* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.
농지로 경작된 사실이 인정된다고 하여 그 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 이 사건 농지를 농지로 자경한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 사람이 증명하여야 하며
실질적으로 이 사건 토지를 양도하는 하나의 거래를 하는 것임에도 불구하고 양도소득세의 감면한도를 회피하고자 토지를 1/2 지분씩 분할하여 부부에게 매도하였다면 대금을 정산한 날 양도되었다고 봄이 타당함
판결 내용은 붙임과 같습니다.
원 고 A
피 고 ○○세무서장
변 론 종 결 2024. 12. 6.
판 결 선 고 2025. 2. 14.
주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2022. 12. 1. 원고에 대하여 한 2018년도 귀속 양도소득세 252,286,450원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1983. 9. 30. 성남시 ○○구 ○○동 684-3 답 1,320㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 아버지 B으로부터 증여받았고, 이 사건 토지 중 1/2 지분을 2018. 8. 27. 소외1에게, 나머지 1/2 지분을 2019. 1. 3. 소외1의 남편 소외2에게 각 3억 6,000만 원의 거래가액으로 정하여 소유권이전등기를 경료하였다.
나. 원고는 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였음을 이유로 양도소득세 전부 감면 대상으로 보아 소외1에 대한 양도분은 2018년 과세연도 귀속으로, 소외2에 대한 양도분은 2019년 과세연도 귀속으로 하여 각 양도소득세 0원으로 신고하였다.
다. ○○지방국세청장은 2022. 8. 1.부터 2022. 8. 30.까지 원고의 2018년 및 2019년 과세연도에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 후, 소외2에게 양도한 이 사건 토지 중 1/2 지분에 대한 잔금청산일은 2018. 8. 27.이며, 원고의 이 사건 토지에 대한 자경사실이 확인되지 않는다고 보아 피고에게 이를 통보하였고, 피고는 2022. 12. 1. 원고에게 이 사건 토지에 대한 자경농지 양도소득세 감면을 전부 부인하고 이 사건 토지의
전체 양도차익을 2018년 과세연도 귀속으로 합산하며 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세 328,216,490원(가산세 포함)을 결정‧고지하였다.
라. 원고가 이에 불복하여 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 2023. 6. 14. 이 사건 토지를 비사업용 토지에서 제외하여 세율과 세액을 정정하도록 하고, 나머지 원고의 자경사실 및 양도소득세 과세연도 귀속 합산에 대한 청구 부분을 기각하였으며, 피고는 2023. 8. 3. 위 심사청구 일부인용결정에 따라 73,075,696원을 차감하여 양도소득세 255,140,797원(가산세 포함)으로 경정‧고지하였다.
마. 피고는 2024. 8. 9. 이 사건 소 계속 중 이 사건 토지의 양도와 관련하여 중개수수료 700만 원을 필요경비로 인정하여 2,854,350원을 차감하여 양도소득세 252,286,450원(가산세 포함)으로 경정‧고지하였다(이하 앞서 본 2022. 12. 1.자 원처분에서 각 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
원고는 이 사건 토지를 증여받은 이후부터 32년 동안 남편 C와 함께 경작하였으므로 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 감면 요건을 충족하였다.
원고는 2018. 7. 19. 소외1에게 이 사건 토지를 7억 2,000만 원에 매도하는 계약을 체결하면서 계약금 7,200만 원, 중도금 3억 6,000만 원, 잔금 2억 8,800만 원으로 정하되, 계약금은 계약체결 후 바로 지급하고, 중도금은 원고가 이 사건 토지를 담보로 3억 6,000만 원을 대출을 받아 충당하며, 잔금 2억 8,800만 원을 소유권 이전 시에 지급하기로 하였으나, 계약체결 후 소외1이 소외2과 각 1/2 지분씩 취득하고 싶다고 제안하였고, 이에 원고는 소외1의 제안을 받아들여 소외1, 소외2과 각 매매계약을 체결하여 2018년과 2019년에 양도하게 된 것이므로 당사자의 의사에 따른 거래로서 조세회피를 위해 두 개의 외관만을 갖춘 것은 아님에도 실질과세라는 이유로 하나의 거래로 판단하여 2018년 귀속으로 합산한 것은 근거과세 및 조세법률주의 원칙에 위반된다.
따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 원고의 8년 이상 자경 여부
1) 관련 규정 및 법리
구 조세특례제한법에 의하면 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 1억 원의 한도 내에서 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다(제69조 제1항 본문). 여기서 ‘농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자‘란 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역에 8년 이상 거주하면서 경작한 자 등을 의미하고{구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제1항 제3호)}, ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 1) 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하는 것 또는 2) 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 의미하며(제13항), ‘대통령령으로 정하는 토지’란 취득한 때로부터 양도할 때까지 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지를 의미한다(제4항).
