요지

이 사건 각 세금계산서가 실물 거래 없는 가공의 세금계산서에 해당한다는 전제에서 이루어진 처분은 위법하고, 이 사건 물품공급거래에 따라 물품을 공급받고 그에 대한 비용을 지출하였으므로 귀속 불분명을 이유로 한 대표자 상여처분은 위법함.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2015. 1. 9. 원고에 대하여 한, 2012년 2기분 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함) 부과처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분 및 소득자를 OAA로 한 2012년 귀속 000,000,000원의 소득금액변동통지를 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/4은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 1. 9. 원고에 대하여 한, 2012년 2기분 부가가치세 00,000,000원(가산세 포함) 부과처분 및 소득자를 OAA로 한 2012년 귀속 000,000,000원의 소득금액변동통지를 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 컴퓨터 프로그램 개발, 제작, 판매업 및 컴퓨터시스템 유지 보수업 등을 하는 회사로서 DD그룹의 계열사이다.

나. 원고는 2012년 2기 부가가치세 과세기간에 해당하는 2012. 12.경 아래와 같은 용역계약, 하도급계약 및 물품공급계약을 각 체결(이하 그 순번에 따라 ⁠‘제1계약’ 등이라고 한다)하였다. 각 계약의 목적은 원고가 DTT로부터 HD방송시스템 구축 용역을 공급받아 DD에 공급하는 것(제1, 2계약)과 원고가 LKK로부터 아이커넥트 2200 제품을 공급받아 YSS에 공급하는 것(제3, 4계약)이다.

다. 원고는 위 각 계약일에 아래 표 기재와 같은 세금계산서를 발행 또는 수취하였다(이하 그 순번에 따라 ⁠‘제1매입세금계산서’ 등 또는 ⁠‘제1매출세금계산서’ 등이라고 하고, 위 각 매입․매출세금계산서를 합쳐서 ⁠‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다).

라. 피고는 2014. 11.경 원고에 대한 정기세무조사를 실시하여 ⁠‘이 사건 각 세금계산서는 실물거래 없이 발생되거나 수취된 사실과 다른 세금계산서이므로 관련 매입·매출세액은 각 감액되어야 하고, 제2매입세금계산서 관련 LKK에 지급된 000,000,000원은 사외로 유출되어 그 귀속이 불분명하다.’고 보고, 2015. 1. 9. 원고에 대하여, 1) 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제22조 제3항 제2호, 제3호에 따른 세금계산서불성실가산세를 포함하여 2012년 2기분 부가가치세 00,000,000원 부과처분(이하 ⁠‘제1처분’이라고 한다), 2) 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호 ⁠(나)목에 따라 소득자를 OAA로 한 2012년 귀속 000,000,000원의 소득금액변동통지(이하 ⁠‘제2처분’이라고 하고, 제1처분과 함께 ⁠‘이 사건 각 처분’이라고 한다)를 하였다. 구체적인 매입·매출세액 경정 내용은 다음과 같다.

마. 원고는 2015. 5. 11. 감사원에 이 사건 각 처분에 관한 심사청구를 하였으나 2016. 12. 22. 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 갑 제1, 2, 5, 15호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함,이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 피고

가) 원고와 DD 또는 원고와 DTT 사이에 체결된 제1, 2계약은 실제로 그 계약에 따른 재화 및 용역의 공급은 이루어지지 않은 채 2013. 7. 25. 해제되었다. 원고는 제1, 2계약에 따른 재화 및 용역의 공급이 이루어진 것처럼 제1매입․매출세금계산서를 발행 또는 수취하였고 위 해제에 따라 제1매입․매출세금계산서의 공급가액을 감하는 내용의 수정세금계산서를 발행 또는 수취하지 아니하였다. 따라서 제1매입․매출세금계산서는 실물 거래 없는 허위의 세금계산서이다.

