요지

세목, 납세의무자가 다른 경우 중복조사라고 할 수 없음
비적격 인적분할로 설립된 법인의 경우 사업영위기간을 산정할 때 사업개시일은 해당 분할신설법인의 사입개시일부터 기산하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0000.00.00. 원고 1에 대하여 한 00년 귀속 종합소득세 0원(가산세 포함)의 부과처분 및 같은 날 원고 원고2에 대하여 한 0000년 귀속 종합소득세 0원(가산세 포함)의 부과처분을 각 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들은 0000.00.00. 설립된 ZZ금속공업 주식회사(이하 ⁠‘분할법인’이라 한다)의 주주들이다.

나. 분할법인은 비영업부문을 인적분할하기로 하고 0000.00.00. j 주식회사(이하 ⁠‘이 사건 법인’이라 한다)를 설립하면서 이 사건 법인의 발행주식총수 000주를 분할법인의 주주들에게 교부하였는데, 원고 1은 0주, 원고2는 0주(이하 원고들이 받은 주식을 합하여 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 교부받았다.

다. 원고들은 이 사건 주식에 대한 의제배당액을 계산하면서 이 사건 법인의 사업영위기간이 분할법인의 사업개시일인 0000.00.00.부터 기산되는 것을 전제로 이 사건 주식의 1주당 가액을 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 상증세법 시행령’이라 한다) 제54조 제1항에 따라 순손익 가치와 순자산가치의 비율을 3과 2로 가중평균하여 약 0원으로 산정한 후 이를 근거로 원고 1의 배당소득금액을 0원, 원고 2의 배당소득금액을 0원으로 계산하여 원고들의 0000년 귀속 종합소득세를 신고․납부하였다.

라. 00지방국세청(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 0000.00.00.부터 0000.00.00.까지 분할법인에 대해 세무조사를 실시(이하 ⁠‘이 사건 조사’라 한다)한 후 분할법인이 이 사건 법인을 분할하면서 분할대가로 수취한 이 사건 법인의 1주당 가액을 이 사건 법인의 사업영위기간이 분할법인의 사업개시일부터 기산되는 것을 전제로 순손익가치와 순자산가치를 가중평균하여 산정한 것은 잘못이라고 판단하여 이 사건 법인의 사업영위기간이 이 사건 법인의 사업개시일인 0000.00.00.부터 기산되는 것을 전제로 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 따라 순자산가치로만 평가하여 약 0원으로 산정하였고, 이를 근거로 분할법인의 주주인 원고들에 대한 배당소득금액을 원고1은 0원, 원고2은 0원으로 재계산하여 원고들의 0년 귀속 종합소득세를 경정하는 취지의 과세자료를 피고에게 송부하였다.

마. 이에 따라 피고는 0000.00.00. 0000년 귀속 종합소득세로 1에게 0원(가산세 포함), 원고 2에게 0원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고들 주장의 요지 이 사건 처분은 아래와 같은 사유가 있어 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 과세관청은 이 사건 조사 전 분할법인의 자기주식 취득 및 처분 관련 사항, 분할법인의 분할 관련 사항 등에 대해 수차례 조사를 하였는바, 재차 분할법인의 분할과 이 사건 법인의 주식평가 관련 사항 등에 대하여 한 이 사건 조사는 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반한 중복조사이다.

2) 이 사건 법인의 1주당 가액 산정 시 이 사건 법인의 사업영위기간은 분할법인의 사업개시일인 1986. 10. 1.부터 기산하여야 하므로 이 사건 법인은 사업개시 후 3년 미만의 법인이 아니어서 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호가 적용되지 않는바, 같은 조 제1항을 적용하여 1주당 순손익가치와 순자산가치를 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 산정하여야 한다.

3) 그렇지 않다고 하더라도 관계 예규에 의하면 과세관청은 그동안 ⁠‘적격분할과 비적격분할에 관계없이 분할신설법인의 사업영위기간은 분할법인의 사업개시일로부터 기산한다.’는 입장을 취하여 왔으므로, 이 사건 법인의 1주당 가액 산정 시 이 사건 법인의 사업영위기간을 산정함에 있어 분할법인이 아니라 이 사건 법인의 사업개시일로부터 기산하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다.

나. 이 사건 처분이 재조사가 제한되는 세무조사에 기하여 이루진 것인지 여부

1) 관련 규정 및 법리

가) 국세기본법 제81조의4 제1항은 ⁠‘세무공무원은 적정하고 공평한 과세의 실현을 위하여 필요한 최소한의 범위 안에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용하여서는 아니 된다.’고 규정하고, 제2항은 ⁠‘세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우 등을 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.’고 규정하고 있다.

나) 한편 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵다고 할 것이다(대법원 2017. 3.

16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

2) 갑 제3 내지 7, 10 내지 30호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 처분 전 특수관계에 있는 분할법인, 이 사건 법인, n 주식회사, 주식회사 m이 8차례에 걸쳐 세무조사를 받은 사실이 인정되는바, 그 내역은 아래 표와 같다.

이 사건 처분이 이 사건 조사 결과에 따라 이루어졌음은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 조사 후에 있었던 세무조사들은 이 사건 처분과는 관련이 없는바, 이 사건 조사 전에 있었던 세무조사와 관련하여 이 사건 조사가 국세기본법 제81조의4 제2항을 위반한 것인지 살펴본다.

