요지

정상가격 산정을 위한 비교대상 업체는 매출액규모를 고려하거나, 이를 고려하기 위한 합리적인 조정을 하여야 함에도 중국법인 업체의 경우 합리적인 조정을 하지 않았으므로 이와 같은 정상가격을 토대로 한 법인세 부과처분 및 이전소득금액변동통지는 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고 BBB세무서장이 20XX. XX. XX. 원고에 대하여 한 20XX 사업연도 귀속 법인세 X원의 부과처분 및 피고 XX지방국세청장이 20XX. XX. XX. 원고에 대하여 한 20XX 사업연도 귀속 합계 X원의 이전소득금액변동통지를 각 취소한다.

2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 85%는 피고들이, 나머지는 원고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고 BBB세무서장이 20XX. XX. XX. 원고에 대하여 한 ⁠[별지 1] 목록 중 표 1 ⁠‘법인세 부과처분 내역’의 ⁠‘잔존세액(취소를 구하는 세액)’란 기재 각 법인세(가산세포함) 부과처분 및 피고 XX지방국세청장이 20XX. XX. XX. 원고에 대하여 한 ⁠[별지 1] 목록 중 표 2 ⁠‘이전소득금액변동통지 내역’의 ⁠‘잔존금액(취소를 구하는 금액)’란 기재 각 이전소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 20XX. XX. XX. 폴리프로필렌 제품의 제조, 판매 등을 목적으로 설립된 회사로, XX그룹(구 XX그룹) 소속 계열회사인 XX 케미칼 주식회사(구 XX산업 주식회사) 와 다국적 석유화학 그룹 A(이하‘A‘라 한다) 소속 계열회사인 B ⁠(이하 ’B‘라 한다)가 각각 지분 50%씩을 보유하고 있다.

나. 한편, A는 그 계열회사로 C ⁠(이하‘C법인’이라 한다), D ⁠(이하‘D법인’이라 한다), E(이하‘E 법인’이라 한다) 를 두고 있다. C법인과 D법인은 중국 지역 법인이고, E법인은 태국 지역 법인이다.

다. C법인과 D법인의 경우 A가 100% 지분을 보유하고 있던 회사인 F가 그 100% 지분을 보유하고 있고, E법인의 경우 B가 100% 지분을 보유하고 있던 회사인 G가 그 지분 95%를 보유하고 있으므로, 원고와 C법인, D 법인 및 E법인은 구 국제조세조정에 관한 법률(2020. 12. 22. 법률 제17651호로 전부개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국조법’이라 한다) 제2조 제1항 제9호, 제8호 나목에 해당하는 국외특수관계에 해당한다(이하 C법인과 D법인, E법인을 총칭하여 ⁠‘이 사건 국외특수관계법인들’이라 한다). 이를 그림으로 나타내면 아래와 같다.

라. 원고는 국내에서 생산한 폴리프로필렌 제품(이하 ⁠‘이 사건 제품’이라 한다)의 해외판매와 관련하여 A의 계열회사인 H과 수출마케팅 계약을 체결하였고, 위 회사를 통해 특수관계 없는 제3자 또는 이 사건 국외특수관계법인들에게 이사건 제품을 판매하였다.

마. 피고 XX지방국세청장은 20XX. XX. XX. 원고에 대한 법인통합조사(이하 ⁠‘당초 조사’라 한다)를 실시한 결과 피고 XXX세무서장에게 원고가 이 사건 국외특수관계법인들에게 구 국조법 제4조에 따른 정상가격보다 낮은 가격으로 판매하였다는 내용의 세무조사결과를 통지하였다. 이에 따라 피고 XXX세무서장은 20XX. XX. XX. 원고에게 아래 표 기재와 같이 20XX 사업연도 내지 20XX 사업연도 법인세 과세표준을 합계 X원 증액하여 법인세 합계 X원(가산세 포함)을 경정․고지하였고, 피고 XX지방국세청장은 같은 날 이 사건 국외특수관계법인들을 소득자로 하여 위 X원을 임시유보처분 통지하였다가 20XX. XX. XX. 원고에게 위 X원이 이 사건 국외특수관계법인으로부터 원고에게 반환되지 아니하였다는 이유로 위 X원을 이 사건 국외특수관계법인에 대한 배당으로 처분하여 20XX 사업연도 내지 20XX 사업연도 귀속 이전소득금액 합계 X원의 이전소득금액통지를 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 20XX. XX. XX. ⁠‘비교대상거래를 다시 산정하고 정상가격을 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 및 이전소득금액을 경정하라’는 취지의 재조사결정을 하였다.

