요지

공급자와 공급받는 자 사이에 수수된 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점을 인정하기 위하여는 적어도 문제가 되는 세금계산서가 어떠한 것인지는 특정되어 야 한다. 그런데 원고가 발급받은 세금계산서는 그 중 어떠한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지를 특정할 수 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 당심에서 추가된 청구를 포함하여 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 이 사건 소 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 제외한 나머지 부분을 모두 각하

한다.

나. 피고가 2015. 1. 9. 원고에게 한 부가가치세 2005년 2기분 16,550,880원, 2006년

1기분 13,612,800원, 2006년 2기분 8,908,740원, 2007년 2기분 24,331,690원,

2008년 1기분 5,153,860원, 2008년 2기분 8,109,000원의 각 부과처분과 2005사

업연도 법인세 64,612,510원, 2006사업연도 법인세 36,531,090원, 2008사업연도

법인세 9,828,100원의 각 부과처분을 취소한다.

2. 소송총비용 중 10%는 원고가, 나머지 90%는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

주문 제1의 나.항 및 피고가 2013. 12. 3. 원고에게 한 부가가치세 2005년 2기분

10,300,500원, 2008년 2기분 280,000원, 2009년 1기분 4,736,300원, 2009년 2기분

6,456,750원, 2010년 1기분 14,507,250원의 각 부과처분과 2013. 12. 2. 원고에게 한

2005사업연도 법인세 13,265,840원의 부과처분 및 부가가치세 2006년 2기분 6,300,000원, 2007년 1기분 1,480,000원, 2007년 2기분 10,080,000원, 2008년 1기분 4,000,000원의 각 환급처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 주문 제1의 나.항 기재와 같은 판결을 구

한다.

나. 피고

제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를

기각한다.

  이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 제1심 판결이유 제1항 기재와 같으므로, 행

정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 1처분 및 환급처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부에 대한 직권판단

가. 이 사건 1처분의 취소를 구하는 부분

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 아니하며, 존

재하지 않는 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원

2012. 5. 10. 선고 2010두1682 판결 참조).

다시 이 사건으로 돌아와 보건대, 을 23호증의 1 내지 7의 각 기재에 변론 전체의

취지를 더하여 보면, 피고는 제1심판결이 선고된 이후인 2018. 3. 5. 이 사건 1처분을

직권으로 취소한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 1처분은 그 효력을 상실하여

더 이상 존재하지 않는 처분이므로, 이 사건 소 중 이 사건 1처분의 취소를 구하는 부

분은 소의 이익이 없어 부적법하다.

나. 환급처분의 취소를 구하는 부분

국세기본법 제51조의 오납액과 초과납부액은 조세채무가 처음부터 존재하지 않거 나 그 후 소멸되었음에도 불구하고 국가가 법률상 원인 없이 수령하거나 보유하고 있 는 부당이득에 해당하고, 그 국세환급금결정에 관한 규정은 이미 납세의무자의 환급청

구권이 확정된 국세환급금에 대하여 내부적 사무처리절차로서 과세관청의 환급절차를

규정한 것에 지나지 않고 위 규정에 의한 국세환급금결정에 의하여 비로소 환급청구권 이 확정되는 것은 아니므로, 위 국세환급금결정이나 이 결정을 구하는 신청에 대한 환

급거부결정은 납세의무자가 갖는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영

향을 미치는 처분이 아니어서 항고소송의 대상이 되는 처분이라고 볼 수 없다(대법원

2009. 11. 26. 선고 2007두4018 판결 참조).

