요지

정부출연연구기관이 징수하는 기술료는 학술연구 또는 기술연구와 관련하여 공급하는 용역에 해당하지 않고, 실비로 공급하는 용역에도 해당하지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결의 인용

 원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 제1심에서 제출된 증

거에 이 법원에 제출된 증거를 더하여 당사자의 주장을 모두 살펴보더라도 제1심의 사

실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.

이에 이 법원의 판결이유는 제1심판결의 이유 중 일부를 아래 제2항과 같이 고쳐 쓰 는 것 이외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송

법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제4면 제8행의 ⁠“‘이 사건 각 부가가치세 부과처분‘” 앞에 ”그 중 아래 아.항과 같이 취소.환급된 2014년 2기분 부가가치세 부과처분을 제외한 나머지 각 부가가치세 부과처분을“을 추가한다.

○ 제4면 제11행 아래에 다음의 내용을 추가한다.

『아. 피고는 2019. 4. 9.경 원고에게 2014년 2기분 부가가치세 xxx원의 부과처분을 취소하여 환급하는 내용으로 재경정 처분을 하였다.』

○ 제4면 제13행의 인정근거에 ⁠“을 제11, 12호증”을 추가한다.

○ 제5면 제13~18행 기재를 삭제하고(원고는 당심에서 이 부분 주장을 철회하였다),

제19행의 ⁠“(4)”를 ⁠“(3)”으로 고친다.

○ 제6면 마지막행의 ⁠“앞서 인정한 사실관계”를 ⁠“앞서 인정한 사실관계, 갑 제21, 22호 증의 각 기재”로 바꾸어 쓴다.

○ 제8면 제1행 아래에 다음의 내용을 추가한다. ⁠『④ 연구과제의 발굴, 제안, 수행 및 결과 활용에 관한 사항을 정하는 원고의 내부 규정인 ⁠‘연구관리규정’은 제15조에서 연구책임자는 연구업무를 수행함에 있어서 발생 가능한 지식재산권 등을 확보할 수 있도록 최대한 노력하여야 하고(제1항), 연구관리담당부서장은 연구결과로 얻어진 특허 등 지식재산권의 출원 및 등록 등의 권리확보 및 유지에 필요한 조치를 하여야 한다(제2항)고 규정하고 있다. 위 규정의 내용에 의할 때 원고는 연구결과 발생한 특허 등 지식재산권에 대하여 실시여부에 관계없이(실시 이전이라도) 출원 및 등록을 하여야 한다고 보인다. 실제로 원고는 2008. 6. 30. 주식회사bbb와 ⁠‘실감형 e-러닝 프로토타입 학습 시스템’에 대한 기술이전계약(갑 제21호증의4)을 체결하였는데, 그 대상이 되는 원고의 지식재산권은 그 전에 이미 출원된 상태에 있었다.』

○ 제8면 제11행의 ⁠“제18호”를 ⁠“제17호”로 고치고, 제16행의 ⁠“제2호는” 앞에 ⁠“제45조”를 추가한다.

○ 제9면 제4행의 ⁠“31” 다음에 ⁠“호증, 을 제10호증”을 추가한다.

○ 제9면 제9행의 ⁠“제3자인 경우도 있는 사실” 다음에 ⁠“, 원고는 2008년부터 2014년까지의 기간 동안 25,931건에 대한 특허출원을 하고 그 중 11,442건이 등록되었는데, 같은 기간 동안 기술이전을 한 기술은 2,289건에 불과한 사실”을 추가한다.

○ 제9면 제14행의 ⁠“있으며,” 다음에 ⁠“특허출원 또는 등록된 지식재산권들 중 일부에관해서만 기술이전계약이 체결되고 있고,”를 추가한다.

○ 제13면 밑에서부터 제3~4행의 ⁠“특정할 수도 없다” 다음에 ⁠“(앞서 본 바와 같이 원고는 특허출원 또는 등록된 지식재산권 중 일부에 관해서만 기술이전계약을 체결한 점에서 더욱 그러하다)”를 추가한다.

○ 제15면 제4행을 아래와 같이 바꾸어 쓴다.

『아니한 사실, 원고의 전신 중 하나인 ccc는 과세관청(구체적인 과세관청은 특정되지 않는다)에 ⁠‘전기기기 생산업체로부터 기술연구용역 및 전기기기의 성능 보장 시험검사업무를 수탁받아 수익자 부담원칙에 따라 사실변상적으로 징수하고 있는 용역비 및 수수료가 부가가치세법 제7조에서 규정하는 용역의 공급에 해당하여 부가가치세를 징수하여야 하는지 여부’에 관하여 질의하였고, 위 과세관청은 1978. 2. 16. ccc에 ⁠‘특정연구기관육성법에 의하여 설립된 ccc가 기술연구용역을 공급하는 경우에는 구 부가가치세법시행령 제35조 제2호 (라)목 및 동령 제37조의 규정에 의하여 면세된다’고 회신한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제46호증, 을 제6호증의 각 기재에 의하여 인정된다.』

○ 제15면 제6~8행의 ⁠“① 위와 같은 회신은 … 아니하였던 점”을 아래와 같이 바꾸어쓴다.

『① 과세관청의 위 1978. 2. 16.자 회신은 과거 30여 년 전 원고의 전신 중 하나였던

ccc에게 이루어진 것이고, 그 취지도 위 연구소의 질의내용(‘사실 변상적으로 징수’하는 것을 전제하였다)에 따른 답변으로서 위 연구소가 기술연구용역을 공급하는 경우 관련 법령에서 정한 면세의 요건에 해당하면 면세된다는 취지로 보일 뿐, 정부출연연구기관이 공급하는 재화.용역에 대하여 항상 무조건적으로 부가가치세가 면제된다는 의미로 해석하기는 어려우므로, 위 회신을 들어 과세관청이 원고에 대하여 한, 이 사건 과세원인 용역에 관한 중요한 사실관계와 법적인 쟁점에 관한 공적인 견해표명이라거나 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 인정하기는 어렵고, 또한 BBB청의 위 2012. 1. 27.자 회신 역시 원고가 아닌 ccc에게 이루어진 것일 뿐만 아니라, 원고는 위 회신이 있기 이전부터 이 사건 기술료 등에 대한 부가가치세를 신고 및 납부하지 않아온 점』

○ 제15면 밑에서 제8행부터 제16면 밑에서 제4행까지 기재내용을 삭제한다.

○ 제16면 밑에서 제3행의 ⁠“라.”를 ⁠“다.”로, 제17면 밑에서 제6행의 ⁠“마.”를 ⁠“라.”로 각 고친다.

○ 제17면 제5행의 ⁠“인정한 사정들에 비추어 보면,”을 ⁠“인정한 사정들에다가 원고에 대하여 정당한 사유가 있다고 보아 가산세를 면제하는 경우 그동안 기술료 수입에 대하여 부가가치세를 성실하게 신고.납부하여 온 ddd이나 eee 등 다른 기관과 비교할 때 형평에 반하는 결과를 낳는다고 보이는 점 등을 종합하여 보면,”으로 바꾸어 쓴다.

2. 결론

 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와

결론을 같이하여 정당하고 원고의 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 판결한다.

출처 : 대전고등법원 2019. 11. 28. 선고 대전고등법원 2018누13160 판결 | 국세법령정보시스템