요지

검체 진단검사업은 의료인이 행하여야 할 의료행위에 해당하고 그 수탁업무 역시 의료행위에 해당하므로 이에 검체진단검사 수탁업을 주된 사업으로 영위하는 원고는 의료기관으로서 조세특례제한법 소정의 중견기업에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주문

1. 피고가 2018. 10. 26. 원고에게 한 2015 사업연도 법인세 경정거부처분을36,283,626원의 한도 내에서 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지

피고가 2018. 10. 26. 원고에게 한 2014 사업연도 법인세 14,047,200원, 2015 사업연도 법인세 114,126,500원, 합계 128,173,700원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1990. 10. 19. 설립되어 진단검사, 조직병리검사 등의 사업을 영위하는비영리 재단법인으로, 본점은 서울 ○○구 ○○길 ○○, 지점은 서울 ○○구 ○○로 ○○에 각 위치하여 모두 수도권과밀억제권역 내에 있었으나, 2015. 2.경 본점을 용인시 ○○구 ○○로 13으로 이전하였다.

나. 원고는 2013 사업연도부터 2016 사업연도까지 사이에 위 본점 이전에 따른 신규 의료기기(이하 ⁠‘이 사건 의료기기’라 한다) 취득 및 부대설비 공사 등으로 합계 11,991,473,809원을 지출(이하 ⁠‘이 사건 지출’이라 하고, 그 내역은 아래 표 기재와 같다)한 후, 피고에게 위 각 사업연도의 법인세를 신고․납부하면서 이 사건 지출에 대하여 구 조세특례제한법(2013, 2014 사업연도의 각 법인세는 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 2015, 2016 사업연도의 각 법인세는 2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제24조 제1항에 따른 투자세액 공제를 적용하지 아니하였다.

다. 원고는 2018. 7. 12. 피고에게 이 사건 지출은 구 조세특례제한법 제24조 제1항에 따른 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제 대상에 해당하고, 특히 2015, 2016사업연도의 경우 원고가 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 중견기업에 해당하여 투자금액의 100분의 5를 법인세에서 공제해야 한다는 이유로, 아래 표 기재와 같이 2013 내지 2016 사업연도 법인세 총 495,274,280원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2018. 10. 26. 이 사건 지출 중 6,130,352,143원은 수도권과밀억제권역 내에 소재한 사업장에서 사용하기 위하여 지출한 비용이거나 본점 이전 시 발생한 건물공사비 등이므로 세액공제 대상에 해당하지 아니하고, 나머지 5,861,121,666원은 이 사건 의료기기의 취득 비용으로 ⁠‘자동계측․검사 및 계량설비 중 생화학적 분석 및 검사를 하는 기기와 생체현상을 측정하거나 기록하는 설비’로서 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제2호, 같은 법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제3항, 같은 법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제726호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조 제2항, ⁠[별표2] 3. 자.목에 해당하여 세액공제 대상이나, 원고가 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위하지 않으므로 구 조세특례제한법 제24조 제1항, 같은 법 시행령 제21조 제1항의 중견기업에 해당하지 않아 2015, 2016 사업연도의 경우에도 100분의 3을 공제해야 한다는 이유로, 아래 표 기재와 같이 총 175,833,650원을 환급하고, 원고의 나머지 경정청구부분을 거부하였다.

마. 원고는 위 처분에 불복하여 이 사건 지출 중 건설가계정으로 계상된 비용 일부(이하 ⁠‘이 사건 비용’이라 한다)가 세액공제 대상이고, 이 중 2015 사업연도의 경우에는 100분의 5를 공제해야 한다며 아래 표 기재와 같이 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2019. 7. 29. 위 심판청구를 기각하였다(이하 원고의 당초 경정청구액에서 경정․환급되지 않은 부분 중 원고가 조세심판원에 청구한 부분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 세액공제되는 투자금액에는 생산성향상시설의 구입비용 외에도 위 시설이 작동하기 위해 필수불가결한 비용도 포함되는 것으로 해석해야 하고, 이 사건 비용은 이 사건 의료기기를 사용하기 위한 필수적인 부대설비 공사비용이므로 투자세액 공제대상에 포함되어야 한다.

