요지

납세자가 주식의 현물출자로 인한 양도차익에 대하여 과세이연 받았다가 사망한 경우, 조세특례제한법 제38조의2에서 규정한 주식을 처분한 경우에 해당하지 아니하므로 이를 승계한 상속인에게 양도소득세를 과세처분할 수 없음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2017. 10. 20. 원고들에 대하여 한 2013년 귀속 양도소득세 1,091,612,620원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

  가. 주식회사 QW사(이하 ⁠‘QW사’라 한다)는 2011. 11. 1. 주식회사 QW홀딩스(이하 ⁠‘QW홀딩스’라 한다)로부터 식품·화학·사료 사업부문 및 관련 연구소가 분할되어 설립된 법인이다. 망인은 2012. 7.경 QW사 주식 85,700주를 전환지주회사인 QW홀딩스에 현물출자하고 QW홀딩스 주식 85,549주(이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다)를 교부받았으며, 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것) 제38조의2(이하 ⁠‘이 사건 규정’이라 한다) 제1항에 따라 양도소득세의 과세이연을 받았다.

  나. 망인이 2013. 11.경 사망하여, 이 사건 주식이 원고들에게 상속되었다.

  다. 피고는 이 사건 주식의 상속이 과세이연 중단사유인 ⁠‘처분’에 해당한다고 보아, 2017. 10. 25. 원고들에게 2013년 귀속 양도소득세 1,091,612,620원(가산세 포함)을 결정‧고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

  라. 원고는 2018. 1. 12. 조세심판청구를 하였으나, 2018. 12. 6. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 원고들의 주장

    1) 상속은 이 사건 규정이 정한 과세이연 중단사유인 ⁠‘처분’에 해당하지 않고, 설령 그렇다 하더라도, 이 사건 규정에 의한 추징은 현물출자 등으로 망인으로부터 QW사 주식을 취득한 QW홀딩스에 대하여 이루어질 수 있을 뿐 상속인인 개인에 대하여는 불가능하다.

    2) 이 사건 규정에 의한 과세이연 후 상속이 이루어진 경우, 양도소득세 신고‧납부의무에 관한 규정이 없어 가산세의 부과가 불가능하다.

  나. 판단

    1) 관계 법령 및 관련 법리

      가) 이 사건 규정 제1항에 의하면 내국법인의 내국인 주주가 2012. 12. 31.까지 일정한 요건을 갖추어 주식을 현물출자함에 따라 ⁠「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 지주회사를 새로 설립하거나 기존의 내국법인을 지주회사로 전환하는 경우 그 현물출자로 인하여 취득한 주식의 가액 중 그 현물출자로 인하여 발생한 양도차익에 상당하는 금액에 대하여는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 주주가 해당 지주회사의 주식을 ⁠‘처분’할 때까지 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받을 수 있다.

      나) 다음과 같은 이 사건 규정 및 관련 규정의 문언과 체계, 개정 연혁 등에 비추어 볼 때, 이 사건 규정 제1항의 ⁠‘처분’에 ⁠‘상속’이 포함된다거나, 기존 주주의 사망으로 인한 상속 시점에 상속인에 대하여 과세이연 중단 또는 추징의 사유가 발생한다고 해석할 수 없다.

        (1) 2010. 12. 27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 구 조세특례제한법 제38조의2(이하 ⁠‘개정 전 규정’이라 한다) 제3항 제2호는, 제1항에 따라 양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등(주식의 현물출자, 상법 제360조의2의 주식의 포괄적 교환 및 같은 법 제360조의15의 주식의 포괄적 이전, 이하 이 조에서 같다) 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다고 규정하고 있었다. 개정 전 규정 제5항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2010. 12. 30. 대통령령 제22583호로 개정되기 전의 것) 제35조의4(이하 ⁠‘개정 전 시행령 규정’이라 한다) 제1항은 ⁠“내국법인의 주주인 거주자가 개정 전 규정 제1, 2항에 따라 보유주식을 지주회사 또는 전환지주회사에 현물출자 또는 이전하거나 지주회사 또는 전환지주회사의 주식과 교환하는 경우 해당 보유주식의 현물출자 등에 따라 발생하는 소득(이하 ⁠‘주식과세이연금액’이라 한다)에 대하여는 양도소득세를 과세하지 아니하되, 그 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 양도(현물출자 등으로 인하여 취득한 주식 외에 다른 방법으로 취득한 주식이 있는 경우에는 주식의 현물출자 등으로 인하여 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 본다)에 대하여는 지주회사 또는 전환지주회사의 주식의 취득가액에서 주식과세이연금액을 뺀 금액을 취득가액으로 보아 양도소득세를 과세한다”고 규정하고, 제2항은 ⁠“개정 전 규정 제3항 각 호의 사유가 발생하는 경우에는 주식과세이연금액 중 해당 사유가 발생한 날 현재 양도하지 아니한 해당 지주회사 또는 전환지주회사의 주식에 상당하는 금액에 현물출자 또는 자기주식교환 당시의 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항의 규정에 의한 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 사유발생일이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 납부하여야 한다”고 규정하였다.

