요지

5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되지 않아 적법한 영농조합법인이라고 볼 수 없어, 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’에 해당하지 아니함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 7. 1. 원고 김〇선에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 416,301,430원(가산세 포함) 및 같은 날 원고 김〇일에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 974,335,670원(가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들의 별지1 목록 기재 각 토지의 취득

1) 원고 김〇선은 1997. 3. 18. 별지1 목록 기재 1 내지 9번 토지(이하 ⁠‘사〇동 토지’라 한다) 중 33,954분의 13,223 지분을 매수하여 취득하였다(이하 위 각 지분을 ⁠‘사〇동 토지 중 원고 김〇선 지분’이라 한다).

2) 원고 김〇일은 1997. 3. 18. 사〇동 토지 중 33,954분의 8,570 지분을, 2007. 9.13. 사〇동 토지 중 33,954분의 1,888 지분을 각 매수하여 취득하였고(이하 위 각 지분 합계 33,954분의 10,458 지분을 ⁠‘사〇동 토지 중 원고 김〇일 지분’이라 한다), 1988. 11. 25. 별지1 목록 기재 10 내지 13번 토지(이하 ⁠‘고〇동 토지’라 하고, 사〇동 토지 중 원고들의 지분과 통틀어 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 매수하여 취득하였다.

나. 원고들의 영농조합법인 설립과 현물출자

1) 원고들은 2015. 5. 7. 조합원을 원고들, 변〇〇, 김〇원, 김〇길, 김〇호, 목〇〇로 한 영농조합법인 아〇〇(이하 ⁠‘아〇〇’이라 한다)을 설립하였다.

2) 원고들은 2015. 5. 26. 조합원을 원고들, 변〇〇, 김〇원, 김〇길로 한 영농조합법인 〇〇시티(이하 ⁠‘〇〇시티’라 하고, 아〇〇과 통틀어 ⁠‘이 사건 영농조합법인’이라 한다)를 설립하였다.

3) 원고 김〇선은 2015. 5. 30. 사〇동 토지 중 원고 김〇선 지분을 〇〇시티에 현물출자하였고, 2015. 6. 30. 이에 관한 지분이전등기를 마쳤다.

4) 원고 김〇일은 2015. 5. 30. 사〇동 토지 중 원고 김〇일 지분을 〇〇시티에 현물출자하였고, 같은 날 고〇동 토지를 아〇〇에 현물출자하였으며, 2015. 6. 30. 이에 관한 각 지분이전등기를 마쳤다.

다. 원고들의 양도소득세 신고

1) 원고 김〇선은 2015. 8. 31.경 사〇동 토지 중 원고 김〇선 지분의 현물출자에 관하여 양도가액을 7,286,959,934원, 취득가액을 668,850,066원으로 산정한 후, 구 조세특례제한법(2015. 6. 22. 법률 제13372호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제66조 제4항에서 정한 농업인이 영농조합법인에 현물출자한 경우의 감면규정을 적용하여 양도소득세 1,740,067,225원 전액을 감면한 양도소득세신고를 하였다.

2) 원고 김〇일은 2015. 9. 9.경 사〇동 토지 중 원고 김〇일 지분과 고〇동 토지의 각 현물출자에 관하여 양도가액을 11,753,020,000원, 취득가액을 346,058,361원으로 산정한 후, 구 조세특례제한법 제66조 제4항에서 정한 농업인이 영농조합법인에 현물출자한 경우의 감면규정을 적용하여 양도소득세 3,032,727,525원 전액을 감면한 양도소득세신고를 하였다.

