요지

원고가 그 사업을 수행하는 과정에서 중요한 관리 및 상업적 의사결정이 실질적으로 이루어진 장소는 국내에 있었다 할 것이므로 원고는 사업의 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인임

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고 ○○지방국세청장이 2016. 9. 1. 원고에 대하여 한 별지1 목록 제2항 기재 각 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 원고의 피고 ○○○세무서장에 대한 각 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 ○○○세무서장 사이에 생긴 부분은 원고가, 원고와 피고 ○○지방국세청장 사이에 생긴 부분은 피고 ○○지방국세청장이 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고 ○○○세무서장이 원고에 대하여 한 별지1 목록 제1항 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 국내외 정유사 등으로부터 선박연료유를 구매하여 국내외 수산사 선박 등에 공급하는 벙커링 사업을 영위하는 법인으로, 싱가포르 회사법에 따라 설립되어 2012. 8. 21. 싱가포르에 법인 등록을 하고 2012. 9. 13. ○○영업소에 관한 사업자등록을 하였으며, 2012. 10. 1. 내국법인인 BB해운으로부터 벙커링 사업 부문을 양수하였다.

  나. 피고 ○○지방국세청장은 2016. 2. 25.부터 2016. 7. 6.까지 BB해운 및 원고에 대한 법인제세 통합 세무조사를 실시하여 아래와 같은 내용의 과세자료를 통보하였다.

   ① 원고는 사업의 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인이므로 2012 내지 2014 사업연도의 싱가포르 본점 유보 소득금액 합계 1,116,191,594원(2012년 371,908,819원, 2013년 657,248,023원, 2014년 87,034,752원)을 원고의 익금에 산입하여야 한다.

   ② 원고가 2012년 제2기부터 2014년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 국내항에서 싱가포르 법인 CCC 한국지사 등으로부터 공급가액 151,118,566,981원 상당의 선박연료유를 구매한 거래(이하 ⁠‘이 사건 매입거래’라 한다)는 최초 공급처인 DD에너지의 저유소 등에 보관된 선박연료유가 국내항에 정박하고 있는 원고의 급유선으로 이동한 것이고, 이와 같이 구입한 다음 공급가액 58,953,153,724원 상당의 선박연료유를 해상에서 국내 수산사 선박에 판매한 거래(이하 ⁠‘이 사건 매출거래’라 하고, 이 사건 매입거래와 통틀어 ⁠‘이 사건 선박연료유 거래’라 한다)도 재화가 이동이 국내항에서 시작된 것으로 이 사건 선박연료유 거래는 모두 국내거래이므로, 원고가 세금계산서를 수취하지 않은 이 사건 매입거래에 대해 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제5항의 지출증빙서류 미수취 가산세를, 영세율과세표준을 신고하거나 세금계산서를 발급하지 아니한 이 사건 매출거래에 대해 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제1항의 신고불성실 가산세 및 구 부가가치세법(2014. 12. 23. 법률 제12851호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제2항 제2호의 세금계산서 미발급 가산세를 부과하여야 한다.

   ③ CCC이 2012년 10월부터 2014년 7월까지 EEEEEEE에 용역수수료 명목으로 송금한 422,921,284원(이하 ⁠‘이 사건 용역수수료’라 한다)은 원고에게 선박연료유를 판매하면서 우회적으로 지급한 판매장려금(리베이트)이므로 원고의 2012 내지 2014 사업연도 익금에 산입하여야 한다.

  다. 이에 따라 별지1 목록 기재와 같이, 피고 ○○○세무서장은 원고에 대하여 2016. 7. 13. 이 사건 매출거래의 공급가액에 관한 2012년 제2기 내지 2014년 제2기 부가가치세(가산세) 합계 1,473,828,820원을 경정·고지하고, 2016. 9. 1. 싱가포르 본점 유보 소득금액, 이 사건 용역수수료 등을 원고의 익금에 산입하여 2012 사업연도 내지 2014 사업연도 법인세(가산세 포함, 이하 같다) 합계 3,255,574,550원을 경정·고지하였으며(이하 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다), 피고 ○○지방국세청장은 2016. 9. 1. 원고에 대하여 이 사건 용역수수료 상당의 소득금액을 소득자 FFF의 상여 및 기타소득으로 소득처분하는 소득금액변동통지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 부과처분과 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

  라. 원고는 이에 불복하여 2016. 9. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2019. 3. 25. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 14호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제34 내지 36호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장 요지

   이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

   1) 구 법인세법 제1조는 내국법인과 외국법인의 구별기준으로 ⁠‘본점 또는 주사무소의 소재지’와 ⁠‘실질적 관리장소’를 두고 있으나, 그 해석상 본점 소재지가 1차적인 판단기준이 되어야 하고 외국법인의 설립이 조세회피의 목적에서 비롯된 것이 명백하지 않은 이상 ⁠‘실질적 관리장소’의 개념을 적용하여 법인세법상 내국법인으로 볼 수 없고, 원고는 싱가포르에 설립된 외국법인에 해당하므로 싱가포르 본점 유보소득에 대한 납세의무가 없다.

