요지

퇴직연금부담금의 중도인출이 이루어졌다는 사유만으로 법인세법 시행령 제44조의 2에서 정한 퇴직연금부담금 한도초과액에 관한 손금불산입의 요건인 ⁠‘퇴직’이 있었다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

1. 청구취지

피고가 2017. 12. 1. 원고에게 한 2013 사업연도 귀속 법인세 485,313,350원(가산세

포함, 이하 같다)의 부과처분, 2014 사업연도 귀속 법인세 824,591,514원의 부과처

분, 2015 사업연도 귀속 법인세 650,356,459원의 부과처분, 2016 사업연도 귀속 법인

세 289,536,500원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를

기각한다.

  이 유

1. 제1심판결의 인용

피고가 항소하면서 당심에서 주장하는 사유는 제1심에서 피고가 주장한 내용과 크게

다르지 않고, 당심에서 추가로 제출된 증거를 피고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도

원고의 청구를 일부 인용한 제1심의 판단은 정당하다고 인정된다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 수정하는 부분을 제외

하고는, 제1심판결의 이유 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제

420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

[수정하는 부분]

○ 제1심판결문 제6면 아래에서 제4행의 ⁠“20.자”를 ⁠“1.자”로 고친다.

○ 제1심판결문 제7면 제5 내지 13행을 아래와 같이 고친다.

「원고가 박**에 대하여 2013년까지 매월 또는 매년 중간정산하여 지급한 퇴직금 은 주주총회의 결의 없이 지급된 것으로서 사법상 무효이므로, 퇴직금 산정의 기초가

되는 박**의 근속연수는 1985년부터 기산함이 타당하다. 또한 박**은 그간 적립한

확정기여형 퇴직연금 부담금을 중도인출한 것일 뿐 실제로 퇴직한 것이 아니므로 법인

세법에 따른 손금불산입 시기가 아직 도래하지 않았다. 그럼에도 불구하고, 피고가 박

**의 근속연수가 2008년부터 기산된다는 전제하에 근속연수를 8년으로 보고 산정한

퇴직급여 한도액(= 483,756,320원)을 기준으로, 이 사건 부담금에서 위 한도액을 공제

한 2,328,077,290원(= 2,811,833,610원 – 483,756,320원)을 손금산입 한도 초과액으로

보고 손금불산입한 것은 위법하다. 설령 위 초과액이 손금불산입 대상이 된다고 하더

라도 퇴직연금 사업자에게 지급한 퇴직연금 부담금을 업무무관 가지급금으로 보아 그 에 상당하는 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입할 수는 없다(조세심판원 에서 이 사건 부담금이 업무무관 가지급금이 아니라는 전제 아래, 그중 483,756,320원 을 초과하는 금원인 2,328,077,290원에 대한 손금불산입만을 하여야 한다고 결정하였

음에도 불구하고, 피고가 이를 업무무관 가지급금으로 보아 그에 대한 인정이자를 익

금산입하고 지급이자를 손금불산입한 것은 조세심판원 결정의 기속력에 반하여 이 점

에서도 위법하다.」

○ 제1심판결문 제8면 제15행부터 제15면 제21행까지 부분을 아래와 같이 고친다.

「1) 쟁점① 주장에 관한 판단(원고 주장 인용)

가) 퇴직급여 및 퇴직연금 부담금의 손금산입 관련 법인세법령의 규정 내용

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26

조는 ⁠“다음 각 호의 손비 중 대통령령으로 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고

인정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아

니한다.”라고 규정하고 그 제1호에서 그와 같이 손금불산입할 손비로 인건비를 규정하 고 있다.

구 법인세법의 위와 같은 위임에 따라 구 법인세법 시행령 제44조는 퇴직급여의 손

금불산입에 관하여 규정하고 있는데, 제1항에서 ⁠“법인이 임원 또는 사용인에게 지급하 는 퇴직급여(근로자퇴직급여 보장법 제2조 제5호의 규정에 따른 급여를 말한다. 이하

같다)는 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직(이하 이 조에서 ⁠‘현실적인 퇴직’이라 한

다)하는 경우에 지급하는 것에 한하여 손금에 산입한다.”라고 규정하고, 제2항은 ⁠“현실

적인 퇴직은 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해

당하는 경우를 포함하는 것으로 한다.”라고 하면서 제3호에서 ⁠‘근로자퇴직급여 보장법

제8조 제2항에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때(중간정산시점부터 새로 근무

연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)’를, 제5호에서 ⁠‘정관 또는 정

관에서 위임된 퇴직급여지급규정에 따라 장기 요양 등 기획재정부령으로 정하는 사유 로 그때까지의 퇴직급여를 중간정산하여 임원에게 지급한 때(중간정산시점부터 새로

근무연수를 기산하여 퇴직급여를 계산하는 경우에 한정한다)’를 규정하고 있다. 또한

같은 조 제4항은 ⁠“법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중 다음 각 호의 어느 하나에 해

당하는 금액을 초과하는 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 1. 정관에 퇴직급여(퇴직위

로금 등을 포함한다)로 지급할 금액이 정하여진 경우에는 정관에 정하여진 금액, 2. 제

1호 외의 경우에는 그 임원이 퇴직하는 날부터 소급하여 1년 동안 해당 임원에게 지급

한 총급여액[소득세법 제20조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 금액(같은 법 제12조에 따

른 비과세소득은 제외한다)으로 하되, 제43조에 따라 손금에 산입하지 아니하는 금액 은 제외한다]의 10분의 1에 상당하는 금액에 기획재정부령으로 정하는 방법에 의하여

계산한 근속연수를 곱한 금액. 이 경우 해당 임원이 사용인에서 임원으로 된 때에 퇴

직금을 지급하지 아니한 경우에는 사용인으로 근무한 기간을 근속연수에 합산할 수 있

다.”라고 규정하고 있고, 제5항은 ⁠“제4항 제1호는 정관에 임원의 퇴직급여를 계산할 수

있는 기준이 기재된 경우를 포함하며, 정관에서 위임된 퇴직급여지급규정이 따로 있는

경우에는 해당 규정에 의한 금액에 의한다.”라고 규정한다.

한편, 구 법인세법 시행령 제44조의2는 퇴직보험료 등의 손금불산입에 대하여 규정

하고 있는데, 제1항은 ⁠“내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직급여를 지급하기 위하여

납입하거나 부담하는 보험료ㆍ부금 또는 부담금(이하 이 조에서 ⁠‘보험료등’이라 한다)

중 제2항에서 제4항까지의 규정에 따라 손금에 산입하는 것 외의 보험료등은 이를 손

금에 산입하지 아니한다.”고 규정하고, 제2항은 ⁠“내국법인이 임원 또는 사용인의 퇴직 을 퇴직급여의 지급사유로 하고 임원 또는 사용인을 수급자로 하는 연금으로서 기획재

정부령으로 정하는 것(이하 이 조에서 ⁠‘퇴직연금등’이라 한다)의 부담금으로서 지출하 는 금액은 해당 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.”라고 규정

하고 있으며, 제3항은 ⁠“제2항에 따라 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴직연금등의 부담

금은 전액 손금에 산입한다. 다만, 임원에 대한 부담금은 법인이 퇴직 시까지 부담한

부담금의 합계액을 퇴직급여로 보아 제44조 제4항을 적용하되, 손금산입 한도 초과금

액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 손금산입 한도 초과금액

상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입 한도 초과금액이 퇴직일이 속하는 사업

연도의 부담금을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의 익금에 산

입한다.”라고 정하고 있다.