(2) 의료기관 위탁에 따른 검체검사업무는 의료업에 해당하고, 이에 따라 원고는 의료법에 따른 의료기관 운영을 주된 사업으로 영위하는 중견기업이므로, 구 조세특례제한법 제24조 제1항에 따라 2015 사업연도 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제시 100분의 5의 공제율이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다

다. 인정사실

갑 제2, 3호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

① 원고는 2008. 10. 30. 서울 ○○구 ○○로 ○○에 원고의 지점인 ⁠‘AA의원(이하 ’AA의원‘이라 한다)’의 의료기관 개설신고를 하였고, 2015. 3. 5. 본점이 위치하고 있는 용인시 ○○구 ○○로 ○○에 ⁠‘재단법인 AA부설 용인의원’의 명칭으로 의료기관 개설신고를 하였다가, 2017. 6. 1. 위 명칭을 DD의원으로, 2017. 6. 14. AA DD의원으로 각 변경하였다.

② 원고의 2015 사업연도 수입금액은, 검체검사 수탁업무에 따른 수입 96,333,179,133원, 연구용역수입 416,622,320원, AA의원에서 일반인들을 대상으로 건강검진 등을 하고 얻은 수입 13,476,322,617원 합계 110,226,124,070원이다.

③ 이 사건 비용의 내역은 아래 표 기재와 같고, 세부 내역에 의하면 신사옥이전으로 인한 전기공사비, 신사옥 이전으로 인한 바닥보수 공사비, 신사옥 온수 및 수도설비공사비 등의 명목으로 지출되었다.

라. 판단

(1) 이 사건 비용이 투자세액 공제대상인지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 앞서 든 각 증거들에 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어보면, 이 사건 비용은 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 투자세액 공제대상에 해당하지 않으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 구 조세특례제한법 제24조 제1항 제2호는 ⁠‘내국인이 생산성 향상을 위하여 첨단기술설비 중 대통령령으로 정하는 설비에 투자하는 경우에 그 투자금액의 일부에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다’고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제21조 제3항, 같은 법 시행규칙 제12조 제2항, ⁠[별표 2], 3. 자.목은 위 ⁠‘대통령령으로 정하는 설비’를 생화학적 분석 및 검사를 하는 기기와 생체현상을 측정하거나 기록하는 설비로서 당해 사업에 직접 사용되는 것‘으로 규정할 뿐, 부속기기나 부속설비 등을 인정하는 ⁠[별표 2]의 다른 항목과 달리, 이에 부수되는 설비와 관련된 어떠한 규정도 찾을 수 없다.2) ② 이 사건 비용은 전기승압공사, 폐수저장실, 클린룸, 서버실, 소방시설 설치공사, 방수공사 등에 사용되었는데, 위 각 공사가 원고의 사업에 직접 사용되었다고 하더라도, 위 관계 법령에서 정하는 ’생화학적 분석 및 검사를 하는 기기와 생체현상을 측정하거나 기록하는 설비‘에 해당하지 않는다. ③ 설령 원고의 주장과 같이 구 조세특례제한법 제24조 제1항의 세액공제되는 투자금액에는 위 시설이 작동하기 위한 필수불가결한 비용도 포함되는 것으로 해석하더라도, 위 각 공사에 사용된 이 사건 비용을 이 사건 의료기기 사용을 위한 직접적인 부대비용으로 보기 어렵고, 오히려 이 사건 비용이 본점 건물 전체를 위한 SGP 판넬시공, 서버실, 소방시설, TPS(통신실), EPS(전기실) 공사 등에 사용된 점, 이 사건 비용의 약 83%가 원고가 본점을 이전한 2015년도에 발생한 점, 원고도 이 사건 비용을 이 사건 의료기기 관련 계정이 아닌 건설가계정으로 분류하여 회계처리 한 점, 이 사건 비용의 세부내역이 ’신사옥이전으로 인한 전기공사비‘, ’신사옥 이전으로 인한 바닥보수 공사비‘, ’신사옥 온수 및 수도설비공사비‘등의 명목으로 지출된 점 등을 종합하면, 이 사건 비용은 본점 이전에 따라 원고 사업에 전반적으로 필요한 설비 설치에 사용된 것으로 보인다.