   2) 이 사건 매입거래의 당사자는 원고의 싱가포르 본점으로서 이미 수출신고가 수리된 외국물품을 거래한 것이므로 부가가치세 과세대상이 될 수 없어 세금계산서 수취의무가 없다. 이 사건 매출거래 역시 수출신고가 수리된 외국물품을 국외인 공해(公海)에서 공급한 것으로 국외거래에 해당하므로 부가가치세 과세대상이 아니어서 세금계산서를 발급할 의무가 없다. 나아가 이 사건 선박연료유 거래에 관한 세금계산서 발급·수취의무가 있다 하더라도 원고는 그 의무위반에 정당한 사유가 있으므로 가산세가 면제되어야 하고, 정당한 사유가 없다고 보더라도 지출증빙서류 미수취 가산세는 구 국세기본법 제49조 제1항 본문에 따라 각 사업연도별로 1억 원의 한도 내에서 부과되어야 한다.

   3) FFF은 원고와 CCC 사이의 선박연료유 거래를 주선하고 CCC로부터 EEEEEEE을 통해 이 사건 용역수수료를 지급받은 것이므로 이를 원고의 익금에 산입할 수 없고, 이 사건 용역수수료가 사외유출되어 FFF에게 귀속되었다고 보아 소득처분할 수 없으므로 이 사건 소득금액변동통지는 위법하다.

  나. 관계 법령

   별지2 기재와 같다.

  다. 판단

   1) 원고가 법인세법상 내국법인에 해당하는지에 대해

    가) 구 법인세법 제2조 제1항 등은 내국법인과 달리 외국법인은 원칙적으로 국내원천소득에 대하여만 법인세 납세의무를 지는 것으로 정하고 있는데, 제1조 제1호는 ⁠‘“내국법인”이란 국내에 본점이나 주사무소 또는 사업의 실질적 관리장소를 둔 법인을 말한다.’고 규정하고, 제3호는 ’“외국법인”이란 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 단체(국내에 사업의 실질적 관리장소가 소재하지 아니하는 경우만 해당한다)로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 법인을 말한다.‘고 규정하고 있다.

     내국법인과 외국법인을 구분하는 기준의 하나인 ⁠‘실질적 관리장소’란 법인의 사업 수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이 실제로 이루어지는 장소를 뜻하고, 법인의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업적 결정이란 법인의 장기적인 경영전략, 기본 정책, 기업재무와 투자, 주요 재산의 관리·처분, 핵심적인 소득창출 활동 등을 결정하고 관리하는 것을 말한다. 이러한 법인의 실질적 관리장소가 어디인지는 이사회 또는 그에 상당하는 의사결정기관의 회의가 통상 개최되는 장소, 최고경영자 및 다른 중요 임원들이 통상 업무를 수행하는 장소, 고위 관리자의 일상적 관리가 수행되는 장소, 회계서류가 일상적으로 기록·보관되는 장소 등의 제반 사정을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2016. 1. 14. 선고 2014두8896 판결 등 참조).

    나) 한편 위 규정의 ⁠‘실질적 관리장소’의 도입은 2005. 12. 31. 법률 제7838호 개정에 의한 것으로, 조세피난처 등에 명목회사의 본점 또는 주사무소를 두고 실질적으로 국내에서 주된 업무를 수행하는 외국법인 등에 대하여 조세회피 등을 방지함으로써 우리나라의 과세기반을 확대하고, 외국의 입법례 및 국제관행과 상충되는 문제점을 해결하기 위해 OECD 모델조세조약에서 법인의 최종 거주지 결정기준으로 채택하고 있는 사업의 실질적 관리장소(place of effective management)를 내국법인과 외국법인을 구별하는 기준의 하나로 도입한 것이므로, 그 입법연혁 및 취지상 ⁠‘실질적 관리장소’를 기준으로 내·외국법인을 구별함에 있어 형식과 실질의 괴리를 통해 조세부담을 회피하려는 의도가 있었는지 등이 고려될 수 있다.