나) 손금불산입 한도액 초과 여부

(1) 관련 법리

상법 제388조에 의하면 주식회사의 이사의 보수는 정관에 그 액을 정하지 아니

한 때에는 주주총회의 결의로 이를 정한다고 규정되어 있다. 이는 이사가 자신의 보수 와 관련하여 개인적 이익을 도모하는 폐해를 방지하여 회사와 주주 및 회사채권자의

이익을 보호하기 위한 강행규정이다. 따라서 정관 등에서 이사의 보수에 관하여 주주

총회의 결의로 정한다고 규정되어 있는 경우 그 금액ㆍ지급방법ㆍ지급시기 등에 관한

주주총회의 결의가 있었음을 인정할 증거가 없는 한 이사의 보수 청구권을 행사할 수

없다. 이사의 퇴직금은 상법 제388조에 규정된 보수에 포함되고, 퇴직금을 미리 정산

하여 지급받는 형식을 취하는 퇴직금 중간정산금도 퇴직금과 성격이 동일하다. 다만

이사에 대한 퇴직금은 성격상 퇴직한 이사에 대해 재직 중 직무집행의 대가로 지급되 는 보수의 일종이므로, 이사가 재직하는 한 이사에 대한 퇴직금 지급의무가 발생할 여

지가 없고 이사가 퇴직하는 때에 비로소 지급의무가 생긴다. 그런데 퇴직금 중간정산

금은 지급시기가 일반적으로 정해져 있는 정기적 보수 또는 퇴직금과 달리 권리자인

이사의 신청을 전제로 이사의 퇴직 전에 지급의무가 발생하게 되므로, 이사가 중간정

산의 형태로 퇴직금을 지급받을 수 있는지 여부는 퇴직금의 지급시기와 지급방법에 관

한 매우 중요한 요소이다. 따라서 정관 등에서 이사의 퇴직금에 관하여 주주총회의 결

의로 정한다고 규정하면서 퇴직금의 액수에 관하여만 정하고 있다면, 퇴직금 중간정산 에 관한 주주총회의 결의가 있었음을 인정할 증거가 없는 한 이사는 퇴직금 중간정산

금 청구권을 행사할 수 없다(대법원 2019. 7. 4. 선고 2017다17436 판결 등 참조)

(2) 인정사실

(가) 임원의 퇴직금과 관련한 원고 정관의 개정 과정은 아래와 같다

(나) 한편, 임원퇴직금지급규정은 2011. 11. 28. 제정되어 같은 해 12. 1.부터

시행되었는데,1) 이 사건에 관련한 임원퇴직금지급규정의 내용은 아래와 같다(다만, 아

래에서 보는 바와 같이 위 임원퇴직금지급규정의 효력을 인정할 수 없다).

1) 원고의 2020. 9. 29.자 석명사항에 대한 답변 제3면 참조. 임원퇴직금지급규정의 ⁠‘제정 및 시행 시점’에 관하여 피고가

명백히 다투지 아니하므로 이 부분은 자백한 것으로 본다.

2007. 2. 이전 정관 제31조(보수와 퇴직금)

임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다.

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2007. 1. 31. 개정되어 2007. 3. 시행된 정관 제31조(보수와 퇴직금)

① 이사 및 감사의 보수는 주주총회의 결의로 이를 정한다.

② 퇴직한 임원의 퇴직금의 지급은 주주총회의 결의를 거친 임원퇴직금지급규정에 의

한다.

ê

2011. 11. 28. 개정되어 2011. 12. 1. 시행된 정관 제31조(보수와 퇴직금)

① 이사 및 감사의 보수는 주주총회의 결의로 이를 정한다.

② 퇴직한 임원의 퇴직금 및 퇴직위로금은 주주총회의 결의를 거친 임원퇴직금지급규정 및 임원퇴직위로금지급규정에 의한다.

임원퇴직금지급규정

제3조(퇴직금의 종류)

1. 임원의 퇴직금은 퇴직금과 퇴직위로금으로 한다.

2. 임원의 퇴직위로금에 대해서는 정관에서 위임한 별도의 임원퇴직금위로금 지급규정에

의한다.

제4조(지급사유)

임원에 대한 퇴직금은 현실적인 퇴직의 경우에 지급하며 다음 각 호를 포함한다.

1. 임기만료 퇴임

2. 사임 및 퇴사

3. 재임 중 사망

4. 기타 상기와 유사한 사유로 인한 면직

제7조(퇴직의 범위)

1. 개인기업을 포괄양수양도의 방법으로 법인 전환한 경우 개인기업에서 근무한 기간의

퇴직금을 정산하지 않은 경우 개인기업의 근무기간에 대해서는 전체 근속연수에 포함하여

퇴직금을 정산한다.

제8조(퇴직금의 계산)

1. 임원의 퇴직금은 다음에 따라 산정한다.

※ 임원퇴직금= 평균임금(1년 보수총액 / 12) × 근속연수 × 직급별 기준 지급률

2. 제1항의 임원 퇴직금 계산에 적용하는 지급률은 아래와 같다.

단, 중간정산을 하여 퇴직금을 지급한 후 퇴직금 산정을 위한 계속근속연수는 정산시점

부터 새로이 기산한다.

3. 제3조 1항의 보수총액이라 함은 비과세소득은 포함하고 배당 및 특별상여는 제외한 금

액으로 한다.

제11조(규정 개폐)

이 규정의 개폐는 주주총회의 결의에 의한다.

근속년수 대표이사 사내이사 감사

5년 미만 100% 100% 100%

5년 이상 ~ 10년 미만 200% 110% 110%

10년 이상 ~ 300% 120%

(다) 원고의 2011. 11. 28.자 임시주주총회 의사록에는 발행주식총수의 과반수 에 해당하는 주식을 가진 5인의 주주가 출석하여 ⁠‘정관 일부 변경의 건’에 대하여 의장

의 제안 설명을 듣고 출석주주 전원의 찬성으로 위 안건을 의결하였다는 취지로 기재

되어 있다. 위 의사록에는 정관 변경 안이 아래와 같이 첨부되어 있다.

