요지

원고가 제2주택을 개축한 이래 이 사건 토지와 함께 제2주택을 별도의 세대로 하여금 사용하게 하였다는 정황이 나타나지 않는 이상, 이 사건 토지는 원래부터 하나의 주택 부수토지로 보아야 하고, 1세대 1주택의 양도에 해당하므로 일반 장기보유특별공제율 30%가 아니라 1세대1주택 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2015. 11. 2. 원고에 대하여 한 2015년 귀속 양도소득세 67,246,900원(가산

세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 00구 00동 00-00 대 697.5㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 및 지상 주택을 1980. 8. 26. 취득하였다가, 2015. 5. 18. 19억 5,000만 원에 양도하였다.

나. 원고는 2015. 7. 4. 관할 과세관청에 고가주택인 이 사건 토지 및 지상 주택의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하면서, 구 소득세법(2015. 7. 24. 법률 제13426호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제3항, 구 소득세법 시행령(2015. 6. 1. 대통령령 제26302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에 따라 양도차익과 장기보유 특별공제액을 산정하였고, 특히 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제액을 산정함에 있어서는 구 소득세법 제95조 제2항 표2(이하 ⁠‘표2’라고 하고, 한편 같은 항 표1은 ⁠‘표1’이라고만 한다)가 정한 1세대 1주택의 보유기간 10년 이상 공제율 80%를 적용하여 양도소득세를 신고․납부하였다.

다. 그런데 피고는, 원고가 2013. 8. 23.에 이르러 이 사건 토지 위에 기존의 지상 2층, 지하 1층 주택(정착면적 91.8㎡, 이하 ⁠‘제1주택‘이라 한다) 외에 새로이 단층 주택(정착면적 64.86㎡, 이하 '제2주택’이라 한다)을 건축하여 취득하였다고 보고, 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제액을 산정함에 있어 이 사건 토지를 제1주택과 제2주택의 정착면적 비율에 따라 제1주택의 부수토지와 제2주택의 부수토지로 구분하여 제1주택 부수토지에 대하여는 표2가 정한 1세대 1주택의 보유기간 10년 이상 공제율 80%를, 제2주택 부수토지에 대하여는 표1이 정한 1세대 1주택 외의 보유기간 10년 이상 공제율 30%를 적용하여, 2015. 11. 2. 원고에 대하여 2015년 귀속 양도소득세 67,246,900원(가산세 포함)을 경정․고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2016. 1. 28. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 6. 7. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼이 없음, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 6, 7호증(가지번호 포함)의 각 기

재 및 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 이 사건 토지 위에는 원래 제1주택 외에 별채로 구 주택이 존재하였다. 원고는 구 주택이 노후화되자 구 주택을 헐고 새로이 제2주택을 증축하였고 제1주택과 제2주택 모두 직접 사용하였다. 결국 이 사건 토지의 양도는 1세대 1주택의 부속 토지를 양도한 것임이 명백함에도 피고는 아무런 근거 없이 이 사건 토지를 제1주택의 부수토지 및 제2주택의 부수토지로 구분하여 제2주택의 부수토지에 대하여는 1세대 1주택 외의 부동산을 양도한 것과 같이 장기보유 특별공제액을 산정하였다. 따라서 이 사건 처분은 위법하다고 보아야 한다.

나. 판단

1) 갑 제5, 6호증, 을 제4호증의 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 종로구청장 명의의 2013. 5. 10.자 ⁠‘착공신고서 처리 알림(00동 15-46)’에는 ⁠‘신고내용(설계변경) : 부속동 지상 1층 단독주택 64.66㎡ 추인 증축’이라고 기재되어 있는 점, 원고가 00구청 건축과에 제출한 것으로 보이는 건축도면에는 ⁠‘부속건축물1층(추인) ; 연면적 64.86㎡, 창고1층(증축); 연면적 16.30㎡’이라고 기재되어 있는 한편, 건축 전 상태를 나타내는 도면에는 이 사건 토지 위에 이미 2동의 건물이 존재하는 것으로 표시되어 있는 점, 나아가 건축도면에 첨부된 사진에는 이 사건 토지 위에 제1주택 외에 건물 1동이 추가로 존재하는 것으로 나타나는 점을 고려하여 보면, 이 사건 토지 위에는 원래 제1주택 외에 무허가 건물(정착면적64.86㎡)이 있었다가 무허가 건물이 제2주택으로 개축되고 동시에 창고(정착면적 16.30㎡)가 증축된 것으로 보인다.