     그러나 위 규정의 입법취지는 단지 실질적 관리장소를 이용한 조세회피 방지에만 있는 것이 아니라, 외국 소재의 본점이 명의상의 것에 불과하고 주된 활동의 본거지가 국내에 있는 경우에도 본점소재지주의에 집착하게 되면 그 실질적 활동 장소가 내국법인의 그것과 다르지 않은데도 내국법인과 달리 취급되는 불합리한 결과가 생길 수 있으므로 이를 방지하여 우리나라의 과세기반을 확대하기 위한 것이다. 아울러 OECD 모델조세조약상 실질적 관리장소 개념을 수용함으로써 외국의 입법례 및 국제관행과 상충되는 문제점을 해결하고자 하는 입법자의 의도 역시 있다고 할 것이다. 나아가 앞서 본 위 규정의 문언적 의미와 기능에 비추어 보면, 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인이라 하더라도 국내에 사업의 실질적 관리장소를 두고 있음이 인정되는 이상 내국법인에 해당한다 할 것이고, 조세회피목적이 인정되는 경우에 한하여만 실질적 관리장소의 개념을 적용할 수 있다고 볼 수는 없다.

    다) 앞서 든 증거들에 갑 제5, 6호증, 을 제1 내지 27호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

     (1) BB해운은 2012. 7. 27. 이사회 결의를 통해 벙커링 사업을 별도로 운영할 싱가포르 현지 자회사를 설립하기로 하고, 2012. 8. 21. 원고를 설립하였다.

     (2) 원고는 2012. 9. 13. BB해운이 종래 벙커링 사업을 영위하던 사업장인 ○○ ○구 ○○로 24 ○○○○빌딩에 ○○영업소를 설치하였고, BB해운은 2012년 10월경 원고에게 벙커링 사업부의 영업권 및 이와 관련된 해상유 등 자산을 양도하였다.

     (3) 원고의 설립 이후 ○○영업소에서는 BB해운에서 벙커링 사업을 분사하기 전과 같이 30명가량의 임직원들이 근무하면서 원고의 급유선 운항, 선박연료유 판매 및 재무, 기획, 인사 등의 운영업무를 수행하였고, 싱가포르 본점에서는 국내에서 파견된 부장급 이하 주재원 2명과 현지 채용인원이 근무하면서 사업개발 업무와 선박연료유 구매 업무 등을 수행하다가 이후 싱가포르 주재원이 1명으로 줄어들게 되었으며, 2015년 4월경 모든 주재원을 철수시켜 현지 채용인원 외에 원고의 소속 직원은 근무하지 않았다. 원고의 조직도, 업무분장, 연도별 인원현황은 , , 과 같다.

       원고의 조직도

      원고의 업무분장

       원고의 연도별 인원현황

     (4) 원고의 이사들은 BB해운 및 GGG사모펀드 임원들로 구성되어 있는데, 원고의 대표이사를 비롯한 임원들은 현지 법령에 따라 이사로 등재되어야 하는 주재원 1명 외에 모두 국내에 거주하였고, 원고의 이사회는 국내에서 개최되었으며, ⁠‘운항선박용 벙커공급계약 갱신’, ⁠‘아크라사무소 설립’, ⁠‘특수관계인(BB해운) 간의 거래 승인’, ⁠‘보유계좌 인출 서명권자 변경’ 등 중요 경영사항에 대한 의결이 위 이사회에서 이루어졌다. 한편 원고의 회계장부는 싱가포르 본점과 ○○영업소에서 각각의 발생분에 대해 보관하고 있었으나 내부 전산망을 통해 싱가포르 본점과 ○○영업소에서 그 접근이 가능하였다.

     (5) 원고는 2014년 7월경 ⁠‘이사회 개최 및 주요 업무의 실질적 관리 등 사업의 핵심적인 의사결정이 한국 지점에서 이루어지고, 대표이사를 비롯한 주요 임원이 한국에 거주하는 등 실질적 관리장소 판정에 따라 원고를 내국법인으로 볼 가능성이 높으므로, ① 이사회 50% 이상 싱가포르 본점에서 개최, ② 싱가포르 거주자를 공동대표로 선임, ③ 싱가포르 거주 이사에게 직책 부여 및 업무 수행, ④ 한국에서 담당하는 운항 업무를 싱가포르에서 수행하는 형식 구비, ⑤ 싱가포르 업무인 구매팀장 현지 거주, ⑥ 이사회 의사록 등 중요문서를 싱가포르에서 보관하는 등으로 세무 리스크에 대응할 필요가 있다.’는 내용의 ⁠‘HHHHH 실질적 관리장소 검토’ 문건을 작성하였다.