나) 원고와 YSS 또는 원고와 LKK 사이에서 제3, 4계약이 체결되었으나, 실제로 그 계약에 따른 재화 및 용역의 공급은 이루어지지 않았다. 원고는 제3, 4계약에 따른 재화 및 용역의 공급이 이루어진 것처럼 제2매입․매출세금계산서를 발행 또는 수취하였으므로, 이 또한 실물 거래 없는 허위의 세금계산서이다.

설령 제2매입․매출세금계산서가 실물 거래 없는 허위의 세금계산서에 해당하지 않는다고 보더라도, 제2매입․매출세금계산서는 세금계산서의 필요적 기재사항인 재화의 공급시기가 사실과 다르게 기재된 허위의 세금계산서이다.

다) 원고가 LKK에 위와 같은 가공거래에 따라 지급한 물품대금 000,000,000원은 사외유출된 것이고 그 귀속자가 불분명하므로 원고의 대표자인 OAA에 대한 상여로 소득처분하여야 한다.

2) 원고

가) 이 사건 각 세금계산서는 진정한 거래관계에 부합하게 작성된 것이므로 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

나) 설령 제4계약에 따른 원고와 LKK 사이의 거래가 가공거래라고 하더라도, 원고가 제4계약에 따라 LKK에 지급한 000,000,000원은 그 귀속자가 LKK인 것이 분명하므로 그 귀속이 불분명하다는 이유로 원고의 대표자였던 OAA에 대한 상여로 의제할 수는 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 제2처분은 이러한 점에서도 위법하다.

다) 한편 피고는 제2매입․매출세금계산서는 세금계산서의 필요적 기재사항인 재화의 공급시기가 사실과 다르게 기재된 허위의 세금계산서라고 주장함으로써 제1처분에 관한 처분사유를 추가하고 있으나, 위와 같이 추가된 처분사유는 당초의 처분사유와 그 기본적 사실관계가 동일하다고 볼 수 없으므로 위와 같은 처분사유의 추가는 허용될 수 없다.

설령 이와 같은 처분사유의 추가가 적법하다고 보더라도, 원고는 물품 대량공급을 위한 LKK의 요청에 따라 물품대금을 선지급하고 그 납품 전에 세금계산서를 발행받기로 LKK와 합의하였던 특수한 사정이 있는 점, 원고가 전사적 자원관리시스템인 ⁠‘DDCNS 통합 정보시스템’을 통해 제2매입․매출세금계산서를 보관하여 관리하였던 점 등에다가 세금계산서 발급특례에 관한 규정의 입법취지 등을 고려하면, 제2매입․매출세금계산서에 관하여는 부가가치세법 시행령 제54조 제3항 제2호의 세금계산서 발급특례 요건(대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할 것)이 충족되었다고 보아야 한다. 따라서 제2매입․매출세금계산서가 재화의 공급시기가 사실과 다르게 기재된 허위의 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령의 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1처분의 적법 여부

가) 제1매입․매출세금계산서 관련

(1) 갑 제3 내지 7, 18, 23, 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

(가) 원고는 2012. 12. 31. DTT로부터 제2계약에 관한 선급금인 000,000,000원(총 하도급대금의 30% 상당액, 부가가치세 포함)에 관한 제1매입세금계산서를 수취하고 DD에게 제1계약에 관한 선급금인 000,000,000원(총 용역대금의 30%상당액, 부가가치세 포함)에 관한 제1매출세금계산서를 발행하였다.

(나) 원고는 2013. 7. 25., ⁠(1) DD와 ⁠‘제1계약 중 프로젝트 매니저 공급부분을 제외한 나머지 부분’을 해지하기로 합의하는 한편, ⁠(2) DTT와 제2계약을 해지하기로 합의하면서 제2계약상 이미 이행된 부분인 000,000,000원 부분(선급금 부분)은 유효한 것으로 명시적으로 합의하였다.