한편 원고가 제2주택을 개축한 이래 이 사건 토지와 함께 양도할 당시 제2주택을 별도의 세대로 하여금 사용하게 하였다는 정황이 전혀 나타나지 아니하는 이상, 이 사건 토지는 원래부터 하나의 주택의 부수토지로 보아야 하고, 결국 이 사건 토지 및 주택의 양도는 1세대 1주택의 양도에 해당한다 할 것이므로, 이 사건 토지에 대한 장기보유 특별공제를 산정함에 있어 표2가 정한 1세대 1주택의 보유기간 10년 이상 공제율 80%를 적용함이 상당하다고 할 것이다.

따라서 원고의 주장은 이유 있다.

2) 피고는, 하나의 토지 위에 다수의 주택이 설치되어 있는 경우 구 소득세법 제95조 제3항, 제100조 제2항, 구 소득세법 시행령 제160조 제1항, 제166조 제6항, 부가가치세법 시행령 제64조를 유추적용하거나, 대법원 1994. 9. 30. 선고 94누1654 판결, 대법원 2012. 1. 26. 선고 2010두21402 판결, 대법원 2014. 5. 29. 선고 2014두3785 사건의 판시에 비추어, 각 주택의 정착면적 비율에 따라 각 주택의 부수토지를 구분하고, 토지 전체의 보유기간에 따른 표1의 공제율과 주택 부수토지로서의 보유기간에 따른 표2의 공제율 중 큰 공제율을 적용해야 한다는 취지로 주장하나, 각 해당 법조는 주택 과 토지의 보유기간이 다른 경우의 장기보유 특별공제액을 정하는 규정에 불과하고, 각 대법원 판결 역시 이 사건과는 전혀 다른 사안에 관한 것이며, 무엇보다도 피고는 하나의 토지 위에 다수의 주택이 존재하는 경우로서 다수의 주택 중 일부가 신축되었거나 1세대에 의해 사용되지 아니하는 경우를 전제로 하는데, 앞서 본 바와 같이 이 사건은 하나의 토지 위에 제1주택 외에 무허가 주택이 개축되고 1세대에 의해 계속하여 사용되어 왔던 주택이 있는 경우로서 피고의 전제와는 다른 사안이므로, 피고의 주장은 이유 없다.

3) 또한 피고는 구 소득세법 제104조의3 제1항 제5호, 구 소득세법 시행령 제168조의12 제1호에 따라 이 사건 토지 중 제1주택의 정착면적의 5배를 초과하는 238.5㎡는 원래 비사업용 토지로서 장기보유 특별공제액의 공제를 할 수 없는 토지인데, 제2주택이 2013. 5. 13. 착공되고 2015. 5. 18. 양도됨으로써 양도 당시에는 소득세법 제104조의3, 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 나목이 정한 비사업용 토지의 기간기준인 ⁠‘양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간’에 해당하지 않게 되어 사업용 토지로 볼 수 있게 되었는바, 그렇다면 대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두28025 판결의 취지, 즉 장기보유 특별공제를 적용하기 위한 보유기간은 자산이 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우에는 그 보유기간을 통산할 수 없다고 판시한 취지에 비추어, 제2주택의 부수토지가 1세대 1주택으로 평가될 수 있는 기간은 제2주택이 제1주택의 등기부등본 표제부에 표시된 2013. 8. 23.부터 기산하여야 하고 여기서부터 이 사건 토지의 양도일까지는 3년이 되지 아니하므로, 제2주택의 부수토지에 대하여 장기보유 특별공제액을 산정함에 있어 표2를 적용할 수 없어 표1을 적용하였다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 제2주택은 원래 무허가 건물을 개축한 것으로서 소득세법 제88조 제7호가 주택을 허가 여부에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물로 정하고 있는 이상, 원래 무허가 건물의 정착면적도 주택부수토지 중 비사업용 토지의 범위를 정하는데 고려되어야 할 것으로 보이므로, 이 사건 토지 중 238.5㎡가 원래부터 비사업용 토지에 해당한다고 볼 수 없고, 설령 그렇지 않더라도, 이 사건 토지 중 238.5㎡는 구 소득세법 제104조의3, 구 소득세법 시행령 제168조의6 제1호 나목에 따른 비사업용 토지의 기간기준에 해당하지 않게 되어 비사업용 토지로 볼 수 없게 되는 결과, 여기에 장기보유 특별공제가 허용되는 것이므로, 이를 두고 앞서의 대법원 판례에서 말하는 ⁠‘자산이 다른 공제율을 적용하여야 하는 자산으로 변동된 경우’에 해당한다고 볼 수도 없을 뿐만 아니라, 무엇보다도 이 사건 토지는 원래부터 하나의 주택의 부수토지로서 제1주택의 부수토지와 제2주택의 부수토지로 구분할 만한 아무런 이유가 없음은 앞서 본 바와 같으므로, 피고의 주장은 이유 없다.

라. 소결론

따라서 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2017. 10. 25. 선고 서울행정법원 2016구단23250 판결 | 국세법령정보시스템