다시 이 사건으로 돌아와 보건대, 을 2호증의 2, 3, 4, 5의 각 기재에 변론 전체의

취지를 더하여 보면, 피고는 원고와 MG, MJ, QT 사이에 이루어진 거래와 관련

하여 발급된 ⁠‘쟁점 세금계산서 1’은 모두 실물거래 없이 발행된 것이라는 이유로 그에

따른 매출세액을 부인하고 매입세액을 불공제한 사실, 그런데 2006년 2기분, 2007년 1기분, 2007년 2기분, 2008년 1기분의 경우에는 불공제한 매입세액보다 부인된 매출세액이 다액이었던 관계로 청구취지 기재와 같은 환급세액이 발생한 사실, 그에 따라 피고는 2013. 12.경 2006년 2기분의 경우에는 그 환급세액을 6,300,000원으로 하는 내용의, 2007년 1기분의 경우에는 그 환급세액을 1,480,000원으로 하는 내용의, 2007년 2기분의 경우에는 그 환급세액을 10,080,000원으로 하는 내용의, 2008년 1기분의 경우에는 그 환급세액을 4,000,000원으로 하는 내용의 각 경정결정을 한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 피고의 위와 같은 환급결정은 국세기본

법 제51조의 규정에 따라 오납액 또는 초과납부액을 내부적으로 산정한 것에 불과하고

그와 같은 결정이 원고가 가지는 환급청구권의 존부나 범위에 구체적이고 직접적인 영

향을 미치는 것은 아니므로, 위 환급결정은 항고소송의 대상이 되는 처분에 해당한다 고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 소 중 환급처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 이 사건 2처분의 적법 여부에 대한 판단

가. 원고의 주장

1) 원고와 UHN, ENT 사이에 이루어진 거래는 모두 실질거래이므로, 원

고가 위 거래처와 사이에 수수한 세금계산서는 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 아

니다. 그럼에도 불구하고 피고는 객관적인 증거 없이 위 거래처에 대한 관할세무서의

세무조사 결과만을 근거로 원고와 위 거래처 사이에 이루어진 거래는 가공거래로서 그 에 따른 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 보아 이 사건 2처분을 하였다. 따 라서 이 사건 2처분은 위법하다.

2) 피고는 2011년경 원고를 조사대상자로 삼아 2007년 2기, 2008년 1기 과세기간 에 대한 부가가치세 세무조사를 하였고, 2012년경 원고를 조사대상자로 삼아 2006년 2기 과세기간에 대한 부가가치세 세무조사를 하였다. 한편 삼성세무서장은 UHN 을 상대로, 강남세무서장은 ENT을 상대로 각각 위 과세기간에 대한 부가가치세

세무조사를 하였다. 그런데 원고의 거래상대방인 UHN과 ENT에 대한 세무

조사도 원고에 대한 세무조사에 해당하는 것이므로, 이 사건 2처분 중 2006년 2기분

부가가치세, 2007년 2기분 부가가치세, 2008년 1기분 부가가치세와 2006년 법인세,

2008년 법인세 부분은 중복세무조사에 기하여 이루어진 것으로서 위법하다.

또한 피고는 2011년과 2012년에 원고를 조사대상자로 삼아 2006년 2기, 2007년 2

기, 2008년 1기 과세기간에 대한 부가가치세 세무조사를 하였음에도 불구하고 2013년

경 원고를 조사대상자로 삼아 2005년 2기, 2006년 1기, 2006년 2기, 2007년 1기, 2007년 2기, 2008년 1기, 2008년 2기 과세기간에 대한 부가가치세 세무조사를 다시 하였다. 따라서 이 사건 2처분 중 2006년 2기분 부가가치세, 2007년 2기분 부가가치세, 2008년 1기분 부가가치세와 2006년 법인세, 2008년 법인세 부분은 중복세무조사에 기하여 이루어진 것으로서 위법하다.

나. 사실과 다른 세금계산서에 해당하는지에 대한 판단

1) 인정사실

가) 원고는 1999. 12. 3. 정보통신 장비(소프트웨어, 하드웨어, 시스템)의 개발 및 제조업 등을 목적으로 설립된 주식회사이다(설립 당시의 상호는 주식회사 QWB정

보통신이었는데, 그 후 주식회사 BTS, 주식회사 QWB정보통신으로 그 상호가 순차 변경되었다가 2008. 5. 22. 현재의 상호로 변경되었다). 원고는 2011. 3. 16. 그 본점 소재지를 00 00구 00동에서 00시 00구 00동으로 이전하였다가 2012. 12. 31. 폐업하였다.