위 규정에 의하면, 농업에 상시 종사하는 사람에 대하여는 자기 노동력 비율에 관계없이 직접 경작한 것으로 인정하되, 농업에 상시 종사하는 것이 아니라 다른 직업을 가지는 등의 이유로 부분적으로 종사하는 사람은 전체 농작업 중 가족이나 제3자를 제외한 ‘자기’의 노동력 투입 비율이 2분의 1 이상인 경우에 한하여 직접 경작한 것으로 인정함이 타당하다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결 등 참조).
한편 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이고(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조), 양도소득세 감면대상에서 제외되는 비사업용 토지에 해당한다는 사실에 대한 입증책임은 이를 주장하는 과세관청에 있다. 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 아니하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다. 특히 과세요건사실 중 ‘원고가 이 사건 농지의 소재지에 거주하지 않았고 자경한 토지가 아니다’는 부분은, ‘거주하고 자경하였다’는 적극사실과 달리 소극사실에 해당하여 이를 직접 입증하는 것은 통상 용이하지 아니하고, 이러한 경우 결국 간접사실 특히 그 중에서도 객관적인 정황에 근거하여 경험칙에 따라 입증 여부를 판단할 수밖에 없다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두7899 판결 등 참조). 그리고 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하여 그 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 이 사건 농지를 농지로 자경한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 사람이 증명하여야 한다(대
법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조).
2) 인정사실
① 원고는 이 사건 토지를 취득할 무렵부터 양도 당시까지 서울 ○○구 ○○동에 거주하였고, 이 사건 토지와 직선거리로 30km 이내에 있다.
② 원고는 이 사건 토지 이외에도 1974. 3. 13. 성남시 ○○구 ○○동 646 답 3,339㎡를, C는 1971. 1. 12. 성남시 ○○구 ○○동 207-1 전 1,355㎡, 1975. 1. 28. 성남시 ○○구 ○○동 82-1 답 2,255㎡, 1973. 10. 15. 성남시 ○○구 ○○동 83-3 답 334㎡, 1967. 12. 20. 서울 ○○구 ○○동 177-2 답 2,236㎡를 각 취득하여 소유하고 있다.
③ 농지원부에 따르면, 원고는 이 사건 토지를 D에게 임차기간을 2013. 3. 19.부터 2018. 3. 18.로 정하여 임대하였고, 원고의 나머지 소유 토지와 C 소유토지에 대한 임차인 정보가 기재된 토지는 없다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 23, 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
3) 구체적 판단
위 인정사실과 앞서 든 각 증거들, 갑 제9 내지 11, 20, 22, 26, 27호증, 을 제3 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 토지에서 8년 이상 농작물 경작 또는 다년생 식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하지 않았다고 봄이 상당하므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 처분은 적법하고,
이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.
① 원고는 직접 경작과 관련하여 조합원증명서(갑 제9, 22호증), 농협 거래자별 매출상세내역(갑 제10, 26, 27호증), 거래영수증(갑 제11호증) 등을 제출하였으나, 매출 상세내역 중 1992년, 1993년, 2012년, 2013년 총 4건을 제외하고는 모두 C의 매입분이고, 나머지 원고 명의 매출상세내역은 이 사건 토지 양도 이후인 2020년 이후에 주로 발생한 것이며, 거래영수증은 그 진정성립을 확인하기 곤란하고(피고는 원고에게 문서감정을 위해 원본의 제출을 요구하였으나, 원고는 원본이 아니라 사본이 첨부되어 있어 제출할 수 없다고 회신하였다), 대부분 C가 공급받는 자로 기재되어 있으며, 일부 원고가 공급받는 자로 기재된 홍농종묘사, 강남종묘사, 서울종묘농약사 작성의 영수증에 기재된 원고 이름 ‘A’ 부분은 위 공급한 업자들이 기재한 것이 아니라고 회신하였고, 일부 영수증은 전남 광주에서 발급된 영수증도 포함된 사정을 종합하면, 위 증거들만으로 원고가 1983년경부터 2015년까지 사이에 8년 이상 자경사실을 입증할만한 객관적 자료로는 볼 수 없다.
