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폐업 전 재화 공급시 부가가치세 과세 여부와 사업양도 인정 범위

청주지방법원 2018구합2419
판결 요약
폐업 전 부동산 양도 계약 등 법률상 원인이 발생했다면 부가가치세 과세 대상에 해당합니다. 사업 동일성이 인정되지 않을 경우 '사업 양도'로 보지 않아 과세가 배제되지 않고, 각각 과세요건에 해당하면 양도소득세와 부가가치세 부과 모두 허용됩니다.
#부동산 부담부증여 #임대업 폐업 #부가가치세 과세 #사업양도 요건 #사업 동일성
질의 응답
1. 폐업 전에 부동산 부담부증여 계약을 하면 부가가치세를 내야 하나요?
답변
폐업 전 계약 등 법률상 원인이 발생했다면 실제 소유권이전 시점이 폐업 이후라도 부가가치세 과세 대상이 됩니다.
근거
청주지방법원-2018-구합-2419는 부동산 공급의 상대방·시기·가액을 정하는 법률상 원인이 폐업 전 발생하면, 실제 공급시기가 폐업 후여도 과세한다고 판시했습니다.
2. 사업을 '동일성 유지' 없이 넘기면 사업양도로 인정돼 부가가치세가 면제되나요?
답변
사업의 물적·인적시설 등이 유기적으로 포괄해 넘어가면서 동일성이 유지되어야만 사업양도에 해당하여 부가가치세 비과세가 가능합니다.
근거
청주지방법원-2018-구합-2419는 병원임대업에서 의료법인에 넘기고 동일성이 인정되지 않아 사업양도 요건 미충족으로 판시했습니다.
3. 양도소득세와 부가가치세를 모두 부과하면 이중과세인가요?
답변
양 세금은 과세요건과 과세대상이 다르므로 별도로 각각 과세가 가능합니다.
근거
청주지방법원-2018-구합-2419는 각 세법에 따라 각각 실질에 맞추어 독립적으로 판단, 중복적용을 배제하는 특별 규정 없으면 함께 과세 가능하다고 판시했습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

판결 전문

요지

그 공급의 상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업전에 발생한 경우에는 부가가치세법에 의한 공급시기로 정해지는 시기가 폐업일 이후에 도래하더라도 폐업전 공급에 해당하고, 사업의 동일성을 유지하였다고 볼 근거가 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2018구합2419 부가가치세부과처분취소

원 고

aaa 

피 고

충주세무서장

변 론 종 결

2018. 7. 19.

판 결 선 고

2018. 9. 18.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 7. 1. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 귀속 243,338,510원의 부가가치세

부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 이 사건 토지 및 건물 매입과 부동산업 임대업자 등록

1) 원고는 2006. 2. 10. 충주시 앙성면 bb리 72-3 대 1,822㎡, 같은 리 72-24

대 536㎡, 같은 리 72-25 대 440㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 및 위 72-3 토지 지상

철근콘크리트조 4층 의료시설 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 통

틀어 ⁠‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 매수하였고, 2006. 6. 23. 충청북도지사로부터

‘ccc요양병원’이라는 명칭의 의료기관(이하 ⁠‘이 사건 요양병원’이라 한다) 개설허가 를 받아 이 사건 건물에서 면세사업인 요양병원을 운영하였다.

2) 원고는 2011. 9. 5. 부동산임대업자 등록을 하면서 소외 ddd에게 이 사건

건물을 임대하였고, 같은 날 이 사건 요양병원의 개설자가 소외 ddd으로 변경되였

다. 그 후 몇 차례의 개설자 변경을 거친 끝에 2015. 1. 1. 이 사건 요양병원의 개설자 는 소외 eee로 변경되었다.

나. 원고와 eee 사이의 임대차계약 체결과 해지

1) 원고는 2015. 1. 1. eee와, 이 사건 각 부동산, 의료장비 및 의료시설 일

체에 대하여 임대차기간 ⁠‘2015. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지’, 임대차보증금 1억 원, 월

세 2,000만 원으로 하되, 특약사항 제3항으로 ⁠‘보증금은 병원을 운영하면서 월 500만

원 ~ 1,000만 원 한도 내에서 차감한다’고 정한 부동산임대차계약을 체결하였고, eee

- 3 -

1. 목적

합의서 작성 목적은 원고 소유 부동산 및 의료시설을 의료법인 ff의료재단(가칭)에 원

고가 출자를 함에 있어 이해당사자인 eee가 이에 동의함으로써 원고의 의료법인 출자 를 원활히 하는 데 목적이 있다.

2. 합의내용

1) 부동산 및 의료장비 임대차계약은 2016. 6. 17.에 해지한다.

2) 해지일 이후 eee는 현재의 부동산 및 의료시설을 원고에게 인도한다.

3) eee는 현재 입원하고 있는 환자가 계속 의료행위 등을 받는 데 따른 불편함이 없

도록 적극 협조한다.

3. 원고와 eee는 본 계약 해지 합의서에 따른 계약의 해지는 당사자들의 자유로운 의사 와 합의에 의한 것으로서 임대차계약해지합의서에 명시되지 않은 일체의 위약금 또는

손해배상과 관련한 내용은 본 계약 해지에는 적용하지 않기로 합의한다.

는 2015. 1. 8. 이 사건 요양병원의 개업일을 2015. 1. 1.로 하여 부가가치세 면세사업

자 등록을 하였다.

2) 한편 원고는 의료법인 설립에 출자하여 그와 같이 설립된 의료법인에 이 사

건 각 부동산을 증여한 다음 의료법인으로 하여금 요양병원을 운영하게 할 계획을 세

웠고, 이에 2016. 6. 1. eee와 이 사건 임대차계약의 해지를 합의하였는데, 위 임대

차계약 해지합의서의 내용은 아래와 같다.

다. 의료법인의 설립 및 부담부증여계약의 체결과 그 이행

1) 충청북도지사는 2016. 6. 8. 비영리 의료법인인 의료법인 ff의료재단(이하

‘ff의료재단’이라고만 한다)에 대한 의료법인 설립허가를 하였고, ff의료재단은 의

료기간의 설치․운영 등을 목적으로 하여 2016. 6. 20. 설립등기되었다.

