될 수 있습니다. 부과제척기간은 은닉 등 적극적 행위가 있으면 10년으로 연장됩니다.
#가공세금계산서 #필요경비 #소득세 #입증책임 #부가가치세
질의 응답
1. 가공세금계산서를 수취한 경우 종합소득세 필요경비 인정을 받으려면 어떻게 해야 하나요?
답변
가공세금계산서로 인정된 거래의 필요경비는 납세자가 실제 비용 지출을 객관적으로 증빙해야만 일부 인정받을 수 있습니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 가공세금계산서 수취와 관련하여 필요경비 실제 인정에는 납세의무자가 구체적인 입증자료를 제시해야 한다고 판시하였습니다.
2. 이전에 부가가치세 부과처분에서 가공세금계산서라고 확정된 경우, 소득세 소송에도 동일 기준이 적용되나요?
답변
네, 이미 부가가치세 소송에서 가공세금계산서로 확정된 사항은 소득세 처분에서도 동일하게 적용됩니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 부가가치세에서의 확정 판단을 소득세 행정소송에도 동일하게 원용함이 타당하다고 밝혔습니다.
3. 종합소득세 처분에서 필요경비의 입증책임은 누구에게 있나요?
답변
필요경비 대부분은 납세의무자가 입증책임을 부담합니다. 특히 관할 세무서가 실질관계 확인이 곤란할 때 더욱 그렇습니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 필요경비는 그 발생 사실이 납세자 영역에 있으므로 입증 필요성이 납세자에게 있다고 설시하였습니다.
4. 사기 기타 부정한 행위로 인정될 경우 부과제척기간은 어떻게 되나요?
답변
적극적 부정행위(예: 허위계산서 수취, 장부 허위기재)가 인정되면 부과제척기간이 10년까지 연장됩니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 적극적 은닉행위가 있으면 국세기본법에 따라 부과제척기간은 10년이 적용된다고 명시했습니다.
5. 중복세무조사 금지 원칙에 따라 다른 회사에 대한 세무조사가 동일 사안의 중복조사로 인정되나요?
답변
직전 세무조사가 실질적으로 동일 납세자에 대한 전면적 세무조사가 아닌 경우엔 중복세무조사로 인정하지 않습니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 상대방 회사에 대한 세무조사가 본건과 질적으로 달라 중복조사에 해당하지 않는다고 판시했습니다.
6. 손해배상 등 경비를 필요경비로 인정받으려면 무엇이 필요한가요?
답변
손해배상 등 필요경비는 실질 내용·지급 사실 등 객관적 증빙을 갖추어야만 인정받을 수 있습니다.
근거
의정부지방법원-2023-구합-12977 판결은 손해배상, 수리비 등은 그 실제 발생과 지급이 입증되지 않으면 필요경비로 인정될 수 없다고 밝혔습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

가공세금계산서 수취와 관련해 부가가치세 행정소송에서 처분 적법하다고 확정된바, 소득세 처분 적법 여부를 다투는 행정소송에서도 동일한 기준으로 판단할 수 있으며, 필요경비의 실제 인정을 위해서는 납세의무자가 구체적으로 입증자료를 제시해야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2023구합12977 종합소득세 경정처분 취소

원 고

양AA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2024. 12. 03.

판 결 선 고

2025. 01. 14.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2012. 11. 14. 주식회사 CC화학(이하 ⁠‘CC화학’이라고 한다)과 사이에 ⁠‘DD machine’(이하 ⁠‘이 사건 기계’라 한다)을 00억 0,000만 원에 납품하는 계약을 체결하였다.

나. 원고는 2012. 11. 16. 독일 회사인 EE(이하 ⁠‘EE’라 한다)에 이 사건 기계를 주문하여(대금 000,000유로), 이를 2013. 8. 2. 수입한 후 2013. 8. 5. CC화학에 납품하였다.

다. 원고는 주식회사 FF(이하 ⁠‘FF’라 한다)와 사이에 이 사건 기계를 00억 원에 공급받는 계약서(계약일 2012. 12. 1., 이하 ⁠‘이 사건 계약서’라 하고, 위 계약서에 의한 계약을 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다)를 작성하였고, 2013. 12. 13. FF로부터 공급가액 00억 원의 세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받았다.

