요지

원고가 무상 또는 할인된 가격으로 줄기세포 등을 시술한 사례가 인정하기에 부족하여 수입금액 누락액 산정은 타당하나, 가공매출에 대한 부분은 허위의 세금계산서를 발급하였다고 인정하기에 부족함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고 bbb세무서장이 2015. 6. 10. 원고에 대하여 한 ⁠[별지 2] 목록 기재 각 부가가치세 부과처분 중 ⁠[별지 3] 목록 각 ⁠‘정당한 세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 원고의 피고 ccc세무서장에 대한 청구 및 피고 천안세무서장에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 ccc세무서장 사이에 생긴 부분은 원고가, 원고와 피고 bbb세무서장 사이에 생긴 부분의 96%는 원고가, 나머지는 피고 bbb세무서장이 각

부담한다.

청 구 취 지

피고 ccc세무서장이 2015. 6. 10. 원고에 대하여 한 ⁠[별지 1] 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다. 피고 bb세무서장이 2015. 6. 10. 원고에 대하여 한[별지 2] 목록 ⁠‘불복세액’란 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분과 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 화장품 제조업, 줄기세포 연구 및 마케팅업, 생명공학관련 제품 등의 생산 및 판매업을 사업목적으로 하는 법인으로서, 원고의 대표이사인 ddd가 지배하고 있는 eee그룹의 계열회사이다. eee그룹은 원고를 비롯하여 주식회사 fff(이하 ⁠‘fff’이라 한다), 주식회사 ggg(이하 ⁠‘ggg’라 한다), 주식회사 hhh(이하 ⁠‘hhh’라 한다) 등으로 구성되어 있다.

나. 서울지방국세청은 2015. 2. 12.부터 2015. 5. 20.까지 eee그룹 계열사와 iii가 운영하고 있던 jjj에 대하여 세무조사를 실시한 결과, ① 원고가 2010년부터 2014년까지 줄기세포 시술, 미용시술을 하면서 신고를 누락한 수입금액 xx,xxx,xxx,xxx원을 익금에 산입하고, ② 실질적으로 원고가 운영하고 있는 iii 명의의 jjj과 eee그룹의 다른 계열사가 2012년경 이후 인식한 수입금액 및 손금을 원고의 수입금액 및 손금으로 보아 합산하며, ③ 원고와 eee그룹 계열사(fff, ggg) 간에 실질적인 물품공급 거래가 없음에도 불구하고 가공매출을 인식하였던 부분을 부인하고, ④ 원고가 2010년경 hhh의 주식을 가장매매하면서 인식했던 지분법 주식 처분손실을 손금불산입하며, ⑤ 원고 대표이사 ddd의 개인적인 소송을 수행하기 위해 원고가 2011년경부터 2014년경까지 지출했던 변호사 선임비용을 손금불산입하고, ⑥ 주식회사 kkk으로부터 2010년 2기부터 2012년 1기까지 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 신고한 부분을 정정하여야 하며, ⑦ 그 밖에 대손충당금, 신주인수권부 사채 관련 세무조정을 경정하여야 한다는 내용의 조사결과를 피고들에게 통보하였다(이하 위 각 처분사유를 ⁠‘① 처분사유’ 등으로 특정하기로 한다).

다. 피고들은 이를 반영하여 2010년부터 2014년까지 원고에 대한 법인세와 부가가치세를 다시 계산한 후, 2015. 6. 10. 원고에 대하여, 피고 bb세무서장은 ⁠[별지 1] 목록 기재와 같이 각 부가가치세를 결정‧고지하였고, 피고 cc세무서장은 ⁠[별지 2] 목록 ⁠‘당초 과세처분’란 기재와 같이 각 법인세 및 부가가치세를 결정‧고지하면서(이하 아래와 같이 감액경정되고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다), 그 소득처분에 따라 ddd(①, ⑤ 처분사유 관련)와 iii(② 처분사유 관련)에게 상여처분 된 금액에 대한 소득금액변동통지(이하 아래와 같이 감액되고 남은 부분을 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다.

