요지

소득세법상 ⁠‘대통령령으로 정하는 대주주’에 대하여 상장법인의 대주주와 비상장법인의 대주주를 구분하지 아니하므로 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의 ⁠“대주주”는 상장법인 및 비상장법인의 대주주를 모두 포함하는 개념으로 봄이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 1. 4. 원고에 대하여 한 2016년도 귀속 양도소득세 부과처분의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주권비상장법인인 BBB주식회사(이하 ⁠‘이 사건 회사’라고 한다)의 총 발행주식수의 45%를 보유하였던 주주이다.

나. 원고는 2016. 6. 24. CCC에게 이 사건 회사의 주식 2,000주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 5억 원에 양도하고, 2016. 8. 26. 이 사건 주식의 양도로 인한 양도소득금액을 487,500,000원으로 하여 이에 대한 양도소득세 97,000,000원(양도소득세율 20% 적용)을 신고 및 납부하였다.

다. 원고는 2018. 1. 2. ⁠‘이 사건 주식은 비상장 중소기업의 주식인데 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 소득세법‘이라 한다) 제104조 제1항 제11호 ⁠(나)목에서 규정하는 대주주에는 비상장 중소기업의 대주주가 포함되지 않으므로 20%가 아니라 10%의 양도소득세율을 적용하여야 한다’는 이유로 이미 납부한 양도소득세 97,000,000원 중 48,500,000원을 감액하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2018. 1. 4. ⁠‘비상장주식의 경우에도 대주주가 양도하는 중소기업의 주식에는 20%의 양도소득세율이 적용된다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

구 소득세법 이전에는 모든 중소기업 주식의 양도소득에 대해서는 10%의 세율이 적용되었으나, 구 소득세법은 제104조 제1항 제11호 ⁠(나)목에서 중소기업 주식의 양도소득에 대해서 10%의 세율이 적용되는 경우를 ⁠‘대주주가 아닌 자가 양도하는 경우’로 한정함으로써 대주주가 양도하는 경우에는 20%의 세율이 적용되도록 개정하였다. 그런데 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목에서 ⁠‘대주주’의 범위를 대통령령에 위임하여 같은 법 시행령 제157조 제4항에서 이를 규정하였으나, 위 ⁠‘대주주’는 ⁠‘주권상장법인의 대주주’를 의미하는 것으로서 ⁠‘주권비상장법인의 대주주’의 범위에 대하여는 별도로 위임한 바가 없다. 따라서 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 ⁠(나)목에서의 ⁠‘대주주’는 ⁠‘주권상장법인 중 중소기업의 대주주’를 의미하는 것이므로, 주권비상장법인인 중소기업의 주식에 해당하는 이 사건 주식의 양도에 대해서는 10%의 양도소득세율이 적용되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

살피건대, 관계 법령의 규정 내용에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 주권비상장법인의 경우에도 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것. 이하 ⁠‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제157조 제4항에 해당하면 ⁠‘대주주’라고 봄이 상당하고, 이러한 대주주가 중소기업의 주식을 양도하는 경우에는 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 ⁠(다)목에 따라 20%의 양도소득세율을 적용하는 것이 타당하므로, 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

1) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(나)목에서는 양도소득의 범위에 대하여 ⁠‘주권상장법인이 아닌 법인의 주식 등’으로 규정하고 있어, 주권비상장법인의 주식인 경우에는 대주주와 대주주가 아닌 주주를 구분하지 아니하고 모두 양도소득의 범위에 포함하고 있다. 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제157조 제4항에서는 ⁠‘법인의 주식 등을 소유하고 있는 주주 및 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(직계존비속, 친족관계 등, 이하 ’기타주주‘라 한다)가 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식 등의 합계액이 해당 법인의 주식 등의 합계액에서 차지하는 비율이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주’(제1호) 내지 ⁠‘주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 및 기타 주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식 등의 시가총액이 25억 원 이상인 경우의 해당 주주 및 기타주주’(제2호)를 ⁠‘대주주’로 규정하고 있어, 주권상장법인과 주권비상장법인을 구분하지 아니하고 ⁠‘대주주’의 범위를 정하고 있다.

