요지

설계용역비, 평가용역비, 부대공사비, 제세공과금, 부대비 등의 매입세액에 대하여 적법하게 토지 관련 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 않거나 공통매입세액으로서 그 일부를 토지 관련 매입세액으로 안분 계산하여 부가가치세를 부과한 것으로 판단됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 11. 1. 원고에 대하여 한 2015년 2기분 부가가치세 및 가산세1,177,889,550원의 부과처분 중 648,032,192원을 초과하는 부분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위 등

가. 원고는 2007. 8. 16. □□□□□□□□□□□□□공단(이하 ⁠‘□□□공단’이라 한다)과 사이에, 위 공단이 전남 ◇◇군 ◇◇읍 ◈◈리 산24-1 외 119필지 면적 합계 427,742㎡(이하 총칭하여 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)에 골프장을 조성해 기부채납하는 대신 원고는 위 공단에 20년간 골프장에 대한 사용수익권한을 부여하는 내용의 협약을 체결하였다.

나. □□□공단은 2015. 12. 4. 골프장을 원고에 기부채납하고, 그 용역의 공급가액을 골프장 총 공사비 16,452,859,405원으로 하는 매출세금계산서를 발급하였다.

다. 원고는 2015년 제2기 부가가치세 신고를 하면서 □□□공단으로부터 수취한 세금계산서에 따른 매입세액 1,645,285,941원 전액을 공제받을 매입세액으로 신고하였다. 피고는 원고의 위 신고내역을 검토한 후, 2017. 11. 1. 원고에 위 1,645,285,941원 중 토지 관련 매입세액 910,410,848원이 포함되어 있다고 보아 이에 대한 매입세액 공제를 부인하고, 가산세 267,478,706원이 포함된 2015년 2기분 부가가치세 및 가산세 1,177,889,550원(10원 미만 버림)을 경정․고지하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 조세심판을 청구하였으나, 2018. 8. 21. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 부가가치세

다음과 같은 이유로 부가가치세를 910,410,848원으로 산정하여 부과한 피고의 처분은 위법하므로, 원고의 주장에 따라 올바르게 산정된 부가가치세 648,032,192원과의 차액인 262,378,656원이 감액되어야 한다.

1) 피고는 설계용역 중 CC종합기술공사(이하 ⁠‘CC’라 한다)가 제공한 용역을 토목설계용역으로 보아 그 매입세액 전액에 대하여 공제를 부인하였으나, CC가 제공한 용역이 토목설계용역에 한정된다고 볼 수 없고, 토목설계용역비 전액이 토지 관련 지출비용이라 볼 수 없으므로, 이는 공통매입세액으로 보아 안분계산 하여야 한다.

2) 평가용역 중 환경영향평가와 재해영향평가 용역비에 따른 매입세액, 제세공과금 중 산지복구비와 대체산림자원조성비, 생태보전협력금에 따른 매입세액은 모두 토지 관련 매입세액으로 볼 수 없으므로 공제되어야 한다.

3) 토목공사비의 부대공사비 중 조립식가설물과 관련된 비용의 매입세액은 안분계산하여야 하고 나머지 비용 중 돌쌓기를 제외한 비용은 모두 건물 및 구축물과 관련된 비용으로서 그 매입세액은 공제대상에 포함되어야 한다. 또한 간접노무비 등의 매입세액은 공통매입세액으로 보아 안분계산 하여야 한다.

4) 부대비 중 출장비, 신문 공고료 등, 공공측량성과심사비, 조달수수료, 지정폐기물철거공사, 공사원가사전검토, 건축허가 등록면허세의 매입세액은 공통매입세액으로 보아 안분계산 하여야 한다.

나. 가산세

부가가치세 부과처분이 적법하더라도 가산세 부과처분은 신의성실의 원칙을 위반하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 부가가치세 부과처분의 적법 여부

가. 부가가치세법 제39조 제1항은 ⁠‘매출세액에서 공제하지 아니하는 매입세액’을 정하면서 그 하나로 제7호 후단에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’을 들고 있다. 그 위임에 따라 구 부가가치세법 시행령(2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 일부 개정되어 같은 날 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제80조는 ⁠‘위 토지 관련 매입세액이란 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 매입세액을 말한다’ 고 정하면서, 제1호에서 ⁠‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’을, 제2호에서 ⁠‘건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액’을, 제3호에서 ⁠‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’을 정하고 있다.

