요지

원고가 이 사건 토지를 취득하였다가 원고의 업무 또는 이 사건 사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당한다고 평가할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 9. 17. 원고에게 한 2017 사업연도 법인세 OOO원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고의 지위

    원고는 CCC법에 따라 OOO년경 설립된 특수법인으로, OOO년경부터 DDD에서 도매업을 영위하기 위하여 DDD시장의 승인하에 설립한 ⁠‘EEE’를 운영하여 왔다.

  나. 이 사건 토지의 취득

    원고는 EEE의 노후화로 인해 FFF를 건립하여 EEE를 새 건물로 이전하기로 계획하고, FFF 건립을 위하여 2013. 5. 22. 이 사건 토지를 OOO원에 공매절차에서 낙찰받아 취득하였다.

  다. 이 사건 토지의 양도

   1) 원고는 FFF 건립․운영을 위하여 2015.8.~12.경 2차례에 걸쳐 DD시장에게 , 각 영상과 같이 이 사건 토지의 중앙을 가로지르는 폭 8m의 도로를 폐지해 달라는 도시계획시설 변경제안을 신청하였으나 2016. 3. 15. 그 승인이 거부되었다.

   2) 원고는 이 사건 도로의 폐지가 반드시 전제되어야만 FFF 건립이 가능한데도 그 폐지제안 신청이 거부됨으로써 FFF 건립이 사실상 무산되었다고 판단하고 HHH장관으로부터 사업중단 승인을 받은 다음, 2017. 12. 19. 이 사건 토지를 공매절차를 통하여 OOO원에 III에 양도하여 OOO원의 양도차익을 얻게 되었다.

  라. 2017 사업연도 법인세 신고․납부

    원고는 2018. 3.경 2017 사업연도 법인세 신고를 하면서 이 사건 토지가 업무무관 부동산에 해당한다고 가정하여, ① 2017 사업연도 이 사건 토지 관련 경비 OOO원을 손금불산입하고 그와 관련된 법인세 OOO원, ② 2013~2016 각 사업연도에 발생한 이 사건 토지의 관리비용 OOO원을 사후적으로 손금부인한 것과 관련된 법인세 OOO원, ③ 이 사건 토지 등 양도소득에 대한 법인세 OOO원 등 합계 OOO원을 반영하여 2017 사업연도 법인세 OOO원을 신고․납부하였다.

  마. 원고의 경정청구

   1) 원고는 2018. 5. 25. 피고에게 ⁠‘이 사건 토지가 업무무관부동산 등에 해당하지 않는다’는 이유로 아래 내역과 같이 2017 사업연도 법인세 납부세액 중 OOO원을 감액하여 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

   2) 피고는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조, 제28조, 제55조의2, 같은 법 시행령 제92조의11의 규정 등에 따라 ⁠‘이 사건 토지를 업무용으로 사용하지 않는 데에 부득이한 사유가 인정되지 않아 비사업용 토지로 보지 않는 경우에 해당하지 않는다’는 이유로 2018. 9. 17. 원고의 경정청구를 거부하였다.

  바. 전심절차

   원고는 이 사건 경정거부처분에 불복하여 2018. 12. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 7. 30. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 13, 14, 15, 18, 19호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

   원고가 FFF 건립을 위하여 이 사건 토지를 취득하였다가, 당초 사용하기로 예정했던 대로 직접 사용하지 못하고 이를 매각한 것과 관련하여 아래와 같은 부득이한 사유가 충분히 인정됨에도 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 경정거부처분은 위법하여 취소되어야 한다. ① DDD시장이 당초 확약한 것과 달리 이 사건 사업에 필수적인 이 사건 도로의 폐지제안 신청을 거부하는 등 예상 불가능한 외부적인 사유가 발생하는 바람에 이 사건 사업이 무산되고 원고가 부득이하게 이 사건 토지를 사용하지 못하고 양도하게 된 것이다. ② 원고는 이 사건 토지 위해 FFF를 건립하기 위하여 주빈설명회 및 지역주민 간담회 개최, 인근 학교 관계자 및 인근 아파트 대표자 협의절차 등 사업추진을 위한 진지한 노력을 다하여 대부분 원만한 타협을 이루었으나, 이 사건 토지 인근에 있는 JJJ 측에서 총 OOO원의 과도한 현금보상을 요구한 탓에 이 사건 사업이 좌절되어 원고가 부득이하게 이 사건 토지를 사용하지 못하고 양도하게 된 것이다.

