요지

원고가 실질적으로 이 사건 법인의 지분 전부를 출자한 것으로 봄이 상당하고 김OO 외 3인은 명의를 대여하였으며, 이 사건 법인은 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립되지 아니하여 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 ’영농조합법인‘에 해당한다고 볼 수 없어 원고가 현물출자하고 이월과세 신고한 것을 부인한 처분은 적법함

판결내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.
2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구 취지 및 항소 취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 12. 22. 원고에게 한 2017년 귀속분 양도소득세 1,251,932,050원 부과처분을 취소한다.

상세내용

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고와 김**, 박**, 임**, 노**은 2017. 3. 13. 영농조합법인 설립을 위한 창립총회를 개최하였고, 그에 따라 2017. 3. 14. 농산물 재배, 가공 및 판매업 등을 목적으로 한 대서양 영농조합법인(이하 ⁠‘이 사건 법인’이라 한다)의 법인설립 등기가 마쳐졌다.

나. 아울러 원고는 이 사건 법인 창립총회가 개최된 2017. 3. 13. 이 사건 법인과 사이에 ⁠‘원고 소유의 대전 유성구 구암동 433-1 답 10,235㎡(이후 2019. 1. 2. 지적재조사로 면적이 10,704.4㎡로 변경되었다. 이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)의 평가액을 39억 원으로 하여 이를 이 사건 법인에 현물출자한다‘는 내용의 계약을 체결하였다. 이후 2017. 3. 20. 이 사건 법인 앞으로 이 사건 부동산에 관한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

다. 원고는 2017. 9. 8. 이 사건 부동산의 현물출자에 따른 양도소득세를 921,019,813

원으로 신고하면서, 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의것, 이하 같다) 제66조 제7항에 따른 양도소득세 이월과세를 신청하였다.

라. 피고는 세무조사를 실시하여 ⁠‘이 사건 법인은 원고 1인 출자법인으로서 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 적용대상인 영농조합법인으로 볼 수 없다’는 이유로 원고의 양도소득세 이월과세 신청을 부인하고, 2022. 12. 22. 원고에게 2017년 귀속분 양도소득세 1,251,932,050원(= 결정세액 921,019,812원 – 자경농지 감면 100,000,000원 +가산세 430,912,247원)을 부과하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 2023. 1. 10. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2023. 7. 11. 위 청구가 기각되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 7, 21, 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

김**, 박**, 임**, 노**(이하 ⁠‘김** 외 3인’이라 한다)이 실제 출자의무를이행하지 아니하였다고 하더라도 이 사건 법인의 조합원 지위를 취득하지 못한 것이라고 볼 수 없고, 이 사건 법인에 매출이 없어도 법인 설립의 효력을 부정할 수는 없다.

그럼에도 피고는 이 사건 법인이 영농조합법인으로 유효하게 설립되지 않았다는 잘못된 전제에서 이 사건 처분을 하였으므로 위법하다.

또한 이 사건 법인은 2017. 3. 13. 구 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(2017.3. 21. 법률 제14646호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 농어업경영체법’이라 한다) 제16조 및 정관에 따라 요건을 구비하여 영농조합법인 설립신고를 하였고, **광역시 **구청장이 이를 수리하여 공정력이 발생하였으므로, 위 수리행위가 위법함을 이유로 취소되지 않는 이상 피고가 그 효력을 다툴 수 없다. 이 사건 처분은 행정행위의 공정력에 반하는 것으로 위법하다.

원고가 이 사건 법인에 이 사건 부동산을 현물출자한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래행위에 해당한다고 볼 수 없어 부당행위계산 부인의 대상에 해당하지 않음에도 불구하고, 원고의 현물출자 행위의 적법·유효성을 부인한 이 사건 처분은 실질과세원칙 및 부당행위계산 부인 법리에 반하여 위법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 구 조세특례제한법상 이월과세 적용대상인 영농조합법인

1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2006. 1. 26. 선고 2004두2684 판결 등 참조).

2) 구 조세특례제한법 제66조 제7항은 ⁠‘대통령령으로 정하는 농업인이 2018. 12.31. 이전에 농어업경영체법에 따른 영농조합법인에 농업·농촌 및 식품산업 기본법(이하’농업식품기본법‘이라 한다) 제3조 제1호에 따른 농작물재배업·축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항에 따른 농지 및 초지 제외)을 현물출자하는 경우에는 이월과세를 적용받을 수 있다’고 정하고 있다.

