요지

제주첨단단지 밖에서 취득한 사업용 유형자산도 제주첨단단지에 소재하는 사업장에서 발생하는 소득에 기여할 수 있어 조특법 시행규칙 제8조의3 제1호의 ⁠‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’에 해당함.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 8. 28. 원고에게 한 2014년 및 2015년 귀속 각 법인세 부과처분의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

○ 원고는 2013. 8. 1. 설립되어 2014. 7. 1. ○○첨단과학기술단지(이하 ⁠‘○○첨단단지’라고만 한다) 내에 위치한 현재 주소로 본점을 이전하였다.

○ 원고는 황칠나무 등을 원료로 건강보조식품을 연구·개발하여 생산·판매하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위하고 있다. 이 사건 사업 중 건강보조식품의 생산 과정은, ○○첨단단지 밖인 ○○시 △△읍, ▲▲읍과 ●●●시 표선면에 있는 경작지 7필지(이하 ⁠‘이 사건 경작지’라 한다)에서 재배되는 황칠나무의 파쇄된 가지를 원재료로 하여 ◇◇시에 있는 주식회사 CCC의 공장에서 제조하는 주문자 생산 방식으로 이루어지고 있다.

○ 원고는 피고에게 2014년 및 2015년 귀속 각 법인세를 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조의8에 따라 감면된 세액으로 피고에게 신고·납부하였다.

○ 피고는 2016. 7월 원고에게 이 사건 사업이 구 조세특례제한법 제121조의8에 따른 법인세 감면 대상 업종이 아니어서 법인세 경정·고지 대상에 해당한다고 안내하였고, 이에 원고는 2016. 7. 28. 피고에게 2014년 및 2015년 귀속 각 법인세를 위 조항에 따른 감면을 적용하지 아니한 세액으로 수정신고·납부하였다.

○ 원고는 2017. 1. 12. 과학기술정보통신부로터 ⁠‘농림·축수산 등 생명자원에 대한 연구개발을 통하여 인체에 유용한 식품 등을 생산하는 행위는 생명공학육성법 제2조의 규정에 의한 생명공학과 관련된 산업에 해당한다’는 민원 회신을 받고, 2017. 10. 18. 농림축산식품부로부터 ⁠‘원고가 수행하는 황칠나무 원료 생산 기반 구축과 이를 이용한 산업화 관련 연구개발과제는 농림축산식품부의 농생명산업기술개발사업으로 지원되고 있는 연구과제임을 확인한다’는 민원 회신을 받았다.

○ 원고는 2018. 5. 31. 피고에게 위 각 민원 회신을 첨부하여 ⁠‘이 사건 사업이 구 조세특례제한법 제121조의8에 따른 법인세 감면 대상 업종에 해당하므로, 원고가 기납부한 2014년 귀속 법인세 중 223,623,184원, 2015년 귀속 법인세 중 409,609,924원을 환급받아야 한다’는 내용으로 감액경정청구(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.

○ 피고는 2018. 8. 28. 이 사건 경정청구에 대하여, 이 사건 사업에서 발생한 소득에 대한 법인세에 구 조세특례제한법 제121조의8에 따른 감면을 적용하되, 같은 조 제 2항 제1호의 한도액(투자누계액의 50%)을 산정하면서, 원고가 ○○첨단단지 안에서 취득한 사업용 자산의 취득가액만을 투자누계액에 포함하고, 이 사건 경작지, 그 위에 식재된 수목 및 원고가 ○○첨단단지 밖에서 취득한 기타자산(이하 ⁠‘이 사건 경작지 등 이라 한다)의 취득가액은 투자누계액에서 제외하여, 2014년 귀속 법인세 중 17,545,550원, 2015년 귀속 법인세 중 37,604,400원을 각 감액경정하는 것으로 결정하였다(이 사건 경정청구 중 위 각 금액을 초과하는 부분에 대하여는 피고가 감액경정을 거부한 것으로 볼 것인바, 이를 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 한다).