사. 피고 XX지방국세청장은 조세심판원 결정 취지에 따라 20XX. XX. XX.부터 20XX. XX. XX.까지 원고에 대하여 이전가격 재조사(이하 ⁠‘재조사’라 한다)를 실시한 후 20XX. XX. XX. 원고에게 20XX 사업연도 내지 20XX 사업연도의 법인세 합계 X원을 감액하고, 20XX 사업연도 내지 20XX 사업연도 귀속 이전소득금액 합계 X원을 감액하는 내용의 처분을 하였다(이하 위와 같이 감액되고 남은 법인세 부과처분 및 이전소득금액변동통지를 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2

호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

 별지 3 관계 법령 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

 이 사건 처분에는 아래 사유가 있어 위법하므로 취소되어야 한다.

 1) 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간 거래의 거래가격은 실질적으로 구 국조법상 특수관계가 없는 주주들인 XX 케미칼 주식회사와 B사이에 합의된 가격이므로 정상가격에 해당한다.

 2) 피고 XX지방국세청장은 비교대상거래 선정 시 거래규모(매출액)를 전혀 고려하지 않았고, 비교대상거래 선정 기준도 합리적이지 않다.

 3) 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30405호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국조법 시행령’이라 한다) 제6조 제4항은 둘 이상의 거래를 토대로 정상가격의 범위를 산정하도록 규정하고 있으나 피고 XX지방국세청장은 원고와 E법인 거래에 대해 비교대상거래를 1개만 선정하고 이를 토대로 정상가격을 산정하였다.

나. 인정사실

 1) 피고는 당초 조사에서 원고가 이 사건 제품의 주요 원재료에 대한 가격 수용자로서 시장에서 수시로 공시되는 주요 원재료의 가격에 일정한 이윤을 더하여 이 사건 제품의 가격을 결정하고 있다고 판단하여 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간의 거래와 관련한 정상가격 산출을 위해 구 국조법 제5조 제1항 제3호에서 정한 원가가산방법을 채택하였다.

2) 원고가 20XX 사업연도에 C법인과 D법인과의 거래에서 인식한 원가가산율, 20XX 사업연도 및 20XX 사업연도에 E법인과의 거래에서 인식한 원가가산율은 아래와 같다.

 3) 피고 XX지방국세청장은 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간 거래와 관련한 정상가격 산정을 위해 해당 거래와 동일한 과세기간에 동일한 국가별로 발생한 원고와 특수관계 없는 제3자 거래처 간의 거래를 비교대상거래로 선정하였는데, XX 지역의 20XX 사업연도 비교대상 업체는 X개이고, XX 지역의 20XX 사업연도의 비교대상 업체는 X개, 20XX 사업연도의 비교대상 업체는 X개로 그 상세 내역은 ⁠[별지 2] 기재와 같다.

4) 원고와 XX 지역의 20XX 사업연도 비교대상 업체 X개, XX 지역의 20XX 사업연도의 비교대상 업체 X개, 20XX 사업연도의 비교대상 업체 X개 거래의 각 평균매출액 및 구 국제조세조정에 관한 법률 기본통칙(2024. 3. 15. 개정되기 전의 것) 5-6...1에 따른 원가가산율의 사분위값 범위는 아래 표와 같다.