라. 원고는 2015. 9. 10. 조세심판원에 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 9. 29. ① 처분사유와 관련하여 피고들이 인정한 무료시술 외에 추가적인 무료시술 부분이나 현금결제 할인금액이 있는지에 관하여 재조사한 후 그에 따라 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 재조사결정을 하면서, 원고의 나머지 청구를 기각하였다(이하 ⁠‘이 사건 1차 조세심판원 결정’이라 한다).

마. 피고 bb세무서장은 ① 처분사유에 관한 재조사를 실시한 후 2018. 8. 2. ⁠[별지2] ⁠‘불복세액’란 기재와 같이 이 사건 처분에 대한 감액경정결정을 하였고, 이에 따라 2018. 8. 15. ⁠[별지 2] ⁠‘불복세액’란 기재와 같이 ddd에 대한 소득금액변동통지를 감액하였다.

바. 원고는 위 감액경정결정과 이 사건 소득금액변동통지에 대하여 2018. 10. 29. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 2019. 5. 15. 조세심판원은 원고의 청구를 기각

하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6, 8, 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호포함, 이하 같다) 및 을 제6 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안 전 항변에 관한 판단

가. 피고들의 본안 전 항변 이 사건 1차 조세심판원 결정은 2017. 10. 11. 원고의 심판대리인인 세무사 000의 회사동료에게 배달되었는데, 원고는 그로부터 90일이 경과한 2018. 1. 10. 이 사건 소를 제기하였으므로, 이 사건 소는 제소기간이 도과된 후에 제기된 것으로서 부적법하다.

나. 판단

갑 제3, 4호증의 각 기재, 조세심판원장에 대한 사실조회 회신 결과 및 변론 전체의 취지에 의하면, 000은 원고뿐만 아니라 fff, ggg, iii의 조세심판사건을 함께 대리하였는데, 2017. 10. 11. 000에게 송달된 등기우편물에 원고에 대한 이 사건 1차 조세심판원 결정문이 누락되어 있었던 사실, 000은 2017. 10. 18. 조세심판원에 직접 방문하여 이 사건 1차 조세심판원 결정문을 수령한 사실 등을 인정할 수있다. 그렇다면 원고는 2017. 10. 18. 이 사건 1차 조세심판원 결정문을 적법하게 송달받았다고 할 것이고, 그로부터 90일이 경과하기 전인 2018. 1. 10. 제기된 이 사건 소는 적법하다. 따라서 피고들의 본안 전 항변은 이유 없다.

3. 본안에 관한 판단

가. 원고의 주장

1) ① 처분사유 관련 주장

피고들은 원고가 시술한 횟수에 시술단가표 상의 금액을 적용하여 신고가 누락된 수입금액을 산정하였다. 그러나 위 시술 횟수에는 무료시술을 받았거나 현금구매로 인한 할인을 받은 경우도 다수 포함되어 있는바, 원고가 세무조사 과정에서 이를 증명하기 위한 사실확인서나 녹취서 등의 자료를 제공하였음에도 피고들은 신분증이 첨부된 사실확인서의 내용만 진실한 것으로 인정하여 과세대상에서 제외하고, 고객이 이미 사망하였거나 지병 등으로 인하여 직접 사실확인서를 작성할 수 없는 경우 등을 전혀 고려하지 않았는바, 피고들에게 세무조사권이 있음에도 이에 따라 과세근거인 실제 시술단가에 관한 자료를 수집하지 않고 일률적으로 시술단가표를 적용하여 이 사건 처분을 한 것은 근거과세 원칙에 위반되어 위법하다. 또한 원고는 당시 상장폐지된 상태로서 재상장을 위해 매출을 증가시킬 동기가 있었을 뿐 수입금액 신고를 누락할 아무런 동기가 없었고, 원고가 위 거래 중 대부분에 대해서 상당한 정도로 증명을 한 이상 원고의 당초 신고세액이 진실하다고 보아야 한다.