        이 사건 규정은 제3항의 내용을 변경하여 ⁠“내국법인의 주주가 제1항 또는 제2항에 따라 과세를 이연받은 경우 지주회사(전환지주회사를 포함한다)는 현물출자 또는 자기주식교환(이하 이 조에서 ⁠‘현물출자 등’이라 한다)로 취득한 주식의 가액을 장부가액으로 하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우에는 현물출자 등으로 취득한 주식의 장부가액과 현물출자 등을 한 날 현재의 시가와의 차액(시가가 장부가액보다 큰 경우만 해당한다)을 대통령령으로 정하는 바에 따라 익금에 산입하여야 한다”고 규정하면서, 각 호의 사유 중에서 개정 전 규정 제3항 제2호의 사유(“양도소득세의 과세를 이연받은 주주가 현물출자 등 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우”)를 삭제하였고, 제5항을 신설하여 ⁠“이 사건 규정 제1항 각 호 및 제3항 제3호, 제4호를 적용할 때 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다”고 규정하였다. 이 사건 규정 제5항, 제6항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2011. 1. 24. 대통령령 제22637호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘이 사건 시행령’이라 한다) 제35조의3 제12항은 이 사건 규정 제5항의 부득이한 사유 중 이 사건 규정 제1항 제1호 및 제3항 제4호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우로 ⁠‘지주회사, 전환지주회사 및 제3항에 따른 주주(지배주주) 등이 구 법인세법 시행령(2011. 3. 31. 대통령령 제22812호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조의2 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우’를 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제80조의2 제1항 제1호 나목(이하 ⁠‘법인세법 시행령 규정’이라 한다)은 ⁠‘주주 등이 사망하거나 파산하여 주식 등을 처분한 경우’를 규정하고 있다. 개정 전 시행령 규정 제2항은 이 사건 시행령에서 삭제되었다.

        (2) 개정 전 규정 제3항 제2호는 과세이연 중단사유로 ⁠‘상속’을 명시하고 있었으나 위 규정은 삭제되었고, 신설된 이 사건 규정 제5항, 이 사건 시행령 제35조의3 제12항 제1호, 법인세법 시행령 규정에 의하면, ⁠‘주주 등이 사망하거나 파산하여 주식 등을 처분한 경우’에는 여전히 기존 주주가 주식을 보유하는 것으로 보아 이 사건 규정 제1항 각호에 의한 과세이연이 중단되거나 이 사건 규정 제3항의 익금산입이 이루어지지 않도록 하였는바, 이 사건 규정 제1항 제1호의 ⁠‘보유’ 요건과 관련하여 지배주주 등의 사망으로 인한 상속을 처분으로 보지 않는 이상, 이 사건 규정 제1항 본문에서의 처분에 관하여도 비록 기간 요건이 없기는 하나 동일하게 보아 상속으로 과세이연이 중단되지 않는다고 해석하는 것이 타당해 보이고, 법인세법 시행령 규정에 ⁠‘처분’이라는 문언이 포함되어 있다고 하여 이와 달리 보기는 어렵다.

        나아가 개정 전 시행령 규정 제1항은 기존 주주가 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 양도하는 경우 양도소득세 과세 방법에 대하여 규정하면서, 제2항에서 개정 전 규정 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우의 신고‧납세의무도 규정하고 있었으나, 이 사건 시행령은 제35조의4 제2항을 삭제하였고, 양도가 아닌 상속의 경우에 개정 전 규정 제3항 제2호와 같은 양도소득세 납부에 관한 규정도 달리 두고 있지 않으므로, 기존 주주의 사망으로 인한 상속 시점에 상속인으로부터 양도소득세를 추징하는 것은 불가능하게 되었다고 해석함이 타당하다.

    2) 구체적인 판단

      위 처분의 경위에 의하면 원고들이 망인으로부터 이 사건 주식을 상속하였을 뿐 양도 사실은 발생하지 아니하였는바, 앞서 살펴본 법리에 비추어 보면 망인이 받은 양도소득세의 과세이연은 중단되지 않았고, 원고들에 대하여 상속을 원인으로 한 양도소득세의 부과 또는 추징을 할 수 없다고 할 것이다. 따라서 이 사건 처분은 원고들의 나머지 주장에 관하여 더 살필 것 없이 위법하여 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2019. 12. 13. 선고 서울행정법원 2019구합57817 판결 | 국세법령정보시스템