요지

신축주택 취득자가 그 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에 그 양도소득전액에 양도소득세를 100%감면하여야 하며, 5년 이후에 양도한 경우에도 당해 신축주택 취득 전 발생한 양도소득을 포함하여 그 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액 을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2016. 11. 24. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 522,389,521원에 대한 경정청구 거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지 

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1986. 1. 24. ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 19 답 3,461㎡(이하 ⁠‘분할 전 토지’라 한다)에 관하여 소유권이전등기를 마쳤고, 위 토지는 2010. 2. 16.경 ◯◯시 ◯◯구 ◯◯동 19 답 506㎡, 같은 동 19-1 답 648㎡, 같은 동 19-2 답 606㎡, 같은 동 19-3 답177㎡, 같은 동 19-4 답 683㎡, 같은 동 19-5 답 677㎡, 같은 동 19-6 답 164㎡(이하 위 각 개별 토지를 지칭할 때에는 지번만으로 특정한다)로 각 분할되었으며, 2010. 2.18.경 19-1, 19-2, 19-4 각 토지는 지목이 ⁠‘대’로, 19-3, 19-6 각 토지는 지목이 ⁠‘도로’로 각각 변경되었다.

나. 원고는 2009. 12. 29. 19-1, 19-2, 19-4 각 토지(이하 ⁠‘이 사건 각 토지’라 한다) 지상에 주택 신축을 위한 건축허가를 받고 2010. 1. 6. 착공신고를 한 뒤 주택을 신축하여 2010. 2. 10. 19-1 토지 지상 주택 건물에 관하여, 2010. 2. 11. 19-2 및 19-4 토지 지상 각 주택 건물에 관하여 사용승인을 받았다(이하 순차로 ⁠‘1주택’, ⁠‘2주택’, ⁠‘3주택’이라 하고, 위 각 주택 건물을 통틀어 ⁠‘이 사건 각 주택’이라 한다).

다. 원고는 2015. 4. 16. 이AA, 이BB에게 이 사건 각 토지 및 주택의 각 1/2 지분,19-3 토지 중 각 82/177 지분 및 19-6 토지 중 각 62/164 지분을 합계 2,692,000,000원에 양도하였고, 2015. 6. 30. 피고에게 위 양도에 관한 양도소득세 예정신고를 하면서, 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조의3 제1항, 제2항(이하 ⁠‘이 사건 특례규정’이라 한다) 및 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제98조의3 제3항, 제40조 제1항에 따라 감면되는 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 아래와 같이 232,963,190원으로 계산하여 양도소득세 542,452,351원을 신고하였다.

라. 이후 원고는, 구 조세특례제한법 시행령 제98조의3 제3항 및 제40조 제1항 소정의 ⁠‘주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 산식, 즉 ⁠“양도소득금액 × ⁠(취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시 기준시가)/(양도 당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)”(이하 ⁠‘이 사건 산식’이라 한다)의 분모 및 분자에서 ⁠‘취득 당시’란 모두 ⁠‘신축주택의 취득일’을 의미8)하는 것인데, 이 사건 각 주택의 경우, 취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가와 양도 당시의 기준시가가 동일하므로, 이 사건 특례규정에 따라 감면되는 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 아래와 같이1,611,695,878원이라고 주장하면서, 2016. 5. 2. 피고에게 양도소득세 522,389,521원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.

마. 그러나 이에 대하여 피고는 이 사건 특례규정에 따라 감면되는 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’이란 주택의 취득 이후의 양도소득금액만을 의미하는 것으로서 토지 취득일부터 주택 취득 전까지 발생한 양도소득금액은 감면대상이 아니라는 이유로 2016. 11. 24. 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 1. 6. 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 이 사건 소송이 제기되었다는 이유로 2018. 3. 23. 원고의 심사청구를 각하하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 14, 15호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항및 제40조 제1항의 규정에 관하여 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년 이내 양도의 경우 신축주택 취득일 전, 후의 양도소득을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 하고, 5년이 경과된 후의 양도의 경우 감면되는 ⁠“신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”의 산정을 위한 위 시행령 제40조 제1항의 산식중 ⁠“양도소득금액”도 신축주택의 취득일 이후에 발생한 양도소득금액만이 아니라 ⁠“전체 양도소득금액”을 의미한다.’고 판시한 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두2273 판결의 취지를 고려하면, 이 사건 특례규정을 적용함에 있어서도 이 사건 산식의 ⁠‘양도소득금액’은 ⁠‘주택 신축 이전에 발생한 토지의 양도소득’까지 포함한 ⁠‘전체 양도소득금액’을 의미하는 것으로 보아야 한다. 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 피고의 주장

