요지

종중재산의 양도로 인한 손익이 법인으로 보는 단체인 원고의 최초업연도의 손익에 산입되고 이는 법인세법상 과세제외소득이므로, 원고는 양도소득세 및 법인세 납세의무가 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2015. 5. 20. 원고에게 한 법인세경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1981. 8. 11. OO시 북구 OO동 산OO-OO 임야 46,440㎡(2013. 11. 13. 6

필지로 분할됨. 이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2014. 3. 10.

소외 AA건설 주식회사에 양도가액을 11,240,000,000원으로 하여 매도하는 내용의 계

약을 체결하고 2014. 6. 20. 그 소유권이전등기를 마쳐주었다.

나. 원고는 2014. 8. 21. 피고에게 이 사건 부동산에 관한 양도소득세 2,914,917,972

원을 예정신고․납부하였다.

다. 한편, 원고는 2014. 12. 24. OO세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제2항에

따라 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 승인받았다.

라. 원고는 2015. 3. 17. 피고에게, 원고가 이 사건 부동산의 양도일 이후인 2014.

12. 24.에야 관할 세무서장으로부터 국세기본법상 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 승인을 받았

으나, 이 사건 부동산의 처분손익이 원고에게 귀속되었으므로, 원고의 ⁠‘법인으로 보는

단체’로서 최초 사업연도 개시일은 법인세법 시행령 제3조 제2항(이하 ⁠‘이 사건 쟁점조

항’이라고 한다)에 따라 2014. 6. 20.이 되어 이 사건 부동산의 양도차익에 대하여는

법인세법이 적용되고, 또한 비영리법인인 원고가 그 처분일 현재 3년 이상 계속하여

고유목적 사업에 사용한 고정자산인 이 사건 부동산을 양도하여 얻은 차익은 법인세법

상 과세소득에서 제외되어야 하는 것이므로 기납부한 세액은 환급되어야 한다는 취지 로 경정청구를 하였다.

마. 이에 대하여 피고는 2015. 5. 20. 아래과 같은 이유를 들어, 원고의 경정청구를

기각하는 이 사건 처분을 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2015. 8. 4. 국세청에 심사청구를 하였으나, 위 청구는

2015. 11. 17. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6, 8호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가

지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고의 최초사업연도 개시일은 원칙적으로 법인세법 시행령 제3조 제1항 제1호

라목에 따라 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 승인을 받은 2014. 12. 24.이지만, 원고는 최초사

업연도 개시일 전에 생긴 손익인 이 사건 부동산 양도이익을 사실상 ⁠‘법인으로 보는

단체’에게 귀속시켰고, 조세포탈의 우려가 없으며, 이 사건 부동산 양도일을 최초사업

연도의 개시일로 보더라도 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하므로, 이 사

건 쟁점조항에 따라 이 사건 부동산 양도이익을 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할

수 있다. 그런데 비영리내국법인인 원고가 처분일 현재 3년 이상 계속하여

고유목적사업에 직접 사용한 고정자산인 이 사건 부동산을 처분함으로써 발생한

이익은 법인세법상 과세대상인 각 사업연도 소득의 범위에서 제외되므로, 원고는

양도소득세 및 법인세 납세의무가 없다.

2) 예비적으로, 원고가 이 사건 부동산의 양도이익을 구성원인 종중원들에게 분배

함으로써 국세기본법 제13조 제2항 제3호의 요건을 충족하지 못하였다고 보아 소득세

법이 적용되어야 한다면, 원고가 아닌 종중원별로 각자 납세의무자가 되어야 하는 것

이므로, 원고가 납세의무자로서 양도소득세를 납부한 것은 실질과세원칙에 위배된 것

이다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정 사실

1) 이 사건 부동산은 원고 종중의 선산으로 사용되어 왔는데, 1981. 8. 11. 원고의

종중원인 BBB, CCC 명의로 소유권보존등기되었다가 그 중 BBB의 1/2 지분에

관하여 1994. 10. 13.에, CCC의 1/2 지분에 관하여 같은 달 18.에 각 명의신탁해지 를 원인으로 원고에게 지분이전등기가 마쳐졌다.

2) 원고는 2014. 3. 10. 이 사건 부동산을 AA건설 주식회사에 매도하였고, 매수

인으로부터 매매대금을 종중원인 DDD, EEE 공동명의의 예금계좌로 송금받아 보

관하다가 2014. 7. 15. 원고 종중 명의의 예금계좌를 개설하고, 매매대금 대부분을 위

계좌로 이체하였다.

3) 원고는 종중 명의의 예금계좌에서 2014. 7. 15. 이후 총회여비, 지방소득세, 양

도소득세, 종중 분배금, 재산세 납부, 이전등기비용 등을 지출하였는데, 원고가 ⁠‘법인으 로 보는 단체’로 승인받은 날인 2014. 12. 24. 현재 위 원고 종중 명의의 예금계좌에는

위와 같이 지출하고 남은 1,033,637,048원이 예금되어 있었다.

