요지

처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 6. 3. 원고에게 한 2013사업연도 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 CC DD구 EE동 *** 일원에서 주택재개발정비사업을 시행하기 위하여 2005. 3. 10. CC광역시 DD구청장에게서 조합설립인가를 받고, 이후 사업시행계획인가 및 관리처분계획인가 등을 받아 정비사업을 시행했으며, 2013. 12. 준공인가를 받은 후 2016. 2. 24. 정기총회에서 공사완료를 이유로 조합 해산을 결의했다.

나. 원고는 2014. 3. 31. 피고에게 2013사업연도 법인세에 관하여, 조합원들이 현물출자한 토지 및 건물의 취득가액을 사업시행계획 인가일인 2006. 6. 28.을 기준으로 감정평가한 46,440,094,077원을 손금에 산입하고 법인세액 3,320,459,111원을 신고‧납부했다.

다. 원고는 2019. 4. 1.경 피고에게 2013사업연도 법인세에 관하여, 조합원들이 현물출자한 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획 인가일인 2007. 12. 27.을 기준으로 감정평가한 57,743,357,440을 손금에 산입하고 원고의 법인세액을 1,311,223,614원으로 경정해줄 것을 청구했다.

라. 피고가 2019. 6. 7. 경정청구를 거부하자(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다), 원고는 2019. 9. 2. 조세심판원에 조세심판을 청구했고(조심 2019부3460호), 조세심판원은 2020. 5. 15. 아래와 같은 결정(이하 ⁠‘관련 심판결정’이라고 한다)을 했다(아래에서 ⁠‘청구법인’은 원고를 가리킨다).

마. CC지방국세청장은 2020. 6. 재조사를 실시한 뒤 2020. 7. 9. 원고에게 ⁠‘조합원들이 현물출자한 자산에 관하여 관리처분계획 인가일 전후 6개월 이내의 감정평가액등 객관적‧합리적인 감정평가액이 존재하지 않으므로 상속세 및 증여세법(이하 ’상증세법‘이라고 한다)에 따른 평가방법을 적용해야 하나, 이 경우 원고가 당초 신고한 과세표준보다 원고에게 불리한 결론에 이르므로 불이익변경금지 원칙에 따른다’는 이유로 원고의 종전 신고내역과 같이 2013사업연도 법인세 과세표준을 26,544,289,663원으로, 세액을 3,320,459,111원으로 각 결정(이하 ⁠‘이 사건 결정’이라고 한다)했다는 취지의 통지를 했다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 9호증, 을 제3, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 본안전항변에 관한 판단

가. 피고의 주장

원고는 이 사건 결정이 관련 심판결정의 기속력에 반한다는 취지로 주장하고 있으므로 이 사건 처분이 아닌 이 사건 결정의 적법 여부를 다투는 것으로 보아야 할 것인데, 이 사건 결정을 한 주체는 피고가 아닌 CC지방국세청장이므로, 이 사건 소는 피고적격이 없는 행정청을 상대로 한 것이어서 부적법하다.

나. 판단

1) 조세부과처분에 대한 불복절차인 심사청구 또는 심판청구에 대한 재결의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사결정은 원칙적으로는 처분청이 재조사를 한 다음 그 결과에 따라 후속 처분의 통지를 하여야 할 것이나, 납세자의 주된 사업장이 납세지와 관할을 달리하거나 관할을 달리하는 다수의 납세자가 관련되어 있는 등의 경우에는 처분청이 아닌 관계 행정청도 적법하게 재조사결정에 따른 재조사를 할 수 있다고 봄이 타당하고, 관계 행정청이 적법하게 재조사결정에 따른 재조사를 한 다음 그 결과를 통지하면서 재조사결정에 따른 후속 처분의 통지임을 명시하였다면 이는 후속 처분의 통지로서 효력이 있다(대법원 2015. 1. 29. 선고 2014두12031 판결 참조).