  나. 관계법령

   [별지]‘관계 법령’ 기재와 같다.

  다. 판단

   1) 관련 법리 등

    구 법인세법 제27조 제1호는 법인의 업무와 관련 없는 자산을 취득․관리함으로써 지출한 비용은 해당 사업연도의 소득금액 계산 시 손금에 산입하지 않는다고 규정하고, 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서는 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산 등 부득이한 사유가 있는 부동산은 업무와 관련이 없는 자산에서 제외한다고 규정하며, 같은 법 시행규칙 제26조 제5항 제30호는 당해 부동산 취득 후 도시계획 변경 등 정당한 사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산을 업무와 관련이 없는 부동산에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. 그리고 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호, 제3항은 ⁠‘비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 양도소득에 10%를 곱하여 산출한 세액을 해당 사업연도 법인세액에 추가하여 납부하되, 해당 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다.’고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제99조의11 제1항 제1, 3호, 같은 법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호는 ⁠‘공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황․취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지는 기획재정부령으로 정하는 기간에는 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 비사업용 토지에 해당 여부를 판정하되, 그중 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지는 당해 사유가 발생한 기간에는 사업용 토지에 해당하는 것으로 보아 비사업용 토지의 해당 여부를 판정한다’고 규정하고 있다.

    법인의 비업무용 부동산의 보유를 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 규정하고 있는 법인세법 규정의 입법취지는 타인 자본에 의존한 무리한 기업확장으로 기업의 재무구조가 악화되는 것을 방지하고, 대기업의 금융자산에 의한 부동산투기 및 비생산적인 업종에 대한 무분별한 기업확장을 억제하여 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고, 아울러 국토의 효율적 이용을 도모하기 위한 데에 있다(대법원 2000. 8. 22. 선고 99두4006 판결 참조). 법인세법상 자산을 취득․보유함에 따라 차입금에 대한 지급이자 및 제세공과금 등 자산의 유지관리비가 손금불산입 대상이 되는 비업무용 부동산 해당 여부를 판정함에 있어 비업무용 부동산에서 제외되는 사유의 하나로 규정하고 있는 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제2호에서 말하는 ⁠‘당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의한 사용의 금지 또는 제한’에는 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 부동산의 사용이 금지 또는 제한되는 경우뿐만 아니라 행정작용에 의하여 현실적으로 부동산의 사용이 금지 또는 제한되는 경우도 포함하고, 이와 같은 사용제한 여부는 원칙적으로 법인이 토지를 취득할 당시의 구체적인 목적을 그 주된 사업과 대비하여 결정하여야 할 것이고, 그 해당 여부도 위 목적과 사용제한의 형태에 비추어 개별적으로 판단하여야 할 것이다(대법원 1995. 2. 24. 선고 94누4172 판결 참조). 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제30호에서 말하는 ⁠‘정당한 사유’라 함은, 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당 사유의 유무를 판단하는 데에는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 5. 10. 선고 2000두4989 판결 참조)

   2) 구체적인 판단

    앞서 든 증거들과 갑 제3 내지 12, 16, 17, 20 내지 28호증, 을 제2호증의 각 기재와 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리 등에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건 토지를 취득하였다가 원고의 업무 또는 이 사건 사업에 직접 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로 이 사건 토지는 비사업용 토지에 해당한다고 평가할 수 없다. 따라서 이 사건 토지의 취득․관리 비용은 손금에 산입되고 그 양도소득은 과세대상에 해당하지 않는다고 볼 것임에도 이와 다른 전제에서 내려진 피고의 이 사건 경정거부처분은 위법하므로 전부 취소되어야 한다.