② 원고의 거주지와 이 사건 토지의 직선거리에 비추어 볼 때 실제 이동거리는 그보다 더 길었을 것이고, 원고는 이 사건 토지까지 이동수단에 관하여 일관되지 않은 주장을 하다가 2024. 6. 3.자 준비서면에서 ‘1998년도에 운전면허를 취득하였고, 2011년까지 아들 명의 자동차를 운전하여 이 사건 토지로 이동하여 농작물을 경작하였으며, 2011년경 거주지와 이 사건 토지 사이의 버스가 신설되어 주중에는 대중교통을 이용하였고 주말에는 자녀들의 도움을 받았다’는 취지로 주장을 정리하였다. 그러나 운전경력증명서(갑 제20호증)에 따르면 원고는 2000. 4. 24. 운전면허를 발급받아 2020. 8. 7. 취소되어 위 주장과 일치하지 않을 뿐만 아니라, 이 사건 토지 취득일 1983. 9. 30.부터 운전면허를 발급받기 이전 2000. 4. 23.까지 이동수단에 대한 구체적인 주장이 없으며, 아들 명의 자동차로 이동하였다는 시기에 대한 객관적인 증거도 제출하지 않았다.
③ 원고는 남편인 C와 같이 이 사건 토지를 경작하여 C가 매입한 비료 등으로 이 사건 토지에도 사용하기 충분하였다고 주장하면서 C가 2006년경 허리수술을 받아 그 이후로는 C 소유 토지를 모두 타인에게 임대를 주었다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 농지원부상에 C 소유 토지들을 제3자에게 임대하였다는 기재는 전혀 없어 위 주장을 그대로 받아들이기 어렵다.
④ 원고는 이 사건 토지와 원고 소유의 성남시 ○○구 ○○동 646 답 3,339㎡의 농작물 재배 사진과 창고 사진 등을 제출하였으나, 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하여 그 소유자인 원고가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 이 사건 토지를 경작한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 원고가 증명하여야 하므로 이 사건 토지가 농지로 이용되었다는 점을 뒷받침하는 사진만으로는 원고의 자경 사실을 인정할 수 없다.
⑤ 원고는 그 경작기간에서 제외되는 총급여액 합계 3,700만 원 이상 되지는 않지만, 1992년, 1993년, 1995년에는 용남실업 주식회사, 1996년부터 1998년까지는 마일스톤개발 주식회사에 근무하여 7,492,660원 내지 13,000,380원의 근로소득을 얻었고, 위 사업장들이 서울 마포구와 강남구에 위치하고 있는 점을 고려하면 위 기간 동안에 원고가 이 사건 토지를 자경하기는 어려웠을 것으로 보인다.
라. 원고의 소외2에 대한 양도분 과세 귀속연도
1) 관련 법리
소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고, 구 소득세법 시행령(2022. 12. 31. 대통령령 제33207호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항 제1호는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다. 위 법률 문언과 취지 등을 종합하여 보면, 부동산의 매매 등으로 그 대금이 모두 지급된 경우뿐만 아니라, 사회통념상 그 대가적 급부가 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 경우에도 양도소득세의 과세요건을 충족하는 부동산의 양도가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결 등 참조).
또한, 부동산의 매수인이 매매 목적물인 부동산에 관한 근저당권의 피담보채무, 가압류채무, 임대차보증금 반환채무 등을 인수하는 한편 그 채무액을 매매대금에서 공제하기로 약정한 경우, 다른 특별한 사정이 없는 이상, 매수인이 매매대금에서 그가 부담하기로 약정한 근저당권의 피담보채무액 등을 공제한 나머지 잔금을 지급함으로써 그 매매대금을 모두 지급한 것이라 할 것이므로, 원칙적으로 위 부동산에 대한 매수인의 대금 청산일은 잔금 지급일이라고 볼 것이다(대법원 1994. 1. 25. 선고 93누12855 판결 등 참조).
국세기본법에서 제14조 제3항을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 그러므로 국세기본법 제14조 제3항을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2022. 8. 25. 선고 2017두41313 판결 등 참조).
2) 인정사실
① 원고는 2018. 7. 18. 소외1과 사이에 이 사건 토지 중 1/2 지분에 관하여 매매대금 3억 6,000만 원, 계약금 3,600만 원은 계약 시, 잔금 3억 2,400만 원은 2018. 8. 24.로 정하는 매매계약(이하 ‘제1 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 2018. 8. 27. 소외2과 사이에 이 사건 토지 중 1/2 지분에 관하여 매매대금 3억 6,000만 원, 계약금 3,600만 원은 계약 시, 잔금 3억 2,400만 원은 2019. 1. 3.로 정하는 매매계약(이하
‘제2 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.
② 소외1은 원고에게 2018. 7. 19. 7,200만 원, 2018. 8. 27. 2억 6,800만 원, 2019. 1. 3. 2,000만 원을 각 지급하였다.
