요지

합병법인이 승계할 수 있는 세액공제의 범위를 한정적으로 규정하고 있다고 볼 수 없으므로 합병법인은 피합병법인의 고용창출투자세액공제에 대한 이월세액공제를 승계할 수 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 10. 24. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 476,677,840원(가산세 포함) 및 2017 사업연도 법인세 374,688,890원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 2015. 5. 19. 기업인수 목적으로 ⁠‘bb기업인수목적3호 주식회사’라는 상호로 설립되었는데, 2016. 9. 21. 합병 전 aa(이하 ⁠‘이 사건 피합병법인’이라 한다)를 흡수합병한 후(이하 ⁠‘이 사건 합병’이라 한다), 같은 날 상호를 피합병법인의 상호인 ⁠‘aa’로 변경하고, 사업목적을 식품 프랜차이즈사업 등으로 변경하였다. 이 사건 합병은 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제44조 제2항 각 호의 요건을 모두 갖춘 적격합병에 해당한다.

  나. 이 사건 피합병법인은 이 사건 합병 전에 11,810,645,680원(이하 ⁠‘이 사건 투자금액’이라 한다)을 투자하여 충북 OO에 창고시설을 신축하였다. 이 사건 피합병법인은 이 사건 합병등기일까지의 2016 의제사업연도(2016. 1. 1.부터 2016. 9. 21.까지)에 대한 법인세를 신고하면서 이 사건 투자금액에 대하여 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법’이라 한다) 제26조 제1항에 따라 고용창출투자세액공제를 신청하였는데, 구 조세특례제한법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제23조 제13항 제3호를 적용할 경우 해당 사업연도 상시근로자 수의 증가인원이 0명으로 산출되어, 추가공제를 받지 못하고 기본공제금액만을 적용하였으며, 구 조특법 제144조 제3항에 따라 이월 가능한 고용창출투자세액공제 금액은 697,455,140원이다.

  다. 원고는 2016, 2017 각 사업연도 법인세를 신고하면서, 이 사건 투자금액에 대하여 고용창출투자세액공제의 추가공제금액 697,455,140원(이하 ⁠‘이 사건 추가공제금액’이라 한다)을 승계하여 이월공제하는 것으로 하여, 2016 사업연도에 414,900,000원, 2017 사업연도에 282,555,140원을 각 공제하였다.

  라. OO지방국세청장은 피고에 대한 종합감사에서 고용창출투자세액공제의 추가공제분은 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조 제3항 제2호에 따라 합병법인이 승계하여 이월공제할 수 있는 세액공제에 해당하지 않는다고 판단하였고, 피고는 이에 따라 2018. 10. 24. 이 사건 추가공제금액을 부인하여 원고에게 2016 사업연도 법인세 476,677,840원(가산세 포함), 2017 사업연도 법인세 374,688,890원(가산세 포함)을 각 경정․고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

  마. 원고는 이에 불복하여 2018. 12. 12. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 9. 10. 원고의 청구를 기각하였다.

  [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증 및 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    1) 합병법인의 고용창출투자세액공제에 대한 이월세액공제 가부에 관한 주장

      이 사건 합병은 적격합병으로서, 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인의 세액공제를 승계할 수 있는데, 구 조특법 제26조 제1항 제2호에 따른 고용창출투자세액공제 중 추가공제금액은 같은 법 제144조 제2항에 따라 일정한 요건을 갖춘 경우 이월공제를 받을 수 있으므로, 구 법인세법 제59조 제1항 제3호에서 말하는 이월공제가 인정되는 세액공제에 해당하고, 원고는 이 사건 피합병법인이 2016 의제사업연도에 공제받지 못하고 이월된 이 사건 추가공제금액에 대한 세액공제를 승계받아 적용할 수 있다. 구 법인세법 제44조의3 제2항의 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은 적격합병의 경우 합병법인이 세액공제의 요건을 갖춘 경우에는 피합병법인이 합병 전에 적용받던 세액공제를 승계하여 세액공제의 적용을 받을 수 있다고 규정하고 있어 세액공제의 승계 범위에 관하여 제한하고 있지 않고, 구 법인세법 시행령 제81조는 승계받은 세액공제의 적용방법에 관하여 규정하고 있는 것일 뿐 더 나아가 세액공제의 승계 범위에 관하여 제한적으로 열거하고 있는 규정이라고 볼 수 없으므로, 구 법인세법 시행령 제81조에서 고용창출투자세액공제의 승계에 관하여 규정하고 있지 않다고 하더라도, 원고는 이 사건 추가공제금액에 대한 세액공제를 승계받아 적용할 수 있다고 보아야 한다.

