요지

기말재고에 가공자산을 계상한 사실을 회사 임직원의 내부문서로 입증하는 것은 근거과세 원칙에 위반되지 아니하며 이에 따라 특수관계인으로부터 저가로 이 사건 주식을 매입하였으므로 차액을 익금산입한 처분은 적정한 것임.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 11. 2. 원고에게 한 2015년도 귀속 법인세 1,936,088,560원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경과

가. 원고는 신발류 부품 및 완제품 제조 판매업 등을 목적으로 설립된 회사이고, 주식회사 AA(이하 ⁠‘AA’이라 한다)는 수출입업 등을 목적으로 설립된 회사인데, 원고 발행주식의 94.4%는 AA의 대표이사 BBB의 자녀들인 CCC, DDD이,4.6%는 AA이 각 보유하고 있고, AA 발행 주식의 66%는 BBB이 보유하고 있다.

나. 원고는 2015. 4. 2. AA의 주주인 BBB, EEE, FFF, GGG로부터 AA 발행 주식 합계 99,455주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 주당 589,245원으로 정하여 다음과 같이 매입하였다.

다. ○○지방국세청장은 2016. 9. 7.부터 2017. 1. 4.까지(당초 2016. 12. 5.까지에서 연장됨) 원고에 대하여 2012. 1. 1.부터 2015. 12. 21.까지 기간에 관한 통합세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 후, ⁠‘AA의 해외 자회사들이 과거부터 누적된 재고자산을 2012년부터 2014년까지 매출원가에 반영하는 방법으로 재무제표상 손익을 과소계상하였고, 이에 따라 해외 자회사들의 100% 주주인 AA의 재무제표상 손익도 과소계상되어 원고의 이 사건 주식 매입 당시 이 사건 주식의 가치가 주당 71,363원 낮은 가격으로 책정되었으므로, 누락된 매입가액 7,097,385,054원(= 99,455주 × 71,636원)이 원고의 2015년 익금에 산입되어야 한다.’고 판단하였고, 이에 따라 2017. 1. 20. 원고에게 2015 사업연도 법인세 1,874,958,794원의 과세예고통지를 하였다.

라. 원고는 이에 대하여 국세청장에게 과세전적부심사를 청구하였으나, 국세청장은 2017. 9. 15. 불채택 결정을 하였고, 위 조사결과를 통보받은 피고는 2017. 11. 2. 원고에게 2015 사업연도 법인세 1,936,088,560원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)

마. 원고는 이 사건 처분에 관하여 2018. 1. 12. 조세심판원에 행정심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2018. 10. 10. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 4 내지 8호증, 을 1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장

원고는 특수관계인인 개인들로부터 법령에 따라 적법하게 산정된 시가인 주당 589,245원을 기준으로 이 사건 주식을 양수받았는데, 피고는 세법에 따라 작성된 장부들을 고려하지 아니하고 산출근거 없는 불확실한 금액이 임의로 기재되어 있는 내부 보고용 자료인 AA의 내부문서만을 기준으로 그 진위를 확인하거나 실지조사를 하지 아니한 채 AA의 해외 자회사들이 누적된 재고자산을 매출원가에 반영하였다고 보고 이 사건 주식의 가격이 주당 660,608원임을 전제로 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 근거과세의 원칙에 위배되어 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) AA의 해외 자회사로는 △△△ Co., Ltd.(이하 ⁠‘△△△’이라 한다), □□□ Co., Ltd.(이하 ⁠‘AA □□□’라 한다), ■■■ Co., Ltd.(이하 ⁠‘AA ■■■’라 한다)등이 있는데(이하 위 각 자회사를 ⁠‘이 사건 자회사’라 한다), AA은 △△△과 AA □□□ 발행주식의 100% 및 AA ■■■ 주식의 66.7%를 보유하고 있다.

2) 이 사건 주식 매입 당시 작성된 ○○회계법인 작성의 주식평가보고서에는 ⁠‘상속세 및 증여세법의 비상장주식 평가기준에 따라 산정된 이 사건 주식의 2014. 12. 31. 현재 주당가격은 589,245원인바, 그 평가 과정에서 AA 및 피투자회사의 재무제표가 적정하게 결산되었음을 가정하였고, AA의 해외자회사는 상속세 및 증여세법에 따라 평가하는 것이 어려우므로 순자산가치는 장부가액으로 하고 순손익가치는 당기순이익을 기준으로 평가하였습니다.’라고 기재되어 있고, 그 구체적인 산정 내역의 요지는 다음과 같다.