제1호 의안 : 정관 일부 변경의 건

당사의 임원퇴직위로금규정 신설에 따라 현행 정관을 아래와 같이 변경하고자 함

(이하 현행 정관안과 개정 정관의 비교 도표 생략, 비고란에 ⁠‘임원퇴직위로금규정 신설에

따른 정관변경이라 기재되어 있음)

(라) 원고는 1999년경부터 2013년경까지 박**의 매월 또는 매년 급여에 퇴

직금 명목의 금액을 포함하여 지급하면서 퇴직소득을 원천징수하고 과세관청에 퇴직급

여지급명세서를 제출하였는데, 피고는 2014년 실시한 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이전세무조사’라 한다)에서 원고가 박**에게 위와 같이 중간정산하여 지급한 퇴직금(이하 ⁠‘이전 중간정산 퇴직금’이라 한다) 중 2008년부터 지급된 금액이 구 법인세법 시행령

제44조에 정한 요건을 갖추지 못한 퇴직급여로서, 박**에 대한 업무무관 가지급금에

해당한다고 보아 이를 손금불산입하고 그에 관련한 인정이자 익금산입 및 지급이자 손

금불산입 결정(이하 ⁠‘종전 처분’이라 한다)을 하였다.

【인정근거】 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 7, 12호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을

제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

(3) 구체적 판단

(가) 관련 법리에 비추어 위 인정사실에서 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종

합하여 볼 때, 이 법원에 이르기까지 제출된 모든 증거들을 살펴보더라도, 원고가 박**락에게 지급한 이전 중간정산 퇴직금에 관한 주주총회의 결의가 있었다거나 그 지급의

근거로 삼은 임원퇴직금지급규정이 주주총회의 결의를 거쳐 적법하게 제정되었다는 점 을 뒷받침할 수 있는 증거가 없으므로, 원고가 박종락에게 지급한 이전 중간정산 퇴직

금은 퇴직금 중간정산으로서의 효력이 없다.

① 박**에 대한 이전 중간정산 퇴직금 중, 원고가 2007. 2. 이전에 박** 에게 지급한 부분의 경우, 당시 원고 정관은 제31조에서 ⁠‘임원의 보수 또는 퇴직한 임

원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다’고 규정하고 있으므로, 이 부분 중간정산이

유효하기 위해서는 퇴직금 중간정산에 관한 주주총회의 결의가 있었어야 할 것인데,

위 결의가 있었음을 인정할 만한 아무런 증거가 없다. 또한 이전 중간정산 퇴직금 중,

2011. 11. 30. 이전에 지급이 이루어진 부분의 경우에도, 당시 원고 정관은 제31조 제2

항에서 ⁠‘퇴직한 임원의 퇴직금의 지급은 주주총회의 결의를 거친 임원퇴직금지급규정 에 의한다’고 규정하고 있는데, 이러한 정관의 위임에 따라 임원퇴직금지급규정이 실제 로 제정된 바 없는 것으로 보이므로, 결국 이 부분 중간정산이 효력을 갖기 위해서는

퇴직금 중간정산에 관한 주주총회의 결의가 있었어야 할 것임에도 불구하고, 이러한

결의가 있었음을 인정할 수 있는 별다른 증거가 없다.

오히려 갑 제11호증의 1 내지 4의 각 기재에 의하면, 원고의 재무제표에 첨부된 주

석에 ⁠‘원고가 매월말 또는 매년말 임직원들에게 퇴직금 해당액을 정산하여 지급하므로

퇴직급여충당금을 설정하지 아니합니다’라는 등의 내용이 기재되어 있는 사실을 인정

할 수 있는바, 원고가 위 기간 동안에 원고 소속 임직원에 대하여 그들의 의사에 관계

없이 퇴직금 중간정산을 일괄 실시하였음을 알 수 있을 뿐이다.

② 회사의 자본 충실을 기하고 임원이 자신의 보수와 관련하여 개인적 이익 을 도모하는 폐해를 방지하기 위한 상법 제388조의 취지에 따라 퇴직금 중간정산금의

지급에 관하여 정관의 규정이나 주주총회의 결의에 의하여 정할 것을 요구하고 있는

위 대법원 2017다17436 판결에 의할 때, 퇴직금 중간정산에 관하여 정관에서 직접 정

하지 아니하거나 주주총회에서 따로 결의하지 아니한 채, 주주총회의 결의에 따라 제

정된 임원퇴직금지급규정의 형식으로 퇴직금 중간정산의 금액ㆍ지급방법ㆍ지급시기 등 을 정하는 것은 허용된다고 볼 수 있으나, 위와 같은 상법 제388조의 규정 취지에 비

추어 보면, 임원퇴직금지급규정은 ⁠(이사회 등이 아닌) 주주총회에서 적법한 절차를 거

쳐 제정된 경우에만 그 효력을 인정할 수 있다.

그런데 이전 중간정산 퇴직금 중, 2011. 12. 1. 이후에 지급이 이루어진 부분의 경우,

퇴직금 중간정산에 관한 주주총회의 결의가 있었음을 인정할 증거가 없고, 단지 위 시

기부터 임원퇴직금지급규정이 사실상 시행되었음은 앞서 살펴본 바와 같다.

그러나 상법 제388조의 규정 취지와 위 대법원 판결의 취지에 따를 때, 퇴직금 중간

정산이 유효하게 이루어지기 위해서는 그에 관한 주주총회의 결의가 있거나 그에 터

잡은 유효한 임원퇴직금지급규정에 근거하여야 할 것이고, 앞서 본 바와 같이 원고 정

관에 ⁠‘주주총회의 결의를 거쳐’ 임원퇴직금지급규정을 제정하도록 규정되어 있고, 임원

퇴직금지급규정에도 ⁠‘규정 개폐는 주주총회의 결의에 의하도록’ 되어 있음에도 불구하 고, 임원퇴직금지급규정의 시행을 앞두고 개최된 원고의 2011. 11. 28.자 임시주주총회 에서 정관 변경에 관한 의결만 이루어졌을 뿐이며, 이와 별도로 ⁠‘임원퇴직금지급규정 제

정’을 안건으로 하는 결의가 이루어졌음을 인정할 수 있는 증거가 없다[주주총회에서

여러 개의 안건이 상정된 경우 결의가 이루어졌는지 여부는 각 안건별로 별도로 판단

되어야 한다(대법원 2010. 3. 11. 선고 2007다51505 판결 취지 등 참조). 원고의 위 임

시주주총회에 상정된 ⁠‘정관 변경 안’에는「제1호 의안 : 정관 일부 변경의 건, 당사의

임원퇴직위로금규정 신설에 따라 현행 정관을 아래와 같이 변경하고자 함」이라고 기

재되어 있고, 그 정관 개정이 임원의 퇴직금 등을 임원퇴직금지급규정 등에 의하여 지

급하도록 하는 내용의 개정이라고 하더라도, 위 임시주주총회에 ⁠‘임원퇴직금지급규정

제정’에 관한 안건이 상정되어 그에 관한 심의와 결의가 이루어지지 아니한 이상, 위

법리에 비추어 볼 때, 위 정관 변경에 관한 의결만으로 ⁠‘임원퇴직금지급규정 제정’을

안건으로 하는 결의가 이루어졌다고 볼 수는 없다].