    2) 이 사건 추가공제금액 중 이월공제가 가능한 범위

      원고가 승계받은 이 사건 추가공제금액에 대한 이월공제를 적용받기 위해서는 해당 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도 상시근로자 수를 초과하여야 하는데, 이때 합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수는 구 조특법 시행령 제23조 제13항 제3호 가목에 따라 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하여야 하고, 이때 ⁠‘승계한 상시근로자 수’는 같은 조 제11항 제1호에 따라 계산한 피합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수라고 보아야 한다. 이와 같이 계산할 경우 원고의 2016, 2017 사업연도의 이월공제액은 각 414,900,000원, 282,555,140원이므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

  나. 관계 법령

    별지 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 합병법인의 고용창출투자세액공제에 대한 이월세액공제 가부

      가) 관련 법령

        구 법인세법 제44조의3 제2항은 적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인의 합병등기일 현재의 결손금과 피합병법인이 각 사업연도의 소득금액 및 과세표준을 계산할 때 익금 또는 손금에 산입하거나 산입하지 아니한 금액(이하 ⁠‘세무조정사항’이라 한다), 그 밖의 자산·부채 및 제59조에 따른 감면·세액공제 등을 대통령령으로 정하는 바에 따라 승계한다고 규정하고 있고, 제45조 제2항, 제4항은 이에 따라 합병법인이 승계한 피합병법인의 결손금은 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제하고, 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다고 규정하고 있다. 한편 같은 법 제59조 제1항 제3호에서는 이월공제가 허용되는 세액공제를 규정하고 있다.

        구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은 합병법인이 구 법인세법 제44조의3 제1항에 따라 피합병법인의 자산을 장부가액으로 양도받는 적격합병의 경우 피합병법인이 합병 전에 적용받던 구 법인세법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 감면 또는 세액공제의 적용을 받을 수 있고, 이 경우 구 법인세법 또는 다른 법률에 해당 감면 또는 세액공제의 요건 등에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 시행령 제81조 제3항은 ⁠“합병법인은 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 피합병법인으로부터 승계받은 감면 또는 세액공제를 다음 각 호에 따라 적용받을 수 있다.”고 규정하면서, 제2호에서 세액공제 중 이월된 외국납부세액공제 미공제액, 구 조특법 제132조에 따른 법인세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 금액으로서 구 법인세법 제144조에 따라 이월된 미공제액, 그 외에 납부할 세액이 없어 공제받지 못한 금액 중 구 조특법 제144조에 따라 이월된 미공제액을 규정하고 있다. 또한 같은 시행령 제85조 제1호는 적격합병의 경우 세무조정사항은 모두 합병병인에 승계된다고 규정하고 있다.

      나) 판단

        구 법인세법 제44조의3 제2항은 적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인의 구 법인세법 제59조에 따른 감면‧세액공제를 ⁠‘대통령령이 정하는 바에 따라 승계한다’고 규정하여, 합병법인이 피합병법인으로부터 승계하는 감면‧세액공제의 범위에 관하여 규정하면서 그 구체적인 내용을 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항은 적격합병의 경우 합병법인은 피합병법인이 합병 전에 적용받던 구 법인세법 제59조에 따른 감면 또는 세액공제를 승계하여 적용을 받을 수 있되, 이를 적용받기 위한 요건에 관한 규정이 있는 경우에는 합병법인이 그 요건 등을 모두 갖춘 경우에만 이를 적용한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의하면 적격합병의 경우 원칙적으로 합병법인은 피합병법인의 감면 또는 세액공제를 전부 승계한다고 보아야 한다.