나) 원고는 2007년부터 2008년까지 사이에 UHN과 사이에 아래 ⁠[도표 1]

기재와 같은 내용의 세금계산서를 수수하였고, 2005년부터 2008년까지 사이에 ENT넷으로부터 아래 ⁠[도표 2] 기재와 같은 내용의 세금계산서를 발급받았다.

다) 삼성세무서장은 2012. 11. 27.부터 2013. 10. 3.까지 UHN에 대하여,

강남세무서장은 2012. 6. 29.부터 2013. 8. 27.까지 ENT에 대하여 각각 세무조사 를 실시하였다. 삼성세무서장은 위 세무조사결과를 토대로 UHN과 원고 사이의

거래를 가공거래로 확정하여 2013. 11. 6. 원고에 대한 과세자료를 피고에게 통보하였 고, 강남세무서장도 위 세무조사결과를 토대로 ENT과 원고 사이의 거래를 가공거

래로 확정하여 2013. 12. 6. 원고에 대한 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라) 한편 삼성세무서장은 위와 같은 세무조사결과에 터 잡아 UHN의 대표

이사인 GJY을 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였고, 강남세무서장도 위와 같은 세

무조사결과에 터 잡아 ENT과 그 대표이사인 SYS을 특정범죄가중처벌등에관한

법률위반(허위세금계산서교부등) 및 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였다. 그런데 대구

지방검찰청 안동지청 소속 검사는 2014. 1. 23. GJY에 대하여 불기소처분(일부 혐의 없음, 일부 공소권없음)을 하였고, 서울중앙지방검찰청 소속 검사는 2014. 5. 30. ENT과 SYS에 대하여 불기소처분(혐의없음)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 5, 16, 49, 52, 67호증, 갑 50, 51, 53내지 60호증의

각 1, 2, 3, 을 3, 11, 13, 16호증, 을 35호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2) 판단

가) 부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 ⁠‘재화의 공

급’을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 ⁠‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인 에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다’고 규정하고 있는바, 부가가치세가

다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항에

정한 ⁠‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용·소비할

수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고, 이 경우 어

느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는

지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체,

대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특

정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래

과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2

항 제1호의2가 규정하고 있는 ⁠‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명

책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 참조).

나) 다시 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 든 각 증거와 갑 62호증, 갑 63호증

의 1 내지 9의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정을

모두 종합하여 보면, 을 11, 12, 13호증, 을 19호증의 1 내지 4의 각 기재만으로는 원

고가 UHN 및 ENT과 사이에 수수한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서

라는 사실을 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

􎳔공급자와 공급받는 자 사이에 수수된 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는

점을 인정하기 위하여는 적어도 문제가 되는 세금계산서가 어떠한 것인지는 특정되어

야 한다. 그런데 원고가 ENT으로부터 2006년 2기, 2007년 2기, 2008년 1기에 발

급받은 세금계산서는 그 중 어떠한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지를 특정

할 수 없다.

그 구체적인 이유는 아래와 같다.

㉠ 강남세무서장은 2006. 12. 21. 원고가 ENT에 지급한 4,300만 원은 ENT과 원고를 비롯한 여러 회사들 사이에 입출금이 반복되는 형태의 회전거래로 확인된

다고 보아 이를 가공거래로 확정하였다. 피고는 강남세무서장으로부터 그와 같은 과세

자료를 통보받게 되자 원고와 ENT 사이에 2006년 2기 동안에 이루어진 거래 중

4,300만 원의 거래는 가공거래에 해당한다고 보아 이 사건 2처분을 하였다. 한편 원고 는 ENT으로부터 2006년 2기 동안에 위 ⁠[도표 2] 기재와 같이 3건의 세금계산서를 발급받았는데, 그 공급가액은 3,800만 원, 4,400만 원, 4,500만 원이고, 공급가액과 세액을 합한 금액은 4,180만 원, 4,840만 원, 4,950만 원이다. 사정이 이와 같다면, 피고가 가공거래라고 지목한 4,300만 원의 거래가 어떠한 것인지를 알 수 없고, 그에 따라 사실과 다른 세금계산서가 어떠한 것인지를 특정할 수도 없다.