    라) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고의 대표이사 및 임직원 대부분은 국내에 거주하면서 회사 경영 및 관리 업무를 수행하였고, 원고의 주요 경영사항 등에 관한 이사회 개최도 모두 ○○영업소 등 국내에서 개최된 후 그 의결서만을 싱가포르 본점에 전달하였던 점, ② 원고의 회사 전반 운영에 관한 업무는 ○○영업소의 경영기획본부에서, 영업 운영 및 개발 등 마케팅 업무는 ○○영업소의 마케팅본부에서 각 담당하였고, 주요한 계약의 체결 업무 또한 ○○영업소에서 이루어졌으며, 싱가포르 본점에서는 주재원으로 파견된 사업개발팀 소속 구매팀장 등이 ○○영업소로부터 위임받은 범위 내에서 제한된 업무만을 수행하였던 점, ③ 원고가 2014년 7월경 실질적 관리장소를 검토한 문건에도 싱가포르 본점에서는 선박연료유 구매업무와 자체 재무업무를 수행하였을 뿐 주요 업무의 실질적 관리는 ○○영업소에서 이루어졌다고 기재되어 있는 점 등을 종합하면, 원고가 그 사업을 수행하는 과정에서 중요한 관리 및 상업적 의사결정이 실질적으로 이루어진 장소는 국내에 있었다 할 것이다.

    마) 따라서 원고는 사업의 실질적 관리장소를 국내에 둔 내국법인이라 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

   2) 이 사건 선박연료유 거래가 세금계산서 수취·발급의무가 있는 국내거래에 해당하여 가산세를 부과하여야 하는지에 대해

    가) 인정사실

     앞서 든 증거들에 갑 제10 내지 13, 15, 16호증, 을 제28호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

     (1) 이 사건 선박연료유 거래는, 원고의 ○○영업소가 선박명, 항구명, 급유가능일, 품목과 수량, 결제방법 등의 조건을 정하여 싱가포르 본점에 선박연료유의 구매를 의뢰하고, 싱가포르 본점에서는 CCC 등 기존에 거래하던 오일트레이더들에게 선박연료유의 공급을 의뢰하며, 구매한 선박연료유는 DD에너지 등 국내 정유사의 저유소에서 국내항에 정박한 원고의 급유선으로 공급되고, 이후 운항계획에 따라 원고의 급유선이 해상에서 국내 수산사 선박에 선박연료유를 공급하는 방식으로 이루어졌다.

     (2) 원고는 ○○영업소의 각 영업팀에서 운항업무와 선박연료유 구매 여부 등의 결정을 하였고, 싱가포르 본점에서 이 사건 매입거래에 관한 계약 체결 및 자금 집행 등을, ○○영업소에서 이 사건 매출거래에 관한 계약 체결 및 자금 집행 등을 하였으며, 싱가포르 본점에서는 ○○영업소의 선박연료유 구매 의뢰에 대해 통상적인 경우 구매팀장 전결로 결재한 반면 구매금액이 크거나 계약기간이 장기인 경우 또는 가격편차가 큰 경우 등 중요한 사항에 대하여는 ○○영업소에 근무하는 상위 관리자에게 보고하여 결정하도록 하였으며, 그 후 구매자금 집행에 대한 회계전표 처리 업무 등을 하였다.

     (3) DD에너지 글로벌마케팅 팀장인 JJJ는 DD에너지에 대한 조세범칙사건에서 ⁠‘CCC과의 선박연료유 거래에 대해 외국회사에게 판매하여 국외로 반출하므로 수출신고를 하지만 선박연료유의 국외 반출에 관한 하역증명서(Discharge Certificate)를 받지는 않았다.’라고 진술하였고, 원고의 태평양 영업팀 KKK는 ⁠‘원고가 국내에서 구매한 MGO를 태평양 등에서 원양어선에 연료유로 제공하므로 선주 겸 화주, 수하인에 해당하나, 선장에게 선하증권 작성지시서를 제출하면서 국내 공급자인 정유사나 도매업자의 요구에 따라 선하증권의 송하인을 위와 달리 기재하고 수하인을 원고로 작성하는 경우가 있고, 목적항의 경우 선적 화물이 양상에서 판매되어 실제적인 항구가 아니므로 특정항으로 신고하기도 한다.’라고 진술하였다.

