요지

사건 세무조사는 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우 및 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사대상 선정사유를 갖추었을 뿐만 아니라 재조사가 예외적으로 허용되는 경우라 봄이 상당함

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판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 3. 31.과 2018. 6. 26. 원고에 대하여 한 별지1 목록 제2항 기재 각 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 70%는 원고가, 30%는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 2018. 3. 27.과 2018. 6. 26. 원고에 대하여 한 별지1 목록 제1

항 기재 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2003년 10월경 설립되어 자동차부품제조업 등을 영위하는 회사이다.

나. OO세무서와 OO지방국세청은 아래와 같은 내용으로 원고에 대하여 세무조사를 하였다.

다. AA지방국세청은 2018. 2. 22.부터 2018. 12. 26.까지 원고에 대한 법인통합조사

(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과 원재료비 가공계상, 고철매출액 누락 등의 사실을 확인하였고, AA지방국세청으로부터 과세자료를 통보받은 피고는 원고에 대하여, 2018. 3. 27.과 2018. 6. 26. 별지1 목록 제1항 기재 각 부과처분(이하 ⁠‘이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 하였고, 2018. 3. 31.과 2018. 6. 26. 별지1 목록 제2항 기재 각 소득금액변동통지(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 법인세 및 부가가치세 부과처분과 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 하며, 이 사건 소득금액변동통지 중 일부를 특정할 때는 귀속연도로 특정한다)를 하였다.

라. 원고의 대표이사였던 BBB는 서울중앙지방법원 2000고합000호 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 등 사건에서 2018. 8. 13. ⁠‘CCC, DDD와 공모하여 허위로 회계처리하는 등의 방법으로 2006년 8월경부터 2015년 3월경까지 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 원고로부터 횡령하였다.’는 등의 범죄사실이 인정되어 유죄판결을 선고받았고, 항소심(서울고등법원 2000노0000호), 상고심(대법원 2000도0000호)을 거쳐 2019. 7. 4. 위 판결은 그대로 확정되었다(이하 ⁠‘BBB 관련형사사건’이라 한다).

마. CCC의 배우자였던 DDD는 서울중앙지방법원 2000고합000호 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 등 사건에서 2020. 1. 10. ⁠‘BBB 등과 공모하여 허위로 회계처리하는 등의 방법으로 2009년 5월경부터 2015년 3월경까지 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 원고로부터 횡령하였다.’는 등의 범죄사실이 인정되어 유죄판결을 선고받았고, 항소심(서울고등법원 2020노000호), 상고심(대법원2020도0000호)을 거쳐 2020. 9. 3. 위 판결은 그대로 확정되었다(이하 ⁠‘DDD 관련 형사사건’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 11호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다. 이하 같다), 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

아래와 같은 이유로 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1) 이 사건 세무조사는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의6 제3항에서 정하는 선정사유가 없이 개시되었고, 같은 법 제81조의4 제2항에 반하여 재조사를 한 것으로서 이를 기초로 부과된 이 사건 각 처분은 위법하다(이하 ’제1 주장‘이라 한다).

2) 2007년 소득금액변동통지는 사외유출된 소득의 귀속자가 CCC임에도 당시 대표자인 BBB에 대한 인정상여로 처분되었으므로 위법하다(이하 ’제2 주장‘이라 한다).

3) 이 사건 소득금액변동통지 중 2007년 소득금액변동통지를 제외한 나머지 부분은 과세전적부심사의 기회를 박탈하여 납세자의 절차적 권리를 침해하였으므로 위법하다(이하 ’제3 주장‘이라 한다).

나. 관계 법령

별지2 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1 주장에 관한 판단

가) 구 국세기본법 제81조의4 제1항은 ⁠“세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.”고 규정하고, 제2항은 ⁠“세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 등을 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.”고 규정하고 있다. 이러한 규정 등과 그 취지에 비추어 볼 때, 구 국세기본법 제81조의4 제2항에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조).

한편, 구 국세기본법 제81조의6 제3항은 ⁠“세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다.”고 규정하면서, 제4호에서 ⁠‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’를 들고 있다.

나) 살피건대, 을 제2 내지 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 2017년말경부터 EEE 전 HHH의 비자금에 대한 검찰수사가 시작되자 JJ은 원고가 비자금 조성에 역할을 하였다는 관계자들의 말을 LL하기 시작한 사실, 검찰은 2018년 1월경 비자금 조성과 관련하여 원고에 대한 압수․수색을 진행한 사실, 검찰은 원고에 대한 수사를 진행한 후 2018. 2. 13. 원고의 대표자인 BBB에 대하여 ⁠‘하청업체와 거래대금을 부풀리고, 감사로 등재된 최대주주이자 EEE 전 OOO의 처남인 CCC의 부인 DDD에게 허위 급여를 지급하는 방식으로 비자금을 조성하였으며,GGG의 회사에 담보 없이 돈을 빌려줘 원고에게 손해를 가하였다’는 혐의로 구속영장을 청구한 사실, 법원은 2018. 2. 20. 범죄혐의가 소명되고 구속사유가 있다는 이유로 BBB에 대한 구속영장을 발부한 사실, AA지방국세청은 이러한 사실을 확인한 후 2018. 2. 22.경부터 이 사건 세무조사를 시작한 사실이 인정된다.