③ 원고는 2018. 8. 27. 이 사건 토지에 관하여 ○○농업협동조합에게 채권최고액 4억 6,800만 원의 근저당권설정등기를 경료하여 3억 6,000만 원을 대출받아 사용하였고, 소외2은 원고에게 2018. 9. 27.부터 2018. 12. 27.까지 위 대출금 이자를 지급하였으며, 2019. 1. 15. 계약인수를 원인으로 위 근저당권변경등기를 경료하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 변론 전체의 취지
3) 구체적 판단
위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제25호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하여 보면, 원고의 소외2에 대한 이 사건 토지 중 1/2 지분의 양도시기는 사회통념상 그 대가적 급부가 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 2018. 8. 27.로 봄이 타당하고, 원고는 실질적으로 이 사건 토지를 양도하는 하나의 거래를 하는 것임에도 불구하고 구 조세특례제한법에 따른 양도소득세의 감면한도를 회피하고자 이 사건 토지를 1/2 지분씩 분할하여 부부인 소외1과 소외2에게 매도하였다고 봄이 상당하므로, 2018. 8. 27.을 양도시기로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.
① 제1 매매계약의 내용과 달리 소외1이 원고에게 2018. 7. 19. 7,200만 원, 2018. 8. 27. 2억 6,800만 원, 2019. 1. 3. 2,000만 원 등 매매대금 전부인 3억 6,000만 원을 지급하여 이 사건 토지 중 1/2 지분에 관하여 2018. 8. 27. 소유권이전등기를 경료하였고, 소외2은 같은 날 원고가 이 사건 토지에 설정한 근저당권에 기한 대출금 채무의 이자를 전부 부담하다가 이를 인수하였는데, 이는 제2 매매계약에 내용으로 전혀 정해지지 않은 것으로 원고와 소외2 사이에 이 사건 토지에 대한 근저당권의 피담보채무를 인수하는 한편 그 채무액을 매매대금에서 공제하기로 적어도 묵시적으로 약정한 것으로 보이므로, 2018. 8. 27. 그 매매대금을 모두 지급하여 대금을 정산한 날로 봄이 타당하다.
② 원고는 이 사건 토지를 하나의 농지로 경작해왔는데, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 토지 중 1/2 지분만을 먼저 매도할 만한 합리적인 이유가 있다고 보기 어렵고, 원고가 이 사건 토지의 1/2 지분씩을 매도하면서도 매수인들과 사이에 이 사건 토지의 점유․사용에 관하여 별도로 약정한 사실을 인정할 자료가 없다.
③ 토지의 매매는 토지 전체로 이루어지는 것이 일반적인데, 제1 매매계약과 제2 매매계약은 동일한 중개인의 중개로 매수인이 부부로서 이 사건 토지의 각 1/2 지분씩을 동일한 금액으로 매매하되 과세연도만 달리하여 계약 및 소유권이전등기를 하는 이례적인 방식으로 이루어졌다.
④ 소외1은 2024. 10. 13.자 사실확인서(갑 제25호증)에서 매수인으로 이 사건 토지 전체를 총 매매대금 7억 2,000만 원에 매수하였다고 기재하여 원고의 주장과 다른 사실을 진술하고 있다.
3. 결 론
원고의 청구는 이유 없어 기각한다.
별지
관계 법령
■ 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것)
제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
■ 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)
제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것
⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
■ 소득세법
제98조(양도 또는 취득의 시기)
자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
■ 구 소득세법 시행령(2022. 12. 31. 대통령령 제33207호로 개정되기 전의 것)
제162조(양도 또는 취득의 시기)
① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
■ 국세기본법
제14조(실질과세)
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
출처 : 서울행정법원 2025. 02. 14. 선고 서울행정법원2023구단74621 판결 | 국세법령정보시스템
* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.
농지로 경작된 사실이 인정된다고 하여 그 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 이 사건 농지를 농지로 자경한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 사람이 증명하여야 하며
실질적으로 이 사건 토지를 양도하는 하나의 거래를 하는 것임에도 불구하고 양도소득세의 감면한도를 회피하고자 토지를 1/2 지분씩 분할하여 부부에게 매도하였다면 대금을 정산한 날 양도되었다고 봄이 타당함
판결 내용은 붙임과 같습니다.
원 고 A
피 고 ○○세무서장
변 론 종 결 2024. 12. 6.
판 결 선 고 2025. 2. 14.
주 문
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
청 구 취 지
피고가 2022. 12. 1. 원고에 대하여 한 2018년도 귀속 양도소득세 252,286,450원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.
이 유
1. 처분의 경위
가. 원고는 1983. 9. 30. 성남시 ○○구 ○○동 684-3 답 1,320㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 아버지 B으로부터 증여받았고, 이 사건 토지 중 1/2 지분을 2018. 8. 27. 소외1에게, 나머지 1/2 지분을 2019. 1. 3. 소외1의 남편 소외2에게 각 3억 6,000만 원의 거래가액으로 정하여 소유권이전등기를 경료하였다.