라. 피고의 원고들에 대한 양도소득세 부과처분

피고는 이 사건 영농조합법인의 조합원 중 원고들을 제외한 나머지 조합원들은 구 농업ㆍ농촌 및 식품안전 기본법(2015. 6. 22. 법률 제13383호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 농업식품기본법’이라 한다) 제3조 제2호 가목에서 정한 농업인에 해당하지 않아서, 이 사건 영농조합법인은 구 조세특례제한법 제66조 제4항에서 규정하는 ⁠‘영농조합법인’에 해당하지 않음을 이유로 원고들의 양도소득세 감면 신청을 부인하고, 원고들이 이 사건 토지의 가액을 과대평가하였다고 보아 기준시가를 기준으로 양도소득액을 계산하여(원고 김〇선에 관하여 양도가액과 취득가액을 7,286,959,934원과 668,850,066원에서 1,389,034,675원과 216,206,215원으로, 원고 김〇일에 관하여 양도가액과 취득가액을 11,753,020,000원과 346,058,361원에서 3,188,031,297원과 382,491,760원으로 감액하였다), 2017. 7. 1. ① 원고 김〇선에 대하여 양도소득세 416,301,430원(가산세 포함)을, ② 원고 김〇일에 대하여 양도소득세 974,335,670원(가산세 포함)을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

마. 원고들의 조세심판청구

원고들은 2017. 9. 29. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 10. 29. 원고들의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’은 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2015. 6. 22. 법률 제13383호로 개정되기 전의 것, 이하 구 ⁠‘농어업경영체법’이라 한다)에 따른 영농조합법인에 해당되는지 여부에 따라 판단되어야 한다.

이 사건 영조합법인은 구 농어업경영체법에 따라 적법하게 설립되어 등기를 마쳤고, 현재까지 해산된 사실이 없으므로, 구 농어업경영체법에 따른 영농조합법인이다. 그럼에도 피고는 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’을 5인 이상의 조합원이 농업인 자격을 갖춘 영농조합법인만을 의미하는 것으로 자의적인 축소해석을 하여 원고들의 감면신청을 부인하였다. 이러한 피고의 해석은 피고가 원고들의 이 사건 영농조합법인에 대한 현물출자를 유효한 것으로 보고 양도소득세를 부과한 것과도 모순된다. 따라서 이 사건 영농조합법인이 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 영농조합법인에 해당하지 않음을 이유로 한 이 사건 각 처분은 취소되어야 한다.

2) 이 사건 영농조합법인의 조합원 중 변〇〇, 김〇길, 김〇원은 아래와 같이 농업인이므로, 이 사건 영농조합법인은 원고들을 포함하여 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립된 적법한 영농조합법인이다. 따라서 이 사건 영농조합법인이 5인 이상의 농업인에 의하여 설립되지 않았음을 이유로 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 영농조합법인에 해당하지 않는다고 본 이 사건 각 처분은 취소되어야 한다.

가) 변〇〇은 농업인인 원고 김〇선의 배우자로 원고 김〇선과 함께 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 구 농업식품기본법령상 농업인이고, 농업인 확인서를 발급받은 사실에서도 이를 확인할 수 있다.

나) 김〇원은 원고 김〇선과 변〇〇의 아들로서 서울시 〇〇구 고〇동 431 전 2,648㎡ 중 10분의 7 지분을 소유하고, 1,000㎡ 이상인 위 농지에서 블루베리, 건고추 등의 농작물을 재배하는 구 농업식품기본법령상 농업인이고, 농업경영체 등록확인서의 기재에 의하여 이를 확인할 수 있다.

다) 김〇길은 이 사건 영농조합법인 설립 당시 강원 〇〇군 〇〇면 〇〇리 691-4 답 1,007㎡ 등 5필지 합계 2,899㎡의 농지를 소유하고, 위 농지에서 고추, 감자 등의 농작물을 재배하는 구 농업식품기본법령상 농업인이고, 농업경영체 등록확인서의 기재에 의하여 이를 확인할 수 있다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’의 의미

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2004두2684 판결 등 참조).

