요지

원고가 물류대행업체들과 사이에 체결한 이 사건 물류대행계약에 의하여 물류대행업체들로부터 공급받은 용역에는 원고가 협력업체들에게 공급하는 용역 이외에 원고의 상품유통업 업무에 관한 용역도 포함되어 있다고 봄이 타당하므로 원고가 지급하는 물류용역비용(매입세액)이 납품업체로부터 받은 물류대행수수료 매출에만 대응되는 것은 아님.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결을 취소한다.

2. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2014. 1. 16. 원고에 대하여 한 2012년 제1기 부가가치세 000원의

경정거부처분을 취소한다.

2. 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 제1심 판결의 일부 인용 이 법원의 판결 이유 중 ⁠“1. 처분의 경위”부터 ⁠“2. 이 사건 처분의 적법 여부, 가. 당

사자들의 주장, 나. 관계법령, 다. 인정사실”까지 부분은 다음과 같이 일부 내용을 추가

하는 것 외에는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제2쪽 제4행부터 제8쪽 표 부분까지 및

제13쪽) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하

여 이를 인용한다.

○ 제1심 판결 제3쪽 표 아래에 다음의 내용을 추가한다.

협력업체 ──────> 물류창고 ──────> 직영점

                                                          상품취급점

                                                         A클럽사업자 고객

               협력업체들 물류대행업체들을

                자체배송 통하여 배송

○ 제1심 판결 제7쪽 첫 번째 표 마지막행의 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

【4. 재고보관 및 보험

2) 상온상품의 경우 수탁자(물류대행업체)는 수탁자의 물류센터를 단순 경유하는 계약목적

물(TC)은 D-1일 오후 3시까지, 물류센터에서 보관 후 배송하는 계약목적물(DC)은 D-2

오후 3시까지 입고 확정된 물품에 한하여 D일에 출고한다. 또한 저온상품 중 DC상품은

D-1 오전 1시까지 입고 확정된 물품에 대하여, TC는 D일 오전 1시까지 입고 확정된

물품에 한하여 출고한다(D: 배송일).

3) 생략

4) 수탁자는 각 호의 내용을 기준으로 입고관리를 하여야 한다.

① 상온 및 저온상품 입고 시 전상품 검수 및 검품을 실시하고 이상상품 발견 시 위탁자

(원고)의 지시사항을 수행하여야 한다.

② 상온 및 저온 DC상품 입고 시 파렛트별 상품 관리 스티커를 부착 운영한다.

5) 수탁자의 물류센터에 보관하는 재고량은 일 평균 출고량(TC 및 DC 총량)의 12일 분을

기준으로 하며 이를 초과할 경우 상호 협의하여 진행한다.

6) 생략

7) 수탁자는 각 호의 내용을 기준으로 정기적인 재고조사를 실시하고 표준양식에 준하여

위탁자에게 피드백 하여 위탁자가 지시한 내용에 대하여 재고조정을 실시한다.

(이하 생략)】

2. 제1심 판결과 달라지는 부분

라. 판단

1) 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것) 제17조 제1

항, 제2항 제6호의 각 규정은, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서

매입세액을 공제한 금액으로 하되, 부가가치세가 면제되는 재화나 용역을 공급하는 사

업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 조

제7항의 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령(2012. 8. 31. 대통령령 제24076호로 개

정되기 전의 것) 제61조 제1항은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면

세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에

공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)은 ⁠‘면세사업에

관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액’의 산식에 의하여 계산하

도록 규정하고 있다.

2) 위 법령의 규정에 따라 이 사건에서 보면, 이 사건의 쟁점은 이 사건 매입세액

[물류용역비용(A)]이 과세사업인 물류대행업 뿐만 아니라 과세․면세 겸영사업인 상품

유통업에도 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액인지 여부라

할 것이고, 실지 귀속의 여부는 당해 재화나 용역이 대내적으로 어떤 사업 부문에 사

용되어 실질적으로 효용을 미쳤느냐에 따라 좌우된다고 할 것이다.

3) 앞서 살펴본 인정사실과 앞서 거시한 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여

알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 물류대행업체들과 사이에 체결

한 이 사건 물류대행계약에 의하여 물류대행업체들로부터 공급받은 용역에는 원고가

협력업체들에게 공급하는 용역 이외에 원고의 상품유통업 업무에 관한 용역도 포함되

어 있다고 봄이 타당하고, 원고의 상품유통업에 관한 매출액 중 면세재화에 관한 매출

액의 비율만큼 안분하여 매입세액공제에서 제외되어야 할 것이다. 따라서 이와 다른

전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 원고와 협력업체들 사이의 거래관계에서 가장 단순한 형태는 협력업체들이