    나) 이 사건 매입거래에 관한 세금계산서 수취의무 여부

     위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 매입거래에 따라 선박연료유를 공급받은 사업장은 원고의 싱가포르 본점이 아닌 ○○영업소로 봄이 타당하고, 이 사건 매입거래는 재화의 이동이 국내에서 이루어진 것으로 수출거래나 이미 수출된 재화의 구매거래로 볼 수 없으므로, 원고에게 세금계산서 수취의무가 인정된다.

     (1) 구 부가가치세법 제8조 제1항이 사업을 개시하는 자로 하여금 사업장마다 사업자등록을 하도록 규정함으로써 사업장을 실질적인 납세단위로 삼고 있으므로 동일한 사업자에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우 같은 법 제32조 제1항 제2호의 ⁠‘재화를 공급받는 자’라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도받는 사업장을 의미한다고 할 것인바, 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급받는 사업장이 어느 사업장인가를 결정함에 있어서는 당해 재화공급의 원인이 되는 계약의 체결과 대금의 지급을 어느 사업장에서 하였으며 재화공급이 어느 사업장을 위한 것인지, 계약체결의 경위와 각 사업장간의 상호관계는 어떠한지 등의 제반 사정을 고려하여야 한다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2007두4896 판결 등 참조).

     (2) 원고의 업무분장에 의하면 선박연료유의 구매업무는 싱가포르 본점에서 수행하도록 되어 있다. 그러나 원고가 구매하는 선박연료유는 ○○영업소의 각 영업팀에서 운영하고 있는 영업에 제공되는 것으로 ○○영업소에서 공급품목과 수량, 공급일시와 장소, 결제방법 등 구매조건을 정하여 싱가포르 본점에 구매의뢰를 하며, 싱가포르 본점에서는 위와 같이 정하여진 조건에 따라 구매업무를 수행한다. 따라서 이 사건 매입거래에 있어 원고의 싱가포르 본점은 ○○영업소가 사업에 이용할 재화를 공급받음에 있어 계약 체결이나 결제대금 지급 등의 사무를 수행하는 데에 그치고, 그 구매계약상의 원인에 의하여 선박연료유를 공급받는 사업장은 ○○영업소이다.

     (3) 구 부가가치세법 제21조 제2항은 재화의 수출에 대하여 ⁠‘내국물품(대한민국 선박에 의하여 채집되거나 잡힌 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것’(제1호), ⁠‘중계무역 방식의 거래 등 대통령령으로 정하는 것으로서 국내 사업장에서 계약과 대가 수령 등 거래가 이루어지는 것’(제2호), ⁠‘기획재정부령으로 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 재화(금지금은 제외한다)를 공급하는 것 등으로서 대통령령으로 정하는 것’(제3호)으로 규정하고 있다. 따라서 관세법에서 수출신고가 수리된 물품 등을 ⁠‘외국물품’으로 규정하고 있다 하더라도, 수출신고가 수리된 재화를 외국으로 반출하지 않고 국내에서 공급하는 거래에 대해 수출거래 또는 이미 수출된 재화의 구매거래라고 할 수 없다. 이 사건 매입거래 과정에서 선박연료유는 원고의 급유선에 적재될 때까지 외국으로 반출되지 않고, 원고가 내국신용장이나 구매확인서에 의하여 거래한 것도 아니므로, 이 사건 매입거래는 국내거래에 해당한다.

    다) 이 사건 매출거래에 관한 영세율과세표준 신고 및 세금계산서 발급의무 여부

     (1) 구 부가가치세법 제19조와 제20조에서 재화 및 용역의 공급장소를 규정하고 있는 것은 원칙적으로 재화 또는 용역의 공급이 국내거래인 경우에만 우리나라의 과세권이 미치는 거래로 하는 기준을 정한 것이다. 구 부가가치세법 제19조 제1항은 재화의 공급장소에 대해 재화의 이동이 필요한 경우는 ⁠‘재화의 이동이 시작되는 장소’(제1호), 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우는 ⁠‘재화가 공급되는 시기에 재화가 있는 장소’(제2호)라고 규정하고 있다. 이 사건 매출거래는 국내항에서 공급받은 선박연료유를 운반하여 공해상에서 국내 수산사 선박에 공급한 것으로, ⁠‘재화의 이동이 시작되는 장소’가 국내인 이상 우리나라의 과세권이 미치는 국내거래에 해당한다.

