요지

소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 부분은 처분청에 대하여 어떠한 전심절차를 구하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로 각하되어야 하고, 전 대표자에게 지급한 특허권 양도대가의 손금불산입 및 가공급여의 손금불산입 처분은 정당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 원고 주식회사 AA산업의 피고 PP지방국세청장에 대한 청구 부분을 각하한다.

2. 피고 YY세무서장에 대한 원고들의 각 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

원고 주식회사 AA산업(이하 ⁠‘AA산업’이라고 한다)에 대하여 한 피고 YY세무서장의 2018. 1. 2.자 2016 사업연도 법인세 233,965,580원의 부과처분, 피고 PP지방국세청장의 2018. 1. 2.자 별지 1. 기재 소득금액변동통지처분 및 피고 YY세무서장이 2018. 1. 2. 원고 BB산업 주식회사(이하 ⁠‘BB산업’이라고 한다)에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 37,920,430원 및 2016 사업연도 법인세 27,276,090원의 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들의 지위

원고 AA산업은 2011. 11. 22. 00남도 YY군 00면 00로 583-28을 본점 사업장으로 하여 설립된 후, 상수도용 도복장 강관 제조 및 판매업을 영위해 온 법인이고, 원고 BB산업은 2001. 9. 6.에 00남도 YY군 00면 00로 547을 본점 사업장으로 하여 설립된 후, 위와 같은 사업을 영위해 온 법인이다.

나. 피고 PP지방국세청장의 조세범칙조사

피고 PP지방국세청장은 2017. 6. 15.부터 2017. 11. 30.까지 원고들에 대한 조세범칙조사를 실시하여, 원고 AA산업이 출원한 별지 2.목록과 같은 에폭시 분체를 이용한 코팅 강관 관련 특허권 등(총 6건, 이하 ⁠‘이 사건 특허권’이라고 한다)이 원고 AA산업 자신의 소유임에도 원고 AA산업의 이전 실 사주인 CCC으로부터 10억 원에 매입한 것으로 하여 법인자금을 유출한 사실(손금 산입), 원고 BB산업의 이사(공동대표)로 등재되어 있던 DDD가 원고 BB산업에서 근무하지 아니한 사실(2015~2016 사업연도 중 DDD에게 지급된 113,786,860원을 가공인건비로 확정)등을 확인한 후 위 사실을 피고 YY세무서장에게 통보하였다.

다. 피고들의 처분

1) 피고 YY세무서장은 이에 따라 2018. 1. 2. 원고 BB산업에게 2015 사업연도법인세 37,920,430원, 2016 사업연도 법인세 27,276,090원을 각 경정‧고지하였다(이하 ⁠‘원고 BB산업에 대한 처분’이라고 한다).

2) 피고 YY세무서장은 이에 따라 2018. 1. 2. 원고 AA산업에게 2016 사업연도법인세 233,965,580원을 경정‧고지하였고(이하 ⁠‘원고 AA산업에 대한 처분’이라고 한다), 피고 PP지방국세청장은 같은 날 원고 AA산업에게 CCC에 대한 상여로 소득처분한 1,000,000,000원(2015년 귀속분)을 소득금액변동통지하였다(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지처분’이라고 한다).

라. 조세심판청구 및 기각

1) 원고 AA산업은 원고 AA산업에 대한 처분에 불복하여 2018. 3. 29. 조세심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2018. 9. 20. 심판청구를 기각하였고, 원고 AA산업은 2018. 9. 27. 결정문을 송달받았다.

2) 원고 BB산업은 원고 BB산업에 대한 처분에 불복하여 2018. 3. 29. 조세심판청구를 제기하였으나 조세심판원은 2018. 9. 19. 심판청구를 기각하였고, 원고 BB산업은 2018. 9. 21. 결정문을 송달받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7, 8호증, 을 제1, 3호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 대한 판단

직권으로 살펴본다. 국세기본법 제56조 제2항은 ⁠‘세법에 따른 처분에 대한 행정소송은 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 이를 제기할 수 없다’고 규정하고 있는다. 그런데, 원고 AA산업이 피고 YY세무서장의 원고 AA산업에 대한 처분에 대하여 조세심판청구를 제기한 사실은 앞서 본 것과 같으나, 이 사건 소득금액변동통지처분에 대하여는 어떠한 전심절차를 구하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 위에서 본 바와 같이 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 부분은 전심절차를 거치지 않은 상태에서 그 제소기간이 도과된 후에 제기된 것으로서 부적법하므로 각하되어야 한다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 원고 AA산업의 주장 이 사건 특허권은 원고 AA산업이 아닌 CCC이 보유하고 있었던 것인데, 피고들이 원고 AA산업이 이 사건 특허권 양도 거래를 통해 지급한 10억 원을 손금불산입하고 상여로 소득처분한 것은 위법하다. 따라서 원고 AA산업에 대한 처분은 취소되어야 한다.

2) 원고 BB산업의 주장

DDD는 실제로 이사로써 근무하며 업무를 수행하였으므로 그에게 지급된 급여를 가공급여로 본 것은 위법하다. 따라서 원고 BB산업에 대한 처분은 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 3. 기재와 같다.