라. 피고는 2020. 1. 31.부터 2020. 3. 16.까지 원고에 대한 조사(이하 ⁠‘이 사건 조사’라 한다)를 한 후 이 사건 세금계산서를 ⁠‘가공세금계산서’로 보고 2020. 7. 1. 원고에게 2013년 2기분 부가가치세 000,000,000원(가산세 000,000,000원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다).

마. 피고는 2022. 1. 21. 원고에 대한 2013년 귀속 종합소득세에 관하여 이 사건 세금계산서 상당의 금액 중 외화송금내역으로 확인된 000,000,000원(= 000,000유로)을 필요경비로 인정하고, 나머지 금액 000,000,000원은 필요경비 불산입하여 2013년 귀속 종합소득세 000,000,000원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 2022. 4. 14. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2023. 3. 7. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

사. 한편, 원고는 2021. 7. 7. 의정부지방법원에 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였으나, 의정부지방법원은 2022. 8. 00. 원고의 청구를 기각하는 판결을 선고하였고(의정부지방법원 2021구합00000, 이하 ⁠‘관련 판결’이라 한다), 원고가 이에 불복하여 항소하였으나 서울고등법원은 2023. 4. 00. 원고의 항소를 기각하는 판결을 선고하였으며(서울고등법원 2022누00000), 원고가 불복하여 상고하였으나, 대법원은 2023. 8. 00. 원고의 상고를 기각하는 판결을 선고하였다(대법원 2023두00000).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5 내지 8호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

1) 원고는 인력 부족 등의 이유로 이 사건 기계의 수입을 FF에게 맡기는 이 사건 계약을 체결한 것으로, 이 사건 계약은 당사자 사이의 필요에 의한 실질적인 계약이다. 따라서 이 사건 세금계산서는 가공세금계산서가 아니고, 관련 필요경비는 모두 인정되어야 한다(이하 ⁠‘제1주장’이라 한다).

2) 원고의 2013년 귀속 종합소득세에 관한 부과제척기간은 5년이므로, 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것이다. 원고의 행위는 ⁠‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하지 않고 피고가 위 종합소득세를 부과하는 것을 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 할 만한 사정도 없었다(이하 ⁠‘제2주장’이라 한다).

3) 피고의 2020년 원고에 대한 세무조사는 2014. 3. 13.부터 2014. 11. 18.까지 행해졌던 FF에 대한 세무조사(이하 ⁠‘2014년 세무조사’라 한다)와 동일하므로 중복세무조사에 해당한다(이하 ⁠‘제3주장’이라 한다).

4) 원고는 EE의 납품 지연과 기계하자로 인하여 EE에 대하여 가지는 손해배상채권으로 물품대금 중 일부를 상계하고 나머지 금액을 송금하게 된 것이므로, 원고가 EE와 계약한 물품대금인 000,000유로(= 약 0,000,000,000원) 전부가 필요경비로 인정되어야 하고, 원고가 지출한 통관비 등 000,000,000원, 배선 시운전 비용 00,000,000원, 기계 수리비용 00,000,000원도 역시 필요경비로 인정되어야 한다. 따라서 위 금액의 필요경비를 부인한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1주장에 관한 판단

가) 관련 법리

어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 갑 제6, 15호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실과 사정에 의하면 이 사건 세금계산서는 실질 거래 없이 작성된 ⁠‘가공세금계산서’로 봄이 상당하다.

① 이 사건 기계는 원고가 주문하여 원고 명의로 수입되어 CC화학에 납품되었다. 이 사건 기계의 대금은 원고가 EE에 직접 지급하였고, 원고는 통관료, 항공운임, 창고료, 운송료 등의 부대비용 역시 모두 원고가 지급하였다고 주장하고 있다.

이 사건 기계가 CC화학에 납품되는 과정에서 FF가 수행한 구체적인 역할이 무엇인지 알기 어렵다.

② 원고는 이 사건 계약을 체결하게 된 이유가 원고의 인력이 부족하였기 때문이라고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 FF의 구체적인 역할이 보이지 않는 점, 실질적으로 이 사건 기계의 수입 및 CC화학에의 납품을 모두 원고가 한 것으로 보이는 점에 비추어 보면 이와 같은 주장은 전혀 설득력이 없다.

