요지

관련법에서 국가·지방자치단체가 공급하는 것으로 규정하는 임대주택 사업의 경우, 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소를 사업장으로 보아야 하며, 임대주택 사업장을 별개의 독립된 사업장으로 등록한 바 없고, 주택배정·관리, 시설물관리 등 지부장이 전결권자로 되어 있는바 실질적인 임대주택 운영업무를 담당하고 있는 지부를 업무총괄장소로 봄이 상당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20××. ×. ××. 원고에 대하여 한 20××년도 ×기 부가가치세 ○○○원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 ○○○장관의 위탁을 받아 ○○○ 및 그 유족의 생활안정과 복리 향상에 이바지함을 목적으로 설립된 법인으로 급여의 지급, 기여금․부담금․그 밖의 비용의 징수, ○○○연금기금을 불리기 위한 사업, ○○○ 후생복지사업, 주택의 건설․공급․임대 또는 택지의 취득 등의 사업을 한다(○○○연금법 제1조, 제16조).

나. 과세․면세․비과세사업 겸영 및 사업자단위 과세사업자

1) 원고는 ○○○ 급여의 지급, 비용의 징수 등 비과세사업과 사무실 임대, 스포츠시설 운영 등 과세사업 및 무주택 ○○○의 주거안정을 위하여 전국에 ○○○임대아파트를 운영하는 면세사업을 겸영하고 있고, 20××. ×. ×.부터 사업자단위 과세사업자로 주사업장과 ○○개 종된 사업장의 과세자료를 본점에서 총괄하여 신고․납부하고 있다.

2) 한편, 원고의 사업장 중 AA지부, BB지부, CC지부, DD지부(이하 이를 합하여 ⁠‘이 사건 4개 지부’라 한다)는 원고 소유의 서울 ○○구 소재 ○○○○(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)에 위치한 사업장이고, ○○지역의 임대아파트 사업은 원고의 AA지부, ○지역의 임대아파트사업은 원고의 BB지부, ○○지역의 임대아파트사업은 원고의 CC지부, ○○지역의 임대아파트사업은 원고의 DD지부에서 업무를 담당하고 있다(이하 이 사건 4개 지부의 위 각 임대아파트를 ⁠‘이 사건 임대아파트’라 하고, 이와 관련된 사업 및 사업장을 ⁠‘이 사건 임대아파트 사업’, ⁠‘이 사건 임대아파트 사업장’이라 한다).

다. 원고의 부가가치세 신고

원고는 20××년 ×기 부가가치세 과세기간 동안 면세사업인 이 사건 임대아파트 사업에 대하여 각 아파트를 관리하는 이 사건 4개 지부 사업장에 합산하여 부가가치세를 신고․납부하였다.

라. 이 사건 경정청구 및 이 사건 처분

원고는 이 사건 임대아파트 사업과 이 사건 4개 지부의 사업은 서로 독립된 사업인데 원고의 착오로 이 사건 4개 지부 사업장의 부가가치세를 산정함에 있어 이 사건 임대아파트에 대한 과세자료(이하 ⁠‘이 사건 과세자료’라 한다)를 합산하여 부가가치세를 과다하게 신고․납부하였으므로 공통매입세액 안분계산시 이 사건 과세자료를 이 사건 4개 지부의 총매입가액과 면세매입가액에서 제외하여야 하고, 이 사건 4개 지부 사업장의 공통매입세액은 과세 또는 비과세 사용면적비율에 따라 안분하는 것이 합리적이라고 주장하면서 20××. ×. ××. 20××년 ×기분 부가가치세 ○○○원을 환급해 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

이에 대하여 피고는 20××. ×. ××. 20××년 ×기분 부가가치세에 대하여 ⁠‘공통매입세액안분방법은 납세의무자가 임의로 선택할 수 있는 규정이 아니다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 전심절차

원고는 이에 불복하여 이 사건 처분에 대하여는 20××. ×. ××. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20××. ××. ×. 위 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 임대아파트 사업장은 원고의 이 사건 임대아파트 사업에 관한 업무 총괄 장소가 아니라 이 사건 임대아파트의 소재지로 보아야 하고, 설령 원고의 이 사건 임대아파트 사업에 관한 업무 총괄 장소를 위 사업의 사업장으로 보아야 한다고 하더라도, 위 업무 총괄 장소는 이 사건 4개 지부가 아닌 원고 본부(○○사업실)로 보아야 한다.

따라서 이 사건 임대아파트 사업은 이 사건 4개 지부 사업과 별개의 독립된 사업이므로 이 사건 과세자료는 이 사건 4개 지부 사업장의 부가가치세 산정에 합산되어서는 아니 됨에도 불구하고, 원고는 착오로 이 사건 과세자료를 이 사건 4개 지부의 부가가치세의 공통매입세액 산정시에 합산하여 이 사건 4개 지부의 부가가치세를 과다하게 신고․납부하였다. 따라서 이 사건 4개 지부의 공통매입세액 안분계산시 이 사건 과세자료를 총매입가액과 면세매입가액에서 제외하여야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 임대아파트 사업장이 어디인지 여부

우선, 이 사건 임대아파트 사업장을 부동산 소재지로 보아야 하는지 아니면 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소로 보아야 하는지 여부에 관하여 본다.