(다) DD는 2013. 7. 말경 DTT와 사이에 ⁠‘DDTV 방송센터 HD방송시스템 구축’ 용역에 관하여 대금 0,000,000,000원(부가가치세 미포함), 납품완료일을 2013. 9. 30.로 정한 용역계약을 체결하였다. 다만 위 용역계약에 관한 계약서에는 그 계약일을 ⁠‘2012. 12. 28.’로 소급하여 기재하고 납품완료일을 당초 제2계약상의 납기와 동일한 2013. 6. 30.로 기재하였다.

(라) 한편 SN세무서장은 DTT에 대하여 2015. 11. 24.부터 2015. 12. 23.까지 2012년도 제3, 4기분 부가가치세에 관한 세무조사(거래처 가공거래내역에 대한 부분조사)를 실시한 후 2015. 12. 6. 제1거래는 정상적인 거래라고 보고 예상고지세액을 0원으로 통보하였다.

(2) 위 인정 사실에 의하면, 1) 원고는 2013년 2기 부가가치세 과세기간 중인 2013. 7. 25. DD와 사이에 체결된 제1계약의 일부(제1계약 중 프로젝트 매니저 공급부분 제외한 나머지 부분, 즉 방송시스템 구축 부분) 및 DTT와 사이에 체결된 제2계약의 전부에 관하여 그 효력을 장래에 행하여 소멸하게 하는 것을 내용으로 하는 합의해지를 하였다고 할 것이고, 2) 제1매입․매출세금계산서는 위 합의해지에 따라 실효되는 부분에 해당하지 아니하는 제1, 2계약의 선급금에 관하여 발행 또는 수취된 것이므로 위 해지로 인하여 제1매입․매출세금계산서가 실물 거래 없는 가공의 세금계산서에 해당한다고 볼 수 없다.

(3) 또한 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘부가가치세법 시행령’이라고 한다) 제59조 제1항은 ⁠‘법 제16조제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.’고규정하면서 제2호에서 ⁠‘계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 : 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.’고 규정하고, 제3호에서 ⁠‘계약의 해지 등에 따라 공급가액에 추가 또는 차감되는 금액이 발생한 경우 : 증감사유가 발생한 날을 작성일자로 적고 추가되는 금액은 검은색 글씨로 쓰고, 차감되는 금액은 붉은색 글씨로 쓰거나 부(負)의 표시를 하여 발급한다.’고 규정하고 있다.

이에 따르면, 기존 계약이 후발적으로 해제되거나 해지되어 공급가액에 차감되는 금액이 발생하는 경우에는 계약이 해제 또는 해지된 때를 작성일자로 하는 수정세금계산서를 발급하여야 하고, 해당 수정세금계산서의 작성일이 속하는 부가가치세 과세기간에 수정세금계산서에 따른 매출 또는 매입의 감액이 반영되어야 한다. 이와 달리 기존 계약에 따른 수수한 기존 세금계산서에 따른 매출 또는 매입의 감액이 기존 세금계산서의 작성일이 속하는 부가가치세 과세기간에 반영되어야 한다고 볼 수 없다(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호로 개정되기 전의 구 부가가치세법 시행령 제59조 제1항 제2호는 계약이 해제된 경우 수정세금계산서의 작성일자를 당초 세금계산서작성일로 적도록 하고 있으나, 이 사건은 개정규정이 적용된다).

그렇다면 설령 원고와 DD 또는 원고와 DTT 사이에 제1, 2계약에 관하여 그 효력을 소급적으로 소멸하게 하는 내용의 합의해제가 있었다고 가정하더라도, 그 해제에 따른 수정세금계산서는 2013. 7. 25.자로 발행 또는 수취되어야 하고 그에 따른 매출 또는 매입의 감액은 2013년 2기분 부가가치세의 과세표준에 반영되어야 하는 것이지 2012년 2기분 부가가치세의 과세표준에 반영되어야 한다고 볼 수 없다.

(4) 따라서 피고가 제1매입․매출세금계산서가 실물 거래 없이 작성된 허위의 세금계산서라고 본 것은 여러 모로 위법하다.

