요지

해외자회사 미수이자 및 이행보증수수료 미수취가 부당행위계산과 정상가격에 의한 과세조정 적용대상이 되며 외부과제용역 참여한 연구요원의 인건비가 연구인력개발세액 공제 대상에 해당되지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

 청 구 취 지

피고가 2016. 9. 5. 원고에 대하여 한 2015사업연도 법인세 0원 중 0원을 초과하는 부분(각 가산세 포함) 및 농어촌특별세 0원 중 0원을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 한국BBB법에 따라 설립되어 국내 및 해외에서 도시가스의 제조·공급과 그 부산물의 정제·판매, 천연가스(액화 포함)의 인수기지 및 공급망의 건설·운영, 천연가스 및 액화석유가스의 개발 및 수출입 등 사업을 하고 있다.

나. 00지방국세청장은 2015. 12. 10.부터 2016. 5. 12.까지 원고에 대하여 법인제세통합조사를 실시하여 7개 항목의 조사결과를 피고에게 통보하였는데, 그중 이 사건과 관련된 3개 항목의 내용은 아래와 같다.

다. 피고는 2016. 9. 5. 위 세무조사결과에 따라 원고에 대하여 2010사업연도부터2015사업연도까지 법인세 과세표준과 세액을 증액[법인세 0원(가산세포함), 농어촌특별세 0원(가산세 포함)]하는 내용의 경정‧고지를 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2016. 12. 2. 조세심판원에 행정심판을 청구하였고, 조세심판원은 2019. 2. 20. 일부 사유에 대하여는 인용 및 재조사결정을 하였으나 앞서 본 제1, 2, 3쟁점에 관한 심판청구는 기각하였다. 그 결정문은 2019. 2. 22. 원고에게 송달되었다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1호증의 1 내지 6의 각 기재, 변

론 전체의 취지

2. 원고의 주장 이 사건 처분 중 제1, 2, 3쟁점에 관한 부분은 아래와 같은 이유에서 위법하므로 이 사건 처분은 청구취지 기재와 같이 일부 취소되어야 한다.

가. 원고는 해외자원개발사업을 위해 현지에 설립한 해외자회사들에게 이 사건 대출금 및 자체조달금을 대여하면서 해외자회사들이 탐사에 성공하여 수익을 얻는 경우(성공불 조건)에 대여원리금을 변제하는 것으로 정하였다. 따라서 이 사건 대출금 및 자체조달금의 대여에 따른 이자지급의무의 발생 여부는 탐사단계가 종료되는 시점에 결정되는데 해외자회사들이 진행한 해외자원개발사업은 2015사업연도 종료 시까지는 아직탐사단계에 있었으므로 원고가 그때까지 이자수익을 인식하지 않은 것은 법인세법상 권리확정주의에 따른 것으로 정당하다.

해외자원개발사업은 고위험‧고수익이라는 특성을 가지고 있어 그 사업을 위한 대여 거래의 경우 차주는 높은 확률로 실패 시 원리금을 감면해 줌으로써 채권회수를 포기하는 대신 낮은 확률로 성공 시 기존 대여에 대한 이자를 포함하여 높은 이자율로 원리금 상환을 받음으로써 큰 수익을 기대할 수 있으며, 실제 해외자회사들 중 한 곳 이2017년경 탐사에 성공하여 피고가 산정한 총 정상이자보다도 훨씬 더 큰 금액을 이자수익으로 얻었다. 따라서 원고가 탐사 성공 시까지 대여금에 대한 이자를 받지 않은 것을 두고 비정상적 거래라고 할 수 없다.

피고는 자금거래에 원가가산방법이 적용됨을 전제로 대여원금에 약정이율을 곱한 가격을 정상가격으로 산정하였는데 자금거래는 관련 법령상 원가가산방법이 적용되는 경우에 해당하지 않고, 채무액, 만기, 보증 여부, 채무자의 신용도, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험 등을 고려하여 비교대상거래를 선정한 후 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출해야만 한다.

나. 원고의 기업부설연구소인 가스기술연구원에서 연구업무에 종사하는 연구요원 중일부가 이 사건 과제용역에 일시적으로 참여한 사실은 있다. 그러나 당시 시행 중인조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항에 따를 때 연구개발서비스업에 종사하는 연구요원과 달리 ⁠‘전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’의 경우 연구업무를 ⁠‘전담’할 것이 연구‧인력개발비 세액공제 요건으로 요구되지 않는다. 따라서 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원들의 인건비도 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당한다. 그렇지 않다고 하더라도 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원의 총 근무시간 중 용역에 참여한 시간을 제외한 부분에 해당하는 인건비는 연구·인력개발비 세액공제 대상이 된다.