2) 이러한 법리에 비추어 보건대, 국세기본법 제44조에 의하면, 국세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정결정은 그 처분 당시 그 국세의 납세지를 관할하는 세무서장이 하므로, 원고의 법인세 경정청구에 대한 결정인 이 사건 결정을 한 행정청은 피고이고, CC지방국세청장은 관계 행정청으로서 이를 통지한 것에 불과하며, 원고는 피고가 관련 심판결정에도 불구하고 그대로 유지한 이 사건 처분의 적법 여부를 다투고 있는 것이다.

다. 소결

따라서 원고가 CC지방국세청장의 처분을 다투고 있다는 전제에 선 피고의 본안전항변은 이유 없다.

3. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

관련 심판결정에서 원고가 조합원들에게서 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획 인가일을 기준으로 재조사하여 그에 따라 과세표준과 세액을 경정하도록 명했음에도 피고가 이 사건 처분을 그대로 유지한 것은 국세기본법 제80조, 제81조 및 제65조에 따른 심판청구에 대한 결정의 기속력에 저촉되어 위법하므로, 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 심판청구 등에 대한 결정의 한 유형으로 실무상 행해지고 있는 재조사 결정은 재결청의 결정에서 지적된 사항에 관하여 처분청의 재조사 결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 심판청구 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당하므로, 처분청은 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 한 후 그 내용을 보완하는 후속 처분만을 할 수 있다. 따라서 처분청이 재조사 결정의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에 반하여 당초 처분을 그대로 유지하는 것은 재조사 결정의 기속력에 저촉된다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두44455 판결 참조).

2) 살피건대, 조세심판원이 2020. 5. 15. 관련 심판결정 주문에서 피고에게 원고가 조합원에게서 현물출자받은 토지 및 건물의 취득가액을 관리처분계획 인가일을 기준으로 재조사하여 그 결과에 따라 이 사건 처분의 과세표준과 세액을 경정하도록 명한 사실은 앞서 처분의 경위에서 본 것과 같고, 갑 제9호증, 을 제3호증, 제4호증의 1 내지 4, 제5호증의 각 기재에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

① 조세심판원은 관련 심판결정 이유 부분에서 ⁠‘조합원이 현물출자한 부동산의 취득시기는 관리처분계획 인가일을 기준으로 봄이 타당한데, 원고가 제출한 관리처분계획 인가일 기준 감정평가액은 약 1년 6개월 전인 사업시행계획 인가일 기준 감정평가액에 비해 과다하게 증가하여 시가로 인정하기 어려우므로 처분청이 관리처분계획인가일을 기준으로 취득가액을 재조사하는 것이 타당하다’는 취지로 판단했다.

② CC지방국세청장은 2020. 6. 5. 원고에게 ⁠‘관리처분계획 인가일 전후 6개월 이내의 기간 중 평가한 감정평가서가 있으면 이를 제출하고, 관리처분계획 인가일 기준 토지 공시지가 및 건물 기준시가를 제출하며, 사업시행계획인가일 기준 감정평가서와 관리처분계획 인가일 기준 감정평가서의 표준지별 보정치 변동 자료와 그 근거를 제출하라‘는 취지로 통지했다.

③ 원고는 CC지방국세청장에게 ’관리처분계획 인가일 전후 6개월 이내의 기간 중 평가한 감정평가서는 없고, 사업시행계획 인가일 기준 감정평가서의 보정치 계산자료는 보관기간 만료로 남아있지 않으며, 관리처분계획 인가일 기준 감정평가액에는 개발이익과 사업 진행에 따른 가격상승이 반영되므로 사업시행계획 인가일 기준 감정평가액보다 타당하다‘는 취지의 답변서와 함께 조합원들의 현물출자 자산에 대한 관리처분계획 인가일 기준 공시지가 및 기준시가 등의 자료를 제출했다.

④ CC지방국세청장은 2020. 7. 9. ’관리처분계획 인가일 전후 6개월 이내의 감정평가 결과가 없으므로 감정평가 가액이 불분명한 경우에 해당하는데, 법인세법에 따라 상증세법상 평가방법을 적용하면 오히려 원고에게 불리한 손금을 산정하게 되므로 불이익변경금지 원칙에 따라 이 사건 처분을 유지하는 것이 타당하다‘는 이유로 이 사건 처분을 유지한다는 취지의 이 사건 통지를 했다.