      가) 이 사건 토지 취득의 사업상 목적

        원고는 비영리 특수법인으로 각종 경제사업, 상호금융사업, 공제사업, 국가 위특․보조사업 등을 수행해 오면서 2013년경 정부의 시책에 따라 CCC법에 의한 물류센터 건립을 위한 이 사건 사업을 추진하기 위하여 노후화된 공판장의 대체 부지로 이 사건 토지를 취득하게 되었다. 또한 이 사건 사업과 같이 국고보조금을 지원받아 추진하는 사업에 대하여는 장관의 관리․감독을 받게 되어 있어 이 사건 사업의 개시․중단 및 이 사건 토지의 취득․양도는 HHH장관의 승인하에 이루어졌다. 이와 같이 원고의 이 사건 토지 취득 그 자체는 원고가 추구하는 본래의 사업 목적 내지 업무와 직접 관련된 것으로, 법인의 비업무용 부동산의 취득․관리․양도 등에 따를 제재적 과세를 규정하고 있는 법인세법의 입법취지에 반한다고 볼 만한 사정은 없다.

      나) 이 사건 도로 폐지 계획의 무산과 정당한 사유

        (1) ① DDD시장은 2006년경부터 2008년경까지 여러 차례에 걸쳐 원고에게 그동안 악취와 소음이 심하고 노후화로 지역주민들의 불만이 많이 제기된 공판장의 이전을 요청하였다. 그 과정에서 DDD시장은 원고에게 ⁠‘원고가 신규 공판장을 개설․이전하면 도시계획시설결정 등 제반 행정사항은 적극 지원하겠다’는 취지로 이 사건 사업 추진에 대한 행정청의 협력 의사를 표명하기도 하였다. ② DDD시장은 2013년경 원고에게 FFF건립을 위한 부지를 추천하기도 하였으나, 원고가 자체적으로 분석한 결과 모두 부적절하다고 판단하였고, 이 사건 토지가 인근에 고속도로가 있어 접근성이 우수하고 당초 아파트 건설사업 부지였다가 건설 사업이 무산되어 나대지로 방치되어 있던 이유로 FFF 건립을 위한 부지로 적합하다고 보아 이를 취득하게 되었다. ③ 이후 원고는 이 사건 토지 내 도시계획도로인 이 사건 도로의 폐쇄를 요청하고 원활한 사업추진을 위하여 2013. 6. 5. DDD시장을 면담하게 되었는데 그 자리에서 ⁠‘원고가 부지 확보는 제대로 했다. FFF 건립 추진안을 신속히 제출하면 도시계획시설 폐쇄도 긍정적으로 검토하겠다.’는 취지의 말을 듣게 되었다. 이후 2015. 6. 9. 원고와 DDD시청 관계자 사이의 도시계획시설 협의과정에서 DDD시청 관계자가 이 사건 도로 폐지 동의를 적극 검토하겠다는 의사를 표명하기도 하였다. ④ 이에 따라 원고는 이 사건 사업 추진 의지를 대외적으로 표명함과 아울러 사업부지를 체계적으로 관리하고 2015. 8.경 착공예정인 이 사건 사업 공사의 원활한 진행을 위하여 2015. 2.경 OOO원을 들여서 이 사건 토지 주변에 가설울타리를 설치하였다. 그와 같은 설치 과정에서 DDD시청 직원들과 원만한 협의를 거치기도 하였다. ⑤ 원고는 2015. 8. 1. DDD시장에게 이 사건 토지 내 중앙에 위치한 이 사건 도로의 폐지를 핵심으로 하는 도시관리계획 도로 변경 제안서를 제출하였으나, 2015. 9. 1. ⁠‘교통성 검토, 환경성 검토의 추가 수행, 건축계획 등에 지역주민들의 의견을 반영하여야 한다’는 취지로 반려되었다. 이후 원고는 2015. 12 30. DDD시장의 지적사항을 반영하여 도시관리계획 도로 변경 제안서를 다시 제출하였으나, 2016. 3. 15. ⁠‘도시계획도로 변경 시 교통 혼잡 가중 및 교통안전 위협, 지역주민들과의 합의 실패, 지역주민들의 이익보호’를 이유로 재차 반려되었다. ⑥ ,에서 보는 바와 같이 이 사건 도로를 폐지하지 않고서는 하나의 건물로 완전하게 건립하는 것이 사실상 불가능하므로, 이 사건 도로의 폐지는 이 사건 사업의 성공을 위한 선결적인 조건에 해당한다. ⑦ 나대지인 이 사건 토지 중앙에 위치한 이 사건 도로는 실제 이용률이 상당히 저조하여 사실상 도로의 본래 기능을 수행하지 못하고 있었을 뿐더러 1988년경 신설되었다가 2006년경 주택건설사업 승인으로 페지되었고, 이후 2012년경 주택건설사업 승인취소로 다시 도로로 회복된 다음, 2018년경 재차 주택건설 사업 승인으로 폐지되기도 하였다.