③ 이에 대하여 피고는, 2007년 기준으로 박**이 아내 최**과 함께 발행

주식총수의 과반수에 해당하는 원고 주식을 소유하는 대주주로서 원고를 지배하고 있 는 자로서, 이전 중간정산 퇴직금의 지급을 결재하거나 승인하였으므로, 퇴직금 중간정

산에 관한 주주총회의 결의가 있었던 것과 동일하게 취급해야 한다는 취지로 주장한다.

나아가 살피건대, 주식회사에 있어서 회사가 설립된 이후 총 주식을 한 사람이 소유

하게 된 이른바 1인회사의 경우에는 그 주주가 유일한 주주로서 주주총회에 출석하면

전원 총회로서 성립하고 그 주주의 의사대로 결의가 될 것임이 명백하므로 따로 총회

소집절차가 필요 없고, 실제로 총회를 개최한 사실이 없었다 하더라도 그 1인 주주에

의하여 의결이 있었던 것으로 주주총회의사록이 작성되었다면 특별한 사정이 없는 한

그 내용의 결의가 있었던 것으로 볼 수 있고, 이는 실질적으로 1인회사인 주식회사의

주주총회의 경우도 마찬가지이며, 그 주주총회의사록이 작성되지 아니한 경우라도 증

거에 의하여 주주총회 결의가 있었던 것으로 볼 수 있다(대법원 2004. 12. 10. 선고

2004다25123 판결 등 참조). 따라서 임원퇴직금지급규정에 관하여 원고의 주주총회 결

의가 없었고 주주총회의사록이 작성된 바 없었더라도, 만일 위 규정에 따른 퇴직금이

사실상 1인회사의 실질적 1인 주주의 결재ㆍ승인을 거쳐 관행적으로 지급되었다면 위

규정에 대하여 주주총회의 결의가 있었던 것으로 볼 여지가 있다.

그러나 위 대법원 판결의 취지에 따라 지배주주의 의사와 퇴직금 지급관행만으로 주

주총회의 결의가 있었던 것으로 보기 위해서는 발행주식총수의 주식을 한 사람이 소유

한 1인회사이거나 그에 준하는 사실상의 1인회사에 해당하여야 할 것인데, 을 제11호

증의 기재에 의하면, 박**이 2007년 당시 자신의 처와 함께 소유한 주식의 지분율은

50.39%2)에 지나지 아니하여 원고가 박종락의 1인회사이거나 사실상 1인회사에 해당한**고 볼 수 없고, 그 밖에 달리 이러한 사실을 인정할 수 있는 증거가 없다. 따라서 피고의 위 주장은 받아들이지 아니한다[설령 박**이 사실상 1인회사의 실질적 1인 주주라고 가정하더라도, 특별한 사정이 없는 한, 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어

2) = 박**의 주식 지분율 45.67% + 최**의 주식지분율 4.72%. 한편, 갑 제11의5(2010년도 및 2011년도 재무제표에

대한 감사보고서)의 기재에 의하면, 2011. 12. 31. 기준으로 박**의 주식 지분율은 변함없다.

있는 자는 회사에 대한 관계에서 그 주식에 관한 의결권 등 주주권을 행사할 수 있고,

회사 역시 주주명부상 주주 외에 실제 주식을 인수하거나 양수하고자 하였던 자가 따 로 존재한다는 사실을 알았든 몰랐든 간에 주주명부상 주주의 주주권 행사를 부인할

수 없으며, 주주명부에 기재를 마치지 아니한 자의 주주권 행사를 인정할 수도 없다는

법리(대법원 2017. 3. 23. 선고 2015다248342 전원합의체 판결 참조)에 비추어 볼 때,3)

박**의 의사만으로 원고 회사의 주주총회 결의를 대체할 수 있다고 보기도 어렵다].

④ 한편, 피고는, 원고의 재무제표에 대한 감사보고서에 ⁠‘원고가 매월말 또 는 매년말에 퇴직금 해당액을 정산하여 급여와 함께 지급한다’, ’회사가 연봉제를 실시

함에 따라 1년 이상 근속한 전 임직원에 대하여 매년말에 퇴직금을 정산하여 지급한

다‘는 등의 취지가 기재되어 있는데, 이러한 감사보고서가 주주총회에서 결의되었으므 로, 퇴직금 중간정산에 관하여 주주총회의 결의를 거치지 않았다고 볼 수 없다는 취지 로 주장하나, 갑 제11, 13호증의 각 기재에 의하면, 원고가 정기주주총회에 결산자료로

제출한 대차대조표, 손익계산서, 이익잉여금 처분계산서에 원고가 박종락에 대하여 이

전 중간정산 퇴직금을 지급하였다는 구체적인 내용의 기재는 전혀 없고, 단지 재무제

표에 대한 주석에 ’퇴직금 중간정산으로 인하여 퇴직급여충당금 계정이 설정되지 아니

하였다‘는 취지의 내용만이 기재되어 있음을 인정할 수 있을 뿐인데, 상법 제388조에서

이사의 보수에 관하여 주주총회의 결의에 의하도록 규정한 취지에 비추어 볼 때, 감사

보고서에 기재된 위와 같은 내용의 기재만으로 퇴직금 중간정산에 관한 주주총회의 결

의가 있었다고 보기 어려우므로(위 대법원 2007다51505 판결 취지 참조), 피고의 위

주장도 이유 없다.

3) 위 대법원 2015다248342 판결은 위 대법원 2004다25123 판결을 명시적으로 변경하지는 아니하였으나, 양 판결은 그

취지에 비하여 상반되는 측면이 있다.

(나) 위 ⁠(가)항에서 살펴본 바와 같이 원고가 박**에게 지급한 이전 중간정

산 퇴직금이 퇴직금 중간정산으로서의 효력이 없는 이상, 피고가 이 사건 처분의 기초 로 삼은 바와 같이, 원고가 박**에게 2007년 이전에 지급한 이전 중간정산 퇴직금이

유효하게 정산되었다는 전제 아래, 박**의 퇴직연금 부담금의 손금산입 한도액 산정

의 요소가 되는 박**의 근속연수를 2008년부터 다시 기산할 수는 없다(이에 대하여

피고는 이전 세무조사에서 박**에 대한 이전 중간정산 퇴직금 중 2007년 이전에 지급

된 부분에 대하여는 부과제척기간의 도과 등 문제로 손금불산입이 이루어지지 않았음에 도 불구하고, 만약 이 사건 부담금이 모두 손금산입될 경우 이전 중간정산 퇴직금 중

2007년 이전에 지급된 부분에 대하여는 중복으로 손금산입되는 셈이 되어 부당하다는

취지로 주장하나, 이전 중간정산 퇴직금이 퇴직금 중간정산으로서 효력이 있는지 여부는

상법 제388조 등을 비롯한 실체법적 요건을 갖추었는지 여부에 따라 판단하여야 할 것

이지, 거꾸로 법인세법상 그 부분에 해당하는 비용이 손금으로 산입되었는지에 따라 결

정할 것은 아니므로, 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다).

