요지

민사소송에서 기존 협의매매계약 착오취소 후 강제조정결정을 통하여 추가 보상금을 수령한 경우 양도소득의 귀속시기는 잔금청산일과 소유권이전등기일 중 빠른 날인데 이 사건의 경우 2차 보상금을 수령하기에 앞서 강제조정결정이 확정됨으로써 BB시 앞으로 마쳐진 소유권이전등기가 유효한 등기가 되었으므로 강제조정결정이 확정된 날이 양도시기임.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2019. 1. 2. 원고에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 xxx원, 농어촌특별세 xxx원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 5. 21. BB시와 경기도 BB시 BB동 000-0 전 xxx㎡, 000-0 전 xx㎡, 000-0 전 xx㎡(이하 이 사건 각 토지라 한다)에 관하여 공익사업을 위한 토지등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따라 매매하기로 하는 손실보상협의계약을 체결하여 보상금 xxx원(이하 1차 보상금이라 한다)을 지급받았고, BB시는 이 사건 각 토지에 관하여 수원지방법원 안양지원 안양등기소 2008. 5. 21. 접수 제xxxx호로 2008. 5. 21. 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다. 원고는 2008. 7. 1. 이 사건 각 토지에 대한 양도소득세 xxx원을 신고·납부하였다.

나. BB시장은 이 사건 각 토지의 취득 및 보상에 관한 협의를 진행하면서 이 사건 각 토지에 대한 개발제한구역 해제가 해당 공익사업을 직접 목적으로 하여 이루어진 것으로 보아 이를 고려하지 않고, 개발제한구역에서 해제되기 전의 상태를 기준으로 이 사건 각 토지의 가액을 평가한 후, 그 기준에 따라 이 사건 각 토지에 대하여 산정한 보상금을 원고에게 제시하였고, 원고는 BB시장이 제시한 보상금을 수용하여 협의매수에 응한 것이었다.

다. 원고는 2014. 4. 28. BB시를 상대로 수원지방법원 안양지원 2014머xxxxx호로 부당이득의 반환을 구하는 조정신청(이하 이 사건 조정신청이라 한다)을 하였는데, 그 원인으로 개발제한구역에서 해제되기 전의 상태를 기준으로 한 감정평가액을 기초로 이루어진 위 손실보상협의계약은 불공정한 법률행위로서 무효이거나 착오를 이유로 취소되어야 한다고 주장하였다.

라. BB시는 이 사건 각 토지는 원고와 BB시 사이의 의사합치에 따른 협의취득에 의하여 취득한 것이나, 유사한 소송에서 협의취득 당시의 개발제한구역이 해제된 상태를 기준으로 한 보상액과 실제 지급된 보상액의 차액을 지급하되 지연이자를 포기하는 내용으로 조정된 사례가 있으니 BB시 명의 소유권이전등기가 마쳐진 시점의 정당한 보상금에 대한 감정평가가 이루어진 후 조정에 응하겠다는 입장을 밝혔다.

마. 위 조정신청 사건 담당 재판부의 촉탁에 따라 2008. 5. 21.을 기준시점으로 개발제한구역이 해제된 상태를 전제로 하여 이루어진 이 사건 각 토지의 감정평가액은 xxx원이었고, 2014. 10. 2. 위 감정평가액과 BB시가 원고에게 지급한 보상금의 차액 xxx원을 2014. 11. 28.까지 지급하는 내용의 강제조정결정(이하 이 사건 결정이라 한다)이 있었으며, 위 결정이 2014. 10. 17. 확정되었다. 원고는 2014. 10.28. BB시로부터 위 xxx원(이하 2차 보상금이라 한다)을 지급받았다.

바. 원고는 국세청장에 대한 세법해석사전답변신청에 대한 회신을 거쳐 이 사건 각 토지의 양도시기가 BB시에 소유권이전등기가 된 2008. 5. 21.이라는 전제에서 2차 보상금에 대하여 양도소득세 부과제척기간이 경과하였다고 보아 양도소득세를 신고·납부하지 않았다.

사. 피고는 2019. 1. 2. 원고에게, 이 사건 각 토지의 양도시기를 이 사건 결정이 확정된 날로 보고 1, 2차 보상금을 합한 금액을 양도가액으로 하여 계산한 과세표준 xxx원에 대하여 이 사건 결정이 확정된 당시 시행 중이던 소득세법에 따른 세율을 적용하여 양도소득세를 xxx원으로 결정하고, 여기에서 원고가 2008년 신고·납부한 xxx원을 공제하는 방법으로 산정한 2014년 귀속 양도소득세 xxx원, 농어촌특별세 xxx원을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.

