요지

매출액은 전부 인정하면서 매입액 전액 부인 시 매출총이익률이 50.17%로 동종업종의 매출총이익률 6.6% ~ 7.1%를 지나치게 초과하는 등 피고가 제출한 자료만으로는 전액 가공원가라고 인정하기에 부족함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 피고 CC세무서장이 2012. 12. 13. 원고 주식회사 BB에게 한 2011 사업연도 법인세 0,000,000,000원, 2012 사업연도 법인세 000,000,000원의 부과처분을 취소한다.

3. 피고 DD세무서장이 2014. 4. 25. 원고 서AA에게 한 2011년 귀속 종합소득세0,000,000,000원 부과처분을 취소한다.

4. 소송비용 중 원고 주식회사 BB와 피고 CC세무서장 사이에 생긴 부분은 그 중 30%를 원고 주식회사 BB가, 나머지 70%를 피고 CC세무서장이 부담하고, 원고 서AA과 피고 DD세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 DD세무서장이 부담한다.

청 구 취 지

주문 제2항, 피고 CC세무서장이 2012. 11. 21. 원고 주식회사 BB에게 한 2011년 귀속 00,000,000,000원의 소득금액변동통지처분을 취소한다는 판결 및 선택적으로 주문 제3항 또는 피고 DD세무서장이 2013. 3. 12. 원고 서AA에게 한 2011년귀속 종합소득세 0,000,000,000원 부과처분을 취소한다는 판결(청구취지 기재 처분일자에 관한 쟁점에 대하여는 아래 판결 이유에서 본다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 주식회사 BB(이하 ⁠‘원고 회사’라 한다)는 석유류, 윤활유 판매업과 도․소매업 등을 영위하기 위하여 2010. 10. 26. 설립된 회사이고(개업일은 2010. 11. 1.이고 폐업일은 2012. 4. 1.이다), 원고 서AA은 2011. 3. 21. 원고 회사의 사내이사로 취임한 원고 회사의 대표자이다.

나. 원고 회사는 본점과 3개의 지점에서 주유소를 운영하면서, 주식회사 EE에너지(이하 ⁠‘EE에너지’라 한다)와 주식회사 FF석유(이하 ⁠‘FF석유’라 하고, EE에너지와 함께 ⁠‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 2011 사업연도에 공급가액 000억 0,000만 원, 2012 사업연도에 공급가액 00억 0,000만 원의 세금계산서를 수취하고 이를 비용으로 계상하여 2011 사업연도의 법인세를 신고하였다. 원고 회사는 이 사건 각 거래처 외에 주식회사 GG, 주식회사 HH 등으로부터 2011 및 2012 사업연도 중 공급가액 합계 000억 0,000만 원의 세금계산서를 수취하고 이를 비용으로 계상하였다.

다. 서울지방국세청장은 2012. 7.부터 2012. 11.까지 원고 회사에 대하여 범칙조사를실시하고, 이 사건 각 거래처로부터 수취한 세금계산서를 실물거래 없이 가공으로 수취한 세금계산서라고 보아 위 000억 0,000만 원을 2011 사업연도의 소득금액에서 손금불산입하고, 해당 금액을 대표자인 원고 서AA의 상여로 소득처분을 하여 원고 서AA에게 소득금액변동통지를 하였고(이하 '이 사건 소득금액변동통지‘라 한다), 2012사업연도는 신고기한이 미도래하여 수시부과하는 것으로 처분청에 통보하였다.

라. 이에 피고 CC세무서장은 2012. 12. 13.1) 원고 회사에게 2011 사업연도 법인세0,000,000,000원, 2012 사업연도 법인세 000,000,000원 합계 0,000,000,000원을 경정(결정)․고지하였고(이하 ⁠‘법인세 부과처분’이라 한다), 피고 DD세무서장은 2013. 3. 12.2) 원고 서AA에게 2011년 귀속 종합소득세 0,000,000,000원을 경정․고지하였다(이하‘제1차 소득세 부과처분’이라 한다).

1) 원고 회사는 소장 청구취지에서 원고 회사에 대한 법인세 처분일자를 ⁠‘2012. 12. 1. 및 2012. 12. 3.’이라고 기재하였으나, 소장 청구원인 및 갑 제1호증 조세심판원 결정문의 기재 등에 의하면 청구취지 기재 일자는 오기로 보인다.

2) 원고 회사는 소장 및 청구취지변경신청서의 청구취지에서 처분일자를 ⁠‘2012. 2. 13.’로 기재하였으나, 을 제14 내지 17 기재에 의하면 처분일자는 2013. 3. 12.이므로, 청구취지 기재 일자는 오기로 보인다.

마. 원고들은 위 법인세 부과처분 및 제1차 소득세 부과처분에 불복하여 2013. 3. 12. 피고들에게 이의신청을 거쳐 2013. 12. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 11. 10. 기각결정을 받았다.