        (2) 위와 같은 여러 사정에 비추어, DDD시장이 원고에 이 사건 도로 폐지에 관한 공적인 견해표명을 하였는지 여부는 변론으로 하더라도, 적어도 원고로서는 처음부터 DDD시장이 이사건 도로의 페지를 비롯하여 각종 행정사항에 대하여 최대한의 긍정적인 조치를 해 줄 것이라고 상당히 기대․신뢰한 것으로 보이고 그러한 기대와 신뢰를 형성함에 있어 원고에게 어떠한 귀책사유가 있다고 보기 어렵다. 여러 차례에 걸친 이 사건 도로의 페지 및 부활을 통하여 원고가 이 사건 사업 추진을 위하여 행정청에 이 사건 도로를 폐지해 줄 것이라고 예상한 것은 합리적 근거 없는 막연한 추측과 기대감에 불과하다고 보기 어렵고, 원고로서는 DDD시장의 이 사건 도로 폐지계획의 거부를 사실상 예상할 수 없었다고 볼 여지가 크다. 또한 JJJ와의 합의 결렬도 이 사건 도로 폐지 계획의 사실상 거부사유 중 하나로 보이나, 해당 지역주민들의 요구사항은 이 사건 사업 경비 OOO원과 비교하여 과도한 OOO원의 주민보상금을 요구하는 것이어서 사실상 원고의 합리적 의사와 자진 노력으로 해소할 수 없는 사항에 해당하여 그와 같은 민원을 해소하지 못한 데에 원고의 귀책사유가 있다고 평가할 수 없고, 만일 이를 해소하지 않는다면 그 당시 DDD시장의 도로 폐지 승인도 사실상 기대할 수 없었다고 예상하는 것이 합리적이다. 결국 원고로서는 이 사건 토지 취득 후 이 사건 돌 폐지 계획의 무산과 같이 원고의 의지와 노력으로 해결할 수 없는 외부적인 사유로 인하여 HHH장관 승인하에 이 사건 사업을 부득이하게 중단하게 되었고 그에 따라 이 사건 토지를 양도하게 되었는바, 원고가 이 사건 토지를 당초 계획했던 이 사건 사업의 본래 목적대로 사용하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다. 이와 달리 원고가 이 사건 토지의 양도차익 실현을 위하여 기회비용과 제반 사항을 고려한 채 합리적인 경영판단하에 이 사건 토지를 양도한 것이라거나 원고의 이 사건 사업 중단이 자의적이거나 현저히 불합리하다고 볼 만한 사정은 없다.