2) 원고는 2016. 6. 20. ff의료재단과 ⁠‘① 원고는 그 소유인 이 사건 각 부동

산 및 의료장비 등과 함께 이 사건 각 부동산을 담보로 한 원고의 hh은행에 대한 대

출금 22억 2,400만 원을 ff의료재단에게 부담부증여하고, ② 원고는 2016. 6. 28.까

지 이 사건 각 부동산에 대한 소유권이전등기를 신청한다’는 내용의 부담부증여계약(이

하 ⁠‘이 사건 부담부증여’라 한다)을 체결하였다.

3) ff의료재단은 2016. 6. 24. 개업일을 ⁠‘2016. 7. 1.’로 하여 면세법인 사업자

등록을 한 다음 2016. 6. 28. 이 사건 부담부증여에 따라 이 사건 각 부동산에 대한 소

유권이전등기를 마쳤고, 원고는 부동산 임대업자 사업자등록과 관련하여 폐업일을

‘2018. 6. 30.’로 신고하였다.

4) ff의료법인은 2016. 7. 1. 충청북도지사로부터 이 사건 요양병원의 설립구

분을 ⁠‘개인’에서 ⁠‘의료법인’으로, 개설자를 ⁠‘eee’에서 ⁠‘iii(법인 이사장)’으로, 명칭 을 ⁠‘ccc요양병원’에서 ⁠‘의료법인 ff의료재단 ccc요양병원’으로 변경하는 내용의

의료기관 개설 허가사항 변경허가를 받았다.

라. 이 사건 처분의 경위

1) 원고는 이 사건 부담부증여에 관한 양도소득세를 75,096,571원으로 산정하

여 이를 신고․납부하였다.

2) 피고는 원고가 이 사건 부담부증여에 관하여 부가가치세를 납부하여야 한다 고 판단하여 2017. 7. 6. 원고에 대하여 아래와 같이 2016년 1기분에 대한 부가가치세

경정처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

- 5 -

3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세

심판원은 2017. 12. 29. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을

제2 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장1)

1) 주위적 주장

가) 원고는 이 사건 임대차계약의 합의해지일인 2016. 6. 17. 부동산 임대업 을 사실상 폐업하여 더 이상 사업자가 아닌 상태에서 이 사건 각 부동산을 부담부증여

의 방법으로 양도하였고, 설령 2016. 6. 17.을 실제 임대사업 폐업일로 보지 않는다고

하더라도 이 사건 부담부증여계약을 체결한 2016. 6. 20. 또는 이 사건 부담부증여를

원인으로 ff의료재단에 이 사건 각 부동산의 소유권을 이전한 2016. 6. 28.에 임대사

업의 폐업이 이루어진 것으로 인정되어야 한다.

이와 같이 부동산 임대업을 영위하던 원고가 임대업 폐지 후 곧바로 이 사건 건물 을 양도한 이상, 이러한 양도는 대법원 1991. 2. 22. 선고 90누4785 판결의 법리에 따 를 때 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구

부가가치세법’이라 한다) 제10조 제6항에서 공급으로 간주(看做)하는 특례인 ⁠‘사업 폐

지 후 잔존하는 재화의 자기(自己)에 대한 공급’으로 볼 수 없어 부가가치세 과세 대상 이 되지 않는다.

나) 구 부가가치세법 제10조 제8항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8.

31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법 시행령’이라고만

한다) 제23조는 ⁠‘사업을 양도하는 것’을 재화의 공급으로 보지 아니하여 부가가치세 과

세대상에서 제외하고 있는데, 원고는 이 사건 각 부동산을 포함하여 요양병원 운영에

필요한 시설과 비품 일체를 ff의료재단에 부담부증여하였으므로, 이는 ⁠‘요양병원 사

업을 양도한 것’에 해당한다.

따라서 이 사건 부담부증여에 따른 건물의 양도는 이 점에서도 부가가치세의 과세

대상이 되는 재화의 공급이 될 수 없다.

다) 원고는 이 사건 부담부증여에 관하여 양도소득세를 신고․납부하였으므 로, 여기에 다시 부가가치세 과세처분을 하는 것은 이중과세의 원칙에 위배된다.

또한, ① 이 사건 부담부증여의 부담에 해당하는 이 사건 건물에 설정된 담보대출

금채무에서 건물의 취득비용을 공제하면 남는 양도차익이 없으므로 오히려 피고는 원

고에게 양도소득세를 환급하여야 하는 점, ② 원고는 이 사건 건물 취득 시 매입세액 을 공제받은 바 없음에도 이 사건 건물을 양도하면서는 매출세액을 부담하여야 하는

점, ③ 원고가 이 사건 건물을 매수하였을 당시 전(前) 양도인에 대하여 부가가치세가

부과되었고 원고가 매입세액을 공제받지 않았음에도, 이 사건 부담부증여에 관하여 원

고가 다시 부가가치세를 납부하는 것은 국가가 이 사건 건물에 관하여 중복하여 매출

세액만을 징구하는 불합리한 결과가 발생하는 점, ④ ff의료재단이 면세사업자이므 로 원고가 이 사건 부담부증여로 얻은 이익이 부가가치세만큼 감소함에도 양도소득세

산정 시 부가가치세액은 비용으로 공제되지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분 은 실질과세 원칙에 위배되거나 과세권의 남용에 해당하여 위법하다.

2) 예비적 주장2)

- 7 -

가) 면세사업자에게 사업을 양도하는 경우로서 사업의 양도를 폐업으로 보

아 ⁠‘잔존재화에 대하여 공급의제’하여야 하는 사안에 해당하므로, 세액은 건물기준시가 에서 부담부 채무를 공제한 나머지 잔액인 446,066,722원을 과세표준으로 하여 부과되

어야 한다.3)

나) 이 사건 부담부증여에 따른 양도를 재화의 공급으로 본다면, 부담에 해

당하는 채무액 상당이 공급가액이 되는데, 이 사건의 경우 원고의 이 사건 건물에 관

한 취득비용을 제외하면 잔존하는 양도차익은 없으므로, 양도소득세는 환급되어야 한

다.

다) 보통 매매계약상 매매대금은 부가가치세를 포함하는 것으로 해석하므로, 이 사건 과세표준 중 이 사건 건물에 관한 부분은 이 사건 건물의 공급가액

1,743,674,667원4)이 아니라 위 공급가액에 부가가치세 10%를 공제한 1,585,158,789원

(= 1,743,674,667원× 100/110)을 기준으로 삼아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 적법(適法)

1) 주위적 주장에 관한 판단

가) 원고의 임대사업의 폐업 시기

(1) 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상의 등록, 신고 여부

와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정된다(대법원 1997. 6. 27. 선고

96누16193 판결 등 참조).