③ 이 사건 기계의 수입대금은 000,000유로이나, 실제로 원고는 기계의 하자 등을 이유로 이 사건 세금계산서 발급일까지는 000,000유로(= 약 000,000,000원, 최종 지급일 2013. 8. 2.)만을 지급하였고, 그 후로 최종적으로도 000,000유로(= 약 000,000,000원)만을 지급하였다. 그런데도 원고는 2013. 12. 13. FF로부터 대금 00억 원의 세금계산서를 발급받았다. 따라서 원고가 주장하는 부대비용 등을 고려하더라도 그 차이가 상당하므로 원고가 이와 같이 대금을 책정한 이유를 알기 어렵다. 또한 실제로 비용을 지출한 원고가 FF와 사이에 이 사건 계약으로 인한 대금의 정산을 어떻게 하였는지도 의문이다.

④ 원고는 2014년 세무조사 당시 ⁠“이 사건 계약서는 ⁠(이 사건 계약 당시가 아니라) 2014. 2.경 날인을 한 계약서가 맞다. 세무서의 요청이 있어 계약서를 찾았으나 양쪽 다 계약서를 찾지 못하여 다시 작성하게 된 것이고, 계약서 작성 당시 원고 본인이 직접 계약해서 물건(이 사건 기계)을 수입해 들어오는 것이었기 때문에 FF와의 계약서는 크게 신경쓰지 않았다. 계약 당시 계약서는 우편으로 2부가 와서 날인한 후 FF에 보낸 것으로 기억한다.”는 취지로 진술하였다. 원고의 위 진술에 의하면, 원고는 기존에 별다른 거래관계가 없던 FF와 거래대금 00억 원 상당의 이 사건 기계에 관한 매매계약을 체결하면서 계약서를 우편으로 송부받아 작성하였다는 것이고, 그마저도 위 매매계약을 체결하고 이 사건 세금계산서를 발급받은 지 6개월여 만에 원고와 FF 모두 당시 작성한 계약서를 분실하였다는 것인바, 이는 거래관념상 상당히 이례적이어서 이 사건 세금계산서 발행 이전에 과연 이 사건 계약서 기재 내용과 같은 계약이 원고와 FF 사이에 실제 체결되었는지 의문이 든다.

⑤ 더구나 이 사건 계약서의 거래 품목에는 ⁠‘이 사건 기계’뿐만 아니라 ⁠‘GG S/W 1식’도 포함되어 있는데, 이 사건 조사 당시 원고는 ⁠“FF는 GG S/W를 개발하거나 수입한 사실이 없고, 이 사건 계약 체결 당시 이를 납품하기로 한 사실도 없으며, 실제 이를 원고에게 납품하지도 않았다.”는 취지로 진술하였고, 이는 2014년 세무조사 당시 FF의 대표이사인 윤HH이 한 진술과도 부합한다. 나아가 원고는 세무조사 당시 ⁠‘GG S/W’는 터빈 기계계통에 장착되는 안전장치라고 진술하고 있어 이 사건 기계와 관련이 없다는 취지로 진술하고 있다.

⑥ 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소송에서 이와 같은 취지의 주장을 하였으나, 이를 배척하는 관련 판결이 선고되었고, 위 판결은 확정되었다.

2) 제2주장에 관한 판단

가) 관련 법리

구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다. 따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호의 부정행위라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 다른 어떤 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2019다301623 판결 참조).

그러나 과세대상의 미신고나 과소신고와 아울러 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 않는 행위 등 적극적 은닉의도가 나타나는 사정이 덧붙여진 경우에는 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로 볼 수 있다(대법원 2022. 5. 26. 선고 2022두32825 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞선 인정한 사실에 을 제1, 3, 4호증(가지번호 포함)의 각 기재를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 FF로부터 가공계산서인 이 사건 세금계산서를 수취하여 해당 금액을 필요경비로 신고하는 적극적인 은닉행위를 한 점, ② 원고와 FF는 이 사건 세금계산서에 따른 대금이 지급된 것처럼 처리하기 위해 기존에 원고와 FF 사이에 선수금 채권이 존재하는 것처럼 허위로 장부상 기재한 후 이 사건 세금계산서에 따른 대금이 기존의 선수금 채권과 상계된 것처럼 회계처리하기까지 한 점, ③ 원고는 세무조사에 관하여 FF와의 계약서를 작성하여 제출하도록 하는 적극적인 은닉행위를 한 점 등을 위 법리에 비추어 살펴보면, 원고의 2013년 귀속 종합소득세는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에서 규정한 ⁠‘사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용된다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 10년의 부과제척기간이 경과하기 전에 이루어진 것으로 적법하고, 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 제3주장에 관한 판단

가) 관련 법리

세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부․서류 그 밖의 물건을 검사․조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ⁠‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다.