㉡ 강남세무서장은 2007년 2기 거래와 관련하여 지급된 4,400만 원은 ENT과

원고를 비롯한 여러 회사들 사이에 입출금이 반복되는 형태의 회전거래로 확인된다고

보아 이를 가공거래로 확정하였다. 피고는 강남세무서장으로부터 그와 같은 과세자료 를 통보받게 되자 원고와 ENT 사이에 2007년 2기 동안에 이루어진 거래 중 4,400만 원의 거래는 가공거래에 해당한다고 보아 이 사건 2처분을 하였다. 한편 원고는 ENT으로부터 2007년 2기 동안에 위 ⁠[도표 2] 기재와 같이 3건의 세금계산서를 발급받았는데, 그 공급가액은 4,500만 원, 4,300만 원, 1,500만 원이고, 공급가액과 세액을 합한 금액은 4,950만 원, 4,730만 원, 1,650만 원이다. 사정이 이와 같다면, 피고가 가공거래라고 지목한 4,400만 원의 거래가 어떠한 것인지를 알 수 없고, 그에 따라 사실과 다른 세금계산서가 어떠한 것인지를 특정할 수도 없다.

㉢ 강남세무서장은 2008. 3. 21. 원고가 ENT에 지급한 4,300만 원은 ENT 과 원고를 비롯한 여러 회사들 사이에 입출금이 반복되는 형태의 회전거래로 확인된다 고 보아 이를 가공거래로 확정하였다. 피고는 강남세무서장으로부터 그와 같은 과세자

료를 통보받게 되자 원고와 ENT 사이에 2008년 1기 동안에 이루어진 거래 중

4,300만 원의 거래는 가공거래에 해당한다고 보아 이 사건 2처분을 하였다. 한편 원고 는 ENT으로부터 2008년 1기 동안에 위 ⁠[도표 2] 기재와 같이 3건의 세금계산서를 발급받았는데, 그 공급가액은 4,050만 원, 2,400만 원, 1,000만 원이고, 공급가액과 세액을 합한 금액은 4,455만 원, 2,640만 원, 1,100만 원이다. 게다가 강남세무서장이 2008년 1기분 거래와 관련하여 자금회전이 있었다고 본 일자는 2008. 3. 21.인 반면에, 위 3건의 세금계산서는 모두 2008. 4.경 이후에 발급된 것이다. 사정이 이와 같다면, 피고가 가공거래라고 지목한 4,300만 원의 거래가 어떠한 것인지를 알 수 없고, 그에 따라 사실과 다른 세금계산서가 어떠한 것인지를 특정할 수도 없다.

􎳕삼성세무서장과 강남세무서장은 원고와 UHN, ENT을 포함한 여러 회

사들 사이에 입출금이 반복되는 형태의 회전거래를 하였다는 점에 터 잡아 원고와 유

에이치엔, ENT 사이의 거래를 가공거래로 확정하였다. 한편 피고는 삼성세무서장 과 강남세무서장으로부터 위와 같은 과세자료를 통보받게 되자 이에 기하여 이 사건 2

처분을 하였다. 그런데 원고와 UHN, ENT을 비롯한 여러 업체들 사이에 입

출금이 반복되는 형태의 회전거래가 있었는지조차 불확실할 뿐만 아니라 그와 같은 사

정만을 들어 곧바로 가공거래라고 단정할 수도 없는 것으로 보인다. 그 구체적인 이유 는 아래와 같다(위 􎳔항에서 살펴 본 거래 부분은 제외한다).

㉠ 원고와 UHN 사이의 2007년 2기분 거래

삼성세무서 소속 조사담당 공무원이 작성한 조사종결보고서에는 ⁠“조사업체(UHN)의 계좌를 통하여 입출금내역을 확인한 바, 2008. 4. 2. 1,100만 원, 2008. 8.