(2) 위 법리를 바탕으로 이 사건을 보건대, 앞서 인정한 사실에 을 제5

호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합

하면, 비록 이 사건 임대차계약이 2016. 6. 17. 해지되었고, 이 사건 부담부증여계약이

2016. 6. 20. 체결되었으며, 그에 따른 ff의료재단 명의의 소유권이전등기가 2016. 6.

28. 마쳐졌다고 하더라도, 폐업시점은 위 세 날짜가 아닌 이 사건 임대사업의 실제 종

료일인 2016. 6. 30.로 봄이 타당하다.

(가) 원고가 eee로부터 2016. 6월분 차임 2,000만 원을 전부 지

급받은 사실을 자인하고 있으므로, 이 사건 각 부동산에 관하여 2016. 6. 30.까지의 임

대소득이 원고에게 귀속되었다.

이에 대하여 원고는, eee가 이 사건 임대차계약에 따른 임대차보증금을 지급하

지 않았음에도 원고가 보증금에 대한 이자를 요청하지 않고 이를 양해한 사정으로 말

미암아, 위 임대차계약이 2016. 6. 17. 해지되었음에도 eee가 6월 임대료 전액을 지

급한 것이라는 취지로 주장하나, 앞서 본 이 사건 임대차계약 특약사항 제3항에 의하

면, 원고와 eee 사이에 애초 임대차보증금을 수수하는 것을 예정하지 않고, 임대차

보증금 중 매월 500만 원에서 1,000만 원을 차감하는 방식으로 임대차보증금을 정산하

기로 약정한 사실이 인정될 뿐이므로, 이에 비추어 볼 때 원고는 2016. 6. 30.까지 이

사건 각 부동산에 관한 임대소득을 받았다고 봄이 타당하다.

(나) 원고는 폐업일을 2016. 6. 30.로 하여 부동산 임대사업에 관하

여 폐업신고를 하였고, eee 역시 폐업일을 2016. 6. 30.로 하여 요양병원의 폐업신

고를 하였으며, ff의료재단은 개업일을 2016. 7. 1.로 신고하였다.

- 9 -

이와 관련 이 사건 임대차계약 해지합의서에 따르면 eee가 해지일 이후 이 사건

각 부동산을 원고에게 인도한다고 기재되어 있는 사실은 인정되나, 원고 스스로도 이

인수가 6. 30.까지 이 사건 각 부동산을 점유하였음을 전제로 임대차계약 해지 후 소

유권이전일까지의 eee의 부당점유를 주장하고 있음을 확인할 수 있다.5) 이러한 사

정에 이 사건 임대차계약 해지합의서 제2조 제3항의 문언(eee는 현재 입원하고 있 는 환자가 계속 의료행위 등을 받는 데 따른 불편함이 없도록 적극 협조한다) 및 위와

같이 eee가 폐업일을 2016. 6. 30.로 신고한 점이나 6월분 차임이 전액 지급된 점

등을 더하여 보면, eee가 이 사건 임대차계약의 해지 후 2016. 6. 30.까지 요양병원 을 사실상 임차인의 지위에서 관리한 것으로 추단할 수 있을 뿐이다.

나) 부가가치세 과세 대상에 해당하는지 여부

(1) 관련법리

(가) 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고, 그 납세

의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는

자이므로, 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경

우에는 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 모두 부

가가치세를 납부할 과세대상이 되고, 사업자가 주된 사업으로서 계속적으로 반복하여

재화 또는 용역을 공급하는 것이 아니라 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으 로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에도 과세대상이 되며, 부가가치세법상 재화 또는

용역의 공급에 해당하는 이상 그 공급의 목적이 사업의 유지 · 확장을 위한 것이든 아

니면 사업의 청산 · 정리 또는 폐지를 위한 것이든 관계없이 과세대상이 된다(대법원

2008. 7. 24. 선고 2006두2459 판결 등 참조).

(나) 구 부가가치세법 시행령 제28조 제9항은 ⁠‘폐업 전에 공급한 재

화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다’고

규정하고 있는바, 위 단서 규정의 입법 취지 및 문맥에 비추어 볼 때, 위 규정 중 ⁠‘폐

업 전에 공급한’의 의미는 재화의 인도 또는 양도의 원인이 되는 행위, 즉 그 공급의

상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업 전에 발생한 경우

에는 구 부가가치세법 시행령 제28조 제1항의 각 호에 의하여 공급시기로 정해지는 시

기가 폐업일 이후에 도래하더라도, 위 ⁠‘폐업 전에 공급한’ 경우에 해당한다(대법원

2006. 1. 13. 선고 2005두10453 판결).

(2) 위와 같은 법리를 바탕으로 이 사건을 보건대, 앞서 인정한 사실에 을 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을

종합하면, 이 사건 건물 양도의 계약상 원인인 부담부증여계약이 임대업 폐업을 목적 으로 폐업 전에 이루어진 이상, 원고가 이 사건 건물을 ⁠‘사업(임대업) 폐지 전에 양도

한 경우’에 해당하고, 그와 같이 사업의 폐지를 위한 것이더라도 부가가치세의 과세대

상이 되는 재화의 공급에 해당한다. 나아가 이에 의할 때 그 당연한 논리적 연장선에

서 이 사건 건물은 ⁠‘사업 폐지 후 잔존하는 재화’로 볼 여지 자체가 없으므로, 이와 관

련한 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

(가) 원고는 부동산 임대업자의 지위에서 자신의 임대업에 제공되

던 이 사건 건물을 임대업 폐지의 목적으로 부담부증여하였으므로, 이는 사업자가 사

업 폐지의 목적으로 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급한 경우에 해당하고, 이와 같

- 11 - 은 재화의 공급이 일회적이라고 하더라도 부가가치세의 과세대상이 된다.

(나) 원고는 2016. 6. 30. 이 사건 임대업을 폐업하였고, 이 사건 부

담부증여의 계약체결은 폐업일 전인 2016. 6. 20. 이루어졌으므로, 위 대법원 2006. 1.

13. 선고 2005두10453 판결의 법리에 따를 때 원고는 실제 공급시기와 관계없이 ff

의료재단에게 폐업 전 이 사건 건물을 공급하였다고 볼 것이다.

(다) 정리한 바와 같이 원고는 대법원 1991. 2. 22. 선고 90누4785

판결을 원용하고 있으나, 위 판결은 ⁠‘임대업의 사실상 폐지 후 건물을 양도한 경우 그

양도는 부동산임대사업자로서의 지위의 소멸을 가져오는 정도의 것으로서 부가가치세

의 과세근거가 없다’는 취지인바, 위 두 판결 이전에 나온 판결일 뿐만 아니라 이 사건 과 동일한 사안을 대상으로 한다고 보기 어려워 이 사건에 그대로 원용할 수 없다.