이와 같이 토지 관련 매입세액을 불공제하는 취지는 토지가 부가가치세법상 면세재화여서 그 자체의 공급에 대해서는 매출세액이 발생하지 않으므로 그에 관련된 매입세액도 공제하지 않는 것이 타당하다는 데 있고, 일반적으로 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출은 당해 토지의 양도 시 양도차익을 산정함에 있어 그 취득가액에 가산하는 방법으로 회수되는 점(대법원 1999. 11. 12. 선고 98두15290 판결, 대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두20744 판결 등 참조), 토지의 가치는 토질, 형상, 경사도, 접근조건 등에 따른 토지의 물리적 이용 가능성뿐만 아니라 토지의 보존 또는 용도 등에 관한 법적 규제의 내용에 따라 달라지는 점, 구 부가가치세법 시행령 제80조가 토지 관련 매입세액으로서 ⁠‘토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액’(제1호) 외에 보다 포괄적으로 ⁠‘토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액’(제3호)을 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 토지 관련 매입세액에는 토지의 형질변경 등 토지의 물리적 이용 가능성을 높여 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 비용에 관련된 매입세액뿐만 아니라, 토지에 관한 법적 규제의 내용을 변경시켜 토지의 법적 이용 가능성을 높임으로써 토지의 가치를 현실적으로 증가시키기 위한 비용에 관련된 매입세액도 포함된다고 봄이 타당하다.

나. 앞서 든 증거들에 갑 제6 내지 8, 10 내지 12호증, 을 제2, 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 피고는 원고 주장의 설계용역비, 평가용역비, 부대공사비, 제세공과금, 부대비 등의 매입세액에 대하여 적법하게 토지 관련 매입세액으로서 매출세액에서 공제하지 않거나 공통매입세액으로서 그 일부를 토지 관련 매입세액으로 안분 계산하여 부가가치세를 부과한 것으로 판단된다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

1) 갑 제4, 7호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 공사의 설계용역 중 주식회사 종합건축사사무소 DDDD가 건축설계 용역을, CC가 토목설계 용역을 제공한 사실이 인정된다. 따라서 CC에 대한 토목설계용역비는 이 사건 토지의 형질변경, 골프장부의 조성에 관련되거나 위 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 해당한다고 봄이 타당하다.

2) 원고는 이 사건 공사를 위하여, 2008. 12. 12. ◇◇군 고시 제2008-54호로 ⁠‘◇◇ 군관리계획 변경(용도지역, 체육시설, 교통시설)결정 및 지형도면 고시를 하였고, 2009. 12. 4. ◇◇군 고시 제2009-84호로 ◇◇군 군계획시설(체육시설-골프장)사업 실시계획 인가고시를 하였다. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ’국토계획법‘이라 한다) 제13조, 제27조에 의하면, 군관리계획 변경결정을 하기 위해서는 환경영향평가, 재해영향평가 등이 포함된 기초조사를 거쳐야 하고, 자연환경보전법 제46조에 의하면, 일정규모 이상의 환경영향평가대상사업에 대해서는 생태계보전협력금이 부과되며, 국토계획법 같은 법 제88조, 제92조에 의하면, 군계획시설사업 실시계획인가로 산지관리법에 따른 산지전용허가 등이 의제되어 산지복구비와 대체산림자원조성비 등이 부과된다.