3) 위 인정사실에 의하면, CC지방국세청장이 관련 심판결정 이후 원고의 2013사업연도 법인세액을 확정하기 위해 취한 조치는 원고에게 관리처분계획 인가일 6개월 전후의 감정평가서를 제출하도록 하고, 사업시행계획 인가일이 아닌 관리처분계획 인가일을 기준으로 감정평가하는 것이 타당한 이유를 소명하도록 한 것으로서, 이는 원고에게 존재하지 않는 자료의 제출을 요구하는 것이거나 관련 심판결정에서 이미 판단된 쟁점을 다시 소명할 것을 요구한 것에 불과하므로, 관련 심판결정에서 처분청으로 하여금 관리처분계획 인가일을 기준으로 조합원이 현물출자한 토지 및 건물의 취득가액을 재조사하도록 한 취지에 어긋난다.

4) 이에 대하여 피고는 ’관련 심판결정에 의하더라도 원고가 종전에 제출한 사업시행계획 인가일 기준 감정평가 결과와 관리처분계획 인가일 기준 감정평가 결과 모두 신빙성이 부족하므로, 법인세법상 시가적용원칙에 따라 상증세법에서 정한 평가방법을 적용한 것은 타당하다‘는 취지로 주장한다.

그러나 갑 제3호증의 기재와 이 법원의 감정평가사 FFF에 대한 감정촉탁 결과에 의하면, ① 원고가 조합원들에게서 출자받은 토지 및 건물의 시가를 관리처분계획인가일을 기준으로 산정한 감정평가법인의 감정평가 결과가 2건 존재하고 그중 1건은 이 사건 처분 당시 존재한 사실, ② 이 법원의 촉탁에 의한 감정평가는 관리처분계획인가 당시의 현물출자자산 평가서와 원고가 보유한 물건 기초자료, 과거 위성사진 등 객관적 자료를 토대로 진행된 사실이 인정되는데, 이러한 감정 결과가 경험칙에 반하거나 합리성이 없는 등의 현저한 잘못이 있어 감정평가법인에 의한 감정가액이 없는 것과 마찬가지라고 볼 수 없는 이상 원고는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호의 요건을 충족하므로, 원고에게 같은 조항 제2호가 적용된다고 볼 수는 없다.

따라서 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

5) 피고는 ’관련 심판결정은 피고에게 감정평가를 실시할지 여부에 관한 재량을 부여한 것으로 보아야 하고, 피고에게 감정평가 의무를 부담시키는 경우 막대한 행정비용이 발생하여 부당하다‘는 취지로도 주장한다.

그러나 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호에서 감정평가법인의 감정평가액을 상증세법상 평가방법에 우선하도록 정하고 있고, 피고 또는 CC지방국세청장이 감정평가 없이 재조사를 실시할 다른 방법을 상정하기 어려울 뿐만 아니라, 피고 또는 CC지방국세청장이 관련 심판결정 이후 감정평가를 대체할 만한 적정한 재조사를 실시했다고 볼 만한 자료도 없으며, 감정평가 비용 등 막대한 행정비용이 발생한다고 하여 처분이 적법하게 되는 것도 아니므로, 피고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

6) 피고는 ’원고가 제출한 주식회사 GG감정평가법인의 감정평가 결과(갑 제3호증, 감정평가액 57,743,357,440원) 또는 이 법원의 감정평가사 FFF에 대한 감정촉탁결과(감정평가액 58,045,366,660원)를 따른다고 하더라도 원고의 공사진행률에 따른 손금 귀속 연도를 확인하여 결손금 충당액을 계산할 수 없으므로, 원고가 이 사건 처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분의 취소를 구하는 것으로 청구를 감축하지 않는 이상 원고의 청구는 기각되어야 한다‘는 취지로도 주장한다.

그러나 당사자가 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출하지 아니하여 적법하게 부과될 정당한 세액을 산출할 수 없는 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으므로(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두44084 판결 등 참조), 피고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

라. 소결

따라서 이 사건 처분은 관련 심판결정의 기속력에 저촉되어 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2021. 10. 28. 선고 부산지방법원 2020구합24470 판결 | 국세법령정보시스템