요지

상증세법에 따른 시가는 양 당사자간에 임의로 택한 교환기준일 뿐인바, 이를 실지거래가액이라 할 수 없고, 기준시가를 구함에 있어 소득세법이 규정하는 자산총액 중 부동산가액이 차지하는 비율이 50%이상인 법인에는 비율이 80%이상인 법인을 포함하고 있으므로, 소득세법에 따라 양도소득을 구하는 것이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 20xx. xx. xx. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 300,000,000원의 부과처분 중 200,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 20xx. xx. xx. 형 강BB과 사이에 원고가 보유한 주식회사 ○○○(이하 ○○○라 한다)의 기명식 보통주식 000주(이하 이 사건 주식이라 한다)와 강BB이 소유한 서울 00구 00동 000 대 1000㎡ 중 3/6지분 및 위 지상 건물의 1/3지분(이하 이 사건 교환부동산이라 한다)을 서로 상대방에게 이전하고, 강BB이 원고에게 1,000,000,000원을 추가로 지급하는 내용의 교환계약(이하 이 사건 교환계약이라 한다)을 체결하였다. 강BB은 20xx. xx. xx. 원고 앞으로 이 사건 교환부동산의 소유권이전등기절차를 이행하였고, 원고는 같은 날 강BB 앞으로 이 사건 주식의 명의개서절차를 이행하였다.

나. 이 사건 교환계약 당시 원고는 ○○○ 발행주식 총수의 40%, 강BB은 나머지 60%를 보유하고 있었다. 또한 서울 00구 00동 000 대 1000㎡ 중 강BB 지분을 제외한 나머지 지분은 원고가 소유하고 있었고, 위 지상 건물은 원고, 강BB, 김CC이 각 1/3지분씩 공유하고 있었다. 김CC은 20xx. xx. xx. 위 지상 건물에 대한 자신의 지분을 원고에게 증여하고 20xx. xx. xx. 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 원고는 20xx. xx. xx. 이 사건 주식의 양도가 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 나목에서 정한 주권비상장 법인의 주식 양도에 해당된다고 보고, 같은 법 제99조 제1항 제4호 및 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제165조 제4항의 규정에 따라 계산한 기준시가로서 양도가액을 5,000,000,000원, 취득가액을 3,000,000,000원으로 산정하고, 양도소득세율 최고 38%를 적용하여 산출한 양도소득세 400,000,000원을 예정신고하였다.

라. 피고는 20xx. xx. xx. 원고에게 구 상속세 및 증여세법(2016. 12. 20. 법률 제14388호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제1항 제1호 다목 및 구 상속세 및 증여세법 시행령(2017. 2. 7. 대통령령 제27835호로 개정되기 전의 것) 제54조 제4항의 규정에 따라 계산한 가액 상당액으로서 이 사건 주식의 양도가액을 8,000,000,000원, 취득가액을 6,000,000,000원으로 인정하고, 양도소득세율을 최고 38%로 적용하여 양도소득세 300,000,000원을 추가부과하였다.

마. 그 후 피고는 20xx. xx. xx. 양도소득세율을 잘못 적용하였음을 이유로 한 원고의 경정청구를 받아들여 원고에 대한 양도소득세를 300,000,000원으로 감액하고, 원고에게 양도소득세 300,000,000원을 환급하여 주는 결정*을 하였다(이와 같이 위와 같이 감액하고 남은 양도소득세 부과처분을 이 사건 부과처분이라 한다).

* 당초 구 소득세법 제104조 제1항 제1호, 제55조 제1항에 따라 최고 38%의 세율을 적용하였다가, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에 따라 20%의 세율을 적용하는 것으로 경정한 것이다.

바. 이 사건 주식의 양도가액과 취득가액을 앞서 다항에서 본 바와 같이 산정하여계산한 양도차액을 기초로 양도소득세율 20%를 적용한 세액은 200,000,000원이다(피고는 위 금액을 200,000,xxx원이라고 계산하였으나 이는 원 미만 금액을 버리지 않은 결과로 보인다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증, 을 제1, 6, 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 판단

가. 당사자의 주장

피고는, 원고와 강BB이 이 사건 교환계약을 체결하면서 이 사건 주식과 이 사건

1) 당초 구 소득세법 제104조 제1항 제1호, 제55조 제1항에 따라 최고 38%의 세율을 적용하였다가, 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에 따라 20%의 세율을 적용하는 것으로 경정한 것이다.