20. 600만 원, 2008. 11. 19. 3,490만 원 입금액이 확인되나, 위 입금액 전액은 아래 자금흐름도와 같은 날짜에 한 업체를 기준으로 출금되어 다시 입금되는 등 대금지급 증빙을 만들기 위한 회전거래가 확인된다.”는 내용이 기재되어 있다. 그런데 위 조사종결보고서의 ⁠‘자금흐름도’에는 2008. 8. 20. MJ으로부터 원고에게 900만 원이 입금되고, 원고로부터 UHN에 600만 원이 입금된 다음, UHN으로부터 MJ에 600만원이 입금된 것으로 기재되어 있고, 2008. 11. 19. MJ으로부터 WTM에 1,500만원이 입금되고, WTM으로부터 원고에게 1,600만 원이 입금되고, 원고로부터 UHN에 1,600만 원이 입금되고, UHN으로부터 MG에 1,500만 원이 입금되고, MG으로부터 MJ에 1,500만 원이 입금된 것으로 기재되어 있다. 사정이 이와 같다면, 위 조사담당 공무원은 여러 업체들 사이에 이루어진 유사한 금액의 입출금을 회전거래로 파악한 것으로 보일 뿐이다.

한편 삼성세무서 소속 조사담당 공무원이 회전거래로 파악한 금액의 합계액은 5,190 만 원(= 2008. 4. 2.자 1,100만 원 + 2008. 8. 20.자 600만 원 + 2008. 11. 19.자 3,490만 원)인 반면에, 원고가 2007년 2기 동안에 UHN으로부터 발급받은 세금계산서는 2007. 10. 29.자 세금계산서(공급가액 5,900만 원, 세액 590만 원)가 유일한 것이다.

그런데 위 조사담당 공무원이 회전거래로 파악하였다는 5,190만 원은 위 세금계산서

의 공급가액(5,900만 원) 또는 공급가액과 세액을 합한 금액(6,490만 원)의 어느 것과 도 일치하지 않는 점, 세금계산서에 기재된 가공거래를 실질거래로 가장하기 위하여

관련업체와 자금회전을 하였음에도 불구하고 그 거래대금을 세금계산서의 기재내용과

일치하지 않는 금액으로 하였다는 것은 납득하기 어려운 점, 세금계산서에 기재된 가

공거래를 실질거래로 가장하기 위하여 관련업체에 자금을 송금하면서 그 자금을 3회

(2008. 4. 2., 2008. 8. 20., 2008. 11. 19.)에 걸쳐 분할·송금하였다는 것도 이례적인 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 바와 같은 사정만을 들어 2007. 10. 29.자 세금계산서에 기한 거래를 가공거래라고 단정할 수는 없다.

㉡ 원고와 UHN 사이의 2008년 1기분 거래

삼성세무서 소속 조사담당 공무원이 작성한 조사종결보고서에는 ⁠“2008년 1기 매

입2) 2,500만 원은 대금지급 증빙 등이 없으므로 2008년 1기 매입액 2,500만 원을 가

공으로 확정함”이라고 기재되어 있다. 한편 원고가 2008. 6. 20. UHN에 발급한

세금계산서는 그 품목이 ⁠‘stw’이고, 그 공급가액은

2,500만 원이며 세액은 250만 원이다. 그런데 원고가 UHN과의 거래와 관련하여 작성한 거래처원장에는 2008. 6. 20.자 세금계산서에 기재된 2,750만 원과 전기이월금 900만 원을 합한 3,650만 원을 원고가 UHN에 지급하여야 할 외상대금과 상계처리한 것으로 기재되어 있다. 사정이 이와 같다면, 2008. 6. 20.자 세금계산서와 관련하여 원고와 UHN 사이에 계좌이체 등을 통한 대금지급사실이 확인되지 않는다는 사정만을 들어 위 세금계산서에 기재된 거래를 가공거래라고 단정하기는 어렵다.

