요지

엄격해석의 원칙에 따라 원고의 주장을 배척하는 취지의 판결
법인세법 §76조22의 ⁠‘연결집단을 하나의 내국법인으로 보아’라는 문언으로부터 연결법인 간 거래(내부거래)한 매출액을 제거하고 중소기업 해당 여부를 판단해야한다는 해석을 도출하기 어렵고,
법인세법상 기업회계기준 존중의 원칙은 ⁠‘익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가’에 관한 것이므로 이 사건처럼 법인의 매출액 산정에 관한 사항까지 적용될 것은 아니며,
내부거래와 관련된 거래손익을 모두 제거하지 않고 법령에 열거된 항목에 대해서만 거래손익을 조정하도록 규정한 것은 입법재량으로 보여 열거되지 않은 항목까지 조정하는 것은 조세법률주의에 위배됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2020. 10. 28. 원고에 대하여 한 2018 사업연도에 관한

407,900,157원의 법인세경정거부처분, 2019 사업연도에 관한 390,679,516원의 법인세

경정거부처분을 모두 취소한다(원고가 이 법원에 이르러 위와 같이 청구취지를 변경·

감축함으로써 항소취지도 그 범위 내에서 변경·감축되었다).

  이 유

1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항 기재와 같이 고쳐 쓰거나 추

가하고, 원고가 이 법원에서 강조하는 주장에 관하여 제3항에서 추가 판단을 하며, 제1

심판결의 별지1을 삭제하고 별지2를 이 판결의 별지로 교체하는 외에는 제1심판결 이

유의 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여

약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 법원이 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 3쪽 그림 아래 5행의 ⁠“기재한다”를 ⁠“기재하고, 이 사건에서 문제되는

2018~2019 사업연도 중간에 법인세법의 연결납세 규정, 관련 조세특례제한법 규정 등 에 일부 자구의 개정이 있었으나 그 실질적인 내용이 동일하므로, 구 법령을 별도로

구분하여 표기하지 아니한다”로 고친다.

○ 제1심판결 4쪽 4행의 ⁠“원고에게”부터 7행 아래의 ⁠“[표 1]”로 표시된 표까지를 다음 과 같이 고친다.

『원고에게 2015년부터 2019년까지 CCC에 관련된 부분과 기타 과오납된 법인세

합계 758,025,404원만을 환급하고, 나머지 아래 표 기재와 같은 1,233,469,307원에 대

한 법인세경정청구는 거부하는 내용의 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

○ 제1심판결 4쪽 표 아래 7행부터 10행까지, 6쪽 4행부터 7쪽 5행까지를 각 삭제한

다.

○ 제1심판결 5쪽 1행의 ⁠“제76조의16 조항을”을 삭제한다.

○ 제1심판결 5쪽 표 아래 1~2행을 아래와 같이 고친다.

『따라서 이 사건 처분 중 2018 사업연도에 관한 407,900,157원의 법인세경정거부처

분, 2019 사업연도에 관한 390,679,516원의 법인세경정거부처분은 모두 취소되어야 한

다.』

○ 제1심판결 5쪽 표 아래 4행의 ⁠“별지 2”를 ⁠“별지”로 고친다.

○ 제1심판결 7쪽 6행부터 10쪽 1행까지를 아래와 같이 고친다.

『제1항에서 인정한 사실, 앞서 든 증거들과 갑 제6, 7호증의 각 기재, 법인세법 등 별

지 관계 법령의 규정 내용에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고가

원고와 BBB, CCC, DDD, EEE로 구성된 연결집단의 2018 사업

연도와 2019 사업연도 각 소득에 관한 법인세액을 계산할 때 각 연결법인의 매출액

합산액을 기준으로 위 연결집단이 중소기업에 해당하지 아니한다고 판단한 다음, 이를

기초로 위 각 연결법인의 법인세액을 산정하여 원고에 대하여 2018 사업연도에 관한

407,900,157원의 법인세경정거부처분, 2019 사업연도에 관한 390,679,516원의 법인세

경정거부처분을 한 것은 적법하다. 따라서 원고의 주장을 받아들일 수 없다.