바. 한편 피고 DD세무서장은 국세징수법 제16조 제1, 2항을 근거로 제1차 소득세부과처분이 있은 후인 2013. 3. 31. ⁠‘행방불명 및 무재산’을 사유로 직권 징수유예를 하였다가 2013. 5. 13. 부과 결정을 철회하였고, 이후 2014. 4. 25. 국세징수법 제16조 제3항을 근거로 원고 서AA에게 2011년 귀속 종합소득세 0,000,000,000원을 다시 부과하였다(이하 ⁠‘제2차 소득세 부과처분’이라 하고 위 법인세 부과처분과 통틀어 ⁠‘이 사건 부과처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 14 내지 17호증, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

구 소득세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24356호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항 단서에 따른 소득의 귀속자에 대한 소득금액변동통지는 원천납세의무자인 소득귀속자의 법률상 지위에 직접적인 법률적 변동을 가져오는 것이 아니므로, 항고소송의대상이 되는 행정처분이라고 볼 수 없다(대법원 2015. 3. 26. 선고 2013두9267 판결 참조). 이 경우 과세관청이 소득처분을 받은 거주자에게 하는 소득금액변동통지는 거주자에게 종합소득 과세표준의 추가신고 및 자진납부의 기회를 주기 위한 것일 뿐이고소득을 발생시킨 법인에 대한 소득금액변동통지가 아니어서 이로써 위 법인이 원천징수의무를 부담한다고 볼 수도 없으므로, 위 소득금액변동통지가 법인에 대한 행정처분임을 전제로 법인이 소득금액변동통지의 취소를 구하는 것은 부적법하다(대법원 2013. 9. 26. 선고 2010두24579 판결 참조).

갑 제1, 2호증 및 을 제1호증의 각 기재에 의하면 원고 회사에 대한 범칙조사를 실시한 서울지방국세청장이 2012. 11. 21. 구 소득세법 제192조 제1항 단서에 따라 원고 서AA에게 소득금액변동통지를 한 사실이 인정될 뿐이고, 달리 피고 CC세무서장이 원고 회사에 대하여 소득금액변동통지를 한 사실을 인정할 자료는 없다. 원고 회사의 청구취지는 서울지방국세청장이 원고 서AA에게 한 소득금액변동통지를 자신에 대한소득금액변동통지로 보아 취소하여 달라는 취지로 보이고, 위 법리에 따르면 원고 회사는 위 소득금액변동통지의 취소를 구할 수 없다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 피고 DD세무서장의 본안 전 항변

피고 DD세무서장은 피고 DD세무서장이 2013. 3. 12. 원고 서AA에게 한 제1차 소득세 부과처분은 2013. 5. 13. 부과 철회되어 더 이상 존재하지 않아 이를 다투는 것은 소의 이익이 없고, 이어 피고 DD세무서장이 2014. 4. 25. 원고 서AA에게 같은 금액으로 재부과한 제2차 소득세 부과처분은 전심절차를 거치지 아니하여 부적법하므로, 원고 서AA의 소는 각하되어야 한다는 본안 전 항변을 한다.

앞서 본 처분의 경위와 갑 제2호증, 을 제2, 14 내지 22호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고 DD세무서장은 당초 원고 서AA에게 제1차 소득세 부과처분을 하였다가 ⁠‘행방불명 및 무재산’을 이유로 직권징수유예 및 부과철회를 하였는바, 이러한 부과철회는 국세징수법 제16조 제2항에 따라 징수를 유예한 국세의 징수를 확보할 수 없다고 인정하는 경우 부과결정을 계속 유지할 실익이 없어 이루어지는 것이므로, 피고 DD세무서장의 부과철회로써 당초의 제1차 소득세 부과처분은 더 이상 존재하지 않게 된다. 따라서 피고 DD세무서장의 이 부분 본안 전 항변은 이유 있다.