5) 피고 XX지방국세청장은 위와 같은 원고와 비교대상 업체 간 거래의 원가가산율 사분위값 범위를 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간 거래의 원가가산율의 정상가격 범위로 산정하고, 20XX 사업연도의 원고와 C 법인, D 법인 간 거래, 20XX 사업연도 및 20XX 사업연도의 원고와 E법인 간 거래의 각 원가가산율이 비교대상 업체의 원가가산율 하위 사분위값에 미달함에 따라 이를 중위 값으로 조정하여 아래 표와 같이 소득조정금액을 산출하였다.

6) 조세심판원은 20XX 사업연도와 관련하여 원고의 XX지역 비교대상 업체(X개)에 대한 평균 매출액은 X원으로 원고의 C 법인에 대한 매출액 X원, D 법인에 대한 매출액 X원와 차이가 크고, 위 비교대상 업체(X개)의 원가가산율을 보면 아래 표와 같이 매출액 규모별로 편차가 상당히 큰데다 매출액 규모가 커질수록 원가가산율이 낮아지는 경향이 있으므로, 원고의 XX 지역 비교대상 업체(X개)에 대한 모든 거래를 원고와 C 법인, D 법인 거래에 대한 비교대상거래로 보아 정상가격을 산출하는 것은 합리적이지 못하다고 판단하여, ⁠‘비교대상거래를 다시 산정하고 정상가격을 재조사하여 그 결과에 따라 법인세 및 이전소득금액을 경정하라’는 취지의 재조사결정을 하였다.

7) 이후 피고 XX지방국세청장은 재조사 당시 3가지 기준 즉, ① 거래의 계속성 ⁠(단발성 거래의 경우 비교가능성이 낮으므로 조사대상기간, 즉 3개년 연속 거래 업체 선정), ② 사업 환경(C 법인, D 법인의 원가가산율이 하향하였는바, XX 지역 비교대상 업체에 대하여는 원가가산율 상향 업체는 제외), ③ 가격 조건 ⁠[C 법인, D 법인에 대한 거래의 경우 formula(반복성) 거래와 spot(단발성) 거래가 혼재하는바, XX 지역 비교대상 업체 중 formula, spot 거래가 혼재하는 업체를 선정하고, E 법인의 경우 formula 거래만 존재하는데 XX 지역 비교대상 업체 중 formula 거래가 존재하는 업체는 1개이므로 그 업체의 전체 거래 중 formula 거래만을 구분하여 비교대상거래로 선정]을 순차로 반영하여 아래와 같이 비교대상거래를 재선정하였다.

8) 피고 XX지방국세청장은 위와 같이 재선정한 원고와 비교대상 업체 거래의 원가가산율 사분위값을 토대로 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간 거래의 원가가산율의 정상가격 범위를 산정한 후 20XX 사업연도의 원고와 C 법인, D법인 간 거래의 원가가산율이 비교대상 업체의 원가가산율 하위 사분위값에 미달함에 따라 이를 중위 값으로 조정하고, 20XX 사업연도 및 20XX 사업연도의 원고와 E법인 간 거래의 각 원가가산율이 비교대상 업체의 각 원가가산율에 미달함에 따라 비교대상 업체의 원가가산율로 조정하여 아래 표와 같이 소득조정금액을 산출한 후 이에 따라 법인세 및 이전소득금액을 경정·고지하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4, 6 내지 8호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간 거래의 거래가격이 그 자체로 구 국조법상 정상가격인지 여부

가) 관련 규정

 구 국조법 제1항 제10호는 ⁠‘정상가격이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다.’고 규정하고 있고, 같은 법 제4조 제1항은 ⁠‘과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다.’고 규정하고 있으며, 같은 법 제5조 제1항은 ⁠‘정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다.’고 규정하면서 비교가능 제3자 가격방법(제1호), 재판매가격방법(제2호), 원가가산방법(제3호), 이익분할방법(제4호), 거래순이익률방법(제5호), 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법(제6호)을 규정하고 있다. 한편, 구 국조법 시행령 제4조 제4항은 ⁠‘법 제5조 제1항 제6호에서 ⁠“대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법”이란 법에서 정한 산출방법 외에 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 말한다고 규정하고 있다.