위 인정사실에 의하면, 이 사건 세무조사는 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우 및 신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 세무조사대상 선정사유를 갖추었을 뿐만 아니라 재조사가 예외적으로 허용되는 경우라 봄이 상당하다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 제2 주장에 관한 판단

가) 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 ⁠“법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다.”는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789전원합의체 판결 등 참조). 나아가 장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명하지 않은 한 과세관청이 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다.(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 등 참조).

나) 살피건대, 앞서 인정한 사실, 갑 제4 내지 6, 12 내지 14호증, 을 제7 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① BBB 관련 형사사건에서 BBB가 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 횡령하여 CCC과 DDD에게 전달한 시기가 2006년 8월경부터 2015년 3월경까지로 인정되었는데, DDD 관련 형사사건에서는 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 횡령하여 DDD가 전달받은 시기가 2009년 5월경부터 2015년 3월경까지로 인정된 점, ② DDD 관련 형사사건의 항소심은 ⁠‘BBB는 CCC이 쓰러져 병원에 입원하기 전까지는 원고를 통해 부외자금을 조성하여 CCC에게 전달하였는데, DDD는 이러한 사실을 몰랐던 것으로 보인다. 다만 FFF이 2009년 4월경 DDD에게 찾아가 매월 1~2억 원의 비자금을 조성하여 CCC에게 주었다는 이야기를 하였고, DDD는 2009년 5월경 이후로 원고로부터 비자금을 받아 온 것으로 보인다.’고 판단한점, ③ BBB 관련 형사사건의 범죄일람표를 보면, 횡령금이 2006년 8월경부터 2008년 12월경까지 매월 단위로 교부되고 2009년 5월경부터 다시 매월 단위로 교부된 것을 알 수 있는데, 2009년 1월경부터 2009년 4월경까지는 횡령금을 교부받던 CCC이 쓰러져 병원에 입원하는 등의 사정이 발생하여 횡령금 교부가 잠시 중단되었다가 이를 알게 된 DDD의 요구로 2009년 5월경부터는 횡령금이 DDD에게 교부된 것으로 보이고, 2006년 8월경부터 CCC과 DDD가 횡령금을 지급받아 왔다면 CCC이 쓰러진 후에는 횡령금이 중단 없이 DDD에게 교부되었을 것이나 위와 같이 약 4개월간의 공백이 있었던 점, ④ 원고에서 근무한 FFF은 수사기관에서 ⁠“2009년 1월경부터는 CCC의 건강이 악화되어 CCC에게 조성된 비자금을 건네지 못하고 있다가 2009년 5월경부터 BBB가 다시 비자금을 조성하여 DDD에게 건네주라고 하여 DDD에게 건네준 것이다.”고 진술한 점, ⑤ BBB 관련 형사사건에서 BBB가 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 횡령한 후 CCC과 DDD에게 전달하였다고 인정되고 횡령금별로 그 귀속자가 구분되지는 않았으나, 앞서 본 사정들에 비추어 2009년 5월경 전․후로 횡령금의 귀속자가 CCC과 DDD로 나뉘는 것으로 보이는 점 등을 종합하면, 2007년 소득금액변동통지상의 소득금액은 CCC에게 귀속된 것으로 봄이 상당하여 그 귀속이 불분명한 경우에 해당한다고 보기 어려움에도 피고는 원고의 대표자인 BBB에게 귀속된 것으로 보아 2007년 소득금액변동통지를 하였으므로 이는 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3) 제3 주장에 관한 판단

가) 구 국세기본법 제81조의15는 제1항 본문 및 제1호에서 ⁠“제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지(이하 ⁠‘세무조사결과통지’라 한다)를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ⁠‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하면서, 제2항 제2호에서 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에는 제1항을 적용하지 않는다고 정하고 있다. 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다.

과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이므로, 과세관청이 법인에 대하여 세무조사 결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ⁠‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다. 따라서 이러한 경우 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다. 이와 같은 특별한 사정이 없음에도 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하다(대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 등 참조).

나) 살피건대, 관계 법령의 규정 내용, 앞서 인정한 사실, 갑 제9 내지 11호증, 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 2018. 3. 31. 2007년 소득금액변동통지를 하기 전 이에 대한 세무조사결과통지는 2018. 3. 26.경 있었으나, 2018. 6. 26. 이 사건 소득금액변동통지 중 2007년 소득금액변동통지를 제외한 나머지 소득금액변동통지를 하기 전 이에 대한 세무조사결과통지를 하였다는 점에 관하여 피고의 구체적인 주장․입증이 없는 점, ② 과세관청인 피고로서는 과세전적부심사를 거치지 않더라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 예외사유가있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 원고에게과세전적부심사의 기회를 부여하여야 하는 점, ③ 피고는 원고의 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발하였으므로, 위 나머지 소득금액변동통지 부분에 관하여도 제81조의15 제2항 제2호에서 정한 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’의 사유가 있는 것으로 볼 수 있다는 취지로 주장하나, 과세관청이 법인에 대하여 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또 는 통고처분을 하였더라도 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ⁠‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 소득금액변동통지 중 2007년 소득금액변동통지를 제외한 나머지 소득금액변동통지는 원고에게 과세전적부심사를 청구할 기회를 부여하지 아니한 위법이 있고, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하므로, 위 나머지 소득금액변동통지는 무효를 선언하는 의미에서 취소되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다[위 나머지 소득금액변동통지 중 2008년 소득금액변동통지는 앞서 2)항에서 살핀 바와 같은 이유로 실체적으로도 위법하다].

3. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 대구지방법원 2021. 06. 17. 선고 대구지방법원 2019구합23984 판결 | 국세법령정보시스템