나) 제2매입․매출세금계산서 관련

(1) 실물 거래 없는 허위의 세금계산서에 해당하는지 여부

(가) 갑 제8 내지 14, 17, 19 내지 22, 25 내지 30호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면 아래와 같은 사실이 인정된다.

① LKK는 아이커넥트(i-Connect, 구체적으로는 아이커넥트"4400 Inner", "4400 Outer", "2200 Inner", "2200 Outer" 모델)5)를 제조․판매하는 회사이다. 원고는 2011. 12. 29. LKK와 사이에 ⁠‘원고가 LKK로부터 아이커넥트를 소비자가격 대비 65% 내지 70% 수준으로 공급받아 이를 시장에 판매한다.’는 내용의 총판계약을 체결하였는데 그 주요 내용은 아래와 같다.

② LKK는 2012. 9.경 SGG 주식회사와 주식회사 HWC(이하 위 각 회사를 지칭할 때 ⁠‘주식회사’의 표시는 생략한다)로부터 약 0,000,000,000원 상당의 아이커넥트 제품 공급거래를 제안받은 후 총판사인 원고에게 위 사실을 통보하였다.

③ 이에 원고는 YSS을 통하여 HWC 등에게 아이커넥트 제품을 공급하기로 하고 2012. 12. 21. YSS과 사이에 제3계약을 체결하였는데, 당시 YSS은 제3계약에 따른 물품 납품일로부터 7일 이내 원고에게 세금계산서를 발행하고 세금계산서 발행 후 100일 이내에 대금의 50%를, 180일 이내에 나머지 대금 50%를 각 지급하기로 약정하였다.

④ YSS은 2012. 12. 26. HWC와 사이에 ⁠‘YSS이 HWC에 아이커넥트 2200 모델 75개를 2,200,000,000원(부가가치세 포함)에 공급하고, HWC는 물품납품일로부터 7일 이내 YSS에게 세금계산서를 발행하고 그 발행일로부터 100일 이내에 물품대금의 50%를, 180일 이내에 나머지 50%를 지급한다.’는 내용의 물품공급계약을 체결하였다. 한편 YSS은 위 계약 체결에 앞서 2012. 12. 20. SGG(HWC와 아이커넥트 제품 설치 및 유통 관련 파트너 관계에 있었다)으로부터 ⁠‘HWC의 위 계약상 물품대금채무에 관한 담보조’로 SGG이 그 명의로 마쳐둔 KHH 소유의 부동산에 관한 근저당권설정등기를 이전받기로 약정하였고, 2012. 12. 21. 위 약정에 따른 근저당권이전의 부기등기를 마쳤다.

⑤ 원고는 YSS에 제3계약에 따른 아이커넥트 제품을 공급하기 위하여 2012. 12. 31. LKK와 사이에 제4계약을 체결하는 한편, 2013. 1. 7. YSS에 ⁠‘펌웨어 업그레이드, 아이커넥트 제품의 설치 및 기술지원’에 관한 용역을 000,000,000원(부가가치세 미포함)에 발주하였다.

⑥ 한편 원고는, ㉠ 제3계약과 관련하여 계약 체결 당일인 2012. 12. 21. YSS에게 아이커넥트 공급대금 2,129,820,000원(부가가치세 포함)의 매출세금계산서(제2매출세금계산서)를 발행하였고, ㉡ 제4계약과 관련하여 계약 체결 당일인 2012. 12. 31. LKK로부터, 2012. 12. 31. 아이커넥트 공급대금 0,000,000,000원(부가가치세 포함)의 매입세금계산서(제2매입세금계산서)를 수취하였으며, ㉢ 앞서 본 2013. 1. 7.자 기술지원 용역 등 발주에 따라 그 기술지원료 등의 공급가액 000,000,000원에 관한 2013. 1. 8.자 매입세금계산서를 수취하기도 하였다.

⑦ 원고는 2013. 1. 23. LKK에게 제4계약에 따른 선급금 명목으로 물품대금 중 일부인 000,000,000원을 전자어음으로 미리 지급하였다.