원고의 주문에 따라 납품할 상품들을 협력업체들의 자체 물류창고에 보관하였다가 원

고의 직영점이나 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 개별적으로 배송함으로써 납

품을 완료하는 것이다. 그러나 협력업체들이 전국에 산재해 있는 원고의 직영점이나

상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 상품을 직접 배송하는 것은 현실적으로 어렵

기 때문에 원고와 사이에 물류대행계약을 체결하고 협력업체들이 원고의 물류창고로

납품을 하면 그 이후의 배송업무는 원고가 대행하기로 한 것이다. 그런데 원고도 자체

물류창고와 전국적 운송기반을 보유하고 있지 못하므로 이와 같은 시설과 조직을 갖춘

아신, 시제이지엘에스 등 물류대행업체들과 사이에 이 사건 물류대행계약을 체결하고

위 물류대행업체들로 하여금 해당 상품이 물류창고에 입고된 이후 원고의 직영점이나

상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 배송되기까지의 업무를 대행하도록 한 것이

다.

나) 협력업체들이 원고의 직영점이나 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게

직접 배송하는 형태를 가정하면, 협력업체들이 상품의 납품 업무와 관련하여 원고에게

제공하여야 하는 용역은 원고의 직영점이나 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에 대

한 배송과 원고의 직영점에서 원고에게 책임 없는 사유로 상품을 반품하는 경우의 반

송 업무 등이다. 그런데 협력업체들이 원고의 물류창고를 통하여 납품하는 실제의 형

태에서는 협력업체들이 원고의 물류창고에 상품을 입고시킴으로써 협력업체들의 업무 는 종료된다(상품이 반품되는 경우에 있어서 물류창고에서 협력업체들이 수거해 가는

부분은 원고의 업무영역을 벗어난 것으로서 이 사건에서 문제되지 않는다). 그 이후 물

류창고에서부터 원고의 직영점이나 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객까지의 업무는

원고가 물류대행업체들을 통하여 대행하게 되는데, 물류창고에의 상품 입고 및 검수,

상품 보관(재고관리), 주문처리 및 분류, 전표처리 및 전산마감처리, 상품배송, 반송하 는 경우의 반송 업무 등이 포함된다.

다) 위와 같이 원고가 물류창고에 상품이 입고된 이후 협력업체들을 위해 물류

대행업체들을 통하여 물류대행용역을 공급하는 과정에서 처리하는 업무가 당초 협력업

체들이 수행하였어야 할 업무에 한정되는지, 아니면 원고의 상품유통업에 필요한 원고

의 고유한 업무까지 포함되어 있는지를 살펴보면 다음과 같다.

① 이 사건 직매입거래계약서 제6조 제1항에서 정하고 있는 바와 같이 협력업

체들은 원고의 점포 또는 지정장소로 상품을 납품할 의무가 있으므로 배송 업무는 협

력업체들의 업무이고, 따라서 원고가 물류대행업체들을 통하여 물류창고에 입고된 상

품을 원고의 직영점이나 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 배송하는 업무는 협

력업체들의 업무를 대행한 것으로 보아야 한다.

② 원고의 물류대행업체들은 원고의 직영점이나 상품취급점 또는 A클럽사업

자 고객에 납품하기 위한 상품의 주문처리를 대행하여 주고 있는바, 이와 같은 상품주

문 업무는 원고의 상품유통업 운영을 위한 원고의 업무라고 봄이 타당하다. 따라서 상

품주문 업무는 원고가 협력업체들을 대행하여 처리하는 업무라고 볼 수 없다.

③ 주문한 상품을 물류창고에 입고하고 검수, 검품을 하는 업무는 상품을 매

입한 원고가 수행해야 하는 업무로 봄이 타당하다. 원고에게 상품을 판매한 협력업체

들이 판매한 상품의 수량과 하자 유무를 검수한다는 것은 상정하기 어려우므로 상품의

입고 및 검수 업무는 협력업체들의 업무가 아니라 원고의 업무라고 해야 한다. 따라서

원고가 물류대행업체들을 통하여 위 업무를 수행하더라도 이는 협력업체들의 업무를

대행하는 것으로 볼 수 없다.

이에 대하여 원고는 물류창고에서 이루어지는 검수 업무는 형식적인 절차에 불과하 고 상품을 입고하는 과정에서 필수적으로 이루어지는 절차로서 원고가 협력업체들에

대하여 제공하는 물류대행용역의 범위에 포함된다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건

직매입거래계약서 제6조 제6항은 ⁠“납품확정 시점은, 공급자(협력업체)가 구매자(원고)

의 물류창고 혹은 구매자의 점포로 상품을 납품하여 구매자가 검수를 완료한 시점으로

한다.”라고 규정하고 있는바, 상품의 검수가 완료되면 납품이 확정되는 효력이 발생한

다. 그리고 이 사건 물류대행계약서 중 물류대행추가약정서 1.의 2)항에 물류대행의 범

위와 관련하여 ⁠‘위탁자(원고)가 지정한 계약목적물의 입고(검수, 검품, 입고조정)’이라는

별도의 항목을 두었고 4.의 4)항에 상온 및 저온 상품 입고 시 또는 상온 및 저온 DC

상품 입고 시의 수탁자(물류대행업체)의 업무내용을 구체적으로 규정하고 있는 등 검

수 업무의 중요성을 강조하고 있다. 따라서 물류창고에서 이루어지는 검수 업무가 단

순히 상품의 입고 과정에서 형식적이고 필수적으로 수반되는 업무라고 할 수 없다.