그러나, 피고 DD세무서장은 2014. 4. 25. 국세징수법 제16조 제3항에 따라 다시 제2차 소득세 부과처분을 하였는바, 제2차 소득세 부과처분은 앞서 부과철회된 제1차 소득세 부과처분과는 별개의 새로운 처분이기는 하나 그 처분사유와 세액이 동일한 점, 을 제18호증의 기재에 의하면 피고 DD세무서장은 제2차 소득세 부과처분 당시 제1차 소득세 부과처분에 대하여 이미 원고 서AA이 조세심판원에 청구한 조세심판이 진행 중이라는 사실을 알고 있었던 점, 피고 DD세무서장은 조세심판에서 이러한 부과철회 및 재부과결정 사실을 주장하여 심판청구의 대상이 된 처분을 바로잡을 수 있었음에도 그러한 조치 없이 조세심판원에서 제1차 소득세 부과처분에 대하여 기각결정이 내려진 점, 원고 서AA이 제1차 소득세 부과처분에 대하여 심판청구를 제기함으로써 조세심판원으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회는 부여되었고, 다시 원고 서AA으로 하여금 제2차 소득세 부과처분에 대하여 심판청구를 거치게 하더라도 동일한 결론이 내려질 것이 예상되어 원고 서AA에게 가혹한 점 등의 사정을 고려하면, 원고 서AA이 제2차 소득세 부과처분에 대하여 전심절차를 거치지 아니하고 취소를 구할 수 있다고 인정되므로, 피고 DD세무서장의 이 부분 본안 전 항변은 받아들이지 않는다(원고 서AA은 선택적으로 제1차 또는 제2차 소득세 부과처분의 취소를 구하고 있으므로, 제1차 소득세 부과처분의 취소를 구하는 청구취지에 대하여는 주문에서 따로 각하판결을 하지 않는다).

4. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

원고 회사는 일반소비자들에게 유류를 판매하기 위하여 이 사건 각 거래처로부터 실제 유류를 매입하였고, 거래명세서(출하전표), 세금계산서, 일일마감일보 등의 자료를 갖추고 있으며, 매입대금도 금융기관을 통하여 거래처에 지급하였다. 또한 원고 회사는 일반소비자들에게 유류를 판매하였고, 매출액의 대부분은 신용카드 매출이어서 매출액과대계상이 발생할 여지가 거의 없으며, 피고들도 원고 회사의 매출액 부분은 원고 회사의 자료를 인정하였는바, 이처럼 매출액 부분이 인정된다면 그에 대응하는 매출원가도 당연히 인정되어야 한다. 따라서 피고 CC세무서장이 이 사건 각 거래처로부터의공급가액 전부를 손금불산입하여 법인세 과세처분을 한 것은 위법하고, 이러한 유류매입원가의 귀속자는 원고에게 유류를 공급한 거래처임에도 그 귀속자가 불분명한 것으로 보아 피고 DD세무서장이 원고 서AA에게 한 제2차 소득세 부과처분도 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 본 처분의 경위, 갑 제1호증, 을 제3 내지 6, 8 내지 11호증, 변론 전체의 취지에 의하면 다음 사실이 인정된다.

1) 원고 회사의 주유소별 과세기간별 매출액은 아래 표와 같다.

(단위 : 백만 원, 공급가액)

2) 원고 회사의 장부상 주유소별 석유류 매입처와 매입금액은 아래 표와 같다.

(단위 : 백만 원, 공급가액)

원고 회사는 EE에너지로부터 2011년 제1기 5,484백만 원, 2011년 제2기 11,316백만 원의 매입세금계산서를 수취하였고, FF석유로부터는 2011년 제2기 3,712백만원, 2012년 제1기 1,920백만 원의 매입세금계산서를 수취하였다(을 제6호증 5면).

3) 중부지방국세청장은 2012. 8. EE에너지를, II세무서장은 2012. 7. FF석유를, 각 실물거래 없이 세금계산서를 교부 또는 수취한 전부자료상으로 고발하였다.

4) JJ세무서장은 2012. 8. 2. 원고 회사 답십리지점을, KK세무서장은 2012. 8. 27. 원고 회사 부천지점을 각 세금계산서 수취의무 위반으로 고발하였다.

5) 원고 회사 본점은 2012. 3. 7. 한국석유관리원으로부터 품질검사를 받았는데, 채취된 3개의 시료 중 1개 시료에서 유사석유제품 성분이 검출되었고, 이로 인하여 원고 회사의 대표자인 원고 서AA은 2012. 7. 20. 서울동부지방법원에서 석유및석유대체 연료사업법위반죄로 벌금 500만 원의 약식명령을 받았다.

라. 판단

1) 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관하여는 원칙적으로 과세관청이 증명책임을 부담한다. 따라서 원고가 이 사건 각 거래처로부터 수취한 세금계산서가 가공의 거래에 의한 것이라는 점에 근거한 이 사건 부과처분에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청인 피고들에게 있는 것이므로 피고들로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 증명을 하여야 할 것이고, 다만 피고들이 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 증명을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고들이 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 증명을 할 필요가 있다.

2) 을 제6호증에 의하면 원고 회사에 대한 범칙조사를 한 서울지방국세청장은 원고 회사의 매출액이 대부분 소액의 신용카드 결제분이고 신용카드 매출자료를 분석한 결과 통상적인 주유대금으로서 정상거래이며 정상매출에 대한 대응원가를 추인하여야 한다고 하면서도, 원고 회사가 자료상인 이 사건 각 거래처로부터 수취한 세금계산서상의 공급가액을 대체할 만한 무자료 매입내역을 제시하지 않았다는 이유로 위 공급가액을 전액 손금 부인하였다.