다) 이 사건 부담부증여를 ⁠‘사업의 양도’로 볼 수 있는지 여부

(1) 구 부가가치세법 제10조 제8항 제2호, 구 부가가치세법 시행령

23조가 규정하고 있는 ⁠‘재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도’라 함은 사업용 재

산을 비롯한 물적․인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을

유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 의미하므로, 그 사업은 인적․물적시설의

유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이

어야 한다(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수

있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 각 부동산을 이용하여 부동산임대업 을 한 반면, ff의료재단은 이 사건 각 부동산에서 부동산임대업이 아닌 요양병원을

운영하고 있으므로, 그 사실 자체만 고려하더라도 사업의 동일성이 유지되었다고 볼

- 12 -

수 없는 점, ② ff의료재단이 이 사건 각 부동산에 관하여 임대차계약을 체결하는

등 임대업을 하였음을 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 ff의료재단은 비영리 의

료법인으로 영리를 목적으로 하는 부동산임대업 자체를 할 수 없는 점, ③ 원고는 피

고에게 폐업신고를 접수하면서 폐업사유를 ⁠‘양도․양수’가 아니라 ⁠‘기타(폐업)’로 표시

하였던 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 부담부증여는 원고가 사업의 동일성을 유지하

면서 경영주체만을 교체시킨 것으로 볼 수 없으므로 구 부가가치세법 제10조 제8항

2호가 정하는 ⁠‘사업양도’에 해당하지 않는다.

라) 이중과세원칙․실질과세원칙 위반 및 과세권 남용 여부

아래의 사정들을 종합하면 이 사건 처분이 이중과세원칙이나 실질과세

원칙을 위반하였다고 보기 어렵고, 피고가 과세권을 남용하였다고 볼 수도 없다.

(1) 양도소득세는 자산 보유기간 동안의 이익 증가분을 과세표준으로

하여 부과하는 것인 반면, 부가가치세는 재화나 용역의 생산․제공․유통의 모든 단계 에서 기업이 창출한 부가가치를 과세표준으로 하여 부과하는 것이어서 그 각 납세의무

의 성립요건과 시기 및 과세대상이 서로 다르므로, 과세관청은 각 부과처분을 할 때에

각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하면 된다. 따라서 각각의 과

세요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느

한 쪽의 과세만 가능하다고 볼 것은 아니다(대법원 1997. 2. 25. 선고 96누10881 판결,

대법원 2018. 7. 27. 선고 2018두41259 판결 참조).

(2) 원고에게 이 사건 각 부동산을 매도한 사람이 매출세액을 납부하였 고, 원고가 이에 대한 매입세액을 공제받지 못하였음에도 매출세액을 납부한다고 하더

라도, 위 매출세액은 별개의 ⁠‘재화의 공급’에 대한 부가가치세로 이중과세에 해당한다

- 13 - 고 보기 어려울 뿐 아니라, 원고가 매입세액을 공제받지 못한 것은 앞서 본 바와 같이

부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따라 면세사업인 요양병원 운영과 관련한 매

입세액이었기 때문이므로, 이를 두고 실질과세의 원칙에 위배된다거나 과세권의 남용 에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 예비적 주장에 관한 판단

가) 먼저 이 사건이 면세사업자에 사업을 양도하는 경우로서 사업의 양도를

폐업으로 보아 ⁠‘잔존재화에 대하여 공급의제’하여야 한다는 주장과 관련하여, 앞서 본

바와 같이 이 사건 부담부증여를 사업의 양도로 볼 수 없는 이상, 이 주장은 더 나아 가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다.

나) 다음으로 이 사건 부담부증여의 부담에 해당하는 채무액 상당이 공급가

액으로서 양도차익이 없으므로 양도소득세가 환급되어야 한다는 주장과 관련하여서도,

앞서 정리한 주위적 주장에 일부 포함된 주장일 뿐만 아니라 그 주장의 방향 자체로 이 사건 처분과의 관련성이 희박하여 이를 받아들일 수 없다.

다) 마지막으로 이 사건 건물에 관한 과세표준이 1,585,158,789원이어야 한

다는 주장에 관하여 살펴본다.

이 사건 각 부동산에 관한 양도소득세를 산정하기 위해서는 구 부가가치세법 시행

령 제64조 제1호에 따라 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 토지와 건물의 가

액에 비례하여 안분(按分)하여야 하는데, 을 제3호증의 기재에 의하면, 2016년 기준 이

사건 건물의 기준시가는 2,338,080,240원, 이 사건 토지의 공시지가는 410,256,0600원

인 사실이 인정된다.

이 때 부가가치세의 과세표준이 되는 공급가액은 구 부가가치세법 시행령 제64조

따라 ⁠[총 거래가액 × 건물 등의 기준시가 ÷ ⁠(토지의 기준시가+ 건물의 기준시가 +

건물의 기준시가 × 10/100) ] 식에 따라 산정된다. 따라서 이 사건 건물의 거래가액에

부가가치세가 포함되어 있다면, 건물의 거래가액에서 부가가치세를 제외하는 방식으로

계산하는 것이 아니라 공급가액을 계산하기 위한 토지와 건물의 안분액 산정방식에서

분모(分母)에 건물 등의 기준시가의 10/100를 가산함으로써 부가가치세를 반영하는 것

이고, 피고는 위와 같은 방식에 따라 이 사건 건물의 거래가액에 포함된 부가가치세를

반영하여 아래 표와 같이 과세표준을 산정하였다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 부

분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.