나. 원고는 이 사건 토지를 8년 이상 자경하였음을 이유로 양도소득세 전부 감면 대상으로 보아 소외1에 대한 양도분은 2018년 과세연도 귀속으로, 소외2에 대한 양도분은 2019년 과세연도 귀속으로 하여 각 양도소득세 0원으로 신고하였다.
다. ○○지방국세청장은 2022. 8. 1.부터 2022. 8. 30.까지 원고의 2018년 및 2019년 과세연도에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 후, 소외2에게 양도한 이 사건 토지 중 1/2 지분에 대한 잔금청산일은 2018. 8. 27.이며, 원고의 이 사건 토지에 대한 자경사실이 확인되지 않는다고 보아 피고에게 이를 통보하였고, 피고는 2022. 12. 1. 원고에게 이 사건 토지에 대한 자경농지 양도소득세 감면을 전부 부인하고 이 사건 토지의
전체 양도차익을 2018년 과세연도 귀속으로 합산하며 이 사건 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세 328,216,490원(가산세 포함)을 결정‧고지하였다.
라. 원고가 이에 불복하여 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 2023. 6. 14. 이 사건 토지를 비사업용 토지에서 제외하여 세율과 세액을 정정하도록 하고, 나머지 원고의 자경사실 및 양도소득세 과세연도 귀속 합산에 대한 청구 부분을 기각하였으며, 피고는 2023. 8. 3. 위 심사청구 일부인용결정에 따라 73,075,696원을 차감하여 양도소득세 255,140,797원(가산세 포함)으로 경정‧고지하였다.
마. 피고는 2024. 8. 9. 이 사건 소 계속 중 이 사건 토지의 양도와 관련하여 중개수수료 700만 원을 필요경비로 인정하여 2,854,350원을 차감하여 양도소득세 252,286,450원(가산세 포함)으로 경정‧고지하였다(이하 앞서 본 2022. 12. 1.자 원처분에서 각 감액되고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
2. 이 사건 처분의 적법 여부
가. 원고의 주장
원고는 이 사건 토지를 증여받은 이후부터 32년 동안 남편 C와 함께 경작하였으므로 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항에 따른 자경농지에 대한 감면 요건을 충족하였다.
원고는 2018. 7. 19. 소외1에게 이 사건 토지를 7억 2,000만 원에 매도하는 계약을 체결하면서 계약금 7,200만 원, 중도금 3억 6,000만 원, 잔금 2억 8,800만 원으로 정하되, 계약금은 계약체결 후 바로 지급하고, 중도금은 원고가 이 사건 토지를 담보로 3억 6,000만 원을 대출을 받아 충당하며, 잔금 2억 8,800만 원을 소유권 이전 시에 지급하기로 하였으나, 계약체결 후 소외1이 소외2과 각 1/2 지분씩 취득하고 싶다고 제안하였고, 이에 원고는 소외1의 제안을 받아들여 소외1, 소외2과 각 매매계약을 체결하여 2018년과 2019년에 양도하게 된 것이므로 당사자의 의사에 따른 거래로서 조세회피를 위해 두 개의 외관만을 갖춘 것은 아님에도 실질과세라는 이유로 하나의 거래로 판단하여 2018년 귀속으로 합산한 것은 근거과세 및 조세법률주의 원칙에 위반된다.
따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
나. 관계 법령
별지 기재와 같다.
다. 원고의 8년 이상 자경 여부
1) 관련 규정 및 법리
구 조세특례제한법에 의하면 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 1억 원의 한도 내에서 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다(제69조 제1항 본문). 여기서 ‘농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자‘란 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역에 8년 이상 거주하면서 경작한 자 등을 의미하고{구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제1항 제3호)}, ‘대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작’이란 1) 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생 식물의 재배에 상시 종사하는 것 또는 2) 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 의미하며(제13항), ‘대통령령으로 정하는 토지’란 취득한 때로부터 양도할 때까지 8년 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지를 의미한다(제4항).
위 규정에 의하면, 농업에 상시 종사하는 사람에 대하여는 자기 노동력 비율에 관계없이 직접 경작한 것으로 인정하되, 농업에 상시 종사하는 것이 아니라 다른 직업을 가지는 등의 이유로 부분적으로 종사하는 사람은 전체 농작업 중 가족이나 제3자를 제외한 ‘자기’의 노동력 투입 비율이 2분의 1 이상인 경우에 한하여 직접 경작한 것으로 인정함이 타당하다(대법원 2012. 12. 27. 선고 2012두19700 판결 등 참조).