3) 환경영향평가와 재해영향평가 용역비, 산지복구비, 대체산림자원조성비, 생태보전협력금은 모두 이와 같이 이 사건 사업에 필수적 요건인 군관리계획 변경결정, 군계획시설사업 실시계획인가를 받기 위해 지출된 비용이며, 이로 인하여 이 사건 공사에 필요한 토지의 용도지역 변경과 산지전용 등의 허가가 의제되어 개발행위 등 사업의시행이 가능해졌다. 따라서 위 지출비용은 모두 이 사건 토지에 관한 법적 규제의 내용을 변경시켜 이 사건 사업을 위한 개발행위가 가능하도록 그 토지의 법적 이용 가능성을 높임으로써 토지의 가치를 현실적으로 증가시킨 비용에 해당한다.

4) 갑 제4, 7호증의 각 기재에 의하면, 피고는 원고가 제출한 총공사비 집계표에 근거하여 부대공사비 중 조립식가설물, 시험비, 현장살수 비용의 매입세액은 공통매입세액으로 보아 안분계산하고 입목폐기물과 건설폐기물 비용의 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 보아 공제하지 않았으며 침사지, 돌쌓기 등 나머지 비용의 매입세액은 매출세액에서 공제하였던 사실, 피고는 간접노무비 등의 매입세액 역시 공통매입세액으로 보아 안분 계산하였던 사실이 인정되므로, 이와 사실관계를 달리 하는 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

5) 갑 제4, 7호증의 각 기재에 의하면 또한, 피고는 원고 주장의 부대비 중 출장비, 신문 공고료, 조달수수료, 건축허가 등록면허세의 매입세액은 공통매입세액으로 보아 안분계산하고, 공공측량성과심사비와 지적확정 측량비, 건물 철거비, 폐기물처리비의 매입세액은 토지 관련 매입세액으로 보아 공제하지 않은 사실이 인정된다. 공공측량은 국가, 지방자치단체, 그 밖에 대통령으로 정하는 기관이 관계 법령에 따른 사업 등을 시행하기 위하여 기본측량을 기초로 실시하는 것이고(공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률 제2조), 지적확정측량 역시 토지의 형질변경을 위한 공사 후 측량 및 분할을 위하여 실시하는 것이므로, 공공측량성과심사비와 지적확정 측량비는 모두 골프장 부지를 조성하는 데 지출된 비용으로서 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 해당한다. 건물 철거비, 폐기물처리비도 기존 건물 및 지장물의 철거 등을 위하여 지출된 비용으로서 그 매입세액은 모두 토지 관련 매입세액으로 봄이 타당하다. 따라서 피고의 이 부분 부가가치세 산정에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.

6) 이와 같이 이 사건 사업으로 인하여 물리적 이용이나 법적 이용의 측면에서 이사건 토지의 가치는 현실적으로 증가하였고, 그 결과 개별공시지가 역시 2006년의3,550원에서 2014년의 29,000원으로 매우 큰 폭으로 상승하였다.

5. 가산세 부과처분의 적법 여부

일반적으로 조세법률 관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고(대법원2006. 5. 26. 선고 2003다18401 판결 참조), 신의성실의 원칙이나 소급과세금지의 원칙이 적용되기 위한 요건의 하나인 ⁠‘과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다’는 사실은, 납세자가 주장․입증하여야 한다(대법원 1992. 3. 31. 선고 91누9824 판결 참조).

원고는, 2017. 2. 17. 피고에게 2012년 제1기부터 2016년 제2기까지의 부가가치세에 관한 경정청구를 하였는데, 당시 피고가 2015년 제2기 부가가치세 경정청구를 검토하면서 부가가치세를 부과할 수 있었음에도 하지 않다가 2017. 11. 1. 이 사건 처분을 한 것은 신의성실의 원칙을 위반하였다고 주장한다. 그러나 을 제3호증의 기재에 의하면, 원고가 2017. 2. 17. 한 경정청구는 원고가 부동산임대업 및 숙박업 등을 영위하기 위하여 취득한 ☆☆☆☆타운 외 7개 사업용 건물 취득 시 공제받지 못한 매입세액에 관한 것이었음이 인정되고, 이는 이 사건 사업 내지 골프장과는 관련이 없는 것이므로, 이를 두고 피고가 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

6. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 광주지방법원 2019. 09. 05. 선고 광주지방법원 2018구합13421 판결 | 국세법령정보시스템