1) 제76조의22 전단은 ⁠“각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 이

법 및 조세특례제한법의 중소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보

아 중소기업에 해당하는 경우에만 적용한다.”라고 규정하여, '연결집단을 하나의 내국

법인으로 보아 중소기업에 해당하는 경우'에만 연결법인에 대하여 중소기업 관련 규정 을 적용한다고 정하고 있을 뿐, 하나의 내국법인으로 본 연결집단의 중소기업 해당 여

부의 판단기준에 관하여 별도로 정하고 있지 아니하다. 한편 조세특례제한법 제6조 제

1항, 같은 법 시행령 제2조 제1항은 중소기업의 요건에 관하여 ⁠‘매출액이 업종별로 중

소기업기본법 시행령 별표 1에 따른 규모 기준 이내일 것’(제1호), ⁠‘실질적인 독립성이

중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것’(제3호) 등을 규정하고 있다.

따라서 연결집단의 경우도 중소기업기본법 시행령 별표 1이 정한 업종별 매출액 기준 도 하나의 요건으로 보아 중소기업 해당 여부를 판단할 수 있다고 봄이 타당하다. 그

런데 제76조의22에서 규정하고 있는 연결법인의 중소기업 관련 규정의 적용 여부를

판단하기 위한 연결집단의 매출액 산정은 각 연결법인의 매출액을 단순 합산하는 방

식, 각 연결법인의 매출액을 합산한 다음 연결법인 간 내부거래 매출액을 전부 제거하 는 방식, 연결법인 간 내부거래 매출액을 제거하되 이를 일부만 제거하는 방식 등 다

양한 방식이 논의될 수 있다.

그러나 ① 조세특례제한법에 따른 중소기업에 대한 세액공제 및 감면 규정은 중

소기업에 대한 세부담을 완화하여 연구개발, 기술혁신, 시설확장 등에 자금을 용이하게

투자할 수 있도록 함으로써 중소기업의 육성과 성장을 지원하는 데에 그 취지가 있는

특혜 규정으로 봄이 타당하고, 제76조의22는 위와 같은 중소기업에 대한 세제 특혜를

적용함에 있어 연결납세제도를 채택하는 경우 세제 특혜의 적용대상 및 그 범위를 명

확히 한정하기 위한 규정이라고 봄이 타당하므로, 엄격하게 해석할 필요가 있는 점, ②

그런데 제76조의22 규정 문언과 법인세법의 관련 규정 및 체계 등을 면밀히 살펴보아 도 연결집단이 중소기업에 해당하는지 여부를 판단할 때에 제76조의22 규정의 ⁠‘연결집

단을 하나의 내국법인으로 보아’라는 규정 문언으로부터 각 연결법인의 매출액 합산액 에서 각 연결법인 사이의 내부거래 매출액을 전부 제거하는 방식으로 연결집단의 매출

액을 산정하여 중소기업 해당 여부를 판단해야 한다는 해석이 당연히 도출된다고 보기

어렵고 또한 그것이 조세법률주의에 부합한다고 보기도 어려운 점, ③ 연결납세제도는

기업조직 선택에 있어 조세의 중립성을 보장하여 기업 경영조직의 효율화에 기여하고

조세 왜곡을 제거하며, 경제적인 동일체인 모회사와 자회사를 경제적 실질에 맞게 과

세함에 따라 세부담의 수평적 형평성을 제고하고 조세체계의 선진화에도 기여하는 제

도로 도입하게 된 것이기는 하나, 납세자가 스스로 선택하는 것일 뿐만 아니라 연결납

세방식을 채택할 경우 연결집단의 세부담이 줄어드는 효과만 있는 것이 아니라 세부담 이 늘어나는 경우도 발생할 수 있으므로 조세중립성이 모든 경우에 엄격하게 준수될