한편 과세처분에 관한 행정소송에 있어 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007. 2. 22. 선고 2006두6604 판결 등 참조), 양도소득세의 감면요건에 해당하는 사실에 대한 입증책임은 양도소득세의 감면을 주장하는 납세의무자에게 있다고 할 것이고(대법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조), 양도소득세 감면대상에서 제외되는 비사업용 토지에 해당한다는 사실에 대한 입증책임은 이를 주장하는 과세관청에 있다. 다만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사정이 밝혀지면, 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 아니하는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다. 특히 과세요건사실 중 ‘원고가 이 사건 농지의 소재지에 거주하지 않았고 자경한 토지가 아니다’는 부분은, ‘거주하고 자경하였다’는 적극사실과 달리 소극사실에 해당하여 이를 직접 입증하는 것은 통상 용이하지 아니하고, 이러한 경우 결국 간접사실 특히 그 중에서도 객관적인 정황에 근거하여 경험칙에 따라 입증 여부를 판단할 수밖에 없다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2012두7899 판결 등 참조). 그리고 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하여 그 소유자가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 이 사건 농지를 농지로 자경한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 사람이 증명하여야 한다(대
법원 1993. 7. 13. 선고 92누11893 판결 등 참조).
2) 인정사실
① 원고는 이 사건 토지를 취득할 무렵부터 양도 당시까지 서울 ○○구 ○○동에 거주하였고, 이 사건 토지와 직선거리로 30km 이내에 있다.
② 원고는 이 사건 토지 이외에도 1974. 3. 13. 성남시 ○○구 ○○동 646 답 3,339㎡를, C는 1971. 1. 12. 성남시 ○○구 ○○동 207-1 전 1,355㎡, 1975. 1. 28. 성남시 ○○구 ○○동 82-1 답 2,255㎡, 1973. 10. 15. 성남시 ○○구 ○○동 83-3 답 334㎡, 1967. 12. 20. 서울 ○○구 ○○동 177-2 답 2,236㎡를 각 취득하여 소유하고 있다.
③ 농지원부에 따르면, 원고는 이 사건 토지를 D에게 임차기간을 2013. 3. 19.부터 2018. 3. 18.로 정하여 임대하였고, 원고의 나머지 소유 토지와 C 소유토지에 대한 임차인 정보가 기재된 토지는 없다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제6, 7, 23, 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지
3) 구체적 판단
위 인정사실과 앞서 든 각 증거들, 갑 제9 내지 11, 20, 22, 26, 27호증, 을 제3 내지 5호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고는 이 사건 토지에서 8년 이상 농작물 경작 또는 다년생 식물 재배에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력으로 경작 또는 재배하지 않았다고 봄이 상당하므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 처분은 적법하고,
이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.
① 원고는 직접 경작과 관련하여 조합원증명서(갑 제9, 22호증), 농협 거래자별 매출상세내역(갑 제10, 26, 27호증), 거래영수증(갑 제11호증) 등을 제출하였으나, 매출 상세내역 중 1992년, 1993년, 2012년, 2013년 총 4건을 제외하고는 모두 C의 매입분이고, 나머지 원고 명의 매출상세내역은 이 사건 토지 양도 이후인 2020년 이후에 주로 발생한 것이며, 거래영수증은 그 진정성립을 확인하기 곤란하고(피고는 원고에게 문서감정을 위해 원본의 제출을 요구하였으나, 원고는 원본이 아니라 사본이 첨부되어 있어 제출할 수 없다고 회신하였다), 대부분 C가 공급받는 자로 기재되어 있으며, 일부 원고가 공급받는 자로 기재된 홍농종묘사, 강남종묘사, 서울종묘농약사 작성의 영수증에 기재된 원고 이름 ‘A’ 부분은 위 공급한 업자들이 기재한 것이 아니라고 회신하였고, 일부 영수증은 전남 광주에서 발급된 영수증도 포함된 사정을 종합하면, 위 증거들만으로 원고가 1983년경부터 2015년까지 사이에 8년 이상 자경사실을 입증할만한 객관적 자료로는 볼 수 없다.
② 원고의 거주지와 이 사건 토지의 직선거리에 비추어 볼 때 실제 이동거리는 그보다 더 길었을 것이고, 원고는 이 사건 토지까지 이동수단에 관하여 일관되지 않은 주장을 하다가 2024. 6. 3.자 준비서면에서 ‘1998년도에 운전면허를 취득하였고, 2011년까지 아들 명의 자동차를 운전하여 이 사건 토지로 이동하여 농작물을 경작하였으며, 2011년경 거주지와 이 사건 토지 사이의 버스가 신설되어 주중에는 대중교통을 이용하였고 주말에는 자녀들의 도움을 받았다’는 취지로 주장을 정리하였다. 그러나 운전경력증명서(갑 제20호증)에 따르면 원고는 2000. 4. 24. 운전면허를 발급받아 2020. 8. 7. 취소되어 위 주장과 일치하지 않을 뿐만 아니라, 이 사건 토지 취득일 1983. 9. 30.부터 운전면허를 발급받기 이전 2000. 4. 23.까지 이동수단에 대한 구체적인 주장이 없으며, 아들 명의 자동차로 이동하였다는 시기에 대한 객관적인 증거도 제출하지 않았다.