        (3) 피고는 이 사건 도로를 폐지하지 않고도 FFF를 건립할 수 있기에 정당한 사유를 인정하기 어렵다는 취지로 주장한다. 살피건데 ① 단순히 효율성의 측면이 아니라 건물을 2동으로 분리하 건립하는 것 자체가 FFF 건립 본연의 목적과 기능에 배치되고 실질적으로 사업 성과도 불투명하게 되는 점, ② 이 사건 도로를 가운데에 존치시킬 경우 공간 확보나 필수시설의 추가 설치, 설계변경 등으로 건립 비용은 상당히 증가하게 되고 그에 대한 국고보조금의 추가 신청 및 예산 배정 등 절차를 거쳐야 하는 관계로 사실상 이 사건 사업이 불승인으로 변경될 가능성도 큰 점, ③ 당초 이 사건 사업에 소요될 것으로 책정된 경비 OOO원 전체가 국가예산 총사업비 관리대상에 해당되어 이 사건 사업의 타당성 조사, 기본계획 수립, 예산반영, 설계용역, 교통 영향분석 용역 등 일련의 제반 행정절차를 원고가 자체적으로 결정하고 수행할 수 없는 상태였는바, 만일 이 사건 도로가 존치할 경우 그에 관한 사업계획과 예산반영 등 제반절차가 처음부터 다시 검토되어야 하는 상당한 경제적 손실이 초래될 것으로 예상되는 점 등에 비추어, 이 사건 도로가 존치할 경우 그에 관한 사업계획과 예산반영 등 제반 절차가 처음부터 다시 검토되어야 하는 상당한 경제적 손실이 초래될 것으로 예상되는 점 등에 비추어, 이 사건 도로의 존치는 사실상 이 사건 사업에 대한 수인한도 내의 지장을 초래하는 정도에 그치는 것이 아니라, 원고의 수인한도를 넘어서서 궁극적으로 이 사건 사업의 중단을 초래하는 장애 요소라고 평가함이 타당하다. 따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

   다) 이 사건 사업의 추진을 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부

     (1) 원고 대표자는 2013. 6. 5. DDD시장과의 면담 자리에서 FFF건립이 기피시설로 인식되어 민원의 소지가 있다‘는 말을 들은 후 2013. 10.부터 2015. 11.까지 총 7회에 걸쳐 지역주민을 대상으로 하는 사업설명회를 개최하였다. 2014. 3.부터 2015. 1.까지 총 4회에 걸쳐 이 사건 토지 인근에 위치한 KKK 관게자와 협의절차를 거쳤고, 2015. 2.부터 2015. 12.까지 총 9회에 걸쳐 지역주민 의견수렴을 위한 간담회를 개최하였다. 또한 상호 의견합치에 이르지 못한 JJJ와 총 2회에 걸쳐 DDD 시청 직원 동석하에 합의를 시도하기도 하였다. 원고는 위와 같은 일련의 협의 절차를 추진하는 과정에서 악취․소음․교통혼잡 해소․통학로 보장․합리적은 수준의 보상 등 대책을 마련․제시함으로써 대부분 원만한 타협에 이르렀으나, JJJ의 경우 주민들이 입을 수 있는 손실에 대한 과도한 금전보상 등을 요구하는 바람에 결국 합의가 결렬되었고 그와 같은 합의 결렬에 원고의 귀책사유가 있다고 볼 사정은 없다.

     (2) DDD시장은 원고의 과세전적부심사청구에 대하여 ⁠‘원고가 이 사건 토지를 취득한 후 이 사건 사업에 사용하기 위한 지속적인 노력을 다하였고, 그 취득일부터 1년 내 해당 용도로 직접 사용하기 어려운 외부적인 정당한 사유가 인정된다.’고 판단하여 원고의 주장을 받아들여 과세전적부심사청구를 채택하는 결정을 한 바 있다.

     (3) 위와 같은 여러 사정에 비추어, 원고로서는 이 사건 토지를 본연의 업무인 이 사건 사업에 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였다고 평가할 수 있다. 그럼에도 원고 본인의 합리적인 의사와 최선의 노력으로 순조롭게 해결할 수 없는 외부적인 사유로 인하여 부득이하게 이 사건 사업을 중단하고 이 사건 토지를 양도하게 되는 바람에 그 본래의 사업 목적으로 사용하지 못하게 되었다. 결국 원고로서는 정당한 사유로 이 사건 토지를 업무에 사용하지 못하게 되었다고 봄이 타당하다.

3. 결론

   그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 09. 10. 선고 서울행정법원 2019구합84956 판결 | 국세법령정보시스템