 나) 구체적 판단

 구 국조법 제4조 제1항은 과세당국이 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 경정할 수 있다고 정하고 있는데, 여기서 정상가격은 구 국조법 제5조 제1항에서 정한 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격이다. 그러므로 원고와 이 사건 국외특수관계법인들간 거래가격이 특수관계가 없는 원고의 주주회사 사이에서 합의된 가격이라고 하더라도, 그 사유만으로 구 국조법에서 정한 정상가격이 된다고 할 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

 2) 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간 거래에 대한 정상가격이 적정하게 산출되었는지 여부

  가) 관련 규정

  구 국조법 제5조 제1항은 ’정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다.‘고 규정하면서 제3호로 원가가산방법을 규정하고 있다. 구 국조법 시행령 제5조 제1항은 ’법 제5조 제1항에 따라 정상가격을 산출할 때에는 다음 각 호의 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.‘고 규정하고, 그 제1호는 ’특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.’고 규정하면서 가목으로 ⁠‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우’, 나목으로 ⁠‘비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우’를 규정하고 있다. 같은 조 제2항은 ⁠‘제1항 제1호에 따라 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 가격이나 이윤에 영향을미칠 수 있는 재화나 용역의 종류 및 특성, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험,사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략 등의 요소에 관하여 기획재정부령으로정하는 사항을 분석하여야 한다.’고 규정하고 있다. 또한, 구 국조법 시행령 제6조 제1항은 ⁠‘제5조 제1항에 따라 가장 합리적인 방법을 선택하여 정상가격을 산출하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 납세자의 사업 환경 및 특수관계 거래 분석,내부 및 외부의 비교가능한 거래에 대한 자료 수집, 정상가격 산출방법의 선택 및 가격·이윤 또는 거래순이익 산출, 비교가능한 거래의 선정 및 합리적인 차이 조정 등의 분석절차를 통하여 정상가격을 결정하여야 한다.’고 규정하고, 같은 조 제2항은 ⁠‘법 제5조에 따라 정상가격을 산출하는 경우 해당 거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에서 제5조 제2항에 따른 비교가능성 분석요소의 차이로 인하여 적용하는 가격·이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생할 때에는 그 가격·이윤 또는 거래순이익의 차이를 합리적으로 조정하여야 한다.’고 규정하고 있다. 한편, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제717호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국조법 시행규칙‘ 라 한다) 제2조 제1항은 ’국조법 시행령 제5조 제2항에 따라 비교가능성이 높은지를 평가하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 분석하여야 한다.‘고 하면서 제1호로 재화나 용역의 종류 및 특성을 규정하고 가목으로 유형재화의 거래인 경우 재화의 물리적 특성, 품질 및 신뢰도, 공급 물량ㆍ시기 등 공급 여건을 제2호로 사업활동의 기능, 제3호로 거래에 수반되는 위험, 제4호로 사용되는 자산, 제5호로 계약 조건, 제6호로 경제 여건, 제7호로 사업전략을 규정하고 있다.

 나) 관련 법리

 (1) 과세관청이 거주자의 국외 특수관계자와의 거래에 대하여 구 국조법 제4조 제1항을 적용하여 정상가격을 기준으로 과세처분을 하기 위해서는 납세의무자에 대한 자료제출 요구 등을 통하여 수집한 자료를 토대로 비교가능성 등을 고려하여 가장합리적인 정상가격 산출방법을 선택하여야 하고, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에는 그 차이를 합리적으로 조정하여 정상가격을 산출하여야 하며, 과세처분의 기준이 된 정상가격이 이와 같은 과정을거쳐 적법하게 산출되었다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결, 대법원 2012. 12. 26. 선고 2011두6127 판결 등 참조).