수는 없는 점, ④ 연결집단에 소속된 각 연결법인이 개별적으로는 중소기업에 해당하

지만 각 연결법인의 매출액을 합산한 결과 중소기업 기준을 초과함에 따라 세부담에서

불리하게 된다는 이유만으로 법률적인 근거도 없이 연결집단의 매출액 합산액에서 각

연결법인 사이의 내부거래 매출액을 제거할 수는 없다 할 것이고, 원고 주장과 같이

내부거래 매출액을 제거하고 산정한 연결집단의 매출액을 기준으로 중소기업 해당 여

부를 판단할 경우 법적 안정성과 예측 가능성이 훼손될 수 있는 점, ⑤ 원고는 물론이 고 BBB, CCC, DDD, EEE는 상호간의 거래를 통하여 매출 및

수익을 발생시킬 수 있고, 각 회사의 고유한 지배 내지 수익구조가 있을 수 있으므로,

원고의 주장대로 각 연결법인의 매출액 합계액 중 내부거래 매출액을 차감한 금액을

기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것은 거래와 수익의 실질에 부합하지 않을

수 있는 점 등을 고려할 때, 제76조의22 규정을 원고의 주장과 같이 원고에게 유리하

게만 해석할 수는 없다.

2) 원고는, 기업회계기준에 의하여 연결재무제표에 계상될 매출액(연결실체 내 기

업들의 매출액을 합산한 후 이들 간에 발생한 내부거래 매출액을 제외한 금액)을 기준 으로 원고가 속한 연결집단의 중소기업 해당 여부를 판단하여야 한다고 주장한다. 그

러나 원고가 위 주장의 근거로 들고 있는 제43조는 내국법인의 각 사업연도의 소득금

액을 계산할 때 ⁠‘익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여’

기업회계기준을 적용할 수 있다고 규정하고 있어, 위 법률 조항에 의하여 이 사건과

같이 법인의 소득액이 아닌 법인의 매출액의 산정이 문제되고 ⁠‘익금과 손금의 귀속사

업연도와 자산·부채의 취득 및 평가’에 관한 사항도 아닌 경우에까지 기업회계기준을

적용하여야 한다는 결론이 도출되지는 아니한다. 더군다나, 기업회계기준에 따르면 연

결재무제표의 작성에 있어서는 지배기업과 모든 종속법인의 각 자산, 소득 등을 같은

항목별로 단순 합산한 후(일반기업회계기준 제4장 연결재무제표 4.8) 비로소 수익, 비

용 및 배당을 포함하는 연결실체 내의 거래로 인한 부분을 제거하여야 할 것이나(일반

기업회계기준 제4장 연결재무제표 4.9), 원고는 이 사건에 기업회계기준을 적용하여야

한다고 주장하면서도 원고의 또 다른 종속 내국법인인 FFF의 매출액을 제

외하고 연결집단 매출액을 계산하였는바, 이러한 매출액 계산은 원고의 편의에 따라

임의적으로 산정한 것이어서 그 계산방식을 그대로 따를 수 없고, 결과적으로 이와 관

련된 원고의 매출액 주장이 정확하다고 할 수도 없다.

3) 결국 2018 사업연도와 2019 사업연도 당시 원고와 BBB, CCC, DDD, EEE로 구성된

연결집단이 중소기업에 해당하는지 여부를 판단할 때 위 각 연결법인의 매출액 합산액 중

내부거래 매출액은 차감되어서는 아니 된다.

