요지

이 사건 주택의 양도가액 9억원 초과분이 장기보유특별공제 대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 원고의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 11. 29. 원고에 대하여 한 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. x. xx. ○○ ○○구 ○○동 xxx 외 1필지 ○○○○○○아파트 xxx동 xxx호(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)를 xxx,xxx,xxx원에 취득하여 거주하다가 2020. x. xx. x,xxx,xxx,xxx원에 양도(이하 ⁠‘이 사건 양도’라 한다)하였다.

 나. 원고는 이 사건 주택이 1세대 1주택 고가주택에 해당한다고 보아 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항에 따라 양도차익을 xxx,xxx,xxx원, 장기보유특별공제액을 xxx,xxx,xxx원으로 계산한 다음 양도차익에서 장기보유특별공제액을 공제하여 산출한 양도소득금액 xxx,xxx,xxx원(= xxx,xxx,xxx원 - xxx,xxx,xxx원)에 일반세율을 적용하여 2020년 귀속 양도소득세 xx,xxx,xxx원을 신고․납부하였다.

다. 한편 원고와 원고의 배우자 장BB은 다음과 같이 ○○ ○○구 ○○동 xxxx-x 외 2필지 ○○○○○ ○○ ○ ○○○ xxxx호 및 xxxx호(이하 ⁠‘이 사건 임대주택’이라 한다)를 각 분양받아 취득하였고, 이 사건 임대주택에 관하여 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 임대사업자등록 및 소득세법에 따른 사업자등록을 마쳤다.

라. 피고는 원고에게 이 사건 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호에 따른 조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 장기보유특별공제 적용을 배제하고 일반세율에 20%를 더한 세율의 적용대상이라는 안내를 하였고, 이에 따라 원고는 2020. xx. xx. 피고에게 2020년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원(가산세 x,xxx,xxx원 별도)으로 수정신고․납부하였다.

마. 이후 원고는 2021. xx. x. 피고에게 이 사건 양도가 구 소득세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제20항에 따른 1세대 1주택 특례에 해당하여 9억 이하의 양도차익에 대하여 비과세가 적용된 이상 구 소득세법 제95조 제2항 단서에 따라 장기보유특별공제를 적용하여야 하므로 이를 적용한 납부할 세액 xx,xxx,xxx원을 공제한 xxx,xxx,xxx원(= xxx,xxx,xxx원 – xx,xxx,xxx원)의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

바. 이에 대하여 피고는 2021. xx. xx. 원고에 대하여 다음과 같은 사유로 원고의 경정청구를 거부하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

사. 원고는 이에 불복하여 2022. x. xx. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. xx. xx. 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7호증, 을 제1, 2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

 1) 이 사건 임대주택은 구 소득세법 시행령 제155조 제20항에 따라 주택 수에서 제외되어 같은 시행령 제159조의3에 따라 이 사건 주택은 1세대 1주택에 해당되므로, 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 우선하여 같은 항 단서에 따라 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

 2) 원고는 2018년 x월 내지 x월경 이 사건 임대주택을 단기임대주택으로 등록하였고, 그 당시에는 단기임대주택을 장기임대주택으로 전환할 수 있었다. 이후 원고는 2020. x. xx. 이 사건 주택에 관한 매도계약을 체결하고 계약금 x억 원을 지급받았다. 그런데 얼마 지나지 않아 2020. x. xx. ⁠‘단기임대의 신규 등록 및 장기임대로의 유형 전환불가(세제혜택 미제공)’의 내용이 포함된 주택시장 안정 보완대책이 발표되었고, 2020. xx. x. 소득세법 시행령 개정을 통해 2020. x. xx.부터 단기임대주택을 장기임대주택으로 변경신고한 주택의 경우 중과세율 대상으로 정하였다. 따라서 원고가 이 사건 임대주택을 장기임대주택으로 전환하지 못하였다고 하여 중과세율이 적용되는 것은 지나치게 가혹하므로, 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있거나 신뢰보호의 원칙에 반하는 것이다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

 1) 첫째 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

구 소득세법 제95조 제3항, 같은 법 시행령 제160조 제1항에서 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ⁠‘구 소득세법 제95조 제1항에 따른 양도차익’과 ⁠‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있고, 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 장기보유특별공제액은 ⁠‘구 소득세법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액’과 ⁠‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있다.