이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규정에서 정한 ⁠‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.

그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 을 제1 내지 4호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실과 사정에 비추어 보면, 이 사건 조사는 국세기본법 제81조의4 제2항이 정하는 ⁠‘중복세무조사’에 해당한다고 보기 어렵다.

① 2014년 세무조사는 FF에 대한 세무조사인 반면 이 사건 조사는 원고에 대한 세무조사이다. 국세기본법 제81조의4 제2항이 ⁠‘같은 세목 및 같은 과세기간’에 대하여 재조사를 할 수 없다고 하고 있고, 같은 항 제2호는 ⁠‘거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우’를 재조사의 예외 사유로 정하고 있는데, 이는 원칙적으로 조사를 받는 대상이 동일인인 것을 전제로 한 것이다.

② 다만, 이전의 조사와 이후의 조사가 서로 대상자가 다르더라도 그 대상자들이 서로 거래를 한 상대방이어서 이후 조사의 대상자가 이전 조사에서도 조사를 받은 사실이 있고, 앞서 본 법리에서 말하는 ⁠‘영업의 자유나 법적 안정성’에 미치는 영향을 기준으로 그 미치는 영향이 큰 경우라면 이전 조사 역시 이후 조사의 대상자에 대한 조사도 이루어진 것으로 보아 ⁠‘중복세무조사’가 될 수는 있을 것이나, 다음의 사정을 고려하면 그러한 경우도 아니다.

㉮ 2014년 세무조사에서 원고에 대하여는 2014. 6. 26. 1회 진술을 받은 것에 그친 것으로 보이고, 그 장소도 원고의 사무실이나 사업장 등이 아니었으며, 상당기간 원고의 장부나 서류 등을 조사한 정황도 보이지 아니한다.

㉯ 또한 원고에 대한 조사 내용 역시 2014년 세무조사에서는 ⁠‘원고와 주식회사 II(이하 ’II‘라 한다)와의 거래관계, JJ사와의 계약서, 이 사건 계약에 포함된 GG 소프트웨어의 공급관계’ 등에 관한 것인 반면, 이 사건 조사에서는 ⁠‘이 사건 기계의 수입대금 지급관계, 이 사건 계약에 따라 FF에 대금을 지급하였는지 여부, 이 사건 기계의 납품 경위 및 시기, 이 사건 기계 납품의 주체’ 등 이 사건 세금계산서의 허위 여부와 직접 관련된 것으로 그 내용이 상당히 다르다.

㉰ 만약, 2014년 세무조사 당시 이 사건 세금계산서의 허위 여부를 짐작할 수 있는 내용이 있었다는 이유로 이 사건 조사가 금지되는 중복조사에 해당한다면 세무관청으로서는 일부라도 의심되는 사정이 있으면 관련자에 대해 정식 세무조사를 하여야 한다는 결론이 되는데, 이는 타당하지 않다.

③ 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소송에서 이와 같은 취지의 주장을 하였으나, 이를 배척하는 관련 판결이 선고되었고, 위 판결은 확정되었다.

4) 제4주장에 관한 판단

가) 관련 법리

종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 인정한 사실에 갑 제4, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실과 사정을 위 법리에 비추어 보면, 원고가 주장하는 금액의 필요경비를 부인한 이 사건 처분이 위법하다고 보기 어렵다.

① 원고는 EE에 이 사건 기계에 대한 매매대금 000,000유로를 지급하기로 매매계약을 체결하였으나, 이 사건 기계의 인도 지연과 기계 하자로 인하여 원고가 EE에 손해배상채권을 가지게 되었고, 원고는 위 손해배상채권으로 EE의 매매대금채권을 상계하고 남은 000,000.00유로만 송금하게 된 것으로, 원고가 매매대금 000,000유로를 전부 지급한 것과 같으므로, 000,000유로 전액이 필요경비로 인정되어야 한다고 주장한다. 원고가 EE에 보낸 구매주문서(Purchase Order)에는 인도가 지연되면 주당 0.5%(대금의 10%를 넘지 않는 범위에서)의 지연손해금을 부담하는 것으로 기재된 사실은 인정된다.