나) 구 조세특례제한법 제66조 제4항은 ⁠“농업인이 2015. 12. 31. 이전에 농지를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세는 감면한다.”고 정하고 있고, 위 조항의 ⁠‘영농조합법인’은 같은 조 제1항에서 ⁠‘구 농어업경영체법에 따른 영농조합법인‘으로 정하고 있다. 구 농어업경영체법 제16조 제1항은 ⁠“협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업생산자단체는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.”고 정하고 있고, 같은 법 제17조 제1항은 ⁠“영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다.”고 정하고 있으며, 위 농업인은 같은 법 제2조 제1호에서 ⁠“구 농업식품기본법 제3조 제2호 가목에 따른 농업인을 말한다.”고 정하고 있다. 구 농업식품기본법 제3조 제2호 가목은 ’농업인‘을 ⁠“농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자”로 정하고 있고, 구 농업ㆍ농촌 및 식품안전 기본법 시행령(2015. 11. 30. 대통령령 제26681호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 농업식품기본법 시행령‘이라 한다) 제3조 제1항은 ⁠“① 1,000㎡ 이상의 농지를 경영하거나 경작하는 사람, ② 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만 원 이상인 사람, ③ 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람 및 ④ 영농조합법인이나 농업회사법인에 1년 이상 계속하여 고용된 사람 중 어느 하나에 해당하는 사람”을 농업인으로 정하고 있다.

다) 위 규정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ’영농조합법인‘은 구 농어업경영체법 제16조 제1항, 제17조 제1항에 따라 5인 이상의 농업인 또는 농업생산자단체가 조합원이 되어 설립된 영농조합법인을 말하고, 여기서 농업인은 구 농어업경영체법 제2조 제1호, 구 농업식품기본법 제3조 제2호 가목, 구 농업식품기본법 시행령 제3조 제1항의 요건을 갖춘 농업인이어야 한다고 봄이 타당하다.

라) 이에 관하여 원고들은 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’을 5인 이상의 조합원이 농업인 자격을 갖춘 영농조합법인만을 의미하는 것으로 해석하는 것은 조세법률을 자의적으로 축소해석하는 것이므로, 설립등기를 마치고 해산되지 않은 영농조합법인이라면 그 조합원이 농업인인지 여부와 관계없이 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’에 해당하는 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’에 해당하는지는 구 조세특례제한법 제66조 제4항이 정한 조세감면규정의 요건에 해당하는지의 문제이므로, 이를 관계 법령에 따라 구 농어업경영체법에 따라 적법하게 설립된 영농조합법인으로 해석하는 것이 조세법률을 자의적으로 축소해석하는 것이라고 볼 수 없다. 오히려 원고들의 주장과 같이 조합원이 농업인인지 여부를 불문하고 설립등기가 마쳐진 영농조합법인이기만 하면 일률적으로 이를 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’에 해당한다고 판단하는 것은 ⁠‘영농조합법인’을 구 농어업경영체법 제16조 제1항에 반하여 해석하는 결과가 될 것이다.

마) 또한 원고들은 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’을 5인 이상의 조합원이 농업인 자격을 갖춘 영농조합법인만을 의미하는 것으로 해석할 경우 그에 해당하지 않는 영농조합법인에 대한 현물출자에 대하여는 양도소득세를 부과할 수 없다는 취지로 주장하나, 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’에 대한 해석은 위 규정에 따른 양도소득세감면 요건에 해당하는지 여부에 관한 것일 뿐, 그에 해당하지 않는 영농조합법인의 법인격을 부인하거나 그에 대한 현물출자가 소득세법에 따른 과세요건에 해당하는지 여부에 관한 것이 아니므로, 원고의 이러한 주장도 받아들일 수 없다.

바) 따라서 아래에서는 이 사건 영농조합법인이 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’에 해당하는지 여부, 즉 구 농어업경영체법에 따라 적법하게 설립된 영농조합법인지 여부를 이 사건 영농조합법인의 조합원들이 5인 이상의 구 농어업경영체법 제2조 제1호, 구 농업식품기본법 제3조 제2호 가목, 구 농업식품기본법 시행령 제3조 제1항의 요건을 갖춘 농업인으로 구성되었는지에 관하여 살펴본다.

2) 이 사건 영농조합법인이 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’인지 여부

가) 인정사실

(1) 이 사건 영농조합법인의 조합원 이 사건 영농조합법인을 설립한 발기인 겸 조합원은 아래 표와 같다.

[표 생략]

(2) 변〇〇에 관한 인정사실

(가) 변〇〇은 원고 김〇선의 처이다.

