요지

이 사건 부동산의 처분금은 원고의 고유목적사업이 아닌 ⁠‘수익용 기본재산의 대체취득’ 용도로만 사용되어야 하므로, 이 사건 부동산 양도차익은 원고의 고유목적사업 용도에 애초에 지출될 수 있는 성질의 금원이 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2018. 10. 2. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세에 관한 경정거부처분을 취소한다.

이 유

  1. 제1심판결서 이유의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 제1심판결문의 해당 부분을

고치거나 추가하는 것 외에는 제1심판결서 이유의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조

제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 인용한다.

【고치거나 추가하는 부분】

◯ 10면 2행의 ⁠“먼저”를 ⁠“(1) 먼저”로 고친다.

◯ 10면 15행 다음에 아래 내용을 추가한다.

『(2) 한편, 원고는 이 사건 부동산의 처분허가 조건인 ⁠‘수익용 기본재산 대체 취득’은 변경 불가능한 조건이 아니라 수익용 기본재산 확보율만 유지된다면 얼마든지 변경이 가능한 조건이고, 더 나아가 수익용 기본재산을 교육용 기본재산으로 용도 변경하는 것도 가능하므로, 이 사건 부동산 양도차익을 고유목적사업에 지출하는 것이 불가능하다고 보기는 어렵다고 주장한다.

살피건대, 갑 제20, 25호증의 각 기재 및 이 법원의 교육부장관에 대한 사실조회결과 에 변론 전체의 취지를 종합하면, 수익용 기본재산의 처분허가 조건이 수익용 기본재

산의 대체취득으로 되어 있는 경우 처분대금을 해당 재산의 용도와 다른 목적으로 사

용하고자 하는 경우에는 처분 당시 수익용 기본재산 확보율 이상을 유지할 수 있는 타당성 있는 확보계획 등을 제출한 경우에 대체 취득 이외의 다른 목적으로 사용이 가능

한 사실, 수익용 기본재산을 교육용 기본재산으로 용도를 변경하는 것도 가능하나 이

경우에도 수익용 기본재산 확보기준을 충족하여야 하며 위 확보기준을 미 충족하는 경

우에는 해당가액 만큼 수익용 기본재산을 보전하도록 되어 있는 사실, 수익용 기본재산은 학교법인이 설치․경영하는 대학의 운영경비를 충당하기 위하여 수익창출 목적으로 운영되는 기본재산으로, 대학설립․운영규정 제7조에서는 학교법인은 대학의 연간 학교 회계 운영수익 총액에 상당하는 가액의 수익용 기본 재산을 확보해야 하며, 발생한 수익에 대하여는 관련 법령 및 규정에 따라 집행하도록 정하고 있는 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의

사정, 즉 이 사건 부동산 양도차익은 이 사건 부동산의 처분허가 조건인 ⁠‘수익용 기본

재산 대체 취득’ 이외의 다른 용도로 사용하는 것도 가능하나 이는 이 사건 부동산의

처분 당시의 수익용 기본재산 확보율 이상을 유지할 수 있는 타당성 있는 확보계획 등 을 제출한 경우에 한하는 것인데 원고는 이 사건 부동산의 처분허가 당시부터 당심에

이르기까지 수익용 기본재산 확보율 이상을 유지할 수 있는 타당성 있는 확보계획 등 을 교육부에 제출하지는 아니하였고 실제 위 처분허가가 변경될 사정에 대한 어떠한

자료도 제출하지 아니한 점, 교육부의 원고에 대한 수익용 기본재산 처분허가서에는

허가사항 및 허가조건을 위반하여 허가가 취소될 수 있다고 명시하고 있는 점, 원고가

주장하는 바와 같이 이 사건 부동산의 처분허가 조건의 변경가능성만을 이유로 고유목

적사업준비금의 설정이 가능하다고 볼 경우에는 위 처분허가에 따라 고유목적사업에

지출할 수 없다는 점이 분명하게 드러난 경우에도 일응 고유목적사업준비금으로 손금으로 계상하여 과세이연이 가능하게 됨으로써 구 법인세법 제29조 제1항의 ⁠‘법인의 고

유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여’라는 요건은 유명무실하게 되어 버리는

점 등에 비추어 보면, 사후적으로 이 사건 이 사건 부동산에 대한 처분허가 조건의 변

경가능성만으로 이 사건 부동산 양도차익을 고유목적사업에 지출할 수 없다는 점이 분

명하지 아니하다고 평가하기는 어렵다.』

◯ 12면 7행 다음에 아래 내용을 추가한다.