        한편 구 법인세법 제45조 제4항은 ⁠‘합병법인이 승계한’ 피합병법인의 감면 또는 세액공제는 피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액 또는 이에 해당하는 법인세액의 범위에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 적용한다’고 규정하여, 합병법인이 승계받은 감면 또는 세액공제를 각 사업연도 소득금액 또는 법인세액을 계산함에 있어서 실제로 어떻게 적용할 것인지에 관하여 대통령령에 위임하고 있고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제81조 제3항은 구 법인세법 제44조의3 제2항에 따라 ⁠‘피합병법인으로부터 승계받은’ 감면 또는 세액공제를 각 사업연도 소득금액 또는 법인세액 계산 시 적용하는 구체적인 방법과 요건에 관하여 규정하고 있는 것이다. 따라서 구 법인세법 시행령 제81조 제3항 제2호가 합병법인이 승계할 수 있는 세액공제의 범위에 관하여 한정적으로 규정하고 있다고 볼 수 없으므로, 위 규정에서 고용창출투자세액공제 중 이월된 추가공제금액의 세액공제에 관하여 별도로 규정하고 있지 않다고 하더라도, 합병법인은 구 법인세법 제44조의3 제2항, 구 법인세법 시행령 제80조의4 제2항에 따라 위 이월된 세액공제를 승계할 수 있다고 봄이 타당하다.

        이와 같이 해석하는 것이 법인세법상 일정한 요건을 갖춘 적격합병의 경우 합병법인이 피합병법인의 결손금, 세무조정사항, 감면 또는 세액공제 등을 일괄하여 승계하도록 함으로써 합병시점에 합병으로 인한 과세문제가 발생하지 않도록 하려는 입법취지에 부합하고, 구 법인세법 제45조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행령 제81조 제2항, 제85조에서 합병법인이 피합병법인의 결손금과 세무조정사항을 모두 승계받도록 규정하고 있는 것과도 균형적인 해석이다.

        따라서 원고는 이 사건 합병으로 인하여 이 사건 피합병법인이 공제받지 못하고 이월된 이 사건 추가공제금액을 승계받는다고 할 것이고, 원고가 추가공제 및 이월공제의 요건을 충족하는 경우 그 세액공제를 받을 수 있다.

    2) 이 사건 추가공제금액 중 이월공제가 가능한 범위

      가) 관련 법령

        구 조특법 제144조 제3항은 고용창출투자세액공제의 이월공제를 적용받기 위해서는 해당 과세연도의 상시근로자 수가 직전 과세연도의 상시근로자 수를 초과하는 경우 그 상시근로자 수를 기초로 계산된 금액을 한도로 하여 이월된 세액공제액을 적용할 수 있다고 규정하고 있고, 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호는 ⁠‘상시근로자 수’를 ⁠‘해당 과세연도의 매월 말 현재 상시근로자 수의 합 ÷ 해당 과세연도의 개월 수’로 계산하도록 규정하고 있다. 한편 같은 조 제13항 제3호 가목(이하 ⁠‘이 사건 조항’이라 한다)은 합병 등에 의하여 종전의 사업부문에서 종사하던 상시근로자를 승계하는 경우 합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수는 직전 과세연도 상시근로자 수에 승계한 상시근로자 수를 더한 수로 하고, 해당 과세연도의 상시근로자 수는 해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자의 수로 한다고 규정하고 있다.