(나) 변〇〇에 관한 2015. 3. 10.자 농업경영체 등록확인서에는 원고 김〇선을 경영주로, 변〇〇을 경영주외 농업인으로 하여 〇〇시 사〇동 소재 농지 20,534㎡ 중 12,612㎡와 서울 〇〇구 고〇동 소재 농지 6,020㎡ 중 3,733㎡, 합계 16,345㎡의 농지에서 청양, 고구마, 콩, 감자, 철쭉, 과실류, 관상수 등을 자경하는 것으로 기재되어 있고, 변〇〇의 주소는 ⁠‘서울 〇〇구 〇〇로1가길 49, 102동 202호(〇〇동, 〇〇〇빌리지)’로 되어있다.

(다) 변〇〇은 아〇〇에 현물출자한 서울 〇〇구 고〇동 430 토지에 관한 양도소득세 신고시 구 조세특례제한법 제66조 제7항에 따라 이월과세를 신청하였으나, 피고는 구 조세특례제한법 제66조 제7항 이월과세 요건에 해당하지 않는다는 이유로 변〇〇의 신청을 부인하고 과세결정을 하였다.

(라) 변〇〇은 〇〇시 사〇동 소재 음식점의 임대료로 월 700만 원 정도의 수입을 얻고 있다.

(3) 김〇원에 관한 인정사실

(가) 김〇원은 원고 김〇선과 변〇〇의 아들이다.

(나) 김〇원에 관한 2015. 3. 10.자 농업경영체 등록확인서에는 김〇원을 경영주로 하여 서울 〇〇구 고〇동 소재 농지 2,648㎡의 농지에서 블루베리, 건고추, 샘취나물, 오가피, 감자, 주목을 자경하는 것으로 기재되어 있고, 김〇원의 주소가 ⁠‘서울 〇〇구 〇〇로 272, 113동 1701호(〇〇동4가, 〇〇아파트)’로 되어있다.

(다) 김〇원은 아〇〇에 현물출자한 서울 〇〇구 고〇동 424-1 등 토지에 관한 양도소득세신고시 구 조세특례제한법 제66조 제4항에 따른 감면신청을 하지 않았다.

(라) 김〇원은 2006년부터 2019년까지 아래 표와 같은 근로소득을 얻었다.

(3) 김〇길에 관한 인정사실

(가) 김〇길은 원고들의 사촌동생이다.

(나) 김〇길에 관한 2015. 3. 9.자 농업경영체 등록확인서에는 김〇길을 경영주로 하여 강원 〇〇군 〇〇면 〇〇리 소재 농지 2,799㎡의 농지에서 홍고추, 감자, 묘목 등을 자경하는 것으로 기재되어 있고, 김〇길의 주소가 ⁠‘강원 〇〇군 〇〇면 〇〇길 5-36’으로 되어있다.

(다) 김〇길은 이 사건 영농조합법인에 원예용 용토나 원예용 용기를 현물출자한 것으로 되어있다.

(라) 김〇길은 2013년부터 2015년까지 김〇호가 대표자인 〇〇시 소재 재활용플라스틱 도소매업체인 〇〇폴리머에서 매년 1,440만 원의 근로소득을 얻었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 4, 7 내지 9호증, 을 제1, 2, 4, 12 내지 14호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

나) 판단

(1) 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 감면요건, 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있으므로(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조), 이 사건 영농조합법인이 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’이라는 점, 즉 이 사건 영농조합법인이 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되었다는 점은 원고들이 증명하여야 한다.

(2) 이 사건 영농조합법인의 조합원 중 원고들이 농업인인 사실, 아〇〇의 조합원 중 김〇호, 목〇〇가 농업인이 아닌 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없다. 따라서 이 사건 영농조합법인이 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되었음이 인정되려면, 이 사건 영농조합법인의 나머지 조합원들인 변〇〇, 김〇원, 김〇길이 모두 구 농어업경영체법 제2조 제1호, 구 농업식품기본법 제3조 제2호 가목, 구 농업식품기본법시행령 제3조 제1항의 요건을 갖춘 농업인이어야 한다. 그러나 앞서 인정한 사실들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 제출한 증거들만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 영농조합법인은 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되지 않아 적법한 영농조합법인이라고 볼 수 없으므로, 이 사건 영농조합법인은 구 조세특례제한법 제66조 제4항의 ⁠‘영농조합법인’에 해당하지 아니한다.

