요지

구 조세특례제한법 시행령은 조세정책적 고려 아래 조세특례의 적용대상인 중소기업 해당 여부를 중소기업기본법령과 달리 정하였다고 봄이 상당하므로, 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하는지 여부는 구 중소기업기본법 시행령에 따라 판단할 것은 아님.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 피고가 2014. 6. 2. 원고에 대하여 한 2012사업연도 법인세 513,569,XXX원(가산세 포함)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 이유 중 ⁠“1. 처분의 경위”기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 및 나. 관계 법령 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제3면 제12행의 ⁠“제3호”와 ⁠“및” 사이에 ⁠“제4항”을 추가하는 것 이외에는 제1심 판결 이유 중 각 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

다. 판단 이 사건의 쟁점은 원고와 CCCCC를 관계기업으로 보아 관계 법령에 따라 계산한 원고의 매출액이 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업의 요건을 충족하는지 여부이므로 이에 관하여 살펴본다.

1) 관계기업 해당 여부

가) 구 조세특례제한법은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 그 중 독립성 요건에 관하여 제3호에서 ⁠“실질적인 독립성이 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호에 적합할 것”을 요구하면서, ⁠“구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목을 적용할 때 ’별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는‘은 ’구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 기준에 해당하는‘으로 본다.”라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서는 ⁠“다만, 상시 사용하는 종업원수가 1천명 이상, 자기자본이 1천억원 이상, 매출액이 1천 억원 이상 또는 자산총액이 5천억원 이상인 경우에는 중소기업으로 보지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 한편 구 조세특례제한법 시행령에서는 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 다.목의 ”관계기업“의 의미를 별도로 규정하고 있지 않다.

나) 그런데 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 처분 시 원고와 CCCCC가 관계기업에 해당하는 지 여부에 관하여 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일을 기준으로 판단함이 타당하다.

① 아래 2)항에서 보는 바와 같이 구 조세특례제한법은 기업에 대한 해당 과세연도의 과세표준 및 세액 계산 시 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하는 것으로서 상시 사용하는 종업원수․자기자본․매출액 등 다른 일반적인 규모 기준은 해당 사업연도를 기준으로 판단하고 있다.

② 따라서 구 조세특례제한법 시행령상 관계기업, 즉 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업이 다른 국내기업을 지배함으로써 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단에 해당하는 지 여부에 대한 판단시점 역시 해당 사업연도로 하는 것을 전제로 한다고 봄이 타당하다.

③ 결국 조세특례제한법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제406호로 개정 된 것) 제2조 제8항의 개정취지는 중소기업 판단 시 관계기업 판단시점을 과세연도 종료일로 명확히 한 것일 뿐이다[기획재정부 조세특례제도과 2014. 1. 23.자 해석(을3호증의 3)].

다) 위 법리에 비추어 이 사건의 경우를 보건대, 위 인정사실에 의하면, 원고는 ⁠“이 사건 처분의 해당 과세연도 종료일인 2012. 12. 31. 현재” 특수관계자인 김DD와 합산하여 CCCCC 주식의 30% 이상을 소유하면서 최다출자자에 해당하므로, 원고와 CCCCC는 2012사업연도에 상호 지배 또는 종속 관계가 성립하여 관계기업에 속하게 되었다.

2) 중소기업 해당 여부

가) 관계기업에 속하는 원고의 경우에는 구 중소기업기본법 시행령 제7조의4에 따라 산정한 매출액이 1,000억 원 미만이어야 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상이 되는 중소기업에 해당하게 되는바, 아래에서는 위와 같은 매출액 산정의 기준을 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일로 할 것인지 아니면 그 직전 사업연도인 2011사업연도 종료일로 할 것인지에 관하여 살펴본다.

나) 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 및 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 구 중소기업기본법 시행령의 경우 관계기업이 중소기업에 해당하기 위해서는 별표 1에 따른 업종별 규모기준(제조업의 경우 상시 근로자 수 300명 미만 또는 자본금 80억 원 이하)과 상한기준(상시 근로자 수 1,000명 미만, 자산총액 5,000억 원 미만, 자기자본 1,000억 원 미만, 매출액 1,000억 원 미만)을 모두 충족하여야 하지만, 구 조세특례제한법 시행령의 경우에는 상한기준만 충족하면 중소기업에 해당 하게 된다. 그러나 구 중소기업기본법 시행령이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 본문)하고 있는 점, 또한 구 조세특례제한법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고(구 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항, 제5항), 그 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조세특례제한법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 유예 여부는 구 조세특례제한법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업 기본법령에 의하여 판단할 수 없다(대법원 2015. 4. 23. 선고 2013두10458 판결 등 참조).

다) 위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 구 조세특례제한법 시행령은 조세정책적 고려 아래 조세특례의 적용대상인 중소기업 해당 여부를 중소기업기본법령과 달리 정하였다고 봄이 상당하므로, 원고가 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하는지 여부는 구 조세특례제한법 시행령에 따라 판단하여야 하는 것이지, 원고 주장과 같이 구 중소기업기본법 시행령에 따라 판단할 것은 아니다.