출처 : 청주지방법원 2018. 09. 18. 선고 청주지방법원 2018구합2419 판결 | 국세법령정보시스템

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폐업 전 재화 공급시 부가가치세 과세 여부와 사업양도 인정 범위

청주지방법원 2018구합2419
판결 요약
폐업 전 부동산 양도 계약 등 법률상 원인이 발생했다면 부가가치세 과세 대상에 해당합니다. 사업 동일성이 인정되지 않을 경우 '사업 양도'로 보지 않아 과세가 배제되지 않고, 각각 과세요건에 해당하면 양도소득세와 부가가치세 부과 모두 허용됩니다.
#부동산 부담부증여 #임대업 폐업 #부가가치세 과세 #사업양도 요건 #사업 동일성
질의 응답
1. 폐업 전에 부동산 부담부증여 계약을 하면 부가가치세를 내야 하나요?
답변
폐업 전 계약 등 법률상 원인이 발생했다면 실제 소유권이전 시점이 폐업 이후라도 부가가치세 과세 대상이 됩니다.
근거
청주지방법원-2018-구합-2419는 부동산 공급의 상대방·시기·가액을 정하는 법률상 원인이 폐업 전 발생하면, 실제 공급시기가 폐업 후여도 과세한다고 판시했습니다.
2. 사업을 '동일성 유지' 없이 넘기면 사업양도로 인정돼 부가가치세가 면제되나요?
답변
사업의 물적·인적시설 등이 유기적으로 포괄해 넘어가면서 동일성이 유지되어야만 사업양도에 해당하여 부가가치세 비과세가 가능합니다.
근거
청주지방법원-2018-구합-2419는 병원임대업에서 의료법인에 넘기고 동일성이 인정되지 않아 사업양도 요건 미충족으로 판시했습니다.
3. 양도소득세와 부가가치세를 모두 부과하면 이중과세인가요?
답변
양 세금은 과세요건과 과세대상이 다르므로 별도로 각각 과세가 가능합니다.
근거
청주지방법원-2018-구합-2419는 각 세법에 따라 각각 실질에 맞추어 독립적으로 판단, 중복적용을 배제하는 특별 규정 없으면 함께 과세 가능하다고 판시했습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과합니다.

판결 전문

요지

그 공급의 상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업전에 발생한 경우에는 부가가치세법에 의한 공급시기로 정해지는 시기가 폐업일 이후에 도래하더라도 폐업전 공급에 해당하고, 사업의 동일성을 유지하였다고 볼 근거가 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2018구합2419 부가가치세부과처분취소

원 고

aaa 

피 고

충주세무서장

변 론 종 결

2018. 7. 19.

판 결 선 고

2018. 9. 18.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 7. 1. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 귀속 243,338,510원의 부가가치세

부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 이 사건 토지 및 건물 매입과 부동산업 임대업자 등록

1) 원고는 2006. 2. 10. 충주시 앙성면 bb리 72-3 대 1,822㎡, 같은 리 72-24

대 536㎡, 같은 리 72-25 대 440㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 및 위 72-3 토지 지상

철근콘크리트조 4층 의료시설 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 통

틀어 ⁠‘이 사건 각 부동산’이라 한다)을 매수하였고, 2006. 6. 23. 충청북도지사로부터

‘ccc요양병원’이라는 명칭의 의료기관(이하 ⁠‘이 사건 요양병원’이라 한다) 개설허가 를 받아 이 사건 건물에서 면세사업인 요양병원을 운영하였다.

2) 원고는 2011. 9. 5. 부동산임대업자 등록을 하면서 소외 ddd에게 이 사건

건물을 임대하였고, 같은 날 이 사건 요양병원의 개설자가 소외 ddd으로 변경되였

다. 그 후 몇 차례의 개설자 변경을 거친 끝에 2015. 1. 1. 이 사건 요양병원의 개설자 는 소외 eee로 변경되었다.

나. 원고와 eee 사이의 임대차계약 체결과 해지

1) 원고는 2015. 1. 1. eee와, 이 사건 각 부동산, 의료장비 및 의료시설 일

체에 대하여 임대차기간 ⁠‘2015. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지’, 임대차보증금 1억 원, 월

세 2,000만 원으로 하되, 특약사항 제3항으로 ⁠‘보증금은 병원을 운영하면서 월 500만

원 ~ 1,000만 원 한도 내에서 차감한다’고 정한 부동산임대차계약을 체결하였고, eee

- 3 -

1. 목적

합의서 작성 목적은 원고 소유 부동산 및 의료시설을 의료법인 ff의료재단(가칭)에 원

고가 출자를 함에 있어 이해당사자인 eee가 이에 동의함으로써 원고의 의료법인 출자 를 원활히 하는 데 목적이 있다.

2. 합의내용

1) 부동산 및 의료장비 임대차계약은 2016. 6. 17.에 해지한다.

2) 해지일 이후 eee는 현재의 부동산 및 의료시설을 원고에게 인도한다.

3) eee는 현재 입원하고 있는 환자가 계속 의료행위 등을 받는 데 따른 불편함이 없

도록 적극 협조한다.

3. 원고와 eee는 본 계약 해지 합의서에 따른 계약의 해지는 당사자들의 자유로운 의사 와 합의에 의한 것으로서 임대차계약해지합의서에 명시되지 않은 일체의 위약금 또는

손해배상과 관련한 내용은 본 계약 해지에는 적용하지 않기로 합의한다.

는 2015. 1. 8. 이 사건 요양병원의 개업일을 2015. 1. 1.로 하여 부가가치세 면세사업

자 등록을 하였다.

2) 한편 원고는 의료법인 설립에 출자하여 그와 같이 설립된 의료법인에 이 사

건 각 부동산을 증여한 다음 의료법인으로 하여금 요양병원을 운영하게 할 계획을 세

웠고, 이에 2016. 6. 1. eee와 이 사건 임대차계약의 해지를 합의하였는데, 위 임대

차계약 해지합의서의 내용은 아래와 같다.

다. 의료법인의 설립 및 부담부증여계약의 체결과 그 이행

1) 충청북도지사는 2016. 6. 8. 비영리 의료법인인 의료법인 ff의료재단(이하

‘ff의료재단’이라고만 한다)에 대한 의료법인 설립허가를 하였고, ff의료재단은 의

료기간의 설치․운영 등을 목적으로 하여 2016. 6. 20. 설립등기되었다.

2) 원고는 2016. 6. 20. ff의료재단과 ⁠‘① 원고는 그 소유인 이 사건 각 부동

산 및 의료장비 등과 함께 이 사건 각 부동산을 담보로 한 원고의 hh은행에 대한 대

출금 22억 2,400만 원을 ff의료재단에게 부담부증여하고, ② 원고는 2016. 6. 28.까

지 이 사건 각 부동산에 대한 소유권이전등기를 신청한다’는 내용의 부담부증여계약(이

하 ⁠‘이 사건 부담부증여’라 한다)을 체결하였다.

3) ff의료재단은 2016. 6. 24. 개업일을 ⁠‘2016. 7. 1.’로 하여 면세법인 사업자

등록을 한 다음 2016. 6. 28. 이 사건 부담부증여에 따라 이 사건 각 부동산에 대한 소

유권이전등기를 마쳤고, 원고는 부동산 임대업자 사업자등록과 관련하여 폐업일을

‘2018. 6. 30.’로 신고하였다.