나아가 구 소득세법 제95조 제2항 본문은 ⁠‘장기보유 특별공제액이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 ｢도시 및 주거환경정비법｣ 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 ｢빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법｣ 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.’고 규정하고, 단서에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.’고 규정하고 있다.

한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다.(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조)

나) 구체적 판단

위 관련 규정과 인정사실에 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면 알 수 있는 다음과 같은 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지 등을 종합하여 보면, 설령 이 사건 임대주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제20항에 따라 주택 수에서 제외되어 같은 시행령 제159조의3에 따라 이 사건 주택은 1세대 1주택에 해당된다고 하더라도, 구 소득세법 제95조 제2항 단서 규정은 같은 항 본문 규정을 전제로 하는 것 이어서 위 본문 규정에 따라 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 봄이 타당하다(대법원 2023. 2. 23. 자 2022두62789 판결 참조). 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

① 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 의하면 제104조 제7항 각 호에 따른 자산은 장기보유 특별공제액에서 제외되는 것으로 명확하게 규정하고 있고, 이 사건 주택은 제104조 제7항 제3호에서 규정하는 ⁠‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’에 해당한다.

② 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 ⁠‘제104조 제7항 각 호에 따른 자산’ 부분은 2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정된 소득세법에서 신설되었는데, 이는 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내 주택 양도 시 장기보유특별공제의 적용을 배제하는 것을 그 입법 목적으로 한다.

③ 일반적으로 같은 조항 내에서 본문과 단서의 관계는 보통 본문은 원칙을, 단서는 예외를 규정한 것이고, 단서는 본문을 ⁠‘전제’로 한다고 보아야 하는데, 본문의 예외로서 단서에 규정된 것 외의 본문 내용은 단서에서도 그대로 적용되어야 할 것이고, 본문에 괄호로 제한규정을 둔 경우, 단서에서 그 괄호규정의 배제를 명시하지 않은 이상 본문의 괄호규정은 단서에서도 그대로 적용되어야 할 것이다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두52504 판결 참조).

 2) 둘째 주장에 관한 판단

가) 관련 법리

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는 첫째로, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고 둘째로, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며 셋째로, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고 넷째로, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에는 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다(대법원 1987. 5. 26. 선고 86누92 판결 참조).

나) 구체적 판단

위 인정사실과 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 원고에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고에게 공적 견해 표명에 기초한 보호가치 있는 신뢰가 있다고 볼 수도 없는바, 원고의 위 주장도 이유 없다.

① 원고는 임대사업자등록을 하러 구청을 방문하였을 당시 ⁠‘4년의 단기임대주택으로 등록하였다가 추후 이 사건 주택의 양도계획이 생길 경우 이 사건 임대주택을 8년의 장기임대주택으로 전환하면 소득세법상 중과세율의 배제를 받을 수 있다.’는 취지로 안내를 받았다고 주장하나 이를 인정할 아무런 증거가 없다.

② 2018. x. x.부터 2020. x. xx.까지 사이에 임대사업자등록을 한 경우에는 8년 이상의 장기임대주택의 경우에만 중과배제 적용을 받았는바, 원고는 이 사건 임대주택을 장기임대주택으로 등록할 수 있었음에도 단기임대주택으로 등록을 하였고, 원고에게 장기임대주택으로 등록을 할 수 없었던 특별한 사정이 있었다고 보기는 어렵다.