2) ③ 처분사유 관련 주장

원고는 fff, ggg의 계좌를 원고의 거래 계좌로 이용하면서, 위 법인들과 실제로는 화장품 등 재화나 용역의 공급거래를 한 적이 없음에도 2012. 9. 30.부터 2014. 12. 31.까지 허위의 세금계산서를 발급하였다는 범죄사실로 기소되었다가, 이에 대한 항소심에서 무죄판결을 선고받고 위 판결이 그대로 확정되었는바, 이와 달리 원고와 fff, ggg 사이의 거래가 가공거래에 해당한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

[별지 4] 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 원고, fff, ggg, hhh는 서울 00구 00동에 있는 사옥을 공동으로 사용하며 운영되고 있고, hhh의 물품 제조, 품질 관리, 가공, 물류보관 등 일부 업무는 천안시 성거읍 모전1길 139-11에 위치한 공장에서 이루어지고 있다. eee그룹에는 본사임원 6명, 직원 30여 명, 00공장 직원 19명 등이 근무 중이며, 경영지원팀, 해외사업팀, 국내영업팀, 마케팅팀, 디자인팀, CS팀, 신약연구소(eee생명과학연구소) 등으로 부서가 나누어져 있는데, 각 부서별로 소속 회사가 정해져 있기는 하나 실제 업무는 회사 구분 없이 통합적으로 운영되어 왔다.

2) 원고는 eee그룹에서 인수하기 전부터 상장법인이었으나 2011. 11.경 매출채권외 채권 등에 관한 거액의 손상차손이 발생하면서 상장폐지되었고, 원고 명의의 금융계좌가 압류되어 물품 판매대금 등을 지급받지 못하게 되자 2012. 5.경부터 fff명의의 금융계좌(우리은행 1005-***-***320)를, 2012. 11.경부터 ggg 명의의 금융계좌(우리은행 1005-***-***629)를 원고의 기존 거래처들로부터 물품대금을 지급받는 용도로 사용하여 왔다. 물품대금이 위 각 계좌로 입금되면 원고는 위 돈을 선수금 등 수입으로 계상하는 것과 동시에 금융계좌 명의 회사에 대한 단기대여금이나 외상매출금으로 회계처리하고, 해당 회사는 원고로부터 같은 금액을 단기차입하거나 외상매입한것으로 처리하며, 원고의 자금 지출이 필요한 경우 해당 회사가 거래 상대방에게 해당금액을 대신 송금하고 원고에 대한 단기차입금이나 외상매입금을 상환한 것으로 처리하는 방식으로 자금업무를 수행하였다.

3) 그런데 원고의 거래처에서 세금계산서 발행업체와 금융계좌의 명의자가 다른점에 대하여 의문을 갖는 등 문제가 있자, 원고는 2012년경부터 2014년경까지 원고가 fff 등에게 위 물품들을 판매하고 fff 등이 원고의 기존 거래처에 위 물품들을 판매하는 형태로 거래를 하였다. 원고는 다음 표 기재와 같이 fff과 ggg에 세금계산서를 발행하였고, 위 업체들은 거래 상대방에게 다시 세금계산서를 발행하였다.

4) 원고는 fff, ggg의 계좌를 원고의 거래 계좌로 이용하면서, 위 법인들과 실제로는 화장품 등 재화나 용역의 공급거래를 한 적이 없음에도, 계좌 차용에 따른 거래의 외관을 만들기 위해 2012. 9. 30.부터 2014. 12. 31.까지 허위의 세금계산서를 발급하였다는 범죄사실 등으로 기소되었고, 제1심법원은 2017. 8. 9. 원고의 이 부분 범죄사실에 대하여 유죄판결을 선고하였으나(서울중앙지방법원 2016고합000호), 이에 대한 항소심법원은 2020. 11. 19. 원고의 이 부분 범죄사실에 대하여 무죄를 선고하였으며(서울고등법원 2017노000호), 대법원이 2021. 4. 29. 검사의 상고를 기각하여(대법원 2020도00000호) 위 항소심 판결은 그대로 확정되었다.

5) 한편 서울지방국세청은 ① 처분사유와 관련하여, 세무조사 당시 확보한 일일내원 현황, PROGRESS NOTE, 시술목록, 줄기세포 처리 내역서, 시술‧수술환자 현황등의 자료에 근거하여 각 중복된 시술이나 원고가 이미 과세관청에 수입금액으로 신고한 내역, 임직원에 대한 시술 내역 등을 제외한 후 수입금액 신고가 누락된 총 시술횟수와 종류를 산정하였고, 시술가격이 확인되는 부분은 그 금액을 적용하였으나 시술가격이 확인되지 않는 건에 대해서는 원고가 자체적으로 제작했던 시술단가표 상의 금액을 적용하여 수입금액 신고가 누락된 가액을 산정하였다.