○ 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2018. 11. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2019. 4. 30. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 쌍방 주장의 요지

원고는, 이 사건 경작지 등은 원고가 이 사건 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산으로서 구 조세특례제한법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제8조의3 제1호의 ⁠‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’에 해당하여 그 각 취득가액이 구 조세특례제한법 제121조의8 제2항 제1호의 투자누계액에 포함되어야 한다고 주장하고, 피고는, 위 조항의 ⁠‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’은 ⁠‘○○첨단단지 안에서 취득한 사업용 유형자산’으로 한정되는 것이고 따라서 이 사건 경작지 등은 여기에 해당하지 않는다고 다툰다.

4. 판단

가. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결).

따라서 구 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호의 ⁠‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’의 가액은 법인세의 감면한도액을 산정하는 요소가 되므로 위 법문을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 또한 구 조세특례제한법 제121조의8 제1항이 ○○첨단단지의 활성화를 지원할 목적으로 마련되었고(2002. 4. 20. 법률 제6689호) 제121조의8 제2항이 ○○첨단단지 입주 기업이 투자금액에 비하여 과다하게 조세감면을 받는 것을 방지하기 위하여 마련되었으므로 ⁠(2010. 12. 27. 법률 제10406호), 위의 각 입법취지를 고려하면 ⁠‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’의 범위를 엄격하게 해석할 필요가 있기는 하다.

나. 그러나 위 ⁠‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’이라는 법문을 근거 없이 그 문언 자체의 의미보다 축소해석하는 것도 역시 허용되지 아니한다고 할 것인데, 다음과 같은 점들에 비추어 보면 피고가 위 법문을 ⁠‘○○첨단단지 안에서 취득한 사업용 유형자산’으로 한정하여 해석할 만한 근거가 있다고 보기 어렵다.

◎ ⁠‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’이라는 문언 자체에서 바로 장소적 요건이 도출된다고 볼 수 없다.

◎ ○○첨단단지 밖에 소재하는 사업용 유형자산도 ○○첨단단지에 소재하는 사업장에서 발생하는 소득에 기여할 수 있다. 특히 원고의 사업처럼 식품의 원료가 되는 수목 및 그 경작지가 상당량 필요한 경우에는 그와 같은 유형자산이 오히려 ○○첨단단지 내의 유형자산보다도 소득 발생에 상당한 관련이 있다고 할 것이다. 위와 같은 소득에 대하여 법인세를 부과하면서 그 소득의 발생에 기여한 사업용 유형자산이 단지 ○○첨단단지 밖에 소재한다는 이유로 반드시 그 가액을 감면액에서 제외하지 않으면 안 된다고 할 만한 조세법원리 등의 논리적 근거가 불분명하다.

◎ ○○첨단단지 입주 기업이 투자금액에 비하여 과다하게 조세감면을 받는 것을 방지한다는 입법목적(위 가.항 참조)을 위하여, 구 조세특례제한법 제121조의8 제2항 제1호의 ⁠‘투자누계액’을 조세특례제한법 시행령 제116조의14 제2항은 ⁠‘사업용 자산에 대한 투자 합계액’으로 한정하고, 구 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3은 다시 위 ⁠‘사업용 자산’을 ⁠‘해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’ 등으로 한정하여, ⁠‘투자누계액’의 범위가 과도하게 넓어지는 것을 이미 어느 정도 방지하고 있으므로, 이에다가 사업용 유형자산의 장소적 요건까지 더하여 해석하지 아니하면 위와 같은 입법목적을 전혀 달성할 수 없게 된다고 단정하기 어렵다.

◎ 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호가 2020. 3. 13. 기획재정부령 제776호로 ⁠‘해당 특구 등에 소재하거나 해당 특구 등에서 해당 사업에 주로 사용하는 사업용 유형자산’으로 개정되어 장소적 요건이 추가되었는데, 이로써 이 사건 거부처분의 기초가 된 피고의 해석이 당시에도 타당하였다거나 소급하여 타당하게 된다고 볼 수 없다. 오히려 위 개정은 개정 전 법문의 해석만으로는 장소적 요건이 도출될 수 없는 까닭에 이루어진 것으로 봄이 상당하다.

다. 그렇다면 이 사건 거부처분은 피고가 구 조세특례제한법 시행규칙 제8조의3 제1호의 문언을 근거 없이 축소해석함에 따른 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 제주지방법원 2020. 09. 22. 선고 제주지방법원 2019구합5728 판결 | 국세법령정보시스템