다. 원고 AA산업에 대한 처분에 관한 판단

1) 관련 법리

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건 사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건 사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상 적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 등 참조 판결).

2) 구체적 판단

살피건대, 원고 AA산업이 그 주주이자 사내이사였던 CCC과 2011년경부터 2014년경까지 별지 2.목록과 같은 특허를 출원한 사실, CCC과 원고 AA산업 사이에 2011. 12. 16.자 및 2012. 11. 9.자로 된 각 특허권 사용계약서가 작성되었는데, 그 내용은 각 특허권 등록일로부터 3년간 원고 AA산업이 각 특허권을 무료로 사용하되 그 이후에는 판매제품 연간매출액의 5%를 CCC에게 특허권 사용료로 지급하기로 하는 것인 사실, CCC이 2015. 8. 10. 원고 AA산업에게 이 사건 특허권을 양도하고 대가로 10억 원을 지급받기로 약정한 사실은 갑 제6 내지 10, 20호증의 각 기재에 의하여 인정할 수 있거나 당사자 사이에 다툼이 없다.

그러나, 을 제1, 7, 12, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정, 즉, 특허출원일부터 등록권리자가 원고 AA산업이고, CCC과 RRRR 주식회사 사이에 작성된 2015. 6. 5.자 주식양도계약서상 특허권의 권리가 원고 AA산업에게 있는 것으로 기재되어 있는 점, 원고 AA산업이 CCC에게 특허권 사용료를 지급한 사실이 없고, 특허권 개발비용 및 유지비용을 모두 원고 AA산업이 지급해 온 것으로 보이는 점, 원고 AA산업은 RRRR 측이 원고 AA산업의 경영권을 확보하는 과정에서 이전 최대주주인 CCC과의 관계를 정리하기 위하여 특허권을 매입하게 된 것이라고 주장하지만 문서감정에 의하면 위 특허권 사용계약서는 그 기재 일자가 아닌 사후에 소급하여 작성된 것으로 판명되었고, 위 특허권사용계약서와 특허권 외부 평가자료에 기재된 특허권 사용료가 서로 상이하여 믿기 어려운 점, CCC이 진정한 발명자라고 볼 만한 자료도 없고, 원고 AA산업의 주장과 같이 CCC이 실제 발명자라고 하더라도 CCC은 원고 AA산업으로부터 일정한 보상을 받을 권리를 갖는 것에 불과한 점, CCC은 2017. 7. 6. 조사공무원과의 문답 과정에서 이 사건 특허권은 기술적인 가치가 크지 않고 조달청 입찰시 가산점을 받기 위한 용도로 사용된 것으로, AA산업으로부터 특허권 관련 대가를 받은 적은 없다고 진술하였다가 이 사건 소송에 이르러 비로소 그 내용을 번복하는 내용의 진술서를 제출하고 있는 점, 원고 AA산업은 이 사건 특허권 중 일부의 공동발명자로 등록된 FFF에게는 특허권 양수대가를 지급하거나 그와의 사이에 특허권 사용계약을 체결한 것으로 보이지 않는 점 등을 종합하여 보면, 원고 AA산업에 대한 처분은 정당하다.

원고 AA산업은 CCC이 실제로 이 사건 특허권의 양도 대가인 10억 원을 지급받지 않았다면 원고 AA산업에 대한 처분은 모순이 있거나 사실오인에 의한 것이라는 취지의 주장도 하고 있으나, 그 주장과 같이 CCC이 실제로 10억 원을 지급받지 않았다면 위 10억 원은 원고 AA산업의 비용으로 지출된 것이 아닌 것이므로 피고 YY세무서장이 이를 손금으로 인정하지 않은 것이 위법하다고 할 수 없다. 원고 AA산업의 주장을 받아들이지 않는다.

라. 원고 BB산업에 대한 처분에 관한 판단 을 제7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은사실 및 사정, 즉, DDD는 2015, 2016년 당시 대학교 및 대학원에서 미술을 전공하는 학생 신분이고, 세무공무원의 조사 과정에서 신제품개발팀에서 근무한다고 진술하였음에도 구체적으로 어떤 업무를 수행하고 소속 팀장과 팀원이 누구인지도 진술하지 못하였으며, 방학 때 일주일에 한 번 정도 출근하려고 노력하고 있으며 나머지 기간에는 사실상 출근이 힘들다고 진술한 점, DDD가 이사로서의 형식적인 업무를 수행한 것 외에 다른 직무를 수행하였다고 볼 자료가 없으며, 세무공무원의 조사 과정에서 원고 BB산업의 주식을 취득한 경위나, 자신이 발명자로 되어 있는 원고 BB산업이 등록한 특허 등에 대해서도 전혀 진술하지 못하는 등 이사로서의 통상업무를 수행한 것으로도 보이지 않는 점 등을 감안하여 보면 DDD에게 2015, 2016년 지급된 113,786,860원의 급여는 가공급여로 판단되며, 갑 제16 내지 19호증의 각 기재만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다. 원고 BB산업의 주장을 받아들이지 않는다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 원고 AA산업의 이 사건 소득금액변동통지처분의 취소를구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 피고 YY세무서장에 대한 원고들의 각 청구는 모두 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2019. 08. 29. 선고 대전지방법원 2018구합107977 판결 | 국세법령정보시스템