㉢ 원고와 ENT 사이의 2005년 2기분 거래

강남세무서 소속 조사담당 공무원이 작성한 조사종결복명서에는 ⁠“2005년 2기의

경우, 2005. 12. 13. 2,860만 원이 ENT → MRN엔터테인먼트 → 원고 → ENT 순서로, 2006. 2. 8. 원고로부터 입금된 5,280만 원이 ENT → AMT → MDT → 원고 → ENT 순서로 동일금액이 재입금되는 형태이므로, 금융증빙을 만들기 위해 조작한 혐의가 나타나기에 2005년 2기분 거래 7,600만 원 전액을 가공거래로 확정한다.”는 내용이 기재되어 있다. 그런데 위 조사담당 공무원이 회전거래로 파악하였다는 자금흐름은 객관적인 금융자료에 의해 뒷받침되고 있지 않을 뿐만 아니라 원고가 제출한 통장사본의 이체내역(갑 52호증)과 일치하지도 않는다. 게다가 위 조사담당 공무원이 회전거래로 파악한 금액의 합계액은 8,140만 원(= 2005. 12. 13.자 2,8602) 조사종결보고서에는 ⁠‘매입’으로 기재되어 있으나, 이는 UHN이 원고로부터 매입하였다는 의미이므로, 원고를 기준으로 보면 ⁠‘매출’에 해당한다.

만 원 + 2006. 2. 8.자 5,280만 원)인 반면에, 원고가 2005년 2기 동안에 ENT으로 부터 발급받은 세금계산서는 그 공급가액 합계액이 7,600만 원이므로, 회전거래로 파악된 8,140만 원은 위 세금계산서의 공급가액(7,600만 원) 또는 공급가액과 세액을 합한 금액(8,360만 원)의 어느 것과도 일치하지 않는다(세금계산서에 기재된 가공거래를 실질거래로 가장하기 위하여 관련업체와 자금회전을 하였음에도 불구하고 그 거래대금을 세금계산서의 기재내용과 일치하지 않는 금액으로 하였다는 것은 납득하기 어렵다).

㉣ 원고와 ENT 사이의 2006년 1기분 거래

강남세무서 소속 조사담당 공무원이 작성한 조사종결복명서에는 ⁠“2006. 6. 28.

ENT → HG정밀전자 → 원고 → ENT 순서로 2,200만 원이 순차 지급되었 고, 2006. 7. 3. ENT → HG정밀전자 → 원고 → ENT 순서로 3,300만 원이

순차 지급되었으며, 2006. 11. 29. ENT → MJ → 원고 → ENT 순서로

1,100만 원이 순차 지급되었으므로 2006년 1기분 거래 6,400만 원 전액을 가공거래로

확정한다.”는 내용이 기재되어 있다. 그런데 위 조사담당 공무원이 회전거래로 파악하

였다는 자금흐름은 객관적인 금융자료에 의해 뒷받침되고 있지 않을 뿐만 아니라 원고 가 제출한 통장사본의 이체내역(갑 52호증)과 일치하지도 않는다. 게다가 위 조사담당

공무원이 회전거래로 파악한 금액의 합계액은 6,600만 원(= 2006. 6. 28.자 2,200만 원 + 2006. 7. 3.자 3,300만 원 + 2006. 11. 29.자 1,100만 원)인 반면에, 원고가 2006년 1기 동안에 ENT으로부터 발급받은 세금계산서는 그 공급가액 합계액이 6,400만 원 이므로, 회전거래로 파악된 6,600만 원은 위 세금계산서의 공급가액(6,400만 원) 또는 공급가액과 세액을 합한 금액(7,040만 원)의 어느 것과도 일치하지 않는다(세금계산서에 기재된 가공거래를 실질거래로 가장하기 위하여 관련업체와 자금회전을 하였음에도 불구하고 그 거래대금을 세금계산서의 기재내용과 일치하지 않는 금액으로 하였다는 것은 납득하기 어렵다).

㉤ 원고와 ENT 사이의 2008년 2기분 거래

강남세무서 소속 조사담당 공무원이 작성한 조사종결복명서에는 ⁠“2008. 7. 11.