     (2) 이에 대해 원고는 국내에서 선적한 선박연료유를 영해 밖의 지역으로 반출한 이상 수출이 이루어졌고 공해에 이르러 판매계약을 체결한 때부터 재화의 이동이 시작되는 것으로 보아야 한다는 전제에서, 이 사건 매출거래는 ⁠‘외국물품’의 국외거래에 해당한다고 주장한다. 그러나 ① 구 부가가치세법 제21조 제1항에 따른 재화의 수출은 재화의 공급, 즉 계약상 또는 법률상 모든 원인에 의해 재화를 인도 또는 양도하는 것을 전제로 하는 것이므로 재화의 공급 없이 내국물품을 외국으로 반출하는 것만으로는 부가가치세법상 재화의 수출에 해당한다고 볼 수 없는 점, ② 구 부가가치세법 제19조에서 재화 및 용역의 공급장소를 규정하고 있는 것은 과세권이 미치는 거래에 대한 판정기준을 정하기 위한 것이므로 내국물품의 공급거래는 공급장소인 재화의 이동이 시작되는 장소를 국내로 보아야 하는 점, ③ 구 부가가치세법 제24조 제1항 제3호, 구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조 제2항 제5호는 ⁠‘외국을 항행하는 선박 및 항공기 또는 원양어선에 공급하는 재화 또는 용역’에 대해 과세권이 미치는 거래임을 전제로 영세율을 적용하도록 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 국내항에서 선박연료유를 적재하고 영해를 벗어난 이후 국내 수산사와 판매계약을 체결하여 공급한 경우에도 우리나라의 과세권이 미치는 거래라고 보아야 한다. 또한 원고는 공해상에서 국내 수산사가 지정한 원양어선에 선박연료유를 공급하므로 공급장소는 선박연료유의 공급이 이루어지는 공해라고 주장하나, 이는 공급이 이루어지는 장소이지 재화의 이동이 시작되는 장소라고 볼 수 없다.

     (3) 세금계산서 발급의무의 면제 등에 관한 구 부가가치세법 제33조 제1항, 구 부가가치세법 시행령 제71조 제5호는 같은 시행령 제33조 제2항 제5호에 따른 재화 또는 용역을 공급하는 경우에 공급받는 자가 국내에 사업장이 없는 비거주자 또는 외국법인인 경우에 한하여 세금계산서 발급의무를 면제하고 있다.

     (4) 따라서 이 사건 매출거래는 국내사업자 사이에 이루어진 국내거래이고, 영세율이 적용되는 외화 획득 재화의 공급이지만 세금계산서 발급의무가 면제되지 않으므로, 원고에게 영세율과세표준 신고 및 세금계산서 발급의무가 인정된다.

    라) 가산세 면제사유로서의 정당한 사유 인정 여부

     위 인정사실 및 갑 제18, 19, 28호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다.

     (1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두16622 판결 등 참조).

     (2) 원고는 이 사건 매입거래와 관련하여 수출신고가 수리된 외국물품은 부가가치세법상 세금계산서 발급·수취의무가 발생하지 않고, CCC이 DD에너지로부터 선박연료유를 구매하면서 세금계산서를 수취하지 않은 이상 원고에 대한 세금계산서 발급을 기대할 수 없었다고 주장하나, 앞서 살핀 바와 같이 선박연료유를 공급받는 사업장은 ○○영업소로서 이 사건 매입거래 과정에서 선박연료유가 외국으로 반출되지 않으므로, DD에너지 등에 의한 수출신고가 있었다 하더라도 CCC 한국지사와 원고 사이의 이 사건 매입거래는 국내거래에 해당함이 분명하고, 원고가 내국신용장이나 구매확인서에 의해 거래한 것도 아닌 이상 CCC 한국지사로부터 세금계산서를 수취하였어야 하므로, 원고에게 세금계산서 수취의무의 이행을 기대하는 것이 무리였다고 볼 만한 사정이 없다.

     (3) 원고는 이 사건 매출거래와 관련하여 기획재정부, 조세심판원에서 세금계산서 발급대상이 아니라고 보고 있으므로 세금계산서를 발급하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 주장한다. 그러나 원고가 들고 있는 기획재정부의 질의회신(법인세제과-894, 2013. 9. 12.)의 요지는 ⁠‘원양어선업을 영위하는 내국법인이 국내사업자로부터 국외에서 재화 등을 공급받는 경우에는 ｢법인세법 시행규칙｣ 제79조 제4호에 따른 ⁠“국외에서 재화 또는 용역을 공급받는 경우”에 해당한다.’라는 것으로, 이에 따라 공급받는 자에 대하여는 지출증빙의 수취특례 규정이 적용되더라도 공급하는 자는 법인세법 제121조에 따른 계산서 발급의무가 있으며, 위 회신 내용에서는 공급하는 자에게 계산서 발급의무가 있음을 분명히 하고 있다. 원고가 들고 있는 조세심판원 결정(2018서0045) 또한 위 기획재정부 예규와 같은 취지에서 BB해운으로부터 해상에서 선박연료유를 공급받은 법인에 대해 구 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 개정되기 전의 것) 제79조 제4호에 따라 지출증빙서류 가산세를 부과할 수 없다고 판단한 것이다. 따라서 위 기획재정부의 질의회신과 조세심판원 결정은 이 사건 매출거래에 있어서의 원고와 같은 ⁠‘공급하는 자’에 대해 세금계산서 발급의무가 없다는 견해를 표명한 것이 아니다.