3) 이 사건 세무조사 과정에서 다음과 같은 AA의 내부문서(이하 ⁠‘이 사건 내부문서’라 한다), 임직원들의 이메일 등에 관한 조사가 진행되었다.

① 이 사건 내부문서에는 다음과 같은 내용이 포함되어 있다.

- AA의 원가팀장으로 근무하였던 ○○○ 이사가 2015년경 작성한 ⁠‘○○ 히스토리내역’에는 AA의 해외 자회사에 대한 마진율인 ○○율에 관하여 다음과 같은 내용이 포함되어 있다.

- AA □□□의 2015. 1. 25.자 재무지원 진행보고서에는 이 사건 자회사들의 생산성 비교, 공장간 급여 수준 비교, 자재재고 수불조정현황, 재고자산 관리현황 등과 함께 AA □□□의 재공품(가공자산) 정리현황에 관하여 다음과 같이 연도별 이월금액, 정리금액, 잔액 등 항목에 따른 구체적 수치가 기재되어 있다.

- △△△의 2015. 3. 1.자 재무지원 진행보고서에는 자금관리, 자재 재고수불 관리, 장기자재 수불현황, 미착재고 회계처리 등과 함께 △△△의 가공자산정리 현황 및 계획과 관련하여 다음과 같이 연도별 재고자산 발생금액, 정리금액, 잔액 항목에 따른 구체적인 수치가 기재되어 있다.

- AA ■■■의 2015. 3. 21.자 재무지원 진행보고서에도 생산실적 과대계상, 자금관리 대출현황, 예산관리, 장기선급금 등과 함께 재고자산 과다 계상 현황 및 개선방안이 장부재고와 실제재고로 나뉘어 연도별로 구체적인 수치가 기재되어 있고, 이후 작성된 ⁠‘AA ■■■ 이전율 조정안’에는 이전율을 상승시킴으로써 해외 자회사의 가공자산을 해소하는 구체적인 방안으로 가공자산의 규모 및 이전율을 기존의 84%에서 87% ∼ 89%로 상승시키는 조정안 등이 기재되어 있다.

- AA 작성의 2014년 CSG 결산확정보고(단위: 천 불)에는 경상이익 차이내역 부분에 △△△과 관련하여 내부손익 28,369,000달러, 결산공시손익 6,578,000달러라고 기재되어 있고, 위 내부손익과 결산공시손익의 차이금액 21,791,000달러(= 28,369,000달러 - 6,578,000달러)의 산정근거로 기재된 관련 항목 중 ⁠‘가공자산 정리’항목에는 15,367,000달러(= 가공자산 정리분 12,511,000달러 + 툴링상각 2,856,000달러)라고 기재되어 있다. 또한 △△△의 2014년 감사보고서에는 법인세 차감전 이익항목에 위 2014년 CSG 결산확정보고 상의 결산공시손익과 동일한 금액인 6,578,050달러가 기재되어 있다.

② AA의 임직원들은 2015. 3.경 다음과 같은 내용의 이메일을 작성하였다.

- AA의 당시 원가팀장인 ○○○ 이사는 2015. 3. 18. AA의 ○○○ 전무에게 AA ■■■의 2011년부터 2014년까지 장부상 손익과 실지 손익의 차이가 기재되어 있는 가공자산 계상 현황표를 첨부하여 ⁠‘AA ■■■에서 2011년부터 가공자산을 계상해 왔음을 발견하였는데, 정확한 가공자산은 파악되지 않고 있으나 대략 2천만불 정도로 추정되고, 본사에 보고한 손익과 현지결산상의 손익 차이를 줄이기 위하여 가공자산을 계상하였다고 한다.’는 내용의 이메일을 전송하였다.