또한 원고는 원고의 직영점에서 스스로 검수 업무를 수행하고 있으므로 원고가 물류

대행업체들로부터 공급받는 용역에 검수 업무가 포함될 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 원고의 직영점에서 수행하는 검수 업무는 그 직영점에 배송된 상품에 한해서

이루어지는 것이고, 원고의 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 납품되는 상품은

물류창고에서 곧바로 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 배송되므로 원고의 직영

점에서 검수할 수 없다. 그리고 직영점에서 다시 한 번 검수가 이루어진다고 하여 물

류창고에서의 검수가 형식적인 것이라고 단정하기도 어렵다.

④ 물류창고에서의 상품 보관(재고관리) 업무는 원고가 상품유통업을 영위하

기 위하여 수행해야 하는 원고의 업무라고 봄이 타당하다. 앞서 살펴본 바와 같이 이

사건 직매입거래계약서 제6조 제6항에 의하면 협력업체들이 물류창고에 상품을 납품한

후 검수가 완료되면 납품이 확정되므로 그 이후의 상품에 대한 재고관리 업무는 원고

의 업무라고 할 수 있다. 이 사건 물류대행계약서 중 물류대행추가약정서 4.의 2)항에

의하면, 물류창고를 단순 경유하는 상품과 물류창고에서 보관 후 배송하는 상품을 구

분하여 출고시기를 달리 정하고 있고, 4.의 5)항에 의하면, 물류창고에 보관하는 재고

량은 일평균 출고량의 12일분을 기준으로 하며 이를 초과할 경우 상호 협의하여야 하 는 것으로 정하고 있으며, 4.의 7)항에 의하면, 물류대행업체들은 정기적인 재고조사를

실시하고 원고에게 피드백 하여 원고가 지시한 내용에 대하여 제고조정을 해야 하는

것으로 규정하고 있다. 위와 같은 사정에 비추어 보면, 물류대행업체들은 협력업체들로

부터 단순히 상품을 물류창고로 납품받아 잠시 보관하다가 배송하는 정도에 그치는 것 이 아니라 원고의 지시를 받아 세밀하게 재고관리 업무를 수행하고 있는 것으로 볼 수

있다. 따라서 위와 같은 상품 보관(재고관리) 업무를 협력업체들이 상품을 배송하는 과

정에서 필수적으로 동반될 수 있는 단순한 보관 업무라고 볼 수는 없다.

물론 협력업체들이 원고의 물류창고를 이용하지 않고 전국 각지에 위치한 원고의 직

영점이나 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 직접 상품을 배송하는 경우에도 스

스로 원고의 주문을 파악하여 납품장소별로 분류하여 보관하는 작업이 필요하기는 하

다. 그러나 위와 같은 경우에 협력업체들이 수행하는 분류 및 보관 업무는 자신들의

배송 업무를 수행하기 위하여 필연적으로 수반되는 업무에 한정되는 데 반하여 원고가

물류대행업체들을 통하여 처리하는 앞서 본 바와 같은 상품 보관(재고관리) 업무에는

상품을 납품받은 원고가 수행하여야 하는 훨씬 세밀하고 다양한 재고관리 업무가 포함

되어 있으므로 양자를 동일한 업무라고 볼 수는 없다.

⑤ 원고는 자신의 명의로 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 상품을 판

매하고 있으므로 원고와 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객과의 관계에서는 상품 반

품에 대한 책임은 원고에게 있다. 따라서 원고가 물류대행업체들을 통하여 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객으로부터 상품을 회수하여 물류창고로 운송하였다면 이는 원고

자신의 업무를 처리한 것이지 당초 상품을 납품하였던 협력업체들의 업무를 대행한 것 이 아니다.

⑥ 원고는 자신의 명의로 직영점, 상품취급점 또는 A클럽사업자 고객에게 상

품을 공급하고 있는데, 이와 관련하여 거래처납품 계약목적물의 전표처리, 거래처 납품

후 전산마감처리 등의 업무를 물류대행업체들이 원고를 대행하여 처리하고 있다. 이와

같은 전표처리나 전산마감처리 등의 업무는 원고가 상품을 공급받거나 공급하는 주체

로서 처리하여야 하는 원고의 업무로 봄이 타당하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론 을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고, 원고의 청구 를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2016. 08. 18. 선고 서울고등법원 2015누59527 판결 | 국세법령정보시스템