원고 → ENT → MG → MJ → 원고 순서로 1,500만 원이 순차 지급되었고,

2008. 8. 13. SMJ(MJ 대표) → MJ → 원고 → ENT → SYS → SMJ 순서로 1,700만 원이 순차 지급되었는바, 출금액이 거래처를 거쳐 다시 입금되는 전형적인 회전거래 형태로서 가공세금계산서를 발행한 것으로 확인된다.”는 내용이 기재되어 있다. 한편 원고가 2008년 2기 동안에 ENT으로부터 발급받은 세금계산서는 2008. 7. 14.자 세금계산서(공급가액 3,600만 원, 세액 360만 원)가 유일한 것이다.

그런데 위 조사담당 공무원이 회전거래로 파악하였다는 금액은 그 합계액이 3,200만

원(= 2008. 7. 11.자 1,500만 원 + 2008. 8. 13.자 1,700만 원)으로서 위 세금계산서의 공급가액(3,600만 원) 또는 공급가액과 세액을 합한 금액(3,960만 원)의 어느 것과도 일치하지 않는 점, 회전거래로 지목된 2008. 7. 11.자 1,500만 원은 2008. 7. 14.자 세금계산서가 발행되기 이전의 자금흐름이므로 그것이 위 세금계산서와 관련된 것이라고 보이지도 않는 점 등에 비추어 보면, 앞서 본 바와 같은 사정만을 들어 2008. 7. 14.자 세금계산서에 기한 거래를 가공거래라고 단정할 수는 없다.

􎳖삼성세무서 및 강남세무서 소속 조사담당 공무원들은 원고와 UHN, ENT을 비롯한 여러 업체들 사이의 자금흐름에 주목하여 위 회사들 사이에 이루어진 거

래를 가공거래로 파악하였고, 피고는 위와 같은 세무조사결과에 터 잡아 이 사건 2처

분을 하였다. 그런데 위와 같은 세무조사결과에 터 잡아 가공거래로 지목되거나 의심

되는 거래에 관하여 원고는 UHN, ENT과 사이에 체결한 계약서뿐만 아니라

그와 관련된 소프트웨어 개발내역(소스코드 출력물)을 증거로 제출하였는바, 원고가 증

거로 제출한 계약서나 소프트웨어 개발내역(소스코드 출력물)이 실질거래를 가장하기

위하여 조작된 것이라고 단정하기는 어렵다. 특히 ENT에 대한 수사과정에서 ENT은 거래처들과 사이에 체결한 개발계약서 또는 용역표준계약서와 함께 위 계약에

따른 소프트웨어 개발내역을 수사기관에 제출하였는데, 검사는 이러한 자료를 토대로

계약서에 기재된 대로 프로그램 개발용역이 실제 제공되고 그에 따른 대금이 이체되어

세금계산서가 발급된 것으로 보인다는 이유를 들어 ENT과 그 대표자인 SYS에

대하여 불기소처분을 하였다는 점 등에 비추어 보면 더욱 그러하다.

3) 소결

원고와 UHN 사이에 수수된 세금계산서 및 원고가 ENT으로부터 발급

받은 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수는 없다. 따라서 위 각 세금계산

서가 사실과 다른 세금계산서임을 전제로 이루어진 이 사건 2처분은 원고의 나머지 주

장에 대하여 더 나아가 판단할 것 없이 위법하다.

4. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 이 사건 1처분의 취소를 구하는 부분과 환급처분의 취소를

구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 이 사건 2처분의 취소를 구하는 청구는

이유 있으므로 이를 인용하여야 한다. 제1심판결 중 이 사건 2처분에 관한 부분은 이 와 결론을 달리하여 부당하므로 이 부분에 관한 원고의 항소를 받아들이되, 당심에서

추가된 청구를 포함하여 제1심판결을 주문 제1항 기재와 같이 변경하기로 하여 주문과

같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2018. 07. 25. 선고 서울고등법원 2017누51770 판결 | 국세법령정보시스템