③ 이 사건 양도로 납세의무가 성립하기 전 또는 원고가 주장하는 이 사건 양도계약 체결 시에 적용되는 구 소득세법 규정에 의하더라도 장래에 한정된 기간 동안 조세감면 등을 명시적으로 규정한 규정이 존재한다고 볼 수 없는바, 설령 원고가 2018년 x월 내지 x월경 이 사건 임대주택을 단기임대주택으로 등록하였고, 향후 장기임대주택으로 전환함으로써 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 마목이 적용될 수 있을 것을 신뢰하였다 하더라도 이는 단순한 기대에 불과할 뿐 기득권에 갈음하는 것으로서 마땅히 보호되어야 할 정도의 것으로 볼 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

[별지]

관계 법령

■ 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것)

제89조(비과세 양도소득)

① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 ⁠“양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 ⁠“주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택

나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

제94조(양도소득의 범위)

① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[「공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률」에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

제95조(양도소득금액)

① 양도소득금액은 제94조에 따른 양도소득의 총수입금액(이하 ⁠“양도가액”이라 한다)에서 제97조에 따른 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 ⁠“양도차익”이라 한다)에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 ⁠“장기보유 특별공제액”이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 「도시 및 주거환경정비법」 제74조에 따른 관리처분계획 인가 및 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」 제29조에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다.

(표 1, 2 생략)

③ 제89조 제1항 제3호에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 딸린 토지를 포함한다) 및 같은 항 제4호 각 목 외의 부분 단서에 따라 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 조합원입주권에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유 특별공제액은 제1항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다.

제104조(양도소득세의 세율)

① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한금액(이하 ⁠“양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산

  제55조 제1항에 따른 세율

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다.

1. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택

2. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택

4. 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대가 주택과 조합원입주권을 보유한 경우로서 그 수의 합이 3 이상인 경우 해당 주택. 다만, 대통령령으로 정하는 장기임대주택 등은 제외한다.

■ 구 소득세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것)

제154조(1세대1주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 「주택법」 제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 ⁠“조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. ⁠(단서 생략)

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 ⁠“대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.

제155조(1세대1주택의 특례)

⑳ 제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(같은 호 가목 단서 및 다목 단서에서 정하는 기한의 제한을 적용하지 않는다. 이하 이 조에서 ⁠“장기임대주택”이라 한다) 또는 제167조의3 제1항 제8호의2에 해당하는 주택(이하 ⁠“장기가정어린이집”이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 ⁠“거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우(장기임대주택을 보유하고 있는 경우에는 생애 한 차례만 거주주택을 최초로 양도 하는 경우에 한정한다)에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 해당 거주주택이 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하였거나 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따른 인가를 받아 가정어린이집으로 사용한 사실이 있고 그 보유기간 중에 양도한 다른 거주주택(양도한 다른 거주주택이 둘 이상인 경우에는 가장 나중에 양도한 거주주택을 말한다. 이하 ⁠“직전거주주택”이라 한다)이 있는 거주주택(민간임대주택으로 등록한 사실이 있는 주택인 경우에는 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 1주택을 보유하게 된 경우에 한정한다. 이하 이 항에서 ⁠“직전거주주택보유주택”이라 한다)인 경우에는 직전거주주택의 양도일 후의 기간분에 대해서만 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.

1. 거주주택: 보유기간 중 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록을 한 날 또는 「영유아보육법」 제13조제1항에 따른 인가를 받은 날 이후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것

2. 장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료(이하 이 호에서 ⁠“임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다.

3. 장기가정어린이집: 양도일 현재 법 제168조에 따라 사업자등록을 하고, 장기가정어린이집을 운영하고 있을 것

제156조(고가주택의 범위)

① 법 제89조 제1항 제3호 각 목 외의 부분에서 ⁠“가액이 대통령령으로 정하는기준을 초과하는 고가주택”이란 주택 및 이에 딸린 토지의 양도당시의 실지거래가액의 합계액 {1주택 및 이에 딸린 토지의 일부를 양도하거나 일부가 타인 소유인 경우에는 실지거래가액 합계액에 양도하는 부분(타인 소유부분을 포함한다)의 면적이 전체주택면적에서 차지하는 비율을 나누어 계산한 금액을 말한다 }이 9억원을 초과하는 것을 말한다.