위 연결집단의 매출액을 단순 합산한 결과 2018 사업연도 매출액은 1,279억 원, 2019 사업연 도 매출액은 1,215억 원으로, 조세특례제한법 제6조 제1항, 같은 법 시행령 제2조 제1

항 제1호, 중소기업기본법 시행령 별표 1이 정한, 위 연결집단이 속한 업종(식료품 제

조업)의 중소기업 기준 매출액인 1,000억 원을 초과하였으므로, 원고가 속한 연결집단 은 중소기업에 해당하지 아니한다.』

3. 추가 판단

가. 원고의 주장 요지

연결납세방식은 연결집단을 하나의 법인으로 보고 소득금액을 계산하는 방식이므 로 중복계상을 방지하기 위해서는 연결법인 사이에 이루어진 거래와 관련된 손익을 전

부 제거함이 상당하고, 현행 연결납세제도에서는 중복계상의 방지를 위하여 자산양도

손익이연, 수입배당금, 접대비, 대손충당금에 대하여는 내부거래에서 발생한 손익을 제

외하도록 하는 규정을 마련하고 있다(제76조의14 제1항 제3호). 연결집단의 매출액을

산정함에 있어서도 내부거래로 인한 매출액을 제거하지 아니하면 매출액이 중복계상되 는 불합리한 결과가 발생하는바, 위 예에 따라 내부거래로 인한 매출액 역시 공제되어

야 함이 마땅하다. 대법원 2) 역시 연결집단을 하나의 내국법인으로 보는 경우 계상되었 을 자산인지 여부를 기준으로 하여, 여기에 포함될 수 없는 것은 연결집단의 자산에서

제거하여야 한다는 입장을 취하고 있다.

2) 대법원 2017. 4. 28. 선고 2017두31835 판결(제1심: 서울행정법원 2016. 5. 13. 선고 2015구합65995 판결, 항소심: 서울고등법원 2016. 12. 7. 선고 2016누50244 판결)

나. 판단

1) 현행 연결납세제도는 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 연결소득금액을 산

출하고 그에 따른 연결세액을 계산하는 소득통산형의 방식을 채택하고 있고, 제76조의

14에 의하여 연결소득금액은 다음의 단계에 따라 계산한다.

개별납세방식에 따라 각 연결법인별 각 사업연도의 소득금액 및 결손금 계산

연결법인별 연결조정항목 제거

연결법인 간 거래손익 조정

연결조정항목을 연결집단 기준으로 재계산한 후 법령에서 정한 비율 별로

각 연결법인별로 배분

각 연결법인별 소득금액을 합산하여 연결소득금액을 계산

2) 이중 ⁠‘ 연결법인 간 거래손익 조정‘과 관련하여, 제76조의14 제1항 제3

호에서는 연결법인 간 수입배당금액, 기업업무추진비, 대손충당금, 자산양도손익에 대

하여는 이를 익금 혹은 손금에 산입하지 아니할 수 있다고 명시적으로 규정하고 있다.

연결납세방식은 여러 연결법인을 하나의 법인으로 보고 소득금액을 계산하는 방식이므 로 연결법인 사이에 이루어진 거래와 관련된 손익을 전부 제거하여야 정확한 소득금액 을 계산할 수 있으나, 이는 현실적으로 불가능하므로 입법자는 제76조의14 제1항 제3

호를 통하여 연결법인 사이의 수입배당금액, 기업업무추진비, 대손충당금, 자산양도손

익에 대해서만 거래손익을 조정하도록 규정하는 방식으로 연결납세제도가 운용되도록

정한 것으로 보인다. 따라서 이와 같이 법령에서 명시적으로 열거된 항목 외에 명문의

법적 근거가 마련되어 있지 아니한 내부거래 항목까지 조정 내지 공제하는 것은 조세

법률주의에 반하여 허용될 수 없다고 할 것이다.

3) 원고는 대법원 2017. 4. 28. 선고 2017두31835 판결을 이 사건에 원용하고 있

으나, 위 대법원 판결은 앞서 본 바와 같이 제76조의14 제1항 제3호에서 규정하고 있 는 항목인 연결법인의 수입배당금과 관련하여, 내부거래에 따라 계상된 자산을 제거한

다는 법령상의 근거 3) 가 존재한 사안에 관한 것으로서, 내부거래로 인한 매출액을 제거

한다는 명문의 법령상 근거가 존재하지 아니하는 이 사건에 원용하는 것은 적절하지

아니하다.