      나) 당사자들의 주장

        이 사건 피합병법인의 2015년, 2016년 각 상시근로자 수가 다음 ⁠[표 1] 기재와 같고, 원고의 각 해당 연도 상시근로자 수가 다음 ⁠[표 2] 기재와 같음은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 합병법인인 원고의 직전 과세연도의 상시근로자 수에 가산하는 ⁠‘승계한 상시근로자 수’를 계산함에 있어서, 원고는 피합병법인의 직전 과세연도 매월 말 현재 상시근로자 수를 적용하여야 한다고 주장하고, 피고는 합병등기일 당시 합병법인이 ⁠‘승계한’ 근로자의 수를 일괄적으로 더하여 계산해야 한다고 주장한다.

[표 1] 이 사건 피합병법인의 실제 상시근로자 수

[표 2] 원고의 실제 상시근로자 수

        원고의 주장에 따른 원고의 각 과세연도 상시근로자 수 계산은 다음 ⁠[표 3] 기재와 같고, 상시근로자 수 증가분은 2016년 36.91명(= 123.91명 – 87명)이고, 2017년 42.92명(= 166.83명 – 123.91명)이다.

[표 3] 원고의 상시근로자 수 증가분(원고 주장)

         한편 피고의 주장에 따른 원고의 각 과세연도 상시근로자 수 계산은 다음 ⁠[표 4] 기재와 같고, 상시근로자 수 증가분은 2016년 0.66명(= 136.6명 – 136명)이고, 2017년 30.17명(= 166.8명 – 136.6명)이다.

[표 4] 원고의 상시근로자 수 증가분(피고 주장)

      다) 판단

        앞서 본 바와 같이 구 조특법 시행령 제23조 제11항 제1호는 ⁠‘상시근로자 수’에 관한 계산 규정을 두고 있고, 같은 조에 있는 합병 등 조직변경의 경우에 관한 특칙을 규정하고 있는 이 사건 조항을 해석함에 있어서 이와 달리 보아야 할 특별한 이유가 없는 점, 이 사건 조항은 합병법인의 직전 과세연도 상시근로자 수는 ⁠‘해당 법인의 직전 과세연도 상시근로자 수’에 ⁠‘승계한 상시근로자 수’를 더한 수로 하고, 해당 과세연도 상시근로자 수는 ⁠‘해당 과세연도 개시일에 상시근로자를 승계한 것으로 보아 계산한 상시근로자 수’라고 규정하고 있는바, 위 각 수치를 계산함에 있어서 ⁠‘상시근로자 수’의 의미는 모두 동일하게 해석하는 것이 법령의 체계적‧합리적 해석에 부합하는 점, 합병법인이 해당 과세연도 개시일에 ⁠‘상시근로자’를 승계한 것으로 보아 해당 과세연도의 상시근로자 수를 계산하도록 하고 있는 점, 해당 과세연도의 상시근로자 수 계산에 관한 규정은 조세특례제한법 시행령이 2014. 2. 21. 대통령령 제25211호로 개정되면서 신설되었는데, 합병 등의 구조개편으로 인하여 근로자 수가 변하지 않도록 상시근로자 수의 계산방법을 명확히 하는 것이 그 개정취지였던 점 등을 종합하면, 이 사건 조항에서 합병법인의 직전 과세연도의 상시근로자 수에 가산하도록 규정하고 있는 ⁠‘승계한 상시근로자 수’는 피합병법인으로부터 승계한 직전 과세연도 상시근로자 수를 같은 조 제11항 제1호에 따라 계산한 수치로, 해당 과세연도 개시일에 승계한 것으로 보아 계산하는 ⁠‘상시근로자 수’ 역시 피합병법인으로부터 승계한 해당 과세연도 상시근로자 수를 같은 조 제11항 제1호에 따라 계산한 수치라고 봄이 타당하다.

        그렇다면 상시근로자 수 계산에 관한 원고의 주장은 이유 있고, 이에 따라 이 사건 추가공제금액에 대한 세액공제를 적용한 것은 타당하다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 06. 01. 선고 서울행정법원 2019구합86938 판결 | 국세법령정보시스템