① 원고들은 변〇〇, 김〇원, 김〇길이 농업인인 사실이 각 농업경영체 등록확인서에 의하여 증명된다고 주장한다. 그러나 농업경영체 등록확인서는 구 농어업경영체법 제4조, 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 3. 24. 농림축산식품부령 제203호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 농어업경영체법 시행규칙’이라 한다) 제3조에 따라 농업경영체가 등록신청을 하면 국립농산물품질관리원장이 농업경영체가 신청한 등록신청서에 따라 농업경영정보 등록부를 작성하고, 신청인에게 발급하여 주는 것으로 국립농산물품질관리원장에게 신청한 농업경영정보의 진위 여부를 확인할 의무를 부과하고 있지 않으므로(2020. 8. 25. 농림축산식품부령 제444호로 개정된 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙 제3조 제4항은 위와 달리 국립농산물품질관리원장이 등록신청서를 받으면 등록신청 정보의 사실 여부를 확인하여 사실과 부합하면 농업경영정보 등록부를 작성하도록 변경되었다.), 농업경영체 등록확인서에 기재된 농업경영정보가 실질에 부합한다고 단정하기 어렵다.

② 농업경영체 등록확인서에는 김〇원이 서울 〇〇구 소재 아파트에 거주하면서 서울 〇〇구 소재 농지 2,648㎡를 자경하고 있다고 기재되어 있으나, 김〇원은 금융업에 종사하는 고액급여소득자로, 2006년부터 2019년까지 연평균 2억 원이 넘는 근로소득을 얻었고, 2006년부터 2015년까지로 보더라도 연평균 1억 원이 넘는 근로소득을 얻었으므로, 금융회사의 근로에 종사하는 것과 별도로 면적이 2,648㎡에 달하는 농지를 자경하였다고 보기 어렵다. 원고들은 김〇원이 농업경영주로서 위 농지를 임대하여 경작하였다고 주장하나, 김〇원이 위 농지를 타인에게 임대하였음을 증명할 아무런 자료를 제출하지 않고 있다. 또한 김〇원이 위 농지를 경작하면서 필요한 종묘, 비료, 농기구 등을 구매하였다거나 농작물을 판매하였음을 인정할 자료도 없다. 따라서 김〇원을 구 농어업경영체법 및 구 농업식품기본법령상의 요건을 갖춘 농업인으로 보기 어렵다.

③ 농업경영체 등록확인서에는 김〇길이 강원 〇〇군에 거주하면서 강원 〇〇군 소재 농지 2,799㎡를 자경하고 있다고 기재되어 있으나, 김〇길은 2013년부터 2015년까지 김〇호가 대표자인 〇〇시 소재 재활용플라스틱 도소매업체인 〇〇폴리머에서 매년 1,440만 원의 근로소득을 얻었으므로, 〇〇시에서 근로에 종사함과 동시에 강원 〇〇군에 소재하는 면적이 2,648㎡에 달하는 농지를 자경하였다고 보기 어렵다.

김〇길이 위 농지를 타인에게 임대하였다거나 위 농지를 경작하면서 필요한 종묘, 비료, 농기구 등을 구매하거나 농작물을 판매하였음을 인정할 자료도 없다. 따라서 김〇길을 구 농어업경영체법 및 구 농업식품기본법령상의의 요건을 갖춘 농업인으로 보기 어렵다.