다. 이 사건 이행보증은 원고가 해외자원개발사업 수행을 위하여 현지에 설립한 자회사, 손회사에 대하여 한 것으로, 그에 따른 효익은 실질적으로 원고에게 귀속된다. 이 사건 이행보증은 해외자회사, 손회사가 해외자원개발사업에 관한 계약에 따라 부담할 투자비 등 지급채무에 대한 보증인데, 그 자금은 원고의 투자 또는 대여를 통해 조달되므로 원고가 이 사건 이행보증에 따라 부담할 추가적인 위험과 비용은 없다. 해외자회사, 손회사는 원고로부터 투자 또는 대여를 받은 시점에 이미 그에 관한 기대편익을 누린 것이고 원고의 이행보증에 따라 증가되는 기대편익은 없다. 이러한 점을 볼 때 원고가 해외자회사, 손회사로부터 별도로 보증수수료를 수취하지 않은 데에는 합리적인 이유가 있고 관련 법령상 적정한 이행보증수수료를 산정할 근거도 없으므로, 부당행위계산부인 또는 정상가격에 의한 과세조정 적용대상에 해당하지 않는다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고가 해외자회사로부터 이 사건 자체조달금 대여에 따른 이자를 수취하지 않은 것이 정상가격에 의한 과세조정 적용대상인지 여부(제1쟁점)

1) 관련 법리

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에서 규정하고 있는 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88조 제1항각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2018. 10. 25. 선고 2016두39573 판결 등 참조).

한편 구 국제조세조정법(2020. 12. 22. 법률 제17651호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조 제1항은 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에서 그 거래가격(이전가격)이 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 정상가격(제2조 제10호)보다 낮거나 높은 경우 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있도록 규정하고 있다. 이는 현행 세법상 부당행위계산부인제도의 일종으로 기업이 국외특수관계자와의 국제거래에서 정상가격보다 높게 대가를 지급하거나 낮은 대가를 받아 과세소득을 국외로 이전시키는 경우 과세당국이 이전가격을 부인하고 정상가격으로 과세함으로써 자국의 과세권을 보호하고 국제적인 조세회피를 방지하려는 제도이다. 따라서 거래당사자의 일방이 국외특수관계자인 국제거래에 있어 그 거래가격이 정상가격에 해당하는지 여부를 판단함에 있어서도 법인세법상 부당행위계산에 있어서의 경제적 합리성 유무에 관한 판단기준이 적용될 수 있다.

2) 인정사실

가) 원고는 2007년경 해외자원개발사업(석유‧천연가스의 탐사‧개발사업)을 수행하기 위해 CCCC, 인도네시아, DDDD에 100% 출자하여 KGCCCC, KG크룽마네, KGDDDD(이하 ⁠‘제1쟁점 자회사들’이라 한다)를 각각 설립하였다.

나) 원고는 2007. 5. 17. CCCC 1개 광구(지분 10%), 인도네시아 크룽마네 1개 광구(지분 15%), DDDD 5개 광구(지분 10%)에 관하여 자원개발 투자를 진행하기로 하는 내용의 이사회 결의를 하고, 같은 날 이를 공시하였다.

다) 원고는 제1쟁점 자회사들이 수행할 해외자원개발사업에 대한 지원을 위하여 해외자원개발사업법 제11조 제1항 제1호 등에 따라 정부의 위임을 받아 해외자원개발사업에 관한 융자업무를 수행하는 한국석유공사와 아래 표와 같은 내용의 대출약정을 체결하였고, 그 약정에 따라 이 사건 대출금인 미화 0달러를 대출받았다.

라) 위 각 대출약정에 의하면 해외자원개발사업법 제11조 제3항, 같은 법 시행령 제11조의3 제1항 제1호, ⁠「해외자원개발사업에 소요되는 자금의 융자기준」(산업자원부고시) 제13조 제1항 제1호에 따라 탐사사업이 상업적 생산에 이르지 못하고 종료된경우에는 대출원리금의 상환을 전부 또는 일부 면제할 수 있고, 원고는 이 사건 대출금을 다른 자금과 구분하여 계리하여야 한다.

마) 원고는 이 사건 대출금만으로는 부족한 지원 자금을 보충하기 위해 2008년부터 2010년까지 자체적으로 외화사채를 발행하여 이 사건 자체조달금인 미화279,267,069달러를 조달하였다. 그 외화사채의 연도별 평균 차입이율은 2010년 3.58%,2011년 3.81%, 2012년 3.79%, 2013년 3.51%, 2014년 3.60%, 2015년 3.68%이다.