살피건대, 원고는 ○○○연금법 제16조 제5호에 따라 주택의 임대 등 사업을 수행하고 있고, ○○○연금법 제16조의2는 ⁠‘원고는 주택법, 택지개발촉진법 또는 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에서 정하는 바에 따라 ○○○을 위하여 주택을 건설․공급․임대하거나 택지를 취득할 수 있다. 이 경우 원고는 국가나 지방자치단체로 본다’고 규정하고 있다. 또한, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제4조 제1항 제13호는 ⁠‘국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 시행령 제38조 제3호에 따른 사업(부동산임대업 등)에 있어서는 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소’를 ⁠‘사업장’으로 한다고 규정하고 있다.

위 규정들을 종합하여 보면, 원고가 ○○○에게 주택의 임대용역을 제공하는 이 사건 임대아파트 사업은 국가․지방자치단체가 공급하는 부동산임대업으로, 이에 대한 사업장은 그 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소라고 봄이 상당하다.

2) 업무를 총괄하는 장소가 어디인지 여부

다음으로 이 사건 임대아파트 사업의 업무를 총괄하는 장소를 원고의 본부(주택사업실)로 보아야 하는지 아니면 이 사건 4개 지부로 보아야 하는지 여부에 관하여 본다.

살피건대, 앞서 본 인정사실 및 각 증거에다가 갑 제6 내지 8호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 여러 사정을 종합하여 보면, 이사건 임대아파트 사업의 업무를 총괄하는 장소는 원고 본부(○○사업실)가 아닌 이 사건 4개 지부라고 봄이 상당하다.

① 원고 내부의 직제규정 시행규칙 별표 ○에 의하면, 원고 본부의 ○○사업실의 분장 업무는 ⁠‘임대주택 운영관리, 주택사업 성과관리, 임대주택 부동산 및 재산관리, 안전관리’ 등이고, 이 사건 4개 지부가 본부로부터 위탁받은 기타 업무는 ⁠‘임대주택 입주자 및 상가 등 시설물관리, 지원, 임대주택 보증금 환불 및 연체자, 이주업무, 용역업체 관리’ 등이다. 위 규정에 의하면, 원고 본부의 주택사업실에서는 임대주택 운영관리 등의 기획업무를 수행하고, 이 사건 4개 지부를 포함한 각 지부는 본부로부터 위탁받은 임대주택 입주자 관리 등 실질적인 임대주택 운영업무를 수행하는 것이므로 이 사건 4개 지부가 이 사건 임대아파트 사업을 주로 담당하고 있는 것으로 보인다.

② 구 부가가치세법 제4조 제1항은 ⁠‘부가가치세는 사업장마다 신고․납부하여야 한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제5조 제1항은 ⁠‘사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 등록하여야 한다’고 규정하고 있는데, 원고는 이 사건 임대아파트의 부동산 소재지에 대하여 별도의 사업장으로 사업자등록을 한 바 없고 20××. ×. ×.부터 사업자단위과세가 적용되는 ○○개의 종된 사업장 명세에도 종된 사업장으로 되어 있지 않았는바, 원고 스스로도 이 사건 임대아파트 사업장들이 각각 별개의 독립된 사업장이라고는 보지 않았던 것으로 판단된다.

③ 원고의 위임 전결규정에서는 연금관리 및 징수, 급여 지급 등 거의 모든 업무에서 지부장이 전결권자로 지정되어 있고, 임대주택과 관련하여, 임대주택 배정 및 관리, 입주자 관리, 명도소송제기, 입주자 부담금 관리, 임대시설물 관리 등에서 지부장이 전결권자로 되어 있는바, 이에 비추어 보더라도 이 사건 4개 지부가 이 사건임대아파트 사업에 관한 업무를 총괄해서 수행한다고 볼 수 있다{○○○ 임대주택의 면세 매입 거래에 관하여도, 이 사건 4개 지부는 각 지역에 소재하는 공사업체, 광고업체 등과 별도로 이 사건 임대아파트 관련 거래를 하였는바, 원고는 원고 본부가 아니라 이 사건 4개 지부의 각 지부별로 ○○○ 임대아파트 사업을 관리하고 이에 대한 매입세금계산서를 별도로 받으면서 제반 업무를 처리하여 온 것으로 보인다}.

3) 소결

따라서 이 사건 임대아파트 사업은 각 부동산 소재지가 아니라 사업에 관한 업무를 총괄하는 장소를 그 사업장으로 보아야 하고, 위 업무 총괄 장소는 이 사건 4개 지부라고 봄이 상당하므로 이와 같은 전제에 선 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2016. 08. 11. 선고 서울행정법원 2016구합55667 판결 | 국세법령정보시스템