그리고 구 농어업경영체법은 ⁠‘협업적 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물의 출하·유통·가공·수출 및 농어촌 관광휴양사업 등을 공동으로 하려는 농업인 또는 농업생산자단체는 5인 이상을 조합원으로 하여 영농조합법인을 설립할 수 있다(제16조 제1항)‘, ⁠‘영농조합법인은 농업인과 농업생산자단체 중 정관으로 정하는 자를 조합원으로 한다(제17조 제1항)’고 각 규정하고 있고, 여기서 위 농업인은 농업식품기본법 제3조 제2호에 따른 농업인을 말한다(제2조 제1호)고 규정하고 있는데, 농업식품기본법 제3조 제2호, 그 시행령 제3조 제1항은 농업인에 관하여 ⁠‘농업을 경영하거나 이에 종사하는 자로서 ① 1,000㎡ 이상의 농지를 경영하거나 경작하는 사람, ② 농업경영을 통한 농산물의 연간 판매액이 120만 원 이상인 사람, ③ 1년 중 90일 이상 농업에 종사하는 사람, ④ 농어업경영체법 제16조 제1항에 따라 설립된 영농조합법인의 농산물 출하·유통·가공·수출활동에 1년 이상 계속하여 고용된 사람, ⑤ 농어업경영체법 제19조 제1항에 따라 설립된 농업회사법인의 농산물 유통·가공·판매활동에 1년 이상 계속하여고용된 사람 중 어느 하나에 해당하는 사람을 말한다’고 규정하고 있다.

결국 구 조세특례제한법 제66조 제7항에서 정한 이월과세 적용대상이 되기 위해서는 구 농어업경영체법에서 정한 5인 이상의 농업인 등을 조합원으로 하여 적법하게 설립된 영농조합법인임이 전제되어야 한다[한편 구 조세특례제한법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28636호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제63조 제4항은 영농조합법인 요건과 별개로 원고가 현물출자하고 이월과세 적용을 받을 수 있는 지위에 있는지와 관련하여 법 제66조 제7항이 정하는 농업인이란 농업식품기본법 제3조 제2호에 따른 농업인으로서 현물출자 농지 소재지 시·군·구 또는 연접 시·군·구 내지 직선거리 30㎞ 이내에 거주하면서 4년 이상 직접 경영한 자를 말한다고 정하고 있는데, 이 사건 처분 당시 원고가 이에 해당하는지 여부에 관하여 구체적으로 검토되었는지는 분명하지 않다].

나. 이 사건 법인이 이월과세 적용대상인 영농조합법인에 해당하는지 여부

1) 인정 사실

갑 제1, 3 내지 6, 8, 9, 11 내지 14호증, 을 제1, 2, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 따르면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

가) 이 사건 법인의 설립 당시 조합원은 원고와 김** 외 3인이고, 출자 총 좌수는39,200좌, 납입출자액 총액은 3,920,000,000원이다.

나) 원고와 김** 외 3인은 2017. 3. 13. 이 사건 법인의 정관을 작성하여 인증을 받고 아래 표와 같은 내용의 출자자산 내역 및 이행증명서를 작성하였다.

다) 이 사건 법인은 2020. 11. 9. 주식회사 **개발과 사이에 이 사건 부동산 및 원고 소유의 대전 유성구 ## 하천 101.6㎡에 관하여 매매대금 86억 원으로한 매매계약을 체결하면서 ⁠‘양수인이 이 사건 법인과 출자좌수 전부를 43억 원에 인수하고 대표이사를 변경하기로 한다’는 특약을 부가하였다. 이후 원고는 2020. 11. 17. 정**에게 이 사건 법인 출자좌수 39,200좌를 양도가액 3,949,810,796원(1좌당 약100,760원)으로 양도하되 정**가 **농업협동조합 대출금 등을 인수하여 대금지급에 갈음한다는 내용의 계약을 체결하였고, 같은 날 조합원 총회를 통해 정**가 이 사건 법인의 이사로 선임되었다. 한편 2009. 10. 8.부터 2020. 3. 18.까지 사이에 이 사건 부동산에는 2018. 4. 11. 자 근저당권설정등기(채무자 신영진, 채권최고액 4억 8,000만 원) 1건을 제외하고 모두 채무자를 원고로 한 근저당권설정등기가 경료되어 있었다.

라) 이 사건 법인과 주식회사 **농업회사법인(2020. 11. 20. 설립)은 2020. 11.23. 이 사건 부동산에 관하여 매매대금 85억 7,000만 원으로 정한 매매계약을 체결하였고, 2020. 12. 11. 이 사건 부동산에 관하여 주식회사 **농업회사법인 앞으로 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다.

마) 원고는 2022. 9. 15. 양도소득세 조사 과정에서 ⁠‘이 사건 법인 설립 후 스마트

조합원 성명

출자내역

현물 현금 평가액 출자좌수

원고 이 사건 부동산 3,900,000,000원 39,000좌

김** 5,000,000원 5,000,000원 50좌

박** 5,000,000원 5,000,000원 50좌

임** 5,000,000원 5,000,000원 50좌

노** 5,000,000원 5,000,000원 50좌

계 20,000,000원 3,920,000,000원 39,200좌

농업 실현이 불가능하여 실제적 매출이 없고, 김** 외 3인으로부터 현금출자를 받은 바 없이 원고가 이를 대납하였다’는 내용의 문답서를 작성하였다. 또한 김**, 박**, 임**은 2022. 9. 15. ⁠‘이 사건 법인에 현금 500만 원을 출자하거나 이익금을 분배받은 사실이 없고, 이 사건 법인에서 설립일부터 현재까지 영농, 협업 등에 종사한 사실이 없다’는 내용의 확인서를 작성하였고, 노회창은 2022. 9. 16. 위와 같은 내용에 더하여 ⁠‘오랜 지인, 고객으로서 부탁에 의해서 명의를 빌려준 것이다’라는 내용의 확인서를 작성하였다.