제159조의3(장기보유특별공제)

법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다.

제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산)

① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 9억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.

1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익

2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액

② 제1항 후단의 규정에 의한 양도가액의 안분계산은 법 제100조 제2항의 규정을 준용한다.

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호에 따른 수도권(이하 이 조에서 ⁠“수도권”이라 한다) 및 광역시ㆍ특별자치시(광역시에 소속된 군, 「지방자치법」 제3조 제3항ㆍ제4항에 따른 읍ㆍ면 및 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」 제6조제3항에 따른 읍ㆍ면에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 ⁠“사업자등록등”이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 ⁠“장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 ⁠“기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.

가. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대보증금 또는 임대료(이하 이 조에서 ⁠“임대료등”이라 한다)의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조 제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.

나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록등을 하고 「주택법」 제2조제6호에 따른 국민주택규모에 해당하는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택을 2호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 취득 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택

다. ⁠「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액

(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 2018년 3월 31일까지 사업자등록등을 한 주택에 한정한다.

라. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택[미분양주택(「주택법」 제54조에 따른 사업주체가 같은 조에 따라 공급하는 주택으로서 입주자모집공고에 따른 입주자의 계약일이 지난 주택단지에서 2008년 6월 10일까지 분양계약이 체결되지 아니하여 선착순의 방법으로 공급하는 주택을 말한다)으로서 2008년 6월 11일부터 2009년 6월 30일까지 최초로 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 주택에 한정한다]으로서 다음의 요건을 모두 갖춘 주택. 이 경우 해당 주택을 양도하는 거주자는 해당 주택을 양도하는 날이 속하는 과세연도의 과세표 준확정신고 또는 과세표준예정신고와 함께 시장ㆍ군수 또는 구청장이 발행한 미분양주택 확인서 사본 및 미분양주택 매입 시의 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1) 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하일 것

2) 5년 이상 임대하는 것일 것

3) 취득 당시 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 3억원 이하일 것

4) 수도권 밖의 지역에 소재할 것

5) 1)부터 4)까지의 요건을 모두 갖춘 매입임대주택(이하 이 조에서 ⁠“미분양매입임대주택”이라 한다이 같은 시ㆍ군에서 5호 이상일 것 {가목에 따른 매입임대주택이 5호 이상이거나 나목에 따른 매입임대주택이 2호 이상인 경우에는 가목 또는 나목에 따른 매입임대주택과 미분양매입임대주택을 합산하여 5호 이상일 것(나목에 따른 매입임대주택과 합산하는 경우에는 그 미분양매입임대주택이 같은 시ㆍ군에 있는 경우에 한정한다) }

마. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택 중 같은 조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 ⁠“장기일반민간임대주택등”이라 한다)으로 8년 이상 임대하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로이 취득한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 목에서 같다)을 취득하거나 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]은 제외한다.

바. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 민간건설임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조제3항 본문에 따라 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 8년 이상 임대하거나 분양전환(같은 법에 따라 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시에 관한 법률」에 따른 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택. 이 경우 임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다.

3. 「조세특례제한법」 제97조ㆍ제97조의2 및 제98조에 따라 양도소득세가 감면되는 임대주택으로서 5년 이상 임대한 국민주택(이하 이 조에서 ⁠“감면대상장기임대주택”이라 한다)

4. 종업원(사용자의 「국세기본법 시행령」 제1조의2 제1항에 따른 특수관계인을 제외한다)에게 무상으로 제공하는 사용자 소유의 주택으로서 당해 무상제공기간이 10년 이상(이하 이 조에서 ⁠“의무무상기간”이라 한다)인 주택(이하 이 조에서 ⁠“장기사원용주택”이라 한다)