따라서 피고가 ’박**의 근속연수가 2008년부터 다시 기산된다는 전제에서, 박**의

퇴직연금 부담금의 손금산입 한도액을 이 사건 부담금 중 483,756,320원이라고 보고, 위

금액을 초과하는 금원을 위 각 사업연도 소득금액에서 손금불산입함과 아울러, 그에 상

당하는 인정이자를 익금산입하고 지급이자를 손금불산입한‘ 조치는 위법하다.

다) 손금불산입 시기 도래 여부(가정적 판단)

(1) 관련 법리

법 해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적

타당성을 찾는 데에 두어야 한다. 그리고 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언

의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하고, 나아가 법률의 입법 취지 와 목적, 제ㆍ개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체

계적ㆍ논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 법 해석의 요청에 부응하는 타당

한 해석이 되도록 하여야 할 것이다(대법원 2020. 8. 27. 선고 2019도11294 전원합의체

판결 등 참조).

또한 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고

조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이

확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017

두36953 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

아래와 같은 사정을 종합하면, 임원에 대하여 구 법인세법 시행령 제44조 제2항 에서 정한 퇴직급여 지급사유와 동일한 사유로 퇴직연금 부담금의 중도인출이 이루어

졌다고 하더라도, 단지 그러한 사유만으로 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 단서 에서 정하는 퇴직급여 한도 초과액에 대한 손금불산입의 요건이 되는 ’임원의 퇴직‘이

있었다고 볼 수 없으므로, 설령 피고의 주장대로 이 사건 부담금 중 손금불산입된

2,328,077,290원(이하 ⁠‘이 사건 손금불산입 부담금’이라고 한다)이 손금불산입 한도액을

초과하였다고 가정하더라도, 그 손금불산입 시기가 도래하였다고 할 수 없다.

(가) 앞서 관련 규정에 관하여 살펴본 바와 같이, 구 법인세법 시행령 제44조

의 규정은 법인이 임원 또는 사용인에게 직접 지급하는 퇴직급여의 손금산입 및 그 한 도 등에 관하여 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제44조의2는 법인이 임원 또는 사

용인에 대하여 퇴직급여를 지급하기 위하여 제3의 연금사업자 등에 대하여 납입하는

부담금 등에 대한 손금산입 및 그 한도 등에 관하여 규정하고 있다. 그런데 구 법인세

법 시행령 제44조는 제1항에서 임원 또는 사용인이 현실적으로 퇴직하는 경우에 지급

하는 퇴직급여를 손금에 산입한다고 정하면서, ⁠‘현실적으로 퇴직’하는 것을 해당 조(제

44조)에서 ⁠‘현실적인 퇴직’이라 한다고 규정하면서, 제2항에서 근로자퇴직급여 보장법 에 따른 퇴직급여의 중간정산(제3호) 및 정관 등에 따른 임원에 대한 퇴직급여의 중간

정산(제5호)이 ⁠‘현실적인 퇴직’에 해당한다고 정의하고 있다. 반면에 구 법인세법 시행

령 제44조의2 제3항은 ⁠‘퇴직’, ⁠‘퇴직일’이라는 표현을 사용하고 있을 뿐, ⁠‘현실적인 퇴

직’이라는 표현을 사용하고 있지 아니하다.

또한 근로기준법이나 근로자퇴직급여 보장법상에 ⁠‘퇴직’에 관한 정의 규정이 따로 존

재하지는 아니하나, 우리 법체계상 또는 일반인의 언어관념에 따를 때, ⁠‘퇴직’의 통상적

인 의미는 해당 임원 또는 직원이 법인과 위임관계 내지 근로관계를 종료하는 경우를

일컬을 뿐, 퇴직급여를 중간정산하는 경우까지 포함하는 의미로까지 사용되고 있지 아

니하다. 다만, ⁠(퇴직급여 중간정산 제도가 도입되기 전에) 근로자의 입장에서는 퇴직하

기 이전이라도 기왕의 계속근로연수에 해당하는 퇴직금을 지급받을 경제적 사정이 생

길 수 있고, 사용자의 입장에서도 누적되는 퇴직금의 부담에서 벗어나 재무적 구조를

개선시킬 경영상의 필요가 있어 근로자와 사용자가 ⁠‘중간퇴직과 재입사’의 형식을 거쳐

퇴직금을 중간정산한 경우, 이러한 중간퇴직이 근로자의 자발적 의사에 따라 행해졌다

면 퇴직금 중간정산으로서의 효력이 인정되었으나(대법원 1991. 5. 28. 선고 90다20398

판결 등 참조), 그 후 1997. 3. 13. 법률 제5309호로 개정된 근로기준법 제34조를 통하

여 퇴직금 중간정산이 법적 제도로서 허용되기에 이르렀으며, 이는 현행 근로자퇴직급

여 보장법에 의해서도 일정한 요건하에 인정되고 있다. 이와 같은 현행 제도하에서는

근로자가 굳이 중간퇴직의 형식을 거치지 아니하면서도 퇴직금 중간정산을 받을 수 있

도록 하면서, 미리 정산하여 지급한 후의 퇴직금 산정을 위한 계속근로기간을 정산시점

부터 새로 계산하도록 하고 있을 뿐이므로(근로자퇴직급여 보장법 제8조 제2항 단서),

이제 퇴직급여 중간정산이 근로자와 사용자 사이의 근로관계의 종료, 즉 ⁠‘퇴직’을 전제

하는 것도 아니게 되었다.

‘퇴직’이라는 용어가 갖는 이러한 의미를 반영하여, 구 법인세법 시행령 제44조는 제

1항에서 해당 조항에서 퇴직과 구분되는 ⁠‘현실적인 퇴직’이라는 용어를 창설하면서, 제

2항에서 법인이 퇴직급여를 실제로 지급한 경우로서 ⁠‘근로자퇴직급여 보장법 제8조 제

2항에 따라 퇴직급여를 중간정산하여 지급한 때’, ⁠‘정관 등에 따라 퇴직급여를 중간정산

하여 임원에게 지급한 때‘ 등이 ’현실적인 퇴직‘에 해당한다고 정하고 있는 것이다.