교환부동산의 가액을 구 상속세 및 증여세법에서 정하는 이른바 보충적 평가방법에 따라 산정하고 그 차액을 금전으로 지급하기로 하였는바 이는 이 사건 주식의 실지거래가액 내지 그에 준하는 가액으로 볼 수 있고, 설령 위 가액을 이 사건 주식의 실지거래가액으로 볼 수 없다고 하더라도 ○○○는 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에서 정하는 이른바 부동산과다보유법인에 해당하므로 이 사건 주식의 가액은 구 소득세법 제99조 제1항 제4호 전문, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제4호에 따라 순자산가치에 의한 가액(이하 순자산가치액이라 한다)으로 평가하여야 한다는 취지로 주장한다.

이에 반하여 원고는, 구 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법으로 산정한 가액을 이 사건 주식의 실지거래가액으로 볼 수 없으므로, 구 소득세법 제100조에 따라 이 사건 주식의 양도가액과 취득가액을 기준시가로 산정함에 있어 구 소득세법 제99조 제1항 제4호 후문 전단에 따라 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서를 적용하여 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 하여 가중평균한 가액(이하 가중평균액이라 한다)으로 이를 평가하여야 한다고 주장한다.

나. 인정사실

⑴ ○○○는 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목에서 규정하는 ⁠‘주권상장법인이 아닌 법인’이자, 자산총액 중 부동산 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인으로서 구 소득세법 제94조 제1항 제4호 다목, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 해당하는 이른바 부동산과다보유법인이다.

⑵ 이 사건 교환 당시 ○○○의 1주당 가액은, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호에 따라 평가한 순자산가치는 9,000원, 순손익가치는 400원이고, 같은 호 단서에 따라 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 하여 평가한 가액은 5,000원이다. 이에 의하면, 이 사건 주식의 양도당시 순자산가치액은 8,000,000,000원(000주 × 9,000원)이 되고, 가중평균액은 5,000,000,000원(000주 × 5,000원)이 된다.

⑶ 이 사건 교환부동산을 교환 당시를 기준으로 구 상속세 및 증여세법 제61조 제1항의 기준시가에 따라 평가한 가액은 7,000,000,000원(토지 6,000,000,000원 + 건물 1,000,000,000원)이고, 구 소득세법 제99조 제1항의 기준시가에 따라 평가한 가액은 7,000,000,000원(토지 6,000,000,000원 + 건물 1,000,000,000원)이며, 이 사건 교환부동산과 관련하여 반환하여야 할 임차보증금반환채무 중 강BB 지분에 상당하는 채무액은 800,000,000원이었다.

⑷ 원고와 강BB은 이 사건 교환계약 당시 상속세 및 증여세법에 따라 이 사건 주식 가액을 순자산가치액에 가까운 8,000,000,000원으로, 이 사건 교환부동산 가액을 7,000,000,000원으로 평가하고, 위 임차보증금반환채무를 원고가 인수하되 강BB이 원고에게 교환차액 1,500,000,000원을 지급하는 것으로 정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2호증, 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 이 사건 주식의 순자산가치액을 실지거래가액으로 볼 수 있는지 여부

⑴ 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목, 제96조 제1항은 비상장주식의 양도가액은 양도 당시의 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 구 소득세법 제114조 제7항, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제1항 및 제3항은 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 등 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비되는 등으로 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 그 양도가액을 매매사례가액, 기준시가 등에 의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다.

여기서 양도소득세액을 산출하는 기초가 되는 당해 자산의 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하는 것이므로, 거래가 교환인 경우에는 그것이 특히 목적물의 금전가치를 표준으로 하는 가치적 교환으로서 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반하는 등의 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 있다고 하겠지만, 그렇지 아니한 단순한 교환인 경우에는 실지양도가액을 확인할 수 없다고 해야 한다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두19841 판결 등 참조). 이는 교환계약 당사자들이 교환대상 목적물의 가액을 임의로 평가하여 정한 다음 그 차액을 산정한 경우에도 마찬가지이다.