이 사건 조사는 분할법인에 대하여 0000~0000년 통합조사의 방식으로 이루어졌는데, 이 사건 조사 전 분할법인에 대해서는 0000. 0.경 d지방국세청의 감사와 0000. 0.경 00지방국세청의 감사가 있었다. 그런데 d지방국세청의 감사와 00지방국세청의 감사는 e세무서에 대하여 한 것으로 그 과정에서 d지방국세청과 00지방국세청이 분할법인과 별도로 접촉한 바는 없었던 것으로 보이고, 단지 e세무서장이 감사 결과에 대한 후속조치로 분할법인 측에 해명자료 안내문을 발송하고 관련 자료를 받았을 뿐인 점, 이러한 과세관청 소속 공무원들의 조사행위는 기본적으로 감사의 후속조치로 행해진 것으로 위 조사행위는 단순한 사실관계의 확인이나 이에 통상적으로 수반되는 간단한 질문 정도에 불과하여 납세자인 분할법인 등의 영업의 자유 등에 큰 영향을 미칠 것으로 보이지 아니하는 점 등을 고려하면, 이 사건 조사 전에 있었던 d지방국세청의 감사와 00지방국세청의 감사는 재조사가 금지되는 세무조사로 보기 어렵다. 또한, 이 사건 조사 전에 있었던 세무조사 중 위와 같은 2번의 감사를 제외한 나머지 세무조사는 이 사건 조사와 조사대상 납세의무자, 세목, 과세기간이 서로 다르므로, 이 사건 조사가 국세기본법 제81조의4 제2항에 따라 금지되는 재조사에 해당한다거나 이 사건 처분이 금지되는 세무조사에 기하여 이루어졌다고 보기 어렵다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

다. 이 사건 법인의 1주당 가액 산정 시 구 상증세법 시행령 제54조 제1항을 적용하

여야 하는지 여부

1) 관련 규정

2) 판단

구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호는 2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되면서 ⁠‘이 경우 법인세법 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.’는 내용의 후단이 추가되었는데, 상증세법 시행령은 개정이유를 ⁠‘사업 개시 이후 3년 미만의 법인의 비상장주식 등의 가액은 가중평균 등을 하지 아니한 순자산가치에 따르도록 하고 있는바, 사업개시 이후 3년 미만의 법인을 판단하는 경우 적격분할 등으로 신설된 법인의 사업기간은 해당 분할 전 동일사업부분의 사업개시일부터 기산하도록 함’이라고 밝히고 있다. 이는 기존에 과세관청 등에서 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호와 관련하여 사업개시 이후 3년 미만의 법인 여부를 판단할 때 명문의 규정이 없음에도 법인세법상 적격분할로 신설된 법인의 사업개시일을 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산하는 것으로 해석해 온 것을 명문화한 것으로 보인다.

원고들은 이 사건 법인의 사업영위기간을 산정할 때 이 사건 법인의 사업개시일이 아니라 분할법인의 사업개시일인 0000.00.00.부터 기산하여야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같은 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호의 개정 전․후의 문언이나 개정취지 등을 고려하면 분할신설법인의 사업개시일을 분할법인의 사업개시일부터 기산하는 것은 법인세법상 적격분할일 경우에만 가능한데, 이 사건 법인이 비상장법인으로 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것) 제46조 제2항 각 호의 요건을 갖추지 못한 ⁠‘비적격분할’로 설립되었음은 당사자 사이에 다툼이 없는바, 이 사건 법인의 사업개시일은 이 사건 법인의 설립일로부터 기산하는 것이 타당하다. 이 경우 이 사건 주식의 1주당 가액은 구 상증세법 63조 제1항 제1호 다목 및 구 상증세법 시행령 제54조 제4항 제2호에 따라 순자산가치만으로 산정하여야 한다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 법인의 1주당 가액 산정 시 구 상증세법 시행령 제54조 제4항을 적용하는 것이 신의성실의 원칙에 위배되는지 여부

1) 관련 법리

국세기본법 제15조는 "납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다."고 규정하고 있는바, 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다고 할 것이다(대법원 1985. 4. 23. 선고 84누593 판결, 1995. 6. 16. 선고 94누12159판결, 1995. 9. 29. 선고 95누7376 판결 등 참조).

2) 판단 이 사건에서 원고들이 신뢰하였다고 주장하고 있는 예규들은 대부분 법인세법상 적격분할의 요건을 갖춘 법인에 적용되는 것이어서 법인세법상 비적격분할에 해당하는 분할법인의 분할에 대하여 적용될 수 있는 것이 아닐 뿐만 아니라, 원고들이 당사자인 사건에 관한 것이 아니어서 위 예규들을 원고들에 대한 과세관청의 견해표명으로 볼 수 없고, 위 예규들이 예규로서 대외적으로 공표되었다 하더라도 이는 불특정의 납세자를 상대로 한 세법 해석에 관한 일반적인 견해의 표명에 불과한 것이어서 이와 같은 경우에는 역시 신의성실 원칙의 적용에 요구되는 과세관청의 공적 견해표명에 해당하지 않는다. 그러므로 설령 피고가 위 예규들과 다르게 세법을 해석하여 이 사건 주식의 가액을 평가하였다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없다(대법원 2000. 9. 29. 선고 97누4661 판결, 대법원 2001. 4. 24. 선고 2000두5203 판결 등 참조). 따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 07. 25. 선고 서울행정법원 2023구합58909 판결 | 국세법령정보시스템