바) 원고는 2007년부터 2015년까지 탐사사업비 증가에 따라 제1쟁점 자회사들에게 이 사건 대출금과 이 사건 자체조달금을 합한 미화 374,843,977달러를 순차적으로 대여(이하 ⁠‘이 사건 대여’라 한다)하면서 이율은 한국석유공사에서 분기별로 고시하는 에너지 및 자원산업 특별회계이자율인 에너지특별자금 상환이자율에 1%를 가산한 비율2)(분기 복리 계산)로 정하였다. 구체적인 자회사별 대여 내역(단위 : 미화 달러)은 아래 표와 같다.

사) 원고와 제1쟁점 자회사들은 이 사건 대여에 관한 최초 계약 체결 시에는 대여원리금의 만기를 확정기한으로 정하였다가, 2008. 4. 11. 1차 변경계약을 통해 기존 만기 조항을 삭제하고 각 자회사가 석유에 대해 보유한 지분으로부터 발생하는 현금흐름을 수령하는 날(즉 해당 사업에서 수익을 얻은 때)로부터 10영업일 이내로 하되 첫 번째 상환일은 상업적인 생산개시일 이후까지는 발생하지 않는 것으로 변경하였다.

아) 해외자원개발사업은 보통 ① 탐사를 위한 광권확보부터 지질조사 및 지구물리탐사를 거쳐 자원매장가능성이 높은 유망구조를 파악한 뒤 시추탐사작업을 통해 자원부존가능성을 확인하는 탐사단계, ② 탐사단계에서 자원의 존재가 확정되면 그 정보를 종합 분석하여 유·가스전 평가 및 개발계획수립, 생산시설 건설, 생산정 시추 등을 수행하는 개발단계, ③ 최적 생산을 위하여 저류층관리, 회수증진법, 생산시설 유지관리등의 작업을 수행하는 생산단계로 구분된다.

원고는 이 사건 대여에 관하여 제1쟁점 자회사들이 각각 수행하는 해외자원개발사업의 탐사단계가 종료되지 않았다는 이유로 대여금에 대한 이자수익을 인식하지 않다가, 2017년경 CCCC에서의 탐사가 성공하여 2017. 6. 1. 최종투자결정(FID)을 통해 개발단계로 전환된 후에야 KGCCCC에 대한 대여금 부분의 이자수익으로 미화0달러(원화 약 0억 원)를 인식하였다(나머지 자회사들의 경우 현재까지 탐

사단계가 종료되지 않은 것으로 보인다). 구체적인 이자수익의 산정내역(단위 : 미화달러, 원화 환율 1,146.7원 적용)은 아래 표와 같다.

자) 제1쟁점 자회사들은 아래 표(단위 : 백만 원)와 같이 이 사건 자체조달금 대여에 대한 이자비용을 계상하여 법인세 신고를 하였다.

차) 한편 원고는 2012년부터 2014년까지 해외자원개발사업(LNG 개발‧생산) 목적으로 호주에 설립한 자회사(CDCD Prelude Pty Ltd)3)에게 개발단계에서 자금을 대여한 다음 해당 사업에 따른 수익이 발생하지 않는 기간에 대하여도 연 6.5%의 이율(비교가능제3자가격법에 따라 정상요율 산정)에 따른 이자를 수취한 사실이 있다.

타) 피고는 원고가 이 사건 대여 중 이 사건 자체조달금 부분의 이자수익을 인식하지 않은 행위에 대해 대여금 적수에다가 이 사건 대여에 따른 약정이율(에너지특별자금 상환이자율에 1%를 가산한 비율)을 곱한 금액을 정상가격으로 보아 아래 표와 같이 법인세 과세표준에 합계 0원을 익금산입하고 이에 따른 법인세를 증액 경정하는 내용이 포함된 이 사건 처분을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제10 내지 15, 25 내지 28호증, 을 제1 내지 5, 7, 8,11, 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

3) 판단

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 제1쟁점 자회사들에게 이 사건 대여 중 이 사건 자체조달금 부분에 관한 이자를 탐사단계가 종료될 때까지 받지 않기로 정한 것은 경제적 합리성이 없고, 피고의 정상가격 산출방식에도 어떤 위법이 있다고 볼 수 없다.

① 원고가 제1쟁점 자회사들의 사업에 대한 지원을 위해 한국석유공사와 체결한 대출약정에서는 탐사사업이 상업적 생산에 이르지 못하고 종료된 경우 대출원리금의 상환을 전부 또는 일부 면제할 수 있도록 정하고 있으므로 그에 따른 이 사건 대출금은 탐사의 성공 여부가 결정될 때까지 이자지급이 유예된다. 따라서 원고가 위 대출금을 제3자에게 대여할 때 위와 동일하게 이자지급을 유예한 것은 불합리하다고 볼 수 없다. 그러나 원고가 이와 별개로 조달한 이 사건 자체조달금은 원고의 이자지급의무가 확정적으로 발생되어 있으므로 이를 재원으로 하여 제3자에게 대여할 때에는 특별한 사정이 없는 한 일반적인 대여거래에서와 같이 이자를 수취하는 것이 합리적이다.