(나) 구 법인세법 시행령 제44조가 통상의 퇴직뿐만 아니라, ’현실적인 퇴직‘의

경우에도 퇴직급여를 손금에 산입하는 이유는, 이 경우 근로자와 사용자 사이에 근로

관계가 종료되지 아니하고 사실상 계속됨에도 불구하고, 퇴직급여가 실제 지급되므로

이를 구 법인세법 제19조 및 같은 법 시행령 제19조 제3호에서 정한 인건비 항목으로

손금산입할 필요가 있기 때문이다. ’퇴직급여 중간정산‘ 이외에, 구 법인세법 제44조 제

2항에 정하고 있는 ’현실적인 퇴직‘ 사유는, ’직원이 임원으로 취임한 경우(제1호)‘, ’법

인의 임원 또는 직원이 그 법인의 조직변경ㆍ합병ㆍ분할 또는 사업양도에 의하여 퇴직

한 경우(제2호)‘인데, 이러한 경우에서 해당 임원 또는 직원과 법인 사이의 근로관계가

종료되지 아니하고 사실상 계속되거나 승계됨에도, 계약인수나 고용승계 등이 이루어

지지 않거나 근로계약이 위임계약 등으로 변경되는 관계로 퇴직처리되고 퇴직급여가

지급되었다면, 임원 취임일이나 법인의 조직변경, 합병일 등을 기준으로 퇴직급여를 손

금산입할 필요가 있다는 점에서 ’퇴직급여 중간정산‘의 경우와 공통된다. 이와 같은 필

요로 인하여 ’현실적인 퇴직‘이 통상의 퇴직에 해당하지 아니함에도, 퇴직급여의 실제

지출시기에 맞추어 손금산입을 허용하는 것이다.

다만, 구 법인세법 시행령 제44조 제4항은 법인이 임원에게 지급한 퇴직급여 중에서

위 조항에 정한 퇴직급여 한도를 초과한 부분에 대하여는 손금불산입하도록 규정함으

로써, 퇴직급여로 지급된 금액 중, 사업관련성이 인정되는 보수로서의 범위를 넘어, 특

정 임원에 대한 이익 분여에 해당한다고 볼 수 있는 부분에 대하여는 그 비용으로서의

성격을 부인하고 있다.

(다) 한편, 구 법인세법 시행령 제44조의2 제2항은 법인이 임원 또는 직원의

퇴직급여를 지급하기 위하여 납입하거나 부담하는 보험료등에 대하여 해당 사업연도에

손금산입을 인정하면서, 특히 제3항 본문에서 ’법인이 지출하는 금액 중 확정기여형 퇴

직연금의 부담금은 전액 손금에 산입한다‘고 규정하고 있다.

다만, 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 단서는, 앞서 살펴본 제44조 제4항과 유

사한 취지에서 법인이 퇴직 시까지 부담한 퇴직연금 부담금의 합계액을 퇴직급여로

보아, 그 금액을 제44조 제4항의 손금산입 한도액과 비교한 후 그 초과금액에 대하여

손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서, 그 손금불산입의 방식에 관하여 ⁠“손금산입

한도 초과금액이 있는 경우에는 퇴직일이 속하는 사업연도의 부담금 중 손금산입 한도

초과금액 상당액을 손금에 산입하지 아니하고, 손금산입 한도 초과금액이 퇴직일이 속

하는 사업연도의 부담금을 초과하는 경우 그 초과금액은 퇴직일이 속하는 사업연도의

익금에 산입한다.”라고 규정하고 있다. 이러한 손금불산입 방식은 구 법인세법 시행령

제44조 제4항에 정한 손금불산입의 방식, 즉 당초 퇴직급여로 손금산입된 사업연도의

소득금액을 바로 잡기 위해 위 금액을 납부 사업연도에 손금불산입하는 방식과 달리,

퇴직일이 속하는 사업연도에 납부하는 부담금 중 ⁠(그때까지 누적된) 손금산입 한도 초

과금액 상당액을 손금불산입하고, 만약 그 초과금액이 위 당해연도 부담금을 넘어서는

경우에는 그 초과되는 금액을 퇴직일이 속한 사업연도에 익금산입하는 방식을 취하고

있으므로, 이는 결국 퇴직급여 손금산입 한도를 초과하여 사외에 적립됨으로써, 그동안

손비로 계상된 퇴직연금 부담금 부분을 임원이 퇴직하는 사업연도에 이르러 당해 사업

연도의 소득금액 산정 시에 손금불산입 또는 익금산입하는 방식으로 일거에 반영하도

록 하는 것이다.

그런데 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항 단서는 법인이 납

부한 퇴직연금 부담금의 합계액이 제44조 제4항에 정한 손금산입 한도액을 초과하는

경우, 손금불산입하도록 규정하면서 양 금액을 비교하는 기준 시점을 ’퇴직 시‘로 하고

있을 뿐, ’현실적인 퇴직 시‘라고 규정하고 있거나 ’현실적인 퇴직‘에 관한 정의 규정인

제44조 제2항의 규정을 인용 내지 준용하지 않고 있으므로, 관련 법리에 비추어 볼

때, 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항의 ⁠‘퇴직’의 의미를 제44조에 정한 ⁠‘현실적인

퇴직’ 즉, ⁠‘퇴직연금사업자에게 납입하는 부담금의 중도인출’까지 포함하는 의미로 해석

하는 것은 합리적 이유 없이 확장해석하는 것이다.

이에 대하여 피고는, 구 법인세법 시행령 제44조 제2항의 ’현실적인 퇴직‘에 관한 정

의 규정을 명시적으로 인용하거나 준용하는 규정 등이 없다 하더라도, 퇴직급여 제도 와 퇴직연금 제도의 유사성, 법인세법상 퇴직급여와 퇴직연금 부담금의 손금산입 지급

기준을 동일하게 규율할 필요 및 퇴직연금 부담금에 있어서의 임원의 퇴직은 퇴직급여

지급사유를 전제하고 있다고 보아야 하는 점 등에 비추어, 구 법인세법 시행령 제44조

의2 제3항의 ’퇴직‘은 제44조에 규정된 ’현실적인 퇴직‘을 포함하는 개념이라는 취지로

주장한다.