 (2) 구 국조법 제11조, 제13조, 구 국조법 시행령 제7조, 제23조 등에 의하면, 국외 특수관계자와 국제거래를 행하는 납세의무자는 국제거래명세서를 제출할 의무, 가장 합리적인 정상가격 산출방법을 선택하고 선택된 방법 및 이유를 과세표준 및 세액의 확정신고 시 제출할 의무, 정상가격 산출방법과 관련하여 필요한 자료를 비치·보관할 의무 등을 부담한다. 따라서 과세관청이 스스로 위와 같은 정상가격의 범위를 찾아내 고려해야만 하는 것은 아니므로, 국외 특수관계자와의 이전가격이 과세관청이 최선의 노력으로 확보한 자료에 기초하여 합리적으로 산정한 정상가격과 차이를 보이는 경우에는 비교 가능성이 있는 독립된 사업자 간의 거래가격이 신뢰할 만한 수치로서 여러 개 존재하여 정상가격의 범위를 구성할 수 있다는 점 및 당해 국외 특수관계자와의 이전가격이 정상가격의 범위 내에 들어 있어 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 없다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 9. 4. 선고 2012두1747, 1754 판결 참조).

다) 구체적 판단

(1) 20XX 사업연도 원고와 XX 지역 특수관계법인인 C 법인, D 법인 간 거래에 대한 정상가격 산출 관련

     피고 XX지방국세청장은 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간 거래에 대한 정상가격 계산을 위하여 구 국조법 제5조 제1항 제3호에서 정한 원가가산방법을 선택하였는바, 선택한 원가가산방법으로 정상가격을 산출할 때 구 국조법 시행령 제5조 제1항 제1호에 따라 원고와 이 사건 국외특수관계법인들 간 거래와 비교대상이 될 특수관계 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높아야 하는데, 비교가능성이 높다는 것은 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을주지 않거나, 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 그 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우를 말한다.

     구 국조법 시행규칙 제2조 제1항은 거래 간 비교가능성이 높은지를 평가하기 위해 유형재화 거래의 경우 재화의 물리적 특성, 품질 및 신뢰도, 공급물량 및 시기 등 공급 여건, 사업활동의 기능, 거래에 수반되는 위험, 사용되는 자산, 계약 조건, 경제 여건, 사업전략을 분석하도록 규정하고 있는데, 특히 재화의 공급물량과 관련하여는 OECD 다국적기업 및 과세당국을 위한 이전가격 지침 문단 3.28에서 ’제품 판매 거래의 경우 수량의 차이가 납세자와 제3자 간 거래의 비교가능성에 중요한 영향을 미치므로, 이러한 차이에 대한 영향을 제거하기 위한 합리적으로 믿을만한 조정이 불가능하다면 납세자와 제3자 거래처의 거래는 유효한 비교대상이 될 수 없다.‘고 규정하고 있다. 또한 비교가능성 분석요소로 인하여 적용하는 가격․이윤 또는 거래순이익에 차이가 발생하는 경우에는 구 국조법 시행령 제6조 제2항에 따라 그 차이를 합리적으로 조정하여야 한다.’

    살피건대, 이 사건 제품의 20XX 사업연도 XX 지역 판매의 경우 아래 표와 같이 원고의 비교대상 업체(X개)에 대한 거래의 원가가산율 사분위값을 보면, 매출액 규모별로 원가가산율의 편차가 상당히 크다는 것을 알 수 있는바, 매출액 규모가 원가가산율에 중대한 영향을 주는 것으로 판단된다(원가가산율은 원가에 영향을 미쳐 결국 거래 가격과 순이익에도 영향을 주게 된다).