② 그런데 원고는 제1쟁점 자회사들에게 이 사건 대여를 하면서 이 사건 자체조달금을 이 사건 대출금과 구분하지 않고 현금 흐름을 수취하게 되는 경우, 즉 탐사에 성공하는 경우에 그 대여원리금을 지급하도록 정하는 한편, 담보권 설정 등 최소한의 채권보전조치도 전혀 취하지 않았다. 원고의 주장에 따르더라도 제1쟁점 자회사들이 수행하는 해외자원개발사업은 성공 확률이 매우 낮은 고위험‧고소득 사업이라는 것으로, 원고는 이로써 대여원금뿐 아니라 이자수익조차도 전혀 얻지 못하는 위험을 고스란히 떠안게 되고 이는 원고와 제1쟁점 자회사들이 특수관계에 있지 않다면 쉽게 선택하기 어려운 거래방식이라고 판단된다.

③ 결국 원고는 이 사건 자체조달금 대여에 관한 변제기를 탐사 성공 시까지로 정함으로써 사실상 제1쟁점 자회사들이 해외자원개발사업에 대한 투자자로서 부담해야 할 사업 실패에 따른 투자위험을 직접 부담한 것으로 볼 수 있는데, 원고는 투자자가 아니라 제1쟁점 자회사들에게 사업 자금을 대여한 채권자의 지위에 있을 뿐이므로, 원고와 제1쟁점 자회사들이 특수관계에 있다는 점을 고려하지 않고 본다면 이를 정상적인 거래라고는 보기 어렵다.

④ 원고는 고위험‧고소득 사업이라는 해외자원개발사업의 특성을 고려하여 탐사단계에서 이자를 수취하지 않되 성공하면 고율의 이자를 받기로 하였고 실제 KGCCCC의 사업이 성공하여 피고 산정의 정상이자를 훨씬 초과하는 411억여 원의 이익을 얻었으므로 전체적으로 보아 경제적 합리성이 있다고 주장한다. 그러나 원고는 탐사가 성공할 경우, 대여약정에 따라 원래 받기로 한 이자, 즉 그 지급만 유예되었던 이자를 얻게 되는 것일 뿐이고, 그 이율도 탐사 성공 조건이 부가되기 전 이미 정해진 이율로서이 사건 자체조달금의 차입이율에 비해 특별히 높게 정해진 것도 아니므로 이를 두고사업 실패에 따른 위험을 부담한 데에 대한 합당한 대가를 얻은 것이라고 평가할 수는

없다(특히 위 411억여 원은 이 사건 대출금 및 부과제척기간이 도과된 기간과 이 사건

처분 이후의 기간까지 모두 포함하여 산정된 금액으로 당연히 피고 산정의 정상이자보

다 많을 수밖에 없고, 제1쟁점 자회사들이 2010년부터 2015년까지 신고한 이자비용은

약 345억 원에 이른다).

⑤ 원고는 국가가 강력하게 시행한 자원에너지 확보 정책에 따라 해외자원개발사업을 수행하기 위하여 이 사건 대여를 한 것인데 이러한 경우에는 정상가격에 의한 과세조정 적용대상에 해당하지 않는다고 주장한다.4) 그러나 제출된 증거와 참고자료를 모두 보아도 위와 같은 국가 정책이 원고가 국외특수관계자와의 국제거래에서 정상가격보다 높게 대가를 지급하거나 낮은 대가를 받는 행위까지 허용하는 것이라고 해석할근거를 찾을 수 없으므로 위 주장은 이유 없다(원고가 근거로 드는 판결 등은 이 사건과 사안을 달리하여 원용할 수 없다).

⑥ 원고는 이 사건 대여와는 달리 호주에서 해외자원개발사업을 수행하는 자회사에 대하여는 사업 자금을 대여한 후 수익이 발생하지 않는 동안에도 연 6.5%의 이율의 이자를 수취하였다. 이에 대해 원고는, 위 거래는 일정수익이 확실히 예상되는 개발단계의 사업에 관한 대여라는 점에서 성공 여부가 불분명한 탐사단계의 사업에 관한 이 사건 대여와는 중대한 차이가 있다고 주장한다. 그러나 사업 실패에 따른 위험은 전적으로 투자자인 제1쟁점 자회사들이 부담하여야 한다는 점에서 그 주장과 같은 사정만으로 이 사건 자체조달금 대여에 관한 이자수취방식을 위 거래와 달리 취급할 만한 합리적 근거가 존재한다고 볼 수 없고, 원고의 주장은 원고와 제1쟁점 자회사들이 사실상동일한 회사임을 전제로 할 때에만 이해될 수 있다.