③ 원고는 남편인 C와 같이 이 사건 토지를 경작하여 C가 매입한 비료 등으로 이 사건 토지에도 사용하기 충분하였다고 주장하면서 C가 2006년경 허리수술을 받아 그 이후로는 C 소유 토지를 모두 타인에게 임대를 주었다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 농지원부상에 C 소유 토지들을 제3자에게 임대하였다는 기재는 전혀 없어 위 주장을 그대로 받아들이기 어렵다.
④ 원고는 이 사건 토지와 원고 소유의 성남시 ○○구 ○○동 646 답 3,339㎡의 농작물 재배 사진과 창고 사진 등을 제출하였으나, 농지로 경작된 사실이 인정된다고 하여 그 소유자인 원고가 자경한 사실까지 추정되는 것은 아니고, 이 사건 토지를 경작한 사실은 그와 같은 사실을 주장하는 원고가 증명하여야 하므로 이 사건 토지가 농지로 이용되었다는 점을 뒷받침하는 사진만으로는 원고의 자경 사실을 인정할 수 없다.
⑤ 원고는 그 경작기간에서 제외되는 총급여액 합계 3,700만 원 이상 되지는 않지만, 1992년, 1993년, 1995년에는 용남실업 주식회사, 1996년부터 1998년까지는 마일스톤개발 주식회사에 근무하여 7,492,660원 내지 13,000,380원의 근로소득을 얻었고, 위 사업장들이 서울 마포구와 강남구에 위치하고 있는 점을 고려하면 위 기간 동안에 원고가 이 사건 토지를 자경하기는 어려웠을 것으로 보인다.
라. 원고의 소외2에 대한 양도분 과세 귀속연도
1) 관련 법리
소득세법 제98조는 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다고 규정하고, 구 소득세법 시행령(2022. 12. 31. 대통령령 제33207호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 제1항 제1호는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부 등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다. 위 법률 문언과 취지 등을 종합하여 보면, 부동산의 매매 등으로 그 대금이 모두 지급된 경우뿐만 아니라, 사회통념상 그 대가적 급부가 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 경우에도 양도소득세의 과세요건을 충족하는 부동산의 양도가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결 등 참조).
또한, 부동산의 매수인이 매매 목적물인 부동산에 관한 근저당권의 피담보채무, 가압류채무, 임대차보증금 반환채무 등을 인수하는 한편 그 채무액을 매매대금에서 공제하기로 약정한 경우, 다른 특별한 사정이 없는 이상, 매수인이 매매대금에서 그가 부담하기로 약정한 근저당권의 피담보채무액 등을 공제한 나머지 잔금을 지급함으로써 그 매매대금을 모두 지급한 것이라 할 것이므로, 원칙적으로 위 부동산에 대한 매수인의 대금 청산일은 잔금 지급일이라고 볼 것이다(대법원 1994. 1. 25. 선고 93누12855 판결 등 참조).
국세기본법에서 제14조 제3항을 둔 취지는 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 그와 같은 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 한 것으로서, 실질과세의 원칙의 적용 태양 중 하나를 규정하여 조세공평을 도모하고자 한 것이다. 그러므로 국세기본법 제14조 제3항을 적용하여 거래 등의 실질에 따라 과세하기 위해서는 납세의무자가 선택한 행위 또는 거래의 형식이나 과정이 처음부터 조세회피의 목적을 이루기 위한 수단에 불과하여 그 실질이 직접 거래를 하거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것과 동일하게 평가될 수 있어야 한다. 그리고 이는 당사자가 그와 같은 형식을 취한 목적, 제3자를 개입시키거나 단계별 과정을 거친 경위, 그와 같은 방식을 취한 데에 조세부담의 경감 외에 사업상의 필요 등 다른 합리적 이유가 있는지 여부, 각각의 행위 또는 거래 사이의 시간적 간격 및 그와 같은 형식을 취한 데 따른 손실과 위험부담의 가능성 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2022. 8. 25. 선고 2017두41313 판결 등 참조).
2) 인정사실
① 원고는 2018. 7. 18. 소외1과 사이에 이 사건 토지 중 1/2 지분에 관하여 매매대금 3억 6,000만 원, 계약금 3,600만 원은 계약 시, 잔금 3억 2,400만 원은 2018. 8. 24.로 정하는 매매계약(이하 ‘제1 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 2018. 8. 27. 소외2과 사이에 이 사건 토지 중 1/2 지분에 관하여 매매대금 3억 6,000만 원, 계약금 3,600만 원은 계약 시, 잔금 3억 2,400만 원은 2019. 1. 3.로 정하는 매매계약(이하
‘제2 매매계약’이라 한다)을 체결하였다.