2) 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정되기 전의 것) 제157조 제4항, 제5항에서는 ⁠‘유가증권 시장에 상장된 주권을 발행한 법인(주권상장법인)의 주식’과 ⁠‘한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식’의 양도를 구분하여 규정하면서, 주권상장법인의 대주주에 대하여만 그 범위를 규정하고 있었는데, 위 구 소득세법 시행령에 의하더라도 주권상장법인의 대주주의 개념을 주권비상장법인의 대주주에도 동일하게 적용하여야 하는 것으로 해석하였을 뿐만 아니라(대법원 2007. 11. 29. 선고 2006두18041 판결 참조), 그 후 개정된 구 소득세법 시행령(2000. 12. 29. 대통령령 제17032호로 개정된 것) 제157조 제4항에서는 ⁠‘주권상장법인’과 ⁠‘주권비상장법인’을 구분하지 아니하고 ⁠‘대주주’의 개념을 동일하게 적용하도록 규정한 것으로 보인다.

3) 구 소득세법 시행령(2005. 8. 5. 대통령령 제18988호로 개정된 것)에서 구 소득세법 시행령에 이르기까지 ⁠‘대주주’에 해당하기 위한 요건을 ⁠‘코스닥시장상장법인의 주식’, ⁠‘코넥스시장상장법인의 주식’, ⁠‘벤처기업의 주식’ 및 ⁠‘기타 법인의 주식’을 구분하여 달리 규정하고 있는바, 위와 같은 규정 또한 주권비상장법인의 주식의 경우에도 ⁠‘대주주’가 존재함을 전제로 한 규정이라고 보아야 한다.

4) 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호에서 보유하고 있는 주식 등의 시가총액에 따라 ⁠‘대주주’의 개념을 규정하고 있는데, 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 제1호에서는 ⁠‘주권상장법인의 주식 등’의 시가총액 산정기준을, 제2호에서는 ⁠‘그 외의 모든 주식 등’의 시가총액 산정기준을 각 규정하고 있는 것으로 보이는바, 이는 주권비상장법인의 경우에도 시가총액에 의한 ⁠‘대주주’ 여부를 판단하기 위한 규정이라고 봄이 상당하다.

5) 한편, 2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정된 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주’라고 규정하여(구 소득세법에서는 ⁠‘대통령령으로 정하는 대주주’라고만 규정하였다) 그 위임 범위를 명확히 규정하였고, 원고는 위와 같은 사정에 비추어 보면 구 소득세법은 ⁠‘비상장법인의 대주주’의 범위에 대하여는 규정하지 않은 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목에서는 ⁠‘대통령령으로 정하는 대주주‘ 바로 뒤에 ”(이하 이장에서 ⁠‘대주주’라 한다)”라는 규정을 덧붙임으로써 대주주의 개념을 같은 장에서 통일적으로 사용할 것임을 분명히 하였고 구 소득세법 제94조 및 제104조는 모두 제3장에 속하는 규정인 이상, 구 소득세법이 주권상장법인의 대주주에 한정하여 대통령령으로 정하도록 위임한 것이라고 볼 수는 없다. 오히려 소득세법 및 소득세법 시행령의 개정 경과와 내용 등에 비추어 보면, 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 ⁠(가)목과 ⁠(나)목은 과세대상이 되는 양도소득을 각 규정한 것이고, 소득세법 시행령은 2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전까지는 양도소득세의 세율에 영향을 미치는 대주주 기준에 관하여 제157조 제4항에서 일괄하여 규정하고 있다가, 그 이후 상장법인과 비상장법인을 구분하여 대주주 기준을 명시하는 내용으로 개정한 것으로 보인다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 의정부지방법원 2019. 04. 23. 선고 의정부지방법원 2018구합15811 판결 | 국세법령정보시스템