⑦ 구 국제조세조정법 제5조 제1항 제3호는 정상가격 중 하나로 ⁠‘원가가산방법’을 정하면서 이를 ⁠‘거주자와 국외특수관계인 간의 국제거래에서 자산의 제조·판매나 용역의제공 과정에서 발생한 원가에 자산 판매자나 용역 제공자의 통상의 이윤으로 볼 수 있 는 금액을 더한 가격을 정상가격으로 보는 방법’으로 정의하여 원가가산방법의 적용대상에 자금거래를 명시적으로 포함하고 있지 않지만, 위 규정은 국외특수관계인이 아닌자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 합리적으로 도출할 수 있는 방법을 예시한 것으로, 자금거래라고 하더라도 위와 같은 원가가산방법이 가장 합리적으로 정상가격을 도출할 수 있는 방법이라고 한다면 그 적용대상이 된다고 해석함이 타당하다.

이 사건 대여 중 이 사건 자체조달금에 관한 부분의 경우 원고가 외부에서 조달한 돈을 제1쟁점 자회사들에게 대여하였는데, 이러한 형태의 대여거래에 있어서는 원가가산방법에 따라 조달원가에 해당하는 차입이자에 일정 이윤을 더한 이자를 정상가격으로 보는 것이 가장 합리적이고 직접적인 방법이다[원고도 ⁠‘일반적인 자금차입 및 대여거래’의 경우를 전제로 할 때의 정상가격에 대하여는 위와 같은 취지로 주장하였다(소장 18쪽)]. 그런데 피고는 이 사건 자체조달금의 차입이율보다 낮은 이 사건 대여에 따른 이율을 적용하여 정상가격을 산출하였을 뿐만 아니라, 그 가격은 원고가 비슷한 시기에 호주 자회사에게 해외자원개발사업에 관한 자금을 대여할 때 비교가능제3자가격법에 따라 산정한 이율보다 낮으므로, 피고 산정의 정상가격이 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격의 범위를 초과한다고 볼 수 없다.

나. 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원에 대한 인건비가 연구‧인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부 및 그 범위(제2쟁점)

1) 연구‧인력개발비 세액공제 요건에 관하여

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나) 위 법리에 비추어 연구‧인력개발비 세액공제 관련 규정의 내용과 체계, 취지

등을 살펴보면, 전담부서 등에 근무하는 연구원이라도 실제 연구업무를 직접적으로 전담하는 경우에 한하여 그 인건비가 연구‧인력개발비 세액공제 적용대상이 된다고 보아야 한다. 그 구체적인 이유는 아래와 같다.

(1) 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제1항은 내국인이 각 과세연도에 연구‧인력개발비가 있는 경우에는 일정금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 정하고 있다. 이러한 세액공제는 세금감면의 측면을 넘어 정상적인 과세체계에서 벗어나 국가가 특정인에게재정적 지원을 해주는 것과 같은 세제상 특례에 해당하므로, 조세공평의 원칙상 그 요건은 더욱 엄격하게 해석할 필요가 있다.

(2) 구 조세특례제한법 제9조 제5항에 의하면 ⁠‘연구개발’은 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동’을 말한다. 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2020. 3. 3. 대통령령 제30497호로 개정되기 전의 것) 제2조 제5호도 ⁠‘연구개발활동’을 위와 비슷한 취지로 정의하고 있다.

구 조세특례제한법 제9조 제2항 제1호는 ⁠‘연구‧인력개발비’를 ⁠‘연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용’이라고 정하고있고, 이에 따라 구 조세특례제한법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25279호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항, ⁠[별표 6] 제1호 가목 1)항 본문에서는 ⁠‘자체연구개발’ 비용에 관하여 ⁠‘연구개발 또는 문화산업 진흥 등을 위한 기획재정부령으로 정하는 연구소 또는 전담부서(이하 ’전담부서 등‘이라 한다)에서 근무하는 직원으로서 기획재정부령으로 정하는 자의 인건비’를 말한다고 규정하였다. 구 조세특례제한법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되기 전의 것) 제7조 제3항에 의하면 위 ⁠‘기획재정부령으로 정하는 자’는 ⁠‘전담부서 등에서 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자’를 말한다. 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2015. 3. 11. 대통령령 제26137호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1항에 의하면 전담부서 등의 연구전담요원, 연구보조원 및 연구관리직원은 해당 기업의 연구업무 외에 다른 업무를 겸할 수 없으며, 해당 기업은 위 연구전담요원 등이 연구에만 전념할 수 있도록 연구활동 외에 생산‧판매‧영업 등의 기업활동과 관련된 업무에 종사하는 별도의 상시 종업원을 확보하여야한다.5)

위와 같이 세액공제 대상이 되는 연구‧인력개발비는 전담부서 등에서 근무하는 직원에 대한 인건비여야 하는데 전담부서 등에 근무하는 연구업무 관련 직원은 연구업무외에 다른 업무를 겸할 수 없는 점, 전담부서 등에 근무하는 직원의 경우에도 실제 연구업무에 종사하거나 이를 직접적으로 지원하는 자에 한하여 세액공제 대상이 되는 점등에 비추어 보면, 인력‧연구개발비 세액공제는 연구업무만 전적으로 담당한 직원의 인건비에 대하여 적용된다고 보는 것이 규정의 문언과 체계에 맞다.