⑵ 원고와 강BB은 이 사건 교환계약을 체결함에 있어 구 상속세 및 증여세법에서 정하고 있는 이른바 보충적 평가방법에 의하여 이 사건 주식이나 교환부동산의 가액을 평가하였는바, 이는 이 사건 주식 및 교환부동산의 특성상 객관적인 시가확인이 곤란한 상황에서 특수관계인간의 거래에 따른 증여의제 등의 부담을 회피하면서 교환차액을 산정하기 위하여 임의로 택한 방법이었던 것으로 보일 뿐이고, 그 과정에서 이 사건 주식이나 교환부동산에 대한 시가감정 등을 거치지 아니한 이상 원고와 강BB이 이 사건 교환계약 당시 위 보충적 평가방법에 따라 평가한 이 사건 주식의 가액 또는 이 사건 교환부동산의 가액 및 교환차액의 합산액을 이 사건 주식의 실지거래가액이라 보기는 어렵다.

⑶ 피고는, 원고가 증권거래세 신고 당시 이 사건 주식을 순자산가치액으로 평가하였고, 이 사건 교환계약 역시 순자산가치액으로 평가하여 교환차액을 산정한 점 등에 비추어 볼 때, 양도소득세 산정에 있어서도 이 사건 주식의 가액을 순자산가치액으로 평가하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다는 취지로도 주장하지만, 이 사건 주식의 순자산가치액을 그 실지거래가액으로 볼 수 없는데도 불구하고 실질과세의 원칙을 이유로 이를 양도소득 산정의 기초로 삼을 수는 없다. 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.

라. 이 사건 주식의 기준시가 평가방법

⑴ 이 사건 주식 양도가 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 나목에서 정하는 주권상장법인이 아닌 법인의 주식 양도에 해당한다는 사실에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없고, 구 소득세법 제99조 제1항 제4호는 위 주식 양도의 경우 기준시가는 ⁠‘상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목을 준용하여 평가한 가액’에 따르도록 하면서, ⁠‘평가기준시기 및 평가액은 대통령령으로 정하는 바에 따’르도록 규정하고 있다. 이에 따라 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호는 1주당 가액의 평가를 순손익가치와 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액으로 하되, 다만 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인은 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 하도록 규정하고, 같은 항 제3호는 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중인 법인과 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식 등은 순자산가칙에 따라 가액을 평가하도록 규정하고 있다.

여기서 앞서 본 바에 의하면 ○○○는 그 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상임을 알 수 있고, ○○○가 양도소득과세표준 확정신고기한 이내에 청산절차가 진행 중이라는 등 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제3호에서 정하는 사유에 해당한다는 아무런 주장·입증이 없으므로, 이 사건 주식의 기준시가는 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에 따라 순손익가치와 순자산가치를 각각 2와 3의 비율로 가중평균한 가액으로 평가하는 것이 타당하다.

⑵ 피고는, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에서 같은 시행령 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인, 즉 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 경우만 규정하고 있고 그 비율이 100분의 80 이상인 법인의 경우는 규정하고 있지 아니하므로, 그 비율이 100분의 80 이상인 ○○○ 주식 양도에 있어 그 가액 평가는 구 소득세법 제99조 제1항 제4호 1문, 구 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 다목, 구 상속세 및 증여세법 시행령 제54조 제4항 제4호, 구 소득세법 시행령 제158조 제1항 제5호 가목에 근거하여 순자산가치액으로 평가해야 한다는 취지로 주장한다.

살피건대, 구 소득세법 시행령 제165조 제4항 제1호, 제3호의 규정체계에 비추어 볼 때, 위 시행령 제165조 제4항 제1호 단서에서 규정하는 법인의 자산총액 중 부동산 가액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인에는 그 비율이 100분의 80 이상인 법인도 포함하고 있다고 해석함이 상당하므로, 이와 다른 해석을 전제로 한 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.

마. 소결론 이 사건 교환계약에 있어 이 사건 주식의 가액은 가중평균액에 따라 평가하여야 하고 이에 의할 때 원고에게 부과될 정당한 세액이 200,000,000원임은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 부과처분 중 위 금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

출처 : 서울행정법원 2019. 08. 13. 선고 서울행정법원 2018구단70830 판결 | 국세법령정보시스템