② 소외1은 원고에게 2018. 7. 19. 7,200만 원, 2018. 8. 27. 2억 6,800만 원, 2019. 1. 3. 2,000만 원을 각 지급하였다.
③ 원고는 2018. 8. 27. 이 사건 토지에 관하여 ○○농업협동조합에게 채권최고액 4억 6,800만 원의 근저당권설정등기를 경료하여 3억 6,000만 원을 대출받아 사용하였고, 소외2은 원고에게 2018. 9. 27.부터 2018. 12. 27.까지 위 대출금 이자를 지급하였으며, 2019. 1. 15. 계약인수를 원인으로 위 근저당권변경등기를 경료하였다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 변론 전체의 취지
3) 구체적 판단
위 인정사실, 앞서 든 증거들, 갑 제25호증의 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하여 보면, 원고의 소외2에 대한 이 사건 토지 중 1/2 지분의 양도시기는 사회통념상 그 대가적 급부가 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 2018. 8. 27.로 봄이 타당하고, 원고는 실질적으로 이 사건 토지를 양도하는 하나의 거래를 하는 것임에도 불구하고 구 조세특례제한법에 따른 양도소득세의 감면한도를 회피하고자 이 사건 토지를 1/2 지분씩 분할하여 부부인 소외1과 소외2에게 매도하였다고 봄이 상당하므로, 2018. 8. 27.을 양도시기로 보아 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하고, 이에 반하는 원고의 주장은 이유 없다.
① 제1 매매계약의 내용과 달리 소외1이 원고에게 2018. 7. 19. 7,200만 원, 2018. 8. 27. 2억 6,800만 원, 2019. 1. 3. 2,000만 원 등 매매대금 전부인 3억 6,000만 원을 지급하여 이 사건 토지 중 1/2 지분에 관하여 2018. 8. 27. 소유권이전등기를 경료하였고, 소외2은 같은 날 원고가 이 사건 토지에 설정한 근저당권에 기한 대출금 채무의 이자를 전부 부담하다가 이를 인수하였는데, 이는 제2 매매계약에 내용으로 전혀 정해지지 않은 것으로 원고와 소외2 사이에 이 사건 토지에 대한 근저당권의 피담보채무를 인수하는 한편 그 채무액을 매매대금에서 공제하기로 적어도 묵시적으로 약정한 것으로 보이므로, 2018. 8. 27. 그 매매대금을 모두 지급하여 대금을 정산한 날로 봄이 타당하다.
② 원고는 이 사건 토지를 하나의 농지로 경작해왔는데, 원고가 주장하는 사정만으로는 이 사건 토지 중 1/2 지분만을 먼저 매도할 만한 합리적인 이유가 있다고 보기 어렵고, 원고가 이 사건 토지의 1/2 지분씩을 매도하면서도 매수인들과 사이에 이 사건 토지의 점유․사용에 관하여 별도로 약정한 사실을 인정할 자료가 없다.
③ 토지의 매매는 토지 전체로 이루어지는 것이 일반적인데, 제1 매매계약과 제2 매매계약은 동일한 중개인의 중개로 매수인이 부부로서 이 사건 토지의 각 1/2 지분씩을 동일한 금액으로 매매하되 과세연도만 달리하여 계약 및 소유권이전등기를 하는 이례적인 방식으로 이루어졌다.
④ 소외1은 2024. 10. 13.자 사실확인서(갑 제25호증)에서 매수인으로 이 사건 토지 전체를 총 매매대금 7억 2,000만 원에 매수하였다고 기재하여 원고의 주장과 다른 사실을 진술하고 있다.
3. 결 론
원고의 청구는 이유 없어 기각한다.
별지
관계 법령
■ 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것)
제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2018년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
■ 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)
제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면)
① 법 제69조제1항 본문에서 "농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자"란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 "한국농어촌공사"라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 「소득세법」 제1조의2제1항 제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제10조제2항에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 토지"란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
⑬ 법 제69조제1항 본문에서 "대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년생식물의 재배에 상시 종사하는 것
2. 거주자가 그 소유농지에서 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것
⑭ 제4항·제6항·제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각의 「소득세법」 제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업·임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다. 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천 700만원 이상인 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.
■ 소득세법
제98조(양도 또는 취득의 시기)
자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
■ 구 소득세법 시행령(2022. 12. 31. 대통령령 제33207호로 개정되기 전의 것)
제162조(양도 또는 취득의 시기)
① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
■ 국세기본법
제14조(실질과세)
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
출처 : 서울행정법원 2025. 02. 14. 선고 서울행정법원2023구단74621 판결 | 국세법령정보시스템