4) 다른 한편, ① 소득과 매출은 엄연히 구분되는 개념인 점, ② 법인세의 부과 기

준으로서의 소득액은 납세의무자인 법인의 실질적인 담세력을 평가하기 위한 수단인

바, 연결법인 사이의 내부거래로 발생하는 손익의 경우 중복계상이 되지 않도록 하여

야 하고, 그것이 실질과세의 원칙에 부합하는 점, ③ 반면 중소기업에 대한 세제 특례

의 적용 범위를 정하는 기준으로서의 매출액은 기업의 규모를 평가하기 위한 것인데,

매출액 중 내부거래로 인한 매출액의 비중이 높다고 하여 그 비중만큼 기업의 규모가

영세하다고 평가할 수는 없고, 따라서 내부거래 부분으로 인하여 판단이 왜곡될 여지 가 많다거나 내부거래 부분을 제외하여야만 실질에 부합하는 판단이 이루어진다고 할

수 없으므로, 내부거래로 인한 매출의 중복계상을 방지하여야 할 필요성이 크다고 할

수 없는 점 등을 고려하면, 연결법인의 연결소득금액의 산정에 있어 일부 내부거래 항

목을 조정하는 규정이 존재한다고 하여 매출액 산정에 있어서도 내부거래로 인한 부분 을 공제하여야 한다는 볼 수는 없다.

3) 구 법인세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23589호로 개정되기 전의 것) 제120조의19③

제1항을 적용할 때 제17조의3 제3항 제4호 중 대차대조표상의 자산총액은 각 연결법인의 대차대조표상의 자산총액의 합계액(연결법인 간 거래에 따라 계상된 자산을 제거한 후의 금액을 말한다)으로 한다.

5) 이상 살펴본 바와 같이 원고가 이 법원에서 강조한 주장도 모두 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을

같이 하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판

결한다.

별지

관계 법령

□ 법인세법

○ 제13조【과세표준】

① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소

득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다 만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 80[「조세특례제

한법」 제6조 제1항에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)과 회생계획을

이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인의 경우는 100분의 100]을 한도로

한다(이하 생략).

○ 제43조【기업회계기준과 관행의 적용】

내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사

업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정

되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 ⁠「조

세특례제한법」에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는

관행에 따른다.

○ 제76조의8 【연결납세방식의 적용 등】

① 다른 내국법인을 완전 지배하는 내국법인[비영리법인 등 대통령령으로 정하는 법

인은 제외하며, 이하 이 항에서 "완전모법인"(完全母法人)이라 한다]과 그 다른

내국법인[청산 중인 법인 등 대통령령으로 정하는 법인은 제외한다. 이하 이 장에

서 "완전자법인"(完全子法人)이라 한다]은 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전모법인

의 납세지 관할지방국세청장의 승인을 받아 연결납세방식을 적용할 수 있다. 이 경우

완전자법인이 둘 이상일 때에는 해당 법인 모두가 연결납세방식을 적용하여

야 한다.

○ 제76조의13【연결과세표준】

① 각 연결사업연도의 소득에 대한 과세표준은 각 연결사업연도 소득의 범위에서 다음 각

호에 따른 금액을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 제

3항 제1호에 따른 연결소득 개별귀속액의 100분의 80(중소기업과 회생계획을 이행 중인 기

업 등 대통령령으로 정하는 연결법인의 경우는 100분의 100)을 한도로 한다.

1. 각 연결사업연도의 개시일 전 15년 이내에 개시한 연결사업연도의 결손금(연결법인의 연

결납세방식의 적용 전에 발생한 결손금을 포함한다)으로서 그 후의 각 연결사업연도

(사업연도를 포함한다)의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액

2. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 비과세소득의 합계액

3. 이 법과 ⁠「조세특례제한법」에 따른 각 연결법인의 소득공제액의 합계액

○ 제76조의14【각 연결사업연도의 소득】

① 각 연결사업연도의 소득은 각 연결법인별로 다음 각 호의 순서에 따라 계산한 소

득 또는 결손금을 합한 금액으로 한다.