3) 소결

앞서 본 바와 같이 김〇원, 김〇길을 구 농어업경영체법 및 구 농업식품기본법령상의 요건을 갖춘 농업인으로 보기 어려운 이상, 원고들의 주장대로 변〇〇이 농업인이라고 하더라도, 이 사건 영농조합법인은 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되지 않아 적법한 영농조합법인이라고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 영농조합법인이 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립된 영농조합법인이 아니라고 보아 원고들의 구 조세특례제한법 제66조 제4항에 따른 양도소득세 감면신청을 부인한 이 사건 각 처분이 위법하다고 보기 어렵다(이와 같은 이유로 원고들의 주장을 받아들이지 아니하므로 이 사건 영농조합법인에 대한 현물출자에 하자가 있어 이 사건 영농조합법인이 적법하게 설립되지 못하였다거나 이 사건 영농조합법인이 양도소득세를 감면받기 위한 목적으로 형식적으로 설립되어 부적법하다는 피고의 주장은 나아가 살피지 아니한다).

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이판결한다.

별지1 

토지 목록 생략

별지2

관계 법령

■ 구 조세특례제한법(2015. 6. 22. 법률 제13372호로 개정되기 전의 것)

제66조(영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등)

① 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2015년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다.

④ 대통령령으로 정하는 농업인이 2015년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지법에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

⑦ 대통령령으로 정하는 농업인이 2015년 12월 31일 이전에 영농조합법인에 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제1호 가목에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지는 제외한다)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다.

⑧ 제1항·제2항·제4항 및 제7항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다.

■ 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2015. 6. 22. 법률 제13383호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 1. "농업인"이란 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제2호 가목에 따른 농업인을 말한다.

 2. "농업법인"이란 제16조에 따른 영농조합법인과 제19조에 따른 농업회사법인을 말한다.

 3. "농업경영체"란 농업인과 농업법인을 말한다.

제4조(농어업경영정보의 등록)

① 농어업·농어촌에 관련된 융자·보조금 등을 지원받으려는 농어업경영체는 다음 각 호의 사항으로서 대통령령으로 정하는 것(이하 "농어업경영정보"라 한다)을 등록하여야 한다. 등록한사항 중 대통령령으로 정하는 중요한 사항이 변경된 경우에도 또한 같다.

 1. 농업경영체: 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제40조에 따른 농지·축사·원예시설 등 생산수단, 생산농산물, 생산방법 및 가축사육 마릿수 등 농업경영 관련 정보

② 제1항에 따른 농어업경영정보의 등록 및 변경 절차와 농어업경영정보 등록부의 작성·관리등에 필요한 사항은 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정한다.

제5조(등록정보의 확인 등)

① 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 제4조의 등록을 원활히 하고, 등록정보(변경등록 정보를 포함한다. 이하 같다)를 확인하기 위하여 필요하면 관계 중앙행정기관의 장, 지방자치단체의 장 또는 공공기관의 운영에 관한 법률에 따른 공공기관의 장에게 관련된 자료의 제출을 요청할 수 있다. 이 경우 자료제출을 요청받은 관계 중앙행정기관의 장 등은 특별한 사정이 없으면 이에 따라야 한다.

② 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 등록정보의 사실 여부를 확인하기 위하여 필요한 경우에는 관계 공무원에게 현지조사를 하게 할 수 있다.

③ 제2항에 따른 현지조사를 하기 위하여 다른 사람의 토지·농장·양식장 등을 출입하는 관계공무원은 그 권한을 나타내는 증표를 지니고 이를 관계인에게 내보여야 한다.

제6조(등록정보의 수정등 요청)

① 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관은 제5조에 따라 등록정보를 확인한 결과, 등록정보의 수정 또는 보완(이하 "수정등"이라 한다)이 필요하면 농어업경영체에 등록정보의 수정 등을 요청하여야 한다.

② 제1항에 따른 수정등의 요청을 받은 농어업경영체는 요청 내용을 반영하여 농어업경영정보를 변경등록하여야 한다. 다만, 등록정보가 사실과 같음을 증명한 경우에는 그러하지 아니하다.

제16조(영농조합법인 및 영어조합법인의 설립)

① 협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농어업·농어촌 및 식품산업 기본법 제3조 제4호에 따른 농업 관련 생산자단체(이하 "농업생산자단체"라 한다)는 5인 이상을 조합원으로하여 영농조합법인을 설립할 수 있다.

제17조(영농조합법인 및 영어조합법인의 조합원 등)

① 영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다.