     (4) 원고는 BB해운이 2013년 1월경 LL수산에 대한 선박연료유 공급에 관하여 피고 ○○○세무서장의 권고에 따라 법인세법 제121조 제1항의 계산서 미발급을 이유로 같은 법 제76조 제9항 제4호의 계산서 미발급 가산세를 납부하였고, 원고는 위와 같은 과세관청의 세무지도에 따라 BB해운으로부터 벙커링 사업 부문을 양수한 이후 세금계산서가 아닌 법인세법상 계산서를 발급하였다고 주장한다. 그러나 세금계산서 발급대상인지 법인세법상 계산서 발급대상인지는 부가가치세 과세대상 여부에 따라 달라지는 것으로, 당시 BB해운이 LL수산에 공급한 선박연료유가 국내 매입분인지 국외 매입분인지 여부가 분명하지 아니하였던 이상, 원고가 주장하는 사정만으로는 피고 ○○○세무서장의 위 권고가 이 사건 매출거래와 동일한 사안에 대해 법인세법상 계산서를 발급하도록 하는 내용이었다고 볼 수 없다.

    마) 지출증빙서류 미수취 가산세의 사업연도별 한도액 제한 여부

     (1) 구 국세기본법 제49조 제1항 제2호는 ⁠‘구 법인세법 제76조 제5항 등에 따른 가산세에 대해 그 의무위반의 종류별로 각각 5천만원(중소기업기본법 제2조 제1항에 따른 중소기업이 아닌 기업은 1억 원)을 한도로 한다. 다만, 해당 의무를 고의적으로 위반한 경우에는 그러하지 아니하다.’라고 규정하고 있다.

     (2) 살피건대, 위 인정사실에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건 매입거래에 따라 공급받는 선박연료유는 원고의 ○○영업소 영업에 제공되는 것이고, 국내 정유사의 저유소에서 원고의 급유선으로 직접 공급받는 것임에도, 원고는 오일트레이더인 CCC 등으로부터 싱가포르 본점으로 공급이 이루어지는 것처럼 서류상 거래구조를 만들고 수출신고가 있었다는 이유로 세금계산서 발급을 일체 요청하지 않았던 점, ② 이 사건 매입거래에 관한 세금계산서 미수취는 CCC 한국지사나 DD에너지 등 국내 정유사와의 장기간 거래에 걸쳐 반복되었던 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 사건 매입거래에 관한 지출증빙서류 미수취는 구 국세기본법 제49조 제1항 단서의 ⁠‘해당 의무를 고의적으로 위반한 경우’에 해당한다고 할 것이므로, 같은 항 본문의 가산세 한도를 적용할 수 없다고 할 것이다.

    바) 소결론

     따라서 원고의 이 부분 주장은 모두 이유 없다.

   3) 이 사건 용역수수료가 원고에게 발생한 수익으로서 FFF에게 귀속되었는지에 대해

    가) 인정사실

     앞서 든 증거들에 을 제29 내지 33, 37, 38호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

     (1) FFF은 BB해운의 벙커링 3팀 부장으로 근무하다가 2012. 10. 1.부터 원고 소속 직원으로 근무하였던 사람이고, MMM은 FFF의 배우자이다.

     (2) MMM은 EEEEEEE이 CCC의 선박연료유 구입 거래를 주선하고 그 대가를 지급받았다며 2012년 제2기부터 2014년 제2기까지 부가가치세 과세표준과 세액을 신고하였다. 그러나 MMM은 선박연료유 관련 업무경력이 없고, EEEEEEE은 2012년 이후 2014년 폐업할 때까지 FFF에게 근로소득을 지급한 외에 CCC에 어떠한 용역을 제공한 바 없다.

     (3) JJJ는 DD에너지에 대한 조세범칙사건에서 ⁠‘원고의 태평양 영업2팀장이었던 FFF에게 원고가 울산항에서 해상유 카고를 공급받기 위하여는 외국계 트레이더를 경유해야 한다고 전달하였고, 이에 FFF은 CCC을 경유하여 거래하기 위해 CCC 한국지사 대표 NNN을 소개하였으나 그 이후 별다른 역할을 하지 않았다.’고 진술하였다.