그러나 ① 구 법인세법 시행령 제44조 제1항은 ’현실적인 퇴직‘이라는 용어와 관련하

여 ’이하 이 조에서 ⁠“현실적인 퇴직”이라 한다’고 규정하고 있는데, 이와 같이 제44조 에 한정하여 정의한 ⁠‘현실적인 퇴직’ 개념을 그 적용 범위에 포함되지 않은 다른 조항

(제44조의2)에서 함부로 차용하기는 어려운 점, ② 구 법인세법 시행령 제44조는 법인 이 임원 또는 사용인에게 직접 지급하는 퇴직급여에 대하여 적용되는 것인 반면, 확정

기여형 퇴직연금 부담금은 법인이 퇴직연금사업자와 관련 계약을 체결하고 기여금을

납입하는 것이므로, 퇴직연금 부담금에 대하여 손금산입 한도를 적용하기 위하여 그

부담금 합계액을 퇴직급여로 보는 등의 사정만으로 ⁠‘임원이 퇴직연금 부담금을 퇴직연

금사업자로부터 중도인출하는 것’이 ⁠‘법인이 퇴직금을 중간정산하여 해당 임원에게 직

접 지급하는 것’과 동일하다고 평가할 수 없는 점, ③ 근로자퇴직급여 보장법에서 정하 고 있는 퇴직금 중간정산 사유와 확정기여형 퇴직연금의 중도인출 사유를 비교해보면,

일부 항목의 동일성은 인정되지만(근로자퇴직급여 보장법 제8조 제2항, 제22조, 같은

법 시행령 제3조 제1항, 제14조 제1항 등 참조), 이는 근로자 또는 가입자가 사업주 내

지 퇴직연금사업자에게 중간정산 내지 중도인출을 요구할 수 있는 실체법적 요건이 유

사함을 보여주는 것일 뿐, 그 지급 주체와 구조, 손급불산입 방식 등을 비롯하여 여러

가지 측면에서 상이한 양 제도에 대한 세법상 규율을 반드시 동일하게 하여야 하는 근

거가 될 수 없는 점 등을 종합하여 보면, 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항에 정한 ’퇴직‘을 제44조 소정의 ’현실적인 퇴직‘ 사유를 포함하는 것으로 해석하는 것이 타당하

다고 볼 수 없다. 따라서 피고의 위 주장을 받아들이기 어렵다.

(라) 한편, 아래와 같은 사정을 고려하면, 임원의 퇴직연금 부담금의 중도인출

시가 아닌 임원의 퇴직 시를 기준으로 그동안 누적된 퇴직연금 부담금의 합계액과 구

법인세법 시행령 제44조 제4항에 정한 손금산입 한도액을 비교하여, 그 초과금액에 대

하여 해당 임원이 퇴직하는 사업연도에 앞서의 방식으로 손금불산입하거나 익금산입하 는 것이 특별히 부당하다고 볼 수도 없다.

① 구 법인세법 시행령 제44조의 규율 대상인 법인이 임원 또는 직원에게

직접 지급하는 퇴직급여의 경우에는, 사실상 근로관계가 계속됨에도 계약인수 또는 고

용승계 등의 여부에 따라 퇴직급여가 실제 지급되는 경우이므로, 그 시점을 기준으로

손금으로 바로 산입할 필요가 인정되는 것과는 달리, 구 법인세법 시행령 제44조의2

제3항의 규율 대상이 되는 확정기여형 퇴직연금 부담금의 경우에는, 법인이 임원 또는

직원과의 고용관계 또는 위임관계를 계속 이어나가는 이상, 그에 대한 퇴직연금 부담

금 역시 직원의 임원 취임, 법인의 조직변경ㆍ합병 등을 전후로 계속하여 순차 납부

ㆍ누적되어 손금으로 계상될 것이므로, 반드시 위 시점을 기준으로 손금산입 또는 손

금불산입 여부를 바로 결정하여 반영할 필요가 크지 않다.

② 임원이 퇴직연금 부담금을 중도인출하는 경우 구 법인세법 시행령 제44

조의2 제3항 단서에 의하여 손금산입한도 초과금액에 대하여 각 사업연도별로 손금불

산입 등의 세무조정을 하여 법인세법에 따른 과세표준 및 세액의 신고를 하기 위하여 는 법인의 입장에서 각 사업연도별로 위와 같은 퇴직연금 부담금 적립금의 중도인출

사실 및 구체적인 금액을 알 수 있음이 전제되어야 한다.

그러나 위와 같은 중도인출이 이루어질 경우 퇴직연금사업자 등이 해당 법인에 대하

여 중도인출 사실과 구체적인 금액을 통보하도록 하는 법령상 규정이 존재하지 아니하 고, 이 법원에 이르기까지 제출된 모든 증거를 살펴보더라도, 달리 그와 같은 계약상

의무나 관행이 존재하는 사실을 뒷받침할 수 있는 증거를 발견할 수 없다[피고는 박종

락이 이 사건 부담금을 중도인출할 당시 퇴직연금사업자에게 제출한 퇴직연금 중도인

출신청서(을 제4호증)에 박종락 외에 원고의 기명ㆍ날인이 있었음을 들어 퇴직연금 부

담금의 중도인출시 해당 법인도 이를 알 수 있다는 취지로 주장하나, 이러한 해당 법

인의 기명ㆍ날인이 어떠한 법령 등의 근거에 의하여 이루어진 것인지, 일반적으로 모

든 퇴직연금 부담금의 중도인출의 경우 해당 법인의 기명ㆍ날인이 요구되는 것인지 등 을 알 수 없을 뿐 아니라, 해당 임원이 퇴직연금 중도인출신청서에 기재된 바와 같이

퇴직연금 부담금을 중도인출하지 않거나 중도인출 신청금액과 최종 인출금액이 달라질

가능성도 있으므로, 그와 같은 중도인출 사실 및 구체적인 금액의 통보에 관한 퇴직연

금사업자의 해당 법인에 대한 법령상ㆍ계약상 의무가 있음을 인정할 수 있는 증거가

없는 이상, 해당 법인이 그 구체적인 내역을 알 수 있다고 보기는 어렵다]. 따라서 임

원에 대한 퇴직연금 부담금의 중도인출을 퇴직급여의 중간정산과 동일하게 손금산입

한도 초과금액의 손금불산입 인식의 계기로 삼는 것이 타당하다고 볼 수 없다.

③ 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 법률 제27829호로 개정되기 전의 것) 제43

조 제2항 제1호는 ’계속근로기간 중에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 퇴직

급여를 미리 지급받은 경우(임원인 근로소득자를 포함하며, 이하 ⁠“퇴직소득중간지급”이

라 한다)에는 그 지급받은 날에 퇴직한 것으로 본다‘고 규정하고 있으므로, 근로자인

임원이 퇴직연금을 중도인출하는 경우 퇴직금 중간정산을 받은 날 퇴직한 것으로 보고

인출한 퇴직연금은 그 임원의 퇴직소득에 포함된다. 그러나 소득세법에서 ’퇴직한 것으 로 본다‘고 규정한 것은 소득세법 제22조 제1항 제2호가 퇴직소득을 ’사용자 부담금을

기초로 하여 현실적인 퇴직을 원인으로 지급받는 소득‘으로 규정하였기 때문이므로 이 를 법인세법에도 그대로 적용해야 한다고 볼 수 없고, 종합소득세는 퇴직연금을 중도

인출한 임원에게 소득이 생긴 것에 과세하는 것인데 비하여(즉, 실제로 퇴직연금을 중

도인출한 임원은 그 구체적인 액수 등을 인식할 수 있는 구조이다), 법인세법상 퇴직연

금 부담금의 손금불산입은 위에서 본 바와 같이 이미 지출된 비용 중 과다하게 지출된

부분을 사후적으로 손금에서 제외하는 것이므로 그 세무적 인식 및 반영 시기가 꼭 같

아야 한다고 보기 어렵다.