⑧ LKK는 최종 수요처인 HWC 또는 SGG의 요청에 따라 아래 표 기재와 같이 HWC 내지 SGG으로 직접 아이커넥트제품(이하 ⁠‘이 사건 물품’이라고 한다)을 납품하였고, SGG은 이 사건 물품 중 일부는 처분하고 일부는 창고에 보관하였다.

⑨ IT업계에서는 영업망 확대 등을 위하여 총판사를 두고 사업을 진행하는 제조사가 많고, 이 경우 총판사에 기술지원인력이 없을 경우에는 제조사에서 직접수요처로 납품하여 설치작업까지 하는 거래 관행이 있다.

⑩ 한편 KHH은 2013. 2. 18. YSS이 SGG으로부터 이전받은 근저당권설정등기에 관하여 ⁠‘그 피담보채무가 소멸되었음’을 원인으로 하는 근저당권설정등기 말소등기 청구소송(SO지방법원 SN지원 0000가합0000, 이하 ⁠‘제1소송’이라고 한다)을 제기하였다. YSS은 위 소송계속 중이던 2013. 7. 3. 원고를 상대로 위 물품계약에 따른 물품대금채무에 관한 채무부존재확인의 소(LL지방법원 0000가합00000, 이하 ⁠‘제2소송’이라고 한다)를 제기하였고, 원고는 YSS을 상대로 물품대금청구의 반소를 제기하였다.

YSS은 2014. 6. 19. 제1소송에서 패소판결을 선고받고 이에 대하여 항소(PP법원 0000나00000)하였으나 2015. 1. 9. 항소가 기각되었고 위 판결은 2015. 1. 29. 확정되었다. 결국 YSS은 HWC로부터 LKK가 납품한 아이커넥트 물품에 관한 대금을 지급받지 못하였다.

원고는 2014. 6. 13. 제2소송에서 ⁠‘원고와 YSS 사이에 물품계약 자체는 있었으나 그에 따른 물품의 공급이 없었고, LKK로부터 HWC 등으로의 직접 공급에 관하여는 원고와 YSS 사이에 합의가 이루어지지 않았으며, LKK가 HWC 등에게 공급한 아이커넥트 물품이 원고와 YSS 사이의 물품공급계약에 기반한 것이라고 보이지 않는다.’는 이유로 패소판결을 선고받고, 이에 대하여 항소(PP법원 0000나00000)하였다. 위 항소심에서 YSS의 소송고지신청에 따라 소송고지를 받은 LKK는 피고(이 사건 원고)보조참가인으로 소송에 참여하였다.

위 항소심은 2015. 11. 24. ⁠‘YSS이 원고에게 0,000,000,000원[YSS이 원고에게 물품대금 원금의 1/2 상당액 0,000,000,000원(= 0,000,000,000원/2) 및 피고 등이 물품의 설치, 기술 지원을 하지 않음에 따라 얻게 되는 비용 상당액과 원고가 LKK에 부담하는 물품대금 미지급에 대한 지연손해금을 감안하여 산정한 000,000,000원의 합계액]을 지급하고, 그 외에는 2012. 12. 21.자 물품공급계약(제3계약)에 관하여 YSS이 원고나 LKK에 대하여 부담하는 채무가 없다.’는 조정을 갈음하는 결정을 내렸고, 이에 대하여 위 소송의 당사자들이 아무런 이의를 제기하지 아니하여 2015. 12. 12. 위 결정이 그대로 확정되었다. YSS은 2015. 12. 30. 원고에게 위 결정에 따른 0,000,000,000원을 모두 지급하였다 .