제20조의2(실태조사)

① 주된 사무소 관할 시장·군수·구청장은 농업법인 또는 어업법인의 적법한 운영과 효율적 관리를 위하여 3년마다 농림축산식품부장관 또는 해양수산부장관이 정하는 바에 따라 다음 각 호의 사항에 대하여 농업법인 또는 어업법인의 운영실태 등에 대한 조사를 실시하여야 한다.

 1. 조합원(준조합원을 포함한다)의 인적 사항, 주소 및 출자 현황

⑤ 시장·군수·구청장은 제1항에 따른 실태조사를 실시한 후 다음 각 호의 사항에 대하여 대통령령으로 정하는 기간 내에 시정하도록 명할 수 있다.

 1. 조합원 5명 미만인 영농조합법인 또는 영어조합법인

제20조의3(해산명령)

① 농업법인 또는 어업법인의 해산명령에 관하여는 상법 제176조에 따른 회사의 해산명령에 관한 규정을 준용한다. 이 경우 "회사"는 "농업법인 또는 어업법인"으로 본다.

② 시장·군수·구청장은 다음 각 호에 해당하는 농업법인 및 어업법인에 대하여 법원에 해산을청구할 수 있다.

 1. 조합원이 5명 미만이 된 후 1년 이내에 5명 이상이 되지 아니한 영농조합법인 또는 영어조합법인

■ 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙(2016. 3. 24. 농림축산식품부령 제203호로 개정되기 전의 것)

제3조(농업경영정보의 등록)

① 농업경영체는 법 제4조제1항 각 호 외의 부분 전단에 따라 농업경영 관련 정보(이하 "농업경영정보"라 한다)를 등록하려면 별지 제1호서식 또는 별지 제2호서식의 등록신청서를 다음 각 호의 구분에 따른 자에게 제출하여야 한다.

 1. 보조금등의 신청을 하지 아니하는 경우: 국립농산물품질관리원장

④ 국립농산물품질관리원장은 제1항 또는 제2항에 따라 등록신청서를 받으면 농업경영정보 등록부를 작성하고, 별지 제2호의2서식의 농업경영체 등록 확인서를 신청인에게 발급해주어야 한다.

⑤ 국립농산물품질관리원장은 농업경영정보를 등록한 농업경영체가 신청하면 별지 제2호의3서식의 농업경영체 증명서를 발급해주어야 한다

■ 구 농업ㆍ농촌 및 식품안전 기본법(2015. 6. 22. 법률 제13383호로 개정되기 전의 것)

제3조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

 2. "농어업인"이란 다음 각 목의 자를 말한다.

  가. 농업인: 농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자

■ 구 농업ㆍ농촌 및 식품안전 기본법 시행령(2015. 11. 30. 대통령령 제26681호로 개정되기 전의 것)

제3조(농어업인의 기준)

① 법 제3조 제2호 가목에서 "대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다.

 1. 1천제곱미터 이상의 농지(농어촌정비법 제98조에 따라 비농업인이 분양받거나 임대받은 농어촌 주택 등에 부속된 농지는 제외한다)를 경영하거나 경작하는 사람

 2. 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만원 이상인 사람

 3. 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람

 4. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제16조 제1항에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

 5. 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 제19조 제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람

③ 제1항에 따른 농업인의 확인 방법 등에 관하여 필요한 사항은 농림축산식품부장관이, 제2항에 따른 어업인의 확인 방법 등에 관하여 필요한 사항은 해양수산부장관이 정하여 고시한다.

■ 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행규칙

제3조(농업경영정보의 등록)

④ 국립농산물품질관리원장 또는 산림청장(농업경영정보 중 임야와 관련된 정보의 경우만 해당한다. 이하 같다)은 제1항 또는 제2항에 따라 등록신청서를 받으면 등록신청 정보의 사실 여부를 확인하여 사실과 부합하면 농업경영정보 등록부를 작성해야 한다. 끝.

출처 : 의정부지방법원 2020. 11. 19. 선고 의정부지방법원 2020구합10543 판결 | 국세법령정보시스템