요지

피고는 이 사건 토지를 비사업용토지로 보지 않겠다는 공적 견해표시를 한 사실이 없고, 원고가 제출한 증거만으로는 필요경비로 인정하기 어려워 이 사건 처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

1. 처분의 경위

가. 원고는 당시 부동산매매업을 영위하였던 자로, 2004. 9. 13. CC시 FF면 BB

리 171-1 답 4,813㎡를 301,666,000원에 취득하고, 2005. 7. 20. 같은 리 169 답 843

㎡, 같은 리 170 전 1,844㎡, 같은 리 171-2 답 2,221㎡를 151,000,000원에 취득한 후

(위 각 토지를 모두 합하여 ⁠‘이 사건 각 토지’라고 한다), 2009. 10. 27. 이 사건 각 토

지를 30필지로 분할하여 2009. 12. 11.부터 2015. 12. 31.까지의 기간 동안 그중 일부

인 20필지 토지 합계 6,895㎡를 양도하고, 2016. 6. 13. 및 2016. 6. 21. 나머지 10필지

토지(같은 리 171-12 전 377㎡, 171-2 답 452㎡, 171-10 답 414㎡, 171-9 답 120㎡,

170-3 전 255㎡, 171-3 답 158㎡, 170-4 전 413㎡, 171-4 도로 453㎡, 170-6 도로

112㎡, 171-16 답 438㎡, 이하 ⁠‘이 사건 쟁점 토지’라고 한다) 합계 2,826㎡를 양도하

였다.

나. 원고는 2016. 8. 30. 이 사건 각 토지의 매매가액을 697,900,002원, 필요경비를

373,084,291원으로 하여 매매차익 예정신고를 하고, 세액 136,511,541원을 납부하였는

데, 2017. 5. 31. 피고에게 2016년 귀속 종합소득세 과세표준 확정신고를 하면서 이 사

건 쟁점 토지가 사업용 토지에 해당함을 전제로 이에 관하여 기준경비율을 적용한 다

음 종합소득세를 57,321,060원으로 신고하고, 위와 같이 납부한 136,511,541원 중

79,190,481원을 환급받았다.

다. 피고는 2017. 11. 6.부터 2017. 12. 1.까지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시

한 다음, 이 사건 쟁점 토지 중 도로에 해당하는 부분(CC시 FF면 BB리 171-4 도 로 453㎡, 같은 리 170-6 도로 112㎡)을 제외한 나머지 토지는 모두 농지로서 구 소득

세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제

8호, 제104조의3 제1항 제1호 등에 따른 ⁠‘비사업용 토지’에 해당한다는 이유로 구 소득

세법 제64조에 따라 2018. 2. 10. 원고에게 2016년 귀속 종합소득세 82,759,444원(가산

세를 포함하고, 기납부세액을 공제한 금액이다)을 경정·고지(이하 ⁠‘이 사건 부과처분’이 라고 한다)하였다.

라. 한편 원고는 2018. 3. 12. ⁠‘원고가 2017. 5. 31. 2016년 귀속 종합소득세 과세표

준 확정신고 당시 간편장부대상자로서 기준경비율을 적용하여 필요경비를 519,643,291

원으로 신고하였으나, 이후 이 사건 각 토지의 취득가액이 452,666,000원이고, 공사비

용이 902,459,425원으로 확인되었고, 그 합계액 1,355,125,425원의 필요경비 중 2014

년, 2015년에 신고되지 아니한 나머지 필요경비는 2016년 귀속 사업소득의 필요경비로

추인되어야 하므로 2016년 귀속 종합소득세 60,710,019원을 환급해 달라’는 취지의 경

정청구를 하였다.

마. 피고는 2018. 9. 13. ⁠‘원고가 제출한 관련 증빙자료만으로는 원고가 주장하는

2016년 귀속 필요경비에 관한 명확한 입증이 이루어지지 않았다’는 등의 이유로 원고

의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 거부처분’이라고 하고, 이 사건 부과처분과

합하여 ⁠‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

바. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심

판원은 2019. 3. 14. 원고의 위 청구를 모두 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 5 내지 7, 9 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의

취지

2. 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

1) 이 사건 부과처분의 위법

가) 피고는 2014년 및 2015년경 이 사건 부과처분의 대상이 된 이 사건 쟁점

토지와 조건이 동일한 토지에 대하여 위 토지를 사업용 토지로 보고 소득세를 부과하

였으므로, 이 사건 부과처분에서 갑자기 이 사건 쟁점 토지를 비사업용 토지로 보고

세율을 할증한 것은 신뢰의 원칙에 반한다.