아. 원고는 조세심판원에 대한 심판청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

⑴ 이 사건 각 토지가 BB시에 양도된 시기는 BB시 앞으로 소유권이전등기가 된 2008. 5. 21.이고 그 양도에 대한 양도소득세의 부과제척기간의 기산일은 2009. 6.1., 부과제척기간 만료일은 2014. 5. 31.인바, 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 후에 이루어진 것으로서 무효이다.

⑵ 원고는 2차 보상금을 수령한 2014. 12. 5.경 국세청장에게 사실관계를 명시하여 2차 보상금에 대한 부과제척기간 도과 여부에 대한 세법해석사전답변신청을 하였고, 국세청장은 이에 대하여 부과제척기간이 도과하였다는 취지로 답변하였는바, 이 사건 처분은 세법해석사전답변의 기속력에 반하고 신뢰보호원칙에 위반된다.

나. 판단

⑴ 첫 번째 주장에 관한 판단

㈎ 이 사건 각 토지에 관하여 BB시 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 당시 시행 중이던 구 소득세법(2008. 12. 26. 법률 제9270호로 개정되기 전의 것) 제98조의 위임에 따라 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기를 정하고 있는 구 소득세법 시행령(2008. 7. 24. 대통령령 제20931호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항에 의하면, 원칙적으로 자산의 취득시기 및 양도시기는 당해 자산의 대금을 청산한 날이 되고, 예외적으로 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일이 된다.

이 사건 결정 확정 당시 시행 중이던 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로개정되기 전의 것) 제98조 역시 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 하도록 규정하고, 구 소득세법 시행령(2014. 11.19. 대통령령 제25751호로 개정되기 전의 것) 제162조 제1항은 ⁠‘대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일’을, ⁠‘공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률이나 그 밖의 법률에 따라 공익사업을 위하여 수용되는 경우에는 대금을 청산한 날, 수용의 개시일 또는 소유권이전등기접수일 중 빠른 날’을 취득시기 및 양도시기로 하도록 규정하고 있다.

위와 같은 자산의 취득시기 및 양도시기에 관한 소득세법령의 규정은, 납세자의 자의를 배제하고 과세소득을 획일적으로 파악하여 과세의 공평을 기할 목적으로 양도가액산정의 기준시점이 되고 양도소득의 귀속시기가 될 뿐만 아니라 양도차익 예정신고 등의 기산점도 되는 양도시기를 세무계산상 자산의 취득시기 및 양도시기를 그 규정에 따라 의제한 것인바(대법원 1999. 6. 22. 선고 99두165 판결 참조), 이 사건 각 토지의 양도차익을 계산함에 있어 양도시기는 BB시 앞으로의 소유권이전등기접수일인 2008. 5. 21.로 보아야 한다는 원고 주장은 위와 같은 법령의 내용에 근거한 것이다.

㈏ 그러나 앞서 본 사실관계 및 갑 제2, 4, 5호증(가지번호 포함)에 의하여 인정되는 아래의 사실관계 및 사정들에 비추어 보면, 원고와 BB시 사이의 2008. 5. 21.자 손실보상협의계약(이하 이 사건 손실보상협의계약이라 한다)은 착오를 이유로 취소되었고 이 사건 결정이 확정된 2014. 4. 8. 원고와 BB시 사이에 이 사건 각 토지에 관한 새로운 매매계약이 체결되었다고 봄이 상당하다.

① 의사표시의 취소권은 형성권의 일종으로서 취소권자가 취소의 의사표시를 담은 서면을 상대방에게 송달함으로써 취소권 행사의 효력이 발생한다. 그런데 이 사건 각 토지의 1차 보상금 산정시 개발제한구역이 해제된 상태를 기준으로 토지가액을 평가하여야 함에도 BB시는 개발제한구역 해제 전 상태를 기준으로 토지가액을 평가하여 보상금을 산정한 뒤 원고에게 그 가액평가방법을 알리면서 위 보상금 가액을 제시하였고, 원고는 그러한 보상가액 결정방법이 이 사건 각 토지의 보상금을 산정하는 정당한 방법으로 알고 손실보상협의에 응하였는바, 이는 동기의 착오로서 의사표시의 내용이 되었다고 볼 수 있다. 또한 2차 보상금이 1차 보상금의 2배를 넘는 금액인 점 등에 비추어 볼 때 그러한 착오는 이 사건 손실보상협의계약의 중요한 부분에 관한 것이라고 보아야 하므로, 원고와 BB시 사이에 이 사건 손실보상협의계약은 원고의 위와 같은 착오를 이유로 한 취소의 의사표시가 담긴 이 사건 조정신청서 부본이 BB시에 송달됨으로써 취소되었다.