3. 다음 각 목에 따른 연결법인 간 거래손익의 조정

가. 수입배당금액의 조정: 다른 연결법인으로부터 받은 수입배당금액 상당액을

익금에 불산입

나. 기업업무추진비의 조정: 다른 연결법인에 지급한 기업업무추진비 상당액을

손금에 불산입

다. 대손충당금의 조정: 다른 연결법인에 대한 채권에 대하여 설정한 제34조에

따른 대손충당금 상당액을 손금에 불산입

라. 자산양도손익의 조정: 유형자산 및 무형자산 등 대통령령으로 정하는 자산을 다

른 연결법인에 양도함에 따라 발생하는 손익을 대통령령으로 정하는 바에 따라

익금 또는 손금에 불산입

○ 제76조의15【연결산출세액】

① 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세는 제76조의13에 따른 과세표준에 제55

조 제1항의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 이 장에서 "연결산출세액"이라

한다)으로 한다.

○ 제76조의16【연결법인의 세액감면 및 세액공제 등】

① 연결산출세액에서 공제하는 연결법인의 감면세액과 세액공제액은 각 연결법인별로 계

산한 감면세액과 세액공제액의 합계액으로 한다.

② 제1항을 적용할 때 각 연결법인의 감면세액과 세액공제액은 각 연결법인별 산출

세액을 제55조의 산출세액으로 보아 이 법 및 ｢ 조세특례제한법 ｣ 에 따른 세액감

면과 세액공제를 적용하여 계산한 금액으로 하며, 연결집단을 하나의 내국법인으 로 보아 ｢ 조세특례제한법 ｣ 제132조 제1항을 적용한다.

③ 세액감면과 세액공제의 적용순서는 제59조 제1항을 준용하며, 연결법인의 적격합

병과 적격분할에 따른 세액감면과 세액공제의 승계는 제44조의3 제2항, 제46

조의3 제2항 및 제59조 제1항을 준용한다.

④ 각 연결법인의 감면세액을 계산할 때 세액을 감면 또는 면제하는 경우 감면 또 는 면제되는 세액의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 제76조의19【연결법인세액의 납부】

① 연결모법인은 연결산출세액에서 다음 각 호의 법인세액(가산세는 제외한다)을 공

제한 금액을 각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세로서 제76조의17제1항의 신고

기한까지 납세지 관할 세무서등에 납부하여야 한다.

1. 해당 연결사업연도의 감면세액ㆍ세액공제액

○ 제76조의22【연결법인에 대한 중소기업 관련 규정의 적용】

각 연결사업연도의 소득에 대한 법인세액을 계산할 때 이 법 및 ｢ 조세특례제한법 ｣ 의 중

소기업에 관한 규정은 연결집단을 하나의 내국법인으로 보아 중소기업에 해당하는

경우에만 적용한다. 이 경우 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결사업연도의 직전 사

업연도 당시 중소기업에 해당하는 법인이 연결납세방식을 적용함에 따라 중소기업에

관한 규정을 적용받지 못하게 되는 경우에는 연결납세방식을 적용하는 최초의 연결

사업연도와 그 다음 연결사업연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 연결사업연도까지 는 중소기업에 관한 규정을 적용한다.

□ 법인세법 시행령

○ 제120조의18 【연결법인의 감면세액】

① 법 제76조의14 제1항 제3호 라목에서 "유형자산 및 무형자산 등 대통령령으로

정하는 자산"이란 다음 각 호의 자산(이하 이 장에서 "양도손익이연자산"이라 한

다)으로서 양도시점에 국내에 소재하는 자산을 말한다. 다만, 제1호부터 제3호

까지의 자산으로서 거래 건별 장부가액이 1억원 이하인 자산은 양도손익이연자

산에서 제외할 수 있다.

