요지

사업의 목적과 수행방식에 비추어 볼 때 하나의 사업인 경우, 하나의 사업 안에서 사업의 수행에 직접적으로 소요되는 경비 부분과 사업수행자의 이익 부분을 구분하여 비수익사업과 수익사업으로 나누어 볼 근거가 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 3. 27. 원고에게 한 2013년 귀속 법인세 377,938,340원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 수산자원관리법 제55조의2에 따라 수산자원을 보호·육성하고 어장관리 및 기술을 연구·개발·보급하는 등 수산자원 사업을 원활히 수행함으로써 어업생산성을 증대하고 어촌의 경제·사회적 발전에 기여함을 목적으로 설립된 비영리법인이다.

나. 원고는 2013년경 CC시장과 연안바다목장조성사업협약을, 충청남도지사와 어초 어장관리사업 위탁협약을, DD시장과 DD시 수출전략 해삼양식단지 조성사업협약을, EE시장과 EE시 인공어초 적지조사 위·수탁협약을 각 체결하는 등 지자치단체와 위탁협약을 체결하고 인공어초·바다목장의 조성 등 수산자원조성사업(이하 이 사건 사업이라 한다)을 수행하여 왔다.

다. □□지방국세청장은 2018. 12. 13.부터 2019. 3. 29.까지 원고에 대한 2013 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 원고가 지방자치단체로부터 위탁받은 이 사건 사업과 관련하여 사업비를 직접사업비와 간접비(위탁수수료)로 나누어 지급받고 있는 사실을 확인하고, 위 각 사업비를 법인세법상의 수익사업에 해당하는 것으로 보아, 간접비인 위탁수수료는 부가가치세 부과대상으로 보아 그 공급가액 1,186,161,026원에 대하여 부가가치세 118,616,102원을 부과하면서 원고의 신고수입금액 중 위 부가가치세 상당액을 손금산입 및 기타사외유출로 소득처분하고, 직접사업비 21,025,296,849원 중 계산서 미발급액 20,083,078,449원에 대하여 계산서미발급 가산세를 부과하도록 통 보하였다.

라. 이에 피고는 2019. 3. 27. 원고에게 2013 사업연도 법인세 377,938,340원을 경정·고지하였다(이하 이 사건 처분이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증 및 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 사업과 관련하여 지방자치단체로부터 받은 사업비 중 92%에 해당하는 직 접사업비는 이 사건 사업을 수행함에 있어 지방자치단체를 위하여 대신 지출하는비용이므로 원고가 제공하는 용역과 대가관계에 있지 않고, 이 사건 사업은 그 자체로 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위하는 것이 아니므로 수익사업에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 사업과 관련하여 제공한 용역 중 직접사업비 부분에 대하여 계산서를 발급할 의무가 없으므로, 원고에게 계산서 발급의무가 있음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 수산자원관리법 제55조의2 제3항에 의하면 원고는 인공어초·바다숲·바다목장의 조성과 수산종자의 방류 등 수산자원조성사업, 수산자원조성사업과 관련되는 기술개발, 대상해역 적지조사, 생태환경조사, 사후관리 및 효과분석 등 기초연구사업, 수산자원의 관리를 위한 총허용어획량 조사사업 및 기후 온난화 관련 현장지원사업, 수산자원관리를 촉진하기 위하여 국가 또는 지방자치단체가 위탁하거나 대행하게 하는 사업, 그 밖에 수산자원관리를 위하여 대통령령으로 정하는 사업을 수행한다.

2) 원고의 설립과 운영에 드는 자금은 정부의 출연금, 정부의 보조금, 정부, 지방 자치단체 또는 민간의 용역 수행에 따른 수입금으로 충당하는데(수산자원관리법 제55조의2 제4항), 원고의 운영재원 및 사업비 관련 내부 규정은 다음과 같다.

3) 이 사건 사업에 관한 지방자치단체와의 각 위탁협약의 공통적인 내용은 다음과 같다.

-원고는 기본계획을 수립하여 지방자치단체의 승인을 받고 사업비를 집행한다.

-원고가 이 사건 사업 수행에 따른 사업비는 원고의 요청에 따라 지방자치단체가 정하는 절차에 따라 사업비를 정산하여 지급하고, 사업종료 후 정산결과 발생하는 집행 잔액 및 발생이자는 지체 없이 지방자치단체에 반납하여야 한다.

-이 사건 사업 수행상 발생하는 재산손실 및 인적피해 등에 대한 민·형사상 책임은 원고가 부담한다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

별지 기재 구 법인세법 제3조 제3항은 법인세의 과세소득의 범위에 관하여 규정 하면서 비영리 내국법인은 같은 항 각 호 소정의 수익사업에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과할 수 있다고 규정하고 있으므로, 비영리 내국법인에 대하여는 소득이 있더라도 그 소득이 수익사업으로 인한 것이 아닌 이상 법인세를 부과할 수 없는 것이고, 어느 사업이 수익사업에 해당하는지의 여부를 가림에 있어 그 사업에서 얻는 수익이 당해 법인의 고유목적을 달성하기 위한 것인지의 여부 등 목적사업과의 관련성을 고려할 것은 아니나 그 사업이 수익사업에 해당하려면 적어도 그 사업자체가 수익성을 가진 것이거나 수익을 목적으로 영위한 것이어야 할 것이다(대법원 1980. 11. 11. 선고 80누278 판결, 1996. 6. 14. 선고 95누14435 판결 등 참조).

살피건대, 앞서 본 인정사실과 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정 되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 사업은 그 자체로 수익성을 가지거나 수익을 목적으로 영위한 것이라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고가 위탁받아 수행한 이 사건 사업은 수산자원조성사업의 제반 업무로서 한국표준산업분류 중 어업 관련 서비스업에 속하고, 사업활동으로서 요구되는 계속성과 반복성도 갖추고 있다.

② 원고는 이 사건 사업의 시행 전반에 관한 책임을 지고 사업시행계획을 수립하여 사업비를 집행하는 등 지방자치단체로부터 이 사건 사업을 포괄적으로 위탁받았다고 봄이 상당하다.

③ 원고가 이 사건 사업을 수행함에 있어 제3자와의 관계에서는 원고가 계약당사자로서 제3자로부터 이 사건 사업과 관련된 재화나 용역을 공급받으면서 자기의 명의와 계산으로 비용을 지출한 점 등에 비추어 보면, 원고가 지방자치단체로부터 지급받은 직접사업비 및 위탁수수료는 모두 이 사건 사업에 따른 용역의 공급에 대한 대가에 해당한다 할 것이고, 지방자치단체로부터 승인받아 사업계획을 수립하거나 사업비 정산이 이루어진다는 사정만으로 원고가 단순히 지방자치단체를 대행하여 사업비를 지출하는 지위에 있었다고 볼 수 없다.

④ 이 사건 사업은 그 목적과 수행방식에 비추어 볼 때 하나의 사업인바, 하나의 사업 안에서 사업의 수행에 직접적으로 소요되는 경비 부분과 사업수행자의 이익 부분을 구분하여 전자는 비수익사업, 후자는 수익사업으로 나누어 볼 어떠한 근거도 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한

다. 

출처 : 부산지방법원 2020. 09. 25. 선고 부산지방법원 2020구합21778 판결 | 국세법령정보시스템