② 이 사건 각 토지는 공익사업에 제공되어 원상회복이 현실적으로 어려운 상태였고, 원고도 이러한 사정을 감안하여 이 사건 조정신청서에서 이 사건 손실보상협의계약 전부의 무효를 주장하지 않고 저평가된 매매가액 해당 부분에 대하여만 취소를 구한다고 주장하였다. BB시 역시 동일한 문제가 제기된 다른 사례의 경우를 들면서 이 사건 각 토지의 원물반환 가능 여부와 관계 없이 토지의 시가와 기지급금의 차액 상당액을 지급하는 내용으로 조정에 응하겠다는 입장을 밝혔다. 이러한 점에서 원고와 BB시가 이 사건 결정을 수용한 데에는, 취소되어 무효가 된 종전 손실보상협의계약을 추인하면서 다만 이 사건 각 토지에 관한 매매대금을 증액하기로 하는 새로운 매매계약을 체결하기로 하는 묵시적인 의사의 합치가 포함되어 있다고 볼 수 있는바, 민법 제139조 단서에 의하면 당사자가 무효임을 알고 추인한 때에는 새로운 법률행위로 보게 되므로, 원고와 BB시 사이에는 이 사건 결정이 확정된 2014. 10. 17. 이 사건 각 토지에 관한 새로운 매매계약이 체결되었다고 봄이 상당하다.

③ 이 사건 각 토지에 관한 BB시 명의의 소유권이전등기는 이 사건 손실보상협의계약의 취소로 인하여 소급적으로 무효로 되었으나, 실체적 권리의 소멸로 인하여 무효로 된 등기를 유용하기로 합의한 경우 그 합의가 이루어지기 전에 등기상 이해 관계가 있는 제3자가 나타나지 않는 한 그 후부터 유효한 등기가 되는바(대법원 1986.12. 9. 선고 86다카716 판결 참조), BB시 앞으로 소유권이전등기가 된 이래 등기상 이해관계가 있는 제3자는 나타나지 아니하였고, 앞서 보았듯이 원고는 이 사건 손실보상협의계약의 취소에도 불구하고 원물반환을 고려하지 아니하고 보상금의 증액만을 구하였고 BB시 역시 마찬가지 입장이었던 점에 비추어 볼 때 원고와 BB시가 이 사건 결정을 수용함으로써 이 사건 각 토지에 관하여 새로운 매매계약을 체결하고자 한 의사에는 BB시 앞으로 마쳐진 소유권이전등기에 대하여 무효등기를 유용하기로 하는 의사도 포함되어 있다고 봄이 상당하다.

④ 원고는 협의매매계약서 제2조에서 ⁠‘공사편입 부동산의 매매대금은 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 감정가격으로 하되, 본 계약체결 및 매매대금 이후에라도 금액산정상 착오가 발견되어 대금이 잘못 지급된 것이 발견된 경우에는 계약 당시 매매단가를 적용하여 정산한다.’고 되어 있고 이 사건 결정 과정에서 최초 수용일을 기준으로 감정평가를 하였던 점에 비추어 볼 때, 이 사건 결정에 의하여 이 사건 손실보상협의계약이 취소되었다고 볼 수 없고 위 협의매매계약서 제2조에 따라 보상금 정산이 이루어진 것으로 보아야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 조정신청서에는 감정평가의 잘못으로 인한 무효 또는 착오 취소 주장만을 하고 있을 뿐 위와 같은 주장은 전혀 담겨 있지 아니하고, 그 밖에 이 사건 결정 과정에서 위 협의매매계약서 제2조와 같은 내용이 고려되었다고 볼 만한 자료가 없다. 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

㈐ 원고가 2차 보상금을 수령하기에 앞서 이 사건 결정이 확정됨으로써 BB시 앞으로 마쳐진 소유권이전등기가 유효한 등기가 되었으므로 이 사건 각 토지의 양도차익을 계산할 때 양도시기는 2014. 10. 17.로 보아야 한다. 이와 다른 전제에서 이 사건 처분이 부과제척기간이 도과하여 무효라는 취지의 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