그런데 구 조세특례제한법 시행령은 제2조 제4항에서 ⁠“제1항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제1호 및 제3호 후단에 따른 상시 사용하는 종업원수․자기자본․자본금․매출액․자산총액 및 발행주식의 간접소유비율의 계산에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.”라고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조는 ⁠“구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따른 상시 사용하는 종업원수․자기자본․매출액․자산총액”에 관하여 각 ”해당 과세연도의 매월 말일 현재의 인원을 합하여 해당 월수로 나눈 인원“(종업원 수), ”과세연도 종료일 현재 기업회계기준에 따라 작성한 대차대조표“(자기자본 및 자산총액), ”기업회계기준에 따라 작성한 손익계산서 ⁠“(매출액)를 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하도록 규정하고 있는바, 매출액의 경우 해당 과세연도 종료일을 기준으로 한다는 명시적인 규정이 없기는 하다.

그렇지만, 다음과 같은 사정을 고려하여 보면, ⁠“매출액”의 경우에도 해당 과세연도 종료일을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단해야 하는 것으로 해석함이 상당하다[원고가 그 주장의 근거로 들고 있는 서울행정법원 2015. 5. 1. 선고 2014구합22038 판결은, 중소기업의 범위에 관하여 명확하게 중소기업기본법에 따르도록 규정하고 있는 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제11호 및 소득세법 시행령 제167조의8이 적용되는 사안에 관한 것이므로, 구 조세특례제한법이 적용되는 이 사건에 원용하기에 적절하지 아니하다].

① 구 조세특례제한법 시행령 제2조는 중소기업 해당 여부의 판단기준으로 ⁠“상시 사용하는 종업원 수”, ⁠“자기자본”, ⁠“매출액”, ⁠“자산총액”을 대등적․병렬적으로 규정하고 있다.

② 중소기업기본법은 해당 기업이 중소기업으로 판단된 경우 그 기업을 지원․육성하는 데 목적이 있는 반면, 조세특례제한법은 기업에 대한 해당 과세연도의 과세표준 및 세액을 계산함에 있어 중소기업 여부를 판단하여 세액감면 등을 적용하기 위한 것에 목적이 있으므로, 두 법령의 입법취지가 달라 중소기업기본법령의 적용을 위한 중소기업의 범위 확정과 조세감면을 위한 중소기업 범위의 확정에는 차이가 발생하게 되고, 조세감면을 위한 경우에는 해당 사업연도 종료일을 기준으로 중소기업 해당 여부를 판단하는 것이 그 입법취지에 비추어 더욱 합리적이다.

③ 국세청 법규과는 EE지방국세청장의 과세기준자문 신청에 대하여 ⁠“구조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 ⁠‘상시 사용하는 종업원수․자기자본․매출액 및 자산총액’은 해당 사업연도 종료일을 기준으로 판단하는 것이다.”라는 취지로 회신한 바 있다.

④ 구 조세특례제한법에 따라 중소기업 해당 여부를 판단할 때 일반적인 상한기준(상시 사용하는 종업원수 1,000명 미만, 자산총액 5,000억 원 미만, 자기자본 1,000억 원 미만, 매출액 1,000억 원 미만)을 판단하는 경우에는 ⁠“해당 과세연도 매월 말일 또는 해당 과세연도 종료일”을 기준으로 하면서, 오히려 관계기업의 경우에는 위와 같은 상한기준의 판단에서 ⁠“직전 사업연도 말일”을 기준으로 한다는 것은 관계기업의 경우 일반적인 기준에 더하여 판단요건을 강화하고자 하는 법의 취지에 반한다.

라) 따라서 관계기업에 속하는 원고가 이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일을 기준으로 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하는 지 여부에 관하여 살펴본다.

구 중소기업기본법 시행령 제7조의4 [별표 2]에 따르면, 원고는 종속기업인 CCCCC를 직접 지배하되 형식적 지배를 하는 경우에 해당하는바, 위 ⁠[별표 2]가 규정한 방법에 따라 계산한 원고의 전체 매출액은 ⁠“이 사건 처분의 해당 과세연도인 2012사업연도 종료일 기준 원고의 매출액(94,473,527,937원)”에 ⁠“원고의 CCCCC에 대한 주식 소유비율(25%)과 CCCCC의 2012사업연도 종료일 기준 매출액(158,348,604,876원)을 곱하여 산출한 매출액”을 합산한 약 1,340억 원이 되어 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항이 정한 기준을 충족하지 못하므로, 2012사업연도 당시 원고는 구 조세특례제한법상 특별세액감면의 대상인 중소기업에 해당하지 않는다고 봄이 타당하고, 같은 전제에서 이루어진 피고의 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2016. 07. 06. 선고 부산고등법원(창원) 2015누12093 판결 | 국세법령정보시스템