    그러므로 과세당국은 원고와 XX 지역 특수관계법인인 C 법인, D 법인 간 거래와 비교할 특수관계 없는 자 간 거래를 선택할 때 매출액 규모가 원가가산율에 중대한 영향을 주지 않도록 원고의 C 법인, D 법인에 대한 거래와 매출액 규모가 비슷한 거래를 비교대상거래로 선택하거나, 그렇지 않다면 원고의 C 법인, D 법인에 대한 거래와 비교대상거래의 매출액 규모 차이가 원가가산율에 주는 영향을 제거할 수 있는 합리적인 조정을 하여야 한다. 피고 XX지방국세청장은 재조사 당시 매출액 규모와 관계없는 3가지 기준을 순차로 적용하여 원고의 C 법인, D 법인에 대한 거래와 비교할 거래를 선택하였는데, 선택된 X개 업체의 평균매출액은 X원으로 원고의 C 법인에 대한 매출액 X원, D 법인에 대한 매출액 X원과 차이가 상당히 커서 C 법인, D 법인에 대한 거래와 원가가산율이 비슷한 매출액 규모라고 볼 수 없음에도 매출액 규모에 따른 원가가산율의 차이를 제거하기 위한 합리적인 조정을 하지 않았다.

    피고 XX지방국세청장은 재조사 당시 결과적으로 매출액 규모가 최소 X원 이상 되는 거래가 비교대상거래로 선택됨에 따라 매출액 규모가 작아 비교대상으로 적절하지 않은 업체들이 모두 배제되었다는 취지로도 주장하나, 매출액 규모 X원 미만의 거래가 비교대상거래로 선택되지 않았다고 하더라도 앞서 본 것처럼 매출액 규모의 차이가 원가가산율에 미치는 영향이 제거되었다고 할 수 없다. 더구나 원고가 20XX 사업연도에 XX 지역에서 특수관계 없는 제3자에 대해 이 사건 제품을 X원 이상 판매한 거래의 원가가산율 하위 사분위값이 X%임은 앞서 본 바와 같고, 원고의 C 법인에 대한 거래의 원가가산율은 X%, 원고의 D 법인에 대한 원가가산율은 X%로서 원고와 특수관계 없는 제3자와의 X원 이상 거래의 정상가격 범위 안에 존재하므로, 원고의 C 법인, D 법인에 대한 거래가격이 경제적 합리성을 결여한 것이라고 보기 어렵다(피고들은 위 2건의 매출액 규모 X 원 이상의 거래는 spot거래로서 spot거래와 formula 거래가 혼재된 원고의 C 법인, D 법인에 대한 거래와 비교가능성이 낮다고 주장하나, 거래 간 비교가능성은 앞서 본 바와 같이 비교되는 거래의 거래형태(spot거래 또는 formula 거래)의 차이가 원가가산율에 중대한 영향을 주는지 여부로 판단할 수 있는데, 이 부분에 대한 주장․입증이 없으므로, 피고들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다).

 (2) 원고와 XX 지역 특수관계법인인 E 법인 간 거래에 대한 정상가격 산출 관련

   [별지 2] 기재와 같은 XX 지역 20XX 사업연도 비교대상 업체(X개)와 20XX 사업연도 비교대상 업체(X개)의 상세내역을 살펴보면, XX 지역 업체들과는 달리 매출액 규모가 원가가산율에 중대한 영향을 미치는 것으로 보이지 않는다. 피고 XX지방국세청장은 원고와 E 법인 간 거래와 비교할 거래를 선정하기 위하여 2가지 기준[① 거래의 연속성(조사대상기간인 20XX년부터 20XX년까지 3개년 연속 거래업체인지여부), ② 가격 조건(E 법인의 거래가 formula 거래이므로 formula거래인지 여부)]을 순차로 적용하였는데, 위와 같은 기준은 구 국조법 시행규칙 제2조 제1항에 따라 비교가능성의 분석요소(거래에 수반되는 위험, 계약 조건 등)로서 사용가능한 것으로 보이고, 달리 피고 XX지방국세청장이 선택한 비교대상거래가 비합리적이라고 볼만한 사정이 없다.