원고는 2016. 1. 15. LKK를 상대로 ⁠‘LKK의 귀책사유로 원고가 YSS으로 지급받을 물품대금청구권이 1/2 감액되었기 때문에 원고와 LKK 사이의 2012. 12. 31.자 물품공급계약(제4계약)에 따른 대금도 1/2 감액되어야 하고, LKK가 기술제공용역을 이행하지 아니하여 그 용역대금 000,000,000원은 전액 감액되어야 하며, 물품대금 중 000,000,000원은 이미 피고에게 지급되었으므로, 결국 남은 채무는 0,000,000원에 불과하다.’고 주장하면서 ⁠‘제4계약에 따른 물품대금채무는 0,000,000원을 초과하여서는 존재하지 아니함을 확인한다.’는 내용의 채무부존재확인 청구의 소(LL지방법원 0000가합00000)를 제기하였는데, 위 법원은 2016. 4. 7. ⁠‘계약금액의 1/2 상당액 000,000,000원[= 계약금액 합계액 000,000,000원 {=0,000,000,000원(0,000,000,000원 + 000,000,000원)/2}에서 0,000,000원은 감액]에서 기지급 000,000,000원을 공제한 000,000,000원을 지급하고 원고가 나머지 청구를 포기하며, 원고가 LKK에 대하여 제4계약과 관련하여서는 위 채무 외에는 아무런 채무도 부담하지 않는다.’는 내용의 조정을 갈음하는 결정이 내려졌고, 2016. 4. 27. 위 결정이 그대로 확정되었다. 원고는 LKK의 위 결정상 채권에 관하여 채권가압류가 이루어지자 2016. 4. 28. 민사집행법 제248조 제1항에 따라 000,000000원을 공탁하였다.

(나) 위 인정 사실을 종합하면, ① 아이커넥트 물품 제조자인 LKK는 최종 수요자인 HWC 내지 SGG의 요청에 따라 직접 그들에게 아이커넥트 물품을 납품한 것으로 보이고, 이는 앞서 본 총판계약의 내용에 포함된 제품공급의 방식(제5조 제3항) 및 IT업계의 거래 관행에 부합하는 것으로 보이는 점, ② 결과적으로 원고는 YSS으로부터, LKK는 원고로부터 각 물품대금 중 상당 부분을 지급받은 것으로 보이는 점 등의 사정을 알 수 있다.

그렇다면 제3, 4계약과 관련된 위 물품공급거래(이하 ⁠‘이 사건 물품공급거래’라고 한다)는 LKK, 원고, YSS, HWC, SGG가 당사자로 개입된 것으로서, 제조사인 LKK가 최종수요자인 SGG 등에게 아이커넥트 물품을 직접 공급․설치하되, 그 물품대금은 SGG에서 HWC로, HWC에서 YSS으로, YSS에서 원고로, 원고에서 LKK로 순차 지급하기로 예정되어 있었던 것으로 봄이 타당하다. 한편 최종 공급된 물품이 원고와 YSS, 원고와 LKK 사이의 계약에서 공급하기로 정한 물품의 내용과 다소 차이가 있다고 하더라도, 제조자와 최종 수요자로의 직접 공급이 이루어진 이 사건 물품공급거래의 특성을 고려할 때 최종 수요자인 HWC 또는 SGG의 요구에 따라 최종 공급되는 물품의 상세 명세에 일부 변동이 초래될 수도 있는 것이어서 위와 같은 사정만으로 이 사건 물품공급거래가 가공가래라고 볼 수 없다(피고는 SGG을 흡수합병한 SGC 주식회사가 2014. 12. 18. CC세무서의 세무조사 협조의뢰에 대하여 ⁠‘이 사건 물품은 HWC와의 양도담보계약에 따라 양도담보로 교부받은 물품이고 HWC로부터 이 사건 물품을 매수한 것이 아니다.’라는 취지의 회신을 하였다는 점을 들어 이 사건 물품공급거래가 가공거래라고 주장하나, 최종 수요처인 HWC와 SGG 사이의 내부 계약관계에 따라 이 사건 물품공급거래의 진정성이 탄핵된다고 볼 수는 없고, 오히려 HWC가 이 사건 물품을 SGG에 양도담보로 제공하였다면 그것은 HWC가 YSS과의 물품공급계약에 따라 이 사건 물품을 공급받고 그 소유권을 확보하였음을 전제로 하는 것이어서 이 사건 물품공급거래가 진정한 것임을 뒷받침하는 사정으로도 볼 수도 있으므로, 피고의 주장은 받아들이기 어렵다).