『(3) 원고는 고유목적사업준비금은 특정 재산이 아니라 장부상 계산금액으로 존재하

기 때문에 고유목적사업준비금 중 어떤 금원이 고유목적사업에 실제 지출되는지 사용

처를 직접 추적하는 것은 불가능하므로, 고유목적사업준비금 설정액을 손금에 산입해

주면 5년 이내에 준비금 잔액만큼 고유목적사업에 지출하고, 만에 하나 5년 이내에 고

유목적사업에 지출하지 못한 미사용 잔액이 있을 경우 법인세법에 따라 이자상당액을

포함한 법인세를 징수하는 것이 타당하다고 주장한다. 그러나 구 법인세법 제29조 제1

항에 따라 고유목적사업준비금이 손금에 산입되기 위해서는 비영리내국법인이 각 사업

연도에 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을

손금으로 계상한 경우에 해당되어야 할 것인데, 원고의 주장과 같이 이 사건 부동산

양도차익에 과세이연의 혜택을 부여하게 되는 경우에는 구 법인세법 제29조 제1항의

‘고유목적사업에 지출하기 위하여’라는 법문을 사문화하게 되는 결과가 될 뿐 아니라

고유목적사업에 지출하기 위한 것이 아님이 분명한 경우에도 수익사업 소득금액 전부 를 고유목적사업준비금으로 설정하기만 하면 손금에 산입되어 비영리법인으로서는 항

상 과세이연의 효과를 누릴 수 있게 되는 결과가 초래되어 고유목적사업준비금 제도의

취지에 반하게 되므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) 한편, 원고는 대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두59249 판결의 경우 다른 수익용 부

동산의 대체취득 자체를 문제 삼는 것이 아니라 그러한 대체취득 행위로 인하여 더 이

상 고유목적사업에 지출할 수 있는 금원이 존재하지 아니한다는 점이 분명하게 드러남

으로써 과세이연의 혜택을 부여할 전제가 상실된 경우라면 5년을 기다릴 필요가 없다 는 내용의 판결임에도, 비영리법인의 고유목적사업에 대한 지출여력을 따지지 아니한

채 오로지 다른 수익용 부동산의 대체취득 여부만 문제 삼는 것은 위 대법원판결의 취

지를 오해한 것이라는 취지로 주장한다. 그러나 위 대법원판결은 비영리내국법인이 고

유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미

리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업

연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다 는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을

원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이라는 판시내용에서 알 수 있듯이, 고유목적

사업에의 지출이 전제되어야만 고유목적사업준비금 설정액이 손금에 산입된다는 점을

명확히 하고 있다는 점에서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(5) 한편, 원고는 2018-2019 사업연도 중 고유목적사업에 지출한 금액이 직전 사업

연도인 2017 사업연도의 고유목적사업준비금 잔액 약 98억 원을 먼저 상계한 뒤에도

2018 사업연도 고유목적사업준비금 잔액 약 471억 원을 전부 상계하고도 남는 충분한

금액이기 때문에 이 사건 거부처분이 위법하다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건의

쟁점은 이 사건 부동산 양도차익이 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에서 규정하는 ⁠‘기

타수익사업소득’에 해당하는 것으로 보아 당초 이 사건 준비금 한도액의 계산이 적절

한지 여부인바, 원고가 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업에 지출하여 사후관리 요건을 충족하였는지 여부는 이 사건의 쟁점과 직접적인 관련이 있다고

보기는 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.』

◯ 12면 8행의 ⁠“(3)”을 ⁠“(6)”으로 고친다.

3. 결론

  그렇다면, 제1심판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 12. 17. 선고 서울고등법원 2020누42349 판결 | 국세법령정보시스템