1. 제24조 제1항 제1호의 유형자산(건축물은 제외한다)

2. 제24조 제1항 제2호의 무형자산

3. 매출채권, 대여금, 미수금 등의 채권

4. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」 제3조제1항에 따른 금융투자상품

5. 토지와 건축물

○ 제120조의23【연결법인의 감면세액】

① 법 제76조의16 제1항 및 제2항을 적용할 때 각 연결법인의 감면 또는 면제되 는 세액은 감면 또는 면제되는 소득에 연결세율을 곱한 금액(감면의 경우에는 그 금

액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다. 이 경우 감면 또는 면제되 는 소득은 과세표준 개별귀속액을 한도로 하되 그 계산에 관하여는 제96조를 준

용한다.

□ 조세특례제한법

○ 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】

① 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다) 중 2024년 12월 31일

이전에 제3항 각 호에 따른 업종으로 창업한 중소기업(이하 이 조에서 "창업중

소기업"이라 한다)과 「중소기업창업 지원법」 제53조제1항에 따라 창업보육센

터사업자로 지정받은 내국인(이하 이 조에서 "창업보육센터사업자"라 한다)에 대

해서는 해당 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업 개시일부터 5년이

되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우

에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도를 말한다. 이하 제6항에서 같다)와 그

다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발

생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세에 다음 각 호의 구분에 따른 비율을 곱한

금액에 상당하는 세액을 감면한다.

□ 조세특례제한법 시행령

○ 제2조【중소기업의 범위】

① 법 제6조 제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 다음

각 호의 요건을 모두 갖춘 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을 말한다. 다만, 자

산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 않는다.

1. 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 1에 따른 규모 기준("평균

매출액등"은 "매출액"으로 보며, 이하 이 조에서 "중소기업기준"이라 한다) 이내

일 것

2. 삭제

3. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제31조 제1항에 따른 공시대상기업집단 에 속하는 회사 또는 같은 법 제33조에 따라 공시대상기업집단의 국내 계열회

사로 편입ㆍ통지된 것으로 보는 회사에 해당하지 않으며, 실질적인 독립성이

「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호에 적합할 것. 이 경우 ⁠「중소기

업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호 나목의 주식등의 간접소유 비율을 계산

할 때 ⁠「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 집합투자기구를 통하여

간접소유한 경우는 제외하며, 「중소기업기본법 시행령」 제3조 제1항 제2호

다목을 적용할 때 "평균매출액등이 별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업"은 "매

출액이 「조세특례제한법 시행령」 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업기준에

맞지 않는 기업"으로 본다.

4. 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업을 주된 사업으로 영위하지 아니할 것

□ 중소기업기본법 시행령

○ 제3조【중소기업의 범위】

① ⁠「중소기업기본법」(이하 "법"이라 한다) 제2조 제1항 제1호에 따른 중소기업은

다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 기업일 것

가. 해당 기업이 영위하는 주된 업종과 해당 기업의 평균매출액 또는 연간매출액

(이하 "평균매출액등"이라 한다)이 별표 1의 기준에 맞을 것

나. 자산총액이 5천억 원 미만일 것

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는

기업일 것

가. 삭제

나. 자산총액이 5천억 원 이상인 법인(외국법인을 포함하되, 비영리법인 및 제3조

의2제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다)이 주식등의 100분의

30 이상을 직접적 또는 간접적으로 소유한 경우로서 최다출자자인 기업. 이

경우 최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독 으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등 을 가장 많이 소유한 자를 말하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 ⁠「국

제조세조정에 관한 법률 시행령」 제2조 제3항을 준용한다. 1) 주식등을 소유

한 자가 법인인 경우: 그 법인의 임원 2) 주식등을 소유한 자가 1)에 해당하

지 아니하는 개인인 경우: 그 개인의 친족

다. 관계기업에 속하는 기업의 경우에는 제7조의4에 따라 산정한 평균매출액등이

별표 1의 기준에 맞지 아니하는 기업

라. 삭제 ⁠“끝”

출처 : 대전고등법원 2024. 09. 25. 선고 대전고등법원(청주)2024누50118 판결 | 국세법령정보시스템