2) 구체적인 판단

가) 위 인정 사실에 따르면, 이 사건 법인 설립 당시 김** 외 3인이 각 500만원을 출자한 조합원임을 전제로 출자자산 내역 및 이행증명서가 기재되어 있기는 하나, 다른 한편 이 사건 법인의 조합원으로 등재된 원고와 김** 외 3인 모두 ⁠‘김**외 3인이 위 각 출자금을 부담한 것이 아니다’라는 점을 명확히 진술하였을 뿐만 아니라 진술 내용 등에 비추어 볼 때 이들이 농업식품기본법 등 관계 법령에서 정한 농업인에 해당하는 것으로 보이지도 아니한다. 또한 2020. 11. 9. 자 매매계약, 2020. 11. 17. 자 출자좌수양도계약의 구체적 내용 등을 살펴보더라도 원고가 이 사건 법인 출자금을 모두 지급하였고, 김** 외 3인은 명의를 대여한 것에 불과함을 알 수 있다(이에 더하여 이 사건 부동산에 설정된 근저당권 내역, 이 사건 법인의 매출 내역이 전혀 확인되지 않는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 법인은 형식적으로 설립되어 있는 것에 불과할 뿐 실제 농업경영을 통하여 생산성을 높이고 농산물 출하, 유통, 가공 및 수출 등을 영위하고 있는 영농조합법인이라고 보이지 않는다).

그렇다면 이 사건 법인은 구 농어업경영체법에서 정한 5인 이상의 농업인 등을 조합원으로 하여 적법하게 설립된 영농조합법인이라고 볼 수 없으므로, 구 조세특례제한법 제66조 제7항에서 정한 이월과세 적용대상에 해당하지 아니한다.

나) 이에 대하여 원고는 ⁠‘이 사건 처분은 이 사건 법인 설립신고를 수리한 **광역시 **구청장 처분의 공정력에 반한다’고 주장하나, 구 농어업경영체법 제16조 제3항은 영농조합법인은 법인으로 하며 그 주된 사무소의 소재지에서 설립등기를 함으로써 성립한다고 규정하고 있고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 법인은 2017. 3. 14. 법인설립 등기를 마친 사실이 인정되며, 그와 관련하여 설립신고 및 시장·군수·구청장 등이 이를 수리하는 절차가 없었으므로(농어업경영체법 제16조 제3항이 2021. 8. 17. 법률 제18400호로 개정됨에 따라 그 시행일인 2022. 8. 18.부터 영농조합법인 설립등기에 앞서 주된 사무소의 소재지를 관할하는 시장 등에게 설립신고를 하도록 하는 사전신고제가 시행되었으나, 이 사건 법인 설립 당시에는 위와 같은 규정이 존재하지 아니하였다), 원고의 위 주장은 더 살필 필요 없이 이유 없다(설령 이 사건 법인에 대하여 사전 신고제가 적용되어 법인설립에 관한 수리행위가 있었다고 하더라도, 피고가 이 사건 처분을 함에 있어 그 수리행위의 기초가 된 사실관계나 법률적 판단에 기속된다고 볼수 없으므로 피고로서는 수리행위의 존재나 유효 여부에 관계없이 이 사건 법인이 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 적용대상인 영농조합법인에 해당하는지 여부를 독자적으로 판단할 수 있을 뿐, 반드시 수리행위가 먼저 취소되어야만 이 사건 처분을 할 수 있다고 볼 수도 없다).

또한 원고는 이 사건 처분이 실질과세원칙 및 부당행위계산 부인 법리에 반한다는 취지로 주장하기도 하나, 앞서 본 바와 같이 피고는 ⁠‘이 사건 법인은 원고 1인 출자법인으로서 구 조세특례제한법 제66조 제7항의 적용대상인 영농조합법인으로 볼 수 없다’는 이유로 구 조세특례제한법에 따른 양도소득세 이월과세 신청을 부인하고 이 사건 처분을 한 것으로서, 이는 소득세법 제101조에서 정한 양도소득의 부당행위계산과는 무관하고, 구 조세특례제한법 제66조 제7항에 따른 양도소득세 이월과세 대상에 해당하지 않음을 전제로 실제 원고가 부담해야 하는 양도소득세를 계산하여 부과한 것에 불과하므로 이 사건 처분이 실질과세원칙에 위배된다고 볼 여지도 없다. 원고의 위 주장 또한 받아들일 수 없다.

다. 소결론 이 사건 법인이 5인 이상의 농업인을 조합원으로 하여 설립된 영농조합법인이 아니라고 보아 원고의 구 조세특례제한법 제66조 제7항에 따른 이월과세 적용 신청을 부인한 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 하는데, 제1심판결은 이와 결론이 같

아 정당하므로, 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전고등법원 2024. 05. 16. 선고 대전고등법원 2024누10148 판결 | 국세법령정보시스템