(2) 제2매입․매출세금계산서가 재화의 공급시기가 사실과 다르게 기재된 허위의 세금계산서에 해당하는지 여부

(가) 과세처분취소소송의 소송물은 과세관청이 결정한 세액의 객관적 존부이므로, 과세관청으로서는 소송 도중 사실심 변론종결시까지 당해 처분에서 인정한 과세표준 또는 세액의 정당성을 뒷받침할 수 있는 새로운 자료를 제출하거나 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 그 사유를 교환·변경할 수 있는 것이고, 반드시 처분 당시의 자료만에 의하여 처분의 적법 여부를 판단하여야 하거나 처분 당시의 처분사유만을 주장할 수 있는 것은 아니다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2009두1617 판결 참조).

이 사건 각 처분 중 제2매입․매출세금계산서 관련 부분의 당초 처분사유와 위와 같이 예비적으로 추가된 처분사유는 원고가 발행하거나 수취한 제2매입․매출세금계산서와 관련하여 과세요건의 구성과 법적 평가만을 달리할 뿐 과세원인이 되는 기초사실 내지 납세의무자․세목․과세기간으로 구성되는 과세단위를 달리하는 것은 아니므로 피고의 처분사유 추가는 처분의 동일성이 유지되는 범위 내에서 이루어진 것이어서 허용된다고 봄이 타당하다.

(나) 제2매입․매출세금계산서에 기재된 공급시기는 2012년 2기의 부가가치세 과세기간에 속한 2012. 12. 21. 또는 같은 달 31.인 사실, 원고로부터 이 사건 물품의 공급을 주문받은 LKK는 2013년 1기의 부가가치세 과세기간에 속한 2013. 1. 30.부터 2013. 2. 27.까지 사이에 최종 수요처인 HWC 내지 SGG으로 직접 이 사건 물품을 납품하였던 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 제2매입․매출세금계산서는 그 재화의 공급시기가 사실과 다르게 기재된 허위의 세금계산서에 해당한다고 할 것이다.

부가가치세법 시행령 제54조 제3항 제2호는 ⁠‘대금청구시기에 세금계산서를 발급받고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 이를 전사적 자원관리시스템에 보관할것’을 세금계산서의 발급특례로 규정하고 있는데, 원고가 앞서 본 제3, 4계약상의 대금청구시기)에 앞선 2012. 12. 21. 또는 같은 달 31. 제2매입․매출세금계산서를 발행또는 수취하였으므로, 위와 같은 특례의 요건을 충족하지 못하였다.

이와 같이 제2매입․매출세금계산서가 공급시기가 사실과 다르게 기재된 허위의 세금계산서라고 볼 경우 2012년 2기 부가가치세 정당세액은 별지 2 정당세액 계산표 기재와 같이 00,000,000원이 된다.

다) 소결론 이 사건 각 세금계산서가 실물 거래 없는 가공의 세금계산서에 해당한다는 전제에서 이루어진 제1처분 중 위 정당세액인 00,000,000원을 초과하는 부분은 위법하다.

2) 제2처분의 적법 여부

앞서 본 바와 같이, 제2매입․매출세금계산서가 공급시기가 사실과 다른 허위의 세금계산서이기는 하나, 원고는 이 사건 물품공급거래에 따라 LKK로부터 이 사건 물품을 공급받고 그에 대한 비용으로 000,000,000원을 지출하였다 할 것이므로 그 귀속이 불분명하다는 이유로 대표자 상여로 소득처분할 것이 아니다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 제2처분은 위법하다.

3) 소결론

따라서 제1처분 중 00,000,000원을 초과하는 부분 및 제2처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2018. 02. 02. 선고 서울행정법원 2017구합53163 판결 | 국세법령정보시스템