 3) 원고와 E 법인 거래에 대해 비교대상거래를 1개만 선정하고 이를 토대로 정상가격을 산출한 것이 위법한지 여부

   원고가 들고 있는 구 국조법 시행령 제6조 제4항(법 제5조에 따라 정상가격을 산출하는 경우에는 특수관계가 없는 자 간에 있었던 둘 이상의 거래를 토대로 정상가격 범위를 산정하여 이를 법 제4조에 따른 정상가격에 의한 과세조정 여부의 판정에 사용할 수 있다)의 규정은 국조법 시행령이 1995. 12. 30. 제정된 후 1996. 12. 31. 개정되면서 신설된 것으로 개정 시행령은 개정이유를 ’국외특수관계자와의 거래에 관한 과세조정시 정상가격을 산출하기 위한 여러 방법을 사용함에 있어서, 하나의 정상가격을 적용하는 대신 특수관계가 없는 자간에 행한 2 이상의 거래를 토대로 정상가격의 범위를 산정하여 이를 정상가격에 의한 과세조정여부의 판정에 사용할 수 있도록 함‘이라고 밝히고 있는바, 위 규정은 하나의 정상가격에 의한 과세 외에도 복수의 거래를 토대로 한 산정한 정상가격의 범위에 의한 과세를 가능하게 한 것으로 보인다. 또한 위와 같은 개정 이유에 구 국조법 시행령 제6조 제4항이 둘 이상의 거래를 토대로 정상가격 범위를 산정하여 이를 법 제4조에 따른 정상가격에 의한 과세조정 여부의 판정에 ’사용하여야 한다.‘고 규정한 것이 아니라 ’사용할 수 있다.‘고 하여 임의규정의 형식을 취하고 있는 점을 고려하면, 당해 특수관계자 간의 거래와 거래조건이 같거나 조정이 필요 없을 정도로 유사한 독립된 사업자 간의 거래사례가 있으면 그 거래사례만으로 정상가격을 산정하면 충분하고 반드시 별도로 다른 자료를 추가하여 정상가격 범위를 고려하여야 할 필요는 없다고 판단된다(대법원 2001. 10. 23. 선고 99두3423 판결 등 참조).

   피고 XX지방국세청장이 원고와 E 법인 간 거래의 비교대상거래로 선정한 거래는 앞서 본 것과 같이 거래의 연속성이나 가격 조건에서 유사한 거래이므로 그 거래사례만으로 정상가격을 산정하면 충분하고 반드시 다른 자료를 추가하여 정상가격범위를 고려할 필요는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

   4) 소결론

   따라서 피고 XX지방국세청장이 20XX 사업연도에 원고와 XX 지역 특수관계법인인 C 법인, D 법인 간 거래에 대하여 정상가격을 계산하기 위하여 선정한 비교대상거래 X건은 비교가능성이 낮으므로 이를 비교대상거래로 계산한 정상가격을 토대로 한 20XX년 귀속 법인세 부과처분 및 이전소득금액변동통지는 위법하므로 취소되어야 한다. 한편, 피고 XX지방국세청장이 20XX, 20XX 각 사업연도에 원고와 XX지역 특수관계법인인 E 법인 간 거래에 대하여 정상가격을 계산하기 위하여 선정한 비교대상거래 1건은 비교가능성이 낮다고 할 수 없고, E 법인의 거래와 유사한 거래로서 별도로 다른 자료를 추가하여 정상가격을 산정할 필요는 없으므로, 위 비교대상거래로 계산한 정상가격을 토대로 한 20XX, 20XX 각 사업연도 귀속 법인세 부과처분 및 이전소득금액변동통지는 위법하다고 할 수 없다.

4. 결론

   그렇다면, 원고의 피고 XXX세무서장에 대한 20XX년 귀속 법인세 부과처분 취소청구 및 원고의 피고 XX지방국세청장에 대한 20XX년 귀속 이전소득금액변동통지 취소 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하고, 원고의 피고들에 대한 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 06. 20. 선고 서울행정법원 2022구합83335 판결 | 국세법령정보시스템