- AA의 회계담당자 ○○○은 2016. 3. 4. AA □□□의 ○○○ 이사에게 AA □□□의 2007년부터 2015년까지 가공자산현황이 기재되어 있는 가공자산 현황표를 첨부하여 2015년 가공자산 자료 중 누락된 부분을 추가해 달라는 내용의 이메일을, △△△의 ○○○ 부장에게 △△△의 가공자산 현황 등에 관한 자료를 요청하는 이메일을 각 전송하였고, ○○○은 2016. 3. 6. ○○○에게 △△△의 가공자산 현황 등이 기재된 가공자산 현황표를 전송하여 주었다.

③ ○○○는 이 사건 세무조사를 받으면서 2016. 11. 29. 다음과 같은 내용이 포함된 진술서를 작성하였다.

- ○○회계법인에서 15년간 근무한 후 2014. 9.경 AA에 입사하여 원가팀장으로 근무하였는데, 2015년경 △△△, AA □□□, AA ■■■를 방문하던 중 해외현지법인의 가공자산 내역을 알게 되었고, 해외현지법인의 적정액의 영업이익률 조정을 위하여 가공자산이 발생하였다고 생각된다.

- 가공자산의 발생과 감소는 연도말 결산시 영업이익률을 적정하게 조정하기 위해 주로 재공품의 재고 수량을 조정하는 방식으로 일어나는데, 기본적으로 환률변동을 제외하고는 증가와 감소가 동시에 발생하지는 않는다.

- 2015년도에 AA ■■■의 ○○율을 낮춘 것은 당시 ○○율이 너무 높았고, 외화환산손실도 거액으로 계상되어 가공자산 내역이 증가함에 따라 해외현지 법인이 스스로 가공자산 내역을 오픈하고 AA에게 디덕션율을 인하해줄 것을 요청하였기 때문이다.

4) 피고는 이 사건 내부문서 등을 기준으로 다음과 같이 AA □□□의 2012년도부터 2014년도까지의 연도별 손익 및 2014년말 기준 순자산가치를 재산정하고, △△△의 2014년도 손익을 재산정한 후 위 재산정 수치에 따라 계산된 AA의 위 각 자회사들에 대한 지분평가액을 반영하여 이 사건 처분을 하였다.

① AA □□□는 2011년 이전부터 재고자산을 과다계상하여 가공자산이 존재하였고2012년부터 2014년까지 이를 매출원가에 반영하였으므로, 다음과 같이 각 가공자산이 감소한 과세연도의 매출원가에 위 가공자산의 감소분이 반영된 것으로 보아 이를 기준으로 연도별 손익을 재산정하고, 기존의 순자산가치에서 이 사건 주식의 매매일 직전 사업연도인 2014년말 가공자산 잔액을 차감하는 방법으로 순자산가치를 재산정하였다.

② △△△과 관련해서는 다음과 같이 2013년말 가공자산 잔액과 2014년말 가공자산 잔액의 차액이 2014년 매출원가에 반영된 것으로 보아 2014년도 손익을 재산정 하였다.

③ 위와 같이 재산정된 순자산가치 및 손익에 따른 계산 내역의 요지는 다음과 같다.

- 이 사건 내부문서에 따라 AA □□□의 지분 평가액 68,536,145,189원, △△△의 지분평가액을 92,465,178,084원을 기준으로 산정함

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 3호증, 을 3 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 국세기본법 제16조 제1, 2항은 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 하지만, 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다고 규정하고 있다.

따라서 세액을 경정함에 있어서는 장부나 증빙 등에 의함이 원칙이겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 경우에는 그 다른 자료에 의하여서도 경정할 수 있고(대법원 1995. 6. 30. 선고 94누149 판결 등 참조), 이 경우 관계 법령에서 규정하고 있는 실지조사는 그것이 실제의 세액을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한은 없다(대법원 1998. 3. 24. 선고 97누9895 판결 참조). 한편 세무조사과정에서 작성된 자료들은 그 작성의 경위 및 내용을 검토하여 당사자나 관계인의 자유로운 의사에 반하여 작성된 것이 아니고 그 내용 또한 과세자료로서 합리적이어서 진실성이 있다고 인정되는 경우에는 실지조사의 근거가 될 수 있는 그 다른 자료의 하나로 삼을 수 있다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두13720 판결 등 참조).

또한 일반적으로 과세처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 과세처분의 상대방이 문제가 된 당해 사실이 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서는 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결, 대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두13831 판결 등 참조).

