요지

세목과 과세단위가 다른 ⁠‘결정’은 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 규정하는 ⁠‘결정’에 해당하지 않음

판결내용

이 사건 증액경정처분은 이 사건 토지의 매각에 대하여 법인세를 부과한 것으로서 선행 조세심판의 심판대상인 양도소득세와 세목이나 과세단위가 다른 점 등을 종합하면, 선행 조세심판이 이 사건 증액경정처분의 근거가 되는 특례규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 규정하는 ⁠‘결정’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 피고가 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 특례제척기간을 적용하여 이 사건 증액경정처분을 할 수는 없다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 3. 5. 원고에 대하여 한 2012년 귀속분 법인세 증액경정처분 및 2012년 귀속분 양도소득세 경정청구 거부처분이 모두 무효임을 확인한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적 청구취지: 주문과 같다.

예비적 청구취지: 피고가 2019. 3. 5. 원고에 대하여 한 2012년 귀속분 법인세 증액경

정처분 및 2012년 귀속분 양도소득세 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○여씨 ○○공의 후손들로 구성된 종중으로, 2008. 9. 25. ○○세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받았다.

나. 원고 소유의 ○○시 ○○면 ○○리 산138 임야 4,390㎡, 산139 임야 17,752㎡, 산140 임야 1,587㎡(이하 ⁠“이 사건 토지”라 한다)가 2012. 1. 6. 임의경매로 매각되자, 원고는 2012. 3. 30. 위 매각에 대한 양도소득세 855,940,840원을 신고·납부하였다.

다. 원고는 2018. 3. 29. 피고에게 이 사건 토지의 양도소득에 법인세법이 적용되어야 함을 이유로 양도소득세 전액의 감액을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. 8. 28. 양도소득세 과오납금의 소멸시효 5년이 완성되었다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘제1차 거부처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2019. 1. 24. ⁠‘국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구는 제51조에 따른 환급금청구와 다른 별개의 청구이므로, 국세환급금청구의 소멸시효 규정이 적용된다고 보기 어렵다’는 등의 이유로 제1차 거부처분을 취소하였다(이하 ⁠‘선행 조세심판’이라 한다).

마. 피고는 선행 조세심판 결정에 따라 2019. 3. 5. 원고에게 ⁠‘제1차 거부처분은 취소하나, 경정청구한 855,940,840원에 관하여 납부하여야 할 법인세 세액이 환급세액을 초과하므로 환급할 세액이 없어 경정청구를 거부한다’고 통지하였다(이하 위 통지 중 환급세액을 초과하는 법인세 고지 부분을 ⁠‘이 사건 증액경정처분’, 양도소득세 경정청구 거부 부분을 ⁠‘제2차 거부처분’이라 하고, 이를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다)).

바. 원고는 2019. 3. 27. 조세심판원에 제2차 거부처분의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나 2020. 3. 10. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장 이 사건 각 처분에는 아래와 같은 하자가 있으므로 주위적으로 이 사건 각 처분의 무효확인을, 예비적으로 이 사건 각 처분의 취소를 구한다.

원고는 매년 임대소득에 대해 법인세를 신고·납부하였으나 이 사건 토지의 양도소득을 법인세로 신고하지 못한 것은 착오로 인한 단순누락에 불과하므로, 구 국세기본법(2013. 1. 1, 법률 제11604호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호가 정한 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하고, 양도소득세와 법인세는 과세단위가 다르므로 구 국세기본법 제26조의2 제2항의 조세특례기간은 이 사건 증액경정처분에 적용되지 않는다. 따라서 이 사건 토지 양도에 대한 법인세 부과제척기간은 2018. 3. 31. 완료되었고, 그 후 법인세를 부과한 이 사건 증액경정처분은 제척기간을 도과하여 위법하다.

피고는 과세표준, 세율, 세액 기타 세액의 산출근거 등 필요한 어떠한 사항도 고지하지 아니한 채, 단지 ⁠‘법인세 납부할 세액이 환급세액을 초과한다’고만 통지하였는바, 이 사건 증액경정처분은 통지절차를 흠결하였다.

따라서 위법한 이 사건 증액경정처분을 이유로 양도소득세 경정을 거부한 제2차 거부처분도 위법하다.

