요지

문언해석상 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목에 따른 ⁠‘대주주’는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 것으로 보는 것이 타당하므로 비상장주식인 쟁점주식의 경우에도 20% 양도소득세율이 적용되는 것이 타당하다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2007. 11. 19. 주권비상장 중소기업인 주식회사 신○○○밴스(이하‘이 사건 회사’라 한다)가 발행한 주식 25,500주(총 발행 주식 13만 2,000주 중 약 19.32%, 이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득하였다가 2016. 8. 3. 주식회사 에○○○○○○과학 주식회사에 13억 5,100만 원에 양도하였다.

나. 원고는 2016. 10. 31. 이 사건 주식의 양도에 관하여 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 특별히 표시하는 경우 외에는 같다) 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 10%의 세율을 적용하여 2016년 귀속 양도소득세 121,424,500원을 신고·납부하였다가, 2017. 3. 17. 위 주식 양도가 ⁠‘대주주가 양도하는 중소기업 주식’에 해당함을 전제로, 같은 호 다목에서 정한 20%의 세율을 적용하여 양도소득세 253,910,771원으로 수정신고·납부하였다.

다. 원고는 2017. 12. 28. 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에 따른 10%의 세율 적용이 배제되는 ⁠‘대주주’는 ⁠‘주권상장법인의 대주주’를 의미하는 것인데, 이 사건 주식은 주권비상장 중소기업 주식으로 원고는 주권상장법인의 대주주가 아니므로, 이 사건 주식의 양도에 관하여는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 10%의 세율이 적용되어야 한다고 주장하면서, 이미 납부한 2016년 귀속 양도소득세 중 132,486,271원의 감액을 구하는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2018. 2. 6.‘주권비상장 중소기업의 대주주’가 양도한 주식에 대해서도 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 적용이 배제되어 같은 호 다목에서 정한 20%의 세율이 적용된다는 이유로 원고에 대하여 양도소득세 경정거부처분을 하였다(이하‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2018. 4. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 10. 5. 위 청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

    구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목은 ⁠‘대주주’가 아닌 자가 양도하는 중소기업의 주식에 대해서는 10%의 양도소득세율을 적용하도록 규정하고 있는데, 위 ⁠‘대주주’의 범위에 대하여 같은 법 제94조 제1항 제3호 가목은‘「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율‧시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것’이라고 규정하고 있다. 위 규정의 문언이나, 비상장 중소기업의 대주주에 대해서는 구 소득세법이 2016. 12. 20., 구 소득세법시행령이 2017. 2. 3. 개정됨에 따라 비로소 규율하게 된 점, 조세법률주의와 과세요건 명확주의의 취지에 비추어 보면,‘대주주’는 주권상장법인의 주식을 보유한 주주 중에서 대통령령이 정하는 기준 이상의 주식을 보유한 주주를 의미하는 것으로 보아야 한다.

    따라서 비상장주식인 이 사건 주식을 양도한 원고에게는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에 따라 양도소득세율 10%가 적용되어야 하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

    별지 기재와 같다.

다. 판단

   (1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지 만 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등 참조).

   (2) 아래와 같은 법령의 문언 및 체계, 입법 취지와 개정 연혁 등에 비추어 보면, 주권비상장법인의 주식을 양도하는 경우에도 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 특별히 표시하는 경우 외에는 같다) 제157조 제4항의 요건을 충족하면 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 ⁠‘대주주’가 양도하는 경우에 해당하여, 같은 호 다목에 따라 양도소득세율 20%의 적용을 받는다고 봄이 타당하다.

      (가) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목, 제104조 제1항 제11호 나목의 문언해석

           구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 주권상장법인의 주식등으로서 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주(이하 이 장에서 "대주주"라 한다)가 양도하는 것’이라고 규정하고 있는바,‘자본시장~ 주식등으로서’는‘소유주식’보다는‘양도하는 것’을 수식하는 것으로 봄이 문언상 자연스럽다. 따라서‘대주주’는‘소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 사람’으로 해석함이 타당하고, 나아가 위 조항은 ⁠‘대통령령으로 정하는 대주주’바로 뒤에‘(이하 이 장에서 ⁠“대주주”라 한다)’라고 덧붙임으로써 대주주의 개념을 같은 장에서 통일적으로 사용할 것임을 분명히 하고 있으므로, 같은 제3장에 속하는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 ⁠“대주주”도 위와 같이 해석하여야 한다.

      (나) 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 개정 취지

           구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것)에서 중소기업의 주식에 대해서는 대주주가 양도하는 경우와 그 밖의 주주가 양도하는 경우의 구분없이 양도소득세율 10%가 적용되었으나, 2015. 12. 15.자 개정 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목이 현재와 같이 개정되면서 그 개정이유로‘중소기업의 대주주를 우대하여야 할 필요성이 낮은 점을 고려하여 그 주식양도세율을 10%에서 20%로 조정’한다고 명시되어 있을 따름이다. 따라서 대주주 기준이 주권상장법인에만 적용된다고 볼 근거가 없을 뿐만 아니라, 오히려 중소기업의 대주주를 우대하여야 할 필요성이 낮은 것은 주권상장법인이나 주권비상장법인이 다르지 않거나 주식시장 활성화의 필요성이 더 낮은 주권비상장법인이 더욱 그러하므로, 양자 모두에 적용된다고 해석하는 것이 합리적이다.

      (다) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호, 제104조 제1항 제11호, 구 소득세법 시행령 제157조 제4항, 제5항, 제6항의 체계적 해석

           구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 주권상장법인의 주식등으로서 일정기준을 충족하는 대통령령으로 정하는‘대주주’가 양도하는 것과 증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것의 양도로 발생하는 소득을 양도소득 과세대상으로 규정하고 있다.