(2) 원고가 의료법에 따른 의료기관 운영을 주된 사업으로 영위하는지 여부

구 조세특례제한법 제24조 제1항, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제10조 제1항 제2호, 제21조 제1항에 따라 생산성향상시설 투자 등에 대하여 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 법인세에서 공제받는 중견기업에 해당하기 위해서는 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위하여야 한다. 갑 제6, 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면 원고는 이에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 의료법 제3조 제1항은 ’이 법에서 ”의료기관“이란 의료인이 공중 또는 특정 다수인을 위하여 의료·조산의 업을 하는 곳을 말한다‘고 규정하고 있고, 의료법상 의료행위라 함은 의학적 전문지식을 기초로 하는 경험과 기능으로 진료, 검안, 처방, 투약 또는 외과적 시술을 시행하여 하는 질병의 예방 또는 치료행위 및 그 밖에 의료인이 행하지 아니하면 보건위생상 위해가 생길 우려가 있는 행위를 의미한다(대법원 2004. 10. 28. 선고 2004도3405 판결 참조). ② 의학 분과 중 하나인 진단검사의학과는 인체에서 혈액, 소변, 미생물 등 각종 검체를 채취하고 이를 분석하여 질병의 진단이나 치료효과 판정 등을 수행하며, 그 주요 분야에는 진단혈액, 임상화학, 진단면역, 임상미생물, 수혈의학, 진단유전학 등이 있다. 위 진단검사의학과에서 이루어지는 검체검사란 채취된 검체를 검사하여 의학적 전문지식을 기초로 그 결과를 판독하고 환자를 진단하거나 질병의 원인을 발견할 뿐만 아니라 의사의 진료나 치료 행위에 도움을 주는 것임을 고려하면, 의료행위인 검체 채취행위(대법원 2007. 7. 26. 선고 2005도5579 판결 등 참조)와 마찬가지로 검체검사는 의료법상 의사가 행하여야 할 의료행위에 해당한다고 할 것이다. ③ 건강보험 행위 급여․비급여 목록표 및 급여 상대가치점수 중 검체검사 위탁에 관한 기준(이하 ’검체검사 위탁에 관한 기준‘이라 한다) 제3조에 의하면, 검체검사를 위탁 받은 수탁기관은 의료기관인 요양기관 등에 해당하여야 하고(제1항), 각 검사업무에 필요한 적정 수의 전문의 또는 의사와 임상병리사가 상근하여야 하며(제2항), 의료법 제36조 및 같은 법 시행규칙 제28조의 2에 따른 해당 검사를 실시할 수 있는 시설 및 장비를 보유하여야 한다. 이와 같은 점을 고려하면, 의료행위인 검체검사의 수탁업무 역시 의료법상 의사가 행하여야 할 의료행위에 해당한다 할 것이고, 단지 공중 또는 다수인에 대한 검체검사를 함에 있어서 다른 의료기관으로부터 위탁받는 사정만으로 의료행위에 해당하지 않는다고 보기는 어렵다. ④ 원고의 본점에 위치한 재단법인 AA DD의원은 원고가 의료기관 개설신고를 마친 의료기관으로서, 검체검사 위탁에 관한 기준 제3조 제1항 제1호의 의료기관인 요양기관에 해당하고(갑 제7호증), 2015 과세연도 검체검사 수탁업무에 따른 매출은 전체 매출 중 87%(=96,333,179,133원/110,226,124,070원)를 차지한다.

(3) 소결론

따라서 원고가 의료법에 따른 의료기관을 운영하는 사업을 주된 사업으로 영위한중견기업에 해당하여 2015 사업연도 생산성향상시설 투자 등에 대한 세액공제로 투자금액의 100분의 5의 공제율이 적용되어야 하는바, 피고가 세액공제 대상으로 인정한 1,814,181,333원 중 이 사건 처분 당시 이미 인정한 공제율 100분의 3을 제외한 나머지 공제율 100분의 2가 적용된 36,283,626원(= 1,814,181,333원 × 0.02, 원 미만 버림)은 2015 사업연도 법인세 중 환급되어야 하므로, 이 사건 처분은 위 인정범위 내에서 위법하다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2020. 09. 10. 선고 수원지방법원 2019구합72657 판결 | 국세법령정보시스템