2) 위와 같은 법리에 비추어 이 사건의 경우를 살피건대, 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 내부문서 등은 합리적이고 진실성 있는 과세자료로서 피고가 기장장부 외에 이를 과세자료로 삼을 수 있다 할 것이므로, 이 사건 처분이 근거과세의 원칙에 반한다고 할 수 없다.

① 이 사건 내부문서 중 ⁠‘2014년 CSG 결산확정보고’ 등에는 AA의 자회사들이 오랜 기간 회계상 재고자산을 과다하게 누적계상하여 오다가 이를 최근 몇 년에 걸쳐 장부에서 제거한 내용이 포함되어 있고, 이 사건 내부문서에 AA의 해외 자회사에 관한 연도별 가공자산 내역이 구체적으로 기재되어 있음은 앞서 본 바와 같다. 피고는 이 사건 내부문서에 가공자산 항목으로 기재된 수치를 근거로 해외 자회사 중 AA □□□와 △△△이 보유하였던 가공자산의 시기별 감소 내역을 확인하여 각 가공자산이 감소한 과세연도의 매출원가에 위 가공자산이 반영된 것으로 보아 이를 기준으로 연도별 손익을 재산정하고, AA □□□의 기존 순자산가치에서 이 사건 주식의 매매일 직전 사업연도인 2014년말 가공자산 잔액을 차감하는 방법으로 순자산가치를 재산정한 후 위와 같이 재산정된 내역을 기준으로 이 사건 처분을 하였다.

② 다음과 같은 사정에 비추어 보면, AA은 이 사건 자회사의 가공자산 등을 체계적으로 관리하였고 그 과정에서 이 사건 내부문서가 작성된 것으로 보인다.

- AA의 원가팀장 ○○○ 이사는 2015. 3.경 AA ■■■가 2011년경부터 가공자산을 계상해 왔음을 확인하여 AA의 임원에게 보고하였고, AA 및 이 사건 자회사들의 임직원은 2016. 3.경 연도별 가공자산내역이 기재된 파일을 첨부하여 항목별로 그 현황을 확인하는 메일을 주고받으면서 가공자산의 범위를 특정하였다.

- AA은 이 사건 자회사의 가공자산 정리를 위하여 AA의 이 사건 자회사에 대한 마진율을 조정하였고, 이 사건 자회사들은 회사별로 가공자산 관리 내역 및 연도별 정리계획을 작성하여 AA의 임원 등에게 보고하기도 하였다.

- AA은 이 사건 자회사들의 가공자산 정리현황을 관리하면서 ⁠‘2014년 CSG결산확정보고’ 등의 문서를 작성하였는데, 이 사건 자회사의 감사보고서상 기재된 이익의 액수와 위 확정보고에 기재된 내부손익에서 가공자산 등이 공제된 결산공시손익의 액수가 일치함은 앞서 본 바와 같은바, 가공자산 계상 및 감소 내역이 이 사건 자회사의 매출원가 및 그에 따른 손익에 반영된 것으로 보인다.

③ 이 사건 내부문서, 관련 이메일 등은 ㉠ AA 및 이 사건 자회사의 임직원들이 업무 과정에서 작성한 것으로서 세부항목에 따라 구체적인 수치가 기록되어 있는 점, ㉡ 회사 담당자들의 검토를 통하여 세부 항목들을 수정하는 절차를 거친 것으로 보이는 점, ㉢ 원고도 ⁠‘재무본부장 ○○○이 팀장인 ○○○에게 해외 자회사들을 방문하여 현황을 파악하고 내부 보고용 보고서 작성할 것을 지시하여 ○○○가 직접 자회사를 방문한 후 자회사들이 준비한 기초자료를 취합하여 내부 문서를 작성하였다’고 주장하고 있는 등 AA의 확인을 거쳐 작성된 것으로 보이는 점 등 그 작성 경위, 주체, 내용 등에 비추어 보면, 합리적이고 타당한 근거 없이 임의로 작성되었다고 보기 어렵다.