4) 한편, 원고는 이 사건 부동산의 양도대금 중 합계 6,899,392,942원을 종중원들 에게 분배(2014. 9. 4.부터 원고 종중 명의의 예금계좌에서 분배금이 출금되었다)하였

는데, 위와 같은 분배금 지급에 따라 발생하는 종중원들의 증여세 납부를 원고가 대행

하여 피고에게 합계 620,943,010원의 증여세를 납부하였다.

[인정근거] 앞서 든 각 증거, 갑 제11 내지 16호증, 을 제2 내지 4호증의 각 기재, 변

론 전체의 취지

라. 판단

1) 이 사건 쟁점조항의 적용 여부

가) 국세기본법 제13조 제2항 제3호의 ⁠‘법인으로 보는 단체’의 요건인 ⁠‘단체의

수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것’의 의미는, 정관 또는 규약에 이익의 분배방법

이나 분배비율에 관한 구체적인 규정을 두고 그에 따라 정기적으로 일관되게 이익을

분배하는 단체의 경우에만 위 요건을 충족하는 것이고, 그 외에 비정기적으로 특수한

경우에 관한 이익의 분배방법만을 정하고 있는 경우에는 단체의 수익을 구성원에게 분

배하지 아니하는 경우로 보아야 한다. 이 점은 피고도 다투지 아니한다. 그런데 피고 는, 원고가 최초 사업연도 개시일 이전에 생긴 손익, 즉 이 사건 부동산 양도대금을 법

인에 귀속시키지 않고 종중원들에게 모두 분배하였고, 이러한 경우 이 사건 쟁점조항 을 적용하여 최초 사업연도 개시일을 소급하여 인정할 수 없다고 주장한다. 따라서 이

사건의 쟁점은 ⁠‘이 사건 부동산 양도대금이 법인인 원고에게 사실상 귀속된 것인지 여

부‘이다.

살피건대, 앞서 든 증거에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ①

원고 종중은 1994년 이래로 종중의 실체를 가지고 있었으며, 1994. 10.경 종중원 명의 로 신탁되어 있던 이 사건 부동산에 관하여 명의신탁해지를 원인으로 하여 원고 종중

명의의 소유권이전등기를 마침으로써 원고가 이 사건 부동산 처분일까지 그 소유권을

보유하고 있었던 점, ② 원고는 이 사건 부동산 양도대금을 종중원 명의의 예금계좌로

지급받아 25일 후 원고 종중 명의의 예금계좌를 개설하여 그 대부분을 이체하였던 점,

③ 원고는 이 사건 부동산 양도대금이 원고에게 귀속되었다가 종중원들에게 분배된 것 이 증여에 해당한다는 전제 하에 종중원들의 증여세를 대행하여 피고에게 납부하였는

데, 만약 피고의 주장과 같이 이 사건 부동산 양도대금이 법인에 귀속되지 않았다고

한다면 개별 종중원들로서는 증여세를 납부할 의무가 없게 되어 피고가 위 증여세

620,943,010원을 징수할 권원이 없게 되는 점, ④ 원고가 ⁠‘법인으로 보는 단체’로 승인

받은 날인 2014. 12. 24. 현재 위 원고 종중 명의의 예금계좌에는 위와 같이 지출하고

남은 1,033,637,048원이 잔존하고 있었던 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 부동산 양도

대금은 2014. 6. 20. 원고에게 사실상 귀속된 것이라고 봄이 타당하다.

나) 나아가 ① 원고는 2014. 8. 31. 이 사건 부동산의 양도로 인한 양도소득세

예정신고를 사실과 부합하게 하면서 양도소득세 2,914,917,972원을 성실히 납부하였고,

2015. 3. 17.에 이르러 정당한 법 적용을 주장하며 경정청구를 한 것인데, 원고가 ⁠‘법인 으로 보는 단체’로 승인받은 날 이후로 이 사건 부동산의 소유권이전등기일을 달리 정

하였다면 위 양도소득세 납부의무는 아예 발생할 여지가 없었던 점, ② 정당한 법 적

용이 이루어질 경우 이미 납부된 조세가 환급되는 것을 들어 조세일실이라고 할 수 없 는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 부동산 양도로 인한 손익을 법인에 귀속시키는 결 과 양도소득세가 면제된다고 하더라도 조세포탈의 우려가 있다고는 볼 수 없다.

또한, 원고의 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위는 2014.

1. 1.부터 2014. 12. 31.까지이므로 2014. 6. 20. 발생한 이 사건 부동산 양도로 인한

손익을 원고의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있음은 명백하다.

다) 따라서 최초사업연도의 개시일 전에 생긴 손익이 이 사건 쟁점조항의 요건 을 모두 충족하고 있으므로, 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익은 ⁠‘법인으로 보는 단

체’인 원고의 최초사업연도의 손익에 산입되어 법인세법의 법리가 적용되어야 하고, 원

고는 양도소득세 납세의무가 없다.

2) 이 사건 부동산 양도이익에 대하여 법인세가 부과되는지 여부

가) 법인세법 제3조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제2조 제2항에 따르면 비영

리내국법인이 소유하고 있던 고정자산을 처분하는 경우, 처분일 현재 3년 이상 계속하

여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 비영리내

국법인의 과세소득의 범위에서 제외된다.