⑵ 두 번째 주장에 관한 판단

㈎ 국세청 법령사무처리규정(국세청훈령 제2025호, 2014. 1. 1. 시행)(이하 이 사건 훈령이라 한다) 제16조 제1항, 제2항에 의하면, 특정한 거래와 직접 관련 있는 자(장래에 개시될 거래로 납세의무를 부담할 자 등)는 세법해석 사전답변신청을 할 수 있고, 여기에서 특정한 거래란 이미 개시되었거나 가까운 장래에 개시될 것이 객관적인 증명서류에 의해 명확히 확인되는 거래를 말한다. 이 사건 훈령 제19조 제1항에 의하면, 신청인은 인적사항, 세법해석에 필요한 구체적인 사실관계 등을 기재한 신청서를제출하여야 하고, 제24조, 제25조에 의하면 징세법무국장은 신청에 대한 세법해석 사전답변을 서면으로 하여 신청인에게 통지하여야 하고, 신청인이 답변의 내용을 정당하게 신뢰하고 신청한 사실대로 특정한 거래 등을 이행한 경우에는 관할 지방국세청장 또는 세무서장은 해당 거래에 대하여 경정 또는 결정을 할 때에 그 답변내용에 따라야한다. 그리고 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 10. 29. 선고 2007두7741 판결 등 참조).

㈏ 갑 제6, 7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2014. 12. 5. ⁠‘원고는 2008. 5. 21. 이 사건 각 토지를 BB시에 협의취득을 원인으로 xxx원에 양도하였고, 2008. 7. 1. 양도소득세 xxx원을 신고·납부하였다. 원고는 이 사건 각 토지에 대한 보상금이 시가보다 낮은 가격으로 평가된 사실을 알고 BB시를 상대로 부당이득금반환소송을 제기하여 2014. 10. 28. 추가보상금 xxx원을 지급받았다.’고 적시하면서 ⁠‘이 사건 각 토지의 양도시기는 소유권이전등기접수일인 2008. 5. 21.이 되는데, 추가보상금의 양도시기 역시 2008. 5. 21.이므로 양도소득세 납세의무는 부과제척기간 5년이 경과된 것으로 판단된다. 그러나 소송에 의하여 수령한 추가보상금은 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 규정된 부과제척기간 특례사유에 해당하므로 양도소득세를 과세할 수 있다는 국세청 고객만족센타의 답변이 있어 이에 대한 세법해석사전답변을 받고자 한다.’는 취지로 세법해석사전답변신청서를 제출한 사실, 이에 대하여 국세청은 2014. 12. 17. ⁠‘민사소송에 의한 판결은 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호 사유에 해당하지 아니하고, 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따라 부과제척기간 경과시에는 이에 대한 경정을 할 수 없다.’는 취지로 답변한 사실을 인정할 수 있다.

살피건대 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제26조 의2 제2항은 ⁠“제1항에도 불구하고 제1호에 따른 결정 또는 판결이 확정되거나 제2호에 따른 상호합의가 종결된 날부터 1년, 제3호에 따른 경정청구일 또는 조정권고일부터 2개월이 지나기 전까지는 해당 결정·판결, 상호합의, 경정청구 또는 조정권고에 따라 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다.”면서 제1호에서 ⁠“제7장에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 감사원법에 따른 심사청구 또는 행정소송법에 따른 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우”를 규정하고 있다. 원고는 단순히 BB시를 상대로 부당이득금 반환소송을 제기하여 2차 보상금을 수령한 사실관계를 토대로 이러한 경우 위 구 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 규정된 특례를 적용할 수 있는지에 대하여 사전답변을 신청하였고 이에 대하여 국세청장은 민사소송에 의한 판결은 해당 특례에 해당하지 않는다는 답변을 하였을 뿐인바, 원고가 이 사건 조정신청을 통하여 이 사건 손실보상협의계약의 취소를 구하였고 이 사건 결정에 따라 이 사건 손실보상협의계약이 취소되고 BB시와 사이에 새로운 매매계약이 체결된 것으로 인정되는 이상 그에 따라 양도소득세를 부과한 이 사건 처분이 위 세법해석사전답변의 기속력에 반한다거나 신뢰보호원칙에 위반된다고 볼 수 없다.

㈐ 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 09. 22. 선고 서울행정법원 2019구단65446 판결 | 국세법령정보시스템