2) 피고의 주장

선행 조세심판 대상인 양도소득세와 이 사건 증액경정처분은 이 사건 토지의 매각이라는 동일한 사실관계에 대해 세법적 평가만 달리한 것에 불과하므로 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 특례제척기간이 적용되고, 이 사건 증액경정처분에는 제척기간을 도과한 하자가 없다.

원고는 이 사건 토지의 양도가액 등을 기재하여 양도소득세를 신고·납부하였고, 원고가 경정청구 및 선행 조세심판 취지에 따라 법인세가 부과된 것이므로, 이 사건 증액경정처분의 통지는 납세고지로서의 효력이 있다. 따라서 이 사건 증액경정처분을 전제로 양도소득세 경정을 거부한 제2차 거부처분도 적법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 증액경정처분에 대한 부과제척기간의 도과

구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호, 제5항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 일부개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우 및 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하지 아니하면 해당 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 한편, 법인세는 신고납부 방식의 국세인데, 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 일부개정되기 전의 것) 제60조 제1항에 의하면, 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

앞서 본 바와 같이 이 사건 토지는 2012. 1. 6. 매각되었으므로, 그에 대한 법인세 신고기한은 2013. 4. 1.이 되는데, 피고는 그로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2019. 3. 5.에 이르러서야 이 사건 증액경정처분을 하였으므로, 이 사건 증액경정처분은 국세부과의 제척기간이 지난 다음에 이루어진 것으로서 무효이다(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결, 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결, 대법원 2018. 12. 13.선고 2018두128 판결 등 참조).

2) 이 사건 증액경정처분에 대한 특례제척기간의 적용 여부

구 국세기본법 제26조의2는 제1항에서 국세부과의 제척기간을 규정한 다음, 제2항 제1호에서 국세의 부과에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 해당 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. 이와 같이 제척기간에 대한 특례를 정한 국세기본법 제26조의2 제2항의 당초 입법취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었다. 특례제척기간에 관한 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 할 것은 아니지만(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조), 특례제척기간의 적용범위를 지나치게 확장하는 것은 이러한 입법취지에 반한다. 그리고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구된다. 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으므로 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는

근거가 되는 특례규정상의 ⁠‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 참조). 따라서 행정쟁송에서 실체적 사유를 이유로 다투어져 판결 등에 의하여 과세처분의 취소가 확정된 경우, 특별한 사정이 없는 한, 과세관청에서 특례규정에서 정한 제척기간을 적용하여 그 과세처분과 세목이나 과세단위가 전혀 다른 별개의 처분을 할 수는 없다고 봄이 타당하다.

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ①선행 조세심판의 주된 쟁점은 ⁠‘국세기본법 제45조의2에 따른 경정청구와 제51조에 따른 환급금 청구는 법적 근거 등이 다른 별개의 청구로서 피고가 제1차 거부처분 사유로 든 국세환급금청구의 소멸시효 규정이 적용된다고 보기 어렵다’는 것으로서 이 사건 토지의 양도소득에 법인세가 적용되는지 여부에 대하여 명시적으로 판단하지 않은 점, ② 이 사건 증액경정처분은 이 사건 토지의 매각에 대하여 법인세를 부과한 것으로서 선행 조세심판의 심판대상인 양도소득세와 세목이나 과세단위가 다른 점 등을 종합하면, 선행 조세심판이 이 사건 증액경정처분의 근거가 되는 특례규정인 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 규정하는 ⁠‘결정’에 해당한다고 볼 수 없다.

따라서 피고가 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호의 특례제척기간을 적용하여 이 사건 증액경정처분을 할 수는 없다. 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 이 사건 증액경정처분의 절차상 하자