나) 종중은 공동선조의 후손들에 의하여 그 선조의 분묘 수호 및 봉제사 등을

목적으로 형성되는 자연발생적인 종족단체이므로, 어떠한 부동산이 종중의 선산으로

사용되어 왔다면 그 종중 단체의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산이라고 할 수

있다. 이 사건 부동산이 오랫동안 원고 종중의 선산으로 사용되어 왔음은 앞서 본 바 와 같다. 그런데 피고는 2016. 4. 26.자 준비서면을 통하여 이 사건 부동산이 원고 종

중의 고유목적사업에 직접 사용되었음을 입증하여야 한다고 주장하나, 국세청 심사청

구 절차에서 피고는 이미 원고가 제출한 사진, 지적도, 분묘표시 현황에 의하여 원고가 이 사건 부동산을 종중의 선산 용도로 사용하였음을 인정하였고, 원고가 제출한 갑 제

18 내지 22호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상에 의하더라도 이 사건 부동산이

원고 종중의 선산으로 사용되었다는 사실을 넉넉히 인정할 수 있으므로, 위 주장은 받

아들이지 아니한다.

그렇다면 이 사건 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 위 관련 법령에

따라 법인세 과세소득의 범위에서 제외되므로, 원고는 법인세 납세의무도 부담하지 않

는다.

3) 원고의 경정청구의 적법 여부에 관한 판단

가) 피고는, 원고가 2014. 8. 21. 양도소득세 예정신고를 한 것을 법인세 신고로

간주하고 피고에게 기 납부된 양도소득세를 원고에게 환급하여 달라는 취지의 ⁠‘법인세

경정청구’를 하였는데, 국세기본법 제45조의2 제1항의 감액경정청구는 법정신고기한까

지 과세표준신고서를 제출한 납세자가 청구할 수 있는 것으로서, 원고는 거주자로서

소득세법에 따라 양도소득세를 신고․납부한 것에 불과하여 이에 대한 감액경정청구를

할 수 있음은 별론으로 하고, 신고․납부한 사실이 없는 2014 사업연도 법인세에 대하

여 경정청구를 할 수는 없는 것이고 따라서 부적법한 ⁠‘법인세 경정청구’를 거부한 이

사건 처분은 적법한 것이라고 주장한다.

나) 그러나, ① 국세기본법 제45조의2 제1항은 ⁠“과세표준신고서에 기재된 과세

표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때” 경정청

구를 할 수 있다고 규정하고 있는바, 이와 같이 ⁠“세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액”이라 함은 개별 조세실체법에 따른 정당한 세액을 의미하므로, 이러한 정당한

세액을 초과함으로 인하여 최초신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우에 경정청

구를 할 수 있는 점(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조), ② 양도소

득세 납세의무가 성립․확정되었다고 해서 그 소득이 법인세법상 별개의 규정에 따라

법인세의 규율대상으로 편입되는 것까지 배제할 수 있는 것은 아닌 점, ③ 이 사건에

서 원고가 2015. 3. 17. 피고에게 한 경정청구의 실질적인 내용은 원고에게 양도소득세

납세의무 및 법인세 납세의무가 없음을 전제로 하여 기 납부한 양도소득세의 환급을

구한 것이고, 피고로서도 거부처분 당시 원고의 경정청구가 부적법함을 다투지는 아니

하였던 점, ④ 한편 원고의 주장대로 이 사건 쟁점조항에 따라 ⁠‘최초사업연도 개시일’

을 이 사건 부동산 양도일로 볼 경우 결국 비영리내국법인인 원고가 양도소득세 신 고․납부 양식을 사용하였더라도 이를 법인세법에 따른 신고로 못 볼 바도 아닌 점,

⑤ 피고의 주장과 같이 형식에 집착한다면 동일한 처분에 대하여 무의미한 절차의 반

복을 강제하게 될 뿐이라는 점 등의 사정을 고려하면, 원고가 양도소득세 예정신고를

한 후 ⁠‘원고에게는 양도소득세 납부의무가 없고 법인세법이 적용되며 법인세법에 따를

때 이 사건 부동산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세소득의 범위에서 제

외되므로 원고에게는 법인세 납부의무도 없음’을 주장하면서 ⁠‘법인세 경정청구’를 한

것을 들어, 부적법한 경정청구라고 할 수 없다.

따라서 피고의 위 주장은 이유 없다.

4) 소결론

그렇다면 이 사건 부동산의 양도로 인한 손익은 ⁠‘법인으로 보는 단체’인 원고의

최초사업연도의 손익에 산입되고 이는 법인세법상 과세제외소득이므로, 원고는 양도소

득세뿐만 아니라 법인세 납세의무도 없다. 결국 피고는 원고로부터 납부받은 양도소득

세를 환급하여 줄 의무가 있음에도 정당한 이유 없이 이를 거부하였으므로, 피고의 이

사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구지방법원 2016. 06. 03. 선고 대구지방법원 2016구합20182 판결 | 국세법령정보시스템