     (4) NNN은 조세범칙사건에서 ⁠‘FFF이 거래를 알선하여 원고와의 거래가 성사되었고, FFF이 브로커 수수료를 요구하면 원하는 금액을 CCC 싱가포르 본점에 전달하였으며, DD에너지가 울산항에서 CCC을 통해 원고의 급유선에 해상유 MGO를 공급하는 장기공급계약을 체결하면서 EEEEEEE에 1MT당 미화 2.5달러의 수수료를 지급하기로 하였다.’고 진술하였다.

     (5) NNN은 2012. 7. 26. CCC 미국지사 담당자에게 발보아 벙커링 사업과 관련하여 BB해운의 내부 브로커에게 지급하는 수수료를 포함하는 내용으로 계약을 갱신하였다는 이메일을 전송하고, 2012. 8. 6. BB해운의 벙커링 사업 부문이 원고에게 양도되면 수수료를 지급해야 할 브로커가 EEEEEEE으로 변경된다는 이메일을 전송하였으며, BB해운 벙커링 3팀 소속이었던 OOO은 2012. 8. 21. NNN에게 이메일을 통해 EEEEEEE의 브로커 수수료를 청구하는 인보이스를 전송하면서 벙커링 3팀 구성원 전체를 수신참조자로 지정하였다.

     (6) CCC은 2012년 10월부터 2014년 7월까지 원고와 사이에 이루어진 공급거래마다 1MT당 미화 2달러 내지 3.5달러의 비율에 의한 이 사건 용역수수료를 EEEEEEE 계좌에 송금하였다.

    나) 이 사건 용역수수료가 원고에게 지급된 판매장려금인지 여부

     (1) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① FFF이 BB해운 소속이었을 때부터 발OO 벙커링 사업과 관련하여 EEEEEEE에게 지급될 브로커 수수료가 청구되었고, 해당 청구서를 전송한 사람은 벙커링 3팀 소속의 다른 직원이며, 이를 BB해운의 벙커링 3팀 소속의 다른 직원들도 모두 알고 있었던 것으로 보이는 점, ② NNN은 BB해운과의 거래에 따라 브로커 수수료를 지급해야 할 상대방을 ⁠‘내부 브로커’로 인식하고 있었고, 원고가 BB해운으로부터 벙커링 사업 부문을 양수하게 됨에 따라 그 지급 상대방을 EEEEEEE으로 변경하였으며, 당시에는 원고와 DD에너지, CCC 사이의 해상유 MGO 거래에 관한 장기공급계약이 체결되기 전이었던 점, ③ BB해운의 내부 브로커에 대한 수수료를 포함하였음에도 명목상 단가를 그만큼 인상함으로써 실제 판매단가를 기존과 동일하게 유지한 것으로 보이는 점, ④ 원고와 CCC 사이의 해상유 MGO 거래가 이루어지는 과정에서 FFF이 특별히 기여하였다고 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 용역수수료의 실질은 CCC이 원고에게 공급한 물량에 따라 지급한 판매장려금에 해당한다 할 것이고, 위 인정에 반하는 듯한 갑 제8, 31, 32호증의 각 일부 기재는 이를 믿지 아니한다.

     (2) 따라서 이 사건 용역수수료를 원고의 소득으로 보아 원고의 익금에 산입함이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

    다) 소득자를 FFF으로 하는 이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부

     (1) 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항은 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 처분하고, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 보며(제2호), 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 처분하도록 규정하고 있다.

     (2) 앞서 본 바와 같이 CCC이 EEEEEEE 계좌에 송금한 이 사건 용역수수료의 실질 귀속자는 FFF이 아니라 원고로 보아야 한다는 이 사건 부과처분의 처분사유를 받아들이는 이상, 원고가 이 사건 용역수수료를 FFF에게 귀속시켰다고 볼 만한 별도의 사정에 관한 주장·입증이 없는 한 이 사건 용역수수료가 사외유출되어 FFF에게 귀속되었다고 인정할 수 없다. 따라서 소득자를 FFF으로 하는 이 사건 소득금액변동통지는 위법하여 취소되어야 한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결 론

  그렇다면 원고의 피고 ○○지방국세청장에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 인용하고, 피고 ○○○세무서장에 대한 각 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 01. 26. 선고 서울행정법원 2019구합68718 판결 | 국세법령정보시스템