④ AA의 원가담당 팀장인 ○○○는 이 사건 세무조사에서 문답서를 작성하면서 이 사건 자회사들이 기말재고자산에 가공자산을 계상하였다는 취지의 진술을 하였는데, 위 문답서가 작성자인 ○○○의 의사에 반하여 강제로 작성되었다거나 그 기재내용의 객관적 진실성을 의심할 만한 특별한 사정이 엿보이지 않는다.

⑤ 원고가 관련 법규에 따라 작성된 장부가 존재하고 있음에도 굳이 별도의 내부문서를 작성하여 자회사의 자산현황을 관리하고 있는 연유에 대하여 합리적인 설명을 하지 못하고 있는 상황이라면, 이러한 비정상적인 방법으로 자산을 관리하여온 원고 스스로가 이 사건 내부문서에 기재된 회사의 재고자산관리 내역에 관하여 적절한 방법으로 이를 소명해야할 필요가 있다고 할 것인데, 원고는 이 사건 내부문서에 대하여 과세관청의 실지조사에서 그 내용이 확인되지 아니한 자료로서 내부보고 목적에서 근거 없이 임의로 작성되었고, 신빙할 수 없는 자료이므로 과세의 근거가 될 수 없다고 주장할 뿐이다.

⑥ 원고는 ㉠ 이 사건 내부문서에 기재되어 있는 ⁠‘가공자산’이란 생산에 이용되지않고 남아있는 재료나 품질기준에 부합하지 아니하여 공급하지 못하고 보유한 완제품 등을 의미하는 것이므로 존재하지 않는 허위의 자산을 의미하는 것이 아니라거나 ㉡ 위 내부문서에 기재된 금액은 추정 또는 가정하여 기재한 것으로 그 산출근거가 나타나 있지 않아 믿을 수 없다고도 주장하나, 존재하는 재료나 완제품에 관하여 ⁠‘가공자산’이라는 용어를 사용하는 것은 이례적으로 보일 뿐만 아니라, 이 사건 내부문서에 기재되어 있는 수치들은 AA의 요구에 따라 해외 자회사 임직원들이 구체적인 내역을 기재하여 송부한 것으로 그 기재 경위, 내용 등에 비추어 임의로 작성된 추정적 자료로 보기 어렵고, 달리 원고의 위 각 주장을 입증할만한 자료가 제출되지 아니하였다.

⑦ 이 사건 처분은 원고에게 이 사건 내부문서에 따른 가공자산 수치를 기초로 재산정된 이 사건 자회사의 순자산가치 및 순손익가치를 반영한 법인세를 부과한 것으로, 원고가 관련 재무제표에 따라 산정한 기존의 법인세 신고 내역과 동일한 방식에 따라 산정되는 등 그 산정 과정에 어떤 잘못이 있음을 찾을 수 없고, 원고 또한 관련 재무제표에 따른 수치가 아닌 신빙할 수 없는 이 사건 내부문서에 기재된 가공자산 수치를 기초로 한 이 사건 처분은 근거과세 원칙에 반한다는 취지의 주장을 하고 있을 뿐이다.

⑧ 원고는, 이 사건 내부문서는 관리회계 목적상 작성된 자료로서 재무회계와 다른 기준에 따라 작성된 것이고 생산량을 기준으로 매출을 산정한 내부보고용 실적자료와 현지 재무제표와의 차이를 정리한 것에 불과하므로, 그 수치에 따라 재고자산을 산정할 수 없다는 취지로 주장하나, 위에서 본 이 사건 내부문서의 항목별 내용, 작성경위 및 관련 이메일의 내용 등에 비추어, 위 내부문서 상의 ⁠‘가공자산’ 항목에 기재된 구체적 내역이 단순히 재무제표와의 차이를 정리하기 위한 수치에 불과하다고 보기 어렵고, 원고가 제출하는 갑 9 내지 13호증 등 증거자료와 이에 기초한 여러 주장‧설명이나 현지 재무제표가 회계법인의 외부감사를 거친 것으로 현지 과세 당국의 세무조사에서도 재고자산의 적정성이 문제된 바가 없다는 등의 사정만으로는 그 주장을 선뜻 믿기 어렵다.

3) 따라서 이 사건 처분이 근거과세의 원칙에 위배된다고 할 수 없으므로, 원고의주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2020. 01. 09. 선고 부산지방법원 2019구합20137 판결 | 국세법령정보시스템