그러나 그 밖에 원고가 EE에 손해배상채권을 가지는지 여부, 즉 원고와 EE 사이의 계약체결 내용, 이 사건 기계의 인도가 지연되었거나 이 사건 기계에 하자가 있는지 여부 등을 구체적으로 알 수 있는 자료가 없고, 원고가 EE에 가지는 손해배상채권으로 물품대금을 상계하였음을 알 수 있는 자료도 전혀 없다. 원고는 이 사건 처분에 관한 과세전적부심절차에서 EE와의 손해배상 관련 사항은 구두상으로만 합의되었다고 주장하였고, 원고의 2013년 귀속 종합소득세 신고서상 표준대차대조표 및 표준손익계산서에 손해배상채권 관련 회계처리는 나타나지 않는다.

따라서 원고가 EE에 실제로 송금한 000,000.00유로를 넘어 구매주문서상 매매대금인 000,000유로와의 차액을 손해배상채권과 상계하였다는 점을 인정할 수 없는 이상 그 금액의 필요경비를 인정하지 않은 이 사건 처분에 위법이 있다고 할 수 없다.

② 원고는 이 사건 기계 하자를 수리하기 위하여 박KK(상호 LL테크)에게 지급한 0,000만 원, 배선 시운전 비용으로 정MM에게 지급한 0,000만 원을 필요비용으로 인정하여야 한다고 주장한다.

그러나 견적서 및 세금계산서(갑 제9, 10호증)의 기재만으로는 원고가 박KK에게 0,000만 원을 지급하였음을 인정하기에 부족하고, 설령 위 돈을 지급한 사실이 인정되더라도, 박KK, 정MM의 각 진술서(갑 제17, 18호증)만으로는 원고가 박KK, 정MM에게 각 지급한 돈이 이 사건 기계의 하자 수리비용 및 배선 시운전 비용으로 지급하였다는 점을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 이 부분 금액을 필요비용으로 인정하지 아니한 이 사건 처분에 위법이 있다고 보기 어렵다.

③ 원고는 통관비 등 명목으로 II에 송금한 돈 000,000,000원을 필요경비로 인정하여야 하고, 위 금액은 관련 판결 및 그 항소심 판결에서 비용지출이 인정되었다고 주장한다.

그러나 관련 판결 등에서 원고가 통관비 등을 지출하였다고 기재한 부분은 이 사건 세금계산서가 가공세금계산서라는 판단을 설시하는 내용 중 원고의 주장대로 하더라도 원고가 통관비 등을 직접 지출하였다면 FF가 지출한 비용도 없이 공급가액 00억 원의 이 사건 세금계산서가 발급되었을 리 없다는 취지인 것이지, 종합소득세 부과처분에 관한 필요경비 인정 여부를 판단한 것이 아니므로, 그 일부 문구만을 떼어서 원고의 이 부분 주장을 인정한 것이라고 볼 수 없다.

나아가 ㉠ 원고는 FF의 요청으로 통관비 등을 II에 송금한 것이라고 주장하나, 이를 알 수 있는 아무런 자료가 없는 점, ㉡ 원고는 세무조사에서 II는 인도에서 터빈을 수입하는 업무와 관련하여 거래하였다고 진술하고 있고, 이 사건 계약서의 거래 품목에는 ⁠‘이 사건 기계’뿐만 아니라 ⁠‘GG S/W 1식’도 포함되어 있는데, 원고는 세무조사 당시 ⁠‘GG S/W’는 터빈 기계계통에 장착되는 안전장치라고 진술하고 있어 이 사건 기계와 관련이 없다는 취지로 진술하고 있는바, II에 송금한 돈이 이 사건 기계와 관련이 있는지 의문이 드는 점 등을 모아보면, 원고가 II에 송금한 돈 000,000,000원을 그대로 이 사건 기계 거래에 관한 필요경비로 인정하기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 의정부지방법원 2025. 01. 14. 선고 의정부지방법원 2023구합12977 판결 | 국세법령정보시스템