(3) 한편 구 조세특례제한법 시행령이 2014. 2. 21. 대통령령 제25279호로 개정되면서 제8조 제1항, ⁠[별표 6] 제1호 가목 1)항 본문에 ⁠‘연구개발서비스업에 종사하는 전담요원’이 추가되었고, 구 조세특례제한법 시행규칙도 2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정되면서 제7조 제3항에 위와 같은 개정사항이 반영되었다. 이처럼 연구개발서비스업에 종사하는 자의 경우 그 업무를 ⁠‘전담’할 것이 요구되는데, 이는 기존에 규되어 있던 ’전담부서 등에서 근무하는 직원’ 또한 연구업무에 전담할 것을 요건으로 한다는 점을 전제한 것으로 볼 수 있다. 연구‧인력개발비 세액공제를 적용함에 있어 전담부서 등에서 근무하는 직원과 연구개발서비스업에 종사하는 자를 달리 취급할만한 특별한 이유가 없기 때문이다.

(4) 조세특례제한법상 연구·인력개발비 세액공제 제도는 기업의 연구‧인력개발 활동을 장려하고 촉진함으로써 창조적 연구역량의 축적을 도모하고 우수한 과학기술인력을 양성하여 국가의 과학기술경쟁력을 강화하고 사회‧경제를 발전시키는 데에 그 취지가 있다. 이러한 연구‧인력개발비 세액공제 제도의 취지를 보더라도 전담부서 등에서 근무하는 직원이 연구업무에 전념하지 않고 그와 직접적인 관련이 없는 생산‧판매‧영업 등 업무를 겸한 경우에는 세액공제 대상이 되지 않는다고 보는 것이 타당하다.

2) 이 사건에 관한 판단

가) 인정사실

(1) 원고는 1988년 12월경 가스기술의 연구 및 개발을 위한 연구개발원을 설립하였고, 위 연구개발원은 2015. 8. 11. 가스기술연구원(이하 ⁠‘이 사건 연구원’이라 한다)으로 변경되었다. 이 사건 연구원은 구 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률 시행령(2015. 3. 11. 대통령령 제26137호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항에 따른 기업부설연구소에 해당한다.

(2) 이 사건 연구원에 소속되어 연구업무에 종사하는 연구요원 중 일부는 2010년 이전부터 이 사건 과제용역에 참여하였다. 이 사건 과제용역은 원고의 영업부문, 설비기술, 생산부서 등에서 연구개발의 스폰서가 되어 연구개발 성과를 실제 적용하는 것으로, 기술개발이 완료된 LNG저장탱크 및 터미널 설계, 열 수축 피복재 시험 등에 관한 업무를 수행하고 대가를 받는 것을 그 내용으로 하고 그 업무수행기간은 짧게는 5개월에서 길게는 30개월에 이른다.

(3) 원고는 2010사업연도부터 2014사업연도까지 이 사건 연구원에서 연구업무에 종사하는 연구요원의 인건비에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청하면서 이 사건 과제용역에 참여한 일부 연구요원들에 대한 인건비 전액을 연구·인력개발비 세액공제로 적용하여 법인세를 신고‧납부하였다.

(4) 피고는 세무조사결과에 따라 이 사건 연구원 소속 연구요원의 인건비 중 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원들의 인건비는 연구·인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 판단하고 원고의 2010사업연도부터 2014사업연도까지의 법인세 이월세액공제액에서 아래 표와 같이 합계 3,522,079,754원을 제외하여 법인세를 증액 경정하는 내용이 포함된 이 사건 처분을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제3, 19, 20호증, 갑 제29호증의 1 내지 9, 을 제1호

증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 판단

위 인정사실에 의하면 이 사건 과제용역은 연구개발 활동에 직접 관련된 것이 아니라 그에 따른 연구결과를 상업적으로 활용한 원고의 수익사업에 불과하고 그 업무의 성질상 상당한 노력과 시간이 소요되므로, 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원은 해당 사업연도에 연구업무를 전담하였다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 과제용역에 참여한 연구요원에 대한 해당 사업연도의 인건비는 참여비율(해당 연구요원의 총 근무시간 중 이 사건 과제용역에 참여한 시간의 비율)에 관계없이 그 전액이 구 조세특례제한법 제10조 제1항 등에 따른 연구‧인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다.