6) 피고들은 이 사건 1차 조세심판원 결정의 취지에 따라 재조사를 하면서, 원고가 제출한 시술금액에 관한 사실확인서 중 신분증이 첨부되어 있는 건에 대해서는 그 사실확인서 기재 금액을 인정하여 누락된 수입금액을 다시 산정하였고, 피고 bb세무서장은 이에 따라 ⁠[별지 2] 기재와 같이 이 사건 처분 중 일부를 감액경정하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제16호증 및 을 제4, 9, 10, 11, 13호증의 각 기재,

변론 전체의 취지

라. 판단

1) ① 처분사유 관련 주장에 대한 판단

가) 관련 법리

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정의 존재는 납세의무자에게 그 입증책임 내지는 입증의 필요가 돌아가고(대법원 1990. 2. 13. 선고 89누2851 판결 등 참조), 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결 등 참조).

나) 판단

위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 처분이 근거과세 원칙을 위반한 것으로서 위법하다고 할 수 없고, 원고가 제출한 자료들만으로는 원고가 무상 또는 할인된 가격으로 줄기세포 등을 시술한 사례가 추가로 존재함을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 피고들은 원고가 작성한 일일 내원 현황, PROGRESS NOTE 등의 자료에 기초하여 줄기세포 등 시술 횟수와 종류를 산정하였고, 그 시술단가에 관하여는 이 사건 1차 조세심판원 결정의 취지에 따라 재조사를 하면서 원고가 추가로 제출한 자료들 중 신분증 등에 의하여 작성자가 확인되는 건에 관하여 그 거래가액에 관한 입증이 있다고 보아 이를 반영하였으며, 시술 사실은 있으나 그 시술단가를 확인할 수 있는 자료가 없는 경우에만 원고가 작성한 시술단가표상의 금액을 적용하여 수입금액 누락액을 산정하였고, 이러한 산정방식은 경험칙상 합리적이고 타당한 것으로 보인다.

(2) 원고가 줄기세포 등을 시술하면서 시술단가표상 금액과 달리 무상으로 시술하였다거나 할인된 금액으로 시술하였다는 것은 경험칙상 이례에 속하는 특수한 사정으로서 원고가 이를 입증할 필요가 있는데, 그 작성자가 확인되지 않는 사실확인서 등 원고가 제출한 자료만으로는 이러한 사정이 충분히 입증되었다고 보기 어렵다.

2) ③ 처분사유 관련 주장에 대한 판단

가) 관련 법리

과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에 있고(대법원 2000. 2. 25. 선고 98두1826 판결 등 참조), 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며(대법원 2017. 12. 22. 선고 2017두57516 판결 등 참조), 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 한다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결, 대법원 2011. 4. 28. 선고 2010두3961 판결 등 참조).

부가가치세법 제16조 제1항에 의하면, 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 이를 공급받는 자에게 세금계산서를 교부하여야 하는바, 여기서 ⁠“용역을 공급받는 자”라 함은 계약상 또는 법률상의 원인에 의하여 역무 등을 제공받는 자를 의미하므로, 계약상 원인에 의하여 ⁠“용역을 공급받는 자”가 누구인가를 결정함에 있어서는 당해 용역공급의 원인이 된 계약의 당사자 및 그 내용, 위 용역의 공급은 누구를 위하여 이루어지는 것이며 그 대가의 지급관계는 어떠한지 등 여러 사정을 고려하여야 할 것이고(대법원 2007. 1. 11. 선고 2005두1794 판결 등 참조), 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263 판결 등 참조).

또한 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당

사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것

으로서, 부가가치세법령상 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급

가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원 2012. 11. 15.

선고 2010도11382 판결 참조).