구 국세징수법(2019. 12. 31. 법률 제16842호로 일부개정되기 전의 것) 제9조 제1항은 ⁠‘세무서장은 국세를 징수하려면 납세자에게 그 국세의 과세기간, 세목, 세액 및 그 산출 근거, 납부기한과 납부장소를 적은 납세고지서를 발급하여야 한다’고 규정하고, 구 법인세법 제70조는 ⁠‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제53조 또는 제66조에 따라 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이를 그 내국법인에 알려야 한다’고 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 일부개정되기 전의 것) 제109조 제1항은 ⁠‘납세지 관할세무서장이 법 제70조의 규정에 의하여 과세표준과 그 세액을 통지하는 경우에는 납세고지서에 그 과세표준과 세액의 계산명세를 첨부하여 고지하여야 하며, 각 사업연도의 과세표준이 되는 금액이 없거나 납부할 세액이 없는 경우에는 그 결정된 내용을 통지하여야 한다. 이 경우 제103조 제1항 단서의 규정에 의하여 과세표준이 결정된 것은 납세지 관할지방국세청장이 조사·결정하였다는 뜻을 부기하여야 한다’고 규정하고 있다. 국세징수법과 개별 세법의 납세고지에 관한 규정들은 헌법상 적법절차의 원칙과 행정절차법의 기본 원리를 과세처분의 영역에도 그대로 받아들여, 과세관청으로 하여금 자의를 배제한 신중하고도 합리적인 과세처분을 하게 함으로써 조세행정의 공정을 기함과 아울러 납세의무자에게 과세처분의 내용을 자세히 알려주어 이에 대한 불복 여부의 결정과 불복신청의 편의를 주려는 데 그 근본취지가 있으므로, 이 규정들은 강행규정으로 보아야 한다. 따라서 납세고지서에 해당 본세의 과세표준과 세액의 산출근거 등이 제대로 기재되지 않았다면 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다는 것이 판례의 확립된 견해이다(대법원 1984. 2. 28. 선고 83누674 판결, 대법원 1997. 8. 22. 선고 96누14272 판결 등 참조). 한편, 납세고지서에 관한 법령 규정들은 강행규정으로서 이들 법령이 요구하는 기재사항 중 일부를 누락시킨 하자가 있는 경우 이로써 그 부과처분은 위법하게 되지만, 이러한 납세고지서 작성과 관련한 하자는 그 고지서가 납세의무자에게 송달된 이상 과세처분의 본질적 요소를 이루는 것은 아니어서 과세처분의 취소사유가 됨은 별론으로 하고 당연무효의 사유로는 되지 아니한다(대법원 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결 등 참조).

피고가 2019. 3. 5. 원고에게 ⁠‘원고가 2018. 3. 29. 경정청구한 855,940,840원에 관하여 납부할 법인세 세액이 환급세액을 초과한다’고 통지하였을 뿐, 위 법인세의 과세표준, 세액의 산출근거 등을 전혀 기재하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 증액경정처분은 강행규정인 위 납세고지 규정을 위반하여 위법하다 할 것이나, 이 사건 증액경정처분 통지서가 원고에게 송달된 이상 무효사유에 해당한다고 볼 수는 없다.

4) 이 사건 경정거부처분의 무효 여부

행정처분이 당연무효가 되려면 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 중대하고도 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한 것인가의 여부는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등과 구체적 사안의 특수성 등을 합리적으로 고찰하여 판별하여야 한다(대법원 1989. 7. 11. 선고 88누12110 판결 등 참조). 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문 제1호는 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항은 제1항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다고 규정하고 있다.

위와 같이 구 국세기본법은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따른 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 과세표준신고서를 제출한 자가 그 결정 또는 경정을 청구하도록 하고, 세무서장은 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 그 이유가 없다는 뜻을 통지하도록 함으로써 경정청구의 단위가 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액임을 명시하고 있다. 따라서 이 사건 토지 매각에 대한 양도소득세의 경정청구를 받은 피고가 위 양도소득세는 감액하면서 이 사건 토지 매각에 대한 법인세를 부과하여 법인세액이 양도소득세액을 초과함을 이유로 환급을 거부할 수 있음은 별론으로 하더라도, 납부하여야 할 법인세가 환급될 양도소득세액보다 크다는 이유를 들어 곧바로 양도소득세 경정청구 자체를 거부할 수는 없다 할 것이다. 나아가 ① 위와 같이 구 국세기본법 제45조의2가 경정청구의 단위를 명시하고 있어 양도소득세 경정 업무를 담당하는 피고로서는 과세표준신고서에 기재된 세목과 별개 세목의 부과처분을 근거로 경정청구를 거부할 수 없음을 알았을 것으로 보이는 점, ② 이 사건의 경우 부과 제척기간 도과로 인하여 이 사건 증액경정처분이 무효라서 법인세액을 이유로 양도소득세 환급을 거부할 수도 없었던 점 등을 종합하면, 이 사건 경정거부처분의 하자는 중대·명백하여 무효라 할 것이다.

5) 소결론

따라서 이 사건 각 처분은 모두 무효이다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과

같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2021. 11. 11. 선고 수원지방법원 2020구합64898 판결 | 국세법령정보시스템