이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 원고가 이 사건 이행보증에 따른 보증수수료를 수취하지 않은 것이 부당행위계산부인 또는 정상가격에 의한 과세조정 적용대상인지 여부(제3쟁점)

1) 인정사실

가) 원고는 해외자원개발사업을 위하여 해외에 자회사나 손회사를 설립한 다음, 그 자회사, 손회사가 해당 해외자원개발사업에 관하여 체결한 계약에서 지분매입비, 투자비 지급 등 계약상 의무이행에 대한 보증이 요구되는 경우에는 그에 관한 이행보증서를 해외자회사 등에게 교부해주었다.

나) 이에 원고는 2011년부터 2015년까지 아래 표와 같이 호주 4개사, KGCCCC, KGDDDD, 이라크 4개사 등 총 10개의 해외자회사, 손회사(이하 ⁠‘제3쟁점 자회사등’이라 한다)에게 이행보증서를 교부해줌으로써 이 사건 이행보증을 하였으나, 그에 따른 이행보증 수수료를 수취하지는 않았다.

다) 한편 원고는 이 사건 이행보증 외에 호주에서 해외자원개발사업을 할 목적으로 100% 출자를 통해 설립한 KGLNG Liquefaction Pty Ltd(손회사), CDCD Cyprus(자회사)에 대하여도 이행보증(가스매매계약에 따른 대금지급의무 보증)을 한 사실이 있고, 당시 UYT회계법인에 이행보증수수료 산정용역을 의뢰하였다. UYT회계법인은 원고가 이행보증 거래를 수행함에 따라 향후 부담할 수 있는 위험을 평가하여 적정비용을 산정한 보고서를 제출하였고, 원고는 이를 토대로 산정한 이행보증수수료를 회계상 수익 또는 세무상 익금으로 반영하였다.

라) 서울지방국세청장은 원고에 대한 세무조사과정에서 위 보고서를 확인하고 원고에게 제3쟁점 자회사 등 중 이라크 4개사에 대한 이행보증수수료(정상가격) 산정 보고서의 작성‧제출을 요구하였다. 원고는 GH회계법인에게 이라크 4개사 중 CDCDIraq B.V에 대한 이행보증수수료 산정용역을 의뢰하였고, GH회계법인은 구 국제조세조정법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27837호로 개정되기 전의 것) 제6조의2 제3항제1호, 구 국제조세조정법 시행규칙(2020. 3. 13. 기획재정부령 제772호로 개정되기 전의 것) 제2조의3이 정한 위험접근법에 따라 해당 법인의 재무정보를 토대로 신용등급을 산출하여 적정 이행보증수수료율을 산정한 보고서를 작성하고, 이를 서울지방국세청장에게 제출하였다.

마) 피고는 세무조사결과에 따라 원고가 이 사건 이행보증에 대해 이행보증수수료를 수취하지 않은 것은 비정상 거래라고 판단하고, 위 보고서에 따라 산정된 이행보증수수료율을 적용(다만 제3쟁점 자회사 등 중에서 실질적 관리장소가 국내여서 내국법인으로 인정된 CDCD Iraq B.V, CDCD Badra B.V에게 제공한 부분에 대하여는 구 법인세법 제52조 제1항 등에 의한 부당행위계산부인 규정을 적용)하여 아래 표와 같이 법인세 과세표준에 합계 1,770,514,767원을 익금 산입하고 이에 따른 법인세를 증액경정하는 내용이 포함된 이 사건 처분을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제21 내지 24호증, 을 제9호증, 을 제10호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

위 인정사실에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을 앞서 가.의 1)항에서 본 법리에 비추어 보면, 원고가 이 사건 이행보증에 대해 제3쟁점 자회사 등으로부터 이행보증수수료를 수취하지 않은 것은 경제적 합리성이 없고, 피고의 정상가격 산출방식에도 어떤 위법이 있다고 볼 수 없다.

① 이 사건 이행보증은 제3쟁점 자회사 등이 해외자원개발사업에 관한 계약에 따른 의무를 이행하지 않을 경우 원고가 제3쟁점 자회사 등을 대신하여 계약을 이행하거나 보증금을 지급하는 거래이다. 제3쟁점 자회사 등은 이 사건 이행보증으로 인해 해외자원개발사업에 참여할 수 있는 이익을 얻게 되므로 특별한 사정이 없는 한 원고는 그 신용제공에 따른 대가를 받는 것이 합리적이다.