4) ff의료법인은 2016. 7. 1. 충청북도지사로부터 이 사건 요양병원의 설립구

분을 ⁠‘개인’에서 ⁠‘의료법인’으로, 개설자를 ⁠‘eee’에서 ⁠‘iii(법인 이사장)’으로, 명칭 을 ⁠‘ccc요양병원’에서 ⁠‘의료법인 ff의료재단 ccc요양병원’으로 변경하는 내용의

의료기관 개설 허가사항 변경허가를 받았다.

라. 이 사건 처분의 경위

1) 원고는 이 사건 부담부증여에 관한 양도소득세를 75,096,571원으로 산정하

여 이를 신고․납부하였다.

2) 피고는 원고가 이 사건 부담부증여에 관하여 부가가치세를 납부하여야 한다 고 판단하여 2017. 7. 6. 원고에 대하여 아래와 같이 2016년 1기분에 대한 부가가치세

경정처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

- 5 -

3) 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 조세

심판원은 2017. 12. 29. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 14호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을

제2 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장1)

1) 주위적 주장

가) 원고는 이 사건 임대차계약의 합의해지일인 2016. 6. 17. 부동산 임대업 을 사실상 폐업하여 더 이상 사업자가 아닌 상태에서 이 사건 각 부동산을 부담부증여

의 방법으로 양도하였고, 설령 2016. 6. 17.을 실제 임대사업 폐업일로 보지 않는다고

하더라도 이 사건 부담부증여계약을 체결한 2016. 6. 20. 또는 이 사건 부담부증여를

원인으로 ff의료재단에 이 사건 각 부동산의 소유권을 이전한 2016. 6. 28.에 임대사

업의 폐업이 이루어진 것으로 인정되어야 한다.

이와 같이 부동산 임대업을 영위하던 원고가 임대업 폐지 후 곧바로 이 사건 건물 을 양도한 이상, 이러한 양도는 대법원 1991. 2. 22. 선고 90누4785 판결의 법리에 따 를 때 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구

부가가치세법’이라 한다) 제10조 제6항에서 공급으로 간주(看做)하는 특례인 ⁠‘사업 폐

지 후 잔존하는 재화의 자기(自己)에 대한 공급’으로 볼 수 없어 부가가치세 과세 대상 이 되지 않는다.

나) 구 부가가치세법 제10조 제8항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2016. 8.

31. 대통령령 제27472호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법 시행령’이라고만

한다) 제23조는 ⁠‘사업을 양도하는 것’을 재화의 공급으로 보지 아니하여 부가가치세 과

세대상에서 제외하고 있는데, 원고는 이 사건 각 부동산을 포함하여 요양병원 운영에

필요한 시설과 비품 일체를 ff의료재단에 부담부증여하였으므로, 이는 ⁠‘요양병원 사

업을 양도한 것’에 해당한다.

따라서 이 사건 부담부증여에 따른 건물의 양도는 이 점에서도 부가가치세의 과세

대상이 되는 재화의 공급이 될 수 없다.

다) 원고는 이 사건 부담부증여에 관하여 양도소득세를 신고․납부하였으므 로, 여기에 다시 부가가치세 과세처분을 하는 것은 이중과세의 원칙에 위배된다.

또한, ① 이 사건 부담부증여의 부담에 해당하는 이 사건 건물에 설정된 담보대출

금채무에서 건물의 취득비용을 공제하면 남는 양도차익이 없으므로 오히려 피고는 원

고에게 양도소득세를 환급하여야 하는 점, ② 원고는 이 사건 건물 취득 시 매입세액 을 공제받은 바 없음에도 이 사건 건물을 양도하면서는 매출세액을 부담하여야 하는

점, ③ 원고가 이 사건 건물을 매수하였을 당시 전(前) 양도인에 대하여 부가가치세가

부과되었고 원고가 매입세액을 공제받지 않았음에도, 이 사건 부담부증여에 관하여 원

고가 다시 부가가치세를 납부하는 것은 국가가 이 사건 건물에 관하여 중복하여 매출

세액만을 징구하는 불합리한 결과가 발생하는 점, ④ ff의료재단이 면세사업자이므 로 원고가 이 사건 부담부증여로 얻은 이익이 부가가치세만큼 감소함에도 양도소득세

산정 시 부가가치세액은 비용으로 공제되지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 처분 은 실질과세 원칙에 위배되거나 과세권의 남용에 해당하여 위법하다.

2) 예비적 주장2)

- 7 -

가) 면세사업자에게 사업을 양도하는 경우로서 사업의 양도를 폐업으로 보

아 ⁠‘잔존재화에 대하여 공급의제’하여야 하는 사안에 해당하므로, 세액은 건물기준시가 에서 부담부 채무를 공제한 나머지 잔액인 446,066,722원을 과세표준으로 하여 부과되

어야 한다.3)

나) 이 사건 부담부증여에 따른 양도를 재화의 공급으로 본다면, 부담에 해

당하는 채무액 상당이 공급가액이 되는데, 이 사건의 경우 원고의 이 사건 건물에 관

한 취득비용을 제외하면 잔존하는 양도차익은 없으므로, 양도소득세는 환급되어야 한

다.

다) 보통 매매계약상 매매대금은 부가가치세를 포함하는 것으로 해석하므로, 이 사건 과세표준 중 이 사건 건물에 관한 부분은 이 사건 건물의 공급가액

1,743,674,667원4)이 아니라 위 공급가액에 부가가치세 10%를 공제한 1,585,158,789원

(= 1,743,674,667원× 100/110)을 기준으로 삼아야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 처분의 적법(適法)

1) 주위적 주장에 관한 판단

가) 원고의 임대사업의 폐업 시기

(1) 부가가치세법상 사업의 개시, 폐지 등은 법상의 등록, 신고 여부

와는 관계없이 그 해당 사실의 실질에 의하여 결정된다(대법원 1997. 6. 27. 선고

96누16193 판결 등 참조).

(2) 위 법리를 바탕으로 이 사건을 보건대, 앞서 인정한 사실에 을 제5

호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합

하면, 비록 이 사건 임대차계약이 2016. 6. 17. 해지되었고, 이 사건 부담부증여계약이

2016. 6. 20. 체결되었으며, 그에 따른 ff의료재단 명의의 소유권이전등기가 2016. 6.