나) 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제3호에 의하면, 사업장의 진입도로로

서 사도법에 따른 사도 또는 불특정다수인이 이용하는 도로로 이용되는 기간에는 이를

비사업용 토지로 볼 수 없는데, 이 사건 부과처분은 이 사건 쟁점 토지 중 도로로 사

용된 토지(CC시 FF면 BB리 171-4 도로 453㎡, 같은 리 170-6 도로 112㎡)를 제

외하지 않고 이를 전부 비사업용 토지로 보고 산정한 것으로 위법하다.

2) 이 사건 거부처분의 위법

원고가 필요경비에 관하여 제출한 증빙자료는 중요한 부분에 미비가 있거나 허위로

작성한 것이 아니므로, 다소 중복되는 부분이 있다거나 자료의 신뢰성이 낮다는 등의

이유만으로 이를 자세히 살피지 아니하고 필요경비를 전부 부인한 것은 실지조사의 원

칙 등에 반하여 위법하다. 또한 원고가 제출한 증빙자료 중 적어도 EEE엔지니어링

주식회사에 대물변제한 178,720,000원 및 무통장입금증으로 증명되는 금액 72,937,300

원은 필요경비로 인정되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 부과처분의 적법 여부

가) 신뢰의 원칙 위반 여부

(1) 일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보

호의 원칙이 적용되기 위해서는, 첫째 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공

적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대

하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고

이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, 넷째 행정청이 위 견해표명에 반하는 처

분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하 며, 마지막으로 위 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자

의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2006. 6. 9.

선고 2004두46 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 이 사건에서 피고가 원고에게 이 사건 쟁점 토지를 비사업용 토

지로 보지 않겠다는 공적인 견해표명을 하였음을 인정할 만한 아무런 증거가 없다(피

고가 2014년 및 2015년경 다른 토지에 대하여 이를 비사업용 토지에 해당하지 않는

것으로 보고 종합소득세를 부과하였다는 것만으로 공적인 견해표명이 있었다고 보기도

어렵다). 또한 원고가 조건이 유사한 다른 토지들에 대하여 부과된 종합소득세 내역에

의하여 장차 계속하여 이 사건 쟁점 토지에 대하여도 비사업용 토지가 아님을 전제로

종합소득세가 부과될 것이라는 기대를 갖게 되었다고 하더라도, 이러한 신뢰에 원고의

귀책사유가 없다고 단정할 수 없고(그동안 부동산매매업을 영위해오던 원고로서는 이

사건 쟁점 토지가 소득세법상의 비사업용토지에 해당하는지 등에 관하여 충분히 알 수

있었을 것으로 보인다), 나아가 신뢰보호원칙을 적용하기 위해서는 원고가 피고의 공적

견해를 신뢰하고 그에 터 잡아 사후에 번복하는 것이 곤란한 ⁠‘어떠한 행위’를 한 경우

라야 하는데, 원고가 피고의 공적 견해에 터 잡아 ⁠‘어떠한 행위’를 하였음을 인정할 증

거도 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 이 사건 쟁점 토지 중 도로 부분을 ⁠‘비사업용 토지’로 보았는지 여부

살피건대, 앞서 인정한 사실에 을 제1 내지 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를

종합하여 보면, 피고는 이 사건 쟁점 토지 중 도로로 사용된 토지(CC시 FF면 BB

리 171-4 도로 453㎡, 같은 리 170-6 도로 112㎡)와 그 나머지 토지를 구분하여 위

도로에 사용된 토지에 대해서는 이를 사업용 토지에 해당하는 것으로 본 다음 그에 따

른 과세표준과 세율(15%)을 적용하고, 나머지 토지에 대해서는 이를 비사업용 토지에

해당하는 것으로 보고 그에 따른 과세표준과 세율(48%)을 별도로 적용하여 비교산출세

액 128,374,733원을 산정한 사실이 인정되는바, 위 산출세액을 전제로 한 이 사건 부

과처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없고, 위 도로로 사용된 토지를 ⁠‘비사업용 토지’

로 보고 이 사건 부과처분을 한 것이라는 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 거부처분의 적법 여부

가) 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있고, 과세표준은 수입

으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과

세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경

비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어

서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자

사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는

납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007.