구 조세제한특례법 제99조의3 제1항이 재건축․재개발을 통하여 취득한 신축주택양도의 경우까지 감면대상으로 정하고 있는 것과 달리 이 사건 특례규정은 ⁠‘도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택’이나 ⁠‘거주하거나 보유하는 중에 소실․붕괴․노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택’을 적용대상에서 제외하고 있고, ⁠‘신축주택’의 범위에 그 부속토지를 명시적으로 포함시키지 않고 있으며, 그 감면대상을 ⁠‘2009. 2. 12.부터 2010. 2. 11.까지의 기간 중에 착공하고 사용승인 받은 주택’으로 한정하고 있는 점, 만약 이 사건 각 주택의 취득일 이전에 발생한 토지의 양도소득금액까지 감면대상에 포함된다고 보는 경우에는 주택의 신축 없이 토지만 양도한 경우에 비하여 과도한 감면으로 인한 불합리한 차별이 발생하는 점 등을 고려하면, 이 사건 특례규정은 신축주택의 취득일부터 5년 이내의 양도인지 5년이 지난 후의 양도인지를 불문하고 ⁠‘신축주택 취득일 이후의 양도소득’만을 감면하는 것으로서, ⁠‘주택 신축이전에 발생한 토지의 양도소득’은 이 사건 특례규정에 따른 감면대상에 포함되지 않는다. 따라서 이 사건 산식에서 ⁠‘양도소득금액’이란 ⁠‘신축주택 취득일 이후의 양도소득금액’을 의미하므로, 원고의 경정청구는 이유 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 특례규정 등 관련 규정의 내용

구 조세특례제한법 제98조의3 제1항 전문은 ⁠‘거주자가 서울특별시 밖의 지역에 있는 대통령령으로 정하는 미분양주택을 2009년 2월 12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 주택법 제38조에 따라 주택을 공급하는 해당 사업주체와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 해당 미분양주택의 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 뺀다.‘고 규정하고, 제2

항 본문은 ’제1항을 적용할 때 자기가 건설한 신축주택으로서 2009년 2월12일부터 2010년 2월 11일까지의 기간 중에 공사에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)하고, 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 주택을 포함한다.‘고 규정하고 있으며, 그 단서에 ’다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 관리처분계획에 따라 취득하는 주택(제1호)과 거주하거나 보유하는 중에 소실․붕괴․노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택(제2호)의 경우에는 이를 적용하지 아니한다.‘고 규정하고 있다. 그리고 같은 조 제3항은 ’제1항 및 제2항을 적용할 때 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.‘고 규정하고 있으며, 이에 따른 구 조세제한특례법 시행령 제98조의3 제3항은 ’법 제98조의3 제1항에서 해당 미분양주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항을 준용하여 계산한 금액으로 한다.‘고 규정하고 있다.

한편, 구 조세제한특례법 시행령 제40조는 ⁠‘구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등’에 관한 규정으로, 제1항에서 ⁠‘법 제43조 제1항에 따른 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액은 소득세법 제95조 제1항에 따른 양도소득금액 또는 법인세법 제55조의2 제1항에 따른 양도소득(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)으로서 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하거나 취득일부터 5년이 되는 날이 도래하는 경우에는 직전의 기준시가를 적용한다.’고 규정하고 그 계산식(이 사건 산식)을 아래와 같이 정하고 있다.

2) 이 사건 산식 중 ⁠‘양도소득금액’의 해석

가) 이 사건 특례규정은 ⁠‘취득일부터 5년 이내’에 신축주택을 양도하였는지를 기준으로 과세특례의 내용을 다르게 규정하면서, 취득일부터 5년 이내에 양도한 경우에는‘취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의100에 상당하는 세액을 감면’한다고 규정하여 감면대상이 되는 양도소득의 발생 기산일을 특별히 명시하고 있지 않다. 또한 이 사건 특례규정이 예정하고 있는 ⁠‘자기가 건설한 신축주택’의 경우 대부분 건축물과 그 부속토지의 취득시기가 다르고, 통상 그 토지의 취득이 선행되며, 그러한 경우 신축주택 취득 전부터 발생한 토지의 양도소득은 결국 신축주택이 양도되는 때에 비로소 발생하는 것이어서, ⁠‘신축주택 취득일 전의 토