② 원고가 그 주장처럼 해외에서 해외자원개발사업을 할 목적으로 제3쟁점 자회사 등을 설립하였다고 하더라도 위 사업의 수행주체는 어디까지나 원고와 별개의 법인격을 갖는 제3쟁점 자회사 등이 되는 것이고 그 사업에 따른 이익이 원고에게 직접 귀속된다고 볼 수도 없다. 만약 자회사가 수행한 사업의 이익이 결과적으로 모회사에게 귀속된다는 이유만으로 모회사가 자회사에 대한 용역제공에 대해 정당한 대가를 수수할 필요가 없다고 보게 되면 특수관계자와의 거래에서 비정상거래를 방지하고자 하는 부당행위계산 부인 및 이전가격 과세제도의 취지에 명백히 반하는 결과를 초래한다.

③ 원고는 원고가 제3쟁점 자회사 등에 대해 사업자금을 계속 지원할 수 있어 보증사고의 위험이 존재하지 않기 때문에 그 위험부담을 전제로 한 수수료를 받을 필요성이 없다고 주장한다. 그러나 그러한 사정만으로 곧바로 이 사건 이행보증의 주계약상의무가 이행된 것으로 평가할 수 없고, 원고가 자금을 지원할 수 있는지는 원고의 자력에 관한 사정으로서 이를 보증수수료 책정 시 제3쟁점 자회사 등의 예상 부도율에 관하여 참작할 수는 있을지라도(을 제9호증 32면), 이를 근거로 이 사건 이행보증에 따른 보증사고의 위험이 전혀 없다고 할 수는 없으며, 이 때문에 거래상대방들도 모회사인 원고의 이행보증을 별도로 요구한 것으로 볼 수 있다.

④ 원고는 제3쟁점 자회사 등으로부터 사업자금지원 등에 따른 이자를 받기 때문에 별도로 이행보증수수료를 받을 필요가 없다고도 주장한다. 그러나 위와 같은 사업자금지원은 이 사건 이행보증과는 별개의 독립된 거래에 해당하므로 그에 따른 대가를 받는다고 하여 이행보증수수료를 받지 않아도 될 합리적 이유가 있다고 보기 어렵다. 특수관계자 간 이행보증거래가 아닌 통상적인 이행보증거래라면 보증인이 채무자에게 주계약상 의무이행을 위해 별도의 자금을 지원하고 그에 따른 대가를 받을 수 있다는 이유로 보증제공에 따른 대가를 굳이 포기하는 경우는 쉽게 상정하기 어렵다.

⑤ 위와 같이 제3쟁점 자회사 등의 사업에 따른 이익의 실질적 귀속주체가 원고이고 그 사업에 필요한 자금을 원고가 지원할 수 있다는 등 원고가 드는 사정은 결국 원고와 제3쟁점 자회사 등이 사실상 동일한 회사이거나 특수관계에 있다는 점에 기초한 것에 불과하고, 부당행위계산 부인 및 이전가격 과세제도의 취지에 따라 이러한 사정을모두 배제한 채 이 사건 이행제공에 관한 거래를 볼 경우 원고가 이행보증제공에 대한대가를 전혀 받지 않은 것을 합리화할 만한 근거를 찾기 어렵다.

⑥ 원고는 앞서 본 것처럼 다른 해외자회사, 손회사의 가스매매계약에 따른 대금지급의무의 이행보증을 할 때에 이행보증수수료를 받은 적이 있는데, 이 사건 이행보증의 경우 보증대상이 되는 주채무의 내용에 차이가 있을 뿐 위 거래와 구별하여 이행보증 수수료를 받지 않을 합리적인 근거가 있다고 보이지는 않는다. 원고도, 위 거래는 원고가 독립한 제3의 업체와 같은 지위에서 해외자회사의 사업을 위한 지급보증을 한 것이어서 그에 따라 부담하는 위험에 대한 대가로 수수료를 받는 것이 자연스럽다고 설명하는데, 이 사건 이행보증도 원고와 독립된 법인격을 갖는 자회사 등이 수행하는 사업을 위한 것이라는 점에서 이와 달리 볼 이유가 없다.

⑦ 피고의 이 사건 이행제공에 관한 적정 이행보증수수료의 산출은 원고가 실제 해외자회사를 상대로 수취한 이행보증수수료의 산정방식인 위험접근법에 따른 것이고, 앞서 본 것처럼 이 사건 이행보증에 따른 원고의 위험부담이 전혀 없다고 볼 수 없는 이상 피고의 적정 이행보증수수료 산출방식에 어떤 위법이 있다고 보기도 어렵다.

라. 소결론 이 사건 처분 중 제1, 2, 3쟁점에 관한 부분에 원고 주장과 같은 위법이 있다고 인정되지 않으므로, 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구지방법원 2021. 11. 10. 선고 대구지방법원 2019구합22561 판결 | 국세법령정보시스템