28. 마쳐졌다고 하더라도, 폐업시점은 위 세 날짜가 아닌 이 사건 임대사업의 실제 종

료일인 2016. 6. 30.로 봄이 타당하다.

(가) 원고가 eee로부터 2016. 6월분 차임 2,000만 원을 전부 지

급받은 사실을 자인하고 있으므로, 이 사건 각 부동산에 관하여 2016. 6. 30.까지의 임

대소득이 원고에게 귀속되었다.

이에 대하여 원고는, eee가 이 사건 임대차계약에 따른 임대차보증금을 지급하

지 않았음에도 원고가 보증금에 대한 이자를 요청하지 않고 이를 양해한 사정으로 말

미암아, 위 임대차계약이 2016. 6. 17. 해지되었음에도 eee가 6월 임대료 전액을 지

급한 것이라는 취지로 주장하나, 앞서 본 이 사건 임대차계약 특약사항 제3항에 의하

면, 원고와 eee 사이에 애초 임대차보증금을 수수하는 것을 예정하지 않고, 임대차

보증금 중 매월 500만 원에서 1,000만 원을 차감하는 방식으로 임대차보증금을 정산하

기로 약정한 사실이 인정될 뿐이므로, 이에 비추어 볼 때 원고는 2016. 6. 30.까지 이

사건 각 부동산에 관한 임대소득을 받았다고 봄이 타당하다.

(나) 원고는 폐업일을 2016. 6. 30.로 하여 부동산 임대사업에 관하

여 폐업신고를 하였고, eee 역시 폐업일을 2016. 6. 30.로 하여 요양병원의 폐업신

고를 하였으며, ff의료재단은 개업일을 2016. 7. 1.로 신고하였다.

- 9 -

이와 관련 이 사건 임대차계약 해지합의서에 따르면 eee가 해지일 이후 이 사건

각 부동산을 원고에게 인도한다고 기재되어 있는 사실은 인정되나, 원고 스스로도 이

인수가 6. 30.까지 이 사건 각 부동산을 점유하였음을 전제로 임대차계약 해지 후 소

유권이전일까지의 eee의 부당점유를 주장하고 있음을 확인할 수 있다.5) 이러한 사

정에 이 사건 임대차계약 해지합의서 제2조 제3항의 문언(eee는 현재 입원하고 있 는 환자가 계속 의료행위 등을 받는 데 따른 불편함이 없도록 적극 협조한다) 및 위와

같이 eee가 폐업일을 2016. 6. 30.로 신고한 점이나 6월분 차임이 전액 지급된 점

등을 더하여 보면, eee가 이 사건 임대차계약의 해지 후 2016. 6. 30.까지 요양병원 을 사실상 임차인의 지위에서 관리한 것으로 추단할 수 있을 뿐이다.

나) 부가가치세 과세 대상에 해당하는지 여부

(1) 관련법리

(가) 부가가치세의 부과대상이 되는 재화의 공급이라 함은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것을 말하고, 그 납세

의무자는 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는

자이므로, 사업자가 계약상 또는 법률상 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 경

우에는 부가가치세를 면제하거나 부과하지 아니한다는 특별한 규정이 없는 한 모두 부

가가치세를 납부할 과세대상이 되고, 사업자가 주된 사업으로서 계속적으로 반복하여

재화 또는 용역을 공급하는 것이 아니라 주된 사업과 관련하여 우발적 또는 일시적으 로 재화 또는 용역을 공급하는 경우에도 과세대상이 되며, 부가가치세법상 재화 또는

용역의 공급에 해당하는 이상 그 공급의 목적이 사업의 유지 · 확장을 위한 것이든 아

니면 사업의 청산 · 정리 또는 폐지를 위한 것이든 관계없이 과세대상이 된다(대법원

2008. 7. 24. 선고 2006두2459 판결 등 참조).

(나) 구 부가가치세법 시행령 제28조 제9항은 ⁠‘폐업 전에 공급한 재

화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다’고

규정하고 있는바, 위 단서 규정의 입법 취지 및 문맥에 비추어 볼 때, 위 규정 중 ⁠‘폐

업 전에 공급한’의 의미는 재화의 인도 또는 양도의 원인이 되는 행위, 즉 그 공급의

상대방, 시기, 가액을 확정할 수 있는 계약 등 법률상의 원인이 폐업 전에 발생한 경우

에는 구 부가가치세법 시행령 제28조 제1항의 각 호에 의하여 공급시기로 정해지는 시

기가 폐업일 이후에 도래하더라도, 위 ⁠‘폐업 전에 공급한’ 경우에 해당한다(대법원

2006. 1. 13. 선고 2005두10453 판결).

(2) 위와 같은 법리를 바탕으로 이 사건을 보건대, 앞서 인정한 사실에 을 제4호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을

종합하면, 이 사건 건물 양도의 계약상 원인인 부담부증여계약이 임대업 폐업을 목적 으로 폐업 전에 이루어진 이상, 원고가 이 사건 건물을 ⁠‘사업(임대업) 폐지 전에 양도

한 경우’에 해당하고, 그와 같이 사업의 폐지를 위한 것이더라도 부가가치세의 과세대

상이 되는 재화의 공급에 해당한다. 나아가 이에 의할 때 그 당연한 논리적 연장선에

서 이 사건 건물은 ⁠‘사업 폐지 후 잔존하는 재화’로 볼 여지 자체가 없으므로, 이와 관

련한 원고의 주장은 모두 받아들일 수 없다.

(가) 원고는 부동산 임대업자의 지위에서 자신의 임대업에 제공되

던 이 사건 건물을 임대업 폐지의 목적으로 부담부증여하였으므로, 이는 사업자가 사

업 폐지의 목적으로 계약상의 원인에 의하여 재화를 공급한 경우에 해당하고, 이와 같

- 11 - 은 재화의 공급이 일회적이라고 하더라도 부가가치세의 과세대상이 된다.

(나) 원고는 2016. 6. 30. 이 사건 임대업을 폐업하였고, 이 사건 부

담부증여의 계약체결은 폐업일 전인 2016. 6. 20. 이루어졌으므로, 위 대법원 2006. 1.

13. 선고 2005두10453 판결의 법리에 따를 때 원고는 실제 공급시기와 관계없이 ff

의료재단에게 폐업 전 이 사건 건물을 공급하였다고 볼 것이다.