5. 「조세특례제한법」 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택

6. 제155조 제6항 제1호에 해당하는 문화재주택

7. 제155조 제2항에 해당하는 상속받은 주택(상속받은 날부터 5년이 경과하지 아니한 경우에 한정한다)

8. 저당권의 실행으로 인하여 취득하거나 채권변제를 대신하여 취득한 주택으로서 취득일부터 3년이 경과하지 아니한 주택

8의2. 1세대의 구성원이 「영유아보육법」 제13조 제1항에 따라 특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다)의 인가를 받고 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 후 5년 이상(이하 이 조에서 ⁠“의무사용기간”이라 한다) 가정어린이집으로 사용하고, 가정어린이집으로 사용하지 아니하게 된 날부터 6월이 경과하지 아니한 주택

9. 삭제

10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 이 조에서 ⁠“일반주택”이라 한다)

11. 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 해당 지역의 주택을 양도하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택

12. 법 제95조 제4항에 따른 보유기간이 10년(재개발사업, 재건축사업 또는 소규모재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 해당 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획등에 따라 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우의 보유기간은 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 기산한다) 이상인 주택을 2020년 6월 30일까지 양도하는 경우 그 해당 주택

■ 구 소득세법 시행령(2020. 10. 7. 대통령령 제31083호로 개정되기 전의 것)

제167조의3(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위)

① 법 제104조 제7항 제3호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.

2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록[이하 이 조에서 ⁠“사업자등록등”이라 하고, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 ⁠“기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 했으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다]을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 ⁠“장기임대주택”이라 한다). 다만, 이 조, 제167조의4, 제167조의10 및 제167조의11을 적용할 때 가목 및 다목부터 마목까지의 규정에 해당하는 장기임대주택(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 부칙 제5조제1항이 적용되는 주택으로 한정한다)으로서 「민간임대주택에 관한 특별법」 제6조제5항에 따라 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는 경우에는 임대의무기간이 종료한 날 해당 목에서 정한 임대기간요건을 갖춘 것으로 본다.

마. 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제3호에 따른 민간매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로 10년 이상 임대하는 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당 주택의 임대개시일 당시 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원)을 초과하지 않고 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않는 주택(임대료등의 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료 등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제44조제4항의 전환 규정을 준용한다). 다만, 다음의 어느 하나에 해당하는 주택은 제외한다.

1) 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로 취득한 조정대상지역에 있는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조제5호에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하거나 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다)을 취득하기 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우는 제외한다]

2) 2020년 7월 11일 이후 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)을 한 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택

3) 종전의 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 한 같은 법 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택을 같은 법 제5조 제3항에 따라 2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 주택

부 칙 대통령령 제31083호, 2020. 10. 7.>

제1조(시행일)

이 영은 공포한 날부터 시행한다.

제2조(일반적 적용례)

이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

제4조(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 관한 적용례)

② 제167조의3 제1항 제2호 마목 1)부터 3)까지의 규정 외의 부분 본문 및 같은 호 바목(장기일반민간임대주택등의 임대기간요건에 관한 부분에 한정한다)의 개정규정은 2020년 8월 18일 이후부터 이 영 시행 전까지 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 한 경우를 포함한다)한 민간임대주택에 대해서도 적용한다.

제5조(1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위에 관한 경과조치)

2020년 8월 18일 전에 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따라 등록을 신청(임대할 주택을 추가하기 위해 등록사항의 변경 신고를 하는 경우를 포함한다)한 민간임대주택의 경우에는 제167조의3 제1항 제2호 마목 1)부터 3)까지의 규정 외의 부분 본문 및 같은 호 바목(장기일반민간임대주택등의 임대 기간요건에 관한 부분으로 한정한다)의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다. 끝.

출처 : 서울행정법원 2024. 01. 31. 선고 서울행정법원 2023구단51550 판결 | 국세법령정보시스템