지의 양도소득’도 양도소득세의 과세대상에 포함될 수밖에 없음에도(이 사건 특례규정 제2항 단서 각 호는 재개발․재건축을 통하여 취득한 신축주택만을 감면대상에서 제외하고 있으므로, 거주자가 나대지 상태로 토지를 보유하고 있다가 그 지상에 주택을 신축한 경우는 감면대상에서 제외되지 않는다. 만약 이와 달리 보는 경우 이 사건 특례규정 제2항이 적용될 수 있는 경우 자체를 상정하기 어렵다), 이 사건 특례규정 제1항 전단은 후단과 달리 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 채 양도소득세를 전액 감면한다고 정하고 있다. 이러한 이 사건 특례규정의 문언과 체계, 주택의 신축과 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 입법 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 특례규정은 신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하되, 그 후에 양도하는 경우에는 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’에 대하여만 제한적인 과세특례를 부여하려는 규정으로 보이는바, ⁠‘신축주택 취득일부터 5년 이내 양도’의 경우에는 ⁠‘토지의 취득일부터 신축주택의 취득일 전까지의 양도소득’과 ⁠‘신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득’을 구분할 필요 없이 신축주택의 양도에 따른 양도소득세 전액이 감면되어야 한다.

한편, ⁠‘신축주택 취득일부터 5년이 경과된 후의 양도’의 경우에는 이 사건 특례규정 제1항 후단에서 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’의 구체적인 계산방법을 정하지 아니한 채 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로(구 조세특례제한법 제98조의3 제5항), 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령 제98조의3 제3항 및 제40조 제1항 규정에 따라야 할 것이다. 그런데 구 조세특례제한법 시행령 제98조의3 제3항 및 제40조 제1항은 전체 양도소득금액 중 신축주택의 취득일 이후 발생한 양도소득금액, 즉 ⁠‘신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득금액’을 구분하여 산정하는 방법을 별도로 정하지 아니한 채 단지 ’양도소득금액‘에 ’신축주택의 취득일부터 5년이 되는 날까지의 기준시가 상승분‘이 ’신축주택의 취득일부터 양도일까지의 기준시가 상승분‘에서 차지하는 비율을 곱하여 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 계산하도록 규정하고 있을 뿐이고, 소득세법상으로도 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로 그 방법을 정하고 있다. 이 사건 산식을 비롯한 관련 규정의 문언 및 체계, 앞서 본 이 사건 특례규정의 취지 등에 비추어 보면, 이 사건 산식 중 ⁠‘양도소득금액’은 신축주택 취득일 전의 토지의 양도소득을 포함한 ⁠‘전체 양도소득금액’을 의미하고 ⁠‘취득일’이나 ⁠‘취득 당시’ 또는 ⁠‘양도 당시’는 모두 신축주택의 ⁠‘취득일’이나 ⁠‘취득 당시’ 또는 ⁠‘양도 당시’를 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 특례규정 제1항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’은 ⁠“전체 양도소득금액 × ⁠(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)/(신축주택 양도당시의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)”의 산식에 따라 계산하여야 한다(구 조세특례제한법 제99조의3 제1항, 구 조세특례제한법 시행령 제99조의3 제2항 및 제40조 제1항의 해석에 관한 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두2273 판결의 취지 참조).

나) 위 해석에 반하는 피고의 주장은 아래와 같은 이유에서 받아들일 수 없다.

○ 이 사건 특례규정 제2항 단서 각 호 규정은 이에 해당하는 경우 아예 감면대상에서 배제한다는 취지일 뿐, 이 사건 특례규정 제1항 소정의 ⁠‘취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득’이나 이 사건 산식 중 ⁠‘양도소득금액’ 자체를 ⁠‘신축주택 취득일 이후 발생한 양도소득‘으로 한정하는 논거가 될 수 없고, 달리 토지 부분에 관하여 ⁠‘신축주택 취득일 이후 발생한 양도소득‘을 산정하는 방법을 별도로 정한 규정도 없다[앞서 본 바와 같이 소득세법상 양도소득금액은 원칙적으로 양도자산을 보유하는 전 기간을 통하여 전체로서 산정되고, 보유기간별로 안분하여 산정하는 경우에는 별도로

그 방법을 정하고 있다. 한편 피고가 2018. 11. 13.자 준비서면에서 이 사건 각 토지에 관하여 산정한 ’신축주택 취득일 이후 발생한 양도소득금액‘은 그 취득가액을 이 사건 각 주택 신축 당시(2010. 2. 10.)의 환산가액에 의하여 산정한 것으로 보이는데, 그와 같이 산정하는 법적 근거를 알 수 없다].