(다) 정리한 바와 같이 원고는 대법원 1991. 2. 22. 선고 90누4785

판결을 원용하고 있으나, 위 판결은 ⁠‘임대업의 사실상 폐지 후 건물을 양도한 경우 그

양도는 부동산임대사업자로서의 지위의 소멸을 가져오는 정도의 것으로서 부가가치세

의 과세근거가 없다’는 취지인바, 위 두 판결 이전에 나온 판결일 뿐만 아니라 이 사건 과 동일한 사안을 대상으로 한다고 보기 어려워 이 사건에 그대로 원용할 수 없다.

다) 이 사건 부담부증여를 ⁠‘사업의 양도’로 볼 수 있는지 여부

(1) 구 부가가치세법 제10조 제8항 제2호, 구 부가가치세법 시행령

23조가 규정하고 있는 ⁠‘재화의 공급으로 보지 아니하는 사업의 양도’라 함은 사업용 재

산을 비롯한 물적․인적시설 및 권리의무 등을 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을

유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 의미하므로, 그 사업은 인적․물적시설의

유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 것이

어야 한다(대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 참조).

(2) 살피건대, 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수

있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 각 부동산을 이용하여 부동산임대업 을 한 반면, ff의료재단은 이 사건 각 부동산에서 부동산임대업이 아닌 요양병원을

운영하고 있으므로, 그 사실 자체만 고려하더라도 사업의 동일성이 유지되었다고 볼

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수 없는 점, ② ff의료재단이 이 사건 각 부동산에 관하여 임대차계약을 체결하는

등 임대업을 하였음을 인정할 아무런 증거가 없고, 오히려 ff의료재단은 비영리 의

료법인으로 영리를 목적으로 하는 부동산임대업 자체를 할 수 없는 점, ③ 원고는 피

고에게 폐업신고를 접수하면서 폐업사유를 ⁠‘양도․양수’가 아니라 ⁠‘기타(폐업)’로 표시

하였던 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 부담부증여는 원고가 사업의 동일성을 유지하

면서 경영주체만을 교체시킨 것으로 볼 수 없으므로 구 부가가치세법 제10조 제8항

2호가 정하는 ⁠‘사업양도’에 해당하지 않는다.

라) 이중과세원칙․실질과세원칙 위반 및 과세권 남용 여부

아래의 사정들을 종합하면 이 사건 처분이 이중과세원칙이나 실질과세

원칙을 위반하였다고 보기 어렵고, 피고가 과세권을 남용하였다고 볼 수도 없다.

(1) 양도소득세는 자산 보유기간 동안의 이익 증가분을 과세표준으로

하여 부과하는 것인 반면, 부가가치세는 재화나 용역의 생산․제공․유통의 모든 단계 에서 기업이 창출한 부가가치를 과세표준으로 하여 부과하는 것이어서 그 각 납세의무

의 성립요건과 시기 및 과세대상이 서로 다르므로, 과세관청은 각 부과처분을 할 때에

각각의 과세요건에 따라 실질에 맞추어 독립적으로 판단하면 된다. 따라서 각각의 과

세요건에 모두 해당할 경우 양자의 중복적용을 배제하는 특별한 규정이 없는 한 어느

한 쪽의 과세만 가능하다고 볼 것은 아니다(대법원 1997. 2. 25. 선고 96누10881 판결,

대법원 2018. 7. 27. 선고 2018두41259 판결 참조).

(2) 원고에게 이 사건 각 부동산을 매도한 사람이 매출세액을 납부하였 고, 원고가 이에 대한 매입세액을 공제받지 못하였음에도 매출세액을 납부한다고 하더

라도, 위 매출세액은 별개의 ⁠‘재화의 공급’에 대한 부가가치세로 이중과세에 해당한다

- 13 - 고 보기 어려울 뿐 아니라, 원고가 매입세액을 공제받지 못한 것은 앞서 본 바와 같이

부가가치세법 제39조 제1항 제7호에 따라 면세사업인 요양병원 운영과 관련한 매

입세액이었기 때문이므로, 이를 두고 실질과세의 원칙에 위배된다거나 과세권의 남용 에 해당한다고 볼 수 없다.

2) 예비적 주장에 관한 판단

가) 먼저 이 사건이 면세사업자에 사업을 양도하는 경우로서 사업의 양도를

폐업으로 보아 ⁠‘잔존재화에 대하여 공급의제’하여야 한다는 주장과 관련하여, 앞서 본

바와 같이 이 사건 부담부증여를 사업의 양도로 볼 수 없는 이상, 이 주장은 더 나아 가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다.

나) 다음으로 이 사건 부담부증여의 부담에 해당하는 채무액 상당이 공급가

액으로서 양도차익이 없으므로 양도소득세가 환급되어야 한다는 주장과 관련하여서도,

앞서 정리한 주위적 주장에 일부 포함된 주장일 뿐만 아니라 그 주장의 방향 자체로 이 사건 처분과의 관련성이 희박하여 이를 받아들일 수 없다.

다) 마지막으로 이 사건 건물에 관한 과세표준이 1,585,158,789원이어야 한

다는 주장에 관하여 살펴본다.

이 사건 각 부동산에 관한 양도소득세를 산정하기 위해서는 구 부가가치세법 시행

령 제64조 제1호에 따라 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 토지와 건물의 가

액에 비례하여 안분(按分)하여야 하는데, 을 제3호증의 기재에 의하면, 2016년 기준 이

사건 건물의 기준시가는 2,338,080,240원, 이 사건 토지의 공시지가는 410,256,0600원

인 사실이 인정된다.

이 때 부가가치세의 과세표준이 되는 공급가액은 구 부가가치세법 시행령 제64조

따라 ⁠[총 거래가액 × 건물 등의 기준시가 ÷ ⁠(토지의 기준시가+ 건물의 기준시가 +

건물의 기준시가 × 10/100) ] 식에 따라 산정된다. 따라서 이 사건 건물의 거래가액에

부가가치세가 포함되어 있다면, 건물의 거래가액에서 부가가치세를 제외하는 방식으로

계산하는 것이 아니라 공급가액을 계산하기 위한 토지와 건물의 안분액 산정방식에서

분모(分母)에 건물 등의 기준시가의 10/100를 가산함으로써 부가가치세를 반영하는 것

이고, 피고는 위와 같은 방식에 따라 이 사건 건물의 거래가액에 포함된 부가가치세를

반영하여 아래 표와 같이 과세표준을 산정하였다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 부

분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한

다.

출처 : 청주지방법원 2018. 09. 18. 선고 청주지방법원 2018구합2419 판결 | 국세법령정보시스템