나) 판단

위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고와 fff, ggg 사이에 재화 또는 용역의 공급이 실제로 존재하지 않았음에도 허위의 세금계산서를 발급하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 원고가 금융계좌에 대한 압류채권자들의 강제집행을 회피하기 위해 이 사건 거래 구조를 취하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 원고와 fff, ggg 사이의 재화나 용역 공급계약의 효력을 함부로 배척할 수는 없다. 원고는 화장품 등을 소매 업체들에 판매하는 영업을 영위함에 있어 ⁠‘원고가 소매 업체들에 직접 판매하는 방법’과 ⁠‘fff, ggg를 통하여 판매하는 방법’ 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 그에 관한 당사자들의 선택은 그것이 가장행위라는 등의 특별한 사정이 없는 한 존중되어야 한다. 그런데 원고, fff, ggg는 그들 사이에 작성된 거래명세표에 따라 화장품 등을 입‧출고하였고, 그 거래 과정에서 발생한 부가가치세를 전부 신고‧납부하였는바, 이는 원고와 fff, ggg 사이의 이 사건 거래 구조가 유효하다는 전제에서 행한 것이므로, 이 사건 거래가 당사자들이 통모하여 법률행위의 효과발생을 의욕하지 아니한 가장행위에 해당한다고 볼 수 없다.

(2) 이 사건 거래 구조를 시간 순으로 구성하면 ① fff, ggg가 각 소매업체로부터 화장품 등의 주문을 받아서 ② 원고에게 화장품 등을 발주하면, ③ 원고가 hhh에 화장품 등의 제조를 발주하여 ④ 화장품 등은 ⁠“hhh → 원고 → fff 또는 ggg → 각 소매 업체”로 공급되는 것이다. 이 과정에서 fff, ggg의 거래 상대방인 각 소매 업체는 fff, ggg와 화장품 등을 거래한다고 인식하였고, 실제 대금의 지급도 fff, ggg에 하였으며 fff, ggg로부터 세금계산서를 수취하였다.

(3) fff과 ggg에 영업조직이라고 부를 만한 것이 존재하지 않기는 하나, 특별한 영업조직이 있어야만 소매 업체들에 화장품 등을 판매할 수 있다고 보기는 어렵고, fff과 ggg가 기존 원고의 거래처를 대부분 승계한 점, fff과 ggg가 광고비 등으로 지출한 내역이 존재하는 점, 그룹의 계열회사가 유통비용의 절감을 위하여 하나의 창고를 구획하여 사용하는 것이 지나치게 이례적이라고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, fff과 ggg가 판매영업을 하는 법인으로서의 실체가 전혀 없다거나, 원고에게서 fff, ggg로의 재화의 공급이 재화의 물리적‧현실적인 이동 없이 오로지 서류상으로만 이루어진 가공거래라고 단정할 수 없다.

(4) 원고와 fff, ggg 사이에 명시적으로 작성된 ⁠‘공급계약서’는 존재하지 않는다. 그러나 이는 위 법인들이 eee그룹에 속한 계열회사인 점, 매매계약은 불요식의 낙성계약으로서 그 성립을 위하여 계약서 등의 서면이 반드시 작성될 필요는 없는 점, 위 법인들 사이에 거래명세표 등을 통하여 공급품목, 수량, 단가, 공급가액 등에 관한 합의가 있었던 점, 원고의 계좌가 압류되어 사용할 수 없었기 때문에 fff, ggg은 원고가 지정하는 업체들에 원고의 채무를 대신하여 변제하는 방법으로 원고에 대한 물품대금을 변제한 점 등을 종합하면, 적어도 법률적으로는 위 법인들 사이에 구속력 있는 합의가 성립한 것으로 볼 수 있다.

다) 소결론

그렇다면 피고 천안세무서장이 원고에 대하여 한 2012년 2기부터 2014년 2기까지의 각 부가가치세 부과처분 중 ③ 처분사유와 관련하여 원고의 fff, ggg에 대한 매출 및 매입을 부인한 부분은 위법하고, 이 사건 기록에 의하면 정당한 세액은 ⁠[별지 3] 목록 각 ⁠‘정당한 세액’란 기재와 같다. 따라서 피고 천안세무서장이 2015. 6. 10. 원고에 대하여 한 ⁠[별지 2] 목록 기재 각 부가가치세 부과처분 중 ⁠[별지 3] 목록기재 각 ⁠‘정당한 세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 피고 cc세무서장에 대한 청구는 이유 없고, 피고 bb세무서장에 대한 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하며, 나머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 11. 30. 선고 서울행정법원 2018구합50673 판결 | 국세법령정보시스템