10. 26. 선고 2006두16137 판결).

나) 그런데 앞서 든 증거들에 갑 제8호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하

여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고가 2016년 귀속 사업소득의 필요경비 로 기존에 확정신고한 519,643,291원 외에 추가로 인정해달라고 주장하면서 제출한 증

빙자료(갑 제8호증)에는 그 대부분이 간이영수증이나 거래명세표 등이 포함되어 있는

데 이러한 간이영수증 등은 현금거래에 대한 증빙으로 수기로 작성되는 특성상 대금

등 지급 없이도 작성하는 것이 가능하여, 간이영수증 등만을 근거로 필요경비를 인정

하기는 곤란한 점, ② 비록 위 증빙자료에는 무통장입금증 등과 같은 자료가 일부분

포함되어 있기는 하나, 원고는 이 사건 토지의 전체 취득가액 및 공사비용에서 2014년 및 2015년에 필요경비로 기 신고한 금액을 제외한 나머지를 모두 2016년 귀속 사업소

득의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하고 있을 뿐, 위와 같은 자료상 인정되는 금

액이 그 이전 과세기간의 필요경비로 반영되어 중복되지는 않았는지 등에 관하여 구체

적인 설명을 전혀 하지 못하고 있는 점(갑 제11호증의 기재에 의하더라도 원고나 원고

의 세무대리인조차 위 증빙자료상 필요경비가 기존 과세기간의 필요경비로 반영되었는

지 잘 알지 못한다는 것이다), ③ 소득세법 제27조 제1항은 ⁠‘사업소득금액을 계산할 때

필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적 으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다’고 정하고 있으므로, 원고의 위와 같은

주장은 수익·비용 대응원칙에도 위배되는 것으로 보이는 점, ④ 한편 소득세법 제27조

제2항은 ⁠‘해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정

된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의

필요경비로 본다’고 정하고 있는바, 원고가 제출한 자료만으로는 원고가 추가로 주장하 는 필요경비가 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 ⁠“그 과세기간에

확정된 것”인지 여부를 확인하기 어렵고, 그와 관련된 원고의 구체적인 주장도 없는

점, ⑤ 나아가 원고가 주장하는 것처럼 이 사건 토지의 전체 취득가액 및 공사비용에

서 2014년 및 2015년에 필요경비로 기 신고한 금액을 제외한 나머지를 모두 2016년

귀속 사업소득의 필요경비로 인정하려면 기존에 필요경비로 신고한 금액을 제외한 나

머지 비용에 관한 증빙자료들이 특정되어야만 이를 검토하여 그 자료들을 신빙할 수

있는지, 위 자료들에서 증빙이 되는 금액이 얼마인지 등을 판단하여 이에 따라 인정되 는 금액에 한하여 이를 2016년 귀속 사업소득의 필요경비로 추인할 수 있을 것인데,

원고는 이 사건 토지의 전체 취득가액 및 공사비용에 관한 자료를 제출하면서 2014년 및 2015년 필요경비로 기 신고한 금액이나 2016년 귀속 사업소득의 필요경비로 기 신

고한 금액과 관련된 증빙자료를 특정하지 못하고 있고, 이로 인해 원고가 추가로 주장

하는 필요경비와 관련된 증빙자료를 특정하는 것 역시 곤란하므로, 원고의 위와 같은

주장을 그대로 받아들이기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거만으

로는 원고가 주장하는 액수만큼의 필요경비가 추가로 지출되었다고 인정하기 부족하 고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 볼 수

없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.

출처 : 대전지방법원 2020. 10. 28. 선고 대전지방법원 2019구합102559 판결 | 국세법령정보시스템