           종래 소득세법은, ① 비상장주식 양도의 경우 원칙적으로 과세대상에 포함하고 있었던 반면, ② 상장주식 양도의 경우에는 주식시장의 활성화를 촉진하기 위하여 양도차익이 발생하더라도 이를 소득세법상의 과세소득으로 취급하지 아니하다가, 자본이득에 대한 과세형평 등을 고려하여 1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정된 소득세법 제94조 제3호에서 처음으로‘한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득’을 양도소득으로 규정한 이래, 현재까지 주주 및 그와 특수관계에 있는 자가 일정규모 이상의 주식을 소유하거나 소유주식의 시가총액이 일정규모 이상인 경우의 양도를 대상으로 그 양도차익에 대해 과세하는 방식을 취하고 있다.

           즉, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 상장주식을 이용한 변칙증여를 방지하고 부동산 등 다른 자산을 양도하는 경우와의 과세형평을 기하기 위하여 상장주식을 거래하는 경우에 대하여도 양도소득세를 과세하도록 하되, 일시에 모든 상장주식을 대상으로 하기보다는 자본시장의 충격을 완화하고 소액투자자의 이익을 어느 정도 보호해 주기 위하여, 일정규모 이상의 주식을 소유한 자의 거래 등을 과세대상으로 하다가 자본시장이 건전하게 발전되면 그 범위를 점진적으로 확대하고자 하는 입법자의 의도를 반영한 ⁠‘과세범위’에 관한 규정이다[헌법재판소 2006. 2. 23. 선고 2004헌바32,2005헌바63‧02‧04‧05(병합) 결정 등 참조].

           위와 같은 입법 취지를 고려할 때 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은, 일정한 예외에 해당하지 않는 한 원칙적으로 모두 양도소득세 과세대상이 되는 비상장주식의 양도와 달리, 상장주식 양도의 경우에는 ①‘소유주식의 비율‧시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주가 양도하는 것’과 ②‘증권시장에서의 거래에 의하지 아니하고 양도하는 것‘에 한하여 그 양도차익이 과세대상이 된다는 의미로 해석될 뿐이고, 이를 넘어 주권상장법인의 경우에만 대주주의 개념을 인정하기 위한 규정이라고는 볼 수 없으므로, 주권상장법인인지 여부를 불문하고 소유주식의 비율‧시가총액 등 대주주의 요건에 관하여 정하고 있는 구 소득세법 시행령 제157조 제4, 5, 6항의 기준을 충족하면‘대주주’에 해당한다고 보아야 한다.

           또한 구 소득세법 시행령 제157조 제4항은‘대주주’에 해당하기 위한 소유주식의 비율 및 시가총액에 관한 일반 요건을 규정한 다음, 제5항에서 ⁠‘코스닥상장법인의 주식’,‘코넥스상장법인의 주식’,‘벤처기업의 주식’양도의 경우 소유주식의 비율 및 시가총액에 관한 특별 요건을 규정하고 있고, 제6항에서는‘주권상장법인의 주식’과 ⁠‘그 밖의 주식’을 구분하여 시가총액의 산정기준을 달리 규정하고 있는바, 이는 비상장법인의 주식의 경우에도‘대주주’의 개념이 적용됨을 전제로 한 것으로 볼 수밖에 없다.

      (라) 구 소득세법 제104조 제1항 제11호, 구 소득세법 시행령 제157조 제4항, 제5항, 제6항, 제167조의8 제1항의 개정 연혁

           구 소득세법이 2016. 12. 20., 구 소득세법 시행령이 2017. 2. 13. 각 개정됨에 따라 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 일부 개정되기 전의 것) 104조 제1항 제11호에서도‘소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 대주주’라고 규정하여 별도의 위임규정을 두고, 또한 구 소득세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28637호로 일부 개정되기 전의 것) 제167조의8 제1항에 의하여 주권상장법인과 주권비상장법인으로 구분하여 별도로 규정하고 있으나, 위 개정 전에는 주권상장법인의 대주주의 개념이 주권 비상장법인의 대주주에도 동일하게 적용되어야 하는 것으로 해석하여 온 점(대법원 2007. 11. 29. 선고 2006두18041 판결 등 참조), 2016. 12. 20. 개정된 소득세법의 개정법률안 의안이나 개정이유에서‘비상장주식에 대해서도 대주주 기준을 새로이 도입한다’는 내용은 전혀 찾아볼 수 없고, 2017. 2. 3. 개정된 소득세법 시행령의 개정이유에서는‘비상장주식 양도 시 중소기업 소액주주 우대세율이 적용되지 아니하는 대주주의 지분율 기준을 100분의 1에서 100분의 4로 상향 조정하고, 시가총액 기준은 상장주식 대주주와 동일하게 현행 25억 원에서 2018년 4월 1일 이후부터는 15억 원으로, 2020년 4월 1일 이후부터는 10억 원으로 각각 하향 조정하기 위한 것’이라고 명시하고 있는 점 등에 비추어 보면, 위 각 개정 규정은 대주주의 기준에 관하여 상장법인과 비상장법인을 구분하지 않고 일괄하여 규율하고 있다가 상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주 기준을 일부 달리하는 것으로 변경하는 취지라고 봄이 타당하다.

   (3) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

   그렇다면 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 인천지방법원 2019. 06. 21. 선고 인천지방법원 2018구합55955 판결 | 국세법령정보시스템