그러나 앞서 본 법리에 비추어 볼 때 다음과 같은 사정을 고려하면 이 사건 각 거래처로부터 수취한 세금계산서가 공급자가 다른 사실과 다른 세금계산서에 해당할 수는 있어도 그러한 사정만으로 실제 거래가 없었다고 단정할 수는 없고, 피고들이 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 거래처와의 거래가 전부 가공거래임을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

가) 앞서 본 사실관계에 따르면 원고 회사가 이 사건 각 거래처로부터 매입하였다는 매입원가를 전액 부인할 경우 2011 내지 2012 사업연도 기간 중 원고 회사의 평균매출총이익률은 50.17%(매출액은 46,465백만 원이고, 매출원가는 이 사건 각 거래처로부터의 공급가액을 제외한 23,154백만 원이므로, 매출총이익은 23,311백만 원이 된다)로 원고 회사 동종 업종의 매출총이익률인 6.6% ~ 7.1%(갑 제15호증 12면 참조)를 지나치게 초과하는 결과가 된다.

나) 부가가치세 과세기간별로 살펴보더라도 2011년 제1기의 경우 매출액이 10,220백만 원인데 비하여 매출원가 중 5,484백만 원이, 2011년 제2기의 경우 매출액이 26,509백만 원인데 비하여 매출원가 중 15,028백만 원이, 2012년 제1기의 경우 매출액이 9,736백만 원이데 비하여 매출원가 중 1,920백만 원이 과다하게 부인되는 결과가 된다.

다) 유류판매업은 일반제조업과는 달리 매입한 유류의 수량만큼 매출이 성립하는 것이 원칙이므로 유류판매업자의 사업소득금액을 확정함에 있어 총수입액은 유류판매업자가 유류판매대금으로 신고한 금액을 인정하면서 필요경비를 산정함에 있어서는 같은 수량의 유류매입대금을 제외한다면 유류판매업자는 매입하지도 아니한 유류를 매출한 결과가 되므로, 전년도에서 이월된 재고량이 사업자 주장의 재고량보다 많다거나 가공매출한 수량이 있었거나 매출단가를 조작하였다는 등 특별한 사정이 없는 한 적어도 매출한 수량만큼의 매입량은 있었다고 추정할 수 있다.

라) 원고 회사가 제출한 거래명세서(출하전표), 세금계산서, 거래내역조회, 운송 사실확인서에다가 에스오일 주식회사, SK에너지 주식회사에 대한 사실조회결과를 보태어 보면, 원고 회사가 이 사건 각 거래처로부터 유류를 공급받았다는 날짜에 원고 회사가 특정한 유류운송업자의 차량으로 에스오일이나 SK에너지로부터 유류가 출고된 사실이 다수 인정되고, 원고 회사가 이 사건 각 거래처 명의의 은행계좌로 유류매입대금으로 보이는 금원을 입금한 사실이 인정된다. 원고 회사가 입금한 금원이 원고들에게 다시 반환되었다고 인정할 자료는 없고, 원고들과 이 사건 각 거래처 운영자들 사이에 허위세금계산서 수수를 공모하였다는 등의 사정도 없어 원고 회사의 자금 입금이 허위로 작출된 거래내역이라고 인정할 수도 없다.

마) 원고 회사 본점에 대한 품질검사 결과 일부 시료에서 유사석유제품 성분이 검출되었다고 하더라도(을 제10호증에 의하면 원고가 약식명령으로 처벌받은 유사석유 제품의 양은 35,000리터, 시가로는 약 70백만 원으로 보인다) 그러한 사정만으로 이 사건 각 거래처로부터 수취한 세금계산서와 관련된 원고 회사의 매출원가 22,430백만원 전부를 부인할 수는 없다.

3) 따라서 피고들이 제출한 자료만으로는 피고들이 부인한 매출원가가 전액 가공원가라고 인정하기에 부족하고 나아가 위 매출원가 중 실제 유류매입을 위하여 지출된 금액은 손금불산입할 것이 아니어서 대표자 상여로 소득처분할 수도 없으므로, 이 점에 있어서 이 사건 부과처분은 위법하다. 다만 피고들이 부인한 매출원가에 일부 가공원가가 포함되어 있다고 하더라도 그 금액을 특정할 수 없고 그 결과 정당세액을 계산하여 일부만 취소할 수 없으므로, 이 법원으로서는 이 사건 부과처분 전부를 취소할 수밖에 없다.

5. 결론 이 사건 소 중 소득금액변동통지처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고 원고들의 나머지 청구는 이유 있어 인용하며, 소송비용은 원․피고들이 승소비율에 따라 분담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2016. 12. 27. 선고 서울행정법원 2015구합53664 판결 | 국세법령정보시스템