④ 임원이 초과 적립된 퇴직연금 부담금을 중도인출하는 경우에 바로 그 사

업연도에 손금불산입을 하지 아니한다고 하더라도, 해당 임원의 퇴직 시에 그간 누적

된 초과금액을 한꺼번에 손금불산입하거나 익금산입할 수 있다.

물론 퇴직연금 부담금의 적립금을 임원이 중도인출하는 경우, 법인이 퇴직급여를 중

간정산하여 직접 지급하는 것과 동일하게 일정 한도를 초과하는 비용에 대하여 바로

손금불산입할 수 있도록 하면, 해당 법인이 대주주나 과점주주인 임원의 퇴직연금 부

담금을 과다하게 사외 적립하는 등 회사의 자본 충실을 저해하는 행위를 제지하고 과

세이연을 방지한다는 측면에서 조세정책적으로 바람직하다고 볼 여지는 있다(만약 임

원의 실제 퇴직 시까지 손금불산입을 허용하지 않고 임원의 재직기간 중에는 납입한

부담금 전액에 대한 손금산입을 허용하면, 법인이 수입금액이 많은 사연연도에는 부담

금을 과다 납입하여 손금산입액을 증액하고, 손금이 많은 사업연도에 임원을 퇴직처리

하는 등의 방식으로 귀속시기를 통한 소득금액을 조작할 가능성을 배제할 수 없다).

그러나 구 법인세법 시행령에서 퇴직연금 부담금의 손금산입에 관하여 퇴직금 중간

정산에 비하여 다소 유리한 내용의 규정을 둔 것은, 기존의 퇴직급여제도의 문제, 즉

퇴직급여를 사내에 퇴직급여충당금 계정을 통하여 관념적으로 적립하는 퇴직금제도가

근로자들의 안정적인 노후재원 마련에 불안을 야기할 수 있는 문제를 해결하기 위하여

법인이 제3의 퇴직연금사업자에게 퇴직연금 부담금을 지급하여 적립하도록 하는, 이

른바 ’사외적립제도‘로서의 퇴직연금제도를 도입함과 아울러, 법인의 퇴직연금제도로의

선택을 유도하기 위하여 세제상 혜택을 부여하는 정책적 고려를 한 것이라고 볼 여지 도 있으므로, 앞서와 같이 해석된 퇴직연금 부담금의 손금불산입 시기에 관련한 구 법

인세법 시행령 제44조의2의 내용이 현저히 불합리하다고 볼 수도 없다.

더욱이, 관련 법리에 비추어 볼 때, 피고가 주장하는 조세정책적인 필요가 인정된다 고 하더라도, 관련 법령에 과세요건 등에 관한 명확한 규정이 없는 이상, 피고가 일방

적으로 주장하는 조세정책적 필요만으로 납세자에게 불리하게, 법문언의 범위를 넘어

확장하여 해석하는 것이 합리적이라고 보기는 어렵다.

(마) 다만, 앞서 살펴본 바와 같이 임원퇴직금지급규정이 주주총회의 결의를

거쳐 적법하게 제정되었다고 볼 수 없는 이상, 원고 주장과 같이 개인기업을 포괄양수 도 방식으로 법인 전환한 경우 근속연수 승계를 인정한 위 규정 제7조 제1호에 따라

박**의 근속연수를 1985년부터 기산할 수 있는지 여부는 분명하지 않고, 그 지급기준

율 역시 제8조 제2호에 의하여 산정할 수 없을뿐더러, 적법하게 제정된 임원퇴직금지

급규정 없이 원고가 박**에게 퇴직급여를 지급하거나 이를 위하여 이 사건 부담금을

납부하는 것이 가능한지 등에 관하여 의문이 있을 수 있으나, 당심의 심리결과, 주주총

회의 결의 등에 터 잡아 이루어졌음을 인정할 수 있는 증거가 없어 그 효력을 부인할

수밖에 없는 이전 중간정산 퇴직금과는 달리, 2014년부터 2015년까지 납입된 이 사건

부담금의 경우, 임원퇴직금지급규정 이외에 별도의 주주총회 결의 등이 이루어지지 않 은 상태에서 납부되었다는 점 등을 확인할 수 있는 증거자료가 제출되지 않는 등 사실

관계가 분명하게 정리되지 않았으므로(이 법원은 쌍방 당사자에게 이 부분에 관한 증

거자료를 제출할 것을 석명하였으나, 이에 관한 별다른 자료가 제출된 바 없다), 이 사

건 부담금 지급행위가 사법상 무효임을 전제로 이 사건 부담금이 납부된 각 사업연도 에 바로 손금불산입을 할 수 있는지 여부가 분명하지 않다고 판단된다.

라) 소결론

이상에서 살펴본 바와 같이 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 손금불산입 부

담금 전부가 구 법인세법 시행령 제44조 제4항에 정한 손금불산입 한도액을 초과하였

다고 단정할 수 없고, 설령 손금불산입 한도액을 초과한 부분이 있다고 가정하더라도, 이 사건 손금불산입 부담금에 관하여 구 법인세법 시행령 제44조의2 제3항에 정한 손

금불산입 시기가 도래하였다고 보기 어려우므로(한편, 피고 주장과 같이 퇴직급여의 중

도인출로 손금불산입 한도 초과액에 대한 손금불산입 시기가 도래한다고 보더라도, 피

고가 주장하는 ’현실적인 퇴직일‘이 속하는 사업연도인 2016년에 손금불산입 또는 익금

산입되어야 할 것임에도 불구하고, 각 납부 사업연도에 손금불산입 등을 한 피고의 조

치는 이 점에서도 위법하다), 원고의 쟁점①에 관한 주장은 이유 있다(위와 같이 이 사건

손금불산입 부담금을 손금불산입한 피고의 조치가 위법하다고 판단하는 이상, 업무무관

가지급금과 관련한 원고의 나머지 주장에 관하여는 더 나아가 판단하지 아니한다). 」

○ 제1심판결문 제24면 제11 내지 17행까지 부분을 ⁠“이 사건 손금불산입 부담금을

손금불산입한 피고의 조치는 위법하므로, 쟁점①과 관련한 원고의 주장을 모두 받아들

여 이 사건 처분 중 ⁠[별지3] ⁠‘정당세액 계산표’ 기재 ’결의서(안) 1번‘ 각 귀속 사업연도

별 정당세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.”로 고친다.

2. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지는 이유

없어 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 피고의 항소는

이유 없어 이를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2021. 07. 22. 선고 서울고등법원 2020누42219 판결 | 국세법령정보시스템