○ 피고는 이 사건 특례규정이 ⁠‘신축주택’의 범위에 그 부속토지를 명시적으로 포함시키고 있지 않다는 점을 주장의 논거로 들고 있으면서도, 이 사건 산식 중 ⁠‘양도소득금액’에 ⁠‘건물’의 양도소득뿐만 아니라 ⁠‘토지’의 양도소득(신축주택 취득일 이후의 것)까지 포함시켜 계산하고 있고(2018. 11. 13.자 준비서면 및 제7회 변론기일에서의 피고 소송수행자의 진술), 이와 관련하여 이 사건 각 토지는 신축주택 취득일에 이르러 주택의 부수토지로서 주택의 범위에 포섭되는 것이라는 취지로 주장하고 있다. 그러나 위와 같은 산정방식과 주장은 이 사건 특례규정이 정한 ⁠‘신축주택’의 범위에 부속토지가 포함되지 않는다는 해석과 모순되고, 오히려 ⁠‘신축주택’의 범위에 그 부속토지가 포함되는 것으로 명시된 경우와 다를 바가 없다.

또한 이 사건 산식에서 사용되는 ⁠‘기준시가’는 주택의 경우 구 부동산 가격공시및 감정평가에 관한 법률(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 전부개정되기 전의 것, 이하같다)에 따른 개별주택가격 등을 의미하는데[구 소득세법(2016. 1. 19. 법률 제13796호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항 제1호 라.목], 이는 건축물뿐만 아니라 그 부속토지를 포함한 주택에 관한 가격이므로[구 부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률 제2조 제2호, 구 주택법(2016. 1. 19. 법률 제13805호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호], 이 사건 산식 자체는 주택의 경우 그 부속토지까지 포함됨을 전제로 하고 있는 것으로보인다.

○ 이 사건 특례규정이 그 감면대상을 ⁠‘2009. 2. 12.부터 2010. 2. 11.까지의 기간중에 착공하고 사용승인 받은 신축주택’으로 정하고 있는 것은 그 신축주택의 착공 및 사용승인 시기를 기준으로 한시적인 감면혜택을 주려는 취지인바, 위 기간 내에 착공 및 사용승인이 이루어진 신축주택은 이 사건 특례규정에서 정한 감면대상에 해당하고, 그 부속토지의 취득시기에 따라 그 적용여부나 범위가 달라진다고 볼 수 없다.

○ 주택의 신축 없이 나대지를 양도하는 경우와 주택을 신축하여 양도하는 경우 간에 발생하는 차별은, 주택의 신축과 거래를 장려하여 침체된 건설경기와 부동산시장을 활성화하려는 취지에서 입법된 이 사건 특례규정이 의도한 결과로 보일 뿐, 이 사건 특례규정을 제한 내지 축소해석할 근거가 될 수는 없다.

3) 이 사건에의 적용

가) 앞서 살핀 바와 같이 이 사건 특례규정 제1항 후단에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 ⁠‘신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액’을 ⁠“전체 양도소득금액 × ⁠(신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 신축주택 취득당시의 기준시가)/(신축주택 양도 당시의 기준시가 - 신축주택 취득 당시의 기준시가)”의 산식에 따라 계산하면, ⁠‘신축주택 취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가’와 ⁠‘신축주택 양도 당시의 기준시가’가 동일한 이 사건의 경우, ⁠‘전체 양도소득금액’ 자체가 감면대상이 되는바, 이와 다른 전제에서 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나) 한편 피고는, 이 사건 각 주택의 신축공사기간이 1개월여에 불과하고, 양도 후 즉시 철거된 사정 등에 비추어 보면, 원고가 조세의 부담을 회피할 목적으로 형식적으로 이 사건 각 주택을 신축하였을 뿐, 실질적으로는 이 사건 각 토지를 나대지로 양도한 것과 마찬가지이므로, 이러한 경우까지 이 사건 특례규정을 적용하는 것은 그 입법취지를 몰각하는 것으로서 부당하다는 취지로 주장한다.

그러나 앞서 인정한 사실에 갑 제8, 11호증(각 가지번호 포함)의 각 기재와 변론전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음의 사정들, 즉 이 사건 특례규정은 조세특례제한법이 2009. 3. 25. 법률 제9512호로 개정되면서 신설되었는데, 원고는 그보다 훨씬 앞선 2005년경부터 이 사건 각 토지에 단독주택 등을 신축할 계획을 가지고 개발행위허가 등을 받았던 것으로 보이는 점, 원고는 이 사건 특례규정이 정한 기간 내에 이 사건 각 주택을 신축하여 5년 이상 보유하였고, 그 보유기간 동안 이를 제3차에게 임대하는 등 실제 상당기간 주택으로 사용된 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고가 실질은 나대지를 양도하면서 조세의 부담을 회피할 목적으로 형식적으로 주택을 신

축하여 보유하다가 양도한 것이라고 단정할 수 없고, 양수인이 이 사건 각 주택을 양수 즉시 철거하였다는 사정만으로 이 사건 특례규정의 적용을 배제할 수도 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

원고의 주장은 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2019. 02